Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Pendahuluan: Barier alamiah berupa membrane sel, kompartemen endosom, dan membrane inti sel yang menghalangi DNA ekstraseluler untuk mencapai target kerja dalam inti sel dalam mengawali proses pembentukan protein transgen. Sistem penghantar DNA, dalam hal ini protein penghantar DNA (PPD) dikembangkan untuk menghindari penghalang seluler tersebut. Karena sel tubuh berada dalam keadaan tidak membelah, maka diharapkan PPD tersebut dapat berfungsi pada sel tidak membelah. Metodologi: Metodologi yang dipakai adalah telaah literature, pengkloningan, dan uji in vitro. Dilakukan telaah literature untuk mencari peptida yang memiliki 1) kemampuan untuk masuk ke dalam sel/ berfusi dengan membran sel hospes, 2) kemampuan mengikat DNA, 3) kemampuan menghantarkan DNA melalui nuclear localization signal (NLS). Sekuen protein diubah menjadi DNA dengan menggunakan perangkat lunak. Setelah menjadi fragmen DNA, maka langkah selanjutnya DNA di klon ke dalam plasmid pQE80L untuk menghasilkan plasmid rekombian pengekspresi PPD. PPD diperoleh dengan cara mengekspresikannya ke dalam sistem prokariota. Setelah PPD dimurnikan, dilakukan uji fungsi kemampuan PPD menghantarkan DNA pada sel kultur membelah dan tidak membelah. Hasil: Berdasarkan telaah literature dihasilkan 5 rancangan PPD ALMR, SIMR, VPMR, THB2 dan THB4. Studi bioinformatika menunjukkan THB4 tidak dapat mengikat DNA dan bergerak ke inti sel. Proses pengkloningan menghasilkan 4 klon dan salah satu dari 4 kandidat PPD, THB2, tidak dapat diekspresikan dalam prokariota. ALMR, SIMR dan VPMR memiliki kemampuan untuk mengikat DNA dan melindungi DNA dari efek nuclease. Uji in vitro menunjukkan hanya ALMR yang dapat menghantarkan pcDNA3.1eGFP ke inti yang ditandai oleh ekspresi transgen oleh CHOK1. Jika dibandingkan dengan Lipofectamine, efektivitas penghantaran DNA oleh ALMR pada sel membelah kurang efektif,namun penghantaran DNA oleh ALMR pada sel tidak membelah lebih efektif dibandingkan Lipofectamine. Penambahan ALMR ke dalam komplek Lipofectamine:DNA dapat meningkatkan efisiensi penghantaran DNA dan viabilitas sel. Kesimpulan: PPD yang dapat mengikat, melindungi, dan menghantarkan DNA ke dalam sel membelah dan tidak membelah telah berhasil diperoleh. Penggabungan PPD dengan lipofectamine dapat meningkatkan efisiensi dan efektivitas penghantaran DNA kedalam sel tidak membelah serta meningkatkan viabilitas sel tidak membelah pasca transfeksi.

---

Background: The journey of extracellular DNA to reach its active site, nucleus, is dependent on its capability to overcome cellular barriers such as cell membrane, endosomal compartment and nuclear membran. To overcome such natural barriers, we developed peptide-mediated DNA delivery system that could deliver DNA especially into non-dividing cells as the majority of human cells are found in nondividing state.

Methodology: Based on literature studies we found peptides that have capability 1) to translocate/fuse with cellular membrane, 2) to bind DNA and protect DNA from nuclease 3) as nuclear localization signal (NLS). We convert peptides into DNA sequences by using software. DNA coding peptide-mediated DNA delivery systems were synthesized by commercially and manually using conventional PCR. The DNA fragments were cloned into prokaryote-expression systems. After expression and purification, peptide-mediated DNA delivery systems were tested their capability to increase the efficiency and effectiveness of the transformation of extracellular DNA in dividing and non-dividing cells.

