Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Saat ini sedang marak dibicarakan suatu teknologi yang menggabungkan beberapa sumber daya yang bekerja bersama-sama sehingga tampak seolah-olah merupakan satu single system, teknologi ini disebut cluster. Kebutuhan masyarakat akan informasi yang selalu up to date meningkatkan kebutuhan akan sistem yang memiliki availability tinggi. Hal ini semakin krusial karena masyarakat semakin haus akan informasi. Untuk itu dikembangkan suatu sistem yang disebut failover cluster yang memiliki tingkat availability tinggi. Skripsi ini membahas mengenai implementasi sistem failover virtual computer cluster dan analisa performanya dibandingkan dengan sistem yang tidak dicluster. Failover cluster dirancang untuk sebuah sistem dengan availability tinggi. Sistem ini diimplementasikan menggunakan Windows Server 2008 R2 x64 sebagai OS-nya dan Hyper-V sebagai platform simulasinya. Sistem failover virtual computer cluster ini terdiri atas tiga buah nodes berupa virtual machine dengan sebuah storage yang terhubung dengan ketiga nodes menggunakan iSCSI. Analisa performa dilakukan terhadap lima parameter benchmark berbeda yaitu processor arithmetic, .NET arithmetic, memory bandwidth, memory latency dan cache dan memori. Hasil benchmark performa system failover virtual computer cluster untuk kelima parameter ini tidak lebih baik dibandingkan dengan sistem yang tidak di-cluster, dimana terjadi penurunan rata-rata keseluruhan sebesar 41% untuk skenario pertama dan 54 % untuk skenario kedua. Namun dari segi availibility sistem failover virtual computer cluster ini lebih unggul dibandingkan sistem yang tidak di-cluster.

---

Now a day there is a technology that much discuss for its ability to combine some resource that work together so that it looks like a single system, this technology is called cluster. The public need of information that up to date increase the public need of system that is high availability. This even more crucial because public is getting thirsty of information.

This thesis discusses about the implementation of the failover virtual computer cluster system and analysis of its performance compared to system that is not part of a cluster. Failover cluster was designed for a high availability system. This failover virtual computer cluster system is implemented using Windows Server 2008 R2 x 64 as its operating system and Hyper-V as its virtualization platform. This failover virtual computer cluster system consists of three nodes that form by virtual machines with a storage that is connected to each nodes using iSCSI. Performance analysis carried out on five different parameters of benchmark they are, processor arithmetic, .NET arithmetic, memory bandwidth, memory latency, and cache and memory.

Failover virtual computer cluster system performance benchmark results for the fifth parameter is not better than the system that is not part of a cluster. The results show that there are decreases of performance about 41% for the first scenario and 54% for the second scenario. But in terms of system availability failover virtual computer cluster system is better than the system that is not part of a cluster."

"Molecular dynamic simulation is one field of science that uses computer as a resource for computational methods to calculate the number of forces acting within a molecular system and analyzing its movement. This simulation is useful for the discovery of drug compounds from an illness. This study uses Gromacs as molecular dynamics application which is running on cluster computing environment. A significant speed up is obtained during the experiments. "

"Kanker adalah suatu penyakit dimana sel tubuh bersifat abnormal dan tumbuh secara tidak terkontrol yang bisa meluas dan menyebar ke setiap bagian di tubuh manusia. Ditemukan ekspresi berlebih procaspase-3 pada beberapa kanker yang harus diaktivasi menjadi Caspase-3 agar dapat menginduksi apotosis pada sel. Pada penelitian ini, dilakukan penapisan virtual senyawa dari basis data tanaman herbal Indonesia sebagai aktivator Procaspase-3 menggunakan peranti lunak Autodock dan Autodock Vina. Penelitian ini divalidasi menggunakan parameter Enrichment Factor EF, Receiver Operating Characteristics ROC gunakan Autodock diperoleh sepuluh senyawa terbaik dengan energi ikatan-8,28 -9,31 kkal/mol dan menggunakan Autodock Vina diperoleh sepuluh senyawa terbaik dengan energi ikatan -8,1 -8,8 kkal/mol. Didapatkan dua senyawa yang beririsan pada kedua peranti lunak, yaitu Betulinic acid dan Maslinic acid. Betulinic acid berinteraksi dengan residu dengan Leu136A, Lys137A, Tyr195A, dan Pro201 pada Autodock dan Autodock Vina. Sedangkan Maslinic acid berinteraksi pada residu Leu136A, Lys137A, dan Pro201 pada Autodock dan Autodock Vina.

