Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Penyakit kardiovaskular adalah salah satu penyebab kematian yang banyak di dunia saat ini. Salah satu penyebab penyakit kardiovaskular adalah trombosis arterial yang bisa disebabkan oleh agregrasi platelet yang menutup arteri. Salah satu faktor penting dalam agregrasi platelet adalah aktivasi platelet oleh ADP dengan reseptor P2Y 12. Penelitian ini dilakukan untuk mencari kandidat inhibitor ADP P2Y 12 yang berasal dari tanaman herbal Indonesia menggunakan AutoDock dan AutoDock Vina. 96 senyawa yang terbukti memiliki aktivitas inhibisi terhadap ADP P2Y12 digunakan sebagai kontrol positif dan digunakan untuk membuat pengecoh pada DUD-E dengan mengunggah kontrol positif ke laman DUD-E. Penapisan yang dilakukan mendapatkan satu senyawa aktif yang berpotensi sebagai inhibitor P2Y 12 yaitu Roxburghine B yang berikatan pada residu asam amino yang penting Lys280 dan Arg256.

---

Cardiovascular desease is one of the leading causes of death in the world. One of the causes of cardiovascular disease is artherial thrombosis that can be caused by platelet agregration that is covered in arteries. One of important factor in platelet agregration is platelet activation by ADP receptors, P2Y 12. This research was conducted to find candidate inhibitor of P2Y 12 from Indonesian herbal plants database using AutoDock and AutoDock Vina. Ninety six compounds known for their inhibitory activity against P2Y 12 were used as actives and as reference for generating decoys on DUD E by upload positive control to DUD E website. The virtual screening yields one potential P2Y 12 inhibitor. Roxburghine B binds to important amino acid residues of Lys280 and Arg256. "

"Beberapa penelitian menunjukkan bahwa antagonis Adenosin A2A mengurangi fluktuasi motorik, diskinesia, melindungi dari kelainan neurodegeneratif pada penyakit Parkinson di dalam otak manusia yang bersifat progresif kronis dengan hilangnya neuron dopaminergik. Tujuan dari penelitian ini adalah menemukan senyawa herbal Indonesia sebagai inhibitor Adenosin A2A dengan menggunakan metode penapisan virtual.Pada penelitian ini, dilakukan penapisan virtual senyawa dari basis data tanaman herbal Indonesia sebagai antagonis Adenosin A2A menggunakan AutoDock dan AutoDock Vina yang divalidasi menggunakan basis data Directory of Useful Decoys: Enhanced DUD-E. Metode ini divalidasi dengan menggunakan parameter Enrichment Factor EF dan Area Under Curve AUC dengan kurva Receiver Operating Characteristics ROC.Berdasarkan hasil validasi, grid box yang digunakan untuk penapisan menggunakan AutoDock adalah grid box 60 x 60 x 60 dengan nilai EF1 sebesar 16,5869 dan AUC 0,8406. Terdapat dua senyawa Chitranone dan 3-O-Methylcalopocarpin dengan energi ikatan ndash;10,19 dan -9,55 kkal/mol, masing-masing menunjukkan interaksi dengan situs aktif Adenosin A2A pada residu ALA63, ILE66, ALA81, LEU85, PHE168, GLU169, MET177, TRP246, LEU249, ASN253, dan ILE274. Penelitian ini menyimpulkan bahwa Chitranone dan 3-O-Methylcalopocarpin dapat diusulkan untuk dikembangkan sebagai antagonis Adenosin A2A.

---

Previous research found that Adenosine A2A antagonist allows to reduce motor fluctuations, dyskinesia, protect from neurodegenerative disorder in Parkinsons disease in the human brain which is chronic progressive of losing dopaminergic neurons. The aim of this study is to explore Indonesian herbal compounds as Adenosine A2A inhibitor using virtual screening method.

In this study, virtual screening of Indonesian herbal database as Adenosine A2A inhibitor was done by AutoDock and AutoDock Vina and was validated by database from A Directory of Useful Decoys Enhanced DUD E. The method was validated by Enrichment Factor EF and Area Under Curve AUC of Receiver Operating Characteristics ROC curve. Based on the validation results, grid box that was used in virtual screening using AutoDock is 60 x 60 x 60 with EF1 16.5869 and AUC 0.8406.

