Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Keragaman Genetik Core Collection Isolat Bacterial Leaf Blight (Xanthomonas oryzae pv. oryzae) Indonesia berdasarkan Marka Molekular VNTR dan avrXa7. Bacterial leaf blight (BLB) adalah salah satu penyakit utama padi yang disebabkan oleh bakteri pathogen Xanthomonas oryzae pv. oryzae. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi dan menganalisis keragaman genetik 18 isolat isolates yang terdiri dari 7 ras dan 11 haplotipe yang berasal dari beberapa lokasi koleksi di Indonesia. Analisis keragaman genetik dilakukan menggunakan marka VNTR (Variable Number of Tandem Repeat) dan marka gen avrxa7. Pola pita DNA hasil amplifikasi digunakan sebagai data input biner untuk membuat dendogram keragaman. Berdasarkan dendogram tersebut, terdapat tiga kelompok genotipe X. oryzae pv. oryzae dengan tingkat virulensi yang berbeda. Ras VII (IXO80_021) yang termasuk dalam kelompok I dan Ras VIII-A (IXO 80_024) yang termasuk dalam kelompok II merupakan ras BLB yang tidak virulen. Sedangkan kelompok III merupakan kelompok ras dan haplotipe yang bersifat virulen.

---

Bacterial leaf blight (BLB) is one of the major diseases in rice caused by Xanthomonas oryzae pv. oryzae. This study aimed to identify and analyze the genetic diversity of 18 BLB isolates that consist of 7 races and 11 haplotypes from various locations in Indonesia. The genetic diversity analysis was conducted on the basis of the VNTR (Variable Number of Tandem Repeat) markers and the avrxa7 gene marker. The banding pattern of the amplification product was made into binary data as input for the construction of a dendogram. Based on the dendogram, three X. oryzae pv. oryzae genotype groups with different virulence levels were formed. The VII (IXO80_021) race of X. oryzae pv. oryzae genotype group I and the VIII-A (IXO 80_024) race of genotype group II were avirulent, whereas the races and haplotypes of genotype group III were virulent."

"Bacterial leaf blight (BLB) is one of the major diseases in rice caused by Xanthomonas oryzae pv. oryzae. This studyaimed to identify and analyze the genetic diversity of 18 BLB isolates that consist of 7 races and 11 haplotypes fromvarious locations in Indonesia. The genetic diversity analysis was conducted on the basis of the VNTR (VariableNumber of Tandem Repeat) markers and the avrxa7 gene marker. The banding pattern of the amplification product wasmade into binary data as input for the construction of a dendogram. Based on the dendogram, three X. oryzae pv. oryzaegenotype groups with different virulence levels were formed. The VII (IXO80_021) race of X. oryzae pv. oryzaegenotype group I and the VIII-A (IXO 80_024) race of genotype group II were avirulent, whereas the races andhaplotypes of genotype group III were virulent.Keragaman Genetik Core Collection Isolat Bacterial Leaf Blight (Xanthomonas oryzae pv. oryzae) Indonesiaberdasarkan Marka Molekular VNTR dan avrXa7. Bacterial leaf blight (BLB) adalah salah satu penyakit utama padiyang disebabkan oleh bakteri pathogen Xanthomonas oryzae pv. oryzae. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasidan menganalisis keragaman genetik 18 isolat isolates yang terdiri dari 7 ras dan 11 haplotipe yang berasal daribeberapa lokasi koleksi di Indonesia. Analisis keragaman genetik dilakukan menggunakan marka VNTR (VariableNumber of Tandem Repeat) dan marka gen avrxa7. Pola pita DNA hasil amplifikasi digunakan sebagai data input bineruntuk membuat dendogram keragaman. Berdasarkan dendogram tersebut, terdapat tiga kelompok genotipe X. oryzaepv. oryzae dengan tingkat virulensi yang berbeda. Ras VII (IXO80_021) yang termasuk dalam kelompok I dan RasVIII-A (IXO 80_024) yang termasuk dalam kelompok II merupakan ras BLB yang tidak virulen. Sedangkan kelompokIII merupakan kelompok ras dan haplotipe yang bersifat virulen."

