Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"ABSTRAKLatar belakang: Zoonosis malaria telah menjadi perhatian komunitas kesehatan dunia setelah adanya laporan kasus di Sarawak pada tahun 2004. Penyakit ini disebabkan oleh parasit malaria satwa primata Plasmodium knowlesi dengan inang alami Macaca fascicularis dan M. nemestrina. Baku emas diagnosis parasit malaria masih berdasarkan pada identifikasi mikroskopik. Selain membutuhkan keahlian yang tinggi, teknik ini terkadang sulit menentukan spesies parasit bila terjadi infeksi campuran dan parasitemia yang sangat rendah. Belakangan diusulkan DNA barcoding, suatu metode identifikasi menggunakan penanda gen sitokrom c oksidase subunit I COI DNA mitokondria untuk spesiasi. Penelitian yang dilakukan bertujuan untuk mengembangkan metode identifikasi spesies parasit menggunakan gen COI sebagai penanda molekul dan mengungkap dasar molekul transmisi zoonosis parasit malaria dengan mempelajari peran gen penyandi protein DARC Duffy Antigen Receptor for Chemokines dan DBP Duffy Binding Protein yang berhubungan dengan invasi sel darah merah.Metode: Verifikasi potensi barcode COI sebagai penanda identifikasi spesies parasit malaria dilakukan dengan studi in-silico, sedangkan validasi penggunaan barcode COI dilakukan dengan analisis sensitivitas dan spesifisitas. Teknologi molekuler PCR-Sequencing dilakukan untuk mengaplikasikan barcode COI pada penapisan parasit malaria di populasi manusia dan satwa primata, serta identifikasi variasi genetik gen penyandi protein DARC dan DBP terutama pada daerah pengikatan ligan parasit dan reseptor inang.Hasil: Studi in-silico menunjukkan bahwa DNA barcoding berpotensi sebagai penanda identifikasi parasit malaria. Primer yang dirancang mengamplifikasi daerah COI sepanjang 670 pb berhasil mengidentifikasi parasit malaria dengan sensitivitas 1 ndash; 3 parasit/ l. Pada penapisan parasit malaria di populasi manusia di Kalimantan Tengah ditemukan 3,34 78/2309 kasus malaria, di mana dua diantaranya adalah kasus malaria knowlesi, yang secara statistik berbeda bermakna bila dibandingkan dengan mikroskopik 2,82 dan 18S rRNA 1,82 . Pada daerah yang sama, penapisan parasit malaria di populasi satwa primata, ditemukan 52,01 168/323 sampel orangutan dan 23,25 10/43 sampel monyet Macaca positif malaria. Spesies parasit yang ditemukan pada orangutan adalah P. species tipe parasit ovale, P. species tipe vivax-cynomolgi, P. species tipe vivax-hylobati dan P. species tipe malariae-inui, sedangkan pada monyet Macaca meliputi P. knowlesi, P. coatneyi, P. inui, juga P. spesies tipe malariae-inui, spesies parasit yang sama ditemukan di orangutan. Studi ini juga menemukan keanekaragaman genetik pada gen penyandi protein Duffy Antigen Receptor for Chemokines manusia maupun satwa primata dan Duffy Binding Protein parasit malaria yang memainkan peran penting dalam invasi parasit malaria.Kesimpulan: Barcode COI dapat secara spesifik dan sensitif mengidentifikasi spesies parasit malaria dan dapat diaplikasikan sebagai alat identifikasi zoonosis malaria. Terdapat variasi genetik gen penyandi protein Duffy Antigen Receptor for Chemokines dan Duffy Binding Protein yang berhubungan dengan invasi sel darah merah.

