Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Universitas Indonesia Culture collection (UICC) memiliki koleksi strain-strain Rhizopus arrhizus Fischer yang diisolaasi dari tempe dan telah diidentifikasi berdasarkan karakter morfologi dan fisiologi. Penelitian bertujuan memperoleh identitas yang akurat pada tingkat spesies dari lima strain R. arrhizus (UICC 26, UICC 36, UICC 39, UICC 55, dan UICC 121) berdasarkan data sequence daerah internal transcribed spacers ribosomal DNA dan analisis filogenetik. Amplifikasi dan sequencing daerah ITS rDNA dilakukan menggunakan primer forward ITS5 dan primer reverse ITS4. Pencarian homologi sequence dilakukan dengan program BLAST. Sequence alignment dilakukan menggunakan program Clustal X. Konstruksi pohon filogenetik dilakukan menggunakan metode neighbor joining dengan model dua parameter Kimura dan nilai bootstrap 1000 pengulangan. Karakterisasi morfologi dan fisiologi (pengujian pertumbuhan pada variasi suhu) dilakukan untuk melengkapi deskripsi strain. Panjang fragmen daerah ITS rDNA kelima strain R. arrhizus sekitar 600--700 pb. Hasil BLAST menunjukkan kelima strain UICC memiliki homologi dengan type strain R. oryzae CBS 112.07T pada kisaran 98,9--99,8%. Pohon filogenetik menunjukkan strain UICC 36 dan strain UICC 55 berada dalam satu grup yang monofiletik dengan type strain R. oryzae CBS 112.07T dan neo type R. arrhizus NRRL 1469NT. Saat ini R. arrhizus merupakan sinonim dari R. oryzae, sehingga kedua strain tersebut diidentifikasi sebagai R. oryzae. Strain UICC 26, UICC 39, dan UICC 121 berada dalam satu grup yang monofiletik dengan type strain R. delemar CBS 120.12T, sehingga ketiga strain diidentifikasi sebagai R. delemar. Rhizopus oryzae dan R. delemar merupakan dua spesies yang berkerabat sangat dekat, sehingga secara morfologi tidak dapat dibedakan. Re-identifikasi lima strain R. arrhizus UICC secara molekuler menghasilkan identitas spesies yang berbeda menjadi R. oryzae dan R. delemar, namun karakter morfologi dan fisiologi lima strain tersebut menunjukkan karakter sebagai R. oryzae.

---

Universitas Indonesia Culture Collection (UICC) has collection of Rhizopus arrhizus Fischer strains, which were isolated from tempeh and were identified based on morphological and physiological characters. The aim of this study was to obtain accurate identification at species level of five strains of R. arrhizus (UICC 26, UICC 36, UICC 39, UICC 55, and UICC 121) based on internal transcribed spacers (ITS) region of ribosomal DNA (rDNA) sequence data and phylogenetic analysis. Amplification and sequencing of ITS region of rDNA were performed using forward primer ITS5 and reverse primer ITS4. Sequence homology search was performed using BLAST. Sequence alignment was carried out using Clustal X. Construction of phylogenetic tree was performed using neighbor joining method, Kimura?s two parameter model and bootstrap values of 1000 iterations. Characterization of morphological features and growth at variation of temperature were carried out to support the description of the strains. The fragment length of ITS region rDNA from five strains of R. arrhizus was about 600--700 bp.

Results of BLAST homology search of the strains showed 98.9--99.8% similarities to the type strain R. oryzae CBS 112.07T. Phylogenetic tree showed that UICC 36 and UICC 55 were clustered together in a monophyletic group with the type strain R. oryzae CBS 112.07T and neo type strain R. arrhizus NRRL 1469NT. Currently, R. arrhizus is a synonym of R. oryzae, therefore both strains were identified as R. oryzae. Strains UICC 26, UICC 39, and UICC 121 were clustered together in a monophyletic group with the type strain R. delemar CBS 120.12T, therefore they were identified as R. delemar. Rhizopus oryzae and R. delemar are very closely related species and morphologically similar. Re-identification of five strains R. arrhizus UICC based on molecular has difference of species identity as R. oryzae and R. delemar, but the five strains show similar morphological and physiological characters as R. oryzae."

