Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Hasil Pencarian

Ditemukan 22626 dokumen yang sesuai dengan query
cover
Shanni Fernanda
Kloning gen penyandi lysophospholipase dari bacillus halodurans CM1 ke escherichia coli DH5α= Cloning gene enconding lysophospholipase from bacillus halodurans CM1 to escherichia coli DH5α
"Enzim merupakan biokatalisator yang banyak digunakan di bidang industri, terutama deterjen, farmasi, makanan bahkan pemurnian minyak. Salah satu enzim yang banyak digunakan untuk pemurnian minyak ialah lysophospholipase. Sebanyak 50 kebutuhan enzim industri diperoleh dari mikroorganisme. Akan tetapi umumnya produk aktivitas enzim oleh mikroba galur liar kurang memadai untuk aplikasi di industri, sehingga perlu dilakukan rekayasa genetik. Pengklonaan gen penyandi lysophospholipase pernah dilakukan di Aspergillus niger dan Cryptococcus neoformans, tetapi belum pernah dilakukan dari bakteri alkalotermofilik. Bacillus halodurans CM1 merupakan bakteri alkalotrmofilik isolat BPPT. Penelitian terdahulu menujukkan bahwa bakteri tersebut memiliki enzim lipase, tetapi belum diteliti lebih lanjut mengenai jenis dan lipase rekombinannya. Penelitian ini bertujuan untuk mengklona gen penyandi lysophospholipase dari Bacillus halodurans CM1 ke Escherichia coli DH5? menggunakan vektor pGEM-T easy. Plasmid rekombinan tersebut disekuensing. Hasil penelitian diperoleh fragmen gen penyandi lysophospholipase yang berukuran 783 pasang basa serta tingkat homologi 100 dengan genom Bacillus halodurans C-125 yang menyandi gen lysophospholipase No akses GenBank: BA000004.3.
Enzyme is a biocatalyst widely used in industry, for example detergent, pharmaceutical, food or oil purification. One of the most widely used enzymes for oil purification is lysophospholipase. As much as 50 of industrial enzyme needs are obtained from microorganisms. However, enzyme productivty from wild type microbial strain is usually limited and not applicable in industry, so that genetic engineering is necessary. Cloning gene encoding for lysophospholipase was once performed in Aspergillus niger and Cryptococcus neoformans, but has never been done from alkalothermophilic bacteria, such as Bacillus halodurans. Bacillus halodurans CM1 is an isolate of BPPT. Previous research has shown that this bacteria have lipase enzymes, but the study about their propertieshave not been conducted. This study aims to clone the gene t lysophospholipase from Bacillus halodurans CM1 to Escherichia coli DH5 using the pGEM T easy vector. The recombinant plasmid is sequenced. The results is gene fragment encoding lysophospholipase obtained with size 783 base pairs and 100 similiraty with gene encoding lysophospholipase from Bacillus halodurans C 125 No access GenBank BA000004.3."
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2017
S67230
UI - Skripsi Open  Universitas Indonesia Library
cover
Widamayanti
Isolasi gen fungsional resistan eritromisin dan kanamisin dari bacillus halodurans CM1 = Isolation of erythromycin and kanamycin resistance functional gene from bacillus halodurans CM1
"Bacillus halodurans CM1 berpotensi sebagai inang dalam menghasilkan beberapa jenis enzim yang berguna, seperti xilanase, lipase, dan protease. Selain sebagai penghasil enzim, salah satu gen potensial lainnya adalah gen resistan antibiotik. