Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Bacterial leaf blight (BLB) is one of the major diseases in rice caused by Xanthomonas oryzae pv. oryzae. This studyaimed to identify and analyze the genetic diversity of 18 BLB isolates that consist of 7 races and 11 haplotypes fromvarious locations in Indonesia. The genetic diversity analysis was conducted on the basis of the VNTR (VariableNumber of Tandem Repeat) markers and the avrxa7 gene marker. The banding pattern of the amplification product wasmade into binary data as input for the construction of a dendogram. Based on the dendogram, three X. oryzae pv. oryzaegenotype groups with different virulence levels were formed. The VII (IXO80_021) race of X. oryzae pv. oryzaegenotype group I and the VIII-A (IXO 80_024) race of genotype group II were avirulent, whereas the races andhaplotypes of genotype group III were virulent.Keragaman Genetik Core Collection Isolat Bacterial Leaf Blight (Xanthomonas oryzae pv. oryzae) Indonesiaberdasarkan Marka Molekular VNTR dan avrXa7. Bacterial leaf blight (BLB) adalah salah satu penyakit utama padiyang disebabkan oleh bakteri pathogen Xanthomonas oryzae pv. oryzae. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasidan menganalisis keragaman genetik 18 isolat isolates yang terdiri dari 7 ras dan 11 haplotipe yang berasal daribeberapa lokasi koleksi di Indonesia. Analisis keragaman genetik dilakukan menggunakan marka VNTR (VariableNumber of Tandem Repeat) dan marka gen avrxa7. Pola pita DNA hasil amplifikasi digunakan sebagai data input bineruntuk membuat dendogram keragaman. Berdasarkan dendogram tersebut, terdapat tiga kelompok genotipe X. oryzaepv. oryzae dengan tingkat virulensi yang berbeda. Ras VII (IXO80_021) yang termasuk dalam kelompok I dan RasVIII-A (IXO 80_024) yang termasuk dalam kelompok II merupakan ras BLB yang tidak virulen. Sedangkan kelompokIII merupakan kelompok ras dan haplotipe yang bersifat virulen."

"Keragaman Genetik Core Collection Isolat Bacterial Leaf Blight (Xanthomonas oryzae pv. oryzae) Indonesia berdasarkan Marka Molekular VNTR dan avrXa7. Bacterial leaf blight (BLB) adalah salah satu penyakit utama padi yang disebabkan oleh bakteri pathogen Xanthomonas oryzae pv. oryzae. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi dan menganalisis keragaman genetik 18 isolat isolates yang terdiri dari 7 ras dan 11 haplotipe yang berasal dari beberapa lokasi koleksi di Indonesia. Analisis keragaman genetik dilakukan menggunakan marka VNTR (Variable Number of Tandem Repeat) dan marka gen avrxa7. Pola pita DNA hasil amplifikasi digunakan sebagai data input biner untuk membuat dendogram keragaman. Berdasarkan dendogram tersebut, terdapat tiga kelompok genotipe X. oryzae pv. oryzae dengan tingkat virulensi yang berbeda. Ras VII (IXO80_021) yang termasuk dalam kelompok I dan Ras VIII-A (IXO 80_024) yang termasuk dalam kelompok II merupakan ras BLB yang tidak virulen. Sedangkan kelompok III merupakan kelompok ras dan haplotipe yang bersifat virulen.

---

Bacterial leaf blight (BLB) is one of the major diseases in rice caused by Xanthomonas oryzae pv. oryzae. This study aimed to identify and analyze the genetic diversity of 18 BLB isolates that consist of 7 races and 11 haplotypes from various locations in Indonesia. The genetic diversity analysis was conducted on the basis of the VNTR (Variable Number of Tandem Repeat) markers and the avrxa7 gene marker. The banding pattern of the amplification product was made into binary data as input for the construction of a dendogram. Based on the dendogram, three X. oryzae pv. oryzae genotype groups with different virulence levels were formed. The VII (IXO80_021) race of X. oryzae pv. oryzae genotype group I and the VIII-A (IXO 80_024) race of genotype group II were avirulent, whereas the races and haplotypes of genotype group III were virulent."