---

Cancer is a disease where body cell being abnormal and grow uncontrolled which can spread to every part of human body. Previous research found excessive expression of Procaspase 3 on cancer that must be activated to Caspase 3 in order to induce apoptotic in cells. In this research, virtual screening of Indonesian Herbal Database as Procaspase 3 activator was performed using Autodock and Autodock Vina software. This research was validated using Enrichment Factor EF , Receiver Operating Characteristics ROC, and Area Under Curve AUC parameters. Results of virtual screening using Autodock obtained the best ten compounds with binding energy 8,28 9,31 kcal mol and Autodock Vina obtained the best ten compounds with binding energy 8,1 8,8 kcal mol. Both virtual screening software showed two compounds in common, which is Betulinic Acid, and Maslinic acid. Betulinic acid interacts with residue Leu136A, Lys137A, Tyr195A, and Pro201 in Autodock and Autodock Vina. While Maslinic acid interacts with residue Leu136A, Lys137A, and Pro201 in Autodock and Autodock Vina."

"Alzheimer merupakan penyakit neurodegeneratif yang dapat disebabkan oleh penumpukan plak tanda penuaan pada otak dan mempengaruhi kerja neuron sehingga neuron menjadi kurang sensitif terhadap respon selular. Penelitian terdahulu menemukan bahwa enzim BACE1 berperan penting dalam proses pembentukan plak tanda penuaan sehingga dapat menjadi target pengobatan penyakit Alzheimer. Pada penelitian ini, dilakukan penapisan virtual senyawa dari basis data tanaman obat Indonesia sebagai inhibitor BACE1 menggunakan Autodock dan Autodock Vina yang divalidasi menggunakan basis data A Directory of Useful Decoys: Enhanced (DUD-E). Validasi dilakukan terhadap kedua peranti lunak menggunakan parameter Enrichment Factor, Receiver Operating Characteristics, dan Area Under Curve. Kesimpulan dari validasi adalah ukuran grid box yang digunakan pada Autodock yaitu grid 30x30x30 dan 11,25x11,25x11,25 pada Vina (setelah penyetaraan unit). Nilai EF 1% dan AUC grid 30 pada Autodock adalah 7,74 dan 0,73, sedangkan pada Vina adalah 4,6 dan 0,77. Berdasarkan hasil penapisan virtual, diperoleh 6 peringkat teratas senyawa menggunakan Autodock (energi ikat kkal/mol -7,84 ~ -8,79) yaitu Azadiradione, Cylindrin, Lanosterol, Sapogenin, Simiarenol, dan Taraxerol. Hasil penapisan virtual pada Autodock Vina memberikan 7 senyawa peringkat teratas (energi ikat kkal/mol -8,8 ~ -9,4) yaitu Bryophyllin A, Diosgenin, Azadiradione, Sojagol, Beta amyrin, Epifriedelinol, dan Jasmolactone C. Hanya Azadiradione yang memberikan hasil penapisan virtual pada kedua peranti lunak dan berinteraksi dengan daerah aktif BACE1 pada residu Trp 76 dari Autodock dan Thr 232 dari Autodock Vina.

---

Lzheimer's is a neurodegenerative disease that can be caused by buildup of plaque signs of aging in the brain and affect the work of neurons so neurons become less sensitive to cellular responses. Research previously found that the BACE1 enzyme plays an important role in the process Plaque formation is a sign of aging so that it can become a treatment target Alzheimer's disease. In this study, virtual screening of compounds from database of Indonesian medicinal plants as using BACE1 inhibitors Autodock and Autodock Vina are validated using A database Directory of Useful Decoys: Enhanced (DUD-E). Validation is carried out against both software uses Enrichment Factor, Receiver Operating Characteristics, and Area Under Curve.

