Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Peran protein retinoblastoma (pRb) dalam pencegahan pembentukan tumor diinhibisi oleh interaksinya dengan protein E7 HPV pada kanker serviks. Oleh sebab itu, perlu dilakukan strategi pengembangan uji in vitro untuk analisis interaksi pRb dan E7, terutama dalam pengembangan vaksin HPV berbasis antigen E7. Protein pRb dapat diperoleh dalam bentuk protein rekombinan yang diproduksi pada bakteri Escherichia coli. Penelitian bertujuan untuk memperoleh klona gen RB1 dalam vektor pQE_80L. Sintesis gen RB1 (2787 pb) dilakukan dengan metode PCR overlap extension. Fragmen gen RB1 dan vektor didigesti dengan enzim restriksi BamHI dan SalI kemudian diligasikan dengan enzim T4 ligase. Hasil ligasi ditransformasi ke dalam Escherichia coli TOP10 secara kejut panas. Hasil transformasi diseleksi menggunakan PCR koloni untuk mengidentifikasi keberadaan DNA sisipan. Sebanyak 1 dari 27 koloni yang diseleksi mengandung plasmid rekombinan. Plasmid rekombinan kemudian diisolasi dan diverifikasi dengan digesti dan sekuensing. Hasil analisis digesti dan sekuensing menunjukkan gen RB1 berhasil disisipkan ke vektor pQE_80L. Namun terdapat beberapa mutasi, yaitu substitusi (c.117G>A dan c.2316T>C) serta mutasi delesi (c.719_724delAAACAG).

---

The role of human retinoblastoma protein (pRb) as tumor suppressor is inhibited by its interaction with HPV E7 protein in cervical cancer. Therefore, it is interesting to develop strategy for development of in vitro assay to analyze pRb and E7 interaction, especially in the development of therapeutic HPV vaccine that is based on E7 antigen. The pRb protein can be provided in the form of recombinant protein that is poduced in Escherichia coli. The study objective was to obtain RB1 gene clone in pQE_80L vector. The synthesis of RB1 gene (2787 pb) was performed by using overlap extension PCR. The RB1 gene fragment and vector was digested by BamHI and SalI restriction enzyme then ligated by T4 ligase enzyme. The ligation product was transformed into Escherichia coli TOP10 with heat shock. The transformation result was screened using colony PCR to identify the presence of insert DNA. There was 1 out of 27 selected colonies that carried the recombinant plasmid. The recombinant plasmid then isolated and verified with digestion and sequencing. The results of digestion and sequencing analysis showed that RB1 gene was successfully inserted into pQE_80L vector. However, there were mutations which were substitution (c.117G>A and c.2316T>C) and deletion (c.719_724delAAACAG)."

"Keamanan dari vaksin terapetik untuk kanker serviks yang didasarkan pada antigen HPV E6 perlu dipastikan dengan uji interaksi antara vaksin dan protein p53. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mendapatkan plasmid rekombinan untuk ekspresi protein rekombinan p53 yang akan digunakan dalam uji interaksi. Enzim RevertAid dan primer random hexamer digunakan untuk mendapatkan cDNA dari sel HeLa yang akan digunakan sebagai cetakan PCR dengan menggunakan enzim Platinum Taq DNA Polymerase High Fidelity dan primer p53 spesifik. Produk PCR yang dihasilkan sebesar 1204 bp yang mengandung gen p53 dengan adanya penambahan situs restriksi endonuklease SalI dan PstI. Setelah pemotongan dengan enzim SalI dan PstI, produk PCR diligasi dengan plasmid pQE-80L yang juga sudah dipotong dengan enzim yang sama. Campuran ligasi digunakan untuk transformasi ke dalam Escherichia coli TOP10. Keberadaan fragmen DNA p53 yang berhasil dimasukkan ke dalam plasmid rekombinan yang sudah berada di dalam transforman diverifikasi menggunakan PCR, pemotongan DNA rekombinan, dan sekuensing. Hasil penelitian menunjukkan bahwa gen p53 manusia berhasil diklon ke pQE-80L dengan adanya mutasi pada urutan basa nukleotida ke-386.