The two compounds Chitranone and 3 O Methylcalopocarpin with binding energy 10.19 and 9.55 kcal mol, respectively showing interaction with Adenosine A2A active site at residues ALA63, ILE66, ALA81, LEU85, PHE168, GLU169, MET177, TRP246, LEU249, ASN253, and ILE274. This study conclude that Chitranone and 3.O Methylcalopocarpin could be proposed to be developed as Adenosine A2A antagonist."

"Poly(ADP-ribose) Polymerase-1 (PARP-1) merupakan enzim yang berperan pada proses perbaikan DNA Single Strand Break (SSB) yang mengkatalisis proses Poly(ADP-ribosyl)ation atau PARylation. Kerusakan DNA yang terdapat pada sel kanker kolorektal memicu enzim PARP-1 untuk memperbaiki kerusakan tersebut dan menjaga kelangsungan hidup sel kanker. Inhibisi PARP-1 dilakukan untuk mencegah perbaikan DNA yang terjadi pada sel kanker kolorektal. Penelitian ini dilakukan secara studi in silico dengan metode penapisan virtual terhadap senyawa bahan alam yang terdapat pada pangkalan data HerbalDB untuk mendapatkan senyawa yang berpotensi sebagai inhibitor PARP-1. Penelitian ini menggunakan makromolekul dengan PDB ID 6NRI dari laman RCSB PDB. Parameter terbaik yang didapatkan dari proses optimasi dan validasi yang digunakan dalam proses penapisan virtual adalah menggunakan program AutoDock Vina dalam PyRx dengan ukuran grid box 18,75 Å x 18,75 Å x 18,75 Å, nilai exhaustiveness 8, dan num modes 9. Proses penapisan virtual menghasilkan 10 senyawa dengan afinitas penambatan terbaik, yaitu Cassiamin C (-13,9 kkal/mol), Epigallocatechin 3,3’,-di-o-gallate (-11,8 kkal/mol), Chitranone (-11,7 kkal/mol), Cassameridine (-11,6 kkal/mol), Palmarumycin CP1 (-11,4 kkal/mol), Yuehchukene (-11,3 kkal/mol), Gallocatechin-(4alpha-8)-epigallocatechin-3-o-gallate (-11,1 kkal/mol), Roxburghine B (-11,1 kkal/mol), Proanthocyanidin A1 (-11 kkal/mol), dan Withanolide (-11 kkal/mol). Berdasarkan afinititas penambatannya, kesepuluh senyawa tersebut memiliki potensi sebagai kandidat inhibitor PARP-1 dan dapat digunakan untuk penelitian lebih lanjut.

---

Poly(ADP-ribose) Polymerase-1 (PARP-1) is an enzyme that plays a role in the DNA Single Strand Break (SSB) repair process that catalyzes the process of Poly(ADP-ribosyl)ation or PARylation. DNA damage in colorectal cancer cells triggers the PARP-1 enzyme to repair the damage and keep cancer cells alive and replicate. PARP-1 inhibition was performed to prevent DNA repair that occurs in colorectal cancer cells. This research is an in silico study with a virtual screening method for natural compounds contained in the HerbalDB database to obtain compounds that have potential as PARP-1 inhibitors. This study uses a macromolecule with PDB ID 6NRI from the RCSB PDB page. The best parameter obtained from the optimization and validation process used in the virtual filtering process is using the AutoDock Vina program in PyRx with a grid box size of 18.75 x 18.75 x 18.75 , exhaustiveness value of 8, and num mode 9. Virtual screening process shows 10 compounds with the best binding affinity, namely Cassiamin C (-13.9 kcal/mol), Epigallocatechin 3,3’,-di-o-gallate (-11.8 kcal/mol), Chitranone (-11.7 kcal/mol ), Cassameridine (-11.6 kcal/mol), Palmarumycin CP1 (-11.4 kcal/mol), Yuehchukene (-11.3 kcal/mol), Gallocatechin-(4alpha-8)-epigallocatechin-3 -o- gallate (-11.1 kcal/mol), Roxburghine B (-11.1 kcal/mol), Proanthocyanidin A1 (-11 kcal/mol), and Withanolide (-11 kcal/mol). Based on their binding affinity, the ten compounds have potential as PARP-1 inhibitor candidates and can be used for further research.

