Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Protein APOBEC3G merupakan salah satu protein intrinsik sel imun manusia yang memiliki kemampuan antiretroviral terhadap infeksi HIV-1. Protein Vif HIV-1 dapat merangsang degradasi APOBEC3G sehingga penghambatan interaksi antara kedua protein tersebut melalui inhibitor berpotensi digunakan dalam pengembangan antiretroviral baru. Pengembangan antiretroviral baru melalui interaksi antara protein APOBEC3G dengan protein Vif HIV-1 memerlukan protein rekombinan APOBEC3G. Protein APOBEC3G diperoleh dengan cara melakukan ekspresi gen APOBEC3G yang telah dikloning ke dalam vektor ekspresi pQE-80L. Ekspresi protein APOBEC3G dilakukan dalam sistem ekspresi prokariota yaitu bakteri Escherichia coli BL21-CodonPlus (DE3). Ekspresi protein dilakukan pada tiga kondisi optimasi yaitu suhu, konsentrasi IPTG dan waktu inkubasi setelah induksi. Berdasarkan penelitian, APOBEC3G berukuran 43,08 kDa dapat diekspresikan paling optimal pada induksi IPTG 0,5 mM pada suhu 37oC waktu inkubasi 4 jam setelah induksi.

---

APOBEC3G is one of intrinsic protein in human immune system. It has an antiretroviral ability against HIV-1 infection. However, HIV-1 has Vif protein which stimulate degradation of APOBEC3G. Therefore, inhibition of interaction between both proteins by an inhibitor is potentially used in development of new antiretroviral agents. The development of new antiretroviral using interaction of APOBEC3G and Vif HIV-1 needs recombinant protein of APOBEC3G. This APOBEC3G recombinant protein can be produced by expression of APOBEC3G gene cloned into pQE-80L expression vector in prokaryotic system of Escherichia coli BL21-CodonPlus (DE3). Protein expression conducted in three optimization condition: themperature, IPTG concentration, and incubation time after induction. Based on this research, APOBEC3G which has 43,08 kDa molecular weight is expressed optimally in 0,5 mM IPTG induction at 37oC and incubation time 4 hours after induction."

"Selama ini pengobatan kanker serviks hanya menggunakan vaksin profilaktik yang bersifat preventif. Pengembangan vaksin terapeutik yang bersifat kuratif perlu dilakukan untuk penderita yang berada dalam tahap terinfeksi HPV-16 pra-kanker dan kanker. Akan tetapi, efektifitas dan keamanan kandidat vaksin terapeutik perlu diuji terlebih dahulu dengan uji interaksi onkoprotein E6 dengan protein penekan tumor p53. Oleh karena itu, tujuan penelitian ini adalah melakukan ekspresi protein p53. Protein p53 merupakan salah satu komponen sistem pendeteksi interaksi antigen E6 dengan p53. Ekspresi p53 menggunakan sel E. coli transforman dilakukan dengan pemberian induksi IPTG 1 mM selama 4 jam. Plasmid rekombinan pQE-80L_p53 mampu mengekspresikan protein p53 di dalam sel E. coli BL21 cp dengan berat molekul 54 KDa. Hasil western blotting menunjukkan sebuah pita berukuran 54 KDa yang sesuai dengan berat protein p53.

---

Over the last few years, cervix medication depends only on prophylactic vaccination. The development of therapeutic vaccination needs to be improved in order to treat HPV 16 infected patients. However, vaccines safety needs to be tested by examining interaction between E6 oncoprotein and p53 tumour suppressor protein. Therefore, p53 protein needs to be expressed as one of the system components. pQE 80L recombinant plasmid is capable to express p53 6xhis tagged using E. coli BL21 Codon Plus as a cell host. Western blot result showed that 4 hours of 1 mM IPTG induction produced a single band with the size of 54 kDa."