"Universitas Indonesia Culture Collection UICC memiliki koleksi Rhizopus spp. yang diisolasi dari tempe dan telah diidentifikasi berdasarkan karakter morfologi dan fisiologi. Tujuan penelitian adalah re-identifikasi lima strain R. oligosporus koleksi UICC UICC 27, UICC 40, UICC 51, UICC 67, dan UICC 116 berdasarkan data sequence daerah internal transcribed spacers rDNA dan analisis filogenetik. Amplifikasi dan sequencing daerah ITS rDNA menggunakan pasangan primer forward ITS5 dan primer reverse ITS4. Data sequence daerah ITS rDNA Rhizopus koleksi UICC dikirim ke database GenBank untuk pencarian homologi BLAST terhadap spesies terdekat dengan pembatasan pencarian hanya pada type material. Pembuatan pohon filogenetik menggunakan metode neighbor joining dengan model evolusi dua parameter Kimura, serta bootstrapping dilakukan sebanyak 1000 kali pengulangan. Karakterisasi morfologi makroskopik dan mikroskopik dan fisiologi pertumbuhan pada variasi suhu dilakukan untuk menunjang hasil identifikasi molekuler. Hasil elektroforesis gel produk PCR daerah ITS rDNA menunjukkan kelima strain memiliki ukuran fragmen ITS rDNA pada kisaran 500--700 pb, dan hasil sequencing lengkap daerah ITS rDNA kelima strain menunjukkan panjang berkisar antara 655--658 pb. Hasil BLAST menunjukkan strain UICC 27, UICC 40, UICC 51, dan UICC 67 memiliki homologi 99,2 ; sedangkan strain UICC 116 memiliki homologi 99,8 terhadap type strain R. oryzae CBS 112.07T. Berdasarkan konsep spesies filogenetik, strain UICC 27, UICC 40, UICC 51, dan UICC 67 dapat diidentifikasi sebagai R. delemar karena pada pohon filogenetik berada dalam satu kelompok yang monofiletik dengan type strain R. delemar CBS 120.12T, dengan dukungan nilai bootstrap 90 ; sedangkan strain UICC 116 diidentifikasi sebagai R. oryzae karena pada pohon filogenetik berada dalam satu kelompok yang monofiletik dengan type strain R. oryzae CBS 112.07T , dengan dukungan nilai bootstrap 82 . Hasil penelitian menunjukkan bahwa kedua spesies tidak dapat dibedakan secara morfologi, kelima strain menunjukkan karakter morfologi yang sesuai dengan R. oryzae. Namun demikian, terdapat perbedaan karakter fisiologi antara R. oryzae dan R. delemar, yaitu pertumbuhan pada variasi suhu.

---

Universitas Indonesia Culture Collection UICC has strains collection of Rhizopus spp. which were isolated from tempeh and identified based on phenotypic characters morphology and physiology . The aim of this study was to re identify five strains of R. oligosporus UICC 10, UICC 85, UICC 119, UICC 120, and the UICC 135 , based on internal transcribed spacers region of ribosomal DNA sequence data and phylogenetic analysis. Amplification and sequencing of ITS region of rDNA were performed using primer set forward primer ITS 5 and reverse primer ITS 4. The sequence data was sent to GenBank for homology search using basic local alignment search tool BLAST program, restricted only to type materials. Construction of phylogenetic tree was performed using Neighbor Joining method with Kimura's two parameter evolution model and bootstrapping with 1,000 replicates. Characterization of morphological and physiological growth at variation of temperature data was carried out to support molecular identification results. Gel electrophoresis showed that five strains have fragment length of ITS region of rDNA, about 500 700 bp. Full sequence data of ITS rDNA of five strains showed the length of their ITS rDNA was ranged 655 658 bp. BLAST homology search results showed that UICC 27, UICC 40, UICC 51, and UICC 67 strain have similarity 99,2 to the type strain of R. oryzae CBS 112.07T, whilst UICC 116 strain showed a higher similarity 99,8 to the type strain of R. oryzae CBS 112.07T. Based on phylogenetic species concept, four strains UICC 27, UICC 40, UICC 51, and UICC 67 were identified as R. delemar. They were clustered with the type strain of R. delemar CBS 120.12T in a monophyletic group, and supported by 90 bootstrap value. Another one strain UICC 116 was identified as R. oryzae. It was clustered with the type strain of R. oryzae CBS 112.07T in a monophyletic group and supported by 82 bootstrap value. Morphological characterization results indicated that the two species are indistinguishable and they showed morphological characters that correspond to R. oryzae. However, the physiological characters i.e. growth at temperature variations differ between of R. delemar and R. oryzae."

