Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Hasil Pencarian

Ditemukan 39047 dokumen yang sesuai dengan query
cover
Darno Raharjo
"[ABSTRAK
Virus dengue terdiri atas 10 protein penyusun yang berbeda dan diklasifikasikan
menjadi empat serotipe utama (DEN 1 ? DEN 4). Penelitian ini dirancang untuk
melakukan pengelompokan terhadap 30 sekuens protein virus dengue yang
diambil dari Virus Pathogen Database and Analysis Resource (ViPR)
menggunakan metode Regularized Markov Clustering (R?MCL) dan untuk
menganalisis hasilnya. Dengan menggunakan program Python 3.4, algoritma
R-MCL diimplementasikan dan menghasilkan 8 kelompok dengan pusat
kelompok lebih dari satu di beberapa kelompok. Banyaknya pusat kelompok
menunjukkan tingkat kepadatan interaksi. Interaksi protein ? protein yang
terhubung padat dalam jaringan cenderung membentuk kompleks protein yang
berfungsi sebagai unit proses biologi tertentu. Hasil analisis menunjukkan hasil
pengelompokan dengan R-MCL menghasilkan kelompok ? kelompok
kekerabatan virus dengue berdasarkan peran yang sama dari protein penyusunnya,
tanpa memperhatikan serotipenya.

ABSTRACT
Dengue virus consists 10 different constituent proteins and are classified into four
major serotypes (DEN 1 - DEN 4). This study was designed to perform clustering
against 30 protein sequences of dengue virus taken from Virus Pathogen Database
and Analysis Resource (VIPR) using Regularized Markov Clustering (R-MCL)
algorithm and tp analyze the result. By using Python program 3.4, R-MCL
algorithm produces 8 clusters with more than one centroid in several clusters. The
number of centroid shows the density level of interaction. The density of
interactions protein - protein connected in a network tend to form a protein
complex that serves as the unit of specific biological processes. The analyzing
result shows the R-MCL clustering produces clusters of dengue virus family
based on the similirity role of their constituent protein, regardless serotypes;Dengue virus consists 10 different constituent proteins and are classified into four
major serotypes (DEN 1 - DEN 4). This study was designed to perform clustering
against 30 protein sequences of dengue virus taken from Virus Pathogen Database
and Analysis Resource (VIPR) using Regularized Markov Clustering (R-MCL)
algorithm and tp analyze the result. By using Python program 3.4, R-MCL
algorithm produces 8 clusters with more than one centroid in several clusters. The
number of centroid shows the density level of interaction. The density of
interactions protein - protein connected in a network tend to form a protein
complex that serves as the unit of specific biological processes. The analyzing
result shows the R-MCL clustering produces clusters of dengue virus family
based on the similirity role of their constituent protein, regardless serotypes;Dengue virus consists 10 different constituent proteins and are classified into four
major serotypes (DEN 1 - DEN 4). This study was designed to perform clustering
against 30 protein sequences of dengue virus taken from Virus Pathogen Database
and Analysis Resource (VIPR) using Regularized Markov Clustering (R-MCL)
algorithm and tp analyze the result. By using Python program 3.4, R-MCL
algorithm produces 8 clusters with more than one centroid in several clusters. The
number of centroid shows the density level of interaction. The density of
interactions protein - protein connected in a network tend to form a protein
complex that serves as the unit of specific biological processes. The analyzing
result shows the R-MCL clustering produces clusters of dengue virus family
based on the similirity role of their constituent protein, regardless serotypes, Dengue virus consists 10 different constituent proteins and are classified into four
major serotypes (DEN 1 - DEN 4). This study was designed to perform clustering
against 30 protein sequences of dengue virus taken from Virus Pathogen Database
and Analysis Resource (VIPR) using Regularized Markov Clustering (R-MCL)
algorithm and tp analyze the result. By using Python program 3.4, R-MCL
algorithm produces 8 clusters with more than one centroid in several clusters. The
number of centroid shows the density level of interaction. The density of
interactions protein - protein connected in a network tend to form a protein
complex that serves as the unit of specific biological processes. The analyzing
result shows the R-MCL clustering produces clusters of dengue virus family
based on the similirity role of their constituent protein, regardless serotypes]"
2015
T44667
UI - Tesis Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Indah Saraswati
"Indonesia merupakan negara pertama ditemukannya penyakit demam berdarah, yaitu pada tahun 1968. Hingga pada tahun 2004, beberapa studi menemukan bahwa virus dengue serotipe 3 (DENV-3) merupakan penyebab demam berdarah paling dominan dan menyebabkan gejala yang paling berat.
