Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Hasil Pencarian

Ditemukan 145891 dokumen yang sesuai dengan query
cover
Aditya Chandra Nugraha
Konstruksi plasmid rekombinan penyandi onkoprotein E7 wild type HPV tipe 16 dan ekspresinya pada escherichia coli BL21 codon plus = Construction of recombinant plasmid encoding oncoprotein E7 wild type HPV type 16 and its expression in escherichia coli BL21 codon plus
"Pengobatan kanker serviks selama ini masih bergantung pada pemberian vaksin profilaktik yang bersifat preventif. Vaksin tersebut tidak dapat menyembuhkan pasien yang telah menderita kanker. Sebuah strategi baru dibuat dengan tujuan menyembuhkan pasien yang telah terinfeksi HPV. Strategi tersebut ialah pemberian vaksin terapeutik yang memiliki kemampuan kuratif. Onkoprotein E7 HPV Tipe 16 dibutuhkan sebagai studi untuk merancang vaksin terapeutik yang efektif dan aman. Onkoprotein E7 nantinya akan digunakan sebagai kontrol positif onkogenitas vaksin terapeutik yang dibuat. Produksi onkoprotein E7 dilakukan dengan membuat konstruksi plasmid rekombinan penyandi onkoprotein E7 wild type wt HPV tipe 16. Fragmen DNA E7 wt diklona ke plasmid pQE80L pada situs SacI dan HindIII. Analisis fragmen DNA E7 wt pada plasmid rekombinan dilakukan dengan metode PCR dan restriksi. Plasmid rekombinan ditransformasi ke dalam sel Escherichia coli BL21 Codon Plus cp dengan metode heat shock. Ekspresi onkoprotein E7 wt oleh sel E. coli transforman dilakukan dengan pemberian induksi IPTG 1 mM selama 4 jam. Plasmid rekombinan pQE80L-E7 wt mampu mengekspresikan onkoprotein E7 wt di dalam sel E. coli BL21 cp dengan berat molekul 35 KDa. Konfirmasi western blotting menunjukkan sebuah pita dengan ukuran 35 KDa yang sesuai dengan berat molekul onkoprotein E7 wt yang diekspresi.
Treatment of cervical cancer during this time is still dependent on the provision of preventive prophylactic vaccine. The vaccine can not cure patients who have had cancer. A new strategy is created with the aim of curing patients who have been infected with HPV. The strategy is giving a therapeutic vaccine that has curative ability. Oncoprotein E7 HPV Type 16 is needed as a study to design effective and safe therapeutic vaccines. Oncoprotein E7 will then be used as a positive control of the oncogenicity of the therapeutic vaccine made. The production of oncoprotein E7 was carried out by constructing a recombinant plasmid encoding of a wild type wt E7 oncoprotein HPV type 16. The E7 wt DNA fragment was cloned to a pQE80L plasmid on SacI and HindIII sites. Analysis of E7 wt DNA fragment on recombinant plasmid was done by PCR method and restriction. Recombinant plasmid is transformed into Escherichia coli BL21 Codon Plus cp cells by heat shock method. Expression of oncoprotein E7 wt by transformant E. coli cells was performed by induction of 1 mM IPTG for 4 hours. Recombinant plasmid pQE80L E7 wt is capable of expressing the E7 wt oncoprotein in the E. coli BL21 cp cell with 35 KDa molecular weight. The western blotting confirmation result shows a band of size 35 KDa corresponding to the weight of the expressed E7 wt oncoprotein molecule."
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2017
S69680
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Ima Magisma
Ekspresi protein p53 pada escherichia coli bl21 codon plus = P53 protein expression in escherichia coli bl21 codon plus
"Selama ini pengobatan kanker serviks hanya menggunakan vaksin profilaktik yang bersifat preventif. Pengembangan vaksin terapeutik yang bersifat kuratif perlu dilakukan untuk penderita yang berada dalam tahap terinfeksi HPV-16 pra-kanker dan kanker. Akan tetapi, efektifitas dan keamanan kandidat vaksin terapeutik perlu diuji terlebih dahulu dengan uji interaksi onkoprotein E6 dengan protein penekan tumor p53. Oleh karena itu, tujuan penelitian ini adalah melakukan ekspresi protein p53. Protein p53 merupakan salah satu komponen sistem pendeteksi interaksi antigen E6 dengan p53. Ekspresi p53 menggunakan sel E. coli transforman dilakukan dengan pemberian induksi IPTG 1 mM selama 4 jam. Plasmid rekombinan pQE-80L_p53 mampu mengekspresikan protein p53 di dalam sel E. coli BL21 cp dengan berat molekul 54 KDa. Hasil western blotting menunjukkan sebuah pita berukuran 54 KDa yang sesuai dengan berat protein p53.