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui kemampuan resistansi B. halodurans CM1 terhadap eritromisin dan kanamisin serta diperoleh produk gen fungsional resistan eritromisin dan kanamisin dari B. halodurans CM1. Isolasi gen eritromisin dan kanamisin dari B. halodurans CM1 belum pernah dilakukan. Berdasarkan uji KHM, B. halodurans CM1 resistan terhadap eritromisin dan kanamisin. Isolasi gen resistan eritromisin dan kanamisin dilakukan dengan menggunakan metode amplifikasi PCR. Produk PCR yang diduga gen resistan eritromisin, yaitu gen ErmK dan BH0381. Produk PCR yang diduga gen resistan kanamisin, yaitu gen aadK dan APH. Gen ErmK dikloning dengan menggunakan kloning vektor pGEM-T Easy, sedangkan gen BH0381, aadK, dan APH dikloning dengan menggunakan kloning vektor pJET1.2/blunting. Vektor rekombinan ditransformasi ke Escherichia coli DH5alfa. Hasil analisis sekuens DNA menggunakan BLAST menunjukkan bahwa gen ErmKCM1 dan BH0381 masing-masing memiliki kemiripan 99,65% (GenBank No access: BH0380, ErmK) dan 99,45% (GenBank No access: BH0381, mphB) dengan sekuens dari B. halodurans C-125. Sekuens gen ErmKCM1 dan BH0381CM1 menunjukkan bahwa dua gen tersebut merupakan gen yang fungsional. Sekuens upstream dari gen BH0381CM1 dianalisis dan diperoleh bahwa terdapat 50 pb yang diduga promoter. Hasil analisis sekuens DNA menggunakan BLAST menunjukkan bahwa gen aadKCM1 dan APHCM1 masing-masing memiliki kemiripan 97,73% (GenBank No access: BH0322) dan 99,47% (GenBank No access: BH0326) dengan sekuens dari B. halodurans C-125. Hasil penyejajaran gen aadKCM1 menunjukkan adanya delesi enam pasang nukleotida pada lokus ke-354 hingga 359 yang menyebabkan frameshift, sehingga gen aadKCM1 tidak memiliki sekuens yang open reading frame (ORF). Hasil translasi gen aadKCM1 dan APHCM1 menunjukkan bahwa hanya sekuens gen APHCM1 dapat ditranslasi menjadi protein yang fungsional. Hasil uji resistansi kanamisin pada transforman yang membawa plasmid rekombinan promoter gen APHCM1-ORF dapat menyandikan resistan kanamisin dengan konsentrasi kanamisin sebesar 20 µg/mL.
Bacillus halodurans CM1 has potential as a host in producing several types of useful enzymes, such as xylanase, lipase, and protease. Besides industrial enzymes, one of the other potential genes is the antibiotic-resistant gene. This study aims to determine the ability of B. halodurans CM1 resistance to erythromycin and kanamycin and to obtain erythromycin and kanamycin-resistant functional gene products from B. halodurans CM1. Isolation of erythromycin and kanamycin genes from B. halodurans CM1 has never been done. Based on the MIC test, B. halodurans CM1 is resistant to erythromycin and kanamycin. Erythromycin and kanamycin resistance gene isolation was carried out using PCR amplification method. PCR products suspected of being erythromycin resistance genes, namely ErmK and BH0381 genes. PCR products suspected of being kanamycin resistance genes, namely genes aadK and APH. The ErmK gene was cloned using the pGEM-T Easy vector cloning, while the BH0381, aadK, and APH genes were cloned using the pJET1.2/blunting vector cloning. The recombinant vector was transformed into Escherichia coli DH5ï?¡. The results of DNA sequence analysis using BLAST showed that the ErmKCM1 and BH0381 genes each had 99.65% similarities (GenBank No access: BH0380, ErmK) and 99.45% (GenBank No access: BH0381, mphB) with the sequence of B. halodurans C-125. The results of the translation of the ErmKCM1 and BH0381CM1 genes indicate that the two genes are functional genes. The upstream sequence of the BH0381CM1 gene was analyzed and it was found that 50 bp was suspected as a promoter. The results of DNA sequence analysis using BLAST showed that the aadKCM1 and APHCM1 genes each had a similarity of 97.73% (GenBank No access: BH0322) and 99.47% (GenBank No access: BH0326) with the sequence of B. halodurans C-125. The alignment of the aadKCM1 gene shows the deletion of six nucleotide pairs at the 354-359 locus that causes frameshift, so the aadKCM1 gene does not have an open reading frame (ORF) sequence. The translation of aadKCM1 and APHCM1 genes show that only the APHCM1 gene sequence can be translated into a functional protein. The results of kanamycin resistance test on transformants carrying plasmids with native promoter APHCM1-ORF gene can encode kanamycin resistance with a kanamycin concentration of 20 µg/mL."
