Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"[Lab-on-chip merupakan teknologi baru dengan konsep miniaturisasi pekerjaanlaboratorium ke dalam sebuah chip. Dengan merekayasa material yang ramah sel,lab-on-chip ini diharapkan mampu menjadi media studi sel. Lab-on-chip terbuatdari polydimethyl siloxane (PDMS) berpermukaan kasar (groovy) hasil daribiomachining. Lab-on-chip terdiri dari inlet, empat saluran utama dengan duasaluran berpermukaan kasar (groovy) dan dua sisanya tanpa modifikasi, danoutlet. Sebelum mendesain lab-on-chip, bahan lab-on-chip diuji kekasaranpermukaan, wettability, dan viabilitas sel pada permukaannya. Langkahselanjutnya adalah membuat desain cetakan lab-on-chip komponen atas dankomponen bawah dengan Autodesk Inventor 2012. Selanjutnya, cetakan dibuatdengan CNC milling. Lalu, cetakan di-biomachining selama 24 jam untukmembentuk kontur kasar (groovy). Kemudian, PDMS & agent dituang padacetakan tersebut. Komponen atas dan komponen bawah dirakit dengan bantuanakrilik. Candida albicans kemudian dikultur pada permukaan saluran utamadengan bantuan Fetal Bovine Serum (FBS). Setelah diinkubasi 24 jam, viabilitassel diukur menggunakan ELISA Reader. Hasil menunjukkan bahwa kekasarandan coating reagen berpengaruh pada viabilitas sel. Jadi, untuk mendapatkan LoCyang berpotensi memberikan viabilitas sel paling baik, modifikasi kekasaran dancoating reagen perlu dilakukan., Lab-on-chip is a new technology with concept of miniaturization of laboratorywork into a chip. Engineering a cell-friendly material, this lab-on-chip is expectedto be a media for cell study. Lab-on-chip is made of polydimethyl siloxane(PDMS) with rough (groovy) surface as the result of biomachining. Lab-on-chipconsists of inlet, the four main channels with two rough surface (groovy) channelsand the remaining two without modification, and the outlet. Before designing thelab-on-chip, lab-on-chip material is tested in terms of surface roughness,wettability, and on-surface cell viability. The next step is designing mold of upperand lower lab-on-chip components with Autodesk Inventor 2012. Subsequently,the mold is made by CNC milling. Then, the molds are biomachined for 24 hoursto form a rough (groovy) surface. Then, PDMS and agent are poured on the mold.Upper and lower component are assembled with acrylic support. Candidaalbicans is then cultured on the surface of the main channel with the help of FetalBovine Serum (FBS). After 24 hours incubation, cell viability was measuredusing ELISA Reader. The result shows that surface roughness and reagent coatinginfluence cell viability. So, to get potential lab-on-chip with good cell viability,roughness modification and reagent coating are needed to be proceeded.]"

"Lung-on-Chip merupakan perangkat mikro yang mereplikasi aktivitas dan fisiologi paru-paru manusia sehingga memungkinkan adanya pengembangan model penyakit secara in vitro. Metode ini mengkombinasikan teknologi mikro Lab-on-Chip dan kultur sel. Lung-on-Chip terdiri dari 2 saluran mikrofluida yang masing-masing dialiri oleh udara dan darah. Keduanya dipisahkan oleh sebuah membran berpori yang ditempelkan sel epitel pada sisi aliran udara dan sel endotel pada sisi aliran darah. Penelitian ini membahas mengenai perancangan, fabrikasi dan perakitan sistem Lung-on-Chip. Molding PDMS dilakukan pada cetakan yang telah dibentuk menggunakan metode milling. Dimensi penampang saluran dirancang sebesar 20 x 0.5 x 0.3 mm (panjang x lebar x tinggi). Terdapat 2 variasi membran berpori, yaitu 26 x 1 dengan jarak array 0.6 mm dan 39 x 2 dengan jarak array 0.4 mm. Ukuran pori-pori yang diinginkan adalah 100 x 100 μm dengan ketebalan 40-45 μm. Pengukuran geometri hasil fabrikasi dilakukan pada seluruh komponen. Pengujian fungsional terhadap Lung-on-Chip dilakukan dengan menganalisis fenomena transfer yang terjadi. Terdapat 4 variasi keadaan yaitu, aliran tanpa membran, dengan membran berpori 26 x 1, membran berpori 39 x 2 dan membran non-porous. Hasil simulasi dan eksperimen menunjukkan bahwa semakin besar luas permukaan kontak antara propanol dan air, maka akan semakin besar pula difusi yang terjadi.

