Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Penggunaan radioimunokonjugat berbasis antibodi trastuzumab sebagai agen teranostik kanker payudara positif HER2 masih kurang ideal karena ukuran molekul yang relatif besar sehingga laju biodistribusi dan laju clearance relatif lambat dan mengakibatkan akumulasi dalam jaringan normal hati/ginjal dan darah. Berdasarkan fakta ini, fragmentasi trastuzumab menjadi F ab 39; 2 dan penandaan fragmen oleh radionuklida Lutetium-177 pemancar partikel ? dan ? telah dilakukan. Penyiapan fragmen F ab rsquo; 2 dilakukan melalui fragmentasi enzimatik oleh pepsin dan fraksinasi dengan kolom PD-10 Sephadex G-25 ., Fragmen F ab rsquo; 2 yang dihasilkan dikonjugasi dengan 2- 4-isothiocyanatobenzene -1,4,7,10-tetraazacyclododecane-1,4,7,10-tetraacetic acid p-SCN-Bn-DOTA dan radiolabeling dengan 177Lu. Fluktualitas dan afinitas F ab rsquo; 2 dalam pengikatannya dengan reseptor HER2 diamati melalui pendekatan simulasi dinamika molekuler dan penambatan molekul molecular docking . Hasil fragmentasi menunjukkan semua trastuzumab terkonversi menjadi Fragmen F ab 39; 2 dengan waktu hidrolisis optimum 18 jam. Purifikasi fragmen F ab 39; 2 dengan kolom kromatografi gel filtrasi menghasilkan 98 F ab rsquo; 2 murni dengan bobot molekul F ab 39; 2 98,35 kDa. Jumlah rasio mol pSCN-Bn-DOTA per fragmen antibodi 5.03 1.5 dengan perbandingan mol DOTA:F ab rsquo; 2 20:1. Stabilitas termodinamik radioimunokonjugat 177Lu-DOTA-F ab rsquo; 2 trastuzumab cukup tinggi dalam serum HSA pada suhu 37°C setelah masa penyimpanan selama 4 hari dengan kemurnian radiokimia yang masih dapat dipertahankan sebesar 91.96 0.26. Hasil simulasi dinamika molekuler menunjukkan bahwa fragmentasi Fc pada molekul trastuzumab relatif tidak merusak struktur dan konformasi F ab rsquo; 2 secara keseluruhan khususnya pada daerah CDR sehingga tidak menurunkan afinitas pengikatannya terhadap reseptor HER2. Hasil analisis SASA pada residu lisin F ab rsquo; 2 menunjukkan bahwa reaksi pembentukan konjugat DOTA-F ab rsquo; 2 diduga terjadi di luar daerah CDR sehingga tidak mengganggu afinitas pengikatannya terhadap reseptor HER2. Simulasi Lu-DOTA-Fab-HER2 dalam fase air menghasilkan ?Gbinding yang relatif lebih besar 15.5066 kkal/mol jika dibandingkan dengan kompleks HER2-Fab -45.1446 kkal/mol.

---

The use of trastuzumab as intact IgG labeling radionuclide for HER2 breast cancer theranostic agent is not ideal because it is slowly eliminated from the blood and normal tissues yielding low tumor blood T B and tumor normal tissue T NT ratios. Based on this fact, fragmentation of trastuzumab F ab 2 and radiolabeled of fragment by and particle of Lutetium 177 has been developed. Preparation of F ab 2 trastuzumab fragment were prepared by digestion of intact IgG with pepsin and fractionated in PD 10 column, through conjugated with 2 4 isothiocyanatobenzyl 1,4,7,10 tetraazacyclododecane 1,4,7,10 tetraacetic acid p SCN Bn DOTA and radiolabeled with 177Lu. The results of this preliminary work were the optimum time for completely digest of trastuzumab to form F ab 2 fragment was 18 hrs, where all trastuzumab converted to F ab 2 fragment. The purity of F ab 2 fragment from size exclusion chromatography was carried out of 98 and a molecular weight of F ab 2 was 98.35 kDa respectively. The average number of pSCN Bn DOTA chelates per antibody fragmen were 5.03 1.5 and the optimum conjugation reactions were performed at molar ratio 20 1 for pSCN Bn DOTA to trastuzumab. The stability test of radioimmunoconjugate in HSA serum in 37°C show the high stability of aliquot with radiochemical purity was 91.96 0.26 after 96h storage. Molecular dynamic simulation of F ab 2 fragment show that fragmentation of trastuzumab did not distrupt the whole structure and conformation of F ab 2 expecially in CDR region. The solvent accesibility surface area of lysine residue show that conjugation of pSCN Bn DOTA to F ab 2 occurred in lys residue outside of CDR region so it s not influenced the binding affinity of radioimunoconjugate. The docking of Lu DOTA F ab 2 with HER2 receptor in aquous system generated Gbinding more highly 15.5066 kkal mol than positive control HER2 Fab 45.1446 kkal mol."