"Penyakit Jembrana adalah penyakit viral akut yang hanya menyerang sapi Bali (Bos sondaicus). Jembrana Transmembrane (JTM) merupakan salah satu protein viral yang dapat digunakan sebagai bahan pembuatan vaksin Jembrana. Penelitian bertujuan untuk mendapatkan nilai optimum kepadatan sel Escherichia coli BL21 terhadap ekspresi protein rekombinan JTM pGEX. Re-transformasi dilakukan untuk mendapatkan transforman baru yang memiliki plasmid yang masih aktif. Hasil re-transformasi diperoleh dua koloni transforman. Ekspresi protein rekombinan JTM-pGEX dilakukan dengan menggunakan induksi IPTG 100 mM pada nilai OD600 0,4; 0,6; dan 0,8. Hasil penelitian menunjukkan ekspresi protein rekombinan JTM-pGEX paling tinggi didapatkan pada nilai OD600 = 0,6 (hasil refolding) dan OD600 = 0,4 (hasil solubilisasi).

---

Jembrana disease is an acute viral disease in Bali cattle (Bos sondaicus). Jembrana Transmembrane (JTM) is one of viral protein which can be utilized as a material for Jembrana vaccine. The aim of the research was to determine the best value of Escherichia coli BL21 optical density in order to get optimal expression of recombinant protein JTM-pGEX. Re-transformasion was conducted to get new transformant which have an active DNA plasmid. The result showed two transformant colonies of Escherichia coli BL21. Expression of recombinant protein JTM-pGEX was carried out using induction IPTG 100 mM in OD600 0.4; 0.6; and 0.8. The result revealed that the best value of OD600=0.6 produced the highest expression of recombinant protein JTM-pGEX after refolding while OD600 0.4 produced the highest expression of recombinant protein JTM-pGEX after solubilization."

"Masih tingginya penderita kanker serviks dan keterbatasan vaksin profilaktik yang tidak memiliki efek terapeutik mendorong dikembangkannya vaksin Human Papillomavirus HPV yang bersifat terapeutik. Salah satu protein Human Papillomavirus HPV yang berpotensi sebagai vaksin terapeutik yaitu protein E6. Protein E6 yang bersifat alamiah diperlukan sebagai kontrol dalam uji keamanan vaksin. Studi ini bertujuan untuk mengekspresikan gen E6 yang sebelumnya telah diklona pada vektor pGEX-6P-1. Verifikasi plasmid rekombinan E6 dilakukan dengan elektroforesis gel agarosa, double digest, dan sekuensing. Ekspresi protein dilakukan pada sistem ekspresi prokariota yaitu Escherichia coli BL21-CodonPlus DE3. Ekspresi protein dilakukan pada suhu 37 C dan diinduksi IPTG dengan konsentrasi akhir 0,2 mM, 0,4 mM, dan 1 mM. Protein yang telah diperoleh divisualisasi dengan SDS-PAGE 12 dan dikarakterisasi dengan western blot. Analisis menggunakan perangkat lunak genscript menunjukan bahwa ekspresi protein E6 memiliki laju ekspresi yang rendah dengan nilai Codon Adaptation Index CAI 0,57, kandungan GC 38,56, dan Codon Frequency Distribution CFD 20 . Keberadaan protein E6 dideteksi dengan western blot menggunakan antibodi poliklonal dan hasil western blot menunjukkan adanya protein E6 berukuran 44 kDa.