---

Lung-on-Chip is defined as a microdevice that mimics the activities and physiological responses of human lung. It allows us to study human diseases model in vitro. The technology combines Lab-on-Chip microfabrication technique and cell culture model. This device contains parallel microfluidic channels separated by a porous membrane with human lung air sac cells on one side and human lung capillary cells on the other. Air is flowed over the top side and the lower side is flowed by human blood.

This thesis presents the design, fabrication method and assembling of Lung-on-Chip. It uses PDMS molding and the mold has been formed by milling. The size of microchannels is 20 x 0.5 x 0.3 mm (length x width x height). There are 2 variation of porous membrane, which are 26 x 1 with 0.6 mm array and 39 x 2 with 0.4 mm array. The size of the pores is 100 x 100 μm and the membrane thickness is 40-45 μm.

Functional testing of Lung-on-Chip has been done by analyzing transport phenomenon in microfluid. There are 4 different state; flow without membrane, flow with membrane 39x2, flow with membrane 26x1 and flow with non-porous membrane. The simulation and experimental result show that the surface area increases the rate of diffusion."

"Ada banyak metode yang telah dikembangkan untuk menghasilkan mikrokapsul untuk keperluan enkapsulasi sel punca. Namun, emulsi mikrofluida ditemukan memuaskan karena memungkinkan kita untuk menghasilkan tetesan berukuran rata yang dapat dikontrol secara efisien, di mana bahkan memungkinkan untuk melakukan enkapsulasi sel tunggal di setiap tetesan. Namun proses ini bukan tanpa masalah, terlihat bahwa kapsul mikro mudah larut dalam larutan buffer salin Ca2+/Mg2+. Masalah menunjukkan bahwa kapsul memiliki kekuatan mekanik yang buruk dan tidak stabil. Oleh karena itu, enkapsulasi ganda diperlukan, yang memungkinkan untuk menambahkan lapisan lain ke kapsul yang akan memungkinkan stabilitas lebih baik dan meningkatkan kekuatan mekanik. Di sini, studi awal enkapsulasi lapisan ganda dilakukan dengan menggunakan teknologi Lab-On-Chip dan minyak serta air sebagai bahan pengujian. Studi ini mengeksplorasi penggunaan Chip Polycarbonate (PC) dan Polydimethylsiloxane (PDMS) untuk enkapsulasi lapisan ganda. Simulasi Computational Fluid Dynamics (CFD) awalnya dilakukan untuk memastikan bahwa laju aliran sesuai untuk pengujian chip dan kemudian chip diuji secara individual dan dikarakterisasi, di mana parameter yang sesuai untuk enkapsulasi lapisan ganda diperoleh dan digunakan untuk menghasilkan sistem enkapsulasi ganda. Hasilnya menunjukkan karakteristik generasi tetesan dari chip individu dan desain sistem dua chip yang sukses yang dapat menghasilkan enkapsulasi lapisan ganda dengan ukuran sekitar 1300 -1700μm. Studi banding juga mengkonfirmasi fenomena yang diamati. Tulisan ini dapat digunakan untuk riset lebih lanjut pada enkapsulasi dua lapis terkendali mengunakan Lab-on-Chip.

---

There had been many methods developed to generate microcapsules for stem cell encapsulation purposes. However, microfluidic emulsion is found to be satisfactory as it allows us to generate a controllable even sized droplets efficiently, where it is even possible to encapsulate single cell in each droplet. However, this process does not come without a problem, it was noticed that the micro capsules were easily dissolved in a saline buffer solution Ca2+/Mg2+. The issue shows that the capsules had poor mechanical strength and were unstable. Therefore, double encapsulation was introduced, which allows us to add another layer to the capsule with would allow more stability and increase mechanical strength. Here, an initial study of double layer encapsulation is conducted with Lab-On-Chip technology using oil and water as testing materials. This study explores the use of Polycarbonate (PC) and Polydimethylsiloxane (PDMS) Chip for double layer encapsulation. A Computational Fluid Dynamics (CFD) simulation was initially conducted to ensure that flowrates were suitable for chip testing and then the chips are tested individually and characterized, where suitable parameters for double layer encapsulation were obtained and used to generate a double encapsulation system. The result shows the droplet generation characteristics of individual chips and a successful two chip system design that could generate double layer encapsulations with sizes of approximately 1300 -1700μm. Comparative studies also confirmed observed phenomenon. This paper can be used for further studies in controllable double-layer encapsulation using Lab-on-Chip."