"Universitas Indonesia Culture Collection (UICC) memiliki koleksi strain-strain Rhizopus oryzae Went dan Prinsen Geerligs yang diisolasi dari tempe dan telah diidentifikasi berdasarkan karakter fenotipik (morfologi dan fisiologi). Tujuan penelitian adalah melakukan re-identifikasi lima strain R. oryzae (UICC 10, UICC 85, UICC 119, UICC 120, dan UICC 135) berdasarkan data sequence daerah internal transcribed spacers ribosomal DNA dan analisis filogenetik untuk memperoleh identitas spesies yang akurat. Amplifikasi dan sequencing daerah ITS rDNA dilakukan menggunakan primer forward ITS 5 dan primer reverse ITS 4. Data sequence dikirim ke database DNA GenBank untuk pencarian homologi dengan program BLAST. Sequence alignment dilakukan menggunakan program Clustal X. Konstruksi pohon filogenetik dilakukan menggunakan metode Neighbor Joining, model dua parameter Kimura, dan nilai bootstrap 1000 kali pengulangan. Karakterisasi morfologi dan pengujian kemampuan tumbuh pada variasi suhu dilakukan untuk mendukung hasil re-identifikasi dan melengkapi deskripsi strain masing-masing. Hasil amplifikasi daerah ITS rDNA menunjukkan bahwa kelima strain R. oryzae UICC memiliki panjang fragmen dengan ukuran 600--700 pb. Hasil pencarian homologi BLAST menunjukkan bahwa kelima strain memiliki homologi 99,8% terhadap type strain R. oryzae CBS 112.07T. Hasil analisis filogenetik menunjukkan bahwa kelima strain berada dalam satu grup yang monofiletik dengan strain tipe R. oryzae CBS 112.07T dan strain-strain R. oryzae dari database DNA GenBank, dengan dukungan nilai bootstrap yang tinggi (84%). Re-identifikasi lima strain R. oryzae UICC secara molekuler menghasilkan identitas spesies yang sama, yaitu sebagai R. oryzae, dan didukung oleh karakter morfologi dan fisiologi.

---

Universitas Indonesia Culture Collection (UICC) has collection of Rhizopus oryzae Went and Prinsen Geerligs strains, which were isolated from tempeh. These strains were identified based on phenotypic characters (morphology and physiology). The aim of this study was to re-identify five strains of R. oryzae (UICC 10, UICC 85, UICC 119, UICC 120, and UICC 135), based on internal transcribed spacers (ITS) region of ribosomal DNA sequence data to obtain accurate identification at species level.

Amplification and sequencing of ITS region of rDNA were performed using primer set, forward primer ITS 5 and reverse primer ITS 4. The sequence data was sent to GenBank DNA database for homology search using BLAST. Sequence alignment was carried out using Clustal X. Construction of phylogenetic tree was performed using Neighbor Joining method, Kimura's two parameter model and bootstrap values of 1000 iterations. Characterization of the five strains based on morphology and growth ability at temperature variations were carried out to support the description of each strain.