---

In order to confirm the safety of a therapeutic vaccine for cervical cancer that is based on HPV E6 antigen, an interaction assay between the vaccine and the p53 protein is required. The aim of this study is to obtain a recombinant plasmid for expression of p53 recombinant protein that will be used in the interaction assay. The RevertAid enzyme and random hexamer primer was employed to obtain cDNA from HeLa cell that will be used as template in PCR using the Platinum Taq DNA Polymerase High Fidelity enzyme and p53 specific primer set, to generate a 1204 bp PCR product containing the p53 gene, with flanking SalI and PstI endonuclease restriction sites. Following restriction with SalI and PstI enzyme, the PCR product was ligated with the plasmid pQE 80L that has been linearized by restriction with the same enzymes. The ligation mixture was used for transformation of Escherichia coli TOP10. The presence of the inserted p53 DNA fragment in the recombinant plasmid harboured by the transformants was verified using PCR, digestion of recombinant plasmids, and sequencing. The results showed that the human p53 gene was successfully cloned into pQE 80L with a mutation at position 386 of the p53 nucleotide base sequence."

"Tujuan Karena belum ada data mengenai gambaran Tomografi Komputer (TK) pada pasien retinoblastoma (RB) di Indonesia maka tujuan penelitian ini untuk menentukan distribusi pasien dan menggambarkan temuan TK pada pasien RB di Rumah Sakit Cipto Mangunkusumo. Metode Melakukan pemeriksaan TK dari April 2004 sampai Agustus 2007 pada 64 pasien RB baru dengan tanda klinis leukocoria pada 19 pasien, leukocoria disertai dengan penonjolan bola mata pada 41 pasien, buftalmus pada 2 pasien dan mata merah pada 2 pasien. Pemeriksaan menggunakan single slice CT dan multislice CT potongan aksial dan potongan koronal.Hasil TK dikelompokan menjadi 3 golongan: golongan I: tumor terbatas di bulbus okuli, golongan II: tumor meluas mengenai jaringan lunak orbita atau nervus optikus, dan golongan III: tumor meluas melewati orbita mencapai ruang intrakranial. Setiap golongan dievaluasi tentang adanya kalsifi kasi, penyangatan kontras dan lateralisasi. Hasil Dari 64 pasien retinoblastoma yang dievaluasi (30 anak perempuan dan 34 anak laki-laki) dengan rentang usia 3 bulan-9 tahun terdapat tumor bilateral pada 20 pasien, dan unilateral pada 44 pasien. Leukocoria ditemukan pada 19 pasien (6 pasien golongan I, dan 13 pasien golongan II). Proptosis ditemukan pada 41 pasien (27 pasien golongan II, dan 14 pasien golongan III). Pasien dengan bufthalmus dan mata merah ternyata dari hasil TK masuk golongan II. Kalsifi kasi dan penyangatan terlihat pada semua golongan I (6 pasien). Pada golongan II (44 pasien) ditemukan kalsifi kasi pada 41 pasien dan tidak terlihat penyangatan pada 6 pasien. Pada golongan III (14 pasien) tidak terlihat kalsifi kasi pada 2 pasien, sedangkan semua pasien lainnya memperlihatkan penyangatan.Kesimpulan Pada studi ini kalsifi kasi terdapat pada 92% kasus. Kalsifi kasi bukan merupakan suatu petanda prognosis yang baik karena kalsifi kasi dapat terlihat pada hampir semua kasus ekstraokular dan intrakranial. Penyangatan kontras tidak berhubungan dengan perluasan tumor ke ekstraokular. Penemuan klinis leukocoria dan belum terdapat proptosis tidak menyingkirkan adanya perluasan ke ekstraokular. Kemungkinan invasi intrakranial harus difi kirkan pada pasien proptosis. Umumnya kasus RB di RSCM didiagnosis pada stadium lanjut sehingga tujuan terapi lebih untuk mempertahankan kehidupan tanpa melihat fungsi penglihatan.

---

Aim As data of CT fi ndings for retinoblatoma in Indonesia is not yet available, this study aimed to determine patient distribution and to describe CT fi ndings of RB patients at Cipto Mangunkusumo Hospital. Methods From April 2004 to August 2007, CT scans were performed on 64 new patients of RB with clinical fi ndings: leukocoria (19 patients), leukocoria with proptosis (41 patients), buphthalmus (2 patients) and red eyes (2 patients). The CT scan was performed using single slice CT scan and multislice CT scan with axial and coronal section. The cases were categorized into 3 groups: grade I: tumor confi ned to the globe, grade II: tumor extended to orbital soft tissue or involved the optic nerve, and grade III: tumor extended beyond the orbit or intracranial space. The CT features were evaluated in each group for the presence of calcifi cation, contrast enhancement and lateralization.