Over the last few years, cervix medication depends only on prophylactic vaccination. The development of therapeutic vaccination needs to be improved in order to treat HPV 16 infected patients. However, vaccines safety needs to be tested by examining interaction between E6 oncoprotein and p53 tumour suppressor protein. Therefore, p53 protein needs to be expressed as one of the system components. pQE 80L recombinant plasmid is capable to express p53 6xhis tagged using E. coli BL21 Codon Plus as a cell host. Western blot result showed that 4 hours of 1 mM IPTG induction produced a single band with the size of 54 kDa."
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2018
S-Pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Fani Suciyani
Ekspresi dan karakterisasi protein E6 human papillomavirus (HPV) tipe 16 rekombinan yang diekspresikan pada escherichia coli BL21-codonPlus (DE3) = Expression and characterization of E6 human papillomavirus (HPV) type 16 recombinant protein which escherichia coli BL21-codonPlus (DE3)
"Masih tingginya penderita kanker serviks dan keterbatasan vaksin profilaktik yang tidak memiliki efek terapeutik mendorong dikembangkannya vaksin Human Papillomavirus HPV yang bersifat terapeutik. Salah satu protein Human Papillomavirus HPV yang berpotensi sebagai vaksin terapeutik yaitu protein E6. Protein E6 yang bersifat alamiah diperlukan sebagai kontrol dalam uji keamanan vaksin. Studi ini bertujuan untuk mengekspresikan gen E6 yang sebelumnya telah diklona pada vektor pGEX-6P-1. Verifikasi plasmid rekombinan E6 dilakukan dengan elektroforesis gel agarosa, double digest, dan sekuensing. Ekspresi protein dilakukan pada sistem ekspresi prokariota yaitu Escherichia coli BL21-CodonPlus DE3. Ekspresi protein dilakukan pada suhu 37 C dan diinduksi IPTG dengan konsentrasi akhir 0,2 mM, 0,4 mM, dan 1 mM. Protein yang telah diperoleh divisualisasi dengan SDS-PAGE 12 dan dikarakterisasi dengan western blot. Analisis menggunakan perangkat lunak genscript menunjukan bahwa ekspresi protein E6 memiliki laju ekspresi yang rendah dengan nilai Codon Adaptation Index CAI 0,57, kandungan GC 38,56, dan Codon Frequency Distribution CFD 20 . Keberadaan protein E6 dideteksi dengan western blot menggunakan antibodi poliklonal dan hasil western blot menunjukkan adanya protein E6 berukuran 44 kDa.
The high prevalence of cervical cancer and the limited prophylactic vaccine that does not have a therapeutic effect encourage the development of the therapeutic Human Papillomavirus HPV vaccine. One of the proteins of Human Papillomavirus HPV which is potential as a therapeutic vaccine is E6 protein. A natural E6 protein is required as a control in vaccine safety testing. This study aims to express the previously cloned E6 gene in the pGEX 6P 1 vector. Verification of recombinant plasmid E6 was performed with agarose gel electrophoresis, double digest, and sequencing. Protein expression was performed on the prokaryotic expression system Escherichia coli BL21 CodonPlus DE3. Protein expression was performed at 37 C and induced with IPTG with a final concentration of 0.2 mM, 0.4 mM, and 1 mM and was characterized by western blot. The obtained protein was visualized with SDS PAGE 12. Analysis using genscript software showed that E6 protein expression had low expression rate with Codon Adaptation Index CAI 0,57, GC content 38,56, and Codon Frequency Distribution CFD 20. The presence of E6 protein was detected by western blot using polyclonal antibody and the western blot result indicated the presence of E6 protein at 44 kDa."