"The objective of this work was to study the virulence of 15 Xanthomonas oryzae pv. oryzae (Xoo) isolates collected inthree provinces in Indonesia (North Sumatra, South Sumatra, and South Sulawesi) based on five Indonesian differentialrice genotypes and 10 near isogenic lines (NILs) that have been known to differ in their resistance to bacterial leafblight (BLB), in a greenhouse assessment. In addition, this study also aims to monitor the responses of 31 ricegenotypes (21 NILs, five differentials, five improved cultivars) to BLB disease in a field experiment. The 15 isolatesshowed different virulence patterns on the NILs?genotypes with a single resistance gene indicating the pathogendiversity. Eight different pathotypes were present, as demonstrated by a particular virulence pattern of each isolate onthe genotypes. Determination of Xoo pathotype revealed that Xoo pathotypes responded differently based on theirreaction to NILs and Indonesian differential genotypes. The field assessment demonstrated the incidence and severity ofBLB disease on rice genotypes ranging from 25% to 100% and 5.5% to 72.91%, respectively, while the mean diseaseindex ranged from 1.15% to 72.9%. The disease response varied among rice genotypes. IRBB50 (Xa4+xa5), IRBB51(Xa4+xa13), IRBB52 (Xa4+Xa21), IRBB53 (Xa4+Xa21), IRBB56 (Xa4+xa5+xa13), IRBB57 (Xa4+xa5+Xa21),IRBB59 (Xa4+xa13+Xa21), IRBB64 (Xa4+xa5+Xa7+Xa21), IRBB66 (Xa4+xa5+Xa7+xa13+Xa21), IRBB7(Xa7),Angke (Xa4+xa5) and Code (Xa4+Xa7) were revealed to be highly resistant to the BLB pathogen. These genotypeshave potential as genetic material for the pyramiding of several resistance genes for the development of rice resistanceto BLB disease in Indonesia.Penentuan Patotipe Xanthomonas oryzae pv oryzae Asal Populasi Indonesia Penyebab Penyakit Hawar DaunBakteri dan Reaksinya pada Padi Diferensial. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mempelajari virulensi 15 isolatXanthomonas oryzae pv. oryzae (Xoo) yang dikumpulkan dari tiga provinsi di Indonesia (Sumatera Utara, SumateraSelatan, dan Sulawesi Selatan) berdasarkan reaksinya pada lima genotipe padi diferensial Indonesia dan 10 galur padiisogenik (NIL) yang telah diketahui perbedaan ketahanannya terhadap penyakit hawar daun bakteri (HDB) pada uji dirumah kaca. Selain itu, penelitian ini juga bertujuan untuk memantau tanggap 31 genotipe padi (21 NIL, lima diferensial,lima kultivar unggul) terhadap penyakit HDB pada pengujian di lapangan. Sebanyak 15 isolat menunjukkan pola virulensiyang berbeda pada genotipe NIL dengan gen ketahanan tunggal, yang menunjukkan adanya keragaman patogen. Tercatatdelapan patotipe yang berbeda, seperti ditunjukkan oleh pola virulensi tertentu isolat pada setiap genotipe. Hasilpenentuan patotipe Xoo mengungkapkan bahwa tanggap reaksi patotipe Xoo berdasarkan reaksinya terhadap NIL dangenotipe diferensial Indonesia berbeda-beda. Hasil penilaian di lapangan menunjukkan kejadian dan keparahan penyakitHDB pada genotipe padi masing masing berkisar dari 25-100% dan 5,5-72,91%, sedangkan indeks penyakit berkisarantara 1,15-72,9%. Tanggap penyakit bervariasi antar genotipe padi. IRBB50 (Xa4 + xa5), IRBB51 (Xa4 + xa13), IRBB52(Xa4 + Xa21), IRBB53 (Xa4 + Xa21), IRBB56 (Xa4 + xa5 + xa13), IRBB57 (Xa4 + xa5 + Xa21), IRBB59 (Xa4 + xa13 +Xa21), IRBB64 (Xa4 + xa5 + Xa7 + Xa21), IRBB66 (Xa4 + xa5 + Xa7 + xa13 + Xa21), IRBB7 (Xa7), Angke (Xa4 + xa5)dan Code (Xa4 + Xa7) bereaksi sangat tahan terhadap patogen HDB. Genotipe tersebut memiliki potensi sebagai bahangenetik piramida beberapa gen ketahanan untuk mengembangkan padi tahan terhadap penyakit HDB di Indonesia."