Tujuan dari studi ini adalah untuk mengetahui genotype dari DENV-3 di Jakarta yang berguna untuk diagnosis awal dan pengembangan vaksin. Ditambah lagi, primer yang di rancang di penelitian ini berguna untuk penelitian demam berdarah berikutnya. Riset ini diambil dari 100 pasien demam berdarah rawat inap di RSCM dan pengumpulan setiap data dibantu oleh lembaga Eijkman. Sampel diambil dengan consecutive sampling dan dianalisis menggunakan Genetyx v5.1.
Hasil dari penelitian ini menunjukan bahwa mayoritas virus dengue serotipe 3 yang ditemukan di Indonesia termasuk dalam genotipe I yang hampir identik dengan dengue virus serotipe 3 dari Thailand. Selain itu, ditemukan bahwa tingkat pasien demam berdarah pada anak-anak lebih tinggi disbanding pasien dewasa. Namun berdasarkan uji chi-square, ditemukan bahwa kategori jenis kelamin, umur dan daerah Jakarta tidak terdapat hubungan signifikan dengan terjadinya demam berdarah.
Para peneliti diharapkan untuk melakukan penelitian lebih lenjut untuk melakukan sequencing lebih banyak lagi dan tidak hanya dilakukan di Jakarta saja tetapi di daerah lain, karena tingkat pasien demam berdarah yang tinggi di Indonesia.

Indonesia was the first country where dengue hemorrhagic fever (DHF) was found in 1968. Ever since, the increasing cases were reported every year, and this became a major concern of health problem worldwide. In addition, dengue virus (DENV) serotype 3, which cause the most severe clinical manifestation among other dengue virus strands, was found as the most predominant DENV in Indonesia.
This study aimed to find the genotype of the dengue virus in Jakarta to become the base in the development of vaccine and molecular diagnostic. Moreover, this study designed the primer of DENV for future laboratories research. This study was participated by 100 suspected dengue patients in RSCM and data collection was conducted by Eijkman, the research institute. Samples were taken by consecutive sampling and analysed by Genetyx v5.1.
The results gave information that a majority of virus dengue serotype 3 in Indonesia was consisted of genotype I, which is identical with dengue virus serotype 3 in Thailand. Furthermore, we found that the incidence of pediatric dengue patients is higher than adults. However, in accordance with the chi square test, there is no significant relationship between different patient’s categories (gender, age, region).
It is expected that, DNA sequencing for other DENV-3 should be inspected further in Jakarta and this research should also be done in other areas in Indonesia as this country is one of the countries with high yield of dengue evidence.
