Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Epidermal growth factor receptor variant III (EGFRvIII) is a mutant EGFR lacking 267 amino acids (exon-2 throught 7) within its extracellular domain, resulting in the formation of a new epitope as a tumor-Antibodies ..."

"Phospholipid is a lipoprotein particle that contains a specific protein called apolipoprotein. Apolipoprotein is the outer, exposed portion of negatively charged phos-pholipids (aiiionic phospholipids), which functions as enzyme or specific protein binding agents. The cell wall is formed by phospholipids, while apolipoproteins in the outer portion of the cell wall function as uptake receptors."

"Latar belakang: Imunotoksin adalah salah satu bentuk terapi target pada kanker berupa konjugasi antara antibodi monoklonal dengan molekul toksin Antibodi menghantarkan toksin ke sel kanker dan menyebabkan kematian sel. Pada penelitian ini, toksin mitokondria asam bongkrek dikonjugasikan dengan antibodi anti-CD3 menjadi senyawa konjugat asam bongkrek-antibodi anti-CD3, dan digunakan SMDT sebagai model uji spesifisitas. Tujuan: Penelitian ini bertujuan untuk mensintesis senyawa konjugat antara asam bongkrek dengan antibodi monoklonal anti-CD3 dan uji spesifisitas secara in-vitro pada SMDT. Metode: Uji in-silico dilakukan untuk memprediksi situs konjugasi. Sintesis imunotoksin asam bongkrek-antibodi anti-CD3 dilakukan secara kimiawi menggunakan penaut EDC.HCl/Sulfo-NHS. SMDT digunakan sebagai model uji spesifisitas. Hasil: Molecular docking menunjukkan bahwa asam amino lisin, asparagin dan glutamin dari Fc IgG2a berinteraksi secara kovalen dengan gugus karboksilat dari asam bongkrek. Serapan senyawa konjugat pada panjang gelombang 280 nm dan 260 nm menunjukkan adanya serapan protein dan asam bongkrek. Inkubasi SMDT dengan senyawa konjugat menunjukkan jumlah sel hidup yang lebih tinggi dibandingkan dengan inkubasi asam bongkrek (p<0.05) ataupun dengan antibodi anti-CD3 (p<0.05). Kesimpulan: Uji in-silico menunjukkan adanya interaksi antara gugus karboksilat dari asam bongkrek dengan gugus amina primer dari imunoglobulin. Uji in-vitro senyawa konjugat menunjukkan efek sitotoksik lebih rendah dibandingkan dengan asam bongkrek maupun antibodi anti-CD3.

---

Background: Immunotoxin is a form of targeted therapy in cancer in the form of conjugation between monoclonal antibodies and toxins. Antibodies will deliver toxins to cancer cells and cause cell death. In this study, mitochondrial toxin bongkrekic acid was conjugated with anti-CD3 monoclonal antibodies into anti-CD3 monoclonal antibody-bongkrekic acid conjugate, and PBMC was used as a specificity test model.

Objective: This study aims to synthesize conjugate between bongkrekic acid with anti-CD3 monoclonal antibodies and in-vitro specificity tests on PBMC. Method: An in-silico test was performed to predict the conjugation site. The synthesis of anti-CD3 monoclonal antibody-bongkrekic acid was carried out chemically using EDC.HCl/Sulfo-NHS crosslinker. PBMC was used as a specificity test model.

Results: Molecular docking showed that the amino acids lysine, asparagine, and glutamine from Fc IgG2a interact covalently with the carboxylic group of bongkrekic acid. The spectroscopy measurement of conjugate compounds at wavelengths of 280 nm and 260 nm indicates the absorption of proteins and bongkrekic acid. PBMC incubation with conjugate compounds showed a higher number of living cells compared to bongkrekic acid (p<0.05) or with anti-CD3 antibodies (p < 0.05).

Conclusion: In-silico studies show an interaction between the carboxylic group of bongkrekic acid and the primary amine group of immunoglobulin. In-vitro assays of conjugate compounds showed lower cytotoxic effects compared to bongkrekic acid and anti-CD3 antibodies."