Amplification result showed that the strains have fragment length of ITS region of rDNA about 600--700 bp. Results of BLAST homology search of the strains showed a very high similarity (99.8%) to the type strain R. oryzae CBS 112.07T. Phylogenetic tree showed that the five strains were clustered together in a monophyletic group with the type strain R. oryzae CBS 112.07T and other R. oryzae strains from GenBank DNA database, and supported by high bootstrap value (84%). Re-identification of five strains of R. oryzae UICC based on molecular method showed that they were identified as R. oryzae, similar to previous identification, and supported by morphological and physiological characterization."

"ABSTRAKGlukoainilase adalah eksoenzim yang menghidrolisis pati dan oligosakarida dengan melepaskan β -glukosa dari ujung rantai nonpereduksi. Faktor-faktor yang meinpengaruhi produktivitas fermentasi adalah inokulum, nutrisi, suhu, dan pH. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui pengaruh pH awal terhadap aktivitas glukoamilase Rhizopus arrhizus UICC 2 dan Rhizopus oryzae UICC 128 pada 4 variasi pH awal, yaitu 4,0, 5,0, 6,0, dan 7,0. Medium ferinentasj digunakan medium Sakai modifikasi. Pengujian aktivitas giukoamilase dilakukan dengan inetode Nishise dkk. Pengukuran kadar glukosa dilakukan dengan metode Somogyi- Nelson. Aktivitas glukoainilase dinyatakan dalain unit/ml. Satu unit glukoamilase adalah setara dengan satu umol glukosa yang dilepaskan tiap menit. Hasil penghitungan aktivitas glukoamilase menunjukkan ada perbedaan aktivitas glukoamilase R. srrhizus UICC 2 pada pH awal antara 7,0 dan 6,0, pH awal 7,0 dan 5,0, dan pH awal 7,0 dan 4,0. Ada perbedaan aktivitas glukoamilase R. oryzae UICC 128 pada pH awal antara 7,0 dan 4,0, dan pH awal 7,0 dan 5,0. Tidak ada perbedaan aktivitas giukoamilase pada pH awal 7,0 yang mempunyai rata-rata aktivitas glukoamilase tertinggi pada kedua kapang."

"ABSTRAKNitrogen merupakan salah satu makronutrien penting bagi kapang, baik untuk pertumbuhan, maupun untuk memelihara kemampuan sel dalam membentuk enzim. Penelitian mi bertujuan untuk mengetahui ada tidaknya pengaruh sumber nitrogen yang diberikan dalam bentuk amonium sulfat, tepung kedele, dan urea, terhadap aktivitas glukoamilase Rhizopus arrhizus UCC 2 dan Rhizopus oryzae UCC 128. Pengujian aktivitas glukoamilase dilakukan dengan metoda Nishise et al. modifikasi. Satu unit aktivitas glukoamilase setara dengan satu umol glukosa yang di lepaskan per menit. Pengukuran kadar glukosa dilakukan dengan metoda Somogyi-Nelson. Uji statistik menunjukkan adanya pengaruh sumber nitrogen yang berbeda terhadap aktivitas glukoamilase R. arrhizus UCC 2 dan R. oryzae UCC 128. Medium dengan sumber nitrogen urea, memberikan hasil rata-rata aktivitas glukoamilase R. arrhizus UCC 2 dan R. oryzae UCC 128 tertinggi. Nilai tersebut berbeda nyata dengan rata-rata aktivitas glukoamilase pada medium dengan sumber nitrogen tepung kedele maupun amonium sulfat."