"
Jakarta: Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia, 2014
S-Pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Nur Fitriah
"Virus dengue merupakan virus kelas Flaviviridae yang ditularkan melalui gigitan nyamuk Aedes aegypti yang sebelumnya telah terinfeksi oleh virus dengue. Diagnostik dini dilakukan dalam upaya menekan penyebaran virus ini agar pasien yang terinfeksi bisa ditangani lebih cepat. NS1 merupakan protein yang terdapat pada virus dengue dapat ditemukan di darah pasien satu hari setelah gejala infeksi primer maupun sekunder. Hal ini menjadikan NS1 penanda biologis serta target nanobodi yang tepat dalam diagnosis infeksi virus dengue. Nanobodi yang mengenali antigen NS1 pada DENV menjadi potensi alat uji diagnostik dengue karena sifatnya yang lebih unggul daripada antibodi konvensional. Penelitian ini berfokus pada pembuatan prototipe tes diagnostik cepat berbasis uji aliran lateral untuk mendeteksi NS1 pada virus dengue menggunakan nanobodi anti-NS1. Pada penelitian ini, nanobodi anti-NS1 klon DD7 dan DD5 diekspresikan pada E. coli BL21(DE3). Dalam pembuatan prototipe, dilakukan optimasi formulasi konjugasi antara nanopartkel emas dengan nanobodi anti-NS1. Sebanyak tiga optimasi dilakukan dalam mendapatkan konjugasi nanopartikel emas dengan nanobodi yang optimal, yaitu optimasi pH buffer, konsentrasi nanobodi, dan diameter nanopartikel emas. pH buffer optimal untuk klon DD5 dan DD7 adalah buffer borat pH 9, konsentrasi nanobodi optimal untuk klon DD5 dan DD7 adalah 10 ng, dan diameter optimal nanopartikel emas untuk klon DD5 dan DD7 adalah 40 nm. Pada pembuatan prototipe, konjugasi antara nanopartikel emas dan nanobodi klon DD5 belum berhasil mendeteksi antigen yaitu berupa virus dengue pada bagian test line prototipe dan untuk konjugasi antara nanopartikel emas untuk klon DD7 menghasilkan reaksi false positive pada prototipe.

Dengue virus is a class of Flaviviridae virus transmitted through the bite of Aedes aegypti mosquitoes that have previously been infected by the dengue virus. Early diagnostics are carried out in an effort to suppress the spread of this virus so that infected patients can be treated faster. NS1 is a protein found in the dengue virus that can be found in the patient's blood one day after symptoms of primary or secondary infection.This makes NS1 a biosensor as well as a precise target for nanobodies in the diagnosis of dengue virus infection. Nanobodies that recognize NS1 antigens in DENV are potential dengue diagnostic test kits because they are superior to conventional antibodies. This research focuses on making rapid diagnostic tests based on lateral flow assay to detect NS1 in dengue viruses using anti-NS1 nanobodies as an alternative diagnostic test on dengue virus. In this study, anti-NS1 nanobodies of DD7 and DD5 clones were expressed in E. coli BL21(DE3). In making prototypes, optimization of conjugate formulations between gold nanoparticles and anti-NS1 nanobodies was carried out. A total of three optimizations were carried out in obtaining the conjugation of gold nanoparticles with optimal nanobodies, namely optimization of buffer pH, nanobody concentration, and diameter of gold nanoparticles. The optimal buffer pH for DD5 and DD7 clones is pH 9 borate buffer, the optimal nanobody concentration for DD5 and DD7 clones is 10 ng, and the optimal diameter of gold nanoparticles for DD5 and DD7 clones is 40 nm. In making the prototype, the conjugation between gold nanoparticles and DD5 clone nanobodies has not succeeded in detecting antigens in the form of dengue virus in the prototype test line and for conjugation between gold nanoparticles for DD7 clones resulting in false positive reactions in the prototype."