"Latar belakang: PLI awalnya dilakukan pada tahun 1981 untuk mengatasi kasus-kasus klinis seperti keguguran berulang dan meningkatkan keberhasilan In-Vitro Fertilization (IVF) di beberapa negara. PLI menstimulasi dan mengaktifkan imunotoleran pada sistem imun ibu. Toleransi imun pada ibu dibutuhkan untuk terjadinya konsepsi. Keseimbangan Th1/Th2 dan Treg berperan penting dalam kehamilan. Kejadian ASA pada pasangan infertil sebanyak 10-30%. Keberhasilan PLI dalam mengatasi kasus-kasus klinis dan menurunkan ASA telah terbukti, namun mekanisme imun yang terjadi setelah pemberian PLI belum diketahui. Penelitian ini ingin mengetahui mekanisme imun yang terjadi setelah PLI pada perempuan dengan infertilitas yang tidak terjelaskan dengan melakukan analisis terhadap ASA, IL6, IL10, IFNγ, IDO, dan populasi sel Treg CD4⁺CD25⁺Foxp3⁺. Metode: Desain penelitian ini adalah analitik observasional. Penelitian dilaksanakan di RSIA Sayyidah Jakarta pada bulan Juni 2018 s.d April 2019. Sampel penelitian ini adalah 16 perempuan infertil tidak terjelaskan dengan titer ASA > 1:128. Hasil: PLI dapat menurunkan ASA. Rasio kenaikan persentase sel Treg  CD4⁺CD25⁺FoxP3⁺ yang tinggi setelah 6 kali PLI lebih besar (50%) dibandingkan 3 kali PLI (20%) namun belum ditemukan pengaruhnya secara bermakna terhadap frekuensi PLI. Kenaikan rasio IL10 post/awal penelitian yang tinggi lebih besar (75%) pada kelompok dengan persentase penurunan titer ASA sedikit dibandingkan pada kelompok persentase penurunan titer ASA banyak (11,1%), hal ini berbanding terbalik dengan hipotesis. Tidak terdapat perbedaan bermakna rasio IL6 (p 0,089), IFNγ (p 0,959), dan IDO post/awal penelitian dengan persentase penurunan titer ASA setelah PLI. Kenaikan IFNγ yang tinggi diikuti oleh kenaikan rasio IDO post/awal penelitian dan kenaikan persentase populasi sel Treg CD4⁺CD25⁺FoxP3^+. Simpulan: PLI menurunkan ASA pada perempuan dengan infertilitas tidak terjelaskan. Terdapat kenaikan rasio populasi sel Treg CD4⁺CD25⁺FoxP3⁺ setelah PLI namun kenaikan rasio populasi sel Treg CD4⁺CD25⁺FoxP3⁺ belum ditemukan pengaruhnya secara bermakna terhadap frekuensi PLI. Tidak didapatkan peningkatan IL10, IL6, IFNγ dan kadar IDO setelah penurunan ASA pada perempuan infertilitas tidak terjelaskan yang mendapatkan PLI. Terdapat korelasi antara kadar IFNγ, IDO, dan populasi sel Treg

---

Background: PLI is firstly introduced in 1981 to treat clinical cases such as recurrent misscarriage or increase success rate of IVF in various countries. PLI stimulate and activate immunotolerancy to maternal immune systems. Maternal immune tolerancy is required for conceptions. Th1 and Th2 balance ratio and Treg play role during pregnancy. ASA occured in 10-30% of infertility couples. PLI successness to overcome clinical cases and decrease ASA has been demonstrated. However, immune mechanism after PLI treatment were remained unclear. This research aim to understand immune mechanism after PLI in female with unexplained infertility by analyzed ASA, IL6, IL10, IFNγ, IDO, Treg CD4⁺CD25⁺Foxp3⁺ cells populations.

Methods : This research using observational analysis. The research were conducted in RSIA Sayyidah Jakarta from Juni 2018 to April 2019. Samples were 16 female with unexplained infertility with ASA titre > 1:128.