"ABSTRAKValves tipe aktuasi pneumatik telah berhasil digunakan dalam banyak aplikasi lab-on-chip karena biaya rendah dan teknik fabrikasi yang sederhana. Untuk membuat modul katup, penelitian ini menggabungkan beberapa teknik seperti additive manufacturing dan teknologi Computer Numerical Control (CNC) milling juga dengan teknik pembuatan polimer seperti Polydimethylsiloxane (PDMS) dan silikon. Di sini, kami memperkenalkan valves dengan aktuasi pneumatik yang tertutup pada keadaan normal dimana valves menggunakan Thermoplastic Polyurethane (TPU) film yang memiliki fungsi sebagai diafragma pada control chamber. Tingkat tekanan di control chamber dikendalikan oleh vacuum pump untuk menciptakan kondisi vakum dan membuka valves sehingga cairan dapat mengalir. Pada akhir penelitian kami, kami melakukan pengujian pada valves sehingga valves dengan aktuasi pneumatik dapat bekerja sesuai dengan yang kami inginkan.

---

ABSTRACTPneumatic actuation type valves have been used successfully in many lab-on-chip applications because of their low cost and simple fabrication techniques. To fabricate valves module, it combine techniques like additive manufacturing and Computer Numerical Control (CNC) milling technology also with polymer fabrication such as Polydimethylsiloxane (PDMS) and silicon. Here, we introduce a normally closed pneumatic actuation valves which using Thermoplastic Polyurethane (TPU) film function as a diaphragm in control chamber. Pressure level in control chamber is controlled by vacuum pump to create vacuum condition and open valves so fluid can flow through. At the end of our study, we tested the valves so pneumatic actuation valves can perform as we desired."

"Metode diagnosa penyakit untuk manusia yang tinggal di daerah kurang mampu selalu memiliki limitasi seperti transportasi, ketersediaan alat, sumber daya manusia, dll. Limitasi ini membuat waktu yang dibutuhkan setiap kali melakukan diagnosa penyakit-penyakit menular sangat lama. Dibutuhkan perubahan metode diagnosa yang lebih cepat, seperti lab-on-a-chip, dimana perbedaan waktu diagnosanya sangat signifikan. Salah satu bagian dari metode lab-on-a-chip adalah pompa, dimana fluida yang berupa plasma darah dan enzim nantinya akan dikirim dari satu titik ke titik lainnya untuk proses lainnya, seperti Polymerase Chain Reaction PCR. Pompa akan diuji dari kemampuannya untuk mengirim fluida ke titik akhir. Desain dibuat dengan dasar produk mini-PCR yang sudah ada, tetapi dibuat lebih simpel dan mudah difabrikasi. Rata-rata gaya tekanan 2 jari manusia 25.05 N untuk memompa fluida yang terkirim sebanyak 75.43 dari total fluida yang dimasukkan dengan volume 121.36 mikroliter.

---

Infectious diseases diagnostic method for people who live in the rural areas has always been limited to factors such as transportation, human resources, equipment availability, etc. These kinds of limitation causing a long time needed to do a diagnostic test. A method change is needed to produce a faster result lab on a chip is one of the possibilities, where the time difference is extremely significant. One of the parts of lab on a chip is pump, where fluids such as blood plasma and enzymes will be displaced from one spot to another to be used for another process, such as Polymerase Chain Reaction PCR . Pump will be tested by its ability to displace fluid to the end zone. Design wise, it would be similar to the existing mini PCR kit, with added simplicity and fabrication easiness. Averaging 25.05 N of force to displace fluid of 75.43 from its total volume 121.36 microliter."