Results Sixty four patients (30 females and 34 males) were evaluated. Age range: 3 months up to 9 years old; bilateral 20 patients, unilateral 44 patients. Six patients of 19 patients with clinical fi nding leukocoria were included in group I, and the remaining were included in group II. Twenty seven patients of 41 patients with proptotic eyes were included in group II, and the remaining were included in group III. Patients with clinical fi nding buphthalmus and red eyes were included in group II. All of the group I tumors (6 patients) showed calcifi cation and enhancement. In group II (44 patients), calcifi cation was detected in 41 patients, and there was no evidence of contrast enhancement in 6 patients. Group III (14 patients): no calcifi cation in 2 patients, all of the tumors showed enhancement.

Conclusion Our study showed calcifi cation in 92% of RB. Calcifi cation was not a favorable prognostic sign, because calcifi cation was detected in almost all of the extraocular and intracranial tumors. Tumor enhancement was not correlated with extra ocular tumor extension. The fi nding of leukocoria without proptosis could not exclude the presence of extraocular tumor extension. Suspicious intracranial invasion should be considered in proptotic RB patient. Most retinoblastoma cases in Indonesia are diagnosed at advanced stage, so that the objective of the therapy is life saving rather than visual salvation Key words: leukocoria, enhancement, calcifi cation."

"Bakteri Weissella confusa MBF 8-1 yang diisolasi dari produk ampas kacang kedelai terfermentasi telah diteliti memiliki aktivitas Bacteriocin Like Inhibitory Substance (BLIS) terhadap bakteri Leuconostoc mesenteroides. W. confusa MBF8-1 menyandikan tiga jenis bakteriosin yaitu bakteriosin 1 (Bac1), 2 (Bac2), dan 3 (Bac3). Di masa depan, diharapkan bakteriosin tersebut dapat digunakan sebagai peptida antimikroba baru maupun sebagai komplemen antibiotik. Penelitian ini bertujuan untuk menghasilkan vektor rekombinan pembawa gen bakteriosin 1 (bac1) yang dapat diintroduksi ke inang yang sesuai. Vektor rekombinan dikloning dengan metode rekombinatorial Gateway®. Amplifikasi bac1 dengan teknik PCR menggunakan primer yang didesain spesifik dari sekuens bac1 dengan tag attB. Produk PCR disisipkan ke plasmid pDONRTM221 lewat reaksi BP. Plasmid rekombinan selanjutnya ditransformasikan ke sel inang Escherichia coli DH5α. Keberadaan bac1 pada plasmid rekombinan diverifikasi dengan sekuensing. Transformasi yang dilakukan berhasil mengkloning bac1 ke vektor rekombinan, sehingga diperoleh plasmid pENT_Wcbac1 yang dapat digunakan untuk proses selanjutnya dalam ekspresi Bac1.

---

Weissella confusa MBF 8-1 was isolated from waste of fermented soya and showed Bacteriocin Like Inhibitory Substance (BLIS) activity against bacteria Leuconostoc mesenteroides. There are three types of bacteriocin produced by W. confusa MBF8-1: bacteriocin 1 (Bac1), 2 (Bac2), and 3 (Bac3). In the future, bacteriocin is potent either to be a new antimicrobial peptide or as antibiotics complement. This experiment was conducted to clone recombinant vector containing bacteriocin 1 gene (bac1) that later can be introduced to suitable expression system. Recombinant vector was cloned by Gateway® recombinatorial technique. First, bac1 was amplified by PCR, using specifically designed primers from bac1 sequence added with attB tag. The PCR product then inserted into pDONRTM221 by BP recombination reaction. Finally, the resulting recombinant plasmid was transformed to Escherichia coli DH5α. The bac1 was verified by sequencing. The transformation successfully cloned bac1 into recombinant vector, named pENT_Wcbac1, which later can be used in the next step of Bac1 expression."