"

"Kanker merupakan penyakit akibat pertumbuhan tidak normal dari sel pada jaringan tubuh yang menyerang sel normal di sekitarnya. Penggunaan tanaman herbal Indonesia meningkat setiap tahunnya dalam upaya pengobatan. Penelitian terdahulu menyatakan bahwa defisiensi P53 disebabkan oleh ekspresi berlebih MDM2 sehingga peran P53 sebagai pengendali sel abnormal tidak berjalan. Pada penelitian dilakukan penapisan virtual dari basis data tanaman herbal Indonesia sebagai inhibitor MDM2 menggunakan Autodock dan Autodock Vina yang divalidasi dengan Directory of Useful Decoys-Enhanced. Validasi dilakukan dengan parameter Enrichment Factor, Receiver Operating Characteristics, dan Area Under Curve. Kesimpulan dari validasi adalah ukuran grid 70x70x70 pada Autodock yang memiliki nilai AUC 0,72, sedangkan pada Autodock Vina 0,43. Autodock Vina tidak memenuhi parameter tetapi dilakukan penapisan untuk perbandingan dengan Autodock. Diperoleh 10 senyawa peringkat teratas dengan Autodock yaitu Nimolicinol, Jacoumaric acid, Isoarborinol, Lantic acid, Diosgenin, Theasaponin E1, Taraxasterol, Leucadenone C, Simiarenol, Alpha-Amyrin. ?G -8,83 - 9,65 kkal/mol . Diperoleh 10 senyawa peringkat teratas dengan Autodock Vina yaitu Yuehchukene, Morusin, Cyanidin, Leucadenone C, Roxburghine-B, Ocidentoside, Beta-sitosterol, Curine, Withangulatin, Jacoumaric acid. ?G -8,7 -9,4 kkal/mol . Jacoumaric acid dan Leucadenone C memberikan hasil penapisan virtual pada kedua piranti lunak dan berinteraksi pada daerah aktif MDM2 yaitu residu Leu54, Ile61, Met62, dan Ile99.

---

Cancer is a disease caused by abnormal cells growth that can attack normal cells around it. The use of Indonesian herbal increases for treatment. Past researches declare that P53 deficiency is caused by MDM2 overexpression so the role P53 as a cell regulator does not work. In this research, virtual screening of Indonesian herbal database as MDM2 inhibitor using Autodock and Autodock Vina and validated with Directory of Useful Decoy Enhanced. Validation parameter done with Enrichment Factor, Receiver Operating Characteristics, and Area Under Curve. The conclusion of validation is grid box 70x70x70 on Autodock with AUC value 0,72, while in Autodock Vina 0,43. Autodock Vina is not fulfill the parameter standar but still screned for comparasion. Based on the virtual screening result, top ten compounds from Autodock are Nimolicinol, Jacoumaric acid, Isoarborinol, Lantic acid, Diosgenin, Theasaponin E1, Taraxasterol, Leucadenone C, Simiarenol, Alpha Amyrin. G 8,83 9,65 kkal mol . Virtual screening result from Autodock Vina are Yuehchukene, Morusin, Cyanidin, Leucadenone C, Roxburghine B, Ocidentoside, Beta sitosterol, Curine, Withangulatin, Jacoumaric acid. G 8,7 9,4 kkal mol . Jacoumaric acid and Leucadenone C give a result in both software ans interacts with the active site in MDM2 at residue Leu54, Ile61, Met62, and Ile99."

"Hipermetilasi DNA adalah sebuah proses epigenetik abnormal yang dikatalis oleh DNA Metiltransferase dan merupakan salah satu faktor penyebab munculnya penyakit tidak menular seperti kanker, diabetes, dan penyakit gangguan metabolisme lainnya. Hipermetilasi DNA dapat dihambat dengan inhibitor DNA Metiltransferase1 (DNMTi). Penelitian ini dilakukan dengan tujuan menemukan kandidat inhibitor DNA Metiltrasnferase yang berasal dari bahan alam. Pencarian senyawa yang berpotensi sebagai inhibitor dilakukan dengan penapisan virtual terhadap basis data senyawa aktif tanaman herbal Indonesia (HerbalDB) menggunakan peranti lunak Autodock Vina. Dua puluh lima senyawa yang diketahui memiliki efek inhibisi terhadap DNMT1 digunakan sebagai kontrol positif dan sebagai referensi untuk membuat pengecoh menggunakan Directory of Useful Decoys: Enchanced. Penapisan yang dilakukan mendapatkan lima senyawa aktif yang berpotensi sebagai inhibitor DNA metiltransferase 1 yaitu Procyanidin B2, Ent-epicatechin-4alpha-8-ent-epicatechin, Epicatechin-4beta-8-epicatechin-3-o-gallate, Neorhusflavanone, dan Cyanidin-3-6''-caffeylsophoroside-5-glucoside.