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2020
T-pdf
UI - Tesis Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Cindy Rizki
Subkloning Gen Fosfolipase dan Transformasi Secara Konjugasi pada Bacillus halodurans CM1 serta Analisis Ekspresi Produk Gennya = Subclone Fosfolipase Gene and Conjugation Transformation on Bacillus halodurans CM1 and Analyze the product
"ABSTRAK
Enzim lipase merupakan senyawa yang mempercepat reaksi pemecahan lipid menjadi asam lemak. Hal ini banyak digunakan dalam dunia industri. Salah satu metode yang digunakan untuk meningkatkan enzim lipase adalah kloning gen dengan mikroba, karena mudah dimanipulasi dan pertumbuhannya cepat. Penelitian sebelumnya yang dilakukan di LAPTIAB BPPT tentang kloning gen ialah pengklonaan gen lipase Bacillus halodurans CM1 (lip CM1) yang diekspresikan pada E. coli DH5α mendapatkan 783 bp. Penelitian ini bertujuan melakukan kloning gen lip CM1 ke dalam vektor pBBRE 194 dengan metode ligasi dan ditransformasikan dengan metode konjugasi ke Bacillus halodurans CM1. Gen lip CM1 berhasil disisipkan ke dalam vektor pBBRE 194 di antara situs KpnI dan PstI dengan mendapatkan pita berukuran 9191 bp. Plasmid pBBRE 194 lip CM1 ditransformasi dengan metode heat shock ke E.coli DH5α untuk ekspresi. Plasmid pBBRE 194 lip CM1 ditransformasi secara konjugasi ke Bacillus halodurans CM1. Selanjutnya dianalisis ekspresi produk gennya. Plasmid rekombinan (pBBRE 194 lip CM1) berhasil ditransformasikan secara konjugasi ke dalam Bacillus subtilis DB 104 (kontrol positif konjugasi) dan Bacillus halodurans CM1. Konjugasi berhasil dengan tumbuhnya koloni pada media selektif yang mengandung antibiotik Erythromycin dan Tetracycline, yang ditunjukkan dengan PCR insert dan terbentuknya zona bening pada media selektif. Bacillus halodurans CM1 rekombinan menunjukkan peningkatan ekspresi produk gen lipase dibandingkan dengan Bacillus halodurans CM1. Bacillus halodurans CM1 rekombinan memiliki aktivitas lipase 2,58 ± 0,06 U/mL, kadar protein 0,642 mg/mL, dan aktivitas lipase spesifik 10,04 U/mg.
ABSTRACT
Enzym lipase has great potency to be used in industry. Research concerning lipase production is being carried out to obtain better production result. The previous research conducted at LAPTIAB BPPT, the cloning of gen lipase Bacillus halodurans CM1 was expressed to E. coli DH5α obtained 783 bp. This research aims to carry out cloning of gen lip CM1 into pBBRE 194 vector using ligation method and transform to Bacillus halodurans CM1 using conjugation method. Gen lip CM1 is successfully inserted into pBBRE 194 vector between Kpnl situs and Pstl obtaining a ban sized 9191 bp. Plasmid pBBRE 194 lip CM1 was transformed using heat shock method into E. coli DH5α for expressing. Plasmid pBBRE 194 lip CM1 is transformed conjugatively into Bacillus halodurans CM1. Then, the gen product expression is analysed. Recombinant plasmid (pBBRE 194 lip CM1) is transformed into Bacillus subtilis DB 104 (conjugation positive control) and Bacillus halodurans CM1. Successful conjugation shows the growth colony at selective media containing antibiotic, indicating with PCR insert and clear zone at the selective media. Recombinant Bacillus halodurans CM1 shows increment of the lipase gen product expression compared to Bacillus halodurans CM1. The recombinant Bacillus halodurans CM1 has lipase activity of 2,58±0,06 U/mL, protein of 0,642 mg/mL, and specific lipase activity of 10,04 U/mg.