"Senyawa turunan eugenol diduga dapat menginhibisi Bcl-2 pada sel kanker kolorektal HT29. Penelitian ini bertujuan untuk memperoleh senyawa baru turunan eugenol yang dapat menghambat sel kanker kolorektal HT29 secara in vitro dan menurunkan ekspresi Bcl-2 pada mencit yang mengalami pre-klamsia terhadap kolon secara in vivo. Penelitian ini diawali dengan melakukan desain senyawa turunan secara in silico. Hasil senyawa hit disintesis di laboratorium. Uji secara in vitro, uji apoptosis dan uji in vivo dilakukan berturut-turut pada hasil senyawa sintesis. Hasil in silico, dari skrining secara farmakofor dengan rancangan acak lengkap menggunakan 220 senyawa desain. Berdasarkan fitur farmakofor dengan cut off 5 fitur dihasilkan 23 senyawa. Hasil skrining farmakofor dilakukan docking menghasilkan delapan senyawa yaitu senyawa 4 rsquo;- 2-kloro-3-hidroksipropil -2 rsquo;-metoksifenil 2-hidroksibenzoat 57, 4 rsquo;- 2-kloro-3-hidroksi-propil -2 rsquo;-hidroksifenil 2-hidroksibenzoat 167, S -4 rsquo;- 2,3-dihidroksipropil -2 rsquo;-metoksifenil 2-hidroksibenzoat 59, R -4 rsquo;- 2,3-dihidroksipropil -2 rsquo;-metoksifenil 2-hidroksibenzoat 60, 4 rsquo;-alil-2 rsquo;-metoksifenil 4-amino-2-hidroksibenzoat 71, 4 rsquo;-alil-2 rsquo;-hidroksifenil 4-amino-2-hidroksibenzoat 181, 4 rsquo;-alil-2 rsquo;-metoksifenil 3,4,5-trihidroksibenzoat 86 dan 4 rsquo;-alil-2 rsquo;-metoksifenil 3,5-diihidroksi-4-metoksibenzoat 91 dengan energi ikatan lebih negatif dari standar. Delapan senyawa hasil skrining disintesis melalui reaksi esterifikasi, adisi halogen, hidroksilasi dan demetilasi. Hasil sintesis diuji aktivitas penghambatannya secara in vitro terhadap sel HT29 kanker kolon. Aktivitas penghambatan terhadap sel HT29 menunjukkan nilai IC50 antara 82.98 g/mL - 8.455 g/mL. Nilai IC50 tersebut lebih negatif dibandingkan senyawa penuntun eugenol. Hubungan Kuantitatif Struktur Aktivitas terhadap sel line HT29 menghasilkan persamaan Log 1/IC50 = -0.865-0.210 LogP 2 1.264 logP -0.994CMR n=10; r=0.706; SE:0.21; F=0.497, sig=7.86 . Persamaan menunjukkan variabel log P dan CMR berpengaruh terhadap IC50. Sifat hidrofobisitas log P lebih berperan dibandingkan dengan sifat sterik CMR . Hasil uji in vivo terhadap mencit Mus musculus menunjukkan senyawa turunan 59 memiliki nilai HE dan IHK mendekati kontrol positif. Peningkatan dosis pemberian menyebabkan peningkatan degradasi Bcl-2 pada jaringan mendekati kontrol normal. Hasil penelitian menunjukkan bahwa senyawa baru turunan eugenol 59 yang diperoleh dapat menghambat kanker kolorektal secara in vitro dan in vivo.

---

Compounds derived from eugenol are thought to inhibit Bcl 2 in HT29 colorectal cancer cells. The aim of this study was to obtain new compounds of eugenol derivatives that could inhibit in HT29 cell invitro test and decrease of Bcl 2 expression in mice pre clammed on colon with invivo test. This research begins by designing in silico derivative compounds. The result of the hit compound is synthesized in the laboratory. In vitro tests, apoptotic test and in vivo test were performed successively on the result of the synthesis compound. In silico yield, from a complete randomized pharmacophore screening using 220 design compounds. Based on the pharmacophore features with cut off 5 features produced 23 compounds. The results of pharmacophore screening conducted docking which yielded eight compounds of compound 4 rsquo 2 chloro 3 hydroxypropyl 2 rsquo metohoxyphenyl 2 hydroxybenzoat 57, 4 rsquo 2 chloro 3 hidroxy propyl 2 rsquo hydroxyphenyl 2 hydroxybenzoat 167, S 4 rsquo 2,3 dihydroxypropyl 2 rsquo methoxyphenyl 2 hydroxybenzoat 59, R 4 rsquo 2,3 dihydroxypropyl 2 rsquo methoxyphenyl 2 hydroxybenzoat 60, 4 rsquo allyl 2 rsquo methoxyphenyl 4 amino 2 hydroxybenzoat 71, 4 rsquo allyl 2 rsquo hydroxyphenyl 4 amino 2 hydroxybenzoat 181, 4 rsquo allyl 2 rsquo methoxyphenyl 3,4,5 trihydroxybenzoat 86 dan 4 rsquo allyl 2 rsquo methoxyphenyl 3,5 dihydroxy 4 methoxybenzoat 91 with energy binding more negative than standard. The eight compounds of the screening are synthesized by esterification reaction, addition with halogen, hydroxylation. And demetylation The synthesis results were tested in vitro inhibitory activity against HT29 colon cancer cells. The inhibitory activity against HT29 cells shows an IC50 value between 82.98 g mL 8,455 g mL. The value of IC50 is better than the eugenol guiding compound. Quantitative Relation of Structure Activity against cell line HT29 with equation Log 1 IC50 0.865 0.210 LogP 2 1.264 logP 0.994CMR n 10 r 0.706 SE 0.21 F 0.497, sig 7.86 . This equation showed that log P and CMR have effect with IC50. Hydrophobicity log P more of effect compared than steric parameters CMR . In vivo test of Mus musculus that showed compound derivative 59 based on HE and IHK values approaching positive control. Increased dosage of administration leads to an increase in Bcl 2 degradation in tissues near normal control. The results showed that the new compound derived eugenol 59 obtained can inhibit colorectal cancer in vitro and in vivo."