"Genes related to starch synthesis and the metabolism contribute to a variety of physicochemical properties thatdetermine the eating/cooking qualities of rice. Our previous study suggested that a set of molecular markers was able toestimate the eating quality of japonica rice. The present study reports the genetic diversity of 22 japonica rice varietiesbased on markers corresponding to starch synthesizing genes. The mean of the polymorphic information content (PIC:0.135) value and the diversity index (0.171) indicated a low genetic diversity in these varieties. The phylogenetic treeclearly demonstrated three main clusters: 1) cluster I contained seven varieties with similar physicochemical properties;2) cluster II only showed a Japanese variety, Koshihikari, and 3) cluster III included the most Korean varieties (14varieties). This phylogenetic analysis did not completely represent the physicochemical properties differentiation of thejaponica varieties, although it did reveal an initial clue to the close relationship between Korean rice and the Japaneseand Chinese varieties. Notably, these markers were also able to identify a premium japonica rice. The molecularmarkers and information concerning the genetic relationship would be useful in improving the japonica rice along withits starch quality of in breeding program.Keragaman Genetik Padi Japonica berdasarkan Marka terkait Gen Sintesis Pati. Gen terkait sintesis danmetabolism pati berkontribusi pada berbagai sifat fisiko-kimia yang menentukan mutu rasa dan hasil masak (cooking)beras. Penelitian sebelumnya menunjukkan bahwa satu set marka molekuler mampu memprediksi mutu rasa berasjaponica. Pada studi ini dilaporka keragaman genetik 22 varietas padi japonica berdasarkan marka untuk gen-genpensintesis pati. Rata-rata nilai polymorphic information content (PIC:0,135) dan indeks keragaman (0,171)menunjukkan keragaman genetik yang rendah dalam varietas padi ini. Pohon filogenetik menunjukkan tiga kelompokutama yang dibentuk: 1) klaster I terdiri dari tujuh varietas dengan sifat fisikokimia yang mirip; 2) klaster II hanyaterdiri dari verietas premium Jepang, Koshihikari, dan 3) klaster III mengelompokkan sebagian besar varietas Korea (14varietas). Analisis filogenetik ini belum sepenuhnya menggambarkan diferensiasi varietas japonica berdasarkan sifatfisiko-kimia, namun hasil ini mengungkapkan petunjuk awal korelasi yang erat antara padi Korea dengan varietasJepang dan Cina. Marka-marka tersebut juga mampu mengidentifikasi beras premium japonica. Marka molekuler daninformasi kekerabatan genetik ini akan berguna dalam membantu mengembangkan padi japonica terkait dengan mutupati dalam program pemuliaan"

"Lipopolysaccharide (LPS) is a major component of outer-membrane gram-negative bacteria, and it can act as aPathogen-Associated Molecular Pattern (PAMP) for perception of pathogens by plants. LPS can be recognized byplants, triggering certain plant defense-related responses, including callose deposition. This study investigated inductionof callose deposition by bacterial LPS in tobacco. Tobacco leaves were infiltrated with 400 μg/mL and 800 μg/mL LPSextracted from Pseudomonas syringae pv. tabaci (Pta) and Pseudomonas syringae pv. glycinea (Pgl) and incubated for24 h or 48 h. To detect callose deposition, tobacco leaves were cleared in lactophenol solution, stained with aniline blue,and visualized by fluorescence microscopy. Results showed that LPS from Pgl induced more callose deposition intobacco leaves than did that from Pta. In addition, a Pearson correlation test revealed that incubation period was themost significant factor in callose deposition, followed by the type of LPS bacteria. However, LPS concentration was notsignificantly corelated to callose deposition in tobacco leaves.Induksi Deposisi Callose pada Tanaman Tembakau (Nicotiana tabacum) oleh Lipopolisakrida BakteriPseudomonas syringae pv. tabaci dan Pseudomonas syringae pv. glycinea. Lipopolisakarida (LPS) adalah komponenutama permukaan sel bakteri gram negatif. LPS dapat berperan sebagai Pathogen-Associated Molecular Pattern(PAMP), yaitu molekul yang menjadi target pengenalan patogen oleh tanaman. Pengenalan LPS oleh tanaman dapatmenginduksi respon pertahanan tanaman, termasuk deposisi callose. Penelitian bertujuan untuk mengetahui induksideposisi callose pada tanaman tembakau oleh LPS bakteri yang diekstraksi dari bakteri Pseudomonas syringae pv.tabaci (Pta) dan P. syringae pv. glycinea (Pgl). Untuk pengamatan deposisi callose, daun tembakau diinfiltrasi LPS Ptadan Pgl, dengan konsentrasi 400 μg/ml dan 800 μg/ml, diinkubasi selama 24 dan 48 jam. Selanjutnya, klorofil daundiluruhkan menggunakan larutan laktofenol dan diwarnai dengan aniline blue. Deposisi callose diamati menggunakanmikroskop fluoresen. Hasil pengamatan menunjukkan LPS bakteri Pgl menginduksi deposisi callose lebih banyakdibandingkan LPS bakteri Pta. Lebih lanjut, berdasarkan uji korelasi pearson diketahui bahwa waktu inkubasi adalahfaktor yang berkorelasi paling signifikan terhadap deposisi callose, diikuti oleh jenis bakteri LPS. Namun, konsentrasiLPS tidak berkorelasi signifikan dengan deposisi callose pada daun tembakau."