"ABSTRAKCAMPER merupakan perangkat chip mini sebagai lokasi proses Polymerase Chain Reaction dalam proses penguatan DNA (DNA amplification). Penguatan DNA tersebtu dibutuhkan dalam identifikasi dan diagnosis rantai DNA tertentu. Dengan proses ini, DNA dapat dihasilkan dalam jumlah yang besar dengan waktu yang relatif singkat dibandingkan dengan proses yang dihasilkan pada laboratorium konvensional. Penerapan PCR banyak dilakukan di bidang biokimia dan biologi molekular karena relatif murah dan hanya memerlukan jumlah sampel yang kecil. Dalam proses PCR memerlukan jalur putaran agar panas dapat merambat pada fluida yang mengalir secara berulang. Sumber panas pada CAMPER menggunakan pengaturan 3 suhu berbeda yaitu 90 °C, 75 °C, dan 55 °C. Penelitian ini membahas mengenai perancangan, fabrikasi, dan pengukuran geometri dari CAMPER. CAMPER terbuat dari bahan PDMS yang dipilih karena bahan ini idak beracun dan baik digunakan dalam dunia medis. CAMPER direaliasikan dengan teknik molding yang mana Molding PDMS dilakukan pada cetakan yang telah dibentuk menggunakan metode milling. Dimensi yang telah dirancang untuk ketiga desain saluran mikro sebesar 250 x 250 μm (lebar x tinggi). CAMPER terdiri dari 3 desain saluran mikrofluida berbeda yaitu pada jumlah jalur putaran. Desain untuk produk pertama, yaitu saluran mikro dengan 3 putaran. Desain kedua yaitu desain saluran mikro dengan 5 jalur putaran. Desain ketiga yaitu saluran mikro dengan 30 jalur putaran. Desain ini dirancang dengan acuan pada jumlah putaran optimal yaitu 30 ? 40 putaran. Pengukuran geometri hasil fabrikasi dilakukan pada seluruh komponen. Pengukuran meliputi pengukuran lebar dan tinggi dari saluran mikro, pengukuran kekasaran pada PDMS dan cetakan, serta pengukuran sudut kontak pada PDMS. Simulasi dilakukan untuk mendapatkan aliran fluida dan persebaran panas dari sistem yang telah direalisasikan. Hasil menunjukkan bahwa pada simulasi aliran fluida terdapat keseragaman aliran dalam keseluruhan jalur mikro, dan pada simulasi persebaran panas dapat menybarkan panas sesuai suhu yang diatur

---

ABSTRACTCAMPER is mini devices based of Polymerase Chain Reaction that serves as an apparatus that can replicate DNA in enzymatic without use some help of organisms. With this technique, DNA can be produced in large quantities by the time is short compared to the process that?s produced on a conventional laboratory. The application of PCR are mostly done in the field of biochemical and molecular biology because relatively inexpensive and only need the number of a small sample. n the process pcr need the round to heat travels in fluid that flows in a recurrent manner. The source of heat in camper use 3 different temperature such as 90 °C, 75 °C, and 55 °C. CAMPER consisting of 3 different design of microfluidic channel that is on the number of the cycle. In the process, PCR need the cycle to travels the heat to fluid flows in a recurrent manner. Research also discussed design, fabrication, and measurement of the geometry. A molding PDMS fabricated in a mold was formed from milling process. The dimensions for the three design micro channels amounting to 250 x 250 μm (width x high). The first CAMPER design, namely micro channels with 3 cycle. The second design is micro channels with 5 cycle. Third Design namely micro channels with 30 the cycle. This design designed with reference on the number of optimal cycle which is 30 ? 40 cycle. The measurement of geometry that the results of fabrication performed on all components. The measurement of covering the measurement of width and height than micro channel, the measurement of roughness on pdms and mold, and measurement of wettability at PDMS surface. Results obtained from simulation fluid flow showed that the speed of the flow of uniforms on all cross section micro channel. The results obtained from simulation heat distribution the temperature desired to reach function polymerase chain reaction can be achieved to the surface of micro channel"