Result: We constructs 5 candidates of peptide-mediated delivery system. One of them has no capability to bind DNA and located using nucleus. One of the rest peptidemediated delivery system could not be expressed in prokaryote system. Furthermore, three candidates have capability to binds DNA and protect DNA from nuclease degradation. Based on in vitro study, only one candidate has the capability to deliver DNA pcDNA3.1 eGFP into CHOK1 nucleus that marked by the expression of transgen. Compared to the Lipofectamine, a commercial delivery system, the capability of ALMR to deliver DNA into dividing cell is less efficient, but the capability of ALMR to deliver DNA into non-dividing cells is more efficient compare to Lipofectamine. The addition of ALMR into lipofectamine-DNA complex could increasing both the percentage of transgeneexpressing cells and viability of cell.

Conclusions: We have gained one peptide-mediated delivery system that could bind, protect and deliver DNA from extracellular into intracellular environment of dividing and non dividing cells. The addition of peptide-mediated delivery into Lipofectamine could increase the efectivity of DNA transformation and increase the cell viability."

"ABSTRAKHuman papillomavirus HPV adalah virus DNA yang dapat menginfeksi bagian basal sel epitel leher rahim wanita melalui luka sehingga meningkatkan kasus kanker serviks di Indonesia. Penelitian mengenai pengembangan obat terhadap penyakit kanker serviks berbasis vaksin DNA terapeutik telah dilakukan melalui konstruksi plasmid rekombinan antigen E7 HPV-16 pada sistem ekspresi mamalia. Vektor plasmid pcDNA 3.1 5.428 pb yang digunakan pada penelitian berhasil dikonstruksi melalui proses digesti pada situs NheI dan ligasi dengan fragmen acak gen E7 294 pb sehingga membentuk plasmid rekombinan pcDNA-E7 CADB. Plasmid rekombinan hasil ligasi diklona ke dalam sel E. coli TOP 10 melalui proses transformasi heat shock. Analisis hasil penelitian menunjukkan bahwa 5 koloni mengandung plasmid rekombinan pcDNA-E7 CADB. Analisis orientasi arah gen melalui PCR dan digesti pada 5 koloni menghasilkan 2 koloni plasmid positif dengan arah orientasi 5 rsquo; ke 3 rsquo; pada koloni nomor 5 dan 7. Kedua koloni menunjukkan bahwa fragmen gen E7 CADB berhasil disisipkan pada vektor pcDNA 3.1 dan berhasil diklona ke dalam E. coli TOP 10.

---

ABSTRACTHuman papillomavirus HPV is a DNA virus that can infects the basal cells of the female cervix through wounds in which it may increase the risk of cervical cancer in Indonesia. There has been a drug development research to treat cervical cancer based on therapeutic DNA vaccine via constructing recombinant plasmid of HPV 16 E7 in mammalian expression system. pcDNA 3.1 plasmid vectors 5.428 bp which were used in this research are successfully construced through the digestion process at NheI site and the ligation process with shuffling fragments of E7 gene 294 bp which created pcDNA E7 CADB recombinant plasmid. Recombinant plasmid which is the result of the ligation process is cloned into TOP 10 Escherichia coli cell through a transformation process called heat shock. The result of this research displays 5 colonies containing pcDNA E7 CADB recombinant plasmid. Analysis of gene direction orientation through PCR and digestion of 5 colonies displays positive plasmid on 2 colonies with 5 rsquo ndash 3 rsquo direction on colony unit 5 and colony unit 7. Result of the 2 colony shows that E7 CADB gene fragment successfully inserted into the NheI site of pcDNA 3.1. It also resulted in cloning completion of E7 CADB gene fragments into TOP 10 E. coli."