"ABSTRAKGlukoamilase merupakan enzim ekstraseluler yang dapat menghidrolisis pati nrenjadi glukosa.Penelitian ini bertujuan untuk nengetahui pengaruh empat sumber karbohidrat, yaitu tepung beras, tepung maizena, tepung tapioka, dan soluble starch terhadap aktivitas glukoanilase R. arrhizus UICC 2 dan R. oryzae UICC 128 pada kondisi fermentasi yang diberikan dalam waktu inkubasi 24 jam.Data rata-rata aktivitas glukoamilase R. arrhizus UICC 2 dan R. oryzae UICC 128 dalam waktu fermentasi 24 jam yang dinyatakan dalam unit/ml, diperoleh nilai tertinggi dari sumber karbohidrat tepung rnaizena, kemudian diikuti dengan tepung tapioka, soluble starch, dan tepung beras.Hasil perhitungan aktivitas glukoamilase menunjukkan, ada perbedaan aktivitas glukoamilase R. arrhizus UICC 2 antara sumber karbohidrat tepung maizena dan tepung beras, antara tepung tapioka dan tepung beras, serta antara soluble starch dan tepung beras. Ada perbedaan aktivitas glukoamilase R. oryzae UICC 128 antara tepung maizena dan tepung beras, antara tepung tapioka dan tepung beras, antara soluble starch dan tepung beras, antara tepung maizena dan tepung tapioka, serta antara tepung maizena dan soluble starch.ABSTRACT"

"ABSTRAKTempe selain memiliki nilai nutrisi yang tinggi ternyata juga mengandung senyawa antimikroba. Penelitian ini bertujuan untuk meneliti aktivitas antimikroba dari Rhizopus arrhizus UICC 6 dan Rh. ollgosporus UICC 116 yang ditumbuhkan pada medium ekstrak kedelam dan juga medium Kobayasi yang digunakan sebagal medium pembanding. Fermentasi berlangsung selama 10 dan 14 han, pada suhu 30°C dengan metode still culture. Uji aktivitas antimikroba dilakukan dengan metode difusi agar, terhadap bakteri teruji. Bacillus subtilis UICC B 10, Escherichia co/i UICC B 14, dan Pseudomonas aeruginosa UICC B 22. Has1 penelitian menunjukkan bahwa kedua kapang uji yang ditumbuhkan dalam medium Kobayasi memiliki aktivitas antimikroba yang Iebih balk dibandingkan dengan aktivitas antimikroba dalam medium ekstrak kedelal. Senyawa antimikroba kedua kapang uji yang ditumbuhkan dalam medium Kobayasi menunjukkan aktivitas yang tinggi pada hari ke 10 dan menurun pada hari ke 14. Sebaliknya, pada medium ekstrak kedelal aktivitas antimikroba yang tinggi justru diperoleh pada hari ke 14 fermentasi. Hasil penehtian juga menunjukkan bahwa senyawa antimikroba dan Rh. arrhizus UICC 6 aktif terhadap bakteni teruji Gram negatif. Sedangkan senyawa antimikroba dari Rh. oligosporus UICC 116 aktif terhadap bakteni teruji Gram positif pada hari ke 14."

"Pembentukan enzim oleh mikroorganisme dipengaruhI oleh be berapa faktor, di antaranya komposisi medium. Nitrogen adalah salah satu makronutrien yang dibutuhkan oleh mikroorganisme untuk melangsungkan pertumbuhan, dan memelihara kemampuan sel membentuk enzim. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui pengaruh 7 variasi konsentrasi amonium sulfat, yaitu 0, 0%; 0,1%; 0,2%; 0,3%; 0,4%; 0,5%; dan 0,6% dalam medium Sakai & Caldo modifikasi terhadap aktivitas glukoamilase Rhizopus arrhizus UICC 2, pada fermentasi 20 jam. Pengujian aktivitas glukoamilase dilakukan dengan metoda Nishise modifikasi. Satu unit aktivitas glukoamilase setara dengan satu flmol glukosa yang dilepaska permenit. Pengukuran kadar glukosa dilakukan dengan metoda Somogyi-Nelson. Uji statistik menunjukkan adanya pengaruh 7 variasi konsentrasi amonium sulfat yang diberikan, terhadap aktivitas glukoamilase Rhizopus arrhizus UICC 2 pada fermentasi 20 jam. Terdapat perbedaan rata-rata aktivitas glukoamilase antara konsentrasi amoniumsulfat 0,0% dengan 0,3%; 0,4%; dan 0,5%; antara 0,1% dengan 0,4%; 0,2% dengan 0,4%; serta antara 0,4% dengan 0,6%. Rata-rata aktivitas glukoamil ase tertinggi, diperoleh pada medium dengan konsentrasi amonium sulfat 0,4%."