Result: PLI can decrease ASA. Increase ratio of Treg CD4⁺CD25⁺FoxP3⁺ percentages was higher after 6 times of PL1 (50%) compared to 3 times of PLI (20%). However no significant effect to PLI frequencies observed. Increase ratio of IL10 at post/early research was higher (75%) in groups with moderate decrease of ASA titre compared to groups with significant decrease of ASA titre (11%), this is contradictive to the hypothesis. No significant differences of IL6 (p 0.089), IFNγ (p 0.959), and IDO at post/early of this research with decrease ASA titre percentages after PLI. A significant increase of IFNγ were followed by increase ratio of IDO at post/early research and increase percentages of Treg CD4⁺CD25⁺FoxP3⁺.

Conclusion: PLI can decrease ASA in female with unexplained infertility. Increase ratio of Treg CD4⁺CD25⁺FoxP3⁺ populations were observed after PLI. However, the effect to PLI frequencies were not observed. No increase of IL10, IL6, IFNγ dan IDO level after decrease of ASA in female with unexplained infertility that received PLI. Correlations of IFNγ , IDO, and Treg populations was founded."

"Penelitian bertujuan untuk memperoleh Pichia pastoris transforman yang mengandung gen anti-TfR-scFv dan mengekspresikan protein rekombinan anti-TfR-scFv. Protein tersebut merupakan fragmen antibodi untai tunggal (singlechain-variable-domain, scFv) yang mengenali protein reseptor transferin yang dijumpai pada permukaan sel manusia. Gen anti-TfR-scFv telah diklon ke dalam vektor ekspresi pPICZ di bawah kontrol promoter terinduksi PAOX1 dan di fusi dengan sinyal sekresi MF- (mating factor-) dari Saccharomyces cerevisiae. Gen anti-TfR-scFv juga di fusi dengan gen EGFP (enhanced green fluorescent protein) pada ujung-C. Vektor rekombinan pPICZα_TfR_EGFP ditransformasi ke dalam P. pastoris SMD1168H menggunakan teknik elektroporasi.Hasil penelitian menunjukkan bahwa vektor rekombinan berhasil ditransformasikan ke dalam genom P. pastoris. Sebanyak 22 koloni transforman berhasil diperoleh dengan tingkat efisiensi transformasi sebesar 0,062x103 cfu/μg DNA. Proses seleksi transforman dilakukan pada medium seleksi YPD agar yang mengandung zeocin. Uji fenotipe Mut (methanol utilization) terhadap tujuh klona transforman memperlihatkan dua klona termasuk Mut+, empat klona MutS dan satu klona Mut-. Protein rekombinan telah berhasil diekspresikan secara ekstraselular. Visualisasi menggunakan mikroskop flouresen menunjukkan adanya pendaran fluoresen dari protein EGFP pada P. pastoris transforman yang mengindikasikan bahwa protein rekombinan telah terekspresi dengan benar. Analisis SDS-PAGE dan Western blotting menunjukkan protein rekombinan (±50kDa) berhasil dideteksi.

---

This research aimed to obtain Pichia pastoris transformant containing anti-TfRscFv gene which express anti-TfR-scFv recombinant protein. This recombinant protein consist of a single-chain-variable-domain (scFv) recognizing the extracellular domain of human_transferrin_receptor found on the surface of human cell. The anti-TfR-scFv gene was cloned into pPICZ expression vector under the control of inducible promoter PAOX1 and fused with MF- (mating factor-) secretion signal from Saccharomyces cerevisiae. The gene was also fused at the C-terminal with EGFP (enhanced-green-fluorescent-protein) reporter gene. The recombinant vector pPICZα_TfR_EGFP has been transformed into P. pastoris SMD1168H using electroporation technique.

The results showed that the recombinant vector has been successfully transformed into P. pastoris genome. A number of 22 transformant colonies has been obtained with a transformation efficiency number of 0,062x103 cfu/μg DNA. Screening process of transformants was carried out on YPD agar medium containing zeocin. Assay on the Mut (methanol utilization) phenotype of seven transformant clones showed that two of them are Mut+, four are MutS and one is Mut-. The recombinant protein was successfully expressed and secreted from the cell. Visualization using fluorescence microscopy showed fluorescent light coming out from the transformant cells, proving that the recombinant protein has been correctly expressed. The SDS-PAGE and Western blotting analyses showed that the recombinant protein (±50kDa) has been detected."

