Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Hasil Pencarian

Ditemukan 1795 dokumen yang sesuai dengan query
cover
Real-time PDE-constrained optimization
"Many engineering and scientific problems in design, control, and parameter estimation can be formulated as optimization problems that are governed by partial differential equations (PDEs). The complexities of the PDEs and the requirement for rapid solution significant difficulties. A particularly challenging class of PDE-constrained optimization problems is characterized by the need for real-time solution, i.e., in time scales that are sufficiently rapid to support simulation-based decision making.
Real-Time PDE-Constrained Optimization, the first book devoted to real-time optimization for systems governed by PDEs, focuses on new formulations, methods, and algorithms needed to facilitate real-time, PDE-constrained optimization. In addition to presenting state-of-the-art algorithms and formulations, the text illustrates these algorithms with a diverse set of applications that includes problems in the areas of aerodynamics, biology, fluid dynamics, medicine, chemical processes, homeland security, and structural dynamics.
Despite difficulties, there is a pressing need to capitalize on continuing advances in computing power to develop optimization methods that will replace simple rule-based decision making with optimized decisions based on complex PDE simulations."
Philadelphia: Society for Industrial and Applied Mathematics, 2007
e20448889
eBooks  Universitas Indonesia Library
cover
Johannes Calvin Tjahaja
Optimasi Arsitektur Pemrosesan Real-Time Data Untuk Kebutuhan Sistem Manajemen Kesehatan Berbasis Cloud = Processing Real-Time Data Architecture Optimization for Health Management System based on Cloud
"Rancangan awal real-time data pipeline sebelum optimasi dilakukan menggunakan sistem PubSub pada cloud yang menyimpan retensi data selama minimum 24 jam. Hal ini menyebabkan data yang telah terkumpul pada broker akan terus dikirimkan. Hal ini dapat mengakibatkan terjadinya pengulangan pengiriman data yang meningkatkan biaya overhead serta biaya operasional, waktu yang lebih lama untuk mentransmisikan data, dan duplikasi data yang menyebabkan tidak akuratnya data yang terkirim. Optimasi arsitektur yang diusulkan menggunakan database NoSQL dengan tujuan untuk memenuhi kebutuhan QoS level 2, latency, dan cost pada real-time data monitoring untuk healthcare. Hasil riset yang dicapai memenuhi kebutuhan monitoring data healthcare secara real-time dengan rancangan arsitektur yang diusulkan dan diimplementasikan pada cloud.
The initial design of real-time data transmission architecture was carried out using the PubSub system in the cloud which stores data retention for a minimum of 24 hours so that data that has been collected at the broker will continue to be sent. This can result in repeated data transmissions that increase overhead and operational costs, longer time to transmit data, and data duplication which causes inaccurate data sent. The proposed architecture optimization uses a NoSQL database designed to meet QoS level 2, latency, and cost in real-time data monitoring for healthcare. The research results were achieved to meet the needs of monitoring healthcare data in real-time with the proposed architecture design and implemented in the cloud. "
Depok: Fakultas Teknik Universitas Indonesia, 2021
T-pdf
UI - Tesis Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Mochamad Nurdiansyah
Perancangan Linear Parameter Varying Model Predictive Control dengan Dynamic Real Time Optimization untuk Pengendalian Solar Thermal Plant = Design of Linear Parameter Varying Model Predictive Control with Dynamic Real Time Optimization for Solar Thermal Plant
"Energi matahari merupakan sumber energi terbarukan yang paling potensial, disamping mudah didapatkan energi matahari tidak menimbulkan dampak lingkungan dalam pemanfaatannya. Solar thermal plant merupakan salah satu proses untuk mengubah energi matahari menjadi energi panas mekanik oleh media yang dipanaskan berdasarkan proses thermal melalui beberapa peralatan seperti solar collector, thermal energy storage, dan sistem instalasi perpipaan. Pengoperasian solar thermal plant sangat di pengaruhi oleh beberapa faktor antara lain besarnya intensitas radiasi matahari yang selalu mengalami perubahan secara dinamis dan tidak dapat dimanipulasi, adanya faktor disturbance berupa suhu lingkungan yang sangat bergantung pada kondisi cuaca, serta