---

ABSTRACTBackground Zoonotic case of malaria had just come to the attention of public health communities after the Sarawak study in 2004. Zoonotic malaria is caused by Plasmodium knowlesi, primarily a simian malaria parasite in wild long tail macaque Macaca fascicularis and pig tail macaque M. nemestrina as the reservoir hosts. The diagnosis of malaria parasites has mainly relied on the microscopic examination. However, this method is labor intensive, requires an experienced microscopist and difficult in identifying mixed infections in very low parasitemia cases. Recently, DNA barcoding system, which is based on the PCR amplification of a short and highly conserved region of mitochondrial cytochrome c oxidase sub unit I COI has shown to be an invaluable tool for diagnosing and differentiating the species of wide range of organisms. This study was aimed to develop identification tools of malaria parasite by using mtDNA COI gene as a molecular marker and reveal the molecular basis of zoonotic malaria by identifying the genetic variation of protein coding gene of DARC Duffy Antigen Receptor for Chemokines and DBP Duffy Binding Protein that are related to receptor ligand interaction in red blood cell invasion.Methods In silico study was carried out for verifying the potential of DNA barcoding based on the mtDNA COI gene sequence as a marker identification. Sensitivity and specificity analyses were carried out to validate the use of DNA barcoding for medical diagnosis of parasitic infection. Molecular technology of PCR Sequencing was carried out for screening malaria parasit in human and non human primate population and identifying the genetic variation within protein coding gene of DARC and DBP. Results We have initiated a study to explore the use of DNA barcoding for malaria parasite diagnosis through in silico study. We have thus designed primers spanning a 670 bp fragment of the 5 rsquo region of COI gene that could detect parasite isolates as low as 1 3 parasite per l. DNA barcode was used to detect malaria parasite in human population in Central Kalimantan. Of the 2309 subjects, 78 3.34 subjects were malaria positive of which two samples were determined as P. knowlesi infection. The detection rate of COI barcode was significantly higher as compared to microscopic 2.82 and 18S rRNA 1.82 analyses. Of the 366 non human primate samples that include 323 orangutan and 43 macaque 168 orangutan were found to be positive for either P. species ovale type, P. species vivax cynomolgi type, P. species vivax hylobati type and P. species malariae inui type. In macaque, 10 samples were positive for P. knowlesi, P. coatneyi, P. inui and P. species malariae inui type similar to that found in orangutan. The study has also found genetic variation in both human and non human primates Duffy Antigen Receptor for Chemokines and malaria parasite Duffy Binding Protein.Conclusions The study showed that mtDNA COI can be used to diagnose malaria parasites at very low parasitemia level and applied as a diagnosis tool for identification of zoonotic malaria. There is genetic variation in both human and non human primates Duffy Antigen Receptor for Chemokines and malaria parasite Duffy Binding Protein as major determinants for the invasion of malaria parasite."

"Telah dilakukan penelitian identifikasi polimorfisme gen DARC pada subjek penderita malaria di Kabupaten Mimika, Papua. Metode yang digunakan antara lain PCR-RFLP dan direct sequencing. Hasil PCR-RFLP G1877A pada 302 sampel berhasil menemukan 2 tipe alel FY*A dan FY*B dengan frekuensi alel FY*A adalah 0,98 dan alel FY*B adalah 0,02. Hasil PCR-RFLP T(-46)C promoter GATA-1 gen DARC pada 129 sampel tidak menemukan alel GATA-. Dominansi alel FY*A dan GATA+ pada sampel Kabupaten Mimika mirip dengan daerah Papua Nugini dan Asia Tenggara. Tingginya frekuensi alel GATA+ sesuai dengan kondisi di Asia dan Papua Nugini. Hasil direct sequencing berhasil menemukan 4 polimorfisme baru selain 2 polimorfisme di atas yang menunjukkan kesamaan sampel populasi Kabupaten Mimika dengan kontrol Duffy negatif dari Afrika serta membuktikan bahwa tidak ada polimorfisme yang ditemukan pada sekuen penyandi epitop Fy6 dan Fy3.