Depok: Fakultas Teknik Universitas Indonesia, 2023
S-pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
"Penyakit dengue masih merupakan masalah kesehatan penting di sebagian besar Negara tropis dan subtropis. Dalam dua dekade terakhir terjadi lonjakan drastis baik jumlah kasus maupun daerah endemik di samping peningkatan keparahan penyakit (DHF/DSS). Meski telah dipelajari secara intensif, belum dipahami benar bagaimana mekanisme infeksi dengue berkembang menjadi DHF/DSS. Sejauh ini diketahui baik faktor inang maupun virulensi virus terlibat dalam menentukan keparahan penyakit. Studi-studi terbaru melaporkan perbedaan struktural genom di antara virus dengue yang memberikan manifestasi klinis berbeda. Perbedaan ini kemungkinan berhubungan dengan patogenesis penyakit. (Med J Indones 2004; 13: 190-4)

Dengue disease are reemerging disease and major health concern in tropical and subtropical regions because of the increasing number of patients, expanding endemic areas and increased occurrence of severe clinical manifestation (DHF/DSS) in the last two decades. Despite extensive studies, it is not fully elucidated mechanism by which dengue infection progress to DHF/DSS. Information obtained so far indicates that both host-related factor and virus virulence are involved. Recent studies have shown several structural differences of dengue virus genome between those associated with DF only and those with the potential to cause DHF. That genome differences might be correlated with pathogenesis. (Med J Indones 2004; 13: 190-4)"
Medical Journal of Indonesia, 13 (3) Juli September 2004: 190-194, 2004
MJIN-13-3-JulSep2004-190
Artikel Jurnal  Universitas Indonesia Library
cover
"[Penyakit akibat virus dengue (DENV) masih menjadi masalah kesehatan di
Indonesia. Hingga saat ini belum ada terapi definitif untuk infeksi DENV. Berbagai
penelitian dilakukan untuk mencari antiviral terhadap DENV. Salah satu jenis
tumbuhan yang memiliki potensi antiviral adalah Calophyllum macrophyllum
(C.macrophyllum). Penelitian ini akan melihat efek antiviral yang dimiliki oleh
ekstrak kulit batang C.macrophyllum terhadap DENV. Efeknya sebagai antiviral
akan dilihat dari nilai IC50 (kemampuan inhibisi replikasi) dan CC50 (tingkat
sitotoksisitas). Perbandingan antara nilai CC50 terhadap IC50 akan menghasilkan
nilai indeks selektivitas (SI). Penelitian ini akan dilakukan secara in vitro
menggunakan sel Huh7it-1 yang diinfeksikan DENV. Konsentrasi ekstrak yang
digunakan adalah 10, 20, 40, 80, 160, dan 320 μg/mL. Metode Focus Assay
digunakan untuk mendapatkan nilai IC50 dan MTT Assay untuk mencari nilai
CC50. Nilai IC50 yang didapat sebesar 49,75 μg/ml dan CC50 dari sel tanpa infeksi
DENV sebesar >320 μg/ml. Nilai SI yang didapat sebesar >6,43. Analisis statistik
menunjukkan perbedaan pada semua konsentrasi. Dapat disimpulkan bahwa
ekstrak kulit batang C.macrophyllum memiliki efek inhibisi terhadap replikasi
DENV in vitro dan efek sitotoksik yang kecil, sehingga memiliki potensi sebagai
antiviral DENV., Disease caused by dengue virus (DENV) is still a major health problem in
Indonesia. There is no definitive therapy for DENV infection. Many researches
have been done to search for DENV antivirus. One of plants with potential antiviral
effect is Calophyllum macrophyllum (C.macrophyllum). This research was done to
evaluate antiviral effect of Calophyllum macrophyllum bark extract on DENV.
Antiviral effect was evaluated by IC50 (replication inhibition property) value and
CC50 (Cytotoxic level) value. The selectivity index (SI) was the ratio between
CC50 and IC50. This research was done by in vitro method with Huh7it cells that
were infected by DENV. Extract concentrations used in this research were 10, 20,
40, 80, 160, and 320 μg/mL. Focus assay technique was used to determine IC50
value and MTT assay technique for CC50 value. The value of IC50 was 49.75 μg/ml
and CC50 from uninfected cells was >320 μg/ml. The value of SI was >6.43.
Statistical analysis showed significant difference in all concentrations. It could be
concluded that bark extract of C.macrophyllum had inhibition property on DENV
replication in vitro with minimum cytotoxic effect.]"
[, Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia], 2015
S-Pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Wahyu Ronggo Wimag Bian
"Penyakit demam berdarah dengue yang disebabkan virus dengue
merupakan penyakit yang menjadi risiko pada negara-negara di daerah tropis
dan subtropis, dengan kejadian tiap tahunnya mencapai 100 juta kasus.
Sampai saat ini belum ditemukan adanya vaksin yang dapat mencegah
terjadinya infeksi Olen karena itu diperlukan suatu upaya untuk menemukan
obat berupa innibitor yang dapat menghambat enzim-enzim yang berperan
pada replikasi virus dengue, salah satunya enzim RNA-dependent RNA
polymerase (RdRp), yang berperan dalam penggandaan RNA virus dengue.
