Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"ABSTRAKInhibitor fusi berpotensi untuk digunakan di masa depan sebagai bagian dari program kontrol HIV di Indonesia. Maka, kemampuan untuk menguji resistensi terhadap obat tersebut perlu dikembangkan. Uji resistensi genotipik dimulai dengan amplifikasi gen yang menjadi target obat, fusi gp41. Pasangan primer untuk amplifikasi dibuat berdasarkan sikuens dua subtipe HIV yang paling sering ditemui di Indonesia, yaitu AE dan B. Beberapa sampel plasma dari subyek yang mewakili kedua subtipe diekstraksi untuk mendapatkan RNA HIV. Dengan proses PCR, pasangan primer digunakan untuk menghasilkan produk amplifikasi. Identitas produk dipastikan dengan mengukur panjang basa produk menggunakan elektroforesis. Sebelas sampel plasma digunakan dalam penelitian ini. PCR satu langkah dapat mengamplifikasi gp41 dari 54.5 sampel, dan produk yang tidak spesifik dihasilkan dari 1.1 sampel. Amplifikasi 36.4 sampel tidak menghasilkan produk amplifikasi, yang dapat disebabkan oleh ketidaksesuaian sikuens primer. Dengan memvariasikan suhu anil, hasil menunjukkan bahwa suhu yang optimal adalah 57.2 C. Kesimpulannya, PCR satu langkah menggunakan pasangan primer yang telah didesain mampu mengamplifikasi gen gp41 HIV-1 dari subtipe AE dan B. Namun, penelitian lebih lanjut untuk menemukan kondisi yang dapat meningkatkan sensitivitas dan spesifisitas amplifikasi perlu dilakukan.

---

ABSTRACTFusion inhibitor has the potential to be used in the future for HIV control program in Indonesia, hence the capacity to test resistance towards this drug needs to be built. Resistance detection by genotypic assay begins with amplification of gene targeted by the drug, fusion gp41. Based on the sequence of two most common HIV subtypes in Indonesia, AE and B, a primer pair is designed. Some subjects plasma samples representing both subtypes are extracted to obtain HIV RNA. With PCR process, the primer pair is used to produce amplification product which identity is checked by length using electrophoresis. Eleven plasma samples were used in this research. One step PCR using the primer pair was able to amplify gp41 gene from 54.5 of the samples, and unspecific amplification product is seen in 1.1 of samples. Amplification of 36.4 of the samples failed to produce any product, which can be caused by inappropriate primer sequence. By varying the annealing temperature, it is found that the optimal annealing temperature to produce single expected band is 57.2 C. In conclusion, with one step PCR method the primer pair designed was able to amplify HIV 1 gp41 gene from subtype AE and B. However, further research to find condition that can increase the sensitivity and specificity of the amplification process should be done."

"Treatment with antiretroviral drugs is the most clinically successful strategy for preventing HIV progression to AIDS. But some patients who have received antiretroviral treatment of undesirable effects are the presence of mutations and virus selection reacted to one or more antiretroviral drugs. Drug resistance testing is extremely important for the management of ART therapy failure in HIV patients. The commercial genotypic tests are too expensive to be used in low income countries. In house method for reverse transcriptase and protease was available in Indonesia. The objective of this study is to develop in house method for integrase inhibitor and evaluated by the analytical sensitivity and specificity, accuracy and reproducibility. First, primer designed and followed by testing primer in specificity comparing to Hepatitis C HCV RNA and total cellular RNA from PBMC. Sensitivity assay was assessed by serial dilution of HIV viral load and several subtypes of HIV 1. Precision and linearity were carried out on 3 replicates of samples from sensitivity. Accuracy was assessed by comparing 5 samples from HIVDR proficiency testing TAQAS and sequences generated by in house method. The primers specific only to HIV. Stable test sensitivity up to 1000 copies ml viral load and sensitive to all tested HIV 1 subtypes. accuracy shows 100 sequence results identic with TAQAS panels.