faktor penggunaan beban yang berubah-ubah tergantung dengan kebutuhan pengguna. Oleh karena itu diperlukan sistem kendali yang dapat mengatasi masalah dan dinamika perubahan yang terjadi. Salah satu permasalahan yang dihadapi dalam perancangan sistem kendali adalah tidak tersedianya model yang dapat merepresentasikan kondisi plant secara real. Pada solar thermal plant sering kali parameter fisik dari model tidak didapatkan karena keterbatasan informasi. Sehingga dibutuhkan proses identifikasi dan pemodelan untuk mendapatkan parameter fisik dari plant. Model solar thermal plant merupakan model dengan karakteristik nonlinear yang cukup kuat dan beroperasi pada range yang cukup lebar yang dipengaruhi oleh faktor eksternal disturbance. Sehingga diperlukan pendekatan yang berbeda untuk dapat merepresentasikan model secara utuh. Pada tesis ini dikembangkan metode pengendalian prediktif berbasis model linear time varying (LPV-MPC) untuk solar thermal plant dengan studi kasus pada sistem pendingin bertenaga surya yang terpasang pada Gedung Mechanical Research Centre FT UI. Optimal setpoint proses dihasilkan secara real time menggunakan dynamic real time optimization (DRTO) berdasarkan informasi keluaran sistem dan disturbance yang terukur. Keterbatasan pengukuran dari plant diatasi dengan merancang nonlinear state estimator berbasis Extended Kalman Filter. Dengan adanya sistem kendali LPV-MPC dengan DRTO berbasis EKF yang telah di uji dan validasi dengan data real plant , sistem kendali yang dirancang dapat membuat temperature keluaran dari plant lebih stabil serta meningkatkan efisiensi dengan meminimalkan penggunaan tenaga listrik pada sistem serta mengoptimalkan penyerapan energi matahari. Berdasarkan hasil simulasi pengendalian yang telah dilakukan selama 4 hari operasional solar thermal plant didapatkan penurunan konsumsi tenaga listrik hingga 32.23% serta peningkatan penyerapan energi matahari hingga 69.38%.
Solar energy is the most potential renewable energy source, besides being easy to obtain, solar energy does not cause environmental impacts in its utilization. The solar thermal plant is one of the processes for converting solar energy into thermal energy by heating fluid based on thermal process through several equipments such as solar collectors, thermal energy storage, and piping systems. The operation of solar thermal plants is strongly influenced by several factors, including the amount of solar radiation intensity which always changes dynamically and can not be manipulated, disturbance factors in the form of environmental temperature which is highly dependent on weather conditions, and the user load that varies depending on the user needs. Therefore, a control system strategy that can overcome these problems is needed. One of the problems that arise in the design of the control system is the unavailability of a plant model that can represent the real condition of the plant. Especially in solar thermal plants, the physical parameters of the model are often unknown due to limited information. Hence identification and modeling process to get the physical parameters of the plant should be done. The solar thermal plant model is a model with strong nonlinear characteristics and operates over a fairly wide range of operating conditions which is influenced by external disturbance factors. Consequently, a different approach to represent the model as a whole is needed. This thesis develops a predictive control method based on a linear time-varying model (LPV-MPC) for a solar thermal plant with a study case on a solar thermal cooling system installed in the Mechanical Research Center Building, FT UI. The optimal setpoint process is generated in real-time using Dynamic Real-Time Optimization (DRTO) based on system output information and measured disturbances. The limitation of plant measurement is overcome by designing a nonlinear state estimator based on the Extended Kalman Filter. By using LPV-MPC integrated with DRTO based on EKF that has been tested and validated with real plant data, the proposed control system strategy are able to achieve a more stable output temperature of the solar thermal plant and increase efficiency by minimizing electricity usage in the system and optimizing solar energy absorption. Based on the simulation results that have been carried out for 4 days of solar thermal plant operation, it is found that there is a decrease in electricity consumption by 32.23% and an increase in solar energy absorption by 69.38%."