Peptida dipilin menjadi innibitor yang potensial karena memiliki spesifitas dan
aktivitas yang tinggi. Untuk meningkatkan kestabilan, peptida dirancang siklik
dengan adanya jembatan disulfida. Peptida yang dirancang menggunakan
kombinasi aspartat dan glutamat. Berdasar nasil docking diketahui banwa
peptida siklik dengan kombinasi residu CDEEC mempunyai nilai energi ikat
yang terendan, yaitu sekitar -10,04 kkal/mol dan nilai Ki sebesar 43,44 nM
yang mengindikasikan konformasi terstabil Iigan-enzim, serta memiliki kontak
dengan residu enzim dengan jumlan terbanyak yaitu 13 residu.
"
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2009
14-24-48930552
UI - Skripsi Open  Universitas Indonesia Library
cover
Elyana Karimah
"Demam berdarah merupakan penyakit yang telan menjadi pandemik di
daeran tropis dan subtropis dan ningga saat ini tidak ada vaksin yang dapat
digunakan untuk mengobati infeksi akibat virus dengue. Upaya Iain untuk
dapat mengnambat infeksi akibat virus ini, yaitu pengembangan antiviral.
Salan satu target antiviral yang potensial acialan enzim RNA-dependent RNA
polymerase (RdRp), yang berperan dalam proses replikasi RNA virus dengue
dan sel manusia tidak memilikinya Peptida dipilin menjadi innibitor yang
potensial karena memiliki spesifitas dan aktivitas yang tinggi. Untuk
meningkatkan kestabilan, peptida dirancang siklik dengan adanya jembatan
ciisulficia Pepticia yang dirancang menggunakan kombinasi aspartat,
glutamat, glisin, serin, arginin, dan lisin. Kandidat Iigan dianalisis berdasarkan
nasil docking dan drugsca/7. Ligan dengan energi bebas ikat terendah dan
sesuai dengan kriteria obat kemudian dilakukan analisis terhadap
interaksinya ciengan enzim. Ligan siklik CSGDC yang memenuhi kriteria obat
ternyata dapat berikatan dengan sisi aktif enzim yaitu aspartat 533 dan
aspartat 633, serta memiliki energi bebas ikat sekitar -29.6122 Kkal/mol.
Pengamatan simulasi dinamika molekul pada tanap inisialisasi dilakukan
untuk melihat perubahan interaksi Iigan ternadap enzim. Hasil pengamatan
ternyata memperlihatkan banwa Iigan CSGDC masih berinteraksi dengan
asam amino aspartat 663."
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2009
S30508
UI - Skripsi Open  Universitas Indonesia Library
cover
Raima Syahidah Noors
"Pada penelitian terdahulu telah diusulkan dua buah ligan polipeptida siklik disulfida-CDEEC dan CDGSC-sebagai inhibitor potensial untuk enzim RNA-dependent RNA-polymerase virus dengue melalui molecular docking. Simulasi molecular docking dilakukan dengan keadaan tanpa pelarut dimana enzim dibuat rigid dan ligan dibiarkan bebas berotasi untuk mencari konformasi terbaik. Pada kenyataan dalam sistem seluler terdapat pelarut yang membuat enzim memiliki pergerakan dinamis. Oleh karena itu dalam penelitian ini dilakukan simulasi dinamika molekul untuk memperkirakan sistem kompleks enzim-ligan yang lebih nyata. Simulasi dinamika molekul dijalankan pada selama 5ns pada suhu 300 dan 312 K. Pada akhir simulasi 300 K CDEEC membentuk ikatan dengan dua residu penting pada RdRp yaitu Arg-729 dan Arg-737 sedangkan CDGSC tidak berikatan dengan residu penting manapun. CDEEC juga memberikan hasil yang lebih baik dibanding CDGSC pada simulasi 312 K. CDEEC membentuk ikatan dengan dua residu penting yaitu Arg-737 dan Ser-710 sementara CDGSC tidak berikatan dengan satupun residu penting. Berdasarkan hasil tersebut CDEEC merupakan inhibitor yang lebih baik dan layak untuk dikembangkan sebagai obat anti dengue.

