Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"ABSTRACTUntuk mengantisipasi kemungkinan penggunaan obat anti-integrase sebagai pengobatan infeksi HIV-1 di Indonesia, pengembangan uji resistensi genotipik untuk anti-integrase sangat penting dilakukan untuk mengidentifikasi profil genetik resistensi obat untuk galur HIV-1 di Indonesia. Penelitian ini bertujuan untuk mengamplifikasi daerah sasaran dalam gen integrase yang mengandung mutasi genetik yang diketahui dapat menimbulkan resistensi terhadap obat anti-integrase dari HIV-1 subtipe CRF01_AE dan B di Indonesia. Sebelas sampel plasma dari individu terinfeksi dengan HIV-1 diperoleh dari arsip di PRVKP FKUI-RSCM. Salah satu sampel plasma mengandung HIV-1 subtipe B sedangkan sampel plasma lainnya mengandung subtype CRF01_AE. Daerah sasaran untuk semua sampel telah diamplifikasi melalui RT-PCR, dengan suhu anil 55 C menggunakan pasangan primer AE_POL 4086F dan AE_POL 5232R yang telah dirancang oleh VCPRC FKUI -RSCM. Berdasarkan hasil penelitian ini, 18,2 2/11 dari sampel berhasil diamplifikasi melalui RT-PCR satu langkah. Pasangan primer tersebut efektif untuk mengamplifikasi wilayah sasaran dalam urutan gen integrase untuk subtipe B 100 ; 1/1 tetapi memiliki efektivitas yang rendah 10 , 1/10 untuk subtipe CRF01_AE. Primer pasangan dapat digunakan untuk mengamplifikasi wilayah sasaran di HIV-1 subtipe CRF01_AE dan B di Indonesia. Namun, optimasi kondisi PCR dan jumlah sampel yang lebih banyak diperlukan untuk menentukan efektivitasnya dengan akurat.

---

ABSTRACTIn order to anticipate the potential use of anti integrase drugs in Indonesia for treatment of HIV 1 infection, the development of a drug resistance genotyping assay for anti integrase is crucial in identifying the genetic drug resistance profile of Indonesian HIV 1 strains. This experiment was aimed to amplify a target region in the integrase gene of Indonesian HIV 1 subtypes CRF01 AE and B that contain genetic mutations known to confer resistance to anti integrase drug. Eleven archived plasma samples from individuals living with HIV 1 were obtained from VCPRC FKUI RSCM laboratory. One of the plasma sample contain HIV 1 subtype B while the remaining plasma samples contain subtype CRF01 AE. The target region for all samples were amplified through RT PCR, with an annealing temperature of 55 C using the primer pair AE POL 4086F and AE POL 5232R that were designed by VCPRC FKUI RSCM. Based on the results of this experiment, 18.2 2 11 of the samples were successfully amplified through one step RT PCR. The primer pair was effective in the amplifying the target region in integrase gene sequence for subtype B 100 1 1 but it has a low efficacy 10 , 1 10 for subtype CRF01 AE. In conclusion, the primer pair can be used to amplify the target region in Indonesian HIV 1 strains subtypes CRF01 AE and B. However, optimization of PCR condition and the use of more samples are required to determine its efficacy accurately."

"Treatment with antiretroviral drugs is the most clinically successful strategy for preventing HIV progression to AIDS. But some patients who have received antiretroviral treatment of undesirable effects are the presence of mutations and virus selection reacted to one or more antiretroviral drugs. Drug resistance testing is extremely important for the management of ART therapy failure in HIV patients. The commercial genotypic tests are too expensive to be used in low income countries. In house method for reverse transcriptase and protease was available in Indonesia. The objective of this study is to develop in house method for integrase inhibitor and evaluated by the analytical sensitivity and specificity, accuracy and reproducibility. First, primer designed and followed by testing primer in specificity comparing to Hepatitis C HCV RNA and total cellular RNA from PBMC. Sensitivity assay was assessed by serial dilution of HIV viral load and several subtypes of HIV 1. Precision and linearity were carried out on 3 replicates of samples from sensitivity. Accuracy was assessed by comparing 5 samples from HIVDR proficiency testing TAQAS and sequences generated by in house method. The primers specific only to HIV. Stable test sensitivity up to 1000 copies ml viral load and sensitive to all tested HIV 1 subtypes. accuracy shows 100 sequence results identic with TAQAS panels.