"Mukormikosis adalah infeksi jamur yang disebabkan jamur ordo Mucorales. Diantara genus yang tergabung dalam ordo Mucorales, Rhizopus sp. merupakan genus yang paling sering menyebabkan infeksi (70%) dan diikuti genus Mucor serta Lichtheimia. Tujuan penelitian ini adalah mengembangkan diagnosis mukormikosis pada jaringan biopsi berbasis molekular. Sebanyak 17 sampel jaringan uji yang akan diisolasi untuk mendapatkan DNA jamur menggunakan KIT QIAGEN dengan menggunakan tiga pasang primer (ITS1-4, ITS1-2 dan ITS86-4). Hasil penelitian didapatkan bahwa identifikasi jamur Mucorales dari regio ITS dapat dilakukan pada sampel jaringan. Dari ketiga primer tersebut, ITS1- 4 hanya berhasil amplifiaksi (6/17) atau 35% sampel uji dan pada primer ITS1-2 dan ITS86-4 dapat teramplifikasi dengan baik pada semua jaringan. Ketiga primer tersebut dapat digunakan dalam penegakan diagnosis mukormikosis berbasis molekular, dan primer terbaik dalam identifikasijamur Mucorales adalah ITS1- ITS2 dan ITS86-ITS4. Identifikasi berbasis molekular lebih baik dari pada metode konvensional (KOH dan kultur).

---

Mucormycosis is a fungal infection caused by fungi of the ordo Mucorales. Among thegenera belonging to the ordo Mucorales, Rhizopus sp. is the genus that most often causes infection (70%) and is followed by the genera Mucor and Lichtheimia. The aim of this study was to develop a diagnosis of mucormycosis in molecular- based biopsy tissue. A total of 17 test tissue samples will be isolated to obtain fungal DNA using the QIAGEN KIT using three pairs of primers (ITS1-4, ITS1- 2, and ITS86-4). The results showed that the identification of Mucorales fungi from the ITS region could be carried out on tissue samples. Of the three primers, ITS1-4 only succeeded in amplification (6/17) or 35% of the test sample, and ITS1- 2and ITS86-4 primers were amplified well in all tissues. These three primers can be used in themolecular-based diagnosis of mucormycosis, and the best primers for the identification of Mucorales fungi are ITS1-ITS2 and ITS86-ITS4. Molecular-based identification is better than conventional methods (KOH and culture)."

"Penilaian morfokinetik embrio dipakai untuk seleksi embrio. Penelitian cohort ini bertujuan untuk evaluasi hubungan antara jumlah salinan mtDNA di cumulus granulosa cells (CGCs) dengan parameter morfokinetik embrio dan status kromosom. Perhitungan jumlah salinan mtDNA menggunakan real-time PCR pada 129 sample CGCs dari 30 pasien yang mengikuti program IVF-IMSI di Morula IVF Jakarta antara Juli-Oktober 2020. Hubungan antara jumlah salinan mtDNA di CGCs dengan semua parameter menggunakan analisa bivariate dan multiple. Terdapat hubungan signifikan antara jumlah salinan mtDNA di CGCs dengan pencapaian blastokista setelah dikontrol variabel usia maternal dan morfologi sperma (coefficient 0.832, p-value = 0.032, RR value 2.299). Hubungan signifikan pada jumlah salinan mtDNA di CGCs dengan fase awal perkembangan embrio M1 (t2-t8), dengan persamaan M1 adalah 5.702-0.271 jumlah salinan mtDNA di CGCs + 0.017 usia maternal + 0.013 motilitas sperma – 0.115 morfologi sperma (p-value = 0.032). Ditemukan hubungan tidak signifikan antara jumlah salinan mtDNA di CGCs dengan parameter morfokinetik lainnya (M2: tC-tEB, M3: t2-tEB, DC, RC, MN dengan P> 0.05), serta dengan status kromosom embrio (euploid: 139.44 ± 133.12, aneuploid: 142.40 ± 111.30, p= 0.806). Penelitian ini menunjukkan bahwa jumlah salinan mtDNA di CGCs merupakan biomarker untuk memprediksi pencapaian blastokista dan fase awal perkembangan embrio, tetapi tidak status kromosom.