"The prospect of a device that uses solar energy to split water into H2 and O2 is highly attractive in terms of producinghydrogen as a carbon-neutral fuel. In this mini review, key research milestones that have been reached in this field overthe last two decades will be discussed, with special focus on devices that use earth-abundant materials. Finally, theremaining challenges in the development of such ?artificial leaves? will be highlighted.Daun Buatan: Perkembangan Terkini dan Tantangannya. Masa depan perangkat yang memanfaatkan energi matahariuntuk memisahkan molekul air menjadi H2 dan O2 sangat menarik, terutama dalam hal produksi hidrogen sebagai bahanbakar netral karbon. Dalam tinjauan singkat ini, penelitian penting yang telah dicapai dalam bidang ini selama duapuluhtahun terakhir akan dibahas, dengan perhatian khusus terhadap perangkat-perangkat yang menggunakan bahan yangbanyak terkandung dalam tanah. Terakhir, tantangan lainnya dalam pengembangan "Daun Artifisial" juga akandigarisbawahi."

"The diversity of wild banana species (genus Musa, listed in Flora of Java) has been revised. The present taxonomicstudy is based on morphological characteristics observed in the herbarium specimens deposited at the HerbariumBogoriense (BO), living collections in the Bogor Botanical Garden, the Cibodas Botanical Garden, and during theexplorations done at Mt. Salak, West Java. Eight species of Musa (Musa acuminata, M. balbisiana, M. coccinea, M.ornata, M. salaccensis, M. sanguinea, M. textilis and M. velutina) and seven infraspecific taxa of M. acuminata arerecognized in Java, of which two infraspecific taxa are endemic. West Java is the center of distribution for the wildbanana species in Java. Taxonomic descriptions including an identification key are presented.Keanekaragaman Pisang-pisang Liar (Marga Musa) di Jawa. Studi keanekaragaman jenis pisang-pisang liar (margaMusa) di Jawa dilakukan untuk memperbarui informasi dalam buku Flora of Java. Studi taksonomi ini dilakukanberdasarkan karakter morfologi dari spesimen yang berasal dari herbarium Bogoriense (BO), koleksi pisang liar diKebun Raya Bogor, Kebun Raya Cibodas, dan hasil eksplorasi yang dilakukan di Gunung Salak, Jawa Barat. Sebanyakdelapan jenis Musa (Musa acuminata, M. balbisiana, M. coccinea, M. ornata, M. salaccensis, M. sanguinea, M. textilisdan M. velutina) dan tujuh infraspesifik taksa dari M. acuminata ditemukan di Jawa, dua diantaranya merupakan taksaendemik. Jawa Barat merupakan pusat keanekaragaman pisang-pisang liar di Jawa. Deskripsi taksonomi dan kunciidentifikasi disajikan dalam tulisan ini."

"The leaf trichome morphology of 19 Durio kutejensis (lai) landraces was studied. The observation of cross- and paradermal sections of D. kutejensis leaves showed that all landraces have glabrous leaves on the adaxial surface, while their abaxial surfaces are covered by six trichome types, one glandular (one- or two-celled stalks with a spheroid multicellular glandular head) and five non-glandular (complex peltate, simple peltate, cushioned stellate, flat stellate, and four-armed stellate trichome with a central cushion). All landraces were rarely covered by glandular trichomes. The non-glandular trichomes are varied in type, density, number of layers, diameter, and shape and margin color of the complex peltate among landraces. One landrace comprises three non-glandular trichome types, while the other landraces consist of four or five non-glandular trichome types. The shapes and margin color of complex peltate trichomes of D. kutejensis are the specific characteristics which distinguish this species from the other Durio species, however these characteristics cannot be used to differentiate one D. kutejensis landraces from the other. Therefore, other characteristics need to be explored in order to distinguish one D. kutejensis landraces from the other.