Depok: Fakultas Teknik Universitas Indonesia, 2021
T-pdf
UI - Tesis Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Harry Ardiyansyah
Optimasi komposisi galur-galur dalam formulasi koktail bakteri posbiotik untuk kesehatan kulit menggunakan Real-Time qPCR = Optimization of Strain Composition in formulation of Postbiotic Bacterial Cocktails for Skin Health Using Real-Time qPCR
"ABSTRAK
Kulit memiliki beragam mikrobiota yang bersifat komensal maupun patogen yang berkontribusi terhadap kesehatan. Penentuan dan identifikasi mikrobiota yang terdapat di kulit kini menjadi topik riset yang menarik. Bakteri kulit tersebut dapat dieksplorasi menjadi sumber zat aktif yang berpotensi dalam pengembangan farmasetika kosmetik maupun kesehatan kulit sebagai proteksi kulit terhadap bakteri patogen. Penelitian sebelumnya telah berhasil mengisolasi dan mengarakterisasi komposisi mikrobiota bakteri dari sampel kulit pria dan wanita Indonesia dewasa muda. Tujuan dari penelitian ini adalah memperoleh komposisi optimum galur-galur bakteri terpilih tersebut dalam bentuk koktail bakteri yang telah dioptimasi kondisi campuran dan waktu inkubasi bersamanya dari penelitian sebelumnya. Analisis kemampuan setiap galur bakteri untuk bertahan hidup dalam suatu populasi bersama dilakukan dengan menggunakan pengamatan visual konvensional Deferred Growth Inhibition Assay (DGIA) termodifikasi, maupun secara molekuler berbasis asam nukleat Real-Time qPCR. Antar galur-galur bakteri memiliki potensi saling menginhibisi saat dikultur bersama,sehingga waktu pengulturan bersama terbaik hasil penelitian sebelumnya yaitu 2 dan 4 jam dipilih dalam penelitian ini untuk optimasi konsentrasi masing-masing galur. Hasil real time q-PCR dengan primer rancangan unik yang dipilih terhadap 3 jenis variasi komposisi,yang didukung pula oleh hasil DGIA, menunjukkan bahwa komposisi yang terbaik dalam hal kesetaraan pertumbuhan sel adalah pada komposisi 2 yaitu Micrococcus luteus MBF05-19J : Bacillus subtilis MBF10-19J : Staphylococcus warneri MBF02-19J : Staphylococcus hominis MBF12-19J sebesar 1 : 1: 0,5 : 0,5 dengan waktu inkubasi 2 jam, dan komposisi 3 yaitu Micrococcus luteus MBF05-19J : Bacillus subtilis MBF10-19J : Staphylococcus warneri MBF02-19J : Staphylococcus hominis MBF12-19Jsebesar 1,5 : 1: 0,5 : 0,5 dengan waktu inkubasi 4 jam.
ABSTRACT
The skin has a variety of commensal and pathogenic microbiota that contribute to health. The determination and identification of skin microbiome have become an interesting research topic. These skin bacteria can be explored as a potential source of active substances in the development of cosmetics pharmaceuticals as skin protection against pathogenic bacteria. Previous studies have succeeded in isolating and characterizing the composition of bacterial microbiota from skin samples from Indonesian men and women in young adults. The aim of this study was to obtain the optimum composition of the selected bacterial strain in the form of a bacterial cocktail that had been optimized for mixed conditions and incubation time with it from previous studies. Analysis of the ability of each strain to survive in a shared population is carried out using conventional visual observations of modified Deferred Growth Inhibition Assay (DGIA), as well as molecularly nucleic acids based using Real-Time q-PCR. Each bacterial strain has the potential to inhibit each other when cultured together, so that the best time from the previous research results, 2 and 4 hours, was chosen in this study to optimize the concentration of each strain. Real-Time q-PCR results with a unique primer design selected for 3 types of composition variation, supported by the results of DGIA, show that the best composition in terms of equality of cell growth is in composition 2 namely Micrococcus luteus MBF05-19J: Bacillus subtilis MBF10-19J: Staphylococcus warneri MBF02-19J: Staphylococcus hominis MBF12-19J for 1: 1: 0.5: 0.5 with incubation time of 2 hours, and composition 3 namely Micrococcus luteus MBF05-19J: Bacillus subtilis MBF10-19J: Staphylococcus warneri MBF02-19J: Staphylococcus hominis MBF12-19J 1.5: 1: 0.5: 0.5 with incubation time 4 hours."