---

This cohort study evaluates the association between the mtDNA copy number in cumulus granulosa cells (CGCs) with embryo morphokinetic parameters and chromosomal status. mtDNA copy number of 129 CGCs from 30 patients undergoing the IVF-IMSI program at Morula IVF Jakarta between July-October 2020 were analyzed using real-time PCR. Bivariate and multiple analyses were conducted to see its relationship with all parameters. There was a significant correlation between the mtDNA copy number and the blastocyst after adjusting the maternal age and sperm morphology (coefficient 0.832, p-value = 0.032, RR value 2.299). A significant link was observed between mtDNA copy number in CGCs and early embryo developmental phase M1 (t2-t8), with the equation of M1 is 5.702 - 0.271 mtDNA copy number of CGCs + 0.017 maternal age + 0.013 sperm motility -0.115 sperm morphology (p-value = 0.032). No correlation was found between the mtDNA copy number in CGCs with the other morphokinetic parameters (M2: tC-tEB, M3: t2-tEB, DC, RC, MN with p> 0.05), and the chromosomal status (euploid: 139.44 ± 133.12, aneuploid: 142.40 ± 111.30, p= 0.806). mtDNA copy number in CGCs can serve as a useful biomarker for blastocyst status and early embryo developmental phase but not for chromosomal status."

"Barisan DNA dapat diartikan sebagai permutasi dari empat kode basa DNA yaitu A, T, G, dan C. Pada hasil sekuensing DNA, kadang kala ada basa DNA yang sulit terbaca dengan jelas apakah A, T, G, atau C. Untuk mengatasi masalah ini, maka diberikan kode-kode lain yang merupakan probabilitas munculnya A, T, G, atau C pada setiap kode basa DNA. Sehingga secara keseluruhan terdapat kode basa DNA yang dapat dibentuk dari kode A, T, G, dan C. Enam belas kode basa DNA yang telah terbentuk dapat dinyatakan dalam quaternion berbentuk. Dengan menggunakan perkalian titik antara keenambelas kode basa DNA tersebut, diperoleh matriks skoring. Matriks skoring dibutuhkan pada pensejajaran barisan DNA untuk memberikan skor kecocokan atau ketidakcocokan antara dua kode basa DNA. Algoritma pensejajaran barisan DNA yang diimplementasikan pada penelitian ini adalah Algoritma Needleman-Wunsch untuk pensejajaran global dan Algoritma Smith-Waterman untuk pensejajaran lokal, algoritma ini diimplementasikan menggunakan bahasa pemrograman berbasis open source (Octave). Kemudian program pensejajaran yang telah dibuat diaplikasikan untuk mensejajarkan barisan DNA dari bakteri Streptococcus pneumoniae yang diambil dari pangkalan data gen (GeneBank) dengan barisan DNA hasil sekuensing dari bakteri yang diduga Streptococcus pneumoniae. Dari hasil pensejajaran, diketahui bahwa kedua barisan mempunyai kemiripan yang maksimal.

---

DNA sequence can be defined as a permutation of four DNA base codes: A, T, G, and C. From the result of DNA sequencing, sometime there were dificulties to determine whether the DNA base code of A, T, G, or C. the Probability of other DNA base codes were given to solve this umbigue of DNA sequence reading with form of DNA base code which can be obtained from base code of A, T, G, and C. Sixteen of DNA base code can be represented with a quaternion form: . The scoring matrix was obtained from those sixteen of DNA base code using a dot product method. This scoring matrix can be applied in the DNA aligmnent for match and mismatch between two DNA base code.

In this study, we applied the Needleman-Wunsch Algorithm for gobal alignment and Smith-Waterman Algorithm for local aligment using the Octave, an open soucre program. The alignment program used for DNA sequences alignment from Streptococcus pneumoniae obtained from the GeneBank and the DNA sequence obtained from sequensing result and suspected as Streptococcus pneumoniae. From this alignment, we found that two DNA sequences have maximum similarity."

