Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"ABSTRAKAspergillus flavus UICC 360 koleksi Universitas Indonesia Culture Collection (UICC) telah diteliti dan diuji mampu menghasilkan lovastatin. Penelitian bertujuan untuk mengetahui pengaruh variasi konsentrasi amonium sulfat (0 mM, 15,15 mM, 18,94 mM, 22,73 mM, 26,52 mM, dan 30,30 mM) sebagai sumber nitrogen terhadap kemampuan Aspergillus flavus UICC 360 menghasilkan lovastatin. Fermentasi menggunakan 1,96% (v/v) inokulum sel kapang selama 7 hari pada medium Czapek?s Dox Broth modifikasi dalam suhu ruang (27--30oC) dengan pengocokan 90 rpm. Ekstrak dalam etil asetat diuji terhadap Candida albicans UICC Y-29 dengan metode difusi agar cara cakram. Ekstrak hasil fermentasi dari perlakuan 22,73 mM amonium sulfat memiliki kemampuan tertinggi menghambat Candida albicans UICC Y-29 dengan indeks penghambatan rata-rata 0,94 ± 0,06. Hasil Kromatografi Lapis Tipis (KLT) menunjukkan bahwa ekstrak hasil fermentasi perlakuan amonium sulfat 15,15 mM memiliki nilai Rf sama dengan lovastatin standar sebesar 0,48. Ekstrak hasil fermentasi perlakuan amonium sulfat 18,94 mM, 22,73 mM, 26,52 mM, dan 30,30 mM memiliki nilai Rf hampir sama dengan nilai Rf lovastatin standar. Hasil KLT tersebut dapat mengindikasikan ekstrak mengandung lovastatin. Uji Least Significant Difference (LSD) (P<0,05) menunjukkan ada perbedaan nyata variasi konsentrasi amonium sulfat terhadap kemampuan Aspergillus flavus UICC 360 menghasilkan lovastatin. Hal tersebut menunjukkan bahwa terdapat pengaruh variasi konsentrasi amonium sulfat terhadap kemampuan Aspergillus flavus UICC 360 dalam menghasilkan lovastatin.

---

ABSTRACTThe ability of Aspergillus flavus UICC 360 to produce lovastatin had been shown in previous study. The aim of this study is to determine the effect of variation in ammonium sulphate concentration at 0 mM, 15.15 mM, 18.94 mM, 22.73 mM, 26.52 mM, and 30.30 mM toward the ability of Aspergillus flavus UICC 360 in producing lovastatin. Fermentation was carried out by using 1.96% (v/v) of inoculum in modified Czapek?s Dox Broth for seven days at room temperature (27--30oC) with 90 rpm agitation. The extract in ethyl acetate was tested by disk diffusion method against Candida albicans UICC Y-29. The extract from fermentation of 22.73 mM ammonium sulphate showed the highest inhibition index of 0.94 ± 0.06. The result of Thin Layer Chromatography (TLC) showed that extract from fermentation of 15.15 mM ammonium sulphate had similar Rf value with lovastatin standard. Meanwhile, extract from fermentation of 18.94 mM, 22.73 mM, 26.52 mM, and 30.30 mM ammonium sulphate had nearly similar Rf value with lovastatin standard. The TLC result indicated that the extract contained lovastatin. Least Significant Difference test (LSD) (P<0.05) showed there was significant difference of variation in ammonium sulphate concentration toward the ability of Aspergillus flavus UICC 360 to produce lovastatin. The result of this study showed that the variation in ammonium sulphate concentration affect the ability of Aspergillus flavus UICC 360 in producing lovastatin."

"Buku Biologi Terapan yang diramu dan diracik oleh Prof. Jatna Supriatna, akademisian AIPI, ini menyajikan bunga rampai tulisan buat memaparkan vista pengalaman, peran, pikiran, dan gagasan sekumpulan biologiwan Indonesia tentang potensi sumbangan ilmunya, untuk menunjukkan bahwa ilmu tentang kehidupan yang ditekuninya sebenarnya terus ‘hidup’ walau kurang mendapat perhatian. Kita bersusah payah melestarikan badak bukan karena ingin memanfaatkan culanya, sebab ekowisata menyaksikan keindahan tari gandrung burung cendrawasih bisa menghasilkan devisa melimpah. Sejarah memang sudah membuktikan bahwa melalui cultuurstelsel, pemerintah kolonial Belanda tempo doeloe pernah meraup keuntungan amat besar dari gula, kina, sawit, tembakau, karet, dan juga nila ('het blauwe zweet van de Javaan' -- keringat biru orang Jawa) karena mereka mengerahkan florakrat yang terkumpul di Bogor. Oleh karena itu diharapkan semoga birokrat di jajaran pemerintahan Indonesia masa kini akan terinspirasi untuk memberdayakan para biokrat ini."