---

DNA Hypermethylation is an abnormal epigenetic process catalyzed by DNA Methyltranferase 1 (DNMT1), it is also one of the factor causing non-communicable disease such as cancer, diabetes, and other metabolic disease. DNA hypermethylation can be surpressed by DNA Methyltransferase inhibitor (DNMTi). This study was conducted to obtain inhibitor candidate from natural products. The search for potential inhibitors was done by conducting a virtual screening against Indonesian Herbal Compound Database (Herbal DB) utilizing Autodock Vina as docking software. Twenty-five compunds known for their inhibitory activity against DNMT1 were used as actives and as reference for generating decoys, facilitated by Directory of Useful Decoys: Enhanced. The virtual screening yields five potential DNMT1 inhibitor, Procyanidin B2, Ent-epicatechin-4alpha-8-ent-epicatechin, Epicatechin-4beta-8-epicatechin-3-o-gallate, Neorhusflavanone, and Cyanidin-3-6''-caffeylsophoroside-5-glucoside."

"Penyakit menular coronavirus disease (COVID-19) adalah penyakit yang disebabkan oleh virus corona baru yang dikenal sebagai severe acute respiratory syndrome coronavirus-2 (SARS-CoV-2). Virus ini masuk ke dalam tubuh manusia melalui interaksi protein spike SARS-CoV-2 dengan Angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2). ACE2 merupakan seng metalopeptidase yang banyak diekspresikan di sel epitel saluran pernapasan. Menargetkan reseptor ACE2 dianggap sebagai target terapeutik penting dalam mengendalikan COVID-19. Penelitian in silico ini bertujuan untuk mendapatkan kandidat inhibitor ACE2 dari senyawa bahan alam Indonesia yang terdapat pada pangkalan data Herbal DB dengan metode penapisan virtual berbasis penambatan molekuler menggunakan makromolekul ACE2 (PDB ID: 1R4L). Berdasarkan hasil optimasi dan validasi, diperoleh parameter terbaik menggunakan AutoDock Vina dalam PyRx dengan ukuran grid box sebesar 22,5 x 22,5 x 22,5 Å, exhaustiveness 16 dan num modes 9. Berdasarkan hasil penapisan virtual, diperoleh 14 peringkat senyawa terbaik dengan ∆G terendah, yaitu Kuwanon G, Kasiamin C, Isoviteksin 2''-O-(6'''-(E)-feruloil)glukosida 4'-O-glukosida, 5,7,2',4'-Tetrahidroksi-6,3'-diprenilisoflavon 5-O-(4''-ramnosilramnosida), Kasiaflavan-(4αà8)-epiafzelekin, Isoviteksin 2''-O-(6'''-(E)-p-kumaroil)glukosida 4'-O-glukosida, Kameliasida B, Galokatekin-(4αà8)-epigalokatekin-3-O-galat, ent-Epiafzeiekin-(4αà8)-epiafzelekin, Klitorin, Asam lantat, Nimolisinol, Prosianidin B1 dan Prodelfinidin B1. Sebagian besar senyawa tersebut berinteraksi dengan residu asam amino pada situs aktif makromolekul ACE2, yaitu Arg273, His345, His374, Glu375, His378, Glu402, Glu406, His505 dan Tyr515. Oleh karena itu, dapat disimpulkan bahwa 14 senyawa tersebut berpotensi menjadi kandidat inhibitor ACE2.