"Sumber nitrogen yang digunakan oleh kapang dapat berbentuk asam amino, protein, dan urea. Sumber nitrogen tesar pengaruhnya terhadap produksi glukoami lase. Penelitian ini bertujuan untuk meneliti ada tidaknya pengaruh konsentrasi urea yang berbeda ternadap aktivitas glukoami lase Rhizopus arrliizus UICC 2, serta roeneliti konsentrasi yang paling baik bagi kapang tersebut untuk menghasilkan aktivitas glukoamilase yang maksimal pada kondisi fermentasi yang diberikan. Fengujian aktivitas glukoamilase dilakukan dengan metode Hisnisne dRR. modifikasi. Fengukuran kadar glukosa dilakukan dengan metode Somogyi-Helson.Hasil pengujian statistik menunjukkan adanya pengarun konsentrasi urea ternadap aktivitas glukoami lase R. arrblzus UICC 2 pada fermentasi 20 jam. Rata-rata aktivitas glukoami lase R. arrliizus mencapai nilai tertinggi pada medium dengan konsentrasi urea 0,13638X. Terdapat perbedaan rata-rata aktivitas glukoamilase R. arrfiizus UICC 2 pada fermentasi 20 jam, antara konsentrasi urea 0, 13638X dengan 0, OX, 0,04546X, 0, 09096X, 0, 18180X, O, 22728X, dan 0, 2727OX."

"Asam fumarat memiliki banyak kegunaan antara lain sebagai anti oksidan, penambah rasa makanan, obat penyakit kulit clan zat anti koagulasi darah. Telah diusahakan suatu cara produksi yang cukup menguntungkan, yaitu dengan cara fermentasi dengan bantuan mikroorganisme.Rhizo pus arrhizus telah diketahui dapat memproduksi asam fumarat datam jumlah besar. Penelitian mi berusaha mengembangkan suatu cara untuk mengubah permeabilitas membran sel agar asam fumarat lebih banyak diproduksi. Tehnik yang dilakukan adalah dengan penambahan minyak nabati ke dalam media fermentasi.Minyak kelapa, minyak kacang kedelai clan minyak jagung dengan konsentrasi berbeda ditambahkan ke dalam media fermentasi yang berisi sel. Rhizopus arrhizus. Asam fumarat dipanen setelah fermentasi selama 36 jam dengan memisahkan media fermentasi dari sel. Asam fumarat kemudian diisolasi dengan mempergunakan kromatografi kolom penukar ion. Untuk mengetahui perbandingan kuantitas produk asam fumarat dengan kuantitas glukosa yang dikonsumsi dilakukan uji gula pereduksi dengan metoda Somogyi-Nelson.Peningkatan produksi asam fumarat paling tinggi diperoleh pada penambahan minyak kacang kedelai dengan konsentrasi 0,6 g/L yaitu 33,8%, lalu dilkuti oleh penambahan minyak jagung dengan konsentrasi 0,7 g/L yaitu 27,7% clan penambahan minyak kelapa dengan konsentrasi 0,6 g/L dengan peningkatan 21,6%. Uji gula pereduksi dengan metode Somogyi-Nelson menunjukkan bahwa penambahan minyak nabati juga meningkatkan perbandingan kuantitas produk asam fumarat dengan kuatitas glukosa yang dikonsumsi, berturut-turut untuk minyak kacang kedelai, minyak jagung clan minyak kelapa: 31%, 8% clan 1%.Uji KLT memberikan asam fumarat dengan Rf 0,625 clan diketahui bahwa sampel belum murni terlihat dari 2 spot lain yang muncul pada KILT dan daerah lelehan yang agak melebar (270°-300 0 C). S pektrofoto meter IR memperlihatkan daerah serapan pada 3000-1 untuk gugus karboksilat dan 1675 untuk gugus trans-al kena."