"Lipopeptida Pal-CKKHH-YGRKKRRQRRR-PKKKRKV sebagai alternatif agen transfeksi nonviral yang baru telah berhasil disintesis dan diuji karakteristiknya. Penelitian dilakukan dengan tujuan untuk mengetahui karakteristik lipopeptida Pal-CKKHH-YGRKKRRQRRR-PKKKRKV dalam membentuk kompleks dengan DNA, mengondensasikan DNA, melindungi DNA dari degradasi enzim DNAse, serta mengetahui sitotoksisitas dan kemampuan transfeksinya pada galur sel mamalia, CHO-K1 dan HepG2. Karakteristik lipopeptida Pal-CKKHH-YGRKKRRQRRR-PKKKRKV kemudian dibandingkan dengan karakteristik dua agen transfeksi komersil, yaitu Poly-L-Lysine dan Lipofectamine 2000. Hasil penelitian menunjukkan bahwa lipopeptida Pal-CKKHH-YGRKKRRQRRR-PKKKRKV mampu membentuk kompleks dengan DNA pada rasio muatan 0,7, melindungi DNA dari degradasi DNAse pada rasio muatan 1,5, serta memiliki nilai IC50 sebesar 2,940 x 10-2 ?M pada sel CHO-K1 dan 1,964 x 10-2 ?M pada sel HepG2. Namun, lipopeptida tersebut kurang baik dalam mengondensasikan DNA dibandingkan Poly-L-Lysine dan Lipofectamine 2000. Berdasarkan hasil uji transfeksi, lipopeptida Pal-CKKHH-YGRKKRRQRRR-PKKKRKV telah berhasil mentransfeksikan plasmid pCSII-EF-AcGFP ke dalam sel CHO-K1 dan HepG2. Keberhasilan tersebut ditandai dengan adanya pendaran hasil ekspresi Green Fluorescent Protein pada kedua sel. Meskipun demikian, pendaran yang dihasilkan dinilai kurang maksimal dibandingkan dengan hasil transfeksi oleh Lipofectamine 2000. Hasil transfeksi lipopeptida Pal-CKKHH-YGRKKRRQRRR-PKKKRKV yang optimal berada pada rasio muatan 7 dengan waktu inkubasi 48 jam.

---

Lipopeptide Pal CKKHH YGRKKRRQRRR PKKKRKV as a novel nonviral transfection agent has been successfully synthesized and tested by its characteristics. The study aimed to determine the characteristics of lipopeptide Pal CKKHH YGRKKRRQRRR PKKKRKV in forming complexes with DNA, condensing and protecting DNA from degradation of DNAse enzymes, as well as to reveal its cytotoxicity and ability as a transfection agent in mammalian cell lines, CHO K1 and HepG2. The characteristics of lipopeptide Pal CKKHH YGRKKRRQRRR PKKKRKV were compared with the characteristics of two commercial transfection agents, Poly L Lysine and Lipofectamine 2000. The result has showed that lipopeptide Pal CKKHH YGRKKRRQRRR PKKKRKV is able to complex DNA at charge ratio 0.7, protect DNA from DNAse degradation at charge ratio 1.5, and has an IC50 value of 2.940 x 10 2 M in CHO K1 and 1.964 x 10 2 M in HepG2 cells. However, the lipopeptide is not better in condensing the DNA than Poly L Lysine and Lipofectamine 2000. Furthermore, based on the transfection test result, lipopeptide Pal CKKHH YGRKKRRQRRR PKKKRKV has successfully transfected pCSII EF AcGFP plasmids into CHO K1 and HepG2 cells. The accomplishment is depicted by presence of Green Fluorescent Protein expression in both cells. However, the fluorescence of transfection by lipopeptide Pal CKKHH YGRKKRRQRRR PKKKRKV is not maximal, compare to Lipofectamine 2000. The optimal transfection result of lipopeptide Pal CKKHH YGRKKRRQRRR PKKKRKV is at charge ratio 7 and 48 hours incubation time."