"Tanaman padi merupakan penghasil beras yang merupakan makanan pokok mayoritas masyarakat dunia. Produksi tanaman padi di Indonesia masih belum optimal. Metode rekayasa genetika dengan mengintroduksi gen CONSTANS (CO) dari tanaman Arabidopsis thaliana ke dalam tanaman padi kultivar Nipponbare digunakan untuk usaha peningkatan produktivitas padi. Gen CO diketahui mampu menginduksi terjadinya pembungaan pada tanaman. Penelitian bertujuan untuk mengetahui integrasi gen AtCO, pengaruh gen terhadap karakter agronomi, dan ekspresi dari gen AtCO pada tanaman padi Nipponbare transgenik generasi T2 dengan analisis morfologi dan molekular. Hasil pengamatan morfologi menunjukkan bahwa tanaman padi transgenik memiliki karakter agronomi yang lebih baik dibandingkan dengan tanaman padi kontrol, namun tidak menunjukkan adanya perbedaan umur berbunga yang signifikan. Hasil pengamatan dengan teknik Polymerase Chain Reaction (PCR) menunjukkan 169 dari 227 tanaman padi transgenik memiliki integrasi gen higromisin dan CO. Ekspresi gen CO terdeteksi rendah pada 3 dari 4 sampel padi transgenik dengan teknik Reverse Transcription PCR (RT-PCR). Hasil teknik southern blotting yang dilakukan pada 16 sampel padi transgenik menunjukkan masing-masing 6 salinan T-DNA dari 13 sampel padi transgenik.

---

Rice is a staple food which is consume by the majority of world’s population. Rice production in Indonesia has not been optimal yet. A method of genetic engineering by introducing CONSTANS (CO) gene of Arabidopsis thaliana into the rice Nipponbare cultivar was used to improve rice productivity. CO gene known to induce early flowering time in plant. The aims of the experiment were to study the AtCO gene integration, the influence of AtCO gene on agronomic traits, and the expression of AtCO gene in transgenic rice Nipponbare AtCO T2 generation by morphological and molecular analysis.

Morphological observations showed that transgenic plant’s agronomic traits were better than controls, but there is no significant difference in flowering time between transgenic rice Nipponbare plants and controls. Observations with Polymerase Chain Reaction (PCR) technique showed that 169 of 227 transgenic rice Nipponbare plants have hygromycin and CO gene integration. CO gene expression detected in 3 of 4 transgenic rice plants samples using Reverse Transcription PCR (RT-PCR) technique. The southern blotting technique in 16 samples of transgenic plants showed that 13 samples have multi-copies transgen integration (6 copies)."