---

The high prevalence of cervical cancer and the limited prophylactic vaccine that does not have a therapeutic effect encourage the development of the therapeutic Human Papillomavirus HPV vaccine. One of the proteins of Human Papillomavirus HPV which is potential as a therapeutic vaccine is E6 protein. A natural E6 protein is required as a control in vaccine safety testing. This study aims to express the previously cloned E6 gene in the pGEX 6P 1 vector. Verification of recombinant plasmid E6 was performed with agarose gel electrophoresis, double digest, and sequencing. Protein expression was performed on the prokaryotic expression system Escherichia coli BL21 CodonPlus DE3. Protein expression was performed at 37 C and induced with IPTG with a final concentration of 0.2 mM, 0.4 mM, and 1 mM and was characterized by western blot. The obtained protein was visualized with SDS PAGE 12. Analysis using genscript software showed that E6 protein expression had low expression rate with Codon Adaptation Index CAI 0,57, GC content 38,56, and Codon Frequency Distribution CFD 20. The presence of E6 protein was detected by western blot using polyclonal antibody and the western blot result indicated the presence of E6 protein at 44 kDa."

"Masalah limbah plastik polietilena tereftalat (PET) di Indonesia menjadi perhatian yang serius karena penguraiannya lambat dan berpotensi merusak lingkungan. Solusi yang menjanjikan adalah Ideonella sakaiensis polyethylene terephthalate hydrolase (IsPETase) yang dapat mendegradasi plastik dengan lebih cepat. IsPETase sebelumnya telah diekspresikan di Escherichia coli BL21 (DE3). Namun, IsPETase masih terekspresikan secara insoluble sehingga IsPETase perlu diamati ekspresi gen dan optimasi kondisi ekspresi pada E. coli Arctic Express (DE3). Penelitian bertujuan untuk mengamati ekspresi gen PETase pada E. coli Arctic Express (DE3) dan menentukan kondisi optimal untuk ekspresi. Penelitian ini melibatkan berbagai tahapan seperti peremajaan kultur rekombinan, produksi protein, dan pemanenan, yang dioptimalkan untuk kondisi ekspresi. Ekspresi gen PETase diamati pada fraksi ekstraseluler (dipekatkan), periplasmik (dipekatkan), dan sitoplasmik. Fraksi ekstraseluler belum terekspresikan secara optimal sehingga optimasi kondisi ekspresi dilanjutkan pada fraksi sitoplasmik (soluble) dengan media pertumbuhan Luria Bertani (LB), induksi IPTG 1,0 mM selama 8 jam, dan waktu sonikasi selama 10 menit menghasilkan aktivitas spesifik PETase 0,07 U/mg. Namun, pemurnian protein dan ekspresi perlu dilakukan dengan sel inang Bacillus.

---

The problem of polyethylene terephthalate (PET) plastic waste in Indonesia has become a serious concern due to its slow degradation and potential environmental damage. A promising solution is Ideonella sakaiensis polyethylene terephthalate hydrolase (IsPETase), which can degrade plastic faster. IsPETase has been expressed in Escherichia coli BL21 (DE3), but it is still expressed insolubly, so the expression of the gene and the optimization of the expression conditions in Escherichia coli Arctic Express (DE3) need to be observed. This study aims to observe the PETase gene expression in E. coli Arctic Express (DE3) and determine the optimal conditions for expression. This study involves various stages, such as refreshing culture, protein production, and harvesting, which are optimized for expression conditions. PETase gene expression was observed in the extracellular (concentrated), periplasmic (concentrated), and cytoplasmic soluble fractions. The extracellular fraction has not been optimally expressed, so expression optimization continued in the cytoplasmic fraction with Luria Bertani (LB) growth medium, IPTG induction of 1.0 mM for 8 hours, and sonication time for 10 minutes, resulting in specific activity of 0.07 U/mg. However, protein purification is required and expression is performed with Bacillus host cells."