"The study aimed at improving students' achievement and the quality of process in studying biology at SMA YP Unila in the academic year 2005./2006...."

"E-cadherin adalah protein ekstraseluler transmembran dan calciumdependent pada adhesi sel-sel. E-cadherin memiliki fungsi penting dalam pembentukan penghubung protein adheren pada jembatan interselular seperti mukosa usus dan sawar darah otak (blood brain barrier, BBB). Peptida yang berasal dari sekuens lestari EC1 memiliki aktivitas yang berpotensi untuk memodulasi jembatan adheren di sawar darah otak. Peptida telah menunjukkan kemampuan mereka untuk menghantarkan molekul obat di sawar darah otak dan mengatasi penghalang biologis seperti: enzim metabolisme, tight junction dan efflux pump yang mencegah transportasi obat dari sirkulasi sistemik ke otak. Dalam modulasi sawar darah otak, peptida menghambat interaksi cadherincadherin. Peptida selektif diperlukan untuk meningkatkan modulasi E-cadherin. Struktur EC1 domain digunakan dalam merancang peptida selektif untuk memodulasi E-cadherin. Dalam struktur tingkat atom, spektroskopi NMR cair adalah instrument yang sangat reliabel dalam mengelusidasi struktur, konformasi dan dinamika. Dalam studi ini, kami telah berhasil menerapkan teknik NMR tiga dimensi untuk menentukan residu EC1 yang berlabel isotop 1H, 13C, dan 15N. Sebanyak 90% asam amino dalam EC1 telah berhasil ditentukan. Hasil penentuan asam amino EC1 tersebut kemudian digunakan sebagai sidik jari untuk menemukan pergeseran resonansi kimia yang mungkin terjadi sebagai tanda adanya interaksi ikatan antara asam amino EC1 dengan molekul peptida. Metode titrasi peptida HAV6 (Ac-SHAVSS-NH2) dan ADTC5 (Ac-CDTPPVC-NH2) telah digunakan untuk mengetahui situs ikatan asam amino EC1 spesifik dengan peptida. Hasilnya menunjukkan bahwa residu Ile-4 dan Asp-103 pada domain EC1 menunjukkan perubahan yang paling besar dibandingkan dengan residu lainnya. Berdasarkan nilai CSP (Chemical Shift Perturbation), residu ini diinvestigasi lebih lanjut untuk melihat interaksinya dengan peptida. Kami menggunakan struktur domain E-cadherin 1 dari database PDB struktur kristal difraksi sinar X sebagai model protein. Struktur peptida didesain menggunakan program pemodelan struktur 2D dan 3D. Komputasi docking digunakan untuk mencari konformasi dengan probabilitas tertinggi dalam berikatan dengan residu protein. Dengan mentransformasi nilai CSP ke dalam studi docking, residu Ile-4 dan Asp-103 menunjukkan adanya perbedaan dalam konformasi dan ikatan kimia yang terlibat serta afinitas terbaik dengan peptida HAV6 dan ADTC5. Hasil penelitian ini diharapkan dapat digunakan sebagai model untuk mendesain peptida kecil dengan kemampuan affinitas lebih tinggi dengan EC1 untuk meningkatkan penghantaran obat melalui jalur mukosa usus dan sawar darah otak.