---

Research had been done to identify DARC gene polymorphisms from malaria subjects in Mimika district, Papua. The methods were PCR-RFLP and direct sequencing. PCR-RFLP result determining G1877A polymorphism from 302 samples found 2 types of allele that was FY*A allele with 0,98 allele frequency and FY*B allele with 0,02 allele frequency. PCR-RFLP result determining T(- 46)C polymorphism from 129 samples did not find any GATA- allele. The dominance of FY*A and GATA+ allele in Mimika district was similar to Papua New Guinea and Southeast Asia. Direct sequencing result found 4 new polymorphisms other than 2 polymorphisms mentioned above which have similarity to Duffy negative control in Africa, and also no polymorphism found in Fy6 and Fy3 epitope coding sequence."

"Maraknya perburuan dan perdagangan ilegal bagian tubuh harimau sumatra (Panthera tigris sumatrae) telah mengancam populasi satu-satunya harimau endemik Indonesia. Bagian tubuh diduga harimau sumatra hasil perdagangan ilegal sering kali dalam kondisi tidak utuh dan sudah mengalami pemrosesan sehingga menyulitkan identifikasi barang bukti temuan tersebut. Aplikasi biologi molekuler dengan memanfaatkan DNA unik pada harimau sumatra menjadi penting untuk mengatasi permasalahan tersebut. Penelitian ini bertujuan untuk mengembangkan markah Forensically Informative Nucleotide Sequencing (FINS) daerah gen COI pada sampel forensik harimau sumatra dan mengetahui asal usulnya. Primer spesifik dirancang dalam penelitian ini untuk mendapatkan urutan yang informatif dalam mengidentifikasi sampel forensik. Sampel yang didapatkan terdiri dari kulit, tulang, bubuk tulang, dan gigi yang berasal dari Balai Konservasi Sumber Daya Alam (BKSDA) Aceh, Taman Nasional Bukit Barisan Selatan, Taman Nasional Batang Gadis, dan hasil temuan tim forensik dari Garut. Sebanyak 57% sampel berhasil di amplifikasi dan tujuh di antaranya berhasil dilanjutkan ke tahap sequencing. Hasilnya primer yang dirancang berhasil mengidentifikasi seluruh sampel sebagai harimau sumatra, tetapi tidak dapat membedakan asal usul masing-masing sampel. Studi lebih lanjut diperlukan untuk memaksimalkan penggunaan markah FINS hingga pembentukan haplotipe.

---

The rampant poaching and illegal trading of Sumatran tiger parts (Panthera tigris sumatrae) has threatened the endemic tiger population that is the only one in Indonesia. Body parts suspected to be the result of illegal trade in Sumatran tigers are often incomplete and have undergone processing, making it difficult to identify the evidence found. The application of molecular biology by utilizing the unique DNA in the Sumatran tiger is important to overcome this problem. This study aims to develop Forensically Informative Nucleotide Sequencing (FINS) markers for the COI gene region in forensic samples of Sumatran tigers and determine their origin. A special primer was designed in this study to obtain an informative sequence in forensic sample identification. The samples obtained consisted of skin, bone, bone powder, and teeth from the Aceh Natural Resources Conservation Agency (BKSDA), Bukit Barisan Selatan National Park, Batang Gadis National Park, and the findings of the forensic team from Garut. around 57% of the total sample was successfully amplified and seven of them were successfully proceed to the sequencing stage. The result was that the designed primer succeeded in identifying all samples as Sumatran tigers, but could not distinguish the origins of each sample. Further studies are needed to maximize the use of FINS markers to haplotype formation."