"Background: VP6 protein is an intermediate layer on rotavirus outer capsid shell which is the major structural protein and play an important role in replication cycle. VP6 protein is a conserved region that can induce immune response as target protein of T cell with cross-reactive epitopes within another genotypes.Objectives: This research conducted to determine the molecular characterization of rotavirus VP6 recombinant protein of Indonesia strain, and to determine the clone and expression of VP6 protein in Escherichia coli BL21 for development of rotavirus vaccine.Methods: Rotavirus RNA was extracted from clinical sample of R55 and R10 strains that having correlation with genotipes I and II rotavirus. RNA samples were amplified with RT-PCR reaction and produced 1194 bp amplicon, and sequencing reaction were conducted to confirm and analyze the molecular characterization of VP6 protein in bioinformatics. VP6 gene as insert and pQE-80L plasmids as vector were double restricted and then ligated by ligation enzyme. Product of ligation were transformed to E.coli Top 10 competent cells and the clones were selected to get the recombinant plasmids which bearing VP6 gene. The recombinant plasmid than subcloned to E.coli BL21 competent cells and induced by IPTG and its pellets were loaded directly onto SDS-PAGE, approximately 45 kDa protein was observed on the SDS-PAGE. The protein was analyzed using Western-blotting.Results: Level of amino acids homology from R55 and R10 rotavirus strain compared with vaccine strains and vaccine candidate strains showed high level of homology, with the conserved regions of T-cell epitopes. R55 strain having close relativity with genotype I while R10 strain having close relativitywith genotype II. there are the same level of hydrophobicity between R55 and R10 which indicated as surface proteins or as a hydrophilic protein. The differences of secondary structure between R55 and R10 in amino acids position of 149-152 and 341-349. The VP6 cloned obtained from E.coli Top 10 with pQE-80L plasmid. The profile of expressed VP6 recombinant protein from R55 and R10 strains in SDS-PAGEshowed the different intensity of protein between induced condition with IPTG and non-induced condition, indicated that VP6 protein might be successfully expressed.The Western-Blot assay showed the same result between the cell that induced and non-induced, but it still need another confirmation.Conclusion: The resultof molecular characterization from VP6 recombinant protein and the cloned of VP6 gene that obtained from R55 and R10 rotavirus strains of Indonesia could beapplied as a preliminary study to develop rotavirus candidate vaccine based on subunit vaccine.

---

Latar belakang: Protein VP6 rotavirus adalah protrein struktural utama yang berperan penting selama replikasi, danmerupakan bagian yang paling lestaridan memiliki potensi dalam menstimulasi respon imun, yaitu sebagai protein target yang dapat menstimulasi sel T, dan memiliki epitop yang cross-reactive di antara genotipe rotavirus lainnya, sehingga memiliki potensi untuk dikembangkan sebagai vaksin.Tujuan: Untuk mengetahui karakterisasi molekular protein VP6 rotavirus strain Indonesia, serta pengklonaan gen dan ekspresi protein VP6 pada Escherichia coli BL21 untuk pengembangan vaksin rotavirus.Metode: RNA rotavirus R55 dan R10 diperoleh dari ekstraksi sampel klinis. RNA tersebut kemudian diamplifikasi dengan reaksi RT-PCR dan menghasilkan amplikon 1194 bp yang selanjutnya disekuensing untuk konfirmasi dan mengetahui karakterisasi molekular protein VP6 secara bioinformatika. Gen VP6 sebagai sisipan dan plasmid pQE-80L sebagai vektor direstriksi ganda dengan enzim restriksi dan diligasi menggunakan enzim ligasi. Produk ligasi ditransformasikan pada sel kompeten E.coli Top 10 dan diseleksi klon pembawa plasmid rekombinan. Plasmid rekombinan yang mengandung gen VP6 ditransformasikan ke sel kompeten E.coli BL21. Ekspresi protein dilakukan dengan induksi IPTG. Hasil ekspresi dianalisis dengan SDS-PAGE dan dikonfirmasi dengan Uji Western Blot.Hasil: Sekuen asam amino gen VP6 rotavirus strain Indonesia R55 dan R10 memiliki tingkat homologi yang tinggi dengan epitopyang lestari bila dibandingkan dengan strain vaksin dan kandidat vaksin rotavirus; strain R55 lebih dekat kekerabatannya dengan rotavirus genotipe I, strain R10 lebih dekat kekerabatannya dengan rotavirus genotipe II. Sekuen VP6 rotavirus strain R55 dan R10 menunjukkan tingkat hidrofobisitas yang sama, hal ini mengindikasikan sejenis protein permukaan atau protein yang bersifat hidrofilik. Hasil analisa struktur sekunder pada strain R55 dan R10 menunjukkan adanya perbedaan pada posisi asam amino 149-152 dan 341-349. Telah didapatkan klon pQE-80L yang mengandung gen VP6 dari strain R55 dan R10. Ekspresi protein VP6 pada SDS-PAGE menunjukkan adanya perbedaan intensitas pita protein antara sel E. coli yang diinduksi IPTG dengan yang tidak diinduksi, mengindikasikan protein VP6 diduga berhasil diekspresikan. Konfirmasi ekspresi protein menggunakan Western-Blot menunjukkan hasil yang sama antara sel yang diinduksi dengan yang tidak diinduksi, namun hasil ini perlu dikonfirmasi lebih lanjut.Kesimpulan: Hasil karakterisasi molekular protein VP6 rekombinan dan pengklonaan gen VP6 dari rotavirus strain Indonesia R55 dan R10 dapat dikembangkan sebagai studi awal pada pengembangan vaksin subunit berbasis protein VP6 rekombinan. Namun untuk tahap ekspresi protein rekombinan VP6 perlu optimasi lebih lanjut."