---

E-cadherin is an extracellular protein transmembrane and calciumdependent of cell-cell adhesion. E-cadherin has an important function in formation of adherens junction in the intercellular junction of biological barriers such as the intestinal mucosa and the blood brain barrier (BBB). Peptides derived from the conserved region of EC1 have highly potential activity to modulate the adherens junctions in BBB. Peptides have shown their ability to deliver the drug molecules across the BBB and overcome drug delivery issues in BBB such as metabolism enzymes, tight junction and efflux pump that prevent drug transport from the systemic circulation into the brain. In modulating the BBB, peptides inhibit cadherin-cadherin interactions. The selective peptides are necessary required to improve E-cadherin modulation. Elucidation of EC1 domain structure would provide information in designing the peptides selectively to modulate E-cadherin. In atomic level structure, solution NMR spectroscopy is a valuable tool to examine the changes in structure, conformation and dynamics. In this study, we have successfully applied the three-dimensional NMR techniques to determine the 1H, 13C, and 15N backbone assignments of EC1 in the 13C-15N-labeled EC1 solution structure study. Approximately 90% of EC1 residues have been successfully assigned. The EC1 backbone assignment then was used as a fingerprint to find the resonance chemical shift of possible EC1-peptide binding sites by titrating the peptide in solution. Titration using HAV6 (Ac-SHAVSSNH2) peptide and ADTC5 (Ac-CDTPPVC-NH2) into 15N-labeled-EC1 solution have been undertaken by two-dimensional NMR to resolve the binding site of the EC1-peptide complex by monitoring perturbations in the backbone amides.

Our study to investigate the detail mechanism and interaction sites has been done. Residue Ile-4 and Asp-103 of EC1 domain showed the most changes over other residues based on CSP value. These residues were further investigated its specific interaction with the peptides. . We used human E-cadherin 1 domain X-ray structure from PDB as a protein model in docking. Peptide structures were drawn with the 2D and 3D structure builder program. Computational docking was used to search the high probability conformers to bind the protein residue. By transforming CSP value to docking study we could find that residue Ile-4 and Asp-103 showed distinct conformations with favorable binding modes, chemical bonds involved and the best affinities with HAV6 and ADTC5 peptides. Furthermore, the result will be used as model to design small peptides that have higher binding capability to the EC1 for improving drug delivery through the intestinal mucosa and the blood brain barrier."

"ABSTRAK Air rebusan jahe telah berhasil digunakan sebagai reduktor untuk biosintesis nanopartikel perak. Biosintesis dilakukan dengan mencampurkan air rebusan rimpang jahe dan larutan AgNO3 yang kemudian diinkubasi selama 24 jam. Karakterisasi larutan hasil reaksi dilakukan dengan fotografi warna larutan dan spektroskopi UV-Vis. Variabel preparasi yang diteliti adalah varietas jahe, fase pertumbuhan, preparasi simplisia, dan perlakuan mekanik. Metode ini digunakan untuk meneliti pengaruh variabel preparasi terhadap nanopartikel perak yang dihasilkan. Varietas jahe yang diteliti adalah jahe gajah, jahe merah, dan jahe emprit. Fase pertumbuhan rimpang yang diteliti adalah bagian anakan dan indukan rimpang. Pengaruh metode preparasi simplisia yang yang diteliti adalah efek bentuk rimpang berupa bubuk dan irisan. Perlakuan mekanik pada larutan saat biosintesis dibedakan antara tanpa pengadukan dan dengan pengadukan. Kemudian diteliti juga pengaruh asam askorbat pada reaksi pembentukan nanopartikel perak. Hasil fotografi menunjukkan bahwa larutan berubah warna dari bening ke kuning kecokelatan yang sesuai dengan warna larutan nanopartikel perak. Spektrum UV-Vis larutan mempunyai nilai absorbansi di panjang gelombang sekitar 420 nm yang bertepatan dengan nilai panjang gelombang absorbansi nanopartikel perak, dengan demikian rimpang jahe dapat digunakan sebagai reduktor biosintesis nanopartikel perak. Di antara varietas jahe, jahe gajah menghasilkan nanopartikel perak yang paling baik, yaitu mempunyai nilai absorbansi 2,2 ± 0,4. Berdasarkan hasil karakterisasi, variabel preparasi yang baik di eksperimen ini adalah penggunaan anakan rimpang sebagai bahan dasar simplisia. Metode preparasi dengan irisan rimpang lebih baik daripada dengan menggiling rimpang, dan perlakuan tanpa pengadukan larutan selama proses reaksi menghasilkan kualitas nanopartikel perak yang lebih baik. Penambahan asam askorbat saat reaksi dapat memperbanyak nanopartikel perak yang dihasilkan.