---

Terapi antiretroviral merupakan strategi yang paling berhasil secara klinis untuk mencegah progresi HIV ke AIDS. Tetapi pada beberapa pasien yang telah menerima pengobatan antiretroviral terjadi mutasi dan seleksi virus akibat pengobatan. Uji genotyping sangat penting untuk manajemen kegagalan terapi ARV pada pasien HIV. Tes genotyping komersial terlalu mahal untuk digunakan di negara berkembang seperti Indonesia. Metode in-house untuk reverse transcriptase dan protease telah tersedia di Indonesia. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengembangkan metode in-house untuk inhibitor integrase dan dievaluasi dengan sensitivitas dan spesifisitas, akurasi, presisi reprodusibilitas. Pertama, primer dirancang dan diikuti dengan pengujian primer pada spesifisitas yang membandingkan RNA Hepatitis C HCV dan total RNA seluler dari PBMC. Uji sensitivitas dinilai dengan dilusi berseri viral load HIV dan beberapa subtipe HIV-1. Presisi dan linearitas dilakukan pada 3 ulangan sampel dari sensitivitas. Akurasi dinilai dengan membandingkan 5 sampel dari uji profisiensi HIVDR TAQAS dan sekuen yang dihasilkan dengan metode in-house. Primer hanya spesifik untuk HIV. Sensitivitas tes stabil sampai viral load 1000 kopi/mL dan sensitif terhadap semua subtipe HIV-1 yang diuji. Keakuratan menunjukkan hasil urutan 100 identik dengan panel TAQAS."

"ABSTRAKInhibitor fusi berpotensi untuk digunakan di masa depan sebagai bagian dari program kontrol HIV di Indonesia. Maka, kemampuan untuk menguji resistensi terhadap obat tersebut perlu dikembangkan. Uji resistensi genotipik dimulai dengan amplifikasi gen yang menjadi target obat, fusi gp41. Pasangan primer untuk amplifikasi dibuat berdasarkan sikuens dua subtipe HIV yang paling sering ditemui di Indonesia, yaitu AE dan B. Beberapa sampel plasma dari subyek yang mewakili kedua subtipe diekstraksi untuk mendapatkan RNA HIV. Dengan proses PCR, pasangan primer digunakan untuk menghasilkan produk amplifikasi. Identitas produk dipastikan dengan mengukur panjang basa produk menggunakan elektroforesis. Sebelas sampel plasma digunakan dalam penelitian ini. PCR satu langkah dapat mengamplifikasi gp41 dari 54.5 sampel, dan produk yang tidak spesifik dihasilkan dari 1.1 sampel. Amplifikasi 36.4 sampel tidak menghasilkan produk amplifikasi, yang dapat disebabkan oleh ketidaksesuaian sikuens primer. Dengan memvariasikan suhu anil, hasil menunjukkan bahwa suhu yang optimal adalah 57.2 C. Kesimpulannya, PCR satu langkah menggunakan pasangan primer yang telah didesain mampu mengamplifikasi gen gp41 HIV-1 dari subtipe AE dan B. Namun, penelitian lebih lanjut untuk menemukan kondisi yang dapat meningkatkan sensitivitas dan spesifisitas amplifikasi perlu dilakukan.

---

ABSTRACTFusion inhibitor has the potential to be used in the future for HIV control program in Indonesia, hence the capacity to test resistance towards this drug needs to be built. Resistance detection by genotypic assay begins with amplification of gene targeted by the drug, fusion gp41. Based on the sequence of two most common HIV subtypes in Indonesia, AE and B, a primer pair is designed. Some subjects plasma samples representing both subtypes are extracted to obtain HIV RNA. With PCR process, the primer pair is used to produce amplification product which identity is checked by length using electrophoresis. Eleven plasma samples were used in this research. One step PCR using the primer pair was able to amplify gp41 gene from 54.5 of the samples, and unspecific amplification product is seen in 1.1 of samples. Amplification of 36.4 of the samples failed to produce any product, which can be caused by inappropriate primer sequence. By varying the annealing temperature, it is found that the optimal annealing temperature to produce single expected band is 57.2 C. In conclusion, with one step PCR method the primer pair designed was able to amplify HIV 1 gp41 gene from subtype AE and B. However, further research to find condition that can increase the sensitivity and specificity of the amplification process should be done."