---

Coronavirus disease 2019 (COVID-19) is an infectious disease caused by a novel coronavirus known as severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2). SARS-CoV-2 enters the human body through the interaction of the SARS-CoV-2 spike protein with Angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2). ACE2 is a zinc-dependent metallopeptidase that is widely expressed in respiratory epithelial cells. Targeting the ACE2 receptor is considered an important therapeutic target in controlling COVID-19. This in silico study was aimed to obtain candidate ACE2 inhibitors from Indonesian natural compounds in Herbal database using molecular docking-based virtual screening method. Based on the results of optimization and validation, the best parameters were obtained using AutoDock Vina in PyRx with a grid box size of 22.5 x 22.5 x 22.5 Å, exhaustiveness 16 and num modes 9. Based on virtual screening, 14 compounds were obtained with the lowest ∆G: Kuwanone G, Cassiamin C, Isovitexin 2''-O-(6'''-(E)-feruloyl)glucoside 4'-O-glucoside, 5,7,2',4'-Tetrahydroxy- 6,3'-diprenylisoflavone 5-O-(4''-rhamnosylrhamnoside), Cassiaflavan-(4αà8)-epiafzelechin, Isovitexin 2''-O-(6'''-(E)-p-coumaroyl)glucoside 4'-O-glucoside, Camelliaside B, Gallocatechin-(4αà8)-epigallocatechin-3-O-gallate, ent-Epiafzeiechin-(4αà8)-epiafzelechin, Clitorin, Lantic acid, Nimolicinol, Procyanidin B1 and Prodelphinidin B1 . Most of these compounds interacted with amino acid residues at the active site of ACE2 macromolecule, namely Arg273, His345, His374, Glu375, His378, Glu402, Glu406, His505 and Tyr515. Therefore, it can be concluded that these 14 compounds are potential candidates for ACE2 inhibitors."

"Alzheimer merupakan penyakit neurodegeneratif yang dapat disebabkan oleh penumpukan plak tanda penuaan pada otak dan mempengaruhi kerja neuron sehingga neuron menjadi kurang sensitif terhadap respon selular. Penelitian terdahulu menemukan bahwa enzim BACE1 berperan penting dalam proses pembentukan plak tanda penuaan sehingga dapat menjadi target pengobatan penyakit Alzheimer. Pada penelitian ini, dilakukan penapisan virtual senyawa dari basis data tanaman obat Indonesia sebagai inhibitor BACE1 menggunakan Autodock dan Autodock Vina yang divalidasi menggunakan basis data A Directory of Useful Decoys: Enhanced (DUD-E). Validasi dilakukan terhadap kedua peranti lunak menggunakan parameter Enrichment Factor, Receiver Operating Characteristics, dan Area Under Curve. Kesimpulan dari validasi adalah ukuran grid box yang digunakan pada Autodock yaitu grid 30x30x30 dan 11,25x11,25x11,25 pada Vina (setelah penyetaraan unit). Nilai EF 1% dan AUC grid 30 pada Autodock adalah 7,74 dan 0,73, sedangkan pada Vina adalah 4,6 dan 0,77. Berdasarkan hasil penapisan virtual, diperoleh 6 peringkat teratas senyawa menggunakan Autodock (energi ikat kkal/mol -7,84 ~ -8,79) yaitu Azadiradione, Cylindrin, Lanosterol, Sapogenin, Simiarenol, dan Taraxerol. Hasil penapisan virtual pada Autodock Vina memberikan 7 senyawa peringkat teratas (energi ikat kkal/mol -8,8 ~ -9,4) yaitu Bryophyllin A, Diosgenin, Azadiradione, Sojagol, Beta amyrin, Epifriedelinol, dan Jasmolactone C. Hanya Azadiradione yang memberikan hasil penapisan virtual pada kedua peranti lunak dan berinteraksi dengan daerah aktif BACE1 pada residu Trp 76 dari Autodock dan Thr 232 dari Autodock Vina.

---

Lzheimer's is a neurodegenerative disease that can be caused by buildup of plaque signs of aging in the brain and affect the work of neurons so neurons become less sensitive to cellular responses. Research previously found that the BACE1 enzyme plays an important role in the process Plaque formation is a sign of aging so that it can become a treatment target Alzheimer's disease. In this study, virtual screening of compounds from database of Indonesian medicinal plants as using BACE1 inhibitors Autodock and Autodock Vina are validated using A database Directory of Useful Decoys: Enhanced (DUD-E). Validation is carried out against both software uses Enrichment Factor, Receiver Operating Characteristics, and Area Under Curve.