Depok: Fakultas Farmasi Universitas Indonesia, 2020
S-pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Ika Ningsih
Optimasi uji real-time PCR untuk deteksi Leptospira spp patogen pada spesimen urin dan darah manusia = Optimization of real-time PCR method for the detection of pathogenic Leptospira spp. in human urine and blood specimens
"Leptospirosis adalah penyakit infeksi akut yang dapat menyerang rnanusia maupun hewan yang disebabkan bakteri Leprospfra spp dan digolongkan sebagai zoonosis. Gejala klinis leptospirosis yang tidak spesiiik dan sulitnya uji laboratorium untuk konfirmasi diagnosis mengakibatkan penyakit ini seringkali tidak terdiagnosis. Oleh karena itu dalam ponelirian ini dilakukan optimasi uji diagnostik molekuler menggimakan real-time PCR sebagai deteksi cepat, sensitif dan spesiflk untuk Leptospira patogen pada manusia DNA bakten di dalam spesimen darah diekstraksi menggunak:an QIAamp DNA Blood Mini Kit, Qiagen dan spesimen urin diekstraksi menggunakan QIAamp DNA Stool Mini Kit,Qiagen dengan prosodur sesuai dengan petunjuk manualnya. Primer dan probe yang digunakan berdasarkan publikasi penelitian oleh Smythe dkk, 2002. Dari hasil uji optimasi kondisi optimal real-time PCR didapat suhu annealing 60°c, konsentrasi primer 0,9 uM dan konsentrmi probe 0,2 uM. Spesifisitas primer diuji menggunakan DNA balcteri patogen lain Hasii uji sensitiiitas real-time PCR untuk mendeteksi konsentrasi DNA terendah bakteri Leprospim spp adalah 0,75 fypl, hasil uji spesitisitas real-time PCR menunjukkan bahwa primer yang digunakan untuk deteksi balderi Leprospira spp tidak beraksi silang dengan genom bakteri-bakteri uji, konsentrasi minimal DNA bakteri yang masih terdeteksi dalam darah mencapai 150 fg/pl, sedangkan dalam urin mencapai 1470 fg/pl yang masih dapat dideteksi dengan pemeriksaan real-time PCR. Metode real-time PCR ini dapat digunakan sebagai alternatif pemeriksaan mikrobiologi yang cepat dan tepat untuk mendiagnosis leptospirosis.
Leptospirosis is an emerging infectious disease in human and animals caused by Leptospira spp. and considered endemic in Indonesia due to its tropical climate. The International Leptospirosis Society (2001) declared Indonesia has high incidence of leptospirosis and ranked the third in the world for mortality (16.7%) The clinical features are not specific and may result in a missed or delayed diagnosis. The microbiology diagnostic method e.g. culture and microscopic agglutination test (MAT) are sensitive and specific but time-consuming and high cost. The other method to detect the antibody result false positive reactions and need confirmation by the MAT. Therefore in this study we optimized the real-time PCR assay, which has been used to detect a large number of microbes. It has high sensitivity and specificity, thus making it ideal as a rapid and accurate method to detect pathogen Leptospira spp. in human specimens. The amplification of the DNA control was performed optimally with the following conditions: annealing temperature is 60°C, primer volume is 0.5p1 (final concentration: 0.9 phd); probe volume is 0.2 ul (final concentration 0.2 pM). This method may detect the DNA in the Mastermix Mix with the concentration of 0.75 fg/ul, however in blood specimen the limit of detection of the DNA 150 fg/pl and in urine is 1470 fg/pl. The primer used in this assay is not complementary with the DNA of other pathogenic Leptospira spp. The real-time PCR assay is a rapid and accurate method to detect pathogenic Leptospira in human specimens. Further studies are needed to know the sensitivity and specificity of the real-time PCR assay compared to other diagnostic methods in clinical settings."
Jakarta: Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia, 2011
T32852
UI - Tesis Open  Universitas Indonesia Library
cover
Zaenal Arifin
Optimasi primer dengan target gen dnaK untuk deteksi dan kuantifikasi Bifidobacterium animalis subspesies lactis menggunakan kuantitatif real-time PCR = Primer optimization target genes dnaK to detection and quantification Bifidobacterium animalis subspecies lactis quantification using quantitative real-time PCR
"Translokasi bakteri merupakan kejadian yang diinisiasi oleh adanya reaksi inflamasi pada permukaan usus dan dapat menyebabkan terjadinya sepsis. Bifidobacterium anima/is subspesies lactis merupakan salah satu bakteri probiotik yang dapat memberikan efek anti-inflamasi, sehingga dapat menghambat terjadinya translokasi bakteri. Gen dnaK merupakan sekuens penanda yang dapat digunakan untuk deteksi B. anima/is subsp. lactis. Optimasi dilakukan untuk mendapatkan pasangan primer optimal dalam kuantifikasi B. anima/is subsp. lactis dengan metode kuantitatif Real-time PCR. Isolat DNA diisolasi dari sampel feses bayi menggunakan metode fenol-kloroform. Pasangan primer dirancang berdasarkan sekuen gen dnaK B.ani malis subsp.lacti s [ABOTO1000010.1] menggunakan program pri mer3. Optimasi primer dilakukan menggunakan 5 konsentrasi berbeda, yaitu 50/50, 100/100, 300/300, 500/500, dan 1.000/1.000 nM. Konsentrasi optimal pasangan primer F_HN019_dnaK dan R_HN019_dnaK untuk kurva standar adalah 1.000/ 1.000 nM dengan nilai efisiensi 95.397% dan R2 0,998. Konsentrasi pasangan primer 50/50--1.000/1.000 nM dapat digunakan untuk kuantifikasi DNA target dengan kisaran nilai Ct sebesar 16,13--31,89. Konsentrasi primer dan DNA sampel tidak berpengaruh dan berkorelasi terhadap nilai Ct. Konsentrasi sampel DNA target terkecil yang dapat terkuantifikasi dengan baik oleh pasangan primer F_HN019_dnaK dan R_HN019_dnaK 300/ 300 nM sampai dilusi 10-4 Pasangan primer F_HN019_dnaK dan R_HN019_dnaK dapat dikembangkan untuk kuantifikasi B. anima/is subsp. lactis dalam sampel feses bayi pada kejadian sepsis.