---

Morfologi Trikoma Daun Kultivar-Kultivar Setempat Durio kutejensis dari Kalimantan. Morfologi trikoma daun dari 19 kultivar setempat D. kutejensis (lai) telah dipelajari. Pengamatan terhadap irisan melintang maupun paradermal daun D. kutejensis menunjukkan bahwa semua kultivar setempat mempunyai daun yang gundul pada permukaan adaksial, sedangkan pada permukaan abaksialnya dilapisi oleh enam tipe trikoma, satu tipe trikoma berkelenjar (trikoma bertangkai satu hingga dua sel dengan satu kepala membulat multisel) dan lima tipe trikoma tidak berkelenjar (sisik memerisai komplek, sisik memerisai sederhana, trikoma membintang pentol, trikoma membintang datar dan trikoma dendritik). Semua kultivar setempat D. kutejensis diselimuti oleh trikoma berkelenjar yang jarang sedangkan trikoma tidak berkelenjar memiliki variasi pada tipe, kerapatan, jumlah lapisan, diameter, bentuk dan warna tepi sisik memerisai komplek di antara kultivar-kultivar setempat. Satu kultivar setempat terdiri dari tiga tipe trikoma tidak berkelenjar, sedangkan kultivar-kultivar setempat lainnya terdiri atas empat atau lima tipe trikoma tidak berkelenjar. Bentuk dan warna tepi sisik memerisai komplek pada D. kutejensis adalah ciri khusus yang dapat digunakan untuk membedakan jenis ini dari jenis Durio lainnya, tetapi karakter ini tidak dapat digunakan untuk membedakan satu kultivar D. kutejensis setempat dengan lainnya. Dengan demikian, sifat-sifat lain perlu diteliti untuk dapat membedakan satu kultivar D. kutejensis setempat dengan lainnya."

"Chlorophyll-a is a pigment that is contained in phytoplankton. Through the photosynthesis process, chlorophyll-a playsan important role in the global carbon cycle. The purpose of this research is to investigate the effect of global warmingon chlorophyll-a concentration in Indonesian waters. The data used includes the monthly data of sea surfacetemperatures from 1984-2013, CO2 concentrations from 1980-2014, and chlorophyll-a concentrations from 2003-2014.The method used is linear regression. The results show that sea surface temperatures in Indonesian waters increased byabout 0.51 °C from 1984-2013. The effects of global warming on chlorophyll-a concentrations varies between differentareas of Indonesian waters. From the 12 research sites, 9 showed a decrease in concentration and 3 showed an increase.Pengaruh Pemanasan Global terhadap Konsentrasi Klorofil-a di Perairan Indonesia. Klorofil-a adalah pigmenyang terkandung dalam fitoplankton. Klorofil-a mempunyai peranan penting dalam siklus karbon global melalui prosesfotosintesis. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui pengaruh pemanasan global terhadap konsentrasi klorofil-a diperairan Indonesia. Data yang digunakan terdiri dari suhu permukaan laut bulanan dari tahun 1984-2013, konsentrasiCO2 bulanan dari tahun 1980-2014 dan konsentrasi klorofil-a bulanan dari tahun 2003-2014. Metode yang digunakandalam penelitian ini adalah regresi linier. Hasil penelitian menunjukkan bahwa dari tahun 1984-2013 telah terjadipeningkatan suhu permukaan laut wilayah perairan Indonesia sebesar 0,51 °C. Pengaruh pemanasan global terhadapkonsentrasi klorofil-a bervariasi untuk setiap wilayah perairan Indonesia yang berbeda. Dari 12 lokasi penelitian, 9lokasi menunjukkan tren penurunan dan 3 lokasi penelitian menunjukkan tren kenaikan suhu."

"The explosive sensitivity upon the formation of supramolecular interaction between the nitro group of 3-nitro-1,2,4-triazol-5-one (NTO) and metal ions (Mn+ = Li+, Na+, Be2+ and Mg2+) has been investigated using Density FunctionalTheory at B3LYP/6-311++G** level of theory. The bond dissociation energy (BDE) of the C1?N6 trigger bond hasalso been discussed for the NTO monomer and the corresponding complexes. The interaction and bond dissociationenergy of the C6?N7 trigger bond follow the order of NTO-Be2+ > NTO-Mg2+ > NTO-Li+ > NTO-Na+ > NTOmonomer. The enhancement of the trigger bond dissociation energy in comparison with the NTO monomer correlateswell with the complex interaction energies, trigger bond length, and charge transfer. The analyses of electron densityshifts have shown that the electron density of the nitro group shifts toward the C1?N6 trigger bond upon the formationof the supramolecular interaction. As result, the trigger bond is strengthened and the sensitivity of NTO is reduced.Some of the calculated results agree with the experimental values.Sensitivitas Peledak Akibat Pembentukan Kompleks 3-Nitro-1,2,4-Triazol-5-One dan Ion Logam berdasarkanTeori Fungsional Kerapatan. Sensitivitas peledak yang terbentuk dari interaksi supramolekuler senyawa 3-nitro-1,2,4-triazol-5-one (NTO) dan ion logam (Mn+ = Li+, Na+, Be2+ and Mg2+) telah dipelajari menggunakan TeoriFungsional Kerapatan pada tingkatan teori B3LYP/6-311++G**. Energi pemutusan ikatan pada ikatan pemicu ledakan(C1-C6) juga telah dipelajari untuk monomer NTO dan senyawa kompleksnya. Energi ikat dan energi pemutusan ikatanmengikuti urutan: NTO-Be2+ > NTO-Mg2+ > NTO-Li+ > NTO-Na+ > monomer NTO. Peningkatan energi pemutusanikatan berbanding lurus dengan energi ikat, panjang ikatan pemicu ledakan dan transfer muatan. Analisis perubahankerapatan elektron menunjukkan bahwa kerapatan elektron gugus nitro berpindah pada ikatan C1-N6 ketika kompleksterbentuk. Hal ini menyebabkan ikatan pemicu ledakan menjadi semakin kuat sehingga sensitivitas NTO menjadiberkurang. Hasil kajian teoritis ini sesuai dengan hasil kajian eksperiemen."