"Pendahuluan: Prevalensi periodontitis di Indonesia mencapai 74,1% berdasarkan data Riskesdas tahun 2018. Bakteri penyakit periodontitis dapat menembus lebih dalam ke jaringan sekitar gigi. Hal ini dapat memicu respons host dalam upaya bertahan melawan bakteri yang menyerang, salah satunya adalah respon dari TLR-2. Salah satu obat yang memiliki kandungan antiinflamasi dan saat ini sedang banyak diperhatikan oleh masyarakat adalah propolis. Tujuan: Meneliti interaksi dan afinitas antara senyawa pada propolis dengan reseptor Toll-Like Receptor 2 melalui studi penambatan molekuler. Metode: Studi in silico dengan penambatan molekuler untuk menguji interaksi molekuler dari ligan bahan aktif propolis terhadap reseptor TLR-2. Hasil interaksi yang didapat akan dianalisis dan diintrepretasikan untuk mengetahui afinitas ikatan dari interaksi antara ligan dengan reseptor. Hasil: terdapat interaksi antara ligan bahan aktif propolis terhadap reseptor TLR-2. Kesimpulan: Propolis berpotensi menjadi agen antibakteri pada terapi periodontitis yang dapat menghambat inflamasi melalui inaktivasi TLR-2. Namun, perlu dilakukan penelitian lebih lanjut secara in vitro untuk pengamatan lebih lanjut terkait interaksi yang terjadi.

---

Background: The prevalence of periodontitis in Indonesia reached 74.1%. (Riskesdas, 2018). Periodontitis bacteria can penetrate deep into the gum. This can trigger a host response in an effort to defend against invading bacteria, including responses from TLR-2. Propolis has been shown to have antiinflammatory properties and is currently getting a lot of attention from the public. Purpose: To examine the interaction and affinity between compounds in propolis and the Toll-Like Receptor 2 receptor through molecular docking studies. Methods: To investigate the molecular interactions of propolis active ingredient ligands on the TLR-2 receptor, a molecular docking was conducted. The interaction results obtained will be analyzed and interpreted to determine the binding affinity of the interaction between the ligand and the receptor. Results: There is an interaction between the ligand of the active ingredient of propolis and the TLR-2 receptor. Conclusions: Propolis has the potential to be an antibacterial agent in periodontitis therapy that can inhibit inflammation through inactivation of TLR-2. However, further research needs to be carried out with in vitro studies to further observe the interactions that may occur."

"Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengamati interaksi molekular antara alfa glukosidase dari Saccharomyces cerevisiae dengan senyawa turunan sinamamid yang disintesis dari asam sinamat. Dalam penelitian ini, senyawa turunan sinamamid disintesis dan dievaluasi untuk penghambatan alfa glukosidase. Struktur senyawa yang disintesis diidentifkasi dengan IR, H-NMR, C-NMR dan Mass Spektral. Semua senyawa turunan sinamamid menunjukkan penghambatan potensial yang lebih unggul dari bahan awal. Tiga belas senyawa turunan sinamamid menunjukkan aktivitas alfa glukosidase dengan nilai IC50 0,71-4,0 mM dengan standar 1-deoksinojirimisin dan akarbosa IC50 =0,97 mM dan IC50=1,78 mM . Studi molecular docking dilakukan untuk mengeksplorasi interaksi pengikatan kandidat turunan sinamamid dengan enzim alfa glukosidase.