"
2019
T-pdf
UI - Tesis Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Sarah Adinda Puteri
Kloning gen rantai penyusun fab anti-NS1 virus dengue dari sel hibridoma A6 pada vektor pTA2 dalam escherichia coli TOP10 = Cloning of chain gene composing anti-NS1 fab dengue virus from hybridoma A6 cell in pTA2 vector in escherichia coli TOP10
"Sebagai satu negara dengan aktivitas transmisi virus dengue (DENV) yang tinggi, Indonesia tercatat memiliki angka kematian (CFR) akibat infeksi DENV yang besar. Besarnya CFR dapat diatasi dengan pendeteksian dini menggunakan kit diagnostik yang pada umumnya berupa antibodi monoklonal. Akan tetapi, kit diagnostik yang berbasis antibodi monoklonal memiliki biaya produksi yang mahal, sehingga dibutuhkan alternatif lain yang lebih murah. Kit diagnostik yang berbasis antibodi rekombinan dapat dijadikan alternatif pendeteksi dini infeksi DENV. Penelitian ini bertujuan untuk memperbanyak gen rantai berat (heavy chain) dan rantai ringan (light chain) penyusun antibodi rekombinan dalam bentuk fragmen pengikat antigen (Fab) yang mampu mendeteksi protein NS1. Penelitian yang dilakukan mencakup proses sintesis cDNA dari RNA total, amplifikasi gen heavy chain dan light chain dari cDNA menggunakan metode PCR, serta kloning kedua gen tersebut ke dalam vektor kloning pTA2 menggunakan metode heat-shock. Produk PCR gen heavy chain dan light chain menghasilkan pita dengan ukuran bervariasi, yang salah satunya merupakan pita pada ukuran yang diharapkan. Sebanyak 14 koloni transforman hasil kloning masing-masing gen berhasil terseleksi dan terisolasi dari medium yang mengandung 75 µg/µl ampisilin. Hasil analisis tahap verifikasi hasil kloning menunjukkan gen heavy chain dan light chain hanya terintegrasi parsial (± 400 bp) pada vektor pTA2 dalam Escherichia coli TOP10.
As one of the countries with high dengue virus (DENV) transmission activity, Indonesia recorded has a large fatality rate (CFR) due to DENV infection. This can be reduced through early detection of the dengue using a diagnostic kit which is generally a monoclonal antibody. However, the diagnostic kits based on monoclonal antibodies have expensive production costs, so other cheaper alternatives are needed. Therefore, this study aims to multiply heavy chain and light chains genes in the form of fragmen antigent binding (Fab) recombinant antibodies capable of detecting NS1. This study involved the synthesis of cDNA from total RNA, the amplification of heavy chain and light chain genes from cDNA using the PCR method, and cloning these two genes into pTA2 vector cloning using heat-shock method. Heavy chain and light chain PCR products produce bands at various sizes, but a band at correct size was discovered. A total of 14 transformed colonies were successfully selected and isolated from a medium containing 75 µg/µl ampicillin. The results of the verification stage of cloning results showed that the heavy chain and light chain genes were partially integrated (± 400 bp) into the pTA2 vector in Escherichia coli TOP10."
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2019
S-Pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Annisa
Isolasi RNA dan pengklonaan gen tripsin kation dari pankreas sapi ke escherichia coli DH5-945 = RNA isolation and gene cloning of bovine pancreatic trypsin cation into escherichia coli DH5-945
"Tripsin kation memiliki peran penting dalam teknik kultur sel mamalia adherent. Enzim tersebut berperan sebagai enzim hidrolitik yang berfungsi untuk mendispersi sel yang melekat pada cawan petri atau botol tempat kulturnya sehingga mempermudah proses kultur sel mamalia baik pada proses pemanenan sel maupun subkultur. Penelitian bertujuan untuk mengisolasi dan mengklon gen tripsin kation dari pankreas sapi ke dalam E. coli DH5α dengan vektor pGEM-T Easy. Fragmen gen tripsin kation target berukuran 780 pb diamplifikasi dari cDNA yang berasal dari mRNA sel pankreas sapi dengan primer spesifik gen tripsin kation. Gen tripsin kation target diligasi pada plasmid pGEM-T Easy. Vektor rekombinan ditransformasi dengan metode kejutan panas pada sel E. coli DH5α dan diseleksi menggunakan medium ampisilin. Vektor rekombinan di digesti menggunakan enzim SfoI dan XmaI dan menghasilkan pita DNA berukuran 780 pb pada elektroforesis gel agarosa. Hasil penelitian menunjukkan gen tripsin kation telah berhasil diklon ke dalam plasmid pGEM-T Easy.