Bacterial translocation is an event that is initiated by the presence of an inflammatory reaction at the surface of the intestine and can lead to sepsis. Bifzdobacterium anima/is subspecies lactis is a probiotic bacterium that can provide anti-inflammatory effect, so as to prevent the occurrence of bacterial translocation. dnaK is a marker gene sequences that can be used for detection of B. anima/is subsp. lactis. Optimization is performed to obtain optimal primer pair in quantifying B. anima/is subsp. lactis by the method of real-time quantitative PCR. Isolate DNA were isolated from infant feces samples using phenol­ chloroform method. Primer pairs designed based on gene sequences B.anima/is subsp.lactis dnaK f ABOTO1000010.11 using primer3 program. The primary optimization is done using 5 different concentrations, namely 50/50, 100/100, 300/300, 500/500, and 1.000/1.000 nM. F HN019 dnaK optimal primer pair concentrations and R HN019 dnaK for standard curve were 1,000 I 1,000 nM with 95,397% efficiency values and R2 0.998. 50/50--1.000/1.000 nM concentration of primer pairs can be used for quantification of the target DNA with a range of Ct values of 16.13 to 31, 89. Primer concentration and DNA samples have no effect and relation with the Ct value. The smallest concentration of the target DNA sample that can be quantified well by F_HN019_dnaK and R HN019 dnaK primer pair 300/300 nM is up to dilution 10-4 R HN019 dnaK F_HN019_dnaK primer pairs can be developed for the quantification of B. anima/is subsp. lactis in fecal samples of infants on the incidence of sepsis."
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2013
S46522
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Eleyna Farihah
Optimasi primer dengan target gen grpe menggunakan quantitative real time pcr untuk kuantifikasi bifidobacterium animalis subspesies lactis dalam sampel feses = Primer optimization with grpe target gene using quantitative real time pcr for quantification of bifidobacterium animalis subspecies lactis in fecal sample
"Sepsis merupakan suatu penyakit sistemik yang dapat disebabkan oleh translokasi bakteri. B. animalis subsp. lactis merupakan salah satu bakteri yang berpotensi dalam mencegah translokasi bakteri. Gen grpE merupakan salah satu target spesifik dalam mendeteksi B. animalis subsp. lactis. Penelitian bertujuan untuk mengoptimasi primer dengan target gen grpE untuk kurva standar, mengetahui hubungan konsentrasi primer terhadap nilai Ct, serta mengetahui sensitivitas dan spesifisitas primer. Isolat diisolasi dari sampel feses bayi menggunakan metode fenol-kloroform. Pasangan Primer dirancang berdasarkan sekuens gen grpE B. animalis subsp. lactis (NZ_ABOT01000010.1) menggunakan program Primer3. Optimasi primer dilakukan menggunakan lima konsentrasi berbeda,yaitu 50/50 nM, 100/100 nM, 300/300 nM, 500/500 nM, dan 1.000/1.000 nM.Hasil penelitian menunjukkan bahwa pasangan primer F_HNO19_grpE dan R_HNO19_grpE dengan konsentrasi 1.000/1.000 nM menghasilkan kurva standar yang optimal dengan efisiensi dan koefisien korelasi (R2) masing-masing sebesar 99,095% dan 0,971. Berdasarkan uji sensitivitas dan spesifistas, pasangan primer F_HNO19_grpE dan R_HNO19_grpE konsentrasi 1.000/1.000 nM dapat mengamplifikasi DNA target sampai dilusi 10-5 , tetapi spesifisitasnya hanya sampai dilusi 10-2. Konsentrasi primer tidak berkorelasi terhadap nilai Ct. Pasangan primer F_HNO19_grpE dan R_HNO19_grpE dapat digunakan untuk kuantifikasi B. animalis subsp. lactis dengan kisaran nilai Ct sebesar 15,74--33,89.