"Potensi keanekaragaman Indonesia memberikan peluang untuk mendapatkan mikroorganisme penghasil endo-β-1,4-glukanase yang mampu menghidrolisis selulosa. Bacillus amyloliquefaciens BPPTCC-RK2 telah berhasil diisolasi dari rayap. Gen endo-β-1,4-glukanase dikloning dari DNA genom B.amyloliquefaciens BPPTCC-RK2 menggunakan metode rekombinatorial dan diekspresikan secara fungsional di dalam E.coli. Didapatkan ORF sepanjang 1500 nukleotida yang menyandikan 499 asam amino dengan berat molekul 55 kDa. Gen dikloning kedalam pDEST14 dan dioverekspresi pada E.coli BL21-Star. Aktivitas tertinggi sebesar 26,05 U/mg protein setelah diinduksi dengan 1mM IPTG selama 24 jam. Enzim optimum pada pH 6,0 dan suhu 65℃ dan memiliki waktu paruh 90 menit pada suhu 60℃. Pada konsentrasi etanol 100 g/L, masih memberikan aktivitas hingga 78% setelah 24 jam.

---

Indonesia has potential biodiversity that provides opportunities to obtain endo-β-1,4-glucanase producing microorganism that could hydrolize cellulose. Bacillus amyloliquefaciens BPPTCC-RK2 have been isolated from termites. Endo-β-1,4-glucanase gene have been cloned from genomic DNA B.amyloliquefaciens BPPTCC-RK2 using recombinatorial method and functionally expressed in E.coli. A full length gene of endo-β-1,4-glucanase consisting 1500 nucleotides that encoded for a protein 499 amino acids with predicted molecular weight 55 kDa. Highest enzyme activity (26,05 U/mg) achieved after 24 hour induction with 1mM IPTG. The enzyme optimum at pH 6,0 and temperature 65℃ and 90 minutes half-life at 60℃. This enzyme give 78% residual activity after 24 hour incubation in 100 g/L ethanol."