Previous researches have proposed two ligands of disulfide cyclic polypeptide which are CDEEC and CDGSC as potential inhibitor of RNA-dependent RNA-polymerase dengue virus by molecular docking. Molecular docking simulation is done without a solvent in which enzyme is made rigid and ligand was left free to rotate to find teh best conformation. In fact in a cellular system there is a solvent that makes the enzyme has a dynamic movement. Therefore in this paper molecular dynamics simulation is done to estimate more reliable condition of enzyme-ligand complex. In this work molecular dynamics simulation is done during 5 ns with two different temperature, 300 and 312 K. At the end of MD simulation at 300 K, CDEEC binds to two RdRp important residues, Arg-729 and Arg-737 while CDGSC doesn’t bind to any important residues. Simulation at 312 K also revealed nearly the same result, CDEEC binds to two RdRP important residues, Arg-737 and Ser-710, whereas CDGSC doesn’t bind to any important residues. Based on the result of these two simulation, CDEEC is proposed as a better inhibitor of RdRp dengue virus and feasible to be developed as anti-dengue drug."
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2010
S30694
UI - Skripsi Open  Universitas Indonesia Library
cover
Nissia Apriyanti
"Perkembangan studi genomik dan proteomik disertai dengan ilmu komputasi dapat memfasilitasi penemuan berbagai target protein dan inhibitor yang potensial untuk dikembangkan sebagai obat. Beberapa penelitian menggunakan metode molecular docking telah dilakukan untuk merancang dan menemukan ligan peptida siklis disulfida yang dapat berperan sebagai inhibitor potensial untuk NS3-NS2B protease virus dengue dengan serotype DENV-2 yang dapat menghambat proses replikasi virus. Pada penelitian ini mempelajari dan mengevaluasi interaksi ligan terhadap enzim dalam keadaan terhidrasi menggunakan metode simulasi dinamika molekul pada dua temperatur berbeda. Simulasi dilakukan terhadap dua inhibitor peptida siklis disulfida yaitu KRK dan RKR serta peptida linier Bz-Nle-K-R-R-H sebagai ligan standar. Diperoleh bahwa pergerakan dinamis yang dimiliki ketiga kompleks ligan-enzim dalam keadaan terhidrasi mempengaruhi interaksi ligan terhadap residu asam amino enzim. Ligan RKR merupakan ligan yang memiliki afinitas paling baik terhadap enzim dibandingkan ligan KRK dan standar. Ditunjukkan dengan interaksi ligan terhadap sisi aktif enzim yang tetap terbentuk selama simulasi dilakukan. Pada akhir simulasi temperatur 300 K, ligan RKR memiliki kontak residu dengan His51 dan berikatan hidrogen dengan Asp75. Kemudian pada akhir simulasi temperatur 312 K, ligan RKR dapat berikatan hidrogen dengan Asp75. Konformasi yang terlihat berbeda pada enzim memperlihatkan perilaku dinamis enzim dalam pelarut dan adanya pengaruh kehadiran inhibitor.

Development of genomic and proteomic studies coupled with computational sciences could facilitate the discovery of various target proteins and potential inhibitor to be developed as drugs. Several researchs by molecular docking method have been conducted to design and discover disulfide cyclic peptide ligand which become potential inhibitors for NS2B-NS3 protease of dengue virus with serotype DENV-2 in order to inhibit replication of dengue virus. This research study and evaluate the interaction of ligands and the enzyme in the hydrate state using molecular dynamics simulations at two different temperatures. Simulations performed on two disulfide cyclic peptide inhibitors namely KRK and RKR along with one linear peptide Bz-Nle-K-R-R-H as a standard ligand. The result provided that dynamic movement of three proposed ligand in the hydrate state affecting ligand interaction of the enzyme amino acid residues. RKR ligand has the best affinity to the enzyme than the KRK and the standard ligand. It is shown by the ligand interaction on the enzyme active site which remains to be formed during the simulation performed. At the end of simulation temperature of 300 K, RKR ligand has residue contact with His51 and formed hydrogen bond with Asp75. Then at the end of simulation temperature of 312 K, RKR ligands also could form a hydrogen bond with Asp75. Different conformations of enzymes which occur during simulation showed the dynamic behaviour of the enzyme in the presence of solvent and inhibitor."