---

Terapi antiretroviral merupakan strategi yang paling berhasil secara klinis untuk mencegah progresi HIV ke AIDS. Tetapi pada beberapa pasien yang telah menerima pengobatan antiretroviral terjadi mutasi dan seleksi virus akibat pengobatan. Uji genotyping sangat penting untuk manajemen kegagalan terapi ARV pada pasien HIV. Tes genotyping komersial terlalu mahal untuk digunakan di negara berkembang seperti Indonesia. Metode in-house untuk reverse transcriptase dan protease telah tersedia di Indonesia. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengembangkan metode in-house untuk inhibitor integrase dan dievaluasi dengan sensitivitas dan spesifisitas, akurasi, presisi reprodusibilitas. Pertama, primer dirancang dan diikuti dengan pengujian primer pada spesifisitas yang membandingkan RNA Hepatitis C HCV dan total RNA seluler dari PBMC. Uji sensitivitas dinilai dengan dilusi berseri viral load HIV dan beberapa subtipe HIV-1. Presisi dan linearitas dilakukan pada 3 ulangan sampel dari sensitivitas. Akurasi dinilai dengan membandingkan 5 sampel dari uji profisiensi HIVDR TAQAS dan sekuen yang dihasilkan dengan metode in-house. Primer hanya spesifik untuk HIV. Sensitivitas tes stabil sampai viral load 1000 kopi/mL dan sensitif terhadap semua subtipe HIV-1 yang diuji. Keakuratan menunjukkan hasil urutan 100 identik dengan panel TAQAS."

"ABSTRAKHuman Immunodeficiency Virus HIV merupakan virus yang menyebabkan Acquired Immune Deficiency Syndrome AIDS. Infeksi HIV dapat bersifat laten. Tahapan infeksi meliputi infeksi primer, diseminasi virus ke organ limfoid, peningkatan ekspresi HIV, timbulnya gejala penyakit, dan kematian. Dalam upaya pengendalian kasus infeksi HIV, maka dibutuhkan uji diagnostik serologi yang sensitif dan spesifik. Diagnosis suatu spesimen diawali dengan uji skrining yang berguna untuk identifikasi presumtif kandungan antibodi di dalam spesimen. Salah satu uji skrining yang umum enzyme linked immunosorbent assay ELISA . Uji ELISA untuk diagnosis infeksi HIV saat ini dilakukan berdasarkan antigen, antara lain p24 yang merupakan bagian protein Gag, serta gp41 dan gp120 yang merupakan bagian protein envelope. Telah dilakukan fusi peptida daerah imunodominan gp41 dari 4 subtipe HIV-1 tetraIDR env dengan BSA dalam upaya pengembangan uji ELISA berbasis antigen rekombinan. Gen BSA-tIDR disisipkan ke dalam vektor ekspresi pQE80L dan pengklonaan berhasil menghasilkan plasmid pQE80-BSA-tIDR. Ekspresi protein rekombinan pada bakteri E.coli dilakukan untuk menghasilkan protein BSA-tIDR dan tIDR . Ekspresi protein berhasil dilakukan pada kondisi suhu 37oC, dan dengan induksi IPTG 1 mM selama 4 jam. Protein BSA-tIDR belum berhasil dipurifikasi dengan metode NiNTA. Uji western blot dilakukan terhadap protein hasil ekspresi BSA-tIDR, hasil purifikasi tIDR, dan BSA saja . Hasil uji western blot dengan serum pasien positif HIV-1 memberikan hasil positif pada protein BSA-tIDR dan tIDR.

---

ABSTRACTHuman Immunodeficiency Virus HIV is a virus that causes Acquired Immune Deficiency Syndrome AIDS. HIV infection can be latent. Stages of infection include primary infection, viral dissemination to lymphoid organs, increased HIV expression, onset of symptoms, and death. In order to control the HIV infection, a sensitive and specific serologic diagnostic test is required. The diagnosis of a specimen begins with a screening test useful for presumptive identification of the antibody contained in the specimen. One of the common screening tests is enzyme linked immunosorbent assay ELISA . The current ELISA tests for the diagnosis of HIV infection are based on antigens, including p24 which is part of the Gag protein, and gp41 and gp120 which are part of the envelope protein. The fusion of gp41 immunodominant region peptide of 4 HIV 1 subtypes tetraIDR env with BSA has been done to develope recombinant antigen based ELISA assays. The BSA tIDR gene is inserted into the pQE80L expression vector and the cloning successfully produced pQE80 BSA tIDR plasmid. Expression of recombinant protein in E.coli bacteria was performed to produce BSA tIDR and tIDR proteins. The protein expression was successfully performed at 37 C, with 1 mM IPTG induction for 4 hours. BSA tIDR protein has not been successfully purified by NiNTA method. The western blot test was performed on BSA tIDR expression proteins, purified tIDR, and BSA alone. The western blot test with serum HIV 1 positive patients gave positive results on BSA tIDR and tIDR proteins."