---

The aim of this study was to observe molecular interactions between alpha glucosidase from Saccharomyces cerevisiae with cinamamide derivatives which were synthesized by amidation of cinnamic acid. In this study, a series cinamamide derivatives was synthesized and evaluated for alpha glucosidase inhibitory. The structure of synthesized compounds were characterized by IR, H NMR, C NMR and Mass Spectral analysis. All compound cinamamide derivatives showed a potent inhibition superior to the starting material. Thirteen compounds showed alpha glucosidase activity with IC50 value of 0.71 4.02 mM with the standard 1 deoxynojirimycin and acarbose IC50 0,97 mM and IC50 1.78 mM, respectively . Molecular docking studies were carried out to explore the binding interactions of cinnamamide derivative candidates with enzyme alpha glucosidase."

"Sitronelol dan geraniol dilaporkan mempunyai aktivitas antibakteri,antiinflamasi dan sitotoksik terhadap beberapa sel kanker. Hasil uji sitotoksiksitronelol dan geraniol terhadap sel kanker murine leukimia P388 menunjukkanbahwa, sitronelol dan geraniol mempunyai aktivitas sitotoksik terhadap sel kankertersebut. Untuk meningkatkan aktivitas sitotoksik, kedua senyawa tersebut dirancangmenjadi sejumlah senyawa ester dan diskrining virtual terhadap reseptor proteinproviral insertion site in Moloney murine leukemia virus-1 Pim1 kinase denganperangkat lunak Molegro Virtual Docker MVD . Hasil skrining virtual menunjukkanbahwa senyawa ester hasil rancangan mempunyai potensi sebagai antikanker dandisintesis 8 senyawa ester terpilih yaitu sitronelil kaproat, geranil kaproat, sitronelilisobutirat, geranil isobutirat, sitronelil 2,2-dimetil butirat, geranil 2,2-dimetil butirat,sitronelil kaprilat dan geranil kaprilat. Senyawa ester hasil sintesis dianalisis awalmenggunakan KLT, dimurnikan menggunakan kolom kromatografi, dielusidasistrukturnya menggunakan FTIR dan NMR serta dianalisis spektro massanyamenggunakan GCMS. Analisis toksisitas senyawa ester hasil sintesis dengan metodeBSLT menunjukkan bahwa, ester sitronelol dan geraniol hasil sintesis toksik terhadaplarva udang Artemia salina dengan nilai LC50 1,21-1,96 ?g/mL, sehingga berpotensisebagai senyawa antikanker. Hasil uji aktivitas sitotoksik terhadap sel murineleukimia P388 secara in vitro dengan metode MTT menunjukkan bahwa, estersitronelol dan geraniol hasil sintesis sitotoksik terhadap P388 dengan nilai IC50 10,63-37,69 ?g/mL. Aktivitas sitotoksik ester sitronelil kaproat yang disintesis dari asamkaproat minyak inti sawit sekitar 4 kali lebih kuat daripada sitronelol. Senyawa yangaktivitas sitotoksiknya lebih tinggi daripada senyawa induk, selanjutnya diujisitotoksik terhadap sel kanker payudara MCF7 dengan metode alamar blue. Hasil ujisitotoksik ini menunjukkan bahwa senyawa ester sitronelil isobutirat, sitronelil 2,2-dimetil butirat, geranil isobutirat dan geranil 2,2-dimetil butirat sitotoksik terhadapMCF7 dengan nilai IC50 1,32-4,83 ?g/mL. Hidrofobisitas log P senyawaberpengaruh terhadap aktivitas sitotoksik.

---

---

Citronellol and geraniol have been reported as an antibacterial, anti inflammatory andcytotoxic against some cancer cells. The cytotoxic test result both of citronellol andgeraniol against murine leukemia P388 cancer cells showed that citronellol andgeraniol have cytotoxic activity against the cancer cells. To enhance the cytotoxicactivity both of the compounds, the compounds were designed into a number of estercompounds and virtual screened against the target receptor of proviral insertion sitein Moloney murine leukemia virus 1 Pim1 kinase using Molegro Virtual Docker MVD software. The virtual screening result showed that citronellol and geraniolesters have potential as anticancer and 8 ester compounds selected that are citronellylcaproate, geranyl caproate, citronellyl isobutyrate, geranyl isobutyrate, citronellyl2,2 dimethyl butyrate, geranyl 2,2 dimethyl butyrate, citronellyl caprylate and geranilcaprylate further synthesized. The synthesized ester compounds were preliminaryanalyzed by TLC, purified by column chromatography, elucidated the molecularstructure using FTIR and NMR and analyzed the mass spectra using GCMS. Toxicityanalysis of ester compounds by BSLT method showed that, citronellol and geraniolesters toxic against Artemia salina Leach shrimp larvae with LC50 values of 1.21 1.96mg mL, thereby potentially as anticancer compound. The result of in vitro cytotoxicactivity of esters against murine leukemia P388 cancer cells by MTT method showedthat, citronellol and geraniol esters cytotoxic against P388 cancer cells with IC50values of 10.63 37.69 g mL. The cytotoxic activity of citronellyl caproate thatsynthesized from caproic acid of palm kernel oil was about 4 more active thancitronellol. Ester compounds that have higher cytotoxic activity than startingcompound, then were tested for cytotoxic activity against breast MCF7 cancer cellsby alamar blue method, The result showed that citronellyl isobutyrate, citronellyl 2,2 dimethyl butyrate, geranyl isobutyrate and geranyl 2,2 dimethyl butyrate activeagainst MCF7 cancer cells with IC50 values of 1.32 4.83 g mL. Hydrophobicity logP of ester compounds effect on the cytotoxic activity."