"

Enteropatogenik Escherichia coli (EPEC) merupakan salah satu bakteri patogen gram negatif yang menjadi penyebab diare khususnya pada bayi dan anak-anak. Aptamer yaitu oligonukleotida rantai pendek yang memiliki afinitas, spesifisitas, dan selektivitas yang tinggi terhadap targetnya, dimana memiliki potesi untuk dikembangkan dalam metode diagnosa patogen. Melalui metode Systematic Evolution of Ligands by Exponential Enrichment (SELEX) telah berhasil diisolasi 6 DNA Aptamer spesifik terhadap bakteri EPEC K1.1, dimana merupakan strain bakteri E.coli yang di isolasi dari anak-anak penderita diare di Indonesia. Metode karakterisasi yang dilakukan untuk melihat spesifisitas pengikatan aptamer terhadap target bakteri didapatkan dua aptamer terbaik yaitu S8-7 dan S10-5, dengan nilai Kd yang berada pada rentang nanomolar. Pengembangan kedua aptamer terbaik sebagai biosensor (Aptasensor) berbasis AuNP (nanopartikel emas) terhadap bakteri target EPEC K1.1 menunjukan adanya sensitivitas deteksi bakteri pada 10⁷ CFU/mL untuk aptamer S8-7 dan 10⁸ CFU/mL untuk aptamer S10-5, dimana dengan inkubasi lebih lama dapat mendeteksi bakteri pada 10⁶ CFU/mL. Selanjutnya kedua aptamer tersebut menunjukkan spesifisitas deteksi terhadap bakteri EPEC K1.1 dibandingkan dengan bakteri uji yang lain. Hasil tersebut menunjukkan bahwa kedua aptamer berpotensi sebagai biosensor dalam mendeteksi keberadaan bakteri patogen EPEC K1.1.

---

Enteropathogenic Escherichia coli (EPEC) is a gram-negative pathogenic bacterium that can cause diarrhea, especially in infants and children. Aptamers are short chain oligonucleotides that have high affinity, specificity, and selectivity to their targets, which have the potential to be developed as a method of diagnosing pathogens. Through the Systematic Evolution of Ligands by Exponential Enrichment (SELEX) method, 6 DNA aptamer specific to EPEC K1.1 bacteria have been isolated. EPEC K1.1 is a strain of E.coli bacteria that isolated from children with diarrhea in Indonesia. The characterization method carried out to evaluate aptamer binding specificity to bacterial target and obtained two best aptamer, S8-7 and S10-5, with Kd values in the nanomolar range. The development of the best two aptamer as Aptasensor with AuNP (gold nanoparticles)-based biosensors against the target bacteria EPEC K1.1 showed bacterial detection sensitivity or LOD (limit of detection) in 10⁷ CFU/mL for aptamer S8-7 and 10⁸ CFU/mL for aptamer S10-5, where with longer incubation it can detect bacteria at 10⁶ CFU/mL. Furthermore, the two aptamer showed specificity detection against EPEC K1.1 bacteria compared to other test bacteria. These results indicate that both aptamers have potential as biosensors in detecting pathogenic bacteria EPEC K1.1.

"

"Penelitian ini mengembangkan metode deteksi spesies babi (Sus scrofa) pada sampel daging campuran menggunakan automasi ekstraksi DNA magLEAD gC. DNA dianalisis menggunakan PCR dan TaqMan probe RT-PCR dengan primer spesifik untuk gen Cytochrome c oxidase I (COI), Cytochrome b (Cytb), dan NADH5 dehydrogenase 5 (ND5). Hasil menunjukkan bahwa ekstraksi DNA otomatis menghasilkan konsentrasi DNA 129,4–388,5 ng/μL pada daging mentah dan 66,4–89,5 ng/μL pada bakso dengan rasio kemurnian A260/A280 dan 260/A230 > 1,8. Primer COI, Cytb dan ND5 dapat mendeteksi DNA babi. PCR dan RT-PCR in vitro menunjukkan ketiga primer hanya mendeteksi DNA babi. Efisiensi amplifikasi RT-PCR primer COI, Cytb, dan ND5 adalah 144,14% (R2=0,982), 88,05% (R2=0,998), dan 81,25% (R2=0,997) dengan batas deteksi 0,0001 ng/μL, 0,001 ng/μL, dan 0,001 ng/μL. Primer/probe Cytb dan ND5 mendeteksi bakso dengan campuran daging babi hingga 0,1% (w/w).