Cationic trypsin has an important role in adherent mammalian cell culture. The enzyme is a hydrolytic enzyme that disperses the cells attached to petri dishes and culture bottle making the harvesting and subculturing procedures easier. This research aims to isolate the RNA and clone the bovine pancreatic cationic trypsin gene into E. coli DH5α. The 780 bp cationic trypsin gene was amplified from cDNA derived from mRNA isolated from bovine pancreas using cationic trypsin gene-specific primers. Cationic trypsin gene was ligated to pGEM-T Easy plasmid. Recombinant vector was transformed by heat shock method into E. coli DH5α cells, which were then selected using amphicillin containing medium. The recombinant vector was digested using enzymes SfoI and XmaI to confirm the presence of the target gene. Agarose gel electrophoresis showed a 780 bp DNA band, confirming that the cationic trypsin gene was successfully cloned into the plasmid pGEM-T Easy."
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2012
S1656
UI - Skripsi Open  Universitas Indonesia Library
cover
Marina Setiawati
Kloning dan Ekspresi Gen Penyandi N-Asetilneuraminat Liase Lactobacillus Plantarum kedalam Escherichia Coli
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2005
T40169
UI - Tesis Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Jessica Farah
Sintesis nano-komposit CuO-TiO2 untuk aplikasi degradasi formaldehida dan disinfeksi formaldehida dan disinfeksi bakteri escherichia coli = Synthesis of CuO-TiO2 nano-composite for formaldehyde degradation and escherichia coli bacteria disinfection application
"Kasus Infeksi Saluran Pernapasan Akut (ISPA) masih marak terjadi di Indonesia, dengan penyebab utama yaitu komplikasi akibat inhalasi polutan senyawa organik volatil (VOC) dan jasad renik di udara. Salah satu alternatif dari usaha purifikasi udara adalah dengan proses fotokatalisis. TiO2 P25 adalah jenis fotokatalis yang sering digunakan karena sifatnya yang non-toksik, stabil, serta ramah lingkungan, namun memiliki kelemahan, yaitu rendahnya efisiensi proses fotokatalisis. Penelitian yang telah dilakukan, memiliki tujuan untuk meningkatkan performa fotokatalisis dari TiO2 dengan memberi dopan CuO, serta mencari loading optimum dari CuO, dimana CuO berfungsi untuk meningkatkan efisiensi performa fotokatalisis di bawah sinar foton, dan secara natural, adalah agen anti-bakteri. Proses deposisi dopan adalah dengan metode Photo Assisted Deposition (PAD) yang diikuti oleh kalsinasi. Karakterisasi yang dilakukan untuk melihat perbedaan antara TiO2 dan CuO-TiO2 adalah SEM-EDX, XRD, dan UV-Vis DRS. Uji kinerja yang telah dilakukan adalah uji kinerja CuO-TiO2 dalam mendegradasi senyawa organik, yang diwakilkan oleh formaldehida dan disinfeksi mikro-organisme, yang diwakilkan oleh bakteri Escherichia coli. Hasil SEM menunjukkan bahwa adanya perbedaan secara morfologis dari CuO-TiO2 dan TiO2 yaitu adanya titik-titik abu-abu pada CuO-TiO2 yang menandakan adanya deposisi CuO, hasil EDX juga mengonfirmasikan adanya CuO pada TiO2, dimana semakin banyak prekusor CuO ditambahkan, maka semakin banyak CuO yang terdeteksi pada TiO2. Kemudian hasil XRD menunjukkan bahwa adanya peak CuO pada difraktogram XRD, yang menandakan keberadaan CuO pada permukaan TiO2. Selanjutnya, hasil dari UV-Vis DRS menunjukkan bahwa CuO menurunkan band-gap energy dari nano-komposit, dengan sampel yang memiliki penurunan band-gap energy optimum adalah 3% CuO-TiO2. Dalam performa uji kinerja fotokatalisis, sampel 3% CuO-TiO2 adalah sampel yang optimum, dengan kinerja degradasi formaldehida mencapai 50% dalam waktu irradiasi 30 menit, dan disinfeksi bakteri E coli mencapai 96% dalam waktu irradiasi 120 menit, sehingga disimpulkan yang optimum adalah 3% CuO-TiO2.