"Latar Belakang: APOBEC3G, apolipoprotein B mRNA-editing enzyme, catalytic polypeplidelike JG, merupakan protein manusia yang dapat mengganggu replikasi HIV dengan memasukkan dirinya ke dalam partikel virus dan merusak susunan materi genetik virus. Beberapa studi terbaru menunjukkan bahwa APOBEC3G manusia mengatur infektivitas HIV-1 dengan mendeaminasi dC menjadi dU pada rantai minus DNA yang baru dibentuk, menyebabkan hipermutasi G menjadi A dari rantai plus DNA viral.Induksi hlpermutasi oleh APOBEC3G dapat menyebabkan pembentukan stop kodon pada ORF protein virus dan memicu degradasi DNA virus oleh glikosilase DNA urnsil yang selanjutuya dapat menghambat replikasi HIV. Protein ini layak untuk diteliti lebih lanjut dalam rangka pengembangan anti retrovirus yang berbasis pacta mekanisme penghambatan replikasi HIV-1 melalui jalur APOBEC3G. Sebagai langkab awal, diperlukan sistem ekspresi gen APOBEC3G yang akan diperoleh melalui sintesis dan kloning gen APOBEC3G ke dalam vektor ekspresi DNA rekombinan.Metode: Untuk mendapatkan mRNA APOBEC3G yang akan digunakan sebagai pola cetak dalam sintesis eDNA APOBEC3G, dilalkukan ekstraksi RNA dari sel CEM-GFP menggunakan Rneasy Mini Kit. Agar DNA APOBEC3G lengkap dapat diperoleh dengan lebih mudah, sintesis DNA serat ganda APOBEC3G menggunakan reaksi RT-PCR dua tahap, dibagi atas tiga daerah pada gen APOBEC3G dengan susunan nukleotida yang bertumpang tindih (overlapping) pada bagian ujung segmen DNA yang akan berfungsi sebagai penyambung fragmen-fragmen tersebut menjadi DNA APOBEC3G utub.Hasil: Hasil eksperimen menunjukloan ketiga fragmen APOBEC3G yang masing-masing berukuran 452 pb, 458 pb,dan 433 pb berhasil dibentuk lewat reaksi PCR dengan menggunakan enzim Pfx dan diklona ke dalam vektor plasmid.Kesimpulan: DNA APOBEC3G yang dibagi menjadi 3 fragmen telah berhasil didapat dan terklona ke dalam pBluescript KS (-). Pekerjaan lanjutan akan dilakukan untuk verifikasi sekuen fragmen-fragmen terklona dan menyambung ketiga fragrnen tersebut menjadi DNA APOBEC3G yang utub yang kemudian akan diklona ke dalam vektor ekspresi.

---

Background: APOBEC3G, apolipoprotein B rnRNA-cditing enzyme, catalytic polypeptide-like JG,is a human protein that interferes with the replication of HIV by incorporating itself into virus particles and damaging the genetic material of the virus. Several recent studies revealed that human APOBEC3G regulates HIVI infectivity by dearninating dC to dU in the newly synthesized minus strand DNA, resulting in G to A hypermutation of the viral plus strand DNA.Hypermutation induced by APOBEC3G may result in the introduction of stop codons in viral protein open reading frame and degradation of viral DNA by ura<:il-DNA glyoosylase, therefore blocking HlV replication. This protein is therefore suitable for further investigation for the development of ARV (AntiRetroviral) that is based on mechanism of blocking HIV-1 replication inhibition by APOBEC3G through the pathway. In order to obtain the APOBEC3G protein, an expression system of the APOBEC3G gene is required, which will be obtained by synthesis and cloning of the APOBEC3G gene into an expression vector.Method: To obtain the APOBEC3G mRNA that will be used as template for synthesis of APOBEC3G eDNA by RT-PCR using Omniscript enzyme, we performed RNA extraction from CEM-GFP cell line using the Rneasy Mini !Gt. In order to facilitate the synthesis of a complete APOBEC3G DNA, the APOBEC3G DNA double stranded was divided into three regions with overlapping nucleotide sequences at the DNA ends that function in the joining of the fragments into a full length APOBEC3G DNA.Results: The result of the experiments showed that the three fragments of APOBEC3G gene of 452 bp, 458 bp, and 433 bp, were successfully produced by PCR reaction using Pfx enzyme, and cloned into plasmid vector.Conclusions: APOBEC3G DNA that was divided into three fragments has been obtained and cloned illlo Bluescript KS (-) vector. Further study, will be performed to verifY the cloned fragments, and to fuse the fragments into a complete APOBEC3G DNA that will be cloned into an expression vector."