---

This study developed a method to detect pig species (Sus scrofa) in mixed meat samples using automated DNA extraction with the magLEAD gC. DNA was analyzed using PCR and TaqMan probe RT-PCR with specific primers for the genes Cytochrome c oxidase I (COI), Cytochrome b (Cytb), and NADH5 dehydrogenase 5 (ND5). Results showed that automated DNA extraction produced DNA concentrations of 129.4–388.5 ng/μL in raw meat and 66.4–89.5 ng/μL in processed meatballs with purity ratios A260/A280 dan 260/A230 > 1.8. The COI, Cytb and ND5 primers could be used to detect pig DNA. In vitro PCR and RT-PCR showed that all three primers only detected pig DNA. The RT-PCR amplification efficiency for COI, Cytb, and ND5 primers were 144,14% (R2=0,982), 88,05% (R2=0,998), dan 81,25% (R2=0,997) with detection limits of 0.0001 ng/μL, 0.001 ng/μL, and 0.001 ng/μL. The Cytb and ND5 primers/probes detected meatballs with pig meat content as low as 0.1% (w/w)."

"Perkembangan teknologi jaringan selular broadband saat ini diiringi oleh pertumbuhan berbagai aplikasi mobile yang berjalan di atas jaringan tersebut. Berbagai aplikasi tersebut membutuhkan sistem keamanan yang sangat handal seperti m-bankinng dan m-commerce. DNA (Deoxyribonucleic Acid) diyakini sebagai karakter biometric yang memiliki kemungkinan duplikasi nol (0), sehingga tingkat keunikannya benar-benar terjaga. Dengan demikian penggunaan DNA pada sistem keamanan dapat diandalkan. Guna mempersingkat proses verifikasi data diperkenalkan sistem CODIS 13 (Combined DNA Index System 13) yang dikembangkan FBI. Dengan CODIS 13, data DNA yang diverifikasi cukup dengan 13 bagian dari DNA yang merepresentasikan keunikan untuk setiap DNA. Pada skripsi ini, dibangun sistem aplikasi keamanan berbasis DNA yang diterapkan pada jaringan GPRS dan 3G yang sudah ada saat ini. Piranti lunak dibangun dengan J2ME platform yang melakukan proses digitalisasi data DNA-CODIS 13 pada mobile terminal (handset). Data DNA-CODIS 13 dipaketisasi berformat byte-byte untuk ditransmisikan pada jaringan GPRS dan 3G. Proses pengumpulan database DNACODIS 13 serta verifikasi dilakukan di terminal server. Dengan metode ini, memungkinkan aplikasi piranti lunak yang dibangun untuk diterapkan pada berbagai jenis mobile terminal yang telah mendukung jaringan GPRS dan 3G, tanpa perlu penambahan perangkat keras tambahan. Unjuk kerja aplikasi dianalisis dengan melakukan pengamatan terhadap besar kesalahan perbedaan data yang dikirim dengan data yang terkirim, serta delay waktu transmisi yang dibutuhkan dalam setiap pengiriman paket data. Skripsi ini menghasilkan sebuah aplikasi (software) sistem keamanan berbasis DNA yang berfungsi sebagai mediator antara handset dengan database server yang dapat diinstalasi di handset. Pembangunan server host sebagai database server juga dilakukan guna mendapatkan pengujian yang maksimal. Hasil yang didapat dalam proses registrasi maupun verifikasi data DNA menunjukkan tingkat true positive sebesar 100%. Dengan delay rata-rata untuk jaringan GPRS sebesar 5.0618 detik, sedangkan untuk jaringan 3G sebesar 37.848 detik.