"ABSTRAKEpidermal growth factor receptor variant III (EGFRvIII) adalah salah satu varian mutan dari protein human EGFR. Mutasi yang terjadi pada EGFR menyebabkan terjadinya kanker. Berbagai mutan EGFR, termasuk EGFRvIII, telah banyak dipelajari karena potensinya sebagai molekul target dalam terapi kanker. Gen penyandi domain ekstraselular EGFRvIII telah berhasil dikonstruksi pada penelitian sebelumnya untuk studi ekspresi protein sebagai molekul target dalam terapi kanker. Penelitian bertujuan untuk subkloning gen EGFRvIII ke dalam plasmid ekspresi pPICZ? dan transformasi plasmid rekombinan ke dalam sel Pichia patoris SMD1168H. Fragmen gen EGFRvIII diperoleh melalui amplifikasi secara in vitro dengan teknik PCR plasmid pJ404-EGFFRvIII-bfp. Gen EGFRvIII tersebut telah terfusi dengan gen bfp penyandi blue fluorescent protein BFP pada ujung-C. Fusi gen tersebut disubklon ke dalam plasmid pPICZ? pada situs XhoI untuk memperoleh plasmid pPICZa-EGFRvIII-bfp . Plasmid rekombinan ditransformasikan ke dalam sel E. coli TOP10 F rsquo; dengan metode kejut panas. Plasmid rekombinan diseleksi dan dikarakterisasi dengan analisis PCR dan sequencing. Plasmid yang telah dikonfirmasi susunan basa dan ukurannya ditransformasikan ke dalam sel P. pastoris SMD1168H dengan metode elektroporasi untuk ekspresi protein rekombinan. Hasil penelitian menunjukkan bahwa fusi gen EGFRvIII-bfp 1317 bp telah berhasil disubklon ke dalam plasmid pPICZ? dan plasmid rekombinan pPICZ?-EGFRvIII-bfp berhasil ditransformasikan ke dalam P. patoris SMD1168H dengan efisiensi transformasi sebesar 90 CFU/ g DNA plasmid.

---

ABSTRACTEpidermal growth factor receptor variant III EGFRvIII is one of the mutant variant of the EGFR protein. Mutations that occur in EGFR cause cancer. Various mutants of EGFR, including the mutant variant III have been widely studied because of their potential as target molecules in cancer therapy. The extracellular domain coding EGFRvIII gene has been successfully constructed in previous studies for the study of protein expression as a molecule target in cancer therapy. The objective of research are to subclone the EGFRvIII gene into the pPICZ expression plasmid then recombinant plasmid transformation into Pichia patoris SMD1168H cells. Epidermal growth factor receptor variant III EGFRvIII gene fragment was obtained with in vitro amplification by PCR of pJ404 EGFFRvIII bfp plasmid. Epidermal growth factor receptor variant III EGFRvIII gene has been fused with the bfp gene encoding blue fluorescent protein BFP at the C end. The gene fusion was subcloned into the pPICZ at the XhoI site to obtain the pPICZa EGFRvIII bfp plasmid. Recombinant plasmid was transformed into E. coli TOP10 F 39 cells by heat shock method. Recombinant plasmids were selected and characterized by PCR analysis and sequencing. The confirmed plasmid of the base structure and size is transformed into the P. pastoris SMD1168H cell by an electroporation method for the expression of the recombinant protein. Results showed that the fusion of the EGFRvIII bfp 1317 bp gene was successfully subcloned into the pPICZ and the recombinant plasmid pPICZ EGFRvIII bfp was successfully transformed into P. patoris SMD1168H with a transformation efficiency of 90 CFU g DNA plasmid."

"Explains when and how you can use them to most effectively combat cancer. This concise, practical oncology reference examines more than 120 targeted therapy agents for which clinical trial data are available."