Depok: Fakultas Farmasi Universitas Indonesia, 2017
S-pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Maimunah
Perbandingan Karakterisasi Hasil Ekspresi Gen Pengkode PLpro-CoV2 di Plasmid pET21d(+) pada E. coli BL21(DE3) dengan Kodon Optimasi dan Tanpa Optimasi = Comparison of the Characterization of Gene Expression PLpro-CoV2 in pET21d(+) on E. coli BL21(DE3) with Codon Optimization and Non-Optimization
"COVID-19 merupakan penyakit yang disebabkan oleh virus severe acute respiratory syndrome coronavirus-2 atau SARS-CoV-2. Penyakit ini telah menjadi pandemi sejak Desember 2019 dan menyebabkan dampak yang besar bagi kehidupan manusia. Meskipun saat ini kasus penyakit sudah mulai menurun, penyakit ini tetap menjadi masalah kesehatan bagi masyarakat. Oleh karena itu, diperlukan manajemen jangka panjang salah satunya dengan penggunaan terapi anti-virus yang potensial. Papain-like-protease (PLpro) adalah salah satu protease pada SARS-CoV-2 yang memiliki dua peran penting dalam siklus hidup virus sehingga inhibisi pada protein ini dapat menjadi agen terapi yang potensial. Proses penemuan agen terapeutik ini membutuhkan sejumlah protein yang soluble dan murni. Salah satu cara untuk mendapatkan protein adalah teknologi rekombinan dengan menyisipkan gen PLpro ke dalam bakteri. Agar proses tersebut dapat berlangsung secara efektif dan efisien, proses ekspresi harus dilakukan pada kondisi yang optimal diikuti dengan modifikasi sistem ekspresi. Penelitian ini bertujuan untuk membandingkan ekspresi pET21d(+)-PLpro pada Escherichia coli BL21(DE3) antara kodon yang dioptimasi dan tanpa optimasi serta mengetahui kondisi yang optimal saat proses ekspresi protein. Proses diawali dengan memperbanyak plasmid, verifikasi plasmid, dan transformasi ke E. coli BL21(DE3). Ekspresi PLpro dilakukan pada beberapa parameter dengan hasil yang optimal pada suhu inkubasi 19°C, induksi IPTG 0,1 mM selama 18 jam inkubasi. Hasil proses purifikasi PLpro sebesar 0,466 mg/mL (optimized) dan 0,738 mg/mL (non-optimized). Berdasarkan hasil pengamatan SDS-PAGE dan Western-Blot, masalah yang ada pada PLpro tanpa optimasi kodon, seperti leaky expresion, degradasi protein, jumlah protein yang tidak konsisten, dan ekspresi insoluble protein yang berlebihan dapat diatasi dengan proses optimasi kodon.
COVID-19 was a disease caused by the severe acute respiratory syndrome coronavirus-2 or SARS-CoV-2. This disease has become a pandemic since December 2019 and had a major impact on human life. Although cases have started to decrease, this disease remains a public health problem. Therefore, long-term management was needed, one of which was the use of potential anti-viral therapy. Papain-like protease (PLpro) was one of the proteases in SARS-CoV-2 and has two crucial roles in the viral life cycle, so inhibition of this protein can be a potential therapeutic agent. The process of discovering these therapeutic agents required a large amount of pure, soluble protein. One way to obtain this was through recombinant technology, which involves inserting the PLpro gene into bacteria. For the process to take place effectively and efficiently, the expression must be carried out under optimal conditions, followed by a modification of the expression system. This study aimed to compare the expression of pET21d(+)-PLpro in Escherichia coli BL21(DE3) between optimized and non-optimized codons and to determine the optimal conditions during the protein expression process. It begins with plasmid amplification, verification, and transformation to E. coli BL21(DE3). PLpro expression was carried out on several parameters with optimal results at an incubation temperature of 19°C and 0.1 mM IPTG induction for 18 hours of incubation. The results of the PLpro purification were 0.466 mg/mL (optimized) and 0.738 mg/mL (non-optimized). Based on the result in SDS-PAGE and Western-Blot observations, problems that exist in PLpro without codon optimization, such as leaky expression, protein degradation, inconsistent amounts of protein, and excessive expression of insoluble protein, can be overcome by codon optimization."
Depok: Fakultas Farmasi Universitas Indonesia, 2023
S-pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Handina Dwirachmi
Konstruksi plasmid rekombinan pengekspresi antigen E7 HPV-16 pada sistem ekspresi mamalia untuk pengembangan vaksin dna terapeutik HPV-16 = The construction of recombinant plasmid expressing HPV-16 E7 antigen on mammalian expression system to develop therapeutic HPV-16 dna vaccine
"ABSTRAK
Human papillomavirus HPV adalah virus DNA yang dapat menginfeksi bagian basal sel epitel leher rahim wanita melalui luka sehingga meningkatkan kasus kanker serviks di Indonesia. Penelitian mengenai pengembangan obat terhadap penyakit kanker serviks berbasis vaksin DNA terapeutik telah dilakukan melalui konstruksi plasmid rekombinan antigen E7 HPV-16 pada sistem ekspresi mamalia. Vektor plasmid pcDNA 3.1 5.428 pb yang digunakan pada penelitian berhasil dikonstruksi melalui proses digesti pada situs NheI dan ligasi dengan fragmen acak gen E7 294 pb sehingga membentuk plasmid rekombinan pcDNA-E7 CADB. Plasmid rekombinan hasil ligasi diklona ke dalam sel E. coli TOP 10 melalui proses transformasi heat shock. Analisis hasil penelitian menunjukkan bahwa 5 koloni mengandung plasmid rekombinan pcDNA-E7 CADB. Analisis orientasi arah gen melalui PCR dan digesti pada 5 koloni menghasilkan 2 koloni plasmid positif dengan arah orientasi 5 rsquo; ke 3 rsquo; pada koloni nomor 5 dan 7. Kedua koloni menunjukkan bahwa fragmen gen E7 CADB berhasil disisipkan pada vektor pcDNA 3.1 dan berhasil diklona ke dalam E. coli TOP 10.