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2010
S30700
UI - Skripsi Open  Universitas Indonesia Library
cover
Turnip, Oktaviani Naulita
"ABSTRAK
Virus Dengue (DENV) dan virus Chikungunya (CHIKV) merupakan arbovirus yang menyebabkan infeksi di negara tropis dan subtropis. Penularan kedua virus ini diperantarai oleh vektor yang sama yaitu nyamuk Aedes aegypti. Baik infeksi DENV maupun CHIKV, akan memunculkan respon imun spesifik yang disebabkan oleh sekresi sitokin, kemokin, dan faktor pertumbuhan sebagai mediator inflamasi. Respon imun ini menimbulkan gejala klinis yang mirip hingga sulit dibedakan antara infeksi kedua virus ini. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis profil ekspresi sitokin antara infeksi DENV dan CHIKV dengan sistem galur sel A549 dan HepG2. Untuk mencapai tujuan tersebut, metode yang dilakukan yaitu dengan metode Fluorescence-Activated Cell Sorting (FACS) untuk menentukan tingkat infeksi tertinggi pada masing-masing galur sel dan Enzyme Linked Immunosorbent (ELISA) untuk analisis sitokin/kemokin. Hasil FACS menunjukkan tropisme DENV terhadap galur sel A549 dan CHIKV terhadap galur sel HepG2. Dari keempat sitokin dan kemokin yang diuji yakni IL-8, IL-4, IL-13, dan MCP-3, hasil signifikan ditunjukkan ekspresi IL-8 dan MCP-3. Profil ekspresi kemokin IL-8 lebih tinggi pada galur sel A549 dibandingkan HepG2 sedangkan profil ekspresi kemokin MCP-3 lebih tinggi pada galur sel HepG2 dibandingkan A549. Perbandingan profil ekspresi keduanya, lebih tinggi pada galur sel yang terinfeksi DENV (DENV-4) dibandingkan CHIKV. Penelitian ini membuktikan adanya perbedaan ekspresi sitokin/ kemokin pada galur sel A549 dan HepG2 terhadap infeksi DENV dan CHIKV.

ABSTRACT
Dengue Virus (DENV) and Chikungunya virus (CHIKV) are arboviruses infect human living in tropical and subtropical countries. These two viruses are transmitted by the same vector, Aedes aegypti mosquito. DENV and CHIKV infection induce unique immune response characterized by the secretion of cytokines, chemokines, and growth factors as inflammatory mediators. This immune response produces similar clinical symptoms, therefore it is difficult to distinguish between DENV and CHIKV infection. This study was aimed to compare the expression profiles of cytokine/chemokine expression in A549 and HepG2 cell lines infected with DENV and CHIKV. The study used Fluorescence Activated Cell Sorter (FACS) method to determine the infection rate in cell line and Enzyme Linked Immunosorbent (ELISA) for cytokine/chemokine analyses. The FACS results showed the tropism DENV in A549 cells and CHIKV in HepG2 cells. Among four cytokines and chemokines examined, i.e. IL-8, IL-4, IL-13, and MCP-3, significant different in expression was observed for IL-8 and MCP-3. The IL-8 expression was higher in A549 than HepG2 cells, whereas the profile of MCP-3 expression was higher in HepG2 than that in A549 cells. The IL-8 and MCP-3 expression was higher in cell lines infected with DENV (DENV-4) than CHIKV. This study demonstrated the differences of cytokine/chemokine expression in A549 and HepG2 cell lines infected with DENV and CHIKV.
"
2018
T-pdf
UI - Tesis Membership  Universitas Indonesia Library
<<   1 2 3 4 5 6 7 8 9 10   >>