"Infeksi HIV-1 merupakan salah satu permasalahan kesehatan di Indonesia yang perlu diteliti untuk mendapatkan strategi intervensi yang sesuai dengan galur virus yang bersirkulasi di Indonesia. Untuk pengembangan kultur galur HIV Indonesia, diperlukan antibodi spesifik terhadap protein awal HIV-1 yaitu Tat dan Rev sebagai marka infeksi HIV pada sel yang terinfeksi HIV-1. Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan plasmid pengekspresi bagian immunodominant protein fusi Tat dan Rev pada sistem ekspresi mamalia agar dapat dimanfaatkan untuk menginduksi pembentukan antibodi spesifik pada hewan coba mamalia. Susunan DNA penyandi protein fusi Tat dan Rev didapat dengan melakukan analisis optimasi kodon penyandi susunan asam amino protein fusi menggunakan piranti lunak GenScript, untuk mendapatkan nilai Codon Adaptation Index CAI > 0.80 pada sistem ekspresi mamalia. Susunan nukleotida yang diperoleh kemudian diberikan tambahan susunan nukleotida situs restriksi pada bagian 5 rsquo; dan 3 rsquo; untuk memudahkan pengklonaan ke dalam vektor ekspresi dan dipesan ke penyedia jasa sintesis asam nukleat. Potongan DNA sisipan TatRev, penyandi protein fusi TatdanRev diperoleh dari penyedia jasa sintesis dalam bentuk terklona dalam plasmid pUC19. Agar dapat terekspresi dalam sistem ekspresi mamalia, DNA sisipan dipotong dengan enzim restriksi KpnI dan HindIII dari plasmid pUC19 dan disubklona ke dalam situs restriksi KpnI dan HindIII pada plasmid pTriEx-4. Analisis restriksi enzim Kpn I dan Hind III plasmid rekombinan yang diperoleh dengan elektroforesis jel agarosa menunjukkan adanya dua pita yang bermigrasi sesuai ukuran plasmid pTriEx-4 dan DNA sisipan TatRev, yaitu sebesar 5000 pb dan 600 pb.

---

HIV 1 infection is one of the health problems in Indonesia that is necessary to be studied in order to obtain intervension strategies that is in accordance with the circulating viral strains in Indonesia. In order to develop culture of Indonesian HIV strainss, specific antibodies towards early proteins of HIV, namely Tat and Rev, that are markers of HIV infection in HIV 1 infected cells. This study is aimed at obtaining a plasmid for expression of immunodominant region of Tat and Rev fusion protein in mammalian expression system to be used for stimulation of specific antibody formation in mammals as experimental animal. Nucleotide sequence of DNA encoding the Tat and Rev fusion protein was obtained by codon optimization analysis of the amino acid sequence of the fusion protein using the GenScript software, to obtain a Codon Adaptation Index CAI 0.80 for mammalian expression system. The nucleotide sequence that is obtained was then added with recognition sequences for enzymatic restriction at the 5 rsquo and 3 rsquo end to facilitate cloning into expression vector, and requested to a service provider for nucleic acid synthesis. The TatRev insert DNA, encoding the fusion protein of Tat and Rev was obtained from the nucleic acid synthesis service provider in the formed of cloned DNA in the plasmid pUC19. For expression in mammalian expression system, the insert DNA was restricted using restriction enzymes KpnI and HindIII from the pUC19 plasmid and subcloned into the KpnI and HindIII restriction sites in plasmid pTriEx 4. Agarose gel electrophoresis analysis of KpnI and HindIII enzymatic restriction of the resulting recombinant plasmid showed the presence of two bands that migrated according to the sizes of the plasmid pTriEx 4 and the TatRev insert DNA, namely 5000 bp and 600 bp."

"Acquired Immunodeficiency Syndrome disebabkan oleh infeksi Human Immunodeficiency Virus (HIV) terhadap sel-sel T CD4+, limfosit, dan makrofag. Sebanyak 90.7% penderita HIV di Indonesia terinfeksi oleh HIV-1 subtipe CRF01_AE. Protein Gag P7 yang dikode oleh gen gag p7 dan terdapat di dalam genom HIV-1 merupakan protein yang dapat digunakan sebagai obat antiretrovirus dan kandidat antigen untuk sistem diagnostik. Penelitian bertujuan untuk memperoleh fragmen DNA gag p7 (nukleokapsid) HIV-1 yang berukuran 210 pb. Fragmen gen gag p7 diperoleh dari hasil Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) dengan menggunakan primer forward AE_p7F dan primer reverse AE_p7R. Cetakan DNA (template) berasal dari RNA virus yang diambil dari serum pasien penderita HIV-1 di Indonesia. Hasil visualisasi pada gel poliakrilamida 10% menunjukkan bahwa fragmen gen gag p7 (nukleokapsid) berhasil teramplifikasi dengan ukuran 210 pb.