ABSTRACT
Human papillomavirus HPV is a DNA virus that can infects the basal cells of the female cervix through wounds in which it may increase the risk of cervical cancer in Indonesia. There has been a drug development research to treat cervical cancer based on therapeutic DNA vaccine via constructing recombinant plasmid of HPV 16 E7 in mammalian expression system. pcDNA 3.1 plasmid vectors 5.428 bp which were used in this research are successfully construced through the digestion process at NheI site and the ligation process with shuffling fragments of E7 gene 294 bp which created pcDNA E7 CADB recombinant plasmid. Recombinant plasmid which is the result of the ligation process is cloned into TOP 10 Escherichia coli cell through a transformation process called heat shock. The result of this research displays 5 colonies containing pcDNA E7 CADB recombinant plasmid. Analysis of gene direction orientation through PCR and digestion of 5 colonies displays positive plasmid on 2 colonies with 5 rsquo ndash 3 rsquo direction on colony unit 5 and colony unit 7. Result of the 2 colony shows that E7 CADB gene fragment successfully inserted into the NheI site of pcDNA 3.1. It also resulted in cloning completion of E7 CADB gene fragments into TOP 10 E. coli."
2017
S69683
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Naomi Pertiwi
Konstruksi plasmid pJ804-mCSF3 untuk ekspresi protein met-hG-CSF pada escherichia coli = Construction of plasmid pJ804-mCSF3 for expression of met hG-CSF protein in escherichia coli
"Gen CSF3 merupakan gen penyandi human granulocyte-colony stimulating factor hG-CSF. Gen CSF3 yang digunakan dalam penelitian ini merupakan gen sintetik dari penelitian terdahulu disebut CSF3syn yang dikonstruksi secara in vitro. Gen tersebut mengandung kodon preferensi Escherichia coli dan telah berhasil digunakan untuk mengekspresikan protein hG-CSF rekombinan pada E. coli menggunakan plasmid ekspresi berbasis promotor T7. Gen CSF3syn disubkloning ke dalam plasmid ekspresi yang mengandung promotor rhaBAD pada penelitian ini. Promotor ini dapat terinduksi oleh rhamnose dalam media sebagai sumber karbon. Tujuan penelitian ini adalah mendapatkan konstruk plasmid rekombinan pJ804-mCSF3 sebagai sumber vektor alternatif untuk produksi protein hG-CSF rekombinan pada sistem ekspresi E. coli menggunakan plasmid berbasis promotor rhaBAD. Konstruksi plasmid dilakukan melalui subkloning gen CSF3syn ke dalam plasmid pJ804. Terdapat dua varian gen CSF3syn yang digunakan, yaitu mCSF3-ori dan mCSF3-new2. Kedua gen tersebut diisolasi masing-masing dari plasmid pJ414-mCSF3-ori dan pJ414-mCSF3-new2 setelah didigesti dengan enzim restriksi NdeI dan XhoI. Gen target dan plasmid selanjutnya diligasi dan plasmid rekombinan yang diperoleh diklon ke dalam E. coli DH5?. Sebanyak 12 dari 30 koloni transforman pJ804-mCSF3-ori dan 7 dari 44 koloni transforman pJ804-mCSF-new2, positif menunjukkan pita gen CSF3syn sebesar 558 pb setelah diverifikasi menggunakan teknik PCR koloni dan PCR plasmid. Analisis digesti plasmid menggunakan enzim NdeI dan XhoI mengonfirmasi situs ligasi dan ukuran dari plasmid rekombinan yang diperoleh 4.723 pb. Plasmid rekombinan pJ804-mCSF-ori dan pJ804-mCSF3-new2 telah berhasil dikonstruksi.