"Kura-kura brazil (Trachemys scripta elegans) merupakan salah satu spesies invasif perairan tawar. Keberadaan spesies tersebut membawa dampak buruk bagi ekosistem sehingga perlu dieradiksi dengan cara pendeteksian dini. Pendeteksian dini suatu spesies akuatik dapat dilakukan menggunakan pendekatan molekular yang efektif dan non-invasif, yaitu metode environmental DNA dan quantitative PCR. Penelitian dilakukan untuk mendeteksi keberadaan kura-kura brazil di enam situ di Universitas Indonesia, Depok, Indonesia. Metode yang digunakan dalam peneitian ini adalah isolasi dengan PCI, amplifikasi dengan qPCR secara triplikat menggunakan primer COI dari gen mitokondria. Berdasarkan pengujian limit of detection (LOD) dan limit of quantification (LOQ) yang ditentukan dari kurva standar memiliki LOD sebesar 220.164 salinan DNA/reaksi dan LOQ sebesar 667.163 salinan DNA/reaksi. Keberadaan kura-kura brazil terdeteksi di lima situ pada tahun 2021 dan enam situ pada tahun 2022. Tidak ditemukan pengaruh faktor lingkungan terhadap keberadaan kura-kura brazil yang ditentukan berdasarkan ANOVA Satu Arah dengan nilai p > 0,05. Keberadaan Kura-kura brazil di Universitas Indonesia dapat dideteksi menggunakan eDNA dan digunakan sebagai kegiatan pemantauan dan eradikasi spesies asing invasif di ekosistem perairan urban.

---

Red-eared slider (Trachemys scripta elegans) is one of the most invasive freshwater species. The existence of this species affects their non-native ecosystem in a negative manner, that ideally it should be eradicated by conducting an early detection of the ecosystem. Early detection of an aquatic species can be done by using the environmental DNA and quantitative PCR methods, as both use effective molecular and non-invasive approach. This study was conducted to detect the presence of red-eared slider within the ecosystem of 6 ponds located at Universitas Indonesia, Depok, Indonesia. The methods that are used in the study covered isolation with PCI, amplification with qPCR in triplicate using primer COI from the mitochondria gen. Limit of detection (LOD) and limit of quantification (LOQ) were then examined by referring to the standard curve, LOD held the value of 220,164 of DNA copies/reaction, while LOQ held the value of 667,163 of DNA copies/reaction. The presence of red-eared slider was then proven in the ponds within the ecosystem; 5 in 2021 and 6 in 2022. The influence between the presence of red-eared slider and pH was not found, the conclusion is backed with calculation using One Way ANOVA using p-value > 0,05. The presence of red-eared slider in Universitas Indonesia can be detected using eDNA, which later can be utilized as a tool to observe and eradicate the foreign species within the urban water ecosystem"

"Invasi Plasmodium vivax (Grassi & Filetti, 1889) ke dalam retikulosit ditentukan oleh adanya interaksi antara ligan PvDBP II dan reseptor Duffy Antigen Receptor for Chemokines (DARC) pada permukaan sel darah merah. Penelitian bertujuan mengkarakterisasi polimorfisme pada gen pengkode PvDBP II dari isolat P. vivax di Kabupaten Mimika, Papua dan menentukan asam amino yang conserved. Gen pengkode PvDBP II diamplifikasi dari 12. Hasil amplifikasi gen pengkode PvDBP II kemudian diklona dan dilakukan sequencing pada 43 klona yang positif. Mutasi synonymous ditemukan pada 15 kodon asam amino (20%), sedangkan mutasi nonsynonymous terjadi pada 58 kodon asam amino (77,3%). Sebagian besar mutasi (78,6%) terletak pada critical binding motif PvDBP II. Rekonstruksi pohon filogenetik menggunakan metode Bayesian, memperlihatkan adanya hubungan kekerabatan antara isolat Indonesia dan isolat dari negara lain. Kesimpulan dari penelitian adalah polimorfisme pada isolat Indonesia sangat tinggi (81,4%) dan asam amino sistein adalah asam amino yang conserved (83,3%).

---

The interaction between PvDBP II and its receptor, the Duffy antigen receptor for chemokines (DARC) is essential for the merozoite invasion into the reticulocytes. This study aimed to characterize the genetic polymorphisms of the gene encoding the PvDBP II in isolates from Mimika district, Papua. The gene encoding the PvDBP II from 12 isolates was subjected to PCR amplification and the patterns of polymorphisms were characterized using DNA cloning. Fourty three clones were further examined by sequencing. Fifteen synonymous (20%) and 58 nonsynonymous (77,3%) mutations were identified. The highest frequency of polymorphisms (78,6%) was found in critical binding motif of PvDBP II. Phylogenetic analysis of DNA sequences using Bayesian methods demonstrated that P. vivax (Grassi & Filetti, 1889) isolates from Indonesia were related with other isolates from different geographical regions. The conclusions of this study are the level of polymorphisms in Indonesian isolates is high (81,4%) and cysteine residues are conserved (83,3%)."