---

Acquired immunodeficiency syndrome caused by human immunodeficiency virus infections to the CD4+ cells, lymphocyte, and macrophage. More than 90.7 % HIV patient in Indonesia were infected by HIV-1 subtype CRF01_AE. The Gag P7 protein coded by gag p7 gene which found in HIV genome was known as protein in which could be used for antiretroviral drugs (ARV) and diagnosis of HIV-1 infections. The purpose of research is to get DNA fragment of gag p7 (nucleocapsid) gene of HIV-1 which has length 210 bp. Fragment of gag p7 gene could be gotten from the process of reverse transcriptase polymerase chain reaction (RT-PCR) in which use primer forward AE_p7F and primer reverse AE_p7R. The templates is RNA virus that taken from patient?s serum of HIV-1 in Indonesia. The electrophoresis visualization shown that fragment of gag p7 (nucleocapsid) gene was success amplified in which has length 210 bp."

"HIV-1 adalah subtipe virus penyebab penyakit AIDS, penyakit yang dinilai paling berbahaya karena tingkat mortalitas, morbiditas, dan laju infektivitas yang tinggi. Kemunculan strain HIV mutan menyebabkan pengobatan yang sejauh ini mentarget enzim protease dan reverse transcriptase menjadi kurang efektif. Pada penelitian ini dilakukan penapisan virtual senyawa dari basis data tanaman obat Indonesia sebagai inhibitor HIV-1 integrase menggunakan AutoDock dan AutoDock Vina yang divalidasi menggunakan basis data A Directory of Useful Decoys (DUD). Optimasi dilakukan dengan pemilihan ukuran grid, jumlah kalkulasi dan penambahan molekul air serta atom magnesium sebagai kofaktor. Dari penelitian ini, disimpulkan bahwa ukuran grid box terbaik adalah 57 x 57 x 57 menggunakan AutoDock Vina dengan nilai EF dan AUC masing-masing 3,93 dan 0,693. Terdapat 3 molekul air yang memiliki makna dalam penambatan molekuler di sekitar kantung ikatan. Berdasarkan hasil penapisan diperoleh 10 peringkat senyawa terbaik menggunakan AutoDock Vina yaitu, Kasuarinin, Mirisetin 3-O-(2'',6''-di-O-α-ramnosil)-β-glukosida, 5,7,2',4'-Tetrahidroksi-6,3'-diprenilisoflavon 5-O-(4''-ramnosilramnosida), Mirisetin 3-robinobiosida, Sianidin 3-[6-(6-ferulilglukosil)-2-xilosilgalaktosida], Mesuein, Sianidin 7-(3-glukosil-6-malonilglukosida)-4'-glukosida, Kaemferol 3-[glukosil-(1->3)-ramnosil-(1->6)-galaktosida], 3-O-Galoilepikatekin-(4-β->8)-epikatekin-3-O-galat, dan Kuersetin 4'-glukoronida.

---

HIV-1 is virus that causes AIDS, a disease that is considered the most dangerous because of the high mortality, morbidity, and infectivity. The emergence of mutant HIV strains have led that treatment to target protease, reverse transcriptase and integrase enzyme becomes less effective. In this study, virtual screening Indonesian herbal database as inhibitors of HIV-1 integrase is done using AutoDock and AutoDock Vina and validated using a database of the Directory of Useful Decoys (DUD). Optimization is done by selecting the grid size, the number of calculations and the addition of two water molecules and an magnesium atom as cofactor. From this study, it is concluded that the best size of the grid box is 57 x 57 x 57 using AutoDock Vina with EF and AUC values, 3.93 and 0.693, respectively. There are three important water molecules that have meaning in molecular docking around binding pocket. Based on this study, top ten ranked compounds were obtained using AutoDock Vina. The compounds are Casuarinin, Myricetin-3-O-(2'',6''-di-O-α-rhamnosyl)-β-glucoside, 5,7,2',4'-Tetrahydroxy-6,3'-diprenylisoflavone 5-O-(4''-rhamnosylrhamnoside), Myricetin 3-robinobioside, Cyanidin 3-[6-(6-ferulylglucosyl)-2-xylosylgalactoside], Mesuein, Cyanidin 7-(3-glucosyl-6-malonylglucoside)-4'-glucoside, Kaempferol 3-[glucosyl-(1->3)-rhamnosyl-(1->6)-galactoside], 3-O-Galloylepicatechin-(4-βà8)-epicatechin-3-O-gallate, and Quercetin 4'-glucuronide."