CSF3 is a gene that encodes the human granulocyte colony stimulating factor hG CSF. The CSF3 gene used in this study was a synthetic gene from a previous study called CSFsyn that was constructed in vitro. The gene contains the Escherichia coli codon preference and has been successfully used to express the recombinant hG CSF protein in E. coli using T7 promoter based expression plasmid. The CSF3syn gene was subcloned into an expression plasmid containing rhaBAD promoter in this study. This promoter can be induced by rhamnose in the media as a carbon source. The purpose of this study was to obtain a recombinant plasmid construct of pJ804 mCSF3 as an alternative vector source for the production of recombinant hG CSF protein in an E. coli expression system using rhaBAD promoter based plasmid. The plasmid construction was performed by subcloning the CSF3syn gene into the pJ804 plasmid. There are two variants of CSF3syn genes used, mCSF3 ori and mCSF3 new2. The two genes were isolated from pJ414 mCSF3 ori and pJ414 mCSF3 new2 plasmids respectively after digestion using NdeI and XhoI restriction enzymes. The target genes and plasmid were subsequently ligated and recombinant plasmid obtained were cloned into E. coli DH5 . Twelve out of the 30 transformant colonies of pJ804 mCSF3 ori and 7 out of 44 transformant colonies pJ804 mCSF new2, positively demonstrated the presence of CSF3syn gene band of 558 bp. Those colonies have been verified using colony PCR and plasmid PCR techniques. Plasmid digestion analysis using NdeI and XhoI enzymes confirmed ligation site and size of the recombinant plasmids obtained 4.723 bp. Recombinant plasmids pJ804 mCSF ori and pJ804 mCSF3 new2 have been successfully constructed."
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2017
S-Pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Namira Wandafiana
Expression of HIV-1 Recombinant Protein gp-41 in plasmid pQE80L of Escherichia coli for Development of HIV-1 Diagnostic System = Ekspresi Protein Rekombinan HIV-1 gp-41 menggunakan Plasmid pQE80L pada Escherichia coli untuk pengembangan sistem diagnostik HIV-1
"Latar Belakang: gp41 adalah transmembran glikoprotein yang memiliki peran penting dalam fusi dan masuknya Human Immunodeficiency Virus-1 (HIV-1). Keterlibatan protein transmembrane gp41 sangatlah krusial di seluruh fase awal penularan mukosa HIV-1; maka keberadaan protein ini penting untuk skrining dan diagnosis HIV-1. Protein transmembran gp41 dapat dimanfaatkan sebagai alat diagnostik HIV-1 melalui uji deteksi antibodi yang meliputi, Rapid Diagnostic Test, ELISA, dan Western Blot (WB). Namun, meskipun terdaftar sebagai salah satu protein HIV-1 yang memiliki banyak manfaat, studi mengenai ekspresi dan optimalisasi protein transmembran gp41 masih kurang diteliti. Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan untuk memperoleh pengetahuan mengenai kondisi optimal untuk mengekspresikan protein transmembran gp41 pada Escherichia coli (E. coli) PQE80L untuk pengembangan uji diagnostik HIV-1.
Metode: Penelitian ini menggunakan bagian imunodominan dari protein transmembrane gp41 (gp41-IDR). Protein gp41-IDR kemudian diekspresikan dalam sistem ekspresi E. coli dan dioptimalkan pada berbagai variabel, yaitu media kultur, konsentrasi penginduksi dan waktu induksi. Hasil yang diperoleh dari SDS-PAGE 20% didokumentasikan oleh ImageQuant Las 4000, sedangkan kuantisasi dan analisa protein gp41-IDR dilakukan di Image Lab 6.1. Software for Mac.
Hasil: Hasil penelitian menunjukkan bahwa protein gp41-IDR lebih maksimal jika diekspresikan pada medium Terrific Broth (TB) dibandingkan dengan dua media kaya nutrisi lainnya, yaitu Luria Bertani (LB) dan 2x Yeast Extract-Tryptone (2x YT). Di antara lima konsentrasi Isopropil-beta-D-thiogalactopyranoside (IPTG) yang diuji, induksi oleh 1 mM IPTG menunjukkan hasil protein tertinggi jika dibandingkan dengan konsentrasi IPTG lainnya. Apabila dibandingkan dengan protein yang diinduksi selama 6 jam dan semalam, induksi protein gp41-IDR rekombinan selama 3 jam menunjukkan hasil protein tertinggi.
Kesimpulan: Protein rekombinan gp41-IDR HIV-1 berhasil diekspresikan pada Escherichia coli (E. coli), dengan PQE80L sebagai vektor ekspresi. Hasil dari penelitian ini menunjukkan bahwa protein rekombinan gp41-IDR dari HIV-1 Subtipe CFR01_AE diekspresikan secara optimal pada medium Terrific Broth (TB), dengan 1 mM IPTG selama 3 jam.