"This research aims i) to determine the density profile and calculate the ground state energy of a quantum dot in twodimensions (2D) with a harmonic oscillator potential using orbital-free density functional theory, and ii) tounderstand the effect of the harmonic oscillator potential strength on the electron density profiles in the quantum dot.This study determines the total energy functional of the quantum dot that is a functional of the density that depends onlyon spatial variables. The total energy functional consists of three terms. The first term is the kinetic energy functional,which is the Thomas?Fermi approximation in this case. The second term is the external potential. The harmonicoscillator potential is used in this study. The last term is the electron?electron interactions described by the Coulombinteraction. The functional is formally solved to obtain the electron density as a function of spatial variables. Thisequation cannot be solved analytically, and thus a numerical method is used to determine the profile of the electrondensity. Using the electron density profiles, the ground state energy of the quantum dot in 2D can be calculated. Theground state energies obtained are 2.464, 22.26, 90.1957, 252.437, and 496.658 au for 2, 6, 12, 20, and 56 electrons,respectively. The highest electron density is localized close to the middle of the quantum dot. The density profilesdecrease with the increasing distance, and the lowest density is at the edge of the quantum dot. Generally, increasing theharmonic oscillator potential strength reduces the density profiles around the center of the quantum dot.Profil Kerapatan, Energi, dan Kuat Osilasi sebuah Kuantum Dot dalam Dua Dimensi dengan sebuah PotensialEksternal Osilator Harmonik menggunakan Fungsional Energi Bebas-orbital berdasarkan Teori Thomas?Fermi. Tujuan dari penelitian ini adalah: i) menentukan profil kerapatan dan menghitung energi keadaan dasar sebuahkuantum dot dalam dua dimensi (2D) dengan sebuah potensial osilator harmonik menggunakan teori fungsionalkerapatan bebas-orbital, dan ii) memahami efek dari kekuatan potensial osilator harmonik terhadap kerapatan elektrondalam kuantum dot. Penelitian ini menentukan fungsional energi total kuantum dot yang merupakan fungsional darikerapatan dan hanya bergantung pada variabel posisi. Fungsional energi total terdiri dari tiga suku. Suku pertama adalahfungsional energi kinetik yang dalam hal ini digunakan pendekatan Thomas?Fermi. Suku kedua adalah potensialeksternal. Dalam penelitian ini, potensial osilator harmonik yang digunakan. Suku terakhir adalah interaksi elektron?elektron yang dideskripsikan oleh interaksi Coulomb. Fungsional ini secara formal ditentukan solusinya untukmemperoleh kerapatan elektron sebagai fungsi posisi. Persamaan ini tidak dapat diselesaikan secara analitik, olehkarenanya, sebuah metode numerik digunakan untuk menentukan profil kerapatan elektron. Menggunakan profilkerapatan elektron yang diperoleh, energi keadaan dasar kuantum dot dalam 2D dapat dihitung. Nilai-nilai energikeadaan dasar yang diperoleh adalah 2,464; 22,26; 90,1957; 252,437; dan 496.658 au untuk masing-masing jumlahelektron 2, 6, 12, 20, dan 56. Kerapatan elektron tertinggi terlokalisasi pada bagian tengah kuantum dot. Profilkerapatan berkurang dengan bertambahnya jarak, dan kerapatan terendah berada pada ujung kuantum dot. Secaraumum, meningkatkan kuat osilasi akan menurunkan profil kerapatan elektron di sekitar bagian tengah kuantum dot."