"Tripsin kation memiliki peran penting dalam teknik kultur sel mamalia adherent. Enzim tersebut berperan sebagai enzim hidrolitik yang berfungsi untuk mendispersi sel yang melekat pada cawan petri atau botol tempat kulturnya sehingga mempermudah proses kultur sel mamalia baik pada proses pemanenan sel maupun subkultur. Penelitian bertujuan untuk mengisolasi dan mengklon gen tripsin kation dari pankreas sapi ke dalam E. coli DH5α dengan vektor pGEM-T Easy. Fragmen gen tripsin kation target berukuran 780 pb diamplifikasi dari cDNA yang berasal dari mRNA sel pankreas sapi dengan primer spesifik gen tripsin kation. Gen tripsin kation target diligasi pada plasmid pGEM-T Easy. Vektor rekombinan ditransformasi dengan metode kejutan panas pada sel E. coli DH5α dan diseleksi menggunakan medium ampisilin. Vektor rekombinan di digesti menggunakan enzim SfoI dan XmaI dan menghasilkan pita DNA berukuran 780 pb pada elektroforesis gel agarosa. Hasil penelitian menunjukkan gen tripsin kation telah berhasil diklon ke dalam plasmid pGEM-T Easy.

---

Cationic trypsin has an important role in adherent mammalian cell culture. The enzyme is a hydrolytic enzyme that disperses the cells attached to petri dishes and culture bottle making the harvesting and subculturing procedures easier. This research aims to isolate the RNA and clone the bovine pancreatic cationic trypsin gene into E. coli DH5α. The 780 bp cationic trypsin gene was amplified from cDNA derived from mRNA isolated from bovine pancreas using cationic trypsin gene-specific primers. Cationic trypsin gene was ligated to pGEM-T Easy plasmid. Recombinant vector was transformed by heat shock method into E. coli DH5α cells, which were then selected using amphicillin containing medium. The recombinant vector was digested using enzymes SfoI and XmaI to confirm the presence of the target gene. Agarose gel electrophoresis showed a 780 bp DNA band, confirming that the cationic trypsin gene was successfully cloned into the plasmid pGEM-T Easy."

"Infeksi HIV-1 merupakan salah satu permasalahan kesehatan di Indonesia yang perlu diteliti untuk mendapatkan strategi intervensi yang sesuai dengan galur virus yang bersirkulasi di Indonesia. Untuk pengembangan kultur galur HIV Indonesia, diperlukan antibodi spesifik terhadap protein awal HIV-1 yaitu Tat dan Rev sebagai marka infeksi HIV pada sel yang terinfeksi HIV-1. Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan plasmid pengekspresi bagian immunodominant protein fusi Tat dan Rev pada sistem ekspresi mamalia agar dapat dimanfaatkan untuk menginduksi pembentukan antibodi spesifik pada hewan coba mamalia. Susunan DNA penyandi protein fusi Tat dan Rev didapat dengan melakukan analisis optimasi kodon penyandi susunan asam amino protein fusi menggunakan piranti lunak GenScript, untuk mendapatkan nilai Codon Adaptation Index CAI > 0.80 pada sistem ekspresi mamalia. Susunan nukleotida yang diperoleh kemudian diberikan tambahan susunan nukleotida situs restriksi pada bagian 5 rsquo; dan 3 rsquo; untuk memudahkan pengklonaan ke dalam vektor ekspresi dan dipesan ke penyedia jasa sintesis asam nukleat. Potongan DNA sisipan TatRev, penyandi protein fusi TatdanRev diperoleh dari penyedia jasa sintesis dalam bentuk terklona dalam plasmid pUC19. Agar dapat terekspresi dalam sistem ekspresi mamalia, DNA sisipan dipotong dengan enzim restriksi KpnI dan HindIII dari plasmid pUC19 dan disubklona ke dalam situs restriksi KpnI dan HindIII pada plasmid pTriEx-4. Analisis restriksi enzim Kpn I dan Hind III plasmid rekombinan yang diperoleh dengan elektroforesis jel agarosa menunjukkan adanya dua pita yang bermigrasi sesuai ukuran plasmid pTriEx-4 dan DNA sisipan TatRev, yaitu sebesar 5000 pb dan 600 pb.