"Gen CSF3 merupakan gen penyandi human granulocyte-colony stimulating factor hG-CSF. Gen CSF3 yang digunakan dalam penelitian ini merupakan gen sintetik dari penelitian terdahulu disebut CSF3syn yang dikonstruksi secara in vitro. Gen tersebut mengandung kodon preferensi Escherichia coli dan telah berhasil digunakan untuk mengekspresikan protein hG-CSF rekombinan pada E. coli menggunakan plasmid ekspresi berbasis promotor T7. Gen CSF3syn disubkloning ke dalam plasmid ekspresi yang mengandung promotor rhaBAD pada penelitian ini. Promotor ini dapat terinduksi oleh rhamnose dalam media sebagai sumber karbon. Tujuan penelitian ini adalah mendapatkan konstruk plasmid rekombinan pJ804-mCSF3 sebagai sumber vektor alternatif untuk produksi protein hG-CSF rekombinan pada sistem ekspresi E. coli menggunakan plasmid berbasis promotor rhaBAD. Konstruksi plasmid dilakukan melalui subkloning gen CSF3syn ke dalam plasmid pJ804. Terdapat dua varian gen CSF3syn yang digunakan, yaitu mCSF3-ori dan mCSF3-new2. Kedua gen tersebut diisolasi masing-masing dari plasmid pJ414-mCSF3-ori dan pJ414-mCSF3-new2 setelah didigesti dengan enzim restriksi NdeI dan XhoI. Gen target dan plasmid selanjutnya diligasi dan plasmid rekombinan yang diperoleh diklon ke dalam E. coli DH5?. Sebanyak 12 dari 30 koloni transforman pJ804-mCSF3-ori dan 7 dari 44 koloni transforman pJ804-mCSF-new2, positif menunjukkan pita gen CSF3syn sebesar 558 pb setelah diverifikasi menggunakan teknik PCR koloni dan PCR plasmid. Analisis digesti plasmid menggunakan enzim NdeI dan XhoI mengonfirmasi situs ligasi dan ukuran dari plasmid rekombinan yang diperoleh 4.723 pb. Plasmid rekombinan pJ804-mCSF-ori dan pJ804-mCSF3-new2 telah berhasil dikonstruksi.

---

CSF3 is a gene that encodes the human granulocyte colony stimulating factor hG CSF. The CSF3 gene used in this study was a synthetic gene from a previous study called CSFsyn that was constructed in vitro. The gene contains the Escherichia coli codon preference and has been successfully used to express the recombinant hG CSF protein in E. coli using T7 promoter based expression plasmid. The CSF3syn gene was subcloned into an expression plasmid containing rhaBAD promoter in this study. This promoter can be induced by rhamnose in the media as a carbon source. The purpose of this study was to obtain a recombinant plasmid construct of pJ804 mCSF3 as an alternative vector source for the production of recombinant hG CSF protein in an E. coli expression system using rhaBAD promoter based plasmid. The plasmid construction was performed by subcloning the CSF3syn gene into the pJ804 plasmid. There are two variants of CSF3syn genes used, mCSF3 ori and mCSF3 new2. The two genes were isolated from pJ414 mCSF3 ori and pJ414 mCSF3 new2 plasmids respectively after digestion using NdeI and XhoI restriction enzymes. The target genes and plasmid were subsequently ligated and recombinant plasmid obtained were cloned into E. coli DH5 . Twelve out of the 30 transformant colonies of pJ804 mCSF3 ori and 7 out of 44 transformant colonies pJ804 mCSF new2, positively demonstrated the presence of CSF3syn gene band of 558 bp. Those colonies have been verified using colony PCR and plasmid PCR techniques. Plasmid digestion analysis using NdeI and XhoI enzymes confirmed ligation site and size of the recombinant plasmids obtained 4.723 bp. Recombinant plasmids pJ804 mCSF ori and pJ804 mCSF3 new2 have been successfully constructed."