Background: gp41 is a viral transmembrane glycoprotein that plays a significant role in the fusion and entry of Human Immunodeficiency Virus-1 (HIV-1). The involvement of gp41 transmembrane protein is pivotal throughout the early phases of HIV-1 mucosal transmission; hence the presence of this protein is important for HIV-1 screening and diagnosis. gp41 transmembrane protein can be utilized as an HIV-1 diagnostic tool through antibody detection tests, namely Rapid Diagnostic Test, ELISA, and Western Blot (WB). However, despite being listed as one of the most valuable HIV-1 proteins, research regarding the expression and optimization of gp41 transmembrane protein is likely underreported. Therefore, this research aims to obtain knowledge regarding the optimal condition to express gp41 transmembrane protein in Escherichia coli (E. coli) PQE80L for the development of HIV-1 diagnostic test.
Methods: The immunodominant region of gp41 transmembrane protein (gp41-IDR) was used in this study. gp41-IDR protein was expressed in E. coli expression system and optimized under varying variables, namely culture medium, inducer concentration and induction time. The results obtained from SDS-PAGE 20% were documented by ImageQuant Las 4000, while quantitation and analysis of the gp41-IDR protein was done in Image Lab 6.1. Software for Mac.
Results: The results indicated that the gp41-IDR protein yield was maximized when expressed in Terrific Broth (TB) Medium as compared to other two nutrient-rich media, namely Luria Bertani (LB) and 2x Yeast Extract-Tryptone(2x YT). Among the five Isopropyl-beta-D-thiogalactopyranoside (IPTG) concentrations tested, induction by 1 mM of IPTG showed the highest protein yield when compared to the other IPTG concentrations. In comparison to those induced for 6 hours and overnight, induction of recombinant gp41-IDR protein for 3 hours offered the highest protein yields.
Conclusion: To conclude, recombinant gp41-IDR HIV-1 protein was successfully expressed in the Escherichia coli (E. coli) host system, with PQE80L as expression vector. Findings from this study indicate that gp41-IDR recombinant protein from HIV-1 Subtype CFR01_AE is optimally expressed in Terrific Broth (TB) Medium, with 1 mM of IPTG for 3 hours."
Jakarta: Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia, 2021
TA-pdf
UI - Tugas Akhir  Universitas Indonesia Library
cover
Made Ayu Gitagayatri
Expression of HIV-1 Recombinant Protein Pol ID2 in pQE-80L Plasmid of Escherichia coli for Development of HIV-1 Diagnostic System = Ekspresi Rekombinan Protein HIV-1 POL ID2 Menggunakan Plasmid pQE-80L pada Escherichia coli untuk Pengembangan Sistem Diagnostic HIV-1
"Protein pol termasuk dalam tiga gen signifikan yang mengkode protein struktural HIV-1. Namun, sebagian besar tes diagnostik HIV hanya melibatkan dua produk HIV yang signifikan yaitu, protein Env atau Gag, yang berarti bahwa sebagian besar tes diagnosa HIV dilakukan atau dikembangkan menggunakan antigen yang sama. Hal ini pada akhirnya dapat menghasilkan hasil positif palsu yang berulang jika ada antibodi yang bereaksi silang karena sebagian besar tes disiapkan hanya dengan antigen umum yang sama. Solusi untuk masalah ini adalah mengembangkan uji diagnostik alternatif yang berbeda menggunakan antigen utama lain, seperti protein Pol. Salah satu produk protein Pol, enzim Integrase, termasuk dalam salah satu protein imunogenik HIV, yang berarti dapat digunakan untuk meningkatkan spesifisitas tes diagnostik HIV. Menggunakan protein Pol Immunodominant 2 (Pol ID2), sebuah protein yang terdiri dari Integrase dan RNAse H, yang sudah dikembangkan sebelumnya menggunakan subtipe HIV-1 yang paling menonjol di Indonesia (HIV-1 CRF01_AR), penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan pengetahuan tentang kondisi optimal untuk mengekspresikan protein rekombinan Pol ID2 dalam plasmid pQE-80L Escherichia coli (E. coli) dengan harapan dapat berkontribusi terhadap pengembangan dan peningkatan kemandirian tes diagnostik HIV-1 di Indonesia.
Metode: Penelitian ini dilakukan menggunakan metode desain studi eksperimental analitik. Dalam penelitian ini, protein rekombinan Pol Immunodominant 2 (ID2) dalam plasmid pQE-80L E. coli diekspresikan pada beberapa variabel media kultur, konsentrasi penginduksi, dan waktu induksi. Kultur ekspresi divisualisasikan menggunakan elektroforesis SDS PAGE dan didokumentasikan menggunakan mesin ImageQuant Las 4000. Meskipun tidak ada analisis statistik yang dilakukan, software analisis gel Image Lab 6.1 digunakan untuk menganalisis, mengukur, dan mendapatkan rasio kuantitas absolut dari konsentrasi protein pada setiap variabel.