"ABSTRAKXanthomonas oryzaepv. oryzae (Xoo) menyebabkan hawar daun bakteri (HDB) pada padi (Oryza sativaL.), yangmerupakan penyakit utama dan menjadi pembatas bagi produksi tanaman pokok di banyak negara di dunia. IsolasiXoodilakukan dari daun padi yang terserang hawar daun bakteri. Identifikasi X. oryzae pv. oryzae dilakukan berdasarkanpada gejala yang ditimbulkannya, patogenisitas, karaktermorfologi, fisiologi, dan genetik biakan bakteri yang diisolasidari tanaman padi yang terinfeksi Xoo. Sebanyak 50 isolat yang didugaXoo telah berhasil diisolasi. Bakteri tersebutbersifat aerobik, berbentuk batang, dan tergolong Gram negatif. Isolat-isolat tersebut diuji hipersensitivitasnya padatanaman tembakau dan patogenisitasnya pada padi. Kelima puluh isolat bakteri tersebut mampu menginduksi reaksihipersensitif pada tanaman tembakau dan menyebabkan gejala sakit pada tanaman padi dengan perkembangan gejalayang berbeda. Hasil uji fisiologi, reaksi hipersensitivitasdan patogenisitas, tiga isolat bakteri yang diduga kuat Xooyaitu STG21, STG42, dan STG46 menunjukkan bahwa bakteri tersebut tidak membentuk indol, tidak menghasilkanpigmen flouresens, menghidrolisis kasein, memiliki aktivitas enzim katalase, tetapi tidak memiliki aktivitas enzimoksidase. Hasil parsial sekuensing gen penyandi 16S rRNA dari STG21 dan STG42 menunjukkan homologi dengan X.oryzae pv oryzae masing-masing sebesar 80% dan 82%,sedangkan STG46 menunjukkan homologi dengan X.campestris sebesar 84%. Mutagenesis dengan transposon Mini-Tn5 pada STG21 menghasilkan salah mutan (M5) yangtidak dapat menginduksi reaksi hipersensitif pada tanaman tembakau dan berkurang patogenisitasnya pada padi.Panjang gejala HDB pada padi yang ditimbulkan mutan M5 berkurang sebesar 80%.

---

AbstractX. oryzae pv. oryzae (Xoo) causes bacterial leaf blight (BLB) of rice (Oryza sativa L.), a major disease that constrains production of the staple crop in many countries of the world. Identification of X.oryzae pv. oryzae (Xoo) was conducted based on the disease symptoms, pathogenicity, morphological, physiological,and genetic characteristics of bacterial cultures isolated from the infected plants. Fifty bacterial isolates predicted as Xoohave been successfully isolated. They are aerobic, rod shaped, and Gram negative bacteria. The isolates were evaluatedfor their hypersensitivity in tobacco andpathogenicity in rice plant. Fifty isolates induced hypersensitive reaction intobacco and showed pathogenicity symptom in rice in different length. Based on physiological test, hypersensitivity andpathogenicity reactions, three bacterial isolates strongly predicted asXoo, i.e. STG21, STG42, and STG46, were nonindole formation, non pigment fluorescent, hydrolyzed casein, catalase activity positive, but negative oxidase. Partialsequencing of 16S rRNA genes of STG21 and STG42 showed 80% and 82% homology with X. oryzae, respectively,while STG46 showed 84% homology withX. campestris. Mini-Tn5 transposon mutagenesis of STG21 generated one ofthe mutants (M5) lossed it?s ability to induce hypersensitive reaction in tobacco plant and deficient in pathogenicity onrice. The lesion length of rice leaf causedby the mutant M5 decreased up to 80%. "

"DNA polimerase merupakan enzim yang mampu menyintesis DNA komplemen dari sebuah untaian DNA induk. Enzim ini diproduksi oleh seluruh mahluk hidup, namun jenis yang tahan panas lebih lazim digunakan karena cenderung tidak mengalami denaturasi dalam proses polymerase chain reaction (PCR). Enzim ini dapat diperoleh dengan mengisolasi langsung dari bakteri asal maupun membuat gen rekombinan dan mentransformasikannya ke dalam inang yang lebih mudah dikultur. Tujuan utama dari penelitian ini adalah memperoleh enzim ini dengan metode rekombinan dengan memanfaatkan bakteri inang Escherichia coli. Produksi DNA polimerase rekombinan didasarkan pada bakteri termofilik Geobacillus thermoleovorans dari permandian air panas Batu Kuwung, Serang, Banten yang telah sebelumnya diisolasi dan melalui proses whole genome sequence. DNA polimerase yang dibuat gen rekombinan adalah DNA pol I yang diketahui memiliki fidelitas rendah. Gen DNA polimerase dari Geobacillus thermoleovorans dikloning ke dalam plasmid pET23d baik gen utuh (2637 bp) maupun parsial (1737 bp). Gen DNA pol I menjadi target untuk proses polymerase chain reaction (PCR) untuk diperbanyak sebelum di potong dengan menggunakan enzim restriksi NcoI dan BamHI. Gen yang telah dipotong lalu di masukkan ke dalam plasmid pET23d yang telah dipotong dengan enzim restriksi yang sama. Plasmid yang telah didapatkan di transformasikan ke dalam Escherichia coli BL21 untuk pengujian ekspresi proteinnya. Hasil analisis dengan menggunakan PCR menunjukkan bahwa gen DNA pol I baik utuh maupun parsial berhasil dikloning ke dalam plasmid pET23d. Keberhasilan dari proses kloning yang dilakukan juga dibuktikan dari hasil uji ekspresi secara intraseluler protein rekombinan DNA pol I pada E. coli. Hal ini mengindikasikan bahwa gen DNA pol I dari Geobacillus thermoleovorans pemandian air panas Batu Kuwung, Serang, Banten berhasil di kloning dan diekspresikan di E. coli.