"Penggunaan halal kit komersial dan qPCR dalam mendeteksi kehalalan produk pangan masih minim dilakukan di Indonesia. Hal ini dikarenakan sebagian besar kit deteksi berbasis PCR masih diimpor sehingga pendeteksian kehalalan pangan belum ekonomis. Selain itu, gen referensi untuk uji kehalalan suatu produk yang ditetapkan dalam International Organization for Standardization (ISO) juga masih sangat terbatas. Oleh karena itu, diperlukan adanya gen alternatif dalam mendeteksi kehalalan pangan, seperti gen COI. Gen tersebut digunakan karena bersifat sensitif, stabil, serta memiliki laju mutasi dan variabilitas yang rendah. Tujuan penelitian ini adalah merancang primer gen COI secara in-silico dengan nilai spesifisitas dan sensitivitas yang baik, serta dapat digunakan sebagai gen alternatif ISO. Tahapan desain primer yang dilakukan menghasilkan sepasang primer dan probe terbaik, yaitu primer forward 5’- GTA ACT GAC TCG TAC CGC TAA TAA -3’, primer reverse 5’- GTA ATA GGA AGG ATG GTG GAA GT -3’, dan probe 5’- AGC TCC CGA TAT GGC CTT TCC ACG TA -3’. Ekstraksi dan purifikasi DNA sampel ayam, sapi, babi domestik, dan babi hutan dilakukan menggunakan GenEluteTM-E Single Spin Blood DNA Kit. DNA yang telah diisolasi selanjutnya dikuantifikasi menggunakan Nanodrop Spectrophotometer. Hasil kuantifikasi DNA yang dilakukan pada keempat sampel menunjukkan nilai kemurnian pada absorbansi A260/A280 berada pada rentang nilai 1,136—2,000 dan nilai konsentrasi DNA berada pada rentang nilai 70—1060 μg/mL. Suhu annealing optimal yang diperoleh adalah 57oC. Uji spesifisitas primer COI dan ACTB menggunakan metode qPCR menunjukkan bahwa kedua primer masih dapat mengamplifikasi sekuens DNA ayam dan persentase spesifisitas kedua primer yang didapatkan melalui perhitungan adalah 50%. Hasil uji sensitivitas primer COI menunjukkan nilai limit of detection (LoD) sebesar 1 pg/µL, nilai efisiensi (E) sebesar 82,55%, dan linearitas (R2) sebesar 0,9855. Hasil uji sensitivitas primer ACTB menunjukkan nilai limit of detection (LoD) sebesar 5 pg/µL dengan nilai efisiensi (E) sebesar 92,22%; dan linearitas (R2) sebesar 0,9951. Hasil uji sensitivitas primer COI dan ACTB menunjukkan nilai persentase sensitivitas yang sama, yaitu sebesar 100%, namun primer COI dinilai lebih sensitif dalam mendeteksi gen target karena menunjukkan nilai LoD yang lebih rendah daripada primer ACTB, yaitu sebesar 1 pg/µL. Berdasarkan keseluruhan hasil yang diperoleh, diperlukan adanya penelitian lebih lanjut terhadap primer gen COI untuk meningkatkan spesifisitasnya dalam mendeteksi kandungan babi domestik (Sus scrofa domesticus) dan babi hutan (Sus scrofa) pada produk pangan agar dapat digunakan sebagai primer alternatif untuk pengembangan halal kit berbasis qPCR di Indonesia.