Conclusion of validation is the size of the grid box used in Autodock, which is a 30x30x30 and grid 11,25x11,25x,25,25 for Vina (after equalization unit). EF value of 1% and AUC grid 30 in Autodock is 7.74 and 0.73, while in Vina it is 4.6 and 0.77. Based on the results of virtual screening, obtained the top 6 compounds using Autodock (kcal / mol binding energy -7.84 ~ -8.79) namely Azadiradione, Cylindrin, Lanosterol, Sapogenin, Simiarenol, and Taraxerol. Screening results virtual on Autodock Vina provides 7 top-ranked compounds (binding energy kcal / mol -8.8 ~ -9.4) namely Bryophyllin A, Diosgenin, Azadiradione, Sojagol, Beta amyrin, Epifriedelinol, and Jasmolactone C. Only Azadiradione provide virtual screening results on both software and interact with BACE1 active area on Trp 76 residue from Autodock and Thr 232 from Autodock Vina."

"Kanker adalah suatu penyakit dimana sel tubuh bersifat abnormal dan tumbuh secara tidak terkontrol yang bisa meluas dan menyebar ke setiap bagian di tubuh manusia. Ditemukan ekspresi berlebih procaspase-3 pada beberapa kanker yang harus diaktivasi menjadi Caspase-3 agar dapat menginduksi apotosis pada sel. Pada penelitian ini, dilakukan penapisan virtual senyawa dari basis data tanaman herbal Indonesia sebagai aktivator Procaspase-3 menggunakan peranti lunak Autodock dan Autodock Vina. Penelitian ini divalidasi menggunakan parameter Enrichment Factor EF, Receiver Operating Characteristics ROC gunakan Autodock diperoleh sepuluh senyawa terbaik dengan energi ikatan-8,28 -9,31 kkal/mol dan menggunakan Autodock Vina diperoleh sepuluh senyawa terbaik dengan energi ikatan -8,1 -8,8 kkal/mol. Didapatkan dua senyawa yang beririsan pada kedua peranti lunak, yaitu Betulinic acid dan Maslinic acid. Betulinic acid berinteraksi dengan residu dengan Leu136A, Lys137A, Tyr195A, dan Pro201 pada Autodock dan Autodock Vina. Sedangkan Maslinic acid berinteraksi pada residu Leu136A, Lys137A, dan Pro201 pada Autodock dan Autodock Vina.

---

Cancer is a disease where body cell being abnormal and grow uncontrolled which can spread to every part of human body. Previous research found excessive expression of Procaspase 3 on cancer that must be activated to Caspase 3 in order to induce apoptotic in cells. In this research, virtual screening of Indonesian Herbal Database as Procaspase 3 activator was performed using Autodock and Autodock Vina software. This research was validated using Enrichment Factor EF , Receiver Operating Characteristics ROC, and Area Under Curve AUC parameters. Results of virtual screening using Autodock obtained the best ten compounds with binding energy 8,28 9,31 kcal mol and Autodock Vina obtained the best ten compounds with binding energy 8,1 8,8 kcal mol. Both virtual screening software showed two compounds in common, which is Betulinic Acid, and Maslinic acid. Betulinic acid interacts with residue Leu136A, Lys137A, Tyr195A, and Pro201 in Autodock and Autodock Vina. While Maslinic acid interacts with residue Leu136A, Lys137A, and Pro201 in Autodock and Autodock Vina."

"ABSTRAKHepatitis B adalah suatu penyakit yang disebabkan oleh virus hepatitis B. Salah satu faktor yang berpengaruh dalam pembentukan virus hepatitis B adalah core protein Cp . Sehingga Cp dapat digunakan sebagai salah satu target pengobatan hepatitis B. Pada penelitian ini dilakukan penapisan virtual senyawa dari basis data tanaman herbal Indonesia sebagai core protein allosteric modulator CpAM menggunakan peranti lunak AutoDock dan AutoDock Vina. Metode divalidasi dengan menggunakan parameter Enrichment Factor EF , Receiver Operating Characteristics ROC , dan Area Under Curve AUC . Pada penapisan menggunakan AutoDock digunakan grid box ukuran 55x55x55 dengan nilai EF10 0.7652 dan AUC 0.6709 sementara grid box ukuran 20.625x20.625x20.625 untuk penapisan menggunakan AutoDock Vina dengan nilai EF5 0.5075 dan AUC 0.7832. Sepuluh senyawa terbaik hasil penapisan virtual menggunakan AutoDock memiliki rentang DG: -11.74 -10.31 kkal/mol adalah yuehchukene, lansionic acid, stigmast-4-en-3-one, myrtillin, sanggenol O, lanosterol, erycristagallin, alpha-spinasterol, cyanidin 3-arabinoside, dan cathasterone. Sepuluh senyawa terbaik hasil penapisan virtual menggunakan AutoDock Vina memiliki rentang DG: -12.1 -10.7 kkal/mol adalah sanggenol O, cucumerin A, yuehchukene, palmarumycin CP1, dehydrocycloguanandin, myrtilin, liriodenine, myricetin 3-alpha-L-Arabinopyranoside, myricetin 3-galactoside, dan cassameridine.