---

DNA polymerase is an enzyme that synthesizes complement DNA according to single strand template DNA. This enzyme is produced in all living organism, but the thermostabile ones are more favoured because less prone to denaturation in polymerase chain reaction (PCR). The enzyme can be acquired by isolating the enzyme from the native bacteria or manufacturing recombinant gene then insert it into a host that is easier to be cultivated. The main purpose of this study is to acquire the enzyme by manufacturing recombinant gene and utilizing Escherichia coli as the host. The recombinant DNA polymerase manufacturing is based on thermophilic bacteria Geobacillus thermoleovorans from Batu Kuwung Hotspring, Serang, Banten which has been previously isolated and went through whole genome sequence process. DNA polymerase that will be produced is DNA pol I that is known has low fidelity. There are two genes that are cloned into pET23d vector, such as full gene (2637 bp) and partial gene (1737 bp). DNA pol I gene is the subject to polymerase chain reaction (PCR) to amplify before being cut with restriction enzymes of NcoI and BamHI. The cut genes then are inserted into pET23d that is also cut with the same enzymes. The acquired plasmids then is transformed into Escherichia coli BL21 for protein expression assay. PCR analysis shows that the DNA pol I both full and partial are successfully cloned into pET23d. The successes are also supported from intercellular DNA pol I protein test expression assay in E. coli. This foundings indicate that the DNA pol I from Geobacillus thermoleovorans isolated from Batu Kuwung hot spring, Serang, Banten, is successfully cloned and expressed by E. coli."

"ABSTRAK Penyakit kresek daun adalah penyakit yang disebabkan oleh bakteri Xanthomonas campestris pv. Oryzae. Penyakit kresek daun ini sering menyerang tanaman padi. Apabila terserang penyakit kresek daun, apalagi dalam usia tanam yang masih muda akan menyebabkan kematian. Kerugian akibat penyakit kresek daun dapat mencapai 60%. Monitoring untuk mengurangi dampak serangan penyakit kresek daun dilakukan dengan memetakan sebaran padi terdampak kresek daun di Kabupaten Karawang. Pemetaan dilakukan dengan teknologi penginderaan jauh dengan citra multispektral landsat menggunakan metode LSU (Linear Spectral Unmixing) dan pemetaan dengan data luas serangan yang diperoleh dari hasil pengamatan lapangan menggunakan hyperspectral. Pemetaan yang dilakukan adalah untuk melihat pola sebaran setiap bulan pada setiap kecamatan pada kurun waktu 10 tahun yaitu tahun 2005-2014. Analisa dan pemetaan faktor iklim yang merupakan faktor fisik seperti suhu udara, kelembaban udara dan curah hujan dilakukan untuk melihat seberapa besar pengaruh ketiga faktor fisik ini terhadap luas serangan penyakit kresek daun di Kabupaten Karawang.ABSTRACT Bacterial leaf blight was a disease caused by the bacterium Xanthomonas campestris pv. Oryzae. This disease often attacked the rice plant and could cause the death, especially at the young age. The loss due to this bacterial leaf blight could reach up to 60%. We made spatial distribution of bacterial leaf blight for monitoring and reducing its impacts to the rice plant in Kabupaten Karawang. Mapping processed by technology of remote sensing with landsat image multispectral data using Linear Spectral Unmixing (LSU) method also mapping the attacked area obtained from fields observation using hyperspectral, in having the pattern distribution every months on eachs sub-district during 2005-2014 (10 years). We investigated also the climate influence as the physical factors, such as temperature, humidity and rainfall to affect on these three parameters to the bacterial leaf blight disease in Kabupaten Karawang."