"Menurut data statistik WHO, kanker merupakan salah satu penyebab kematian terbesar di dunia, dengan 8,2 juta kematian dari 14 juta kasus kanker terhitung di tahun 2012. Lebih spesifik untuk wilayah Asia Tenggara, WHO mencatat 1,72 juta kasus dengan 1,17 juta kematian. Apoptin banyak diteliti sebagai protein dengan potensi terapi kanker, karena memiliki kemampuan menginduksi apoptosis di sel kanker secara spesifik. Potensi apoptin mendorong penelitian untuk apoptin dengan kemampuan penetrasi baik dan produksi dalam skala lebih besar. Dalam penelitian ini, telah dilakukan modifikasi apoptin dari chicken anemia virus dengan menggunakan affinity tag (His)6 , tag (Arg)8 untuk peningkatan penetrasi dan (HlyA) untuk sekresi apoptin keluar dari sel inang Escherichia coli ke media pertumbuhan sel secara genetik. Penambahan affinity tag (His)6 memungkinkan apoptin dipurifikasi dalam 1 langkah menggunakan kolom kromatografi nikel. Pelepasan (His)6 dan HlyA tag dirancang untuk dilakukan dengan menggunakan situs proteolitik thrombin. Protein diekspresikan dalam sel Escherichia coli strain BL21 pLysS, dan BL21 CodonPlus pada suhu 37oC dan 28oC. Analisis dilakukan dengan SDS PAGE memberikan hasil bahwa protein terekspresi dengan ukuran antara 20-25 kDa. Konfirmasi protein dilakukan dengan purifikasi kromatografi afinitas Nikel.

---

Based on WHO statistica data, cancer is one of the deadliest disease in the world, with 8,2 millions of deaths out of 14 million of cases in 2012. More specifically in South East Asia, WHO data showed 1,72 million of cases with 1,17 million of deaths. Apoptin intensively studied for its potential as a therapeutic protein for cancer treatment, since it able to induce apoptosis in cancer cells specifically. The apoptin potential drives researcher to produce apoptin in larger scale. In this research, chicken anemia virus apoptin have been modified by adding (His)6 tag, (Arg)8 tag and HlyA tag for purification, penetration and secretion from Escherichia coli to the growth media proposed. The addition of (His)6 tag enable apoptin to be purified in 1 step using nickel chromatography column. Removal of (His)6 tag and HlyA tag designed using specific thrombin proteolytic site. Protein expressed in Escherichia coli strain BL21 pLysS, and BL21 CodonPlus in temperature of 37oC and 28oC. Analysis done by SDS PAGE shows that the protein expressed with size between 20-25 kDa. Further confirmation done by Nickel affinity chromatography."