Conclusion of validation is the size of the grid box used in Autodock, which is a 30x30x30 and grid 11,25x11,25x,25,25 for Vina (after equalization unit). EF value of 1% and AUC grid 30 in Autodock is 7.74 and 0.73, while in Vina it is 4.6 and 0.77. Based on the results of virtual screening, obtained the top 6 compounds using Autodock (kcal / mol binding energy -7.84 ~ -8.79) namely Azadiradione, Cylindrin, Lanosterol, Sapogenin, Simiarenol, and Taraxerol. Screening results virtual on Autodock Vina provides 7 top-ranked compounds (binding energy kcal / mol -8.8 ~ -9.4) namely Bryophyllin A, Diosgenin, Azadiradione, Sojagol, Beta amyrin, Epifriedelinol, and Jasmolactone C. Only Azadiradione provide virtual screening results on both software and interact with BACE1 active area on Trp 76 residue from Autodock and Thr 232 from Autodock Vina."

"Beberapa penelitian menunjukkan bahwa antagonis Adenosin A2A mengurangi fluktuasi motorik, diskinesia, melindungi dari kelainan neurodegeneratif pada penyakit Parkinson di dalam otak manusia yang bersifat progresif kronis dengan hilangnya neuron dopaminergik. Tujuan dari penelitian ini adalah menemukan senyawa herbal Indonesia sebagai inhibitor Adenosin A2A dengan menggunakan metode penapisan virtual.Pada penelitian ini, dilakukan penapisan virtual senyawa dari basis data tanaman herbal Indonesia sebagai antagonis Adenosin A2A menggunakan AutoDock dan AutoDock Vina yang divalidasi menggunakan basis data Directory of Useful Decoys: Enhanced DUD-E. Metode ini divalidasi dengan menggunakan parameter Enrichment Factor EF dan Area Under Curve AUC dengan kurva Receiver Operating Characteristics ROC.Berdasarkan hasil validasi, grid box yang digunakan untuk penapisan menggunakan AutoDock adalah grid box 60 x 60 x 60 dengan nilai EF1 sebesar 16,5869 dan AUC 0,8406. Terdapat dua senyawa Chitranone dan 3-O-Methylcalopocarpin dengan energi ikatan ndash;10,19 dan -9,55 kkal/mol, masing-masing menunjukkan interaksi dengan situs aktif Adenosin A2A pada residu ALA63, ILE66, ALA81, LEU85, PHE168, GLU169, MET177, TRP246, LEU249, ASN253, dan ILE274. Penelitian ini menyimpulkan bahwa Chitranone dan 3-O-Methylcalopocarpin dapat diusulkan untuk dikembangkan sebagai antagonis Adenosin A2A.

---

Previous research found that Adenosine A2A antagonist allows to reduce motor fluctuations, dyskinesia, protect from neurodegenerative disorder in Parkinsons disease in the human brain which is chronic progressive of losing dopaminergic neurons. The aim of this study is to explore Indonesian herbal compounds as Adenosine A2A inhibitor using virtual screening method.

In this study, virtual screening of Indonesian herbal database as Adenosine A2A inhibitor was done by AutoDock and AutoDock Vina and was validated by database from A Directory of Useful Decoys Enhanced DUD E. The method was validated by Enrichment Factor EF and Area Under Curve AUC of Receiver Operating Characteristics ROC curve. Based on the validation results, grid box that was used in virtual screening using AutoDock is 60 x 60 x 60 with EF1 16.5869 and AUC 0.8406.

The two compounds Chitranone and 3 O Methylcalopocarpin with binding energy 10.19 and 9.55 kcal mol, respectively showing interaction with Adenosine A2A active site at residues ALA63, ILE66, ALA81, LEU85, PHE168, GLU169, MET177, TRP246, LEU249, ASN253, and ILE274. This study conclude that Chitranone and 3.O Methylcalopocarpin could be proposed to be developed as Adenosine A2A antagonist."