Sepsis is a systemic disease that can be caused by bacterial translocation. B. animalis subsp. lactis is one of the bacteria that has the potential to prevent the bacterial translocation. grpE gene is a specific target in the detection of B.animalis subsp. lactis. The research aims to optimize primer pair with target gene grpE for generating standard curve, to know the correlation between primer concentration and Ct value, and to know the primer sensitivity and specificity. Isolates were isolated from infant stool samples using phenol-chloroform method. Primer pair is designed based on B. animalis subsp. lactis grpE gene sequence (NZ_ABOT01000010.1) using the Primer3 program. The primer optimization is done using five different concentrations, which are 50/50 nM, 100/100 nM,300/300 nM, 500/500 nM, and 1.000/1.000 nM. The results showed that the primer pair F_HNO19_grpE and R_HNO19_grpE with 1.000/1.000 nM concentration can be used to generate an optimal standard curve with efficiency and correlation coefficient (R2) each by 99.095% and 0.971. Based on sensitivity and specificity test, primer pair F_HNO19_grpE and R_HNO19_grpE with 1.000/1.000 nM concentration can amplify DNA targets up to 10-5 dilution, but its specificity is only up to 10-2 dilution. Primer concentration and DNA samples with different concentrations were not correlated to the Ct value. F_HNO19_grpE and R_HNO19_grpE primer pair can be used for quantification of B. animalis subsp. lactis with a range of Ct values of 15.74 to 33, 89."
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2013
S45945
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Nita Amalia
Optimasi primer untuk mendeteksi Bifidobacterium animalis subspesies lactis dalam sampel feses berdasarkan target Gen recA menggunakan quantitative real time PCR = Primer optimization to detect Bifidobacterium animalis subspecies lactis in fecal samples based on recA Genes target using quantitative real time PCR
"Gen recA merupakan gen salinan tunggal dan mampu membedakan organisme sampai tingkat subspesies sehingga lebih spesifik dan akurat dalam pendeteksian Bifidobacterium animalis subsp. lactis. Penelitian bertujuan untuk mendapatkan konsentrasi primer yang optimal untuk membuat kurva standar, mengetahui hubungan antara konsentrasi primer dengan nilai Ct pada beberapa sampel DNA dan mengetahui sensitivitas dan spesifisitas primer terhadap DNA target untuk kuantifikasi Bifidobacterium animalis subsp. lactis dengan quantitative Real-time PCR. Isolat DNA berasal dari sampel feses bayi yang diisolasi dengan metode fenol-kloroform. Pasangan primer dirancang berdasarkan sekuens gen recA B. animalis subsp. lactis (NZ_ABOT01000001) menggunakan Primer 3. Beberapa konsentrasi pasangan primer F_HN019_recA dan R_HN019_recA yang digunakan dalam penelitian, antara lain 50/50 nM, 100/100 nM, 300/300 nM, 500/500 nM, dan 1000/1000 nM.
Hasil penelitian menunjukan konsentrasi primer paling optimal untuk membuat kurva standar ialah 1000/1000 nM dengan efisiensi (95,20%) dan R2 (0,998). Konsentrasi primer dan sampel DNA tidak berkorelasi terhadap nilai Ct. Pasangan primer dengan konsentrasi 300/300 nM dapat mengamplifikasi DNA target dengan sensitif sampai dilusi 10-5 , namun spesifik hanya sampai dilusi 10-3. Kesimpulan dari penelitian menunjukkan bahwa primer F_HN019_recA dan R_HN019_recA dengan konsentrasi 50/50 nM -- 1000/1000 nM mampu mengkuantifikasi B. animalis subsp. lactis secara optimal.