"ABSTRAKNANA liase adalah enzim yang mengkatalisis proses reversibel Nacetyl neuraminic acid (NeuSAc) atau asam sialat menjadi N-acetyl mannosamin (ManNAc) dan piruvat. Enzim NANA liase dihasilkan oleh bakteri patogen dan non patogen, antara lain dari Clostridium perfringens,Escherichla coii dan HaemophHus inHuenzae. Untuk mendapatkan enzim NANA liase dalam jumlah yang besar perlu dilakukan studi tentang rekayasa genetika. Pada penelitian sebelumnya telah dilakukan kloning teitiadap gen nanA dari Lactobacilius plantarum. Tujuan jangka panjang dari penelitian sebelumnya adalah rekayasa protein dengan mutasi pada segmen DNA. Rekayasa protein dengan mutasi pada segmen DNA dibutuhkan sedikitnya dua gen yang berbeda. Oleh karenanya dibutuhkan gen lain, sebagai pasangan dari gen nanA-Lplantarum. Penelitian ini terfokus untuk mengkonstruksi vektor gen penyandi enzim NANA liase dari bakteri Escherichla coli. Gen nanA dari E.co//dipilihsebagai pasangan gen nanA-Lplantarum karena gen nanA dari E.coli telah terkarakterisasi dengan baik. Penelitian ini menggunakan metode Isolasi DNA dengan CTAB, amplifikasi PGR dan teknik kloning. Isolasi DNA dengan CTAB dilakukan untuk mendapatkan DNA dari E.coli. Teknik PGR dilakukan untuk mengamplifikasi gen yang menyandi enzim NANA liase, dimanamenggunakan primer forward yang memiliki situs pemotongan terha(;lap EcoRI dan primer reverse yang memiliki situs pemotongan terhadap Hindlli Sedangkan teknik kloning, yang terdiri dari ligasi, transformasi dan seleksi bertujuan untuk mendapatkan vektor ekspresi yang tersisipi gen penyandi enzim NANA liase. Teknik amplifikasi PGR yang dilakukan berhasil mengampiifikasi gen penyandi enzim NANA liase, nan A (0,9 kb) yang memiliki situs pemotongan EcoRI dan HindWl Gen yang didapat disisipkan ke dalam vektor ekspresi pTrcSSA (4,1 kb), selanjutnya ditransformasi ke dalam E.coli DH5a dan menghasilkan 35 transforman. Transfonman yang dihasilkan diambil 7 koloni untuk dikonfirmasi dengan elektroforesis gel agarosa, dantemyata terdapat tiga koloni yang tersisipi pTrc99A-nani E.coii (E/H) (5,0 kb). Selanjutnya dari tiga koloni tersebut diambil satu koloni dan diuji kembalidengan teknik PGR. Pada penelitian ini dilakukan uji sekuen yang bertujuan untuk memastikan tidak terjadinya mutasi selama pengerjaan. Sekuen gen yang didapat telah dikonfirmasi dan ternyata tidak berbeda dengan sekuengen yang dipublikasikan. Hal ini membuktikan bahwa tidak terjadinya mutasi selama pengerjaan. Vektor yang dihasilkan dapat digunakan untuk eksperimen berikutnya yaitu (a) produksi enzim rekombinan NANA liase, dan (b) sebagai pasangan gen nanA dari LactobaciHus plantarum untuk rekayasa protein dengan mutasi segmen DNA."

"Human Epidermal Growth Factor (hEGF) merupakan polipeptida yang terdiri atas 53 asam amino. Protein hEGF berfungsi untuk proliferasi sel epitel dan epidermis secara in vitro dan in vivo. Protein hEGF dikode oleh gen EGF. Gen EGFsyn telah dikonstruksi secara sintetik untuk optimasi kodon pada Escherichia coli. Optimasi kodon berfungsi untuk meningkatkan ekspresi protein rekombinan pada E. coli. Subkloning gen EGFsyn ke plasmid pJ404 yang mengandung gen peptida sinyal endoxylanase sangat diperlukan dalam ekspresi protein hEGF rekombinan pada E. coli. Kendala ekspresi protein rekombinan pada E. coli yaitu terbentuknya badan inklusi di sitoplasma. Peptida sinyal endoxylanase digunakan untuk mentranslokasi protein ke periplasma. Digesti gen EGFsyn dan vektor pJ404 dengan enzim NheI dan BamHI diperlukan untuk persiapan subkloning dan ekspresi protein hEGF ke periplasma. Hasil penelitian menunjukkan bahwa gen EGFsyn dan plasmid pJ404 berhasil dipotong dan siap digunakan untuk subkloning.

---

Human Epidermal Growth Factor (hEGF) is a polypeptide consisted of 53 amino acids. Its function is to promote epithel and epidermis cells proliferation in vitro and in vivo. It is encoded by EGF gene. An EGFsyn has been constructed to optimize codon usage in Escherichia coli. Codon optimization enhances recombinant protein expression in E. coli. Subcloning EGFsyn gene to a plasmid carrying endoxylanase signal peptide gene is important for recombinant hEGF expression in E. coli. One of the problem expressing recombinant protein in E. coli is the accumulation of inclusion bodies in cytoplasm. Endoxylanase signal peptide is used to translocate protein to periplasm. Digestion of EGFsyn gene and plasmid pJ404 by enzyme NheI and BamHI is needed for preparation of subcloning and hEGF expression to periplasm. The results showed that EGFsyn gene and plasmid pJ404 was digested and can be used for subcloning."