---

The use of commercial halal kits and qPCR in detecting halal food products is still minimal in Indonesia. This is because most of the PCR-based detection kits are still imported so the detection of halal food is not yet economical. In addition, the reference gene for the halal test of a product specified in the International Organization for Standardization (ISO) is still very limited. Therefore, it is necessary to have alternative genes in detecting food halalness, such as the COI gene. The gene is used because it is sensitive, stable, and has a low mutation rate and variability. This study aimed to design an in-silico primer for the COI gene with good specificity and sensitivity, which could be used as an alternative gene for ISO. The primer design phases were carried out to produce the best primer and probe pair, namely forward primer 5’- GTA ACT GAC TCG TAC CGC TAA TAA -3’, reverse primer 5’- GTA ATA GGA AGG ATG GTG GAA GT -3’, and probe 5’- AGC TCC CGA TAT GGC CTT TCC ACG TA -3’. DNA extraction and purification of chicken, cattle, domestic pig, and wild boar samples were carried out using the GenEluteTM-E Single Spin Blood DNA Kit. The isolated DNA was then quantified using a Nanodrop Spectrophotometer. The results of DNA quantification performed on the four samples showed that the purity values for the absorbance of A260/A280 were in the range of 1.136-2.000 and the DNA concentration values were in the range of values of 70—1060 μg/mL. The optimal annealing temperature obtained is 57oC. The specificity test of COI and ACTB primers using the qPCR method showed that both primers were still able to amplify chicken DNA sequences and the percentage specificity of the two primers obtained by calculation was 50%. The results of the COI primary sensitivity test showed a limit of detection (LoD) value of 1 pg/µL, an efficiency value (E) of 82.55%, and a linearity (R2) of 0.9855. The ACTB primary sensitivity test results showed a limit of detection (LoD) value of 5 pg/µL with an efficiency value (E) of 92.22%; and linearity (R2) of 0.9951. The results of the COI and ACTB primer sensitivity tests showed the same sensitivity percentage value, which was 100%, but the COI primer was considered more sensitive in detecting target genes because it showed a lower LoD value than the ACTB primer, which was 1 pg/µL. Based on the overall results obtained, further research is needed on the COI gene primer to increase its specificity in detecting domestik pork (Sus scrofa domesticus) and wild boar (Sus scrofa) content in food products so that it can be used as an alternative primer for developing qPCR-based halal kits in Indonesia."

"Telah dilakukan penelitian yang bertujuan untuk mengidentifikasi polimorfisme T-46C daerah promoter dan polimorfisme G131A daerah ORF gen FY pada subjek penderita malaria dan tanpa malaria di Sumba Barat. Metode yang digunakan meliputi PCR-RFLP daerah promoter dan ORF gen FY, pengklonaan daerah promoter, sequencing dari hasil klona, dan direct sequencing. Hasil PCR-RFLP pada 106 sampel penduduk asli Sumba Barat berhasil mengidentifikasi dua genotipe GATA pada daerah promoter dan tiga genotipe FY* pada daerah ORF dengan frekuensi GATA+/+ (94,34%); GATA+/- (5,66%); FY*A/FY*A (83,02%); FY*A/FY*B (13,21%); dan FY*B/FY*B (3,77%). Alel GATA+ dan FY*A ditemukan sangat dominan di Kecamatan Wanokaka (GATA+ = 0,98; FY*A = 0,92) dan Loli (GATA+ = 0,94; FY*A = 0,83), dengan demikian sesuai dengan pola distribusi alel GATA+ dan FY*A di Asia Pasifik. Alel GATA- hanya ditemukan pada kelompok sampel tanpa malaria, sehingga mengindikasikan adanya kemungkinan resistensi vivax, namun korelasi antara GATA- dan sifat resistensi vivax masih perlu dibuktikan. Asosiasi alel GATA- dan FY*A (FY*Anull) yang ditemukan di Sumba Barat mirip dengan pola Asia Pasifik, namun berbeda dengan pola Afrika (FY*Bnull). Hal tersebut mendukung dugaan terjadinya peristiwa mutasi yang terpisah antara populasi Afrika dan Asia Pasifik. Hasil direct sequencing daerah promoter menemukan polimofisme baru (T-86G) yang diduga berasosiasi dengan kerentanan atau resistensi individu di Sumba Barat terhadap malaria dan penyakit infeksi lainnya. Penelitian berhasil membuktikan adanya polimorfisme T-46C daerah promoter dan G131A daerah ORF gen FY di Sumba Barat."