---

Nowadays, the development of broadband cellular network technology has been followed by the growth of several mobile applications on the network technology mentioned. Several applications (e.g. mobile-banking, mobile-commerce) need any reliable security system running on them. DNA (Deoxyribonucleic Acid) has been ensured as biometric character that has a zero duplication probability. Therefore, the level of uniqueness on DNA can be truly kept. Furthermore, the usage of DNA on security system can be surely trusted and relied. In order to speed up the data verification process, has been recognized CODIS 13(Combined DNA Index System 13) developed by FBI. With CODIS 13, the data of DNA verified is only with 13 parts of DNA representating the uniqueness for each DNA.

In this development research, A security application system based on DNA has been built successfully running on the existing GPRS and 3G network. The software has been built based on J2ME platform processing DNA digitalization on mobile terminal (handset). The data of DNA has been packed and formatted as several bytes to be transmitted on GPRS and 3G network. The collection process of the DNA database has been actualized in server terminal. With these methods, enabling the secure software application built to be actualized on several kind of mobile terminals supporting GPRS and 3G network, without need to add any additional hardware.

The performance of secure application has been analyzed with obtaining toward any error probability of difference between data transmitted in the mobile terminal and data received in the server terminal, as well as delay of transmittal time needed in each of the data package sending. This research has made a based DNA secure application functioning as mediator between mobile terminal and database server (server terminal) that can be installed in the mobile handset. The construction of server host as database server has been also done in order to get a maximal testing.

The results achieved in DNA process of both registration and verification have showed that the level of true positive equals 100%. With the average delay for GPRS network equals 5.0618 seconds, whereas the average delay for 3G network equals 37.848 seconds."

"Sifat transpor muatan pada molekul DNA untai ganda dan DNA G4 telah dipelajari. Kami menggunakan dua model DNA yang direpresentasikan secara matematis dengan menggunakan model Hamiltonian tight binding. Model yang pertama adalah DNA untai ganda dengan panjang 32 pasangan basa yang disusun secara random. Transpor muatan untuk molekul DNA ini dipelajari dari probabilitas transmisi dan karakteristik I-V dengan memvariasikan hopping elektron inter-strand tegak lurus. Peningkatan hopping electron inter-strand tegak lurus menyebabkan probabilitas transmisi dan arus meningkat, tetapi saat temperaturnya dinaikkan probabilitas transmisi dan arus menurun. Model kedua adalah DNA G4, Sifat transpor muatan pada molekul ini dipelajari dari panjang lokalisasi dengan panjang 102 pasangan basa, density of states dan karakteristik I-V masing-masing dengan 32 tumpukan tetrad guanin, yang diberi pengaruh medan listrik dan temperatur, Probabilitas transmisi dan panjang lokalisasi dihitung menggunakan metode transfer matriks. Formula landauer Buttiker digunakan untuk menghitung karakteristik I-V. Metode fungsi green untuk menghitung probabilitas transmisi dan density of states. Hasil perhitungan medan listrik dan temperatur terhadap sifat transpor muatan yaitu menurunkan panjang lokalisasi, density of states, dan arus, saat meningkatnya medan listrik dan temperatur.

---

The charge transport property on double-stranded DNA and G4 DNA molecules has been studied. We use two DNA models that are mathematically represented using Hamiltonian tight binding models. The first model is double stranded DNA with length of 32 base pairs arranged randomly. The charge transport for this DNA molecule is studied from transmission probabilities and I-V characteristics by varying of electron hopping in perpendicular inter-strand. Increased of electron hopping in perpendicular inter-strand causes the transmission and current probabilities to increase, but when temperature is increased the transmission probabilities and current is decrease. The second model is DNA G4. The charge transport property in this molecule is studied from localization length with length of 102 base pairs, density of states and I-V characteristics with 32 stacks of guanine tetrads respectively that influenced of electric field and temperature. Transmission probability and localization length are calculated using matrix transfer method. The buttiker landauer formula is used to calculate the I-V characteristics. Green function method for calculating transmission probability and density of states. The result of electric field and temperature calculation on charge transport leads to decreasing localization length, density of states, and current, when increasing of electric field and temperature."