"ABSTRACTUntuk mengantisipasi kemungkinan penggunaan obat anti-integrase sebagai pengobatan infeksi HIV-1 di Indonesia, pengembangan uji resistensi genotipik untuk anti-integrase sangat penting dilakukan untuk mengidentifikasi profil genetik resistensi obat untuk galur HIV-1 di Indonesia. Penelitian ini bertujuan untuk mengamplifikasi daerah sasaran dalam gen integrase yang mengandung mutasi genetik yang diketahui dapat menimbulkan resistensi terhadap obat anti-integrase dari HIV-1 subtipe CRF01_AE dan B di Indonesia. Sebelas sampel plasma dari individu terinfeksi dengan HIV-1 diperoleh dari arsip di PRVKP FKUI-RSCM. Salah satu sampel plasma mengandung HIV-1 subtipe B sedangkan sampel plasma lainnya mengandung subtype CRF01_AE. Daerah sasaran untuk semua sampel telah diamplifikasi melalui RT-PCR, dengan suhu anil 55 C menggunakan pasangan primer AE_POL 4086F dan AE_POL 5232R yang telah dirancang oleh VCPRC FKUI -RSCM. Berdasarkan hasil penelitian ini, 18,2 2/11 dari sampel berhasil diamplifikasi melalui RT-PCR satu langkah. Pasangan primer tersebut efektif untuk mengamplifikasi wilayah sasaran dalam urutan gen integrase untuk subtipe B 100 ; 1/1 tetapi memiliki efektivitas yang rendah 10 , 1/10 untuk subtipe CRF01_AE. Primer pasangan dapat digunakan untuk mengamplifikasi wilayah sasaran di HIV-1 subtipe CRF01_AE dan B di Indonesia. Namun, optimasi kondisi PCR dan jumlah sampel yang lebih banyak diperlukan untuk menentukan efektivitasnya dengan akurat.

---

ABSTRACTIn order to anticipate the potential use of anti integrase drugs in Indonesia for treatment of HIV 1 infection, the development of a drug resistance genotyping assay for anti integrase is crucial in identifying the genetic drug resistance profile of Indonesian HIV 1 strains. This experiment was aimed to amplify a target region in the integrase gene of Indonesian HIV 1 subtypes CRF01 AE and B that contain genetic mutations known to confer resistance to anti integrase drug. Eleven archived plasma samples from individuals living with HIV 1 were obtained from VCPRC FKUI RSCM laboratory. One of the plasma sample contain HIV 1 subtype B while the remaining plasma samples contain subtype CRF01 AE. The target region for all samples were amplified through RT PCR, with an annealing temperature of 55 C using the primer pair AE POL 4086F and AE POL 5232R that were designed by VCPRC FKUI RSCM. Based on the results of this experiment, 18.2 2 11 of the samples were successfully amplified through one step RT PCR. The primer pair was effective in the amplifying the target region in integrase gene sequence for subtype B 100 1 1 but it has a low efficacy 10 , 1 10 for subtype CRF01 AE. In conclusion, the primer pair can be used to amplify the target region in Indonesian HIV 1 strains subtypes CRF01 AE and B. However, optimization of PCR condition and the use of more samples are required to determine its efficacy accurately."

"ABSTRAKSifilis merupakan penyakit multistadium kronik yang disebabkan oleh bakteriTreponema pallidum dan ditularkan dari lesi aktif pasangan seksual atau dari ibuhamil yang terinfeksi pada janin yang dikandungnya. Saat ini telah terjadipeningkatan kasus T. pallidum resisten azitromisin akibat mutasi titik A2058Gdan A2059G pada gen 23S rRNA. Di Indonesia belum ada data terkait resistensiT. pallidum terhadap azitromisin sehingga penelitian ini bertujuan untukmendapatkan metode nested multipleks PCR untuk deteksi kedua mutasi yangmenyebabkan resistensi. Tiga pasang primer digunakan pada reaksi nested PCR.Untuk mendapatkan kondisi uji yang optimal dilakukan optimasi parameter yangpenting pada proses PCR. Uji nested multipleks PCR dapat mendeteksi 22.000jumlah copy DNA/ml dan tidak bereaksi silang terhadap mikroorganisme yangpotensial menyebabkan hasil positif palsu. Uji awal 45 sampel klinis darahditemukan 13 sampel positif T. pallidum dan tidak ditemukan mutasi baikA2058G maupun A2059G. Dua sampel positif dikonfirmasi dengan DNAsekuensing dan menunjukkan tidak ada mutasi titik. Uji nested multipleks PCRyang telah dikembangkan pada penelitian ini dapat digunakan untuk deteksimutasi gen 23S rRNA T. pallidum yang menyebabkan resistensi azitromisin pada sampel klinis darah.