"Lignoselulosa dapat dijadikan sebagai biomassa untuk menghasilkan produk bahan bakar. Hidrolisis biomassa lignoselulosa menggunakan enzim selulase. Selulase mengandung dari 3 komplek enzim yaitu, eksoglukanase, endoglukanase dan betaglukosidase Namun, betaglukosidase memiliki jumlah lebih sedikit daripada eksoglukanase dan endoglukanase. Semakin sedikit betaglukosidase dapat memicu proses hidrolisis selulosa terhambat, oleh karena itu pengembangan betaglukosida perlu dilakukan dengan diekpresikan ke dalam Pichia pastoris. Transformasi plasmid pLIPI-TnBgl1A dilakukan dengan metode elektroporasi, sedangkan ekspresi gen dan hasil purifikasi protein rekombinan dianalisis menggunakan SDS-PAGE dan Western blot. Gen betaglukosidase dari Thermotoga neapolitana berhasil ditransformasikan kedalam Pichia pastoris. Transforman yang telah diseleksi menghasilkan 2 koloni positif. Berat molekuler protein diperkirakan sekitar 53 kDa dan jumlah protein estimasi 1 mg/mL dan 1,4 mg/mL. Hasil analisis kemurnian protein rekombinan melalui SDS PAGE dan western blot memperlihatkan pita tepat di 53 kDa. Jumlah yield protein yang terpurifikasi didapatkan sekitar 21,4 % dan 24,1%. Hasil menunjukkan bahwa gen TnBgl1A telah berhasil ditransformasi dan terekspresikan dengan baik di Pichia pastoris dan protein rekombinan berhasil dipurifikasi dengan kemurnian yang cukup baik.

---

Lignocellulose can be used as biomass to produce fuel products. Hydrolysis of lignocellulosic biomass using the cellulase enzyme. Cellulase contains 3 enzyme complexes, there are exoglucanase, endoglucanase and betaglucosidase. However, betaglukosidase has less amount than exoglucanase and endoglucanase. The less betaglucosidase can trigger the cellulose hydrolysis process is inhibited, therefore the development of betaglucoside needs to be done by expressing it into Pichia pastoris. Transformation of the pLIPI-TnBgl1A plasmid was performed by electroporation method, while gene expression and recombinant protein purification results were analyzed using SDS-PAGE and Western blot. The betaglucosidase gene from Thermotoga neapolitana was successfully transformed into Pichia pastoris. Transformants that have been selected produce 2 positive colonies. The molecular weight of protein is estimated to be around 53 kDa and the estimated protein amount is 1 mg/mL and 1.4 mg/mL. The results of the analysis of recombinant protein purity through SDS PAGE and western blot show the right band at 53 kDa. The amount of purified protein yield was around 21.4% and 24.1%. The results showed that the TnBgl1A gene was successfully transformed and well expressed in Pichia pastoris and the recombinant protein was purified with good purity."

"

Chikungunya merupakan penyakit menular yang bersifat re-emerging atau penyakit lama yang dapat tersebar kembali. Penyakit yang disebabkan virus chikungunya ini memiliki manifestasi klinis non-spesifik sehingga dibutuhkan metode diagnosis yang cepat dan akurat. Protein E2 yang dikode oleh gen E2 pada virus chikungunya berperan penting sebagai pengikatan reseptor sehingga berpotensi untuk digunakan dalam proses diagnosis penyakit chikungunya. Penelitian ini bertujuan menghasilkan protein rekombinan E2 sebagai bahan dasar produksi antibodi monoklonal yang akan digunakan dalam pengembangan perangkat diagnostik penyakit chikungunya. Metode penelitian yang dilakukan mencakup pembentukan plasmid rekombinan pPICZaA-E2, transformasi plasmid rekombinan pada sel inang Escherichia coli, analisis koloni transforman, transformasi plasmid rekombinan pada sel inang ekspresi Pichia pastoris X-33, analisis fenotipe, hingga ekspresi protein rekombinan E2. Hasil penelitian menunjukkan 281 koloni E. coli transforman pPICZaA-E2 dapat tumbuh pada medium yang mengandung antibiotik zeocin. Hasil analisis PCR koloni transforman menunjukkan gen E2 dengan ukuran 1.260 bp berhasil ditransformasikan ke sel inang E. coli menggunakan vektor pICZaA dengan ukuran 3.569 bp. Hasil analisis PCR genom berhasil mengamplifikasi gen AOX1 berukuran 2,2 kb dan 1,8 kb yang menunjukkan plasmid rekombinan berhasil terintegrasi pada genom P. pastoris dan menghasilkan fenotipe Mut⁺. Pita protein berukuran 40 kDa pada hasil SDS-PAGE menunjukkan protein E2 berhasil terekspresi.