---

ABSTRACT Infution water of ginger has been successfully used as a reductant for biosynthesis of silver nanoparticles. Biosynthesis made ​​by mixing infution water of ginger rhizome and AgNO3 solution then incubated for 24 hours. Characterization of the resulting solution is performed in the color photography solution and UV-Vis spectroscopy. Preparation variables studied were varieties of ginger: gajah ginger, red ginger, and emprit ginger, growth phase: tillers and main rhizomes, form of botanicals material rhizomes: powder and slices, mechanical treatment: mixture solution without stirring and with stirring, and addition of ascorbic acid. The results showed that the photographic color solution changes from clear to yellow brownish that matches the color solution of the silver nanoparticles. UV-Vis spectrum of the solution has a absorbance value at about 420 nm wavelength which coincides with the wavelength of the absorbance value of silver nanoparticles, thus the ginger rhizome can be used as a reductant for biosynthesis of silver nanoparticles. Among the varieties of ginger, gajah ginger produce silver nanoparticles which were the best, which has an absorbance value of 2.2 ± 0.4. Based on characterization results, good preparation variable in this experiment is the use of the tiller rhizomes as the botanicals material rhizomes. Preparation botanicals material rhizomes by slicing ​​better than by grinding, and treatment without stirring the solution during the reaction produce quality of silver nanoparticles better. The addition of ascorbic acid can increase the silver nanoparticles product."

"Sampel forensik harimau sumatra yang umum diperdagangkan secara ilegal di Indonesia dan dunia, di antaranya yaitu kulit, rambut, tulang, gigi, dan tengkorak. Identifikasi molekuler sampel forensik dengan memanfaatkan penanda genetik spesifik dari sampel dapat menggunakan metode Forensically Informative Nucleotide Sequencing (FINS). Teknik FINS memiliki lima tahapan, yakni ekstraksi isolat DNA, amplifikasi menggunakan primer, penentuan urutan basa nukleotida, analisis hasil sekuensing, dan analisis filogenetik. Bahan uji yang digunakan berjumlah 15 sampel forensik harimau sumatra yang diperoleh dari BKSDA Aceh, Taman Nasional Batang Gadis (TNBG), Taman Nasional Bukit Barisan Selatan (TNBBS), dan kasus kejahatan di Garut. Tahapan penelitian yang dilakukan, yaitu desain primer menggunakan Geneious Prime, ekstraksi sampel menggunakan Wizard® Genomic DNA Purification Kit, uji kuantifikasi DNA, Polymerase Chain Reaction, analisis sekuensing, dan analisis filogenetik. Primer “CR_PTS” berhasil didesain dan memenuhi syarat primer yang baik. Kemurnian dari sampel hasil ekstraksi berkisar antara 1,1–2,3. Sampel yang berhasil tervisualisasi pada gel elektroforesis, yaitu kulit, tulang rusuk, dan tulang kaki dari Aceh, serta kulit dari TNBBS. Hasil analisis pohon filogenetik menunjukkan adanya pengelompokan klade antarsampel. Hasil analisis haplotipe tidak menunjukkan perbedaan wilayah asal pada Hap_1 yang terbentuk. Penelitian identifikasi sampel forensik menggunakan primer PTS_CR lebih lanjut perlu dilakukan untuk menguji tingkat spesifitas primer.

---

Forensic samples of Sumatran tigers that are commonly traded illegally in Indonesia and the world, include skin, hair, bones, teeth and skulls. Molecular identification of forensic samples by utilizing specific genetic markers from samples can use the Forensically Informative Nucleotide Sequencing (FINS) method. The FINS technique has five stages, namely extraction of DNA isolates, amplification using primers, determination of the nucleotide base sequence, analysis of the results of the sequencing, and phylogenetic analysis. The test materials used was 15 Sumatran tiger forensic samples obtained from BKSDA Aceh, Taman Nasional Batang Gadis (TNBG), Taman Nasional Bukit Barisan Selatan (TNBBS), and crime cases in Garut. The stages of the research were carried out, namely primer design using Geneious Prime, sample extraction using Wizard® Genomic DNA Purification Kit, DNA quantification test, PCR, sequencing analysis, and phylogenetic analysis. The primer "CR_PTS" was successfully designed and met the requirements of a good primer. The purity of the extracted samples ranged from 1.1–2.3. Samples that were successfully visualized on gel electrophoresis were skin, ribs, and leg bones from Aceh, and also skin from TNBSS. The results of the phylogenetic tree analysis showed that there was a clade grouping between samples. The results of the haplotype analysis did not show differences in the region of origin on the formed Hap_1. Further research on the identification of forensic samples using PTS_CR primers needs to be carried out to test the specificity of the primers."