Numerous cases of Acute Respiratory Infection (ARI) are prevalent in Indonesia, with the main causes of complications due to inhalation of Volatile Organic Compound (VOC) and microorganisms in the air. One alternative of air purifying effort is by photocatalysis process. TiO2 P25, is a photocatalyst that is often used because it is non-toxic, stable, and environmentally friendly, even though it has the disadvantage of low photocatalytic process efficiency. This research that has been done, has the aim of increasing the photocatalytic performance of TiO2 by doping it with CuO, as well as determining the optimum loading of CuO, which serves to improve the efficiency of photocatalytic process under photon light, as well as a natural anti bacterial agent. To deposit CuO to TiO2, Photo Assisted Deposition (PAD) method followed by calcination will be implemented. Characterizations done to determine the difference between TiO2 and CuO-TiO2 are SEM-EDX, XRD, and UV-Vis DRS. The performances test that are done are, organic compounds degradation test, which is modeled by formaldehyde and micro-organisms disinfection test, which is modeled by Escherichia coli bacteria. SEM results indicate that there are morphological differences of CuO-TiO2 and TiO2, namely the presence of gray dots on CuO-TiO2, while the EDX results also confirm the presence of CuO on TiO2, where it is proven that the more CuO precursor is added, the more CuO is detected on TiO2. Subsequently, XRD results show that there is a CuO peak on the XRD diffractogram, which indicates the presence of CuO on the TiO2 surface. Furthermore, the results of the DRS UV-Vis indicate that CuO decreases the band-gap energy of nano-composites, with samples having an optimum decrease in band-gap energy is 3% CuO-TiO2. Photocatalytic performance test results show that 3% CuO-TiO2 is the optimum sample, with the formaldehyde degradation reaches 50% in 30 minutes of irradiation, and E coli bacterial disinfetion reaches 96% in 120 minutes of irradiation. 3% CuO-TiO2, therefore it is concluded that the optimum sample is 3% CuO-TiO2."
Depok: Fakultas Teknik Universitas Indonesia, 2019
S-pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Alfina Fauzanida Rahmani
Kloning gen rantai penyusun fab anti-NS1 virus dengue dari sel hibridoma 71E2 pada vektor pTA2 dalam escherichia coli TOP10 = Cloning of chain gene composing anti-NS1 fab dengue virus from hybridoma cell 71E2 on pTA2 vector in escherichia coli TOP10
"Infeksi dengue merupakan salah satu masalah utama kesehatan di dunia, termasuk di Indonesia. Angka kejadian demam berdarah dengue di Indonesia terus meningkat sejak tahun 1968 sampai tahun 2013. Akan tetapi, laju kematian atau case fatality ratio akibat demam berdarah dengue mengalami penurunan karena adanya deteksi infeksi dengue secara dini menggunakan antibodi monoklonal dan protein biomarka non-struktural 1 (NS1). Pengembangan antibodi monoklonal dengan teknologi hibridoma sebagai bahan baku kit diagnostik dengue terkendala masalah biaya produksi yang mahal dan waktu produksi yang relatif lama, sehingga dibutuhkan alternatif lain seperti pengembangan antibodi rekombinan. Penelitian ini dilakukan untuk memperbanyak gen rantai berat (heavy chain) dan rantai ringan (light chain) penyusun fragment antigen binding (Fab) rekombinan dari sel hibridoma lokal 71E2 yang telah diinduksi dengan virus dengue sehingga diharapkan mampu mensekreksikan antibodi anti-NS1. Gen heavy chain dan light chain diamplifikasi dengan menggunakan teknik polymerase chain reaction (PCR), kemudian divisualisasi dengan menggunakan elektroforesis gel agarosa. Produk PCR gen heavy chain menghasilkan pita berukuran 600 bp, sedangkan produk PCR gen light chain menghasilkan pita berukuran 350 bp. Plasmid rekombinan yang terdiri atas gen heavy chain/light chain dan vektor pTA2 ditransformasi ke dalam Escherichia coli TOP10 dengan menggunakan metode heat shock. Teknik PCR, digesti, dan sekuensing digunakan untuk mengkonfirmasi keberadaan gen target pada plasmid rekombinan. Hasil yang diperoleh menunjukkan bahwa gen heavy chain dan light chain yang berasal dari sel hibridoma 71E2 berhasil dikloning pada vektor pTA2 di dalam E. coli TOP10. Akan tetapi, diperlukan studi lebih lanjut untuk mengevaluasi kemampuan ekspresi Fab rekombinan yang tersusun atas gen heavy chain dan light chain hasil kloning sebagai material penting dalam pengembangan kit diagnostik dengue.