---

ABSTRACTHepatitis B is a disease caused by hepatitis B virus. One of the main factor in virus assembly is core protein Cp . Therefore Cp is suitable to use as one of therapeutic target for hepatitis B. In this study virtual screening of Indonesia herbal database as CpAM of hepatitis B virus was performed using AutoDock and AutoDock Vina software. The methode was validated by Enrichment Factor EF , Receiver Operating Characteristics ROC , and Area Under Curve AUC parameters. The grid box size used in virtual screening with AutoDock is 55x55x55 with EF10 0.7652 and AUC 0.6709 meanwhile grid box size that will be use in virtual screening using AutoDock Vina is 20.625x20.625x20.625 with EF5 0.5075 and AUC 0.7832. The best top ten compounds from virtual screening with AutoDock has DG levels 11.74 10.31 kkal mol theare yuehchukene, lansionic acid, stigmast 4 en 3 one, myrtillin, sanggenol O, lanosterol, erycristagallin, alpha spinasterol, cyanidin 3 arabinoside, dan cathasterone. The best top ten compounds from virtual screening with AutoDock Vina has DG levels 12.1 10.7 kkal mol adalah sanggenol O, cucumerin A, yuehchukene, palmarumycin CP1, dehydrocycloguanandin, myrtilin, liriodenine, myricetin 3 alpha L Arabinopyranoside, myricetin 3 galactoside, dan cassameridine"

"HIV-1 (Human immunodeficiency virus tipe 1) adalah anggota famili retrovirus yang dapat menyebabkan penyakit AIDS ketika menginfeksi manusia. Epidemi AIDS adalah salah satu penyakit yang paling destruktif di zaman modern. Diperkirakan lebih dari 33 juta orang telah terinfeksi hingga tahun 2010.Berbagai penelitian perancangan obat yang mentarget berbagai enzim virus HIV terus dilakukan terutama enzim vital untuk reproduksi virus seperti transkriptase balik, integrase, dan protease. Penapisan virtual sebagai salah satu metode pendekatan in silico telah digunakan pada pencarian senyawa penuntun dari basis data senyawa library ataupun dari basis data bahan alam sebagai inhibitor HIV-1.Pada penelitian ini dilakukan penapisan virtual basis data senyawa tanaman obat di Indonesia pada transkriptase balik, integrase dan protease HIV-1. Penapisan dilakukan menggunakan piranti lunak GOLD, AutoDock dan AutoDock Vina.Berdasarkan hasil penapisan didapatkan 10 peringkat senyawa terbaik dari tiap metode untuk tiap enzim. Metode penapisan yang relatif lebih akurat adalah AutoDock untuk transkriptase balik; AutoDock Vina dan GOLD untuk protease; serta AutoDock Vina untuk integrase.

---

HIV-1 (Human immunodeficiency virus type 1) is a member of retrovirus family that could infect human and causing AIDS disease. AIDS epidemic is one of the most destructive diseases in the modern era. There were more than 33 million people infected by HIV until 2010.

Various researches have been done to design drug that targeting HIV enzymes primarily vital reproduction enzymes such as reverse transcriptase, integrase and protease. Virtual screening as in silico approach has been used to find lead molecules from compound library or natural database as HIV-1 inhibitors.

In this research, virtual screening of Indonesian herbal database was done to reverse transcriptase, integrase and HIV-1 protease. Virtual screening was done using GOLD, AutoDock, and AutoDock Vina.

Based on this research, top ten ranked compound was obtained for each methods and enzymes. Virtual screening method which relatively more accurate is AutoDock for reverse transcriptase; AutoDock Vina and GOLD for protease; and AutoDock Vina for integrase."