"Hipertensi adalah penyakit dengan prevalensi yang tinggi, terutama pada kelompok lanjut usia. Obat golongan calcium channel blocker (CCB) kelompok dihidropiridin merupakan salah satu obat lini pertama dalam pengobatan hipertensi yang telah terbukti baik dari sisi efikasi dan keamanannya. Namun, efek samping yang dihasilkan adalah refleks takiaritmia sehingga dikembangkan CCB dihidropiridin generasi keempat seperti cilnidipine bertujuan untuk mengurangi efek samping ini dengan mekanisme kerja pada dua lokasi, yaitu menghambat kanal kalsium tipe L dan tipe N sehingga dapat dirancang analog-analog senyawa baru berdasarkan cilnidipine. Penelitian ini bertujuan untuk memperoleh prediksi potensi dari beberapa senyawa yang dirancang berdasarkan analog dari cilnidipine dan memperoleh salah satunya, yaitu senyawa dibenzil 4-(3-klorofenil)-2,6-dimetil-1,4-dihidropiridin-3,5-dikarboksilat melalui proses sintesis serta hasil uji karaterisasi. Penelitian ini diawali dengan penambatan molekuler senyawa target terhadap makromolekul tipe-L (6JP5) dan tipe-N (7VFW) dengan hasil energi bebas ikatan (ΔG) dan konstanta inhibisi (Ki) yang lebih baik dibandingkan cilnidipine pada kedua makromolekul. Senyawa target kemudian disintesis menggunakan microwave dalam pelarut etanol. Hasil sintesis dimurnikan menggunakan kromatografi lapis tipis preparatif dan diperoleh rendemen sebesar 1,02%. Elusidasi struktur dilakukan terhadap senyawa target dan diperoleh senyawa target dengan nama IUPAC dibenzil 4-(3-klorofenil)-2,6-dimetil-1,4-dihidropiridin-3,5-dikarboksilat yang telah dikonfirmasi dengan spektroskopi IR, 1H-NMR,13C-NMR, dan LC–MS/MS.

---

Hypertension is a disease with a high prevalence, especially in the elderly. The dihydropyridine group of calcium channel blocker (CCB) is one of the first-line drugs in the treatment of hypertension which has been proven in terms of efficacy and safety. However, the resulting side effect is tachyarrhythmia reflex, so the fourth generation of dihydropyridine CCBs such as cilnidipine was developed. The aim is to reduce this side effect by acting at two locations, by inhibiting type L and type N calcium channels so that new analogue compounds based on cilnidipine can be designed. This study aims to obtain potential predictions of several compounds designed based on analogues of cilnidipine and to obtain one of them, namely dibenzyl 4-(3-chlorophenyl)-2,6-dimethyl-1,4-dihydropyridine-3,5-dicarboxylate through synthesis process and characterization. This research was initiated by molecular docking of target compound to macromolecules of type-L (6JP5) and type-N (7VFW) with better bond free energy (ΔG) and inhibition constant (Ki) results than cilnidipine in both macromolecules. The target compound was then synthesized using a microwave in ethanol solvent. The synthesis results were purified using preparative thin layer chromatography with a yield of 1.02%. Structural elucidation was carried out on the target compound and the target compound with IUPAC name dibenzyl 4-(3-chlorophenyl)-2,6-dimethyl-1,4-dihydropyridine-3,5-dicarboxylate was obtained which was confirmed by IR spectroscopy, 1H-NMR, 13C-NMR, and LC–MS/MS."

"