"Latar Belakang: Methylenetetrahydrofolate reductase (MTHFR) merupakan enzim penting untuk membentuk folat dan metabolisme methionin, sehingga enzim ini sangat dibutuhkan untuk sintesis DNA dan metilasi. Varian dari MTHFR C677T dan A1298C dapat menurunkan folat dalam plasma dan meningkatkan suseptibilitas terhadap spermatogenic arrest. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis polimorfisme gen MTHFR SNP A1298C dan C677T dan hubungannya dengan infertilitas pria oligozoospermia dan azoospermia di Indonesia. Metode: Penelitian ini merupakan penelitian cross sectional dengan mengambil darah 3 mL pada pria oligozoospermia dan azoospermia sejumlah 150 orang. Gen MTHFR dianalisis menggunakan teknik polymerase chain reaction (PCR) dengan primer spesifik. Penelitian dilakukan dengan teknik PCR-RFLP menggunakan enzim restriksi MboII dan HinfI. Analisis PCR-RFLP gen MTHFR digunakan untuk mendeterminasi alotip gen MTHFR SNP A1298C dan SNP C677T pada kelompok pria oligozoospermia dan azoospermia dalam populasi Indonesia. Hasil: Hasil penelitian menunjukkan bahwa distribusi alotip gen MTHFR SNP A1298C tidak berbeda bermakna (p>0,05) antara kelompok oligozoospermia dan azoospermia. Selanjutnya, distribusi alotip gen MTHFR SNP A677T antara kelompok oligozoospermia dan azoospermia juga tidak berbeda bermakna (p > 0.05). Kesimpulan: Polimorfisme gen MTHFR pada SNP A1298C dan C677T tidak berhubungan dengan infertilitas pria oligozoospermia dan azoospermia di Indonesia.

---

AbstractBackground: Methylenetetrahydrofolate reductase (MTHFR) is an important enzyme of folate and methionin metabolism, making it crucial for DNA synthesis and methylation. Variants of MTHFR C677T and A1298C gene result in reduced plasma folate levels and increase the susceptibility to spermatogenic arrest. This research aims to analyses MTHFR C677T and A1298C gene polymorphism in Indonesian infertile men with azoospermia and oligozoospermia. Methods: This cross sectional study takes 3 mL of blood from 150 infertile men with oligozoospermia and azoospermia. MTHFR gene is analyzed using polymerase chain reaction technique (PCR) with specific primers. PCR-RFLP analysis of the MTHFR gene using restriction enzymes MboII and HinfI determines allotypes, both of SNP A1298C and C677T in oligozoospermia and azoospermia in Indonesian population. Results: The results show that the distribution of allotypes of MTHFR gene SNP A1298C and A677T is not significantly different (p>0.05) between patient groups with oligozoospermia and azoospermia. Conclusion: MTHFR gene polymorphisms, both of SNP A1298C and C677T are not associated with male infertility in Indonesian men including patients with severe oligozoospermia and azoospermia."