"Ikan gupi (Poecilia reticulata) merupakan ikan hias air tawar yang telah menjadi komoditas ekspor utama di Indonesia. Persilangan antar strain ikan gupi sudah banyak dilakukan, namun masih sedikit ketersediaan informasi genetik intraspesies ikan gupi. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui keragaman genetik intraspesies ikan gupi dan hubungan kekerabatan antar populasi di wilayah Jakarta, Bogor, Depok, Tangerang, dan Bekasi menggunakan marka gen Cytochrome Oxidase Subunit 1 (CO1). Amplifikasi PCR dan sekuensing menggunakan marka gen CO1 (F): 5 TCAACCAACCACAAAGACATTGGCAC-3 (26 pb) dan CO1 (R): 5 TAGACTTCTGGGTGGCCAAAGAATCA-3 (26 pb). Analisis yang dilakukan terhadap sekuen DNA ikan gupi antara lain; homologi BLAST, jarak genetik, dan analisis filogenetik. Hasil analisis homologi berdasarkan BLAST menunjukkan persentase similaritas 98-99% terhadap mtDNA Poecilia reticulata dan Poecilia wingei. Hasil analisis didapatkan jarak terbesar dan kekerabatan terjauh adalah populasi Bekasi strain Albino Full Red dengan populasi Tangerang strain Cobra. Sekuens tersebut mungkin dapat digunakan untuk menghasilkan benih dengan keragaman tinggi.

---

Guppy fish (Poecilia reticulata) is fresh water ornamental fish which have been the top export commodity in Indonesia. A lot of guppy strains had been hybridized, yet there are still few information about intraspecies genetic variation. Research was conducted to study intraspecies genetic variation and phylogenetic relationship among guppy population in region Jakarta, Bogor, Depok, Tangerang and Bekasi using Cytochrome Oxidase Subunit 1 (CO1) as genetic marker. Amplification and sequencing were using CO1 (F): 5 TCAACCAACCACAAAGACATTGGCAC-3 (26 pb) and CO1 (R): 5 TAGACTTCTGGGTGGCCAAAGAATCA-3 (26 pb). Some analysis which had been done with guppy DNA were; BLAST homology, genetic distance, and phylogenetic analysis. BLAST homology resulted 98-99% similarity according to mtDNA Poecilia reticulata and Poecilia wingei. The biggest distance and farthest relationship belong to Albino Full Red strain in Bekasi with Cobra strain in Tangerang. Those sequences might be used to produce potential germ with high genetic variation."

"Skrining darah pendonor di Indonesia terhadap malaria belum dilakukan dengan pemeriksaan laboratorium. Kemungkinan resiko penularan malaria melalui darah donor dapat terjadi dan membahayakan jiwa resipien. Malaria di kota Ambon berdasarkan Annual Parasite Incidence adalah 4,49? termasuk High Case Incidence (HCI). Penelitian ini bertujuan mengetahui prevalensi malaria dengan berbagai pemeriksaan laboratorium di kota Ambon. Dikumpulkan sebanyak 550 donor di Unit transfusi darah PMI Ambon dalam kurun waktu 3 bulan dan dilakukan berbagai pemeriksaan. Hasilnya memperlihatkan tidak satupun terdeteksi positif dengan pemeriksaan mikroskopik maupun rapid test antigen Pf HRP2-pan aldolase atau Pf HRP-2- PvLDH. Duapuluh dua donor terbukti mengandung immunoglobulin P. falciparum dengan rapid test antibodi. Lima donor lain positif dengan PCR menggunakan 18S rRNA. Penelitian ini membuktikan adanya potensi penularan malaria dari darah donor sebesar 4.9% di Pulau Ambon.