Dengue infection is one of major health problem which spread worldwide including in Indonesia. The dengue hemorrhagic fever (DHF) incidence in Indonesia increased rapidly from 1968 until 2013. However, the case fatality ratio decreased during the same period due to early detection of dengue infection by using monoclonal antibody and non-structural 1 (NS1) protein biomarker. The development of monoclonal antibody with hybridoma technology as raw material for dengue diagnostic kit was constrained by the expensive production costs and relatively long production time so that other alternatives are needed such as the development of recombinant antibody. This early study was conducted to clone heavy chain and light chain gene of recombinant fragment antigen binding (Fab) using local hybridoma cell 71E2 secreting monoclonal antibody anti-NS1 which was induced by dengue virus. The heavy chain and light chain gene of Fab were amplified by polymerase chain reaction (PCR) and then visualized by agarose gel electrophoresis. Heavy chain PCR product produces a band at 600 bp, while light chain PCR product produces a band at 350 bp. The recombinant plasmid that consists of the gene and pTA2 vector were transformed to Escherichia coli TOP10 using heat shock method. Polymerase chain reaction, digestion, and sequencing method then used to confirm the gene insertion in the recombinant plasmid. The results showed that the heavy chain and light chain gene from hybridoma cell 71E2 were successfully cloned on the pTA2 vector in E. coli TOP10. However, further study should be conducted to evaluate the expression of the recombinant Fab from heavy chain and light chain gene as a valuable material in the development of dengue diagnostic kit."
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2019
S-Pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Uswatun Hasanah
Konstruksi vektor untuk ekspresi gen penyandi enzim N - asetil neuraminat liase (nana liase) dari escherichia coli
"ABSTRAK
NANA liase adalah enzim yang mengkatalisis proses reversibel Nacetyl neuraminic acid (NeuSAc) atau asam sialat menjadi N-acetyl mannosamin (ManNAc) dan piruvat. Enzim NANA liase dihasilkan oleh bakteri patogen dan non patogen, antara lain dari Clostridium perfringens,
Escherichla coii dan HaemophHus inHuenzae. Untuk mendapatkan enzim NANA liase dalam jumlah yang besar perlu dilakukan studi tentang rekayasa genetika. Pada penelitian sebelumnya telah dilakukan kloning teitiadap gen nanA dari Lactobacilius plantarum. Tujuan jangka panjang dari penelitian sebelumnya adalah rekayasa protein dengan mutasi pada segmen DNA. Rekayasa protein dengan mutasi pada segmen DNA dibutuhkan sedikitnya dua gen yang berbeda. Oleh karenanya dibutuhkan gen lain, sebagai pasangan dari gen nanA-Lplantarum. Penelitian ini terfokus untuk mengkonstruksi vektor gen penyandi enzim NANA liase dari bakteri Escherichla coli. Gen nanA dari E.co//dipilih
sebagai pasangan gen nanA-Lplantarum karena gen nanA dari E.coli telah terkarakterisasi dengan baik. Penelitian ini menggunakan metode Isolasi DNA dengan CTAB, amplifikasi PGR dan teknik kloning. Isolasi DNA dengan CTAB dilakukan untuk mendapatkan DNA dari E.coli. Teknik PGR dilakukan untuk mengamplifikasi gen yang menyandi enzim NANA liase, dimana
menggunakan primer forward yang memiliki situs pemotongan terha(;lap EcoRI dan primer reverse yang memiliki situs pemotongan terhadap Hindlli Sedangkan teknik kloning, yang terdiri dari ligasi, transformasi dan seleksi bertujuan untuk mendapatkan vektor ekspresi yang tersisipi gen penyandi enzim NANA liase. Teknik amplifikasi PGR yang dilakukan berhasil mengampiifikasi gen penyandi enzim NANA liase, nan A (0,9 kb) yang memiliki situs pemotongan EcoRI dan HindWl Gen yang didapat disisipkan ke dalam vektor ekspresi pTrcSSA (4,1 kb), selanjutnya ditransformasi ke dalam E.coli DH5a dan menghasilkan 35 transforman. Transfonman yang dihasilkan diambil 7 koloni untuk dikonfirmasi dengan elektroforesis gel agarosa, dan
temyata terdapat tiga koloni yang tersisipi pTrc99A-nani E.coii (E/H) (5,0 kb). Selanjutnya dari tiga koloni tersebut diambil satu koloni dan diuji kembali
dengan teknik PGR. Pada penelitian ini dilakukan uji sekuen yang bertujuan untuk memastikan tidak terjadinya mutasi selama pengerjaan. Sekuen gen yang didapat telah dikonfirmasi dan ternyata tidak berbeda dengan sekuen
gen yang dipublikasikan. Hal ini membuktikan bahwa tidak terjadinya mutasi selama pengerjaan. Vektor yang dihasilkan dapat digunakan untuk eksperimen berikutnya yaitu (a) produksi enzim rekombinan NANA liase, dan (b) sebagai pasangan gen nanA dari LactobaciHus plantarum untuk rekayasa protein dengan mutasi segmen DNA."