---

ABSTRACTSyphilis is a chronic, multi-stage infectious disease caused by Treponemapallidum that is usually transmitted sexually by contact with an active lesion of a partner or congenitally from an infected pregnant woman to her fetus.Azithromycin-resistant strains of T. pallidum is associated with a single pointmutation (either A2058G or A2059G) in both copies of the 23S rRNA gene of T.pallidum. These strains are now prevalent in many countries but there is no dataavailable about it in Indonesia. Therefore, in this study we developed a nestedmultiplex PCR to detect A2058G and A2059G 23S rRNA gene point mutations ofT. pallidum. Three primer sets were designed for nested PCR reactions. To obtainoptimal PCR reaction, all parameters were optimized. The assay could detect atleast 22000 DNA copy number/ml and showed no cross reaction with othermicroorganisms that potentially cause false positive result. A total 13 of 45 wholeblood specimens were PCR positive for T. pallidum and no single point mutation(either A2058G or A2059G) were detected by PCR. Two positive specimens wereconfirmed by DNA sequencing and showed no mutation. Thus, nested multiplexPCR developed in this study is potential to detect azithromycin-resistant T.pallidum in whole blood samples."

"Jumlah pengidap virus HIV di Indonesia terus meningkat dari jenis penularannya, lebih banyak melalui cairan genital daripada plasma darah. Deteksi HIV diperlukan untuk pencegahan dan pengobatan. Teknik yang lazim digunakan adalah amplifikasi DNA dengan metode PCR. Penelitian ini bertujuan menerapkan teknik amplifikasi DNA metode LAMP yang baru-baru ini dikembangkan sebagai ganti PCR karena lebih spesifik, sensitif dan efisien. LAMP menggunakan pasangan primer yang unik, sepasang primer forward dan sepasang backward yang masing-maing terdiri dari primer panjang untuk polimerisasi DNA dem sepasang primer pendek untuk melepas rantai baru DNA sehingga reaksi bisa dilakukan pada suhu tetap. Reaksi LAMP menggunakan enzim Bst DNA polymerase pada suhu 65°C dilakukanterhadap isolat genom RNA HW sudah dikonfirmasi keberadaannya dengan metode PCR."

"Latar belakang: Metode konvensional untuk mengkonfirmasi infeksi HIV ialah Western blot. Namun, western blot memiliki keterbatasan yaitu kontaminasi dengan antigen selular manusia dan masalah perbedaan genetik di antara subtipe HIV-1 yang menyebabkan hasil indeterminate dan ketidakakuratan diagnosis infeksi HIV-1 subtipe CRF01_AE yang dominan di Indonesia. Pemeriksaan western blot yang tersedia di Indonesia ialah untuk diagnosis infeksi HIV-1/2 dan tidak bersifat spesifik strain. Metodologi: Pada penelitian ini digunakan protein p24 rekombinan sebagai antigen pada western blot. Dilakukan optimasi ekspresi protein p24 rekombinan HIV-1 CRF01_AE pada Escherichia coli BL21CP dan purifikasi serta western blot untuk mendapatkan informasi awal mengenai reaktivitasnya terhadap serum ODHA di Indonesia. Optimasi ekspresi dilakukan terhadap lama waktu induksi, konsentrasi IPTG, dan suhu induksi. Purifikasi dilakukan dengan metode immobilized metal-affinity chromatography (IMAC) dan sistem purifikasi Ni-NTA [Qiagen] pada kondisi native dengan optimasi pada konsentrasi imidazole dalam wash buffer. Hasil: Konfirmasi protein rekombinan dengan western blot menunjukkan bahwa ekspresi dan purifikasi protein p24 rekombinan telah optimal dan reaktif terhadap serum pasien HIV-1 positif di Indonesia. Kesimpulan: Protein p24 rekombinan dari penelitian ini dapat dikembangkan untuk uji diagnostik western blot berdasarkan subtipe CRF01_AE yang dominan di Indonesia.

---

Background: Conventional method for confirmation of HIV infection is western blot. However, western blot has limitation of contamination by human cellular antigen and genetic diversity matter among the HIV-1 subtypes that showed indeterminate result and inaccuracy for the diagnosis of HIV-1 subtype CRF01_AE infection predominantly in Indonesia. The western blot available in Indonesia is for diagnosis of HIV-1/2 which is not strain spesific. This research performed the p24 recombinant protein as the antigen in western blot.