---

Chikungunya is known as an infectious, re-emerging disease. Because of the non-specific clinical manifestation, chikungunya needs a rapid and accurate diagnostic method for its detection. Envelope 2 (E2) protein coded by E2 gene in the genome of the virus has an important role as an attachment receptor to a cell that made it potential to be used for diagnosis. This research is aimed to obtain E2 recombinant protein as a basic material for monoclonal antibody production in chikungunya rapid diagnostic test kit development. Chikungunya E2 gene is amplified and ligated with pPICZaA vector to make recombinant DNA clones from E. coli. The clones then isolated and used for protein expression in P. pastoris. The result shows 281 transformants of E. coli colonies can grow on a selection medium that contains zeocin. Analysis of direct colony PCR show E2 gene was transformed and cloned using pPICZaA vector. Analysis of genomic PCR shows 2,2 kb and 1,8 kb bands formed that indicate AOX1 gene was amplified and the integration of recombinant plasmid pPICZaA to P. pastoris genome was successful. Visualization of protein electrophoresis shows protein band was formed at the size of40 kDa that indicate the protein expression was successful.

"

"Eritropoietin (EPO) adalah hormon glikoprotein yang terdiri dari 165 asam amino dan memiliki berat molekul sebesar 30.400 Daltons. Sebagian besar kebutuhan EPO didapatkan dari hasil sintesis pada selmamalia Chinese hamster ovary (CHO). Pichia pastoris adalah sejenis khamir yang populer digunakan untuk menggantikan sistem ekspresi pada sel mamalia. P. pastoris dapat menggunakan metanol sebagai satu-satunya sumber energi karbon. Pada studi ini, protein rekombinan EPO (rhEPO) disintesis dengan cara mengekspresikan gen hEPO pada khamir metilotropik P. pastoris strain X33. Studi ini dilakukan untuk mengetahui konsentrasi metanol dan waktuinkubasi yang optimal untuk mensintesis rhEPO. Pada studi ini konsentrasi metanol yang digunakan adalah 0%, 0.5%, 1%, 2.5%, 5%, 10%, dan 20%. Sedangkan waktu inkubasi yang digunakan adalah 0 jam, 24 jam, 48 jam, 72 jam, 96 jam, 120 jam, and 144 jam. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa ekspresi protein yang tertinggi terjadi padakonsentrasi metanol sebesar 2.5% dan waktu inkubasi selama 48 jam.

---

AbstractErythropoietin (EPO) is a glycoprotein hormone consists of 165 amino acids and has molecular mass of 30,400 Daltons. The large quantities of these hormone required to satisfy clinical demand are currently met by recombinant expression in mammalian cell, namely chinese hamster ovary (CHO). Pichia pastoris has become popular yeast based proteinproduction systems to substitute mammalian expression systems.P. pastoris is capable to use methanol as sole carbon and energy source. In this study, recombinant human EPO (rhEPO) protein obtained by expressing the hEPO gene in methylotropic yeastP. pastoris, strain X33. The present work was carried out to study the optimal methanol concentration for induction and the incubation time to obtain rhEPO protein. To perform this study, the transformedP. pastoris was induced with various concentrations of methanol (0%, 0.5%, 1%, 2.5%, 5%, 10%, and 20%) and incubation times (0 hours, 24 hours, 48 hours, 72 hours, 96 hours, 120 hours, and 144 hours). The results demonstrate that the highest protein expression level occurred at concentration of 2.5% methanol induction, while the optimal incubation time was at 48 hrs. "