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam. Universitas Indonesia, 2005
S-Pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Alberto Christopher
Karakterisasi asam-asam amino rekombinan apoptin yang diekspresikan dalam Escherichia coli DH5α = Recombinant amino acids characterization of apoptin expressed in Escherichia coli DH5α
"Apoptin merupakan protein dari virus anemia ayam yang dapat menginduksi apoptosis sel kanker. Penggunaannya sebagai senyawa antikanker dapat mengatasi kelemahan metode kemoterapi. Deteksi massa molekular apoptin dilakukan dengan SDS-PAGE memiliki keberagaman hasil dan asam-asam amino rekombinan dalam apoptin disinyalir menyadi penyebabnya. Karakterisasi asam-asam amino rekombinan dalam apoptin untuk membuktikan hipotesis tersebut dilakukan dengan dua variasi rekombinan plasmid, yakni modifikasi 12 histidin dan modifikasi 12 histidin-8 arginin yang ditransformasikan pada Escherichia coli DH5α. Kedua variasi modifikasi plasmid ini mendapatkan perlakuan yang sama. Transformasi plasmid dalam penelitian ini menggunakan metode heat shock dengan suhu 42oC dan bantuan CaCl2 dalam pembentukan sel Escherichia coli DH5α kompeten. Penentuan konsentrasi apoptin dilakukan dengan metode Lowry dan BSA sebagai protein standarnya. Deteksi massa molekular apoptin oleh metode SDS-PAGE dilakukan dengan konsentrasi gel sebesar 15% dan mendeteksi adanya pita protein di bawah 30 KDa. Uji karakterisasi asam amino yang dilakukan dengan Liquid Chromatography Mass Spectroscopy menunjukkan bahwa adanya konsentrasi asam amino berlebih dalam apoptin sehingga meningkatkan deteksi massa molekularnya oleh SDS-PAGE.
Apoptin is a protein from chicken anemia virus which could induce tumor cell apoptotic. The use of apoptin as anticancer could overwhelm chemotheraphy weaknesses. Apoptin molecular weight detection conducted by SDS-PAGE had various results while the recombinant amino acids are the suspects. Recombinant amino acids characterization of apoptin in order to prove the hypothesis was conducted by two variants of recombinant plasmid, which were 12 histidine modification dan 12 histidine-8 arginine modification, transformed into Escherichia coli DH5α. These two variations were given the same treatment. Heat shock method was used in plasmid transformation at 42oC and CaCl2 treatment was used in order to create Escherichia coli DH5α competent cells. Apoptin concentration determination was conducted by Lowry method and BSA was used as protein standard. Molecular weight detection of apoptin by SDS-PAGE was conducted using 15% gel concentration and there was protein band detected below 30 KDa. Amino acids characterization test conducted indicate that there are excess amino acids concentration in apoptin as the cause of increasing molecular weight detection by SDS-PAGE.
"
Depok: Fakultas Teknik Universitas Indonesia, 2014
S55247
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
<<   1 2 3 4 5 6 7 8 9 10   >>