"HIV-1 adalah virus yang menginfeksi serta menghancurkan atau mengganggu fungsi sel-sel sistem kekebalan tubuh manusia. HIV-1 memiliki enzim yang penting dan dibutuhkan dalam perakitan dan pematangan virion yaitu protease HIV-1. Protease HIV-1 telah diketahui selama beberapa dekade sebagai target yang potensial sebagai struktur dasar desain obat. Teknologi komputasi dapat digunakan dalam mengembangkan obat baru yang menggunakan metode penapisan virtual. Pada penelitian ini, proses validasi untuk penapisan virtual protease HIV-1 dilakukan dengan program Autodock dan Vina yang terdapat pada program PyRx menggunakan basis data dari A Directory of Useful Decoys (DUD). Parameter penapisan virtual yang divariasikan untuk validasi adalah ukuran Grid Box dan Maximum Number of Evaluation. Parameter validasi yang digunakan untuk menentukan penapisan virtual yang optimum yaitu EF 1%, 10%, dan 20% dan AUC ROC. Penapisan virtual menggunakan program AutoDock yang optimum adalah pada parameter Grid Box 50 x 50 x 50 dan Maximum Number of Energy Evaluations 1.000.000. Penapisan virtual meggunakan program Vina yang optimum adalah parameter Grid Box 22,5 x 22,5 x 22,5 untuk protease HIV-1 menggunakan air.

---

HIV-1 is a virus that infects and destroys or interferes the function of cell of human immune system. HIV-1 has essential enzymes and needed for virion assembly and maturation such as HIV-1 protease. HIV-1 protease has been known for decades as a potential target of drug design as the basic structure. Computation technology that could be used for developing a new drug is virtual screening method. In this research, the validation process on the virtual screening of HIV-1 protease was done with AutoDock and Vina program contained in the PyRx program using database from A Directory of Useful decoys (DUD). Varied virtual screening parameters used for validation were Grid Box's size and Maximum Number of Evaluation. Validation parameters that were used to determine virtual screening optimum parameters are EF 1%, 10%, and 20% and AUC ROC. The optimum virtual screening parameter using AutoDock program was Grid Box 50 x 50 x 50 and the Maximum Number of Energy Evaluations 1,000,000 on HIV-1 protease using water. The optimum virtual screening parameter using Vina program was Grid Box 22.5 x 22.5 x 22.5 in HIV-1 protease using water."

"HIV-1 adalah virus penyebab utama AIDS. Salah satu enzim yang vital untuk HIV-1 adalah Reverse Transcriptase (RT). HIV-1 RT berperan mengubah single- stranded RNA genom virus menjadi prekursor DNA provirus beruntai ganda. RT adalah enzim yang pertama dijadikan target terapi obat dan hingga kini digunakan dalam pengobatan pasien terinfeksi HIV. Masalah terbesar terapi obat HIV adalah virus bermutasi sangat cepat, menyebabkan resistensi. Untuk alasan ini, ada kebutuhan konstan untuk obat baru. Kemajuan teknologi komputasi pada saat ini dapat dijadikan alternatif untuk pencarian obat baru salah satunya melalui metode penapisan virtual. Pada penelitian ini, dilakukan validasi parameter optimum untuk penapisan virtual pada HIV-1 RT menggunakan basis data A Directory of Useful Decoys (DUD) serta program penambatan Autodock 4.2 dan Vina yang terdapat pada piranti lunak PyRx v0.8. Parameternya meliputi pemilihan grid box dan maximum number of energy evaluation. Metode validasi yang digunakan untuk menentukan parameter optimum adalah Enrichment Factor (EF) 1%, 10%, dan 20% serta menghitung Area Under Curve (AUC) Receiver Operating Characteristic (ROC). Penapisan virtual dengan Autodock 4.2 memiliki parameter optimum pada grid box 70 x 70 x 70 dan maximum number of energy evaluation 1.000.000, sedangkan penapisan virtual dengan Vina pada grid box 18,75 x 18,75 x 18,75 Å.

---

HIV-1 virus is the main cause of AIDS. One of the HIV-1 vital enzymes is Reverse Transcriptase (RT). HIV-1 RT is responsible for converting single- stranded viral RNA genome into double-stranded proviral DNA precursors. RT is the first enzyme as drug therapy target and still be use until now for treatment of HIV infected patients. The main problem in HIV drug therapy is the rapid virus mutation that causing resistance. For this reason, there was a constant need for new drugs. Advances in computation technology could be used as an alternative method for new drugs discovery. In this research, optimum parameter validation for virtual screening in HIV-1 RT using database A Directory of Useful decoys (DUD) and tethering program AutoDock 4.2 and Vina program in PyRx v0.8 software. Variate Parameters were include the selection of the grid box and the maximum number of energy evaluations. Validation method to determine optimum parameters was done using the Enrichment Factor (EF) 1%, 10%, and 20% and calculation Area Under Curve (AUC) of Receiver Operating Characteristic (ROC) curve. Virtual screening using AutoDock 4.2 optimum parameters were the grid box 70 x 70 x 70 and the maximum number of energy evaluations 1,000,000, while AutoDock Vina optimum parameters were on the grid box 18,75 x 18,75 x 18,75 Å."

"HIV-1 adalah subtipe virus penyebab penyakit AIDS, penyakit yang dinilai paling berbahaya karena tingkat mortalitas, morbiditas, dan laju infektivitas yang tinggi. Kemunculan strain HIV mutan menyebabkan pengobatan yang sejauh ini mentarget enzim protease dan reverse transcriptase menjadi kurang efektif. Pada penelitian ini dilakukan penapisan virtual senyawa dari basis data tanaman obat Indonesia sebagai inhibitor HIV-1 integrase menggunakan AutoDock dan AutoDock Vina yang divalidasi menggunakan basis data A Directory of Useful Decoys (DUD). Optimasi dilakukan dengan pemilihan ukuran grid, jumlah kalkulasi dan penambahan molekul air serta atom magnesium sebagai kofaktor. Dari penelitian ini, disimpulkan bahwa ukuran grid box terbaik adalah 57 x 57 x 57 menggunakan AutoDock Vina dengan nilai EF dan AUC masing-masing 3,93 dan 0,693. Terdapat 3 molekul air yang memiliki makna dalam penambatan molekuler di sekitar kantung ikatan. Berdasarkan hasil penapisan diperoleh 10 peringkat senyawa terbaik menggunakan AutoDock Vina yaitu, Kasuarinin, Mirisetin 3-O-(2'',6''-di-O-α-ramnosil)-β-glukosida, 5,7,2',4'-Tetrahidroksi-6,3'-diprenilisoflavon 5-O-(4''-ramnosilramnosida), Mirisetin 3-robinobiosida, Sianidin 3-[6-(6-ferulilglukosil)-2-xilosilgalaktosida], Mesuein, Sianidin 7-(3-glukosil-6-malonilglukosida)-4'-glukosida, Kaemferol 3-[glukosil-(1->3)-ramnosil-(1->6)-galaktosida], 3-O-Galoilepikatekin-(4-β->8)-epikatekin-3-O-galat, dan Kuersetin 4'-glukoronida.

---

HIV-1 is virus that causes AIDS, a disease that is considered the most dangerous because of the high mortality, morbidity, and infectivity. The emergence of mutant HIV strains have led that treatment to target protease, reverse transcriptase and integrase enzyme becomes less effective. In this study, virtual screening Indonesian herbal database as inhibitors of HIV-1 integrase is done using AutoDock and AutoDock Vina and validated using a database of the Directory of Useful Decoys (DUD). Optimization is done by selecting the grid size, the number of calculations and the addition of two water molecules and an magnesium atom as cofactor. From this study, it is concluded that the best size of the grid box is 57 x 57 x 57 using AutoDock Vina with EF and AUC values, 3.93 and 0.693, respectively. There are three important water molecules that have meaning in molecular docking around binding pocket. Based on this study, top ten ranked compounds were obtained using AutoDock Vina. The compounds are Casuarinin, Myricetin-3-O-(2'',6''-di-O-α-rhamnosyl)-β-glucoside, 5,7,2',4'-Tetrahydroxy-6,3'-diprenylisoflavone 5-O-(4''-rhamnosylrhamnoside), Myricetin 3-robinobioside, Cyanidin 3-[6-(6-ferulylglucosyl)-2-xylosylgalactoside], Mesuein, Cyanidin 7-(3-glucosyl-6-malonylglucoside)-4'-glucoside, Kaempferol 3-[glucosyl-(1->3)-rhamnosyl-(1->6)-galactoside], 3-O-Galloylepicatechin-(4-βà8)-epicatechin-3-O-gallate, and Quercetin 4'-glucuronide."