Methods: We conducted the optimization in expression of p24 recombinant protein of HIV-1 subtype CRF01_AE in Escherichia coli BL21CP and purification and the confirmation by the western blot to obtain initial information about the reactivity of this recombinant protein with ODHA (people with HIV/AIDS) in Indonesia. Expression optimization administered in the induction time, IPTG consentration used, dan the induction temperature. The purification of the p24 recombinant protein carried with the immobilized metal-affinity chromatography (IMAC) method in Ni-NTA purification system [Qiagen] in native condition with optimization in the imidazole concentration used in the wash buffer.

Result: The confirmation of recombinant protein by western blot showed the expression and purification of p24 recombinant protein has been optimized well and reactive with the Indonesian HIV-1 positive serum patient.

Conclusion: This result indicated the p24 recombinant protein can be applied for the diagnostic assay development based on predominant HIV-1 subtype CRF01_AE in Indonesia."

"ABSTRAKProtease (PR) pada HIV berperan dalam proses maturasi virus agar dapatmenginfeksi sel inang. Proses tersebut berlangsung dalam sisi aktif PR denganmemotong poliprotein virus. Banyaknya ragam mutasi residu PR membuatinteraksi PR dengan obat yang diberikan dapat berbeda. Pasien dari Indonesiasendiri memiliki karakteristik galur tipe AE yang berbeda dengan galur B yangbanyak ditemukan di negara-negara barat. Dua PR pasien dari Indonesia dengankode RY1 (10 mutasi) dan DY1 (12 mutasi) disimulasikan dengan metodesimulasi dinamika molekuler untuk meninjau interaksi antara kedua PR denganobat amprenavir (APV). Berdasarkan hasil energinya, interaksi RY1-APV lebihkuat bila dibandingkan dengan DY1-APV. Hasil tersebut diperkuat dengan tinjuanstruktural dan ikatan hidrogen terhadap residu mutasi yang dimiliki kedua pasien.Model pasien RY1 memiliki mutasi di residu ke-45 yang diketahui membantumempertahankan interaksi PR-APV, sedangkan model pasien DY1 memilikimutasi pada residu ke-10 yang diketahui mengurangi interaksinya dengan obat.

---

ABSTRACTProtease (PR) on the HIV virus plays a role in the maturation process in order to

infect host cells. The process takes place in the active site PR by cutting viral

polyprotein. Many kinds of mutated residues at PR makes interaction with the

drug can vary. Patients from Indonesia itself has AE type strain that has different

characteristic with B type strain which are found in western countries. Two PR

patients from Indonesia with RY1 code (10 mutations) and DY1 code (12

mutations) is simulated by molecular dynamics simulation methods to evaluate

the interaction between two PR with amprenavir (APV). Based on the energy,

RY1-APV interaction is stronger when compared to DY1-APV. These results are

supported by structural insights and hydrogen bonding to residue mutations that

occur in both patients. RY1 patient model have mutations in 45th residue, that is

known to help maintain the interaction of PR-APV. While the DY1 patient model

have mutations in the 10th residue, that is known to reduce the interaction with

the drug."

"Penelitian ini merupakan usaha untuk mengembangkan suatu metode baru dalam mendeteksi HIV. Teknik deteksi yang biasa digunakan adalah RT-PCR dari sampel berupa RNA, Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengaplikasikan pengembangan metode amplifikasi DNA, LAMP (Loop-Mediated Isothermal Amplification), untuk menggantikan RT-PCR, karena metode LAMP ini dinilai lebih spesifik, sensitif, dan efisien.Reaksi LAMP telah dilakukan pada isolat RNA yang sebelumnya telah di-reverse transcription (RT) dan dikonfirmasi dengan PCR. Reaksi tersebut menggunakan enzim Bs/ DNA polimerase dan reaksinya berlangsung pada suhu 65°C. Hasil reaksi tersebut telah dikonfirmasi dengan elektroforesis dan menunjukkan ketiadaan pita hasil amplifikasi yang diharapkan. Argumentasi yang paling memungkinkan dari hasil reaksi ini antara lain, adalah kondisi kemurnian sampel, kondisi reaksi yang tidak optimal untuk reaksi LAMP, dan rancangan primer. Reaksi LAMP juga akan dilakukan pada bagian dari sekuens gen gag yang terletak pada nukleotida nomor 905-1081 dan telah diklon pada vektor pGEM-T serta telah dikonfirmasi dengan sekuensing DNA. Hasil sekuensing menunjukkan sekuens yang sama dengan data gene bank dengan ukuran yang sesuai dengan ukuran target primer komersial, yaitu sebesar 155 pb dan akan digunakan sebagai template untuk reaksi LAMP.Kesimpulan penelitian ini adalah metode LAMP helum berhasil dikembangkan untuk deteksi HIV. Rancangan primer dan kondisi reaksi adalah hal-hal yang penting dalam metode LAMP dan harus ditingkatkan untuk keberhasilan reaksi ini.