Hasil: Protein rekombinan Pol ID2 yang diperoleh dari HIV-1 subtipe CFR01_AE dapat diekspresikan secara optimal menggunakan media Terrific Broth dengan menggunakan 1mM Isopropil- beta-D-thiogalactopyranoside (IPTG) selama 3 jam induksi.
Kesimpulan: Dapat disimpulkan bahwa plasmid pQE80L-Pol ID2 yang sebelumnya sudah dikembangkan di laboratorium PRVKP FKUI-RSCM dapat mengekspresikan protein rekombinan Pol ID2 dari HIV-1 subtipe CFR01_AR yang dikembangkan di bawah laboratorium yang sama. Protein dapat diekspresikan secara optimal dalam media kultur Terrific Broth menggunakan IPTG 1mM selama 3 jam induksi pada suhu 37oC.
Background: Pol protein is included in the three significant genes that encode a structural protein of HIV-1. However, most HIV diagnostic tests involve only the two significant HIV products, Env or Gag protein, which means that most manufacturers use the same antigen sequence to develop these tests. This may eventually result in repetitive false-positive results if there is any cross-reacting antibody since the test is prepared only with the same common antigens. A solution to this problem is developing a different alternative diagnostic assay using a different major antigen such as Pol genes. One of the Pol gene products, viral enzyme integrase, is included in one of the immunogenic proteins of HIV, meaning that it may be used to improve the specificity of HIV diagnostic assays. Using a previously generated Pol Immunodominant 2 (Pol ID2) protein, comprised of Integrase and RNAseH, obtained from the most prominent HIV-1 subtype in Indonesia (HIV-1 CRF01_AR), this research aims to gain knowledge regarding the optimal conditions to express Pol ID2 recombinant protein in pQE-80L plasmid of Escherichia coli (E. coli) in hopes to contribute towards the development and self-reliance of HIV-1 diagnostic tests in Indonesia. Experimental, analytical study design was used for this research. The Recombinant Pol Immunodominant 2 (ID2) protein in the pQE-80L plasmid of E. coli was expressed under several variables of culture media, inducer concentration, and induction time. The expression culture was visualized using SDS PAGE and documented using ImageQuant Las 4000 machine. Although no statistical analysis was done, Image Lab 6.1 gel analysis software was used to analyze, quantify, and obtain the absolute quantity ratio of protein concentration of each variable.
Result: Pol ID2 recombinant protein obtained from HIV-1 subtype CFR01_AE are optimally expressed using Terrific Broth media using 1mM Isopropyl-beta-D-hiogalactopyranoside (IPTG) for 3 hours of induction.
Conclusion: It could be concluded that pQE80L-Pol ID2 plasmid previously developed in IHVCB FMUI-RSCM Laboratory can express Pol ID2 recombinant protein from HIV-1 subtype CFR01_AR that is constructed under the same laboratory. The protein expression is optimized in Terrific Broth culture media using 1mM IPTG inducer for 3 hours of induction in 37oC."
Jakarta: Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia, 2021
TA-pdf
UI - Tugas Akhir  Universitas Indonesia Library
cover
Annisaa Paramita Setiabudi
Konstruksi gen penyandi pluripotensi oct 4 dan klf4 rekombinan di inang escherichia coli = Construction of recombinant gene coding of pluripotency oct 4 and klf4 in escherichia coli host
"Oct-4 dan Klf4 merupakan dua gen penyandi pluripotensi yang terdapat pada manusia. Kedua gen tersebut dapat dideteksi pada mRNA sel kanker manusia dengan menggunakan rancangan primer spesifik pada metode RT-PCR. Proses RT-PCR akan mengubah mRNA menjadi cDNA yang kemudian hasilnya dilakukan purifikasi dari gel agarosa. Hasil purifikasi gel agarosa diamplifikasi dengan PCR. Selanjutnya, dilakukan proses sekuensing untuk memeriksa keakuratan sekuen gen yang nantinya akan dikloning. Hasil sekuensing dianalisis dengan BLASTN untuk pencarian homologi pada database asam nukleat. Ligasi dilakukan menggunakan vektor pET101/D-TOPO®. Rancangan primer yang spesifik dan penambahan basa CACC ATG pada primer forward merupakan syarat untuk melakukan ligasi DNA ke vektor pET101/D-TOPO®, dimana proses ligasi ini tidak menggunakan enzim ligase. Selanjutnya, produk hasil ligasi ditransformasi ke inang Escherichia coli DH5α yang selnya sudah dibuat kompeten dengan metode heat shock. Koloni yang tumbuh di media LB agar dengan ampisilin diisolasi untuk mendapatkan plasmid yang selanjutnya dianalisis dengan menggunakan teknik PCR. Vektor plasmid yang terdapat pada E.coli DH5α kompeten mengandung sisipan gen Oct-4 dan Klf4.