The recA gene is a single copy gene and is able to distinguish organisms up to the subspecies levels that are more specific and accurate in the detection of Bifidobacterium animalis subsp. lactis. The research aimed to obtain the optimal primer concentrations to create a standard curve, to determine the correlation between primer concentration with Ct value of several DNA samples and determine primer sensitivity and specificity to the DNA target for quantification of Bifidobacterium animalis subsp. lactis by quantitative Real-time PCR. DNA isolate was derived from infant fecal samples that was isolated using phenolchloroform method. Primer pair was designed based on recA gene sequence B. animalis subsp. lactis (NZ_ABOT01000001) using Primer 3. Several concentrations of primer pair R_HN019_recA and F_HN019_recA that were used in this study include 50/50 nM, 100/100 nM, 300/300 nM, 500/500 nM, and 1000/1000 nM.
The results showed the optimum primer pair concentration to create a standard curve was 1000/1000 nM with efficiency (95.20%) and R2 (0.998). Primer concentrations and DNA samples were not correlated to the Ct value. The primer pair with concentration 300/300 nM was able to amplify DNA target sensitively to dilution 10-5, but specifically only to dilution 10-3. The conclusion of this study showed that primer pair of F_HN019_recA and R_HN019_recA with concentration 50/50 nM – 1000/1000 nM are able to quantify B. animalis subsp. lactis optimally."
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2013
S45930
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Cintera Rahmagiarti
Optimasi primer dengan target gen groEL untuk kuantifikasi Bifidobacterium animalis subspesies lactis dalam sampel feses menggunakan quantitative real-time PCR = Primer optimization with groel as a target gen to quantify Bifidobacterium animalis subspecies lactis in fecal sample using quantitative real-time PCR
"Translokasi bakteri merupakan perpindahan bakteri dari usus ke sistem sirkulasi yang dapat menyebabkan sepsis. B. animalis subsp. lactis mencegah translokasi melalui adhesi epitel usus dan regulasi anti-inflamatori. Penelitian bertujuan mengoptimasi primer dengan target gen groEL pada B. animalis subsp. lactis [ABOT01000006] untuk kurva standar, mengetahui hubungan konsentrasi primer terhadap nilai Ct, serta mengetahui sensitivitas dan spesifisitas primer. Primer F_HNO19_groEL dan R_HNO19_groEL dirancang menggunakan program Primer3 lalu disejajarkan menggunakan Primer BLAST . Optimasi menggunakan konsentrasi primer berbeda, meliputi 50/50 nM, 100/100 nM, 300/300 nM," "500/500 nM, dan 1.000/1.000 nM. Isolat DNA diisolasi dari sampel feses bayi sehat menggunakan metode fenol-kloroform. Pasangan primer dengan konsentrasi 1.000/1.000 nM menghasilkan kurva standar optimal dengan efisiensi sebesar 93,82% dan R2sebesar 0,99. Hubungan konsentrasi primer terhadap nilai Ct pada 5 sampel DNA dengan konsentrasi berbeda tidak berkorelasi (p>0,05). Semua konsentrasi primer secara bermakna tidak memiliki perbedaan rata-rata nilai Ct (p =1,00). Pasangan primer dengan konsentrasi 50/50 nM – 1.000/1.000 nM menghasilkan kisaran Ct 8--35 sehingga dapat digunakan untuk kuantifikasi B. animalis subsp. lactis pada sampel feses secara optimal. Uji sensitivitas pasangan primer dengan konsentrasi 300/300 nM dapat mengamplifikasi DNA B. animalis subsp. lactis sampai dilusi 10-5, tetapi spesifisitasnya hanya sampai dilusi 10 .-4.
Bacterial translocation is the transfer of bacteria from the intestine into the circulation system which can lead to sepsis. B. animalis subsp. lactis prevents translocation through adhesion to the intestinal epithelium and anti inflammatory regulation. The research aims to optimize the primer with groEL as a target gene in B. animalis subsp. lactis [ABOT01000006] for generating the standard curve, to determine the relationship of the primer concentration with the Ct values, as well as knowing the sensitivity and specificity of the primers. Primer pairs (F_HNO19_groEL and R_HNO19_groEL) had been designed with Primer3 software and aligned with Primer BLAST. Primer optimization used different primer concentrations, such as 50/50 nM, 100/100 nM, 300/300 nM, 500/500 nM, and 1.000/1.000 nM. DNA is isolated from the healty infants fecal by phenol- chloroform method. The primer pair with concentration of 1.000/1.000 nM gives optimal result for the standard curve with the efficiency value = 93,82% and R2 value = 0,99. There is no correlation between primer concentration with Ct value at 5 different concentration of the DNA (p>0,05). All primer concentration have no significant differences in the average Ct values (p = 1,00). Primer pairs with concentration of 50/50 nM – 1.000/1.000 nM gives Ct value between 8--35, so primer pairs can be used optimally for quantification B. animalis subsp. lactis in fecal samples. The sensitivity of primer with concentration of 300/300 nM can optimally amplify the B. animalis subsp. lactis to 10 -5 dilution, but the specificity is only up to 10-4 dilution."