---

This study was attempted to develop a new method for HIV detection. The technique that is usually used is RT-PCR for RNA detection. This research aims to apply the recently developed DNA amplification method, LAMP (Loop-Mediated Isothermal Amplification), instead of RT-PCR as this method is more specific, sensitive, and efficient.

The LAMP reaction is done on RNA isolates that have been confirmed by PCR to contain HIV RNA. This reaction has been performed at 65°C using Bst DNA polymerase after doing reverse transcription. The result showed that LAMP on RNA isolates did not result in amplification as confirmed by electrophoresis. Most probable reasons for these results are the impurity of the sample, the conditions of the reactions that are not optimal for the LAMP reaction, and the design of the primer. LAMP was also performed on a part of a gag genes sequences on nucleotides number 905-1081 that has been cloned onto a pGEM-T vector and then sequenced for confirmation. The result of DNA sequence showed the same sequence as reported in Gene Bank data, with a size similar to a commercial primary target, i.e. 155 bp and will consequently be used as a template for the LAMP reaction.

The conclusions of this study are the LAMP method has not developed yet for HIV detection. The design of the primer and the conditions of the reactions in the LAMP method are the important things for the successful of this reaction, need to be improved."

"Latar Belakang : Multidrug-resistant tuberculosis (MDR-TB) adalah masalah kesehatan masyarakat yang utama di dunia, termasuk di Indonesia. Analisis menggunakan whole-genome sequencing (WGS) masih jarang digunakan untuk investigasi penyakit TB dan MDR-TB di Indonesia.Tujuan: Mengevaluasi potensi penggunaan WGS untuk melakukan drug susceptibility testing (DST) dan mengetahui strain Mycobacterium tuberculosis resisten obat antituberkulosis di Jawa, Indonesia.Metode: Tiga puluh isolat MDR-TB dilakukan DST menggunakan Mycobacteria Growth Indicator Tube 960 (MGIT) dan WGS. Analisis filogenetika dilakukan menggunakan data dari WGS. Hasil DST yang didapatkan dengan menggunakan MGIT dan WGS dibandingkan.Hasil:. Kesesuaian antara WGS dan MGIT adalah 93,33% untuk rifampicin, 83,33% untuk isoniazid, dan 76,67% untuk streptomycin tetapi hanya 63,33% untuk ethambutol. Kesesuaian yang moderat ditemukan pada obat antituberkulosis lini kedua termasuk amikacin, kanamycin, dan fluoroquinolone (73,33%-76,67%). MDR-TB lebih sering ditemukan pada isolat yang berasal East Asian Lineage (63,33%).Kesimpulan: Penelitian ini menunjukkan penerapan dari WGS untuk DST dan epidemiologi molekular dari TB resisten obat di Jawa, Indonesia.

---

Background: Multidrug-resistant tuberculosis (MDR-TB) is a major public health problem globally, including in Indonesia. Whole-genome sequencing (WGS) analysis has rarely been used for the study of TB and MDR-TB in Indonesia.

Aim: We evaluated the use of WGS for drug susceptibility testing (DST) and to investigate population structure of drug-resistant Mycobacterium tuberculosis in Java, Indonesia.

Method: Thirty suspected MDR-TB isolates were subjected to MGIT-960 system (MGIT)-based DST and WGS. Phylogenetic analysis was done using the WGS data. Results obtained using MGIT-based DST and WGS-based DST were compared.

Result: Agreement between WGS and MGIT was 93.33% for rifampicin, 83.33% for isoniazid and 76.67% for streptomycin but only 63.33% for ethambutol. Moderate WGS-MGIT agreement was found for second-line drugs including amikacin, kanamycin, and fluoroquinolone (73.33-76.67%). MDR-TB was more common in isolates of the East Asian Lineage (63.33%).

Conclusion: This study demonstrated the applicability of WGS for DST and molecular epidemiology of DR-TB in Java, Indonesia."