Kanker kolorektal merupakan penyebab kematian tertinggi kedua akibat kanker setelah kanker paru-paru. Pada tahun 2018 terdapat 1,8 juta kasus baru kanker kolorektal dan 892.000 mortalitas secara global. Sebagian besar kasus kanker kolorektal baru terdeteksi pada stadium lanjut. Hal ini dikarenakan mayoritas pasien tidak merasakan gejala yang serius pada fase awal (asimtomatik). Dari total kasus, sekitar 25% pasien kanker kolorektal diketahui telah mengalami metastasis pada diagnosis awal dan 60% lainnya setelah menjalani terapi, sehingga memerlukan pengobatan yang lebih serius dan spesifik. Salah satu jalur metastasis kanker kolorektal adalah melalui aliran darah. Proses pembentukan pembuluh darah baru atau angiogenesis dipicu oleh Vascular Endothelial Growth Factor (VEGF). Interaksi antara VEGF-A dengan protein reseptor VEGFR-2 kinase menginisiasi proses angiogenesis yang dapat mempercepat penyebaran sel kanker. Beberapa senyawa telah berhasil dikembangkan untuk menghambat protein VEGFR-2 kinase, namun sebagian besar bersifat multi target dan menghasilkan berbagai efek samping. Pada penelitian ini, dilakukan studi in silico untuk menemukan inhibitor VEGFR-2 kinase terbarukan dengan selektivitas dan afinitas yang tinggi melalui perancangan obat berbasis fragmen. Simulasi penambatan molekul dilakukan berdasarkan struktur 3D VEGFR-2 kinase yang diperoleh dari Protein Data Bank (PDB ID: 1Y6A). Fitur farmakofor dirancang berdasarkan ligan standar Pazopanib dan 2-anilino-5-aryl-oxazole yang diambil dari basis data ChemSpider. Sebanyak 22.727 senyawa diambil dari pangkalan data PubChem dan dipilih 4 fragmen yang paling potensial untuk dilakukan penumbuhan fragmen. Selanjutnya, dari hasil penumbuhan fragmen dan simulasi penambatan molekul diperoleh 10 senyawa baru yang dinilai paling berpotensi menghambat protein VEGFR-2 kinase. Uji farmakologi dilakukan untuk mengetahui karakteristik fisikokimia dan toksisitas dari senyawa baru dengan menggunakan perangkat OSIRIS Data Warrior, SwissADME, pkCSM dan Toxtree. Berdasarkan interaksi molekular dan uji farmakologi diperoleh dua senyawa baru sebagai kandidat inhibitor VEGFR-2 kinase terbaik yaitu ligan 1070 dan ligan 1143.

 

---

Colorectal cancer is the second leading cause of cancer death after lung cancer. As of 2018, there are an estimated 1,8 new diagnoses and 892.000 mortalities worldwide. Most of colorectal cancer cases were identified at an advance stage. Approximately 25% of patients with colorectal cancer have developed metastases in early diagnoses and another 60% after undergoing therapy that requires more serious and specific treatment. Metastasis was caused by angiogenesis which mediated by Vascular Endothelial Growth Factor (VEGF). Interaction between VEGF-A and receptor protein VEGFR-2 initiated the formation of new blood vessels that can accelerate the spread of cancer cells. Several compounds have been successfully developed to inhibit VEGFR-2 kinase, however most of them are multi target and result many side effects. In this research, in silico study was conducted to discover novel VEGFR-2 kinase inhibitor with high selectivity and affinity through fragment-based drug design. Molecular docking simulation was conducted based on 3D structure of VEGFR-2 kinase obtained from Protein Data Bank (PDB ID: 1Y6A). The standard ligands used in this research are pazopanib and 2-anilino-5-aryl-oxazole that acquired from ChemSpider databases. About 22.727 compounds were taken from PubChem database and 4 potential fragments were selected for fragment growing. From the result of fragment growing and molecular docking simulation, 10 new compounds that potential to inhibit VEGFR-2 kinase were obtained. Then pharmacological and toxicity tests are performed using OSIRIS Data Warrior, SwissADME, pkCSM and Toxtree. According to the molecular interaction and pharmacological tests, two new compounds are selected as the best candidate of VEGFR-2 kinase inhibitor that is ligand 1070 and ligand 1143.

 

"

"Golongan calcium channel blocker (CCB) turunan 1,4-dihidropiridin (DHP) merupakan terapi farmakologis lini pertama dalam hipertensi, dengan bukti efikasi dan profil keamanan yang baik. Obat-obat ini secara selektif menargetkan kanal kalsium tipe L. Namun, terdapat efek samping pada CCB DHP generasi ketiga yang paling sering diresepkan, yaitu amlodipine, berupa aktivasi mekanisme kompensasi homeostasis tubuh dalam meregulasi tekanan darah kembali ke tingkat patologis, serta seringnya terjadi edema perifer. Hal ini dapat menyebabkan penurunan efikasi terapi jangka panjang serta kepatuhan pasien. Pengembangan DHP generasi keempat seperti cilnidipine difokuskan untuk mengurangi kejadian efek samping ini dengan adanya tambahan aksi pada kanal kalsium tipe N. Oleh sebab itu, dapat dirancang analog-analog senyawa baru berdasarkan cilnidipine. Penelitian ini bertujuan untuk merancang dan menguji analog senyawa-senyawa ini dengan metode penambatan molekuler, serta melakukan sintesis dan karakterisasi terhadap salah satu senyawa yang dirancang, yaitu senyawa baru dibenzil 4-(2-klorofenil)-2,6-dimetil-1,4-dihidropiridin-3,5-dikarboksilat. Penambatan molekuler dilakukan dengan Autodock 4 terhadap makromolekul 6JP5 (tipe L) dan 7VFW (tipe N). Senyawa yang disintesis memiliki nilai ΔG –9,82 kkal/mol dan Ki sebesar 63,49 nM terhadap makromolekul 6JP5, serta memiliki ΔG sebesar –9,82 kkal/mol dan Ki sebesar 63,09 nM terhadap makromolekul 7VFW. Senyawa target disintesis dengan reaksi Hantzsch dengan bantuan microwaveselama 30 menit pada daya 400 W dalam etanol, lalu dipurifikasi dengan kromatografi lapis tipis preparatif, menghasilkan yield sebesar 0,598%. Elusidasi dan karakterisasi terhadap senyawa hasil sintesis dengan 1H dan 13C-NMR, densitometri, LC–MS/MS, dan spektroskopi inframerah telah mengonfirmasi bahwa senyawa hasil sintesis adalah benar merupakan senyawa target.