"ABSTRAKUji Western blot masih menjadi gold standard untuk konfirmasi diagnosis infeksi HIV yang memerlukan ketiga protein utama HIV, yaitu env, pol, dan gag. Kekurangan pada uji ini yaitu kemungkinan adanya kontaminasi dengan protein selular manusia serta pembuatannya yang relatif mahal. Selain itu, diversitas HIV-1 yang tinggi menyebabkan uji western blot menjadi kurang sensiftif. Penggunaan antigen rekombinan yang imunodominan dan lestari menjadi alternatif lain. Uji RIBA Recombinant Immunoblot Assay pada penelitian ini menggunakan antigen rekombinan dari keempat subtipe HIV-1 yang dominan di Indonesia, yaitu subtipe CRF01_AE, B, CRF02_AG, dan C. Antigen rekombinan Gag p24 , Pol IDR , Env gp41 IDR diekspresikan pada sistem ekspresi E.coli dan dipurifikasi menggunakan kromatografi Ni-NTA. Antigen rekombinan yang telah dimurnikan dilihat reaktivitasnya terhadap sampel serum pasien dengan HIV-AIDS sebanyak 50 sampel dan non HIV-AIDS 45 sampel. Sebanyak 21 sampel HIV-AIDS dan 3 sampel non HIV-AIDS dilakukan uji menggunakan kit Western blot MP Diagnostics HIV blot 2.2 sebagai perbandingan terhadap uji RIBA yang menggunakan metode Western blot. Hasil perbandingan memperlihatkan hasil uji RIBA memiliki reaktivitas yang lebih baik dibandingkan dengan hasil uji kit MP Diagnostics HIV Blot 2.2 dengan persentase reaktivitas terhadap protein p24 95,2 20/21 , protein Pol 85,7 18/21 , dan protein gp41 100 21/21 . Pada uji RIBA, 5 sampel tidak menunjukkan reaktivitas terhadap antigen rekombinan Pol IDR dan 4 sampel tidak menunjukkan reaktivitas terhadap antigen rekombinan Gag p24 . Seluruh sampel menunjukkan reaktivitasnya terhadap antigen rekombinan Env gp41 IDR . Penelitian mengenai uji RIBA ini dapat dikembangkan untuk uji diagnostik HIV-1 dengan subtipe-subtipe HIV-1 yang banyak ditemukan di Indonesia.

---

ABSTRACTern blot test is still the gold standard to confirm the diagnosis of HIV 1 infection. This test requires three core of HIV proteins, i.e., env, pol, and gag. Nevertheless, this test has several disadvantages, mainly in possibility of contamination with human cellular proteins as well as production cost is relatively expensive. In addition, the high diversity of HIV 1 may causes Western blot test to be less sensitive. Another method that can be used to overcome these obstacles is the use of immunodominant region and conserved region of recombinant antigen in the assay, also known as RIBA Recombinant Immunoblot Assay . In this research, recombinant antigens were derived from the four subtypes of HIV 1 that are dominant in Indonesia, which are CRF01 AE subtype, B subtype, CRF02 AG subtype, and C subtype. The recombinant antigens comprises Gag p24 , Pol IDR , Env gp41 IDR . Each of antigens was expressed in E. coli expression system and purified using Ni NTA chromatography. Reactivity test of purified antigen was done against a group consist 50 serum samples with HIV AIDS and 45 serum samples without HIV AIDS. Twenty one samples with HIV AIDS and 3 samples without non HIV AIDS test were done using Western blot kit MP Diagnostics HIV blot 2.2 too as a comparison toward the RIBA test that using Western blot method. The results showed that RIBA test had better reactivity than kit test with reactivity percentage toward p24 95,2 20 21 , Pol 85,7 18 21 , and gp41 100 21 21 . RIBA test results performed 5 samples with negative reactivity toward recombinant antigens Pol IDR and 4 samples with negative reactivity toward recombinant Gag antigen p24 . All the samples had positive reactivity toward recombinan recombinant antigen Env gp41 IDR . As diagnostic kit, this RIBA test shows broad possibility for development in diagnosis HIV 1 infection especially with HIV 1 subtypes that circulate in Indonesia."