"Eksplorasi bakteri termofilik di Indonesia sangat penting untuk berbagai aplikasi industri. Penelitian ini bertujuan untuk identifikasi Gen 16S-rRNA dari bakteri termofilik yang terdapat di Mata Air Panas Cisolong, Banten. Ekstraksi dilakukan dengan dua metode yaitu komersial GeneAll® Exgene™ dan LOC ChipGenie® Edition P. Hingga saat ini, belum ada yang melakukan identifikasi bakteri dari mata air panas dengan menggunakan LOC untuk purifikasi DNA. Oleh karena itu, dalam penelitian ini dilakukan pengujian identifikasi bakteri dengan membandingkan kedua metode. Harapan kedepannya LOC dapat membantu purifikasi DNA secara langsung sehingga mempermudah identifikasi tanpa perlu di laboratorium.Penelitian selanjutnya juga akan dilakukan reverse engineering sehingga dapat membuat LOC sendiri. Variabel yang diujikan adalah hasil kemurnian, konsentrasi template DNA, dan identifikasi jenis bakteri. Purifikasi dilakukan dengan variasi jumlah kultur bakteri berdasarkan absorbansi agar dapat mengetahui jumlah bakteri optimum untuk LOC. Didapatkan hasil bahwa bakteri berhasil dipurifikasi menggunakan LOC pada variasi waktu kultur 4 dan 28 jam. Konsentrasi template DNA bakteri yang dihasilkan LOC juga baik dan dapat bersaing dengan kit komersial. Hasil PCR didapatkan bakteri sumber berada pada 1518 bp dan bakteri kolam 1422 bp. Bakteri berhasil diidentifikasi dengan BLAST dan berdasarkan pohon filogenetik, hubungan terdekat bakteri sumber yaitu Geobacillus kaustophilus strain BGSC 90A1 dan bakteri kolam yaitu Geobacillus thermoleovorans strain V0 chromosome.

---

Exploration of thermophilic bacteria in Indonesia is important for various industrial applications. This study aims to identify the 16S-rRNA gene from thermophilic bacteria found in Cisolong Hot Springs, Banten. Extraction was carried out by two methods, namely GeneAll® Exgene™ commercial kit and LOC ChipGenie® Edition P. To date, there has not yet been bacteria identification from hot springs using LOC for DNA purification. Therefore, in this study, a bacterial identification test carried out by comparing the two methods. The hope of this research is that in the future, LOC can be directly implemented in DNA purification, making it easier to identify without the need for laboratory procedures. In future research, reverse engineering will also be carried out so that we can make our own LOC. The variables tested were the results of DNA purity, templates concentration, and identification of the type of bacteria. Purification was also carried out by varying the number of bacterial cultures based on absorbance in order to determine the optimum number of bacteria for LOC. It was found that the bacteria were successfully purified using LOC at 4 and 28 hours of culture. The concentration yield of LOC is good and can compete with commercial kits. From the PCR results, it was found that the source bacteria were at 1518 bp and the pool bacteria at 1422 bp. Bacteria were identified by BLAST and based on the phylogenetic tree, the closest relationship to the source bacteria is Geobacillus kaustophilus strain BGSC 90A1 and the pool bacteria is Geobacillus thermolevorans strain V0 chromosome."

"Penggunaan bakteri probiotik dalam makanan tertentu seperti sereal, susu, dan makanan fermentasi sangat bermanfaat untuk tujuan kesehatan tubuh manusia. Agar bakteri ini memberikan efek kesehatan yang bermanfaat, mereka harus mencapai tempat implementasinya hidup-hidup dan menanamkan diri dalam jumlah tertentu. Namun, penelitian menunjukkan bahwa bakteri mungkin tidak bertahan dalam jumlah yang cukup tinggi ketika dimasukkan ke dalam produk makanan. Mikroenkapsulasi adalah teknologi yang membuat bakteri ini dilepaskan dalam kecepatan yang terkendali agar bakteri tersebut bertahan cukup lama untuk secara efektif memberikan manfaat bagi inangnya. Salah satu metode mikroenkapsulasi adalah melalui droplet generation. Untuk mencapai generasi droplet dikembangkan teknologi berupa Lab – on – a – chip, perangkat yang menggabungkan banyak proses penelitian laboratorium yang dilakukan secara luas menjadi sebuah chip berukuran kompak. Untuk enkapsulasi bakteri probiotik berbagai bahan dapat digunakan untuk enkapsulasi. Salah satu bahan yaitu alginat merupakan salah satu bahan yang paling layak untuk enkapsulasi bakteri probiotik karena karakteristik gelasi dan viabilitasnya dalam sistem pencernaan manusia. Penelitian ini bertujuan untuk mengamati