---

The 1,4-dihydropyridine (DHP) derivatives of calcium channel blocker (CCB) are the first-line pharmacological therapy of hypertension, with the evidence of acceptable efficacy and safety profile. These drugs selectively target the L-type calcium channels. However, there are some side effects from the commonly prescribed DHP CCB, namely amlodipine, in the activation of homeostatic compensation mechanism to regulate blood pressure back to the pathological state, as well as the common incidence of peripheral edema. These can cause the reduction of long term efficacy and patients’ compliance. The development of fourth generation DHP such as cilnidipine is focused towards reducing the incidence of these side effects, by having an additional action against N-type calcium channels. Thus, analogs of new compounds based on cilnidipine can be designed. This study was aimed to design and test these compounds by molecular docking, and to synthesize and characterize one of the compound, which was dibenzyl 4-(2-chlorophenyl)-2,6-dimethyl-1,4-dihydropyridine-3,5-dicarboxylate. Molecular docking was done with AutoDock 4 against macromolecules 6JP5 (L-type) and 7VFW (N-type). The synthesized compound respectively yielded a ΔG and Ki value of –9,82 kcal/mol and 63,49 nM against 6JP5, and –9,82 kcal/mol and 63,09 nM against 7VFW. Synthesis was done with the Hantzsch reaction in microwave for 30 minutes at 400 W power in ethanol, followed by purification with preparative thin-layer chromatography, which gave a yield of 0,598%. Elucidation and characterization of the synthesized compound with 1H and 13C-NMR, densitometry, LC–MS/MS, and infrared spectroscopy had confirmed the identity of the target compound."

"ABSTRAKInfeksi dengue (DENV) merupakan salah satu penyakit endemik di daerah tropis dan subtropis yang disebabkan oleh virus dengue melalui vektor nyamuk dari genus Aedes, khususnya oleh Aedes aegypti dan Aedes albopictus. Hingga saat ini belum ada pengobatan yang efektif untuk mengatasi infeksi dengue. Salah satu pengobatan baru yang dibutuhkan bersifat antivirus yang dapat menghambat aktivitas enzim yang berperan dalam replikasi di dalam tubuh. Pada penelitian ini dilakukan pengujian dari senyawa asam galat dan enam turunannya (benzil-, propil, dialil-, alil-, etil-, dan salisil galat) secara in vitro pada sel Huh7it-1 dengan DENV2 dan secara in silico dengan docking protein-ligan terhadap strain NGC dan 251 sekuens NS5 pada GenBank (NS5 konsensus). Salisil galat merupakan kandidat paling potensial secara in vitro (IC50: 12,18 μg/ mL, CC50: 259,35 μg/ mL, SI: 21,30) dan in silico (S: -16,793 kkal/ mol, pKi 3,344 μM). Propil galat dan etil galat ditemukan potensial secara in vitro (untuk propil galat, IC50: 13,19 μg/ mL, CC50: 241,85 μg/ mL, SI: 18,33; untuk etil galat, IC50: 14,39 μg/ mL, CC50: 185,60 μg/ mL, SI: 7,24), namun secara in silico paling rendah nilainya (untuk propil galat, nilai S: -11,908 kkal/mol, pKi 5,771 μM; untuk etil galat, nilai S: -5,513 kkal/mol, pKi 4,974 μM). Melalui docking pada sekuens konsesus NS5 diketahui, setiap jenis asam galat potensial tersebut dapat berikatan dengan masing-masing GLU715, LYS668, ASN701, THR584; ARG472, ASP663, ARG207; dan LYS139, ARG207. Secara keseluruhan, turunan asam galat hasil modifikasi memberikan hasil lebih baik dibandingkan dengan senyawa aslinya