"Acquired Immunodeficiency Syndrome (AIDS) merupakan penyakit akibat infeksi Human Immunodeficiency Virus (HIV) yang memiliki jumlah penderita tinggi di Indonesia. Salah satu upaya untuk mencegah bertambahnya jumlah penderita AIDS tersebut ialah dengan penggunaan vaksin. Poliprotein Gag merupakan protein penyusun struktur internal HIV yang dapat digunakan sebagai vaksin karena dapat menginduksi respon imun tubuh. Penelitian telah dilakukan untuk mengekspresikan poliprotein Gag HIV-1 subtipe CRF01_AE yang telah diinsersi ke dalam vektor ekspresi pQE-80L. Ekspresi poliprotein tersebut dilakukan di dalam bakteri Escherichia coli BL21 dan E. coli BL21-CodonPlus (CP) dengan induksi Isoprophyl-β-D-thiogalactopyranoside (IPTG). Pendeteksian poliprotein Gag hasil ekspresi dilakukan dengan metode Sodium Dodecyl Sulphate Polyacrilamide Gel Electrophoresis (SDS-PAGE). Setelah poliprotein berhasil dideteksi, poliprotein Gag kemudian dipurifikasi dengan menggunakan metode kromatografi afinitas Ni2+-NTA di bawah kondisi native. Poliprotein Gag HIV-1 subtipe CRF01_AE dapat diekspresikan dalam E. coli BL21 dan E. coli BL21-CP dengan berat molekul sebesar 55,3 kDa.

---

Acquired Immunodeficiency Syndrome (AIDS) is a disease caused by infection of Human Immunodeficiency Virus (HIV) which has a high number of people in Indonesia. One of the efforts to prevent the increasing number of AIDS patients is the use of vaccine. Gag polyprotein is a constituent protein of HIV internal structure that can be used as a vaccine because it can induce immune response of the body. Research has been conducted to express the Gag polyprotein HIV-1 subtype CRF01_AE that have been cloned into the pQE-80L expression vector. Polyprotein expression was carried out in Escherichia coli BL21 and E. coli BL21-CodonPlus (CP) with Isoprophyl-β-Dthiogalactopyranoside (IPTG) induction. Detection of Gag polyprotein was performed by Polyacrilamide Sodium Dodecyl Sulphate Gel Electrophoresis (SDS-PAGE) method. After successfully detected, Gag polyprotein then purified using Ni2+-NTA affinity chromatography under native condition. Gag polyprotein HIV-1 subtype CRF01_AE can be expressed in E. coli BL21 and E. coli BL21-CP with molecular weight is 55,3 kDa."

"Kejadian AIDS (Acquired Immunodeficiency Syndrome) yang disebabkan Human Immunodeficiency Virus tipe 1 (HIV-1) terus meningkat setiap tahunnya. Pencegahan penularan virus HIV-1 masih sulit karena belum ada vaksin yang telah ditemukan untuk mencegah penularan atau transmisi virus ini. Selain itu, faktor lainnya adalah jarangnya diagnostik yang tersedia untuk awal infeksi, serta variasi genetik virus HIV-1 yang meningkat dengan cepat. Penelitian bertujuan untuk mengembangkan virus dengan menggunakan klona galur sel T CD4 yaitu CEM-GFP dengan virus HIV-1 CRF01_AE untuk mendapatkan virus dengan sifat genetik yang relatif homogen dan sifat virus yang sama. Ekspresi virus dalam sel target dimonitor melalui induksi green fluorescent protein yang akan diekspresikan oleh CEM-GFP ketika sel ini terinfeksi oleh virus HIV-1. Infeksi dilakukan dengan dua metode yaitu direct cell to cell transmission dan cell-free virus infection, hasil infeksi kedua metode ini dibandingkan fluoresensinya dengan mikroskop fluoresensi dan pengukuran ekspresi GFP dengan sitometer.Setelah 7 hari kultur, pengamatan dengan mikroskop fluoresensi menunjukkan bahwa sel terinfeksi dengan metode direct cell to cell transmission lebih banyak dibandingkan dengan cell-free virus infection. Pengukuran ekspresi GFP dengan sitometer pun menunjukkan hal serupa dimana ekspresi GFP sel terinfeksi dengan metode direct cell to cell transmission lebih banyak dibanding dengan cell-free virus infection. Untuk melihat apakah virus berhasil dikeluarkan dari sel terinfeksi dilakukan dengan metode Polymerase Chain Reaction. Hasil menunjukkan bahwa virus telah berhasil terdeteksi pada supernatan kultur sel CEM-GFP terinfeksi virus HIV-1.