Oct-4 and Klf4 are two genes coding of pluripotency in human. Both of the genes can be detected in human cancer cell mRNA by using specifically designed primers in RT-PCR method. RT-PCR process changed the mRNA into cDNA. The result from this process was purified from agarose gel fragment and amplified by PCR method. Then, sequencing of the purified products were done and analyzed using BLASTN feature in NCBI site to search the homology of the sequence compared to the sequences in nucleic acid database. The vector used in ligation process was pET101/D-TOPO® vector. Specifically designed primers and adding CACC ATG base in the beginning of forward primer are the requirements of using this vector. The ligation process using this TOPO® vector does not require the presence of DNA ligase. The next process is transformation by using the heat shock method. Ligation product is transformed into competent Escherichia coli DH5α host. Colonies that grows in LB agar media with ampicillin are treated by plasmid isolation protocol in order getting the plasmids for further anlysis using PCR method. The result from PCR analysis shows that the plasmids in competent E.coli DH5α contain Oct-4 and Klf4 inserts."
Depok: Universitas Indonesia, 2014
S57155
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Pauline Phoebe Halim
Konstruksi Plasmid Rekombinan untuk Pengekspresian Epitop PD1 EP2 dalam Sistem Ekspresi E. coli = Construction of Recombinant Plasmid for Expression of PD1 EP2 Epitope in E. coli Expression System
"

Imunoterapi merupakan metode terapi kanker yang sedang berkembang namun belum tersedia bebas di Indonesia karena biayanya yang mahal. Salah satu cara kerjanya adalah dengan menargetkan bagian spesifik dari sistem imun untuk membentuk respon terhadap sel ganas dan meningkatkan apoptosis sel menggunakan antibodi monoklonal. Contohnya reseptor PD1 yang berfungsi untuk menghalangi ligan PD1 yang banyak terdapat pada permukaan sel kanker. Riset ini bertujuan untuk mendapatkan plasmid rekombinan epitop PD1 EP2 yang akan dipergunakan dalam riset payung tim PRVKP. Rekombinasi DNA dilakukan dengan memasukan fragmen DNA PD1 EP2 yang telah diperbanyak dan dipotong ke dalam plasmid pQE-80L. Hasil ligasi kemudian ditransformasi dalam bakteri E.coli TOP10 dan dianalisa dengan PCR koloni. Produk PCR terbukti mengandung plasmid rekombinan PQE EP2. Konfirmasi selanjutnya dengan analisa sekuens DNA memastikan kandungan basa pada fragment insert telah terekspresi dalam plasmid. Sekuensing koloni ke 12 menunjukan bahwa insert telah terekspresi tanpa mutasi. Beberapa protokol ditemukan berpotensi mengurangi kemungkinan keberhasilan studi ini namun penelitian lebih lanjut. Dikarenakan hasil analisa ulang situs restriksi HindIII pada sekuens DNA tidak dapat memberi kepastian, sekuensing ulang disarankan untuk dilakukan. Protokol PRVKP disarankan untuk disempurnakan kembali.

Immunotherapy is a flourishing method for cancer treatment that is not available in Indonesia due to its expensive cost. One of its working method is by targeting a specific part of immune system to induce response against cancer cell and increase cell apoptosis with monoclonal antibodies. As example, PD1 receptor which function is to inhibit PD1 ligands abundantly found at the surface of cancer cell. This research focused on obtaining PD1 EP2 epitope recombinant plasmid to create the PD1 monoclonal antibody that is being develop by PRVKP team. DNA recombination was performed by inserting PD1 EP2 epitope's fragment into pQE-80L plasmid. Ligation product was then transformed into E.coli TOP10 bacteria and analyzed with colony PCR. PCR product had been proven to yield several colonies which contain PQE EP2 recombinant plasmid. Next, sequence analysis was conducted to confirm correct insert fragment was successfully expressed in plasmid. The 12th colony sequence was confirmed to contain non-mutated bases. Several protocol were found to potentially decrease the chance of success, yet further examination was not executed as it was not the focus of the research. As reanalysis of HindIII restriction site in recombinant sequence remained inconclusive, resequencing was suggested. PRVKP protocols adjustment was advised.

"
Depok: Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia , 2019
S-Pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
<<   1 2 3 4 5 6 7 8 9 10   >>