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2013
S47547
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Verawati Sulaiman
Optimasi uji multiplex real time PCR untuk deteksi bakteri atipik pada sputum pasien Community Acquired Pneumonia (CAP) = Optimization of multiplex real time PCR to detect atipycal bacteria in sputum of patients with Community Acquired Pneumonia (CAP)
"Latar Belakang: Community Acquired Pneumonia (CAP) merupakan salah satu penyebab utama morbiditas dan mortalitas di dunia. Bakteri atipikal (Chlamydia pneumoniae, Mycoplasma pneumaniae, Legionella pneumophila) sebagai penyebab penting CAP. Sejauh ini belum ada pemeriksaan mikrobiologi yang rutin dilakukan sehingga perlu pengembangan uji, salah satunya metode molekuler multiplex real time PCR. .
Tujuan: Melakukan optimasi uji multiplex real time PCR untuk mendeteksi secara simultan dan cepat C.pneumoniae, L.pneumophila dan M.pneumoniae pada sputum pasien CAP.
Metode: Penelitian ini merupakan uji eksperimental laboratorium yang terdiri atas 3 tahap. Tahap 1 meliputi optimasi suhu penempelan, primer, probe, volume elusi akhir dan cetakan DNA. Tahap 2 untuk menentukan batas ambang deteksi DNA dan reaksi silang. Tahap 3 adalah penerapan uji multiplex real time PCR pada spesimen sputum pasien CAP.
Hasil: Uji multiplex real time PCR telah berhasil dioptimasi dengan ambang batas minimal deteksi DNA untuk Chlamydia pneumoniae, Legionella pneumophila dan Mycoplasma pneumaniae adalah 1855, 3185 dan 130 kopi DNA. Uji ini tidak bereaksi silang dengan mikroorganisme yang berpotensi menimbulkan reaksi positif palsu. Sebanyak 134 sputum telah diuji dan ditemukan positif M.pneumoniae sebanyak 1 spesimen (0,74 %).
Kesimpulan: Uji multiplex real time PCR dapat mendeteksi C.pneumoniae, M.pneumoniae, dan L.pneumophila secara simultan pada sputum pasien CAP.
Background: Community Acquired Pneumonia (CAP) is one of the leading causes of morbidity and mortality in the world. Atypical bacteria (Chlamydia pneumoniae, Legionella pneumophila, Mycoplasma pneumaniae) are the important causes of CAP. In daily clinical practice, detection of atypical bacteria are sometimes neglected due to the limited standard test available. The real time multiplex PCR methode can be used as an alternative test for the detection of atypical bacteria.
Objective: Optimization of the multiplex real time PCR test to simultaneously detect C.pneumoniae, L.pneumophila and M.pneumoniae in CAP patients.
Methods: This study is experimental laboratory test that conducted in three phases. The first is optimization of annealing temperature, primers dan probe concentration, final elution of DNA extraction and volume of PCR templete. The second is determination of minimal detection of DNA and cross reaction of optimized real time PCR multiplex. The third is application of real time PCR multiplex in sputum clinical specimen patient with CAP.
Results: The multiplex real time PCR test was successfully optimized for annealing temperature, concentration of primer both forward and reverse, probes concentration and inhibitor. Limit detection of the DNA Chlamydia pneumoniae, Legionella pneumophila and Mycoplasma pneumaniae were 1855 copies, 3185 copies and 130 copies DNA. This test also showed no cross reaction to microorganisms that have potential to cause false positives. A total of 134 sputum clinical specimens have been tested with this method and only one sample (0,74%) was positive M.pneumoniae.
Conclusion: The multiplex real time PCR assay can detect C. pneumoniae, M. pneumoniae, and L. pneumophila simultanously in sputum of patients with Community Acquired Pneumonia (CAP)"
Jakarta: Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia, 2020
SP-pdf
UI - Tugas Akhir  Universitas Indonesia Library
<<   1 2 3 4 5 6 7 8 9 10   >>