---

The incidents of AIDS (Acquired Immunodeficiency Syndrome) that caused by Human Immunodeficiency Virus type 1 (HIV-1) are increasing every year. The prevention of HIV transmission is still difficult to be done because HIV vaccine has not been found yet. Besides, another factor in HIV therapy is the rare early diagnostic available and the genetic variation of HIV-1 virus that increased rapidly. This study was aimed for propagating virus by using CEM-GFP clones, the derivative of CD4 T cells infected with CRF01_AE for obtaining virus with relatively homogen genetic variation and possessing the same characteristic. The virus expression in the target cell was observed by the induction of green fluorescent protein expressed by CEM-GFP when this cell was infected by HIV-Virus. The infection was held by two methods, cell-to-cell transmission and cellfree virus infection, the fluorescent of infected cell of this two methods was compared with fluorescent microscope and GFP expression assay with cytometer.

Within 7 days of culture, observation with fluorescent microscope showed that the infected cells of direct cell-to-cell transmission method was higher than the cellfree virus infection. GFP expression assay also showed the same result. The GFP expression of infected cells with direct cell-to-cell transmission was higher than cell-free virus infection. To investigate whether the virus was released from the infected cells, Polymerase Chain Reaction, were applied in this study. The result showed that the cell-free virus can be detected in culture supernatant of CEMGFP cells infected with HIV-1."

"Ekspresi gen sintentik gag HIV-1 subtipe CRF01_AE dalam E. coli BL21 dan E. coli BL21-CP telah dilakukan. Gen gag merupakan salah satu gen pada HIV-1 yang tidak mengalami mutasi secara signifikan sehingga gen tersebut dapat digunakan untuk pengembangan vaksin yang dapat dimanfaatkan dalam jangka waktu yang panjang. Pengembangan vaksin HIV membutuhkan protein Gag untuk digunakan sebagai antigen yang mampu merespon pembentukan antibodi pada hewan uji coba. Protein Gag didapatkan dengan cara melakukan ekspresi gen gag yang telah diklon ke dalam vektor ekspresi pQE-81L, dan ditransformasi ke dalam bakteri E. coli BL21 dan E. coli BL21-CP. Ekspresi dilakukan dengan tiga faktor optimasi yaitu, suhu, konsentrasi isopropyl-β-D-thiogalactopyranoside (IPTG) dan waktu ekspresi setelah induksi dilakukan. Analisis hasil ekspresi dilakukan dengan SDS-PAGE dan menunjukkan tidak ada protein Gag yang dihasilkan pada semua keadaan optimasi yang dilakukan. Kegagalan ekspresi gen gag pada E. coli BL21 dan E. coli BL21-CP disebabkan oleh peristiwa kodon bias, dan pemilihan sel inang ekspresi yang kurang tepat.

---

Expression of gag gene on HIV-1 subtype CRF01_AE in E. coli BL21 and E. coli BL21-CP had been conducted. Gag gene on HIV-1 is one of the genes that can?t be significantly mutated, so it can be utilized for long term vaccines development. HIV vaccine development requires Gag protein as antigen in order to response antibody formation in animal experiment. Gag protein was obtained by gag gene expression that had been cloned into expression vector pQE-81L and transformed into E. coli BL21 and E. coli BL21-CP. Expression of the gag gene as optimized by temperature, isopropyl-β-D-thiogalactopyranoside (IPTG) concentration, and expression time after IPTG induction. The expression was analyzed by SDS-PAGE and it showed no protein produced in all optimization conditions. The failure of gag gene expression in E. coli BL21 and E. coli BL21-CP caused by codon ray and inappropriate host cell."