---

Screening of blood donors in Indonesia against malaria with laboratory tests have not been done. Possible risk of malaria transmission through donated blood may occur and endanger the lives of recipients. Malaria in the city of Ambon by Annual Parasite Incidence was 4.49 - including High Case Incidence (HCI). This study aims to determine the prevalence of malaria with a several laboratory tests in the city of Ambon. Collection of total 550 donors at Red Cross blood transfusion unit Ambon, was carried out for a period of 3 months and followed by various examinations. The results showed none detected positive by microscopic examination or antigen rapid test PfHRP2-aldolase or PfHRP2-LDH. Twenty-two donors were found to contain P. falciparum with immunoglobulin antibody rapid test, in addition five other donors positive by PCR using 18S rRNA. This study showed that the potency of malaria transmission by blood donors was 4.9% in the island of Ambon."

"Pendahuluan. Malaria adalah salah satu penyakit infeksi parasit yang masih menjadi permasalahan di Indonesia. Meskipun sebagian besar daerah di Indonesia sudah bebas malaria, namun masih cukup banyak daerah yang masih endemis dengan prevalensi malaria yang tinggi. Tujuan. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui tingkat pengetahuan, perilaku pencegahan terhadap malaria pada karyawan, adanya perbedaan tingkat pengetahuan  antara karyawan yang pernah dan belum pernah ke daerah endemis malaria dan bagaimana peran perusahaan terhadap pencegahan malaria. Metode. Penelitian ini menggunakan Mix Method (deskriptif kualitatif dan kuantitatif). Penelitian kualitatif dilakukan dengan pendekatan melalui wawancara secara mendalam menggunakan adaptasi kuesioner untuk mengetahui pencegahan malaria dan penerapan di perusahaan yang meliputi manajer, supervisor dan dokter klinik perusahaan. Penelitian kuantitatif untuk mengukur tingkat pengetahuan serta perilaku karyawan terhadap malaria. Analisis data dilakukan dengan program statistic menggunakan uji Man-Whitney. Hasil. Seluruh responden masuk ke dalam kategori tingkat  pengetahuan dan pencegahan malaria yang masih buruk. Tidak ada perbedaan pengetahuan yang bermakna antara karyawan yang sudah ataupun belum pernah ke daerah endemis malaria (menggunakan uji Man-Whitney, p: 0,371). Peran perusahaan dinilai masih kurang dalam melakukan pencegahan malaria. Kesimpulan. Masih kurangnya nilai pengetahuan karyawan secara keseluruhan terkait malaria dan pencegahan penularannya. Dan tidak ada perbedaan bermakna antara pengetahuan karyawan yang belum dan sudah pernah bertugas ke daerah endemis malaria. Masih kurangnya peran perusahaan terhadap pencegahan malaria

---

Introduction. Malaria is one of the parasitic infectious diseases that remains as a main problem in Indonesia. Even though most regions in Indonesia are malaria free, there are still many areas that are endemic with high prevalence.

Objective. The purpose of this study were among others to identify the level of knowledge of malaria among employess, to determine whether there was a difference between thelevel of knowledge among those who had and never had been to Papua or other malaria endemic area and to find out company’s role towards prevention of malaria.

Method. This study was using a descriptive study with a Mix Method (qualitative and quantitative method). Qualitative research was carried out by a system approach through in-depth interviews using adaptated questionnaires as guidance to learn about malaria prevention and control practices of the company involving manager, supervisor and clinical physician. Quantitative research measures the level of knowledge and behavior of employees towards malaria. Data analysis was performed with statistical program using Man-Whitney test.

Results. All respondents had  poor  knowledge and prevention practices towards malaria There was no significant difference in knowledge between employees who had or had not been to malaria endemic areas (p: 0.371). The role of company towards malaria prevention is still not optimal.

Conclusion. Overall knowledge related to malaria and it’s prevention was poor. And there was no significant difference between the knowledge of employees who have not and have been assigned to malaria-endemic areas. The role of company towards malaria prevention is still lacking."