---

ABSTRACTDengue infection (DENV) is an endemic disease in tropical and subtropical regions caused by dengue virus that is transmitted by mosquitos of Aedes aegypti and Aedes albopictus. Currently, there is no effective treatment to overcome dengue infection. As alternative, a new approach of drug is needed by targeting inhibition of enzyme activity that responsible for viral replication. In this research examined synthetic gallic acid and its six derivatives (benzyl-, propyl, diallyl-, allyl-, ethyl-, and salicyl gallate) through in vitro in Huh7it-1 with DENV2 and in silico with protein-ligand docking against 251 sequences NS5 in GenBank. Salicyl gallate was the best candidate in in vitro analysis (IC50: 12,18 μg/ mL, CC50: 259,35 μg/ mL, SI: 21,30) and in in silico analysis (S: -16,739 kkal/ mol, pKi 3,344 μM). Propyl- and ethyl gallate were showed potential in in vitro (for propyl gallate, IC50: 13,19 μg/ mL, CC50: 241,85 μg/ mL, SI: 18,33; for ethyl gallate, IC50: 14,39 μg/ mL, CC50: 185,60 μg/ mL, SI: 7,24), however showed lowest scoring in in silico (for propyl gallate, S score: -11,908 kkal/mol, pKi 5,771μM; for ethyl gallate, S score: -5,513 kkal/mol, pKi 4,974μM). Using docking, each of potential gallic acid types above was able to bind to GLU715, LYS668, ASN701, THR584; ARG472, ASP663, ARG207; dan LYS139, ARG207. Overall, derivatives gallic acid modified was showed better result rather than original compound"

"ABSTRAKLatar Belakang: Trombositosis pada pasien kanker payudara KPD diduga berkontribusi pada penyebaran dan sifat invasi sel punca kanker payudara. Modifikasi lingkungan mikro tumor dapat dilakukan untuk meningkatkan efektivitas terapi anti kanker. Belum diketahui apakah platelet derived growth factor PDGF -AB dalam lisat trombosit LT juga berperan terhadap cancer stem cell CSC payudara CD24-/CD44 .Tujuan: Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis efek LT dan PDGF-AB didalamnya sebagai lingkungan mikro tumor pada proliferasi dan sifat invasi sel punca kanker payudara CD24-/CD44 yang ditandai dengan kadar matrix metalloproteinase-9 MMP-9 dan epithelial-cadherin E-cadherin . Metode: Penelitian ini merupakan studi eksperimental pada kultur sel punca KPD yang diberi LT dari pasien KPD dan donor sehat. Darah semua donor dilakukan pemeriksaan hematologi dan diproses untuk mendapatkan platelet rich plasma PRP . Jumlah trombosit per ?L PRP setiap donor dihitung. PRP diproses untuk mendapatkan LT. Kadar PDGF-AB LT diukur. LT 0,01 ditambahkan ke dalam medium dulbecco rsquo;s modified eagle rsquo;s medium DMEM -F12 untuk kultur sel punca KPD. Setelah inkubasi 48 jam, total jumlah sel, population doubling time PDT dan viabilitas sel dihitung dan dinormalisasikan terhadap nilai kontrolnya. Ekspresi MMP-9 dan E-cadherin dipilih sebagai penanda biologi sifat invasi dan diukur dengan metode enzyme-linked immunosorbent assay ELISA . Jumlah total sel, PDT, viabilitas sel, kadar MMP-9 dan E-cadherin dibandingkan antara pasien KPD dan donor sehat lalu dianalisis korelasinya dengan jumlah trombosit dan kadar PDGF-AB dalam lisat trombosit. Hasil: Jumlah trombosit dan kadar PDGF-AB dalam LT pasien KPD lebih tinggi dibandingkan LT donor sehat, keduanya dengan nilai p=0,02. LT pasien KPD memicu proliferasi sel punca KPD lebih baik dibandingkan LT donor sehat p

---

ABSTRACTBackground Thrombocytosis in breast cancer BC patient is supposed to play a role in the invasiveness of breast cancer stem cells. Modification of tumor microenvironment was proposed to increase the efficacy of anticancer therapy. Aim This study aimed to analyze the effect of platelet lysate PL as well as its platelet derived growth factor PDGF AB content as a tumor microenvironment on the CD24 CD44 breast cancer stem cell BCSC proliferation and invasiveness. Methods This experimental study treated BCSC culture with PL from BC patients or healthy donors. Venous blood from all donors were subjected to hematology test and processed to obtain PRP. Platelet counts in PRP were determined. PRP was processed to obtain PL. PDGF AB contents in PL were measured. PL 0.01 was supplemented into dulbecco rsquo s modified eagle rsquo s medium DMEM F12 medium and used for culturing the CD24 CD44 BCSCs . After 48 hours, total cell count, population doubling time PDT , and cell viability were calculated and normalized to its control. Matrix metalloproteinase 9 MMP 9 and E cadherin was used as biological marker for CSC invasiveness and measured by enzyme linked immunosorbent assay ELISA method. Total cell count, PDT, cells viability as well as MMP 9 and E cadherin levels between BCSC, healthy donor platelet lysate and control group were compared and their correlation with platelet count in PRP and PDGF AB levels in platelet lysates were analyzed. Results Platelet counts and PDGF AB levels were higher in BC patient PL compared to healthy donor group, both with a p value of 0.02. BC patient PL could stimulate the proliferation of BCSCs higher than healthy donor PL p"