"Universitas Indonesia Culture Collection UICC memiliki koleksi Rhizopus spp. yang diisolasi dari tempe dan telah diidentifikasi berdasarkan karakter morfologi dan fisiologi. Tujuan penelitian adalah re-identifikasi lima strain R. oligosporus koleksi UICC UICC 27, UICC 40, UICC 51, UICC 67, dan UICC 116 berdasarkan data sequence daerah internal transcribed spacers rDNA dan analisis filogenetik. Amplifikasi dan sequencing daerah ITS rDNA menggunakan pasangan primer forward ITS5 dan primer reverse ITS4. Data sequence daerah ITS rDNA Rhizopus koleksi UICC dikirim ke database GenBank untuk pencarian homologi BLAST terhadap spesies terdekat dengan pembatasan pencarian hanya pada type material. Pembuatan pohon filogenetik menggunakan metode neighbor joining dengan model evolusi dua parameter Kimura, serta bootstrapping dilakukan sebanyak 1000 kali pengulangan. Karakterisasi morfologi makroskopik dan mikroskopik dan fisiologi pertumbuhan pada variasi suhu dilakukan untuk menunjang hasil identifikasi molekuler. Hasil elektroforesis gel produk PCR daerah ITS rDNA menunjukkan kelima strain memiliki ukuran fragmen ITS rDNA pada kisaran 500--700 pb, dan hasil sequencing lengkap daerah ITS rDNA kelima strain menunjukkan panjang berkisar antara 655--658 pb. Hasil BLAST menunjukkan strain UICC 27, UICC 40, UICC 51, dan UICC 67 memiliki homologi 99,2 ; sedangkan strain UICC 116 memiliki homologi 99,8 terhadap type strain R. oryzae CBS 112.07T. Berdasarkan konsep spesies filogenetik, strain UICC 27, UICC 40, UICC 51, dan UICC 67 dapat diidentifikasi sebagai R. delemar karena pada pohon filogenetik berada dalam satu kelompok yang monofiletik dengan type strain R. delemar CBS 120.12T, dengan dukungan nilai bootstrap 90 ; sedangkan strain UICC 116 diidentifikasi sebagai R. oryzae karena pada pohon filogenetik berada dalam satu kelompok yang monofiletik dengan type strain R. oryzae CBS 112.07T , dengan dukungan nilai bootstrap 82 . Hasil penelitian menunjukkan bahwa kedua spesies tidak dapat dibedakan secara morfologi, kelima strain menunjukkan karakter morfologi yang sesuai dengan R. oryzae. Namun demikian, terdapat perbedaan karakter fisiologi antara R. oryzae dan R. delemar, yaitu pertumbuhan pada variasi suhu.

---

Universitas Indonesia Culture Collection UICC has strains collection of Rhizopus spp. which were isolated from tempeh and identified based on phenotypic characters morphology and physiology . The aim of this study was to re identify five strains of R. oligosporus UICC 10, UICC 85, UICC 119, UICC 120, and the UICC 135 , based on internal transcribed spacers region of ribosomal DNA sequence data and phylogenetic analysis. Amplification and sequencing of ITS region of rDNA were performed using primer set forward primer ITS 5 and reverse primer ITS 4. The sequence data was sent to GenBank for homology search using basic local alignment search tool BLAST program, restricted only to type materials. Construction of phylogenetic tree was performed using Neighbor Joining method with Kimura's two parameter evolution model and bootstrapping with 1,000 replicates. Characterization of morphological and physiological growth at variation of temperature data was carried out to support molecular identification results. Gel electrophoresis showed that five strains have fragment length of ITS region of rDNA, about 500 700 bp. Full sequence data of ITS rDNA of five strains showed the length of their ITS rDNA was ranged 655 658 bp. BLAST homology search results showed that UICC 27, UICC 40, UICC 51, and UICC 67 strain have similarity 99,2 to the type strain of R. oryzae CBS 112.07T, whilst UICC 116 strain showed a higher similarity 99,8 to the type strain of R. oryzae CBS 112.07T. Based on phylogenetic species concept, four strains UICC 27, UICC 40, UICC 51, and UICC 67 were identified as R. delemar. They were clustered with the type strain of R. delemar CBS 120.12T in a monophyletic group, and supported by 90 bootstrap value. Another one strain UICC 116 was identified as R. oryzae. It was clustered with the type strain of R. oryzae CBS 112.07T in a monophyletic group and supported by 82 bootstrap value. Morphological characterization results indicated that the two species are indistinguishable and they showed morphological characters that correspond to R. oryzae. However, the physiological characters i.e. growth at temperature variations differ between of R. delemar and R. oryzae."