---

HIV 1 infection is one of the health problems in Indonesia that is necessary to be studied in order to obtain intervension strategies that is in accordance with the circulating viral strains in Indonesia. In order to develop culture of Indonesian HIV strainss, specific antibodies towards early proteins of HIV, namely Tat and Rev, that are markers of HIV infection in HIV 1 infected cells. This study is aimed at obtaining a plasmid for expression of immunodominant region of Tat and Rev fusion protein in mammalian expression system to be used for stimulation of specific antibody formation in mammals as experimental animal. Nucleotide sequence of DNA encoding the Tat and Rev fusion protein was obtained by codon optimization analysis of the amino acid sequence of the fusion protein using the GenScript software, to obtain a Codon Adaptation Index CAI 0.80 for mammalian expression system. The nucleotide sequence that is obtained was then added with recognition sequences for enzymatic restriction at the 5 rsquo and 3 rsquo end to facilitate cloning into expression vector, and requested to a service provider for nucleic acid synthesis. The TatRev insert DNA, encoding the fusion protein of Tat and Rev was obtained from the nucleic acid synthesis service provider in the formed of cloned DNA in the plasmid pUC19. For expression in mammalian expression system, the insert DNA was restricted using restriction enzymes KpnI and HindIII from the pUC19 plasmid and subcloned into the KpnI and HindIII restriction sites in plasmid pTriEx 4. Agarose gel electrophoresis analysis of KpnI and HindIII enzymatic restriction of the resulting recombinant plasmid showed the presence of two bands that migrated according to the sizes of the plasmid pTriEx 4 and the TatRev insert DNA, namely 5000 bp and 600 bp."

"

Chikungunya merupakan penyakit menular yang bersifat re-emerging atau penyakit lama yang dapat tersebar kembali. Penyakit yang disebabkan virus chikungunya ini memiliki manifestasi klinis non-spesifik sehingga dibutuhkan metode diagnosis yang cepat dan akurat. Protein E2 yang dikode oleh gen E2 pada virus chikungunya berperan penting sebagai pengikatan reseptor sehingga berpotensi untuk digunakan dalam proses diagnosis penyakit chikungunya. Penelitian ini bertujuan menghasilkan protein rekombinan E2 sebagai bahan dasar produksi antibodi monoklonal yang akan digunakan dalam pengembangan perangkat diagnostik penyakit chikungunya. Metode penelitian yang dilakukan mencakup pembentukan plasmid rekombinan pPICZaA-E2, transformasi plasmid rekombinan pada sel inang Escherichia coli, analisis koloni transforman, transformasi plasmid rekombinan pada sel inang ekspresi Pichia pastoris X-33, analisis fenotipe, hingga ekspresi protein rekombinan E2. Hasil penelitian menunjukkan 281 koloni E. coli transforman pPICZaA-E2 dapat tumbuh pada medium yang mengandung antibiotik zeocin. Hasil analisis PCR koloni transforman menunjukkan gen E2 dengan ukuran 1.260 bp berhasil ditransformasikan ke sel inang E. coli menggunakan vektor pICZaA dengan ukuran 3.569 bp. Hasil analisis PCR genom berhasil mengamplifikasi gen AOX1 berukuran 2,2 kb dan 1,8 kb yang menunjukkan plasmid rekombinan berhasil terintegrasi pada genom P. pastoris dan menghasilkan fenotipe Mut⁺. Pita protein berukuran 40 kDa pada hasil SDS-PAGE menunjukkan protein E2 berhasil terekspresi.

---

Chikungunya is known as an infectious, re-emerging disease. Because of the non-specific clinical manifestation, chikungunya needs a rapid and accurate diagnostic method for its detection. Envelope 2 (E2) protein coded by E2 gene in the genome of the virus has an important role as an attachment receptor to a cell that made it potential to be used for diagnosis. This research is aimed to obtain E2 recombinant protein as a basic material for monoclonal antibody production in chikungunya rapid diagnostic test kit development. Chikungunya E2 gene is amplified and ligated with pPICZaA vector to make recombinant DNA clones from E. coli. The clones then isolated and used for protein expression in P. pastoris. The result shows 281 transformants of E. coli colonies can grow on a selection medium that contains zeocin. Analysis of direct colony PCR show E2 gene was transformed and cloned using pPICZaA vector. Analysis of genomic PCR shows 2,2 kb and 1,8 kb bands formed that indicate AOX1 gene was amplified and the integration of recombinant plasmid pPICZaA to P. pastoris genome was successful. Visualization of protein electrophoresis shows protein band was formed at the size of40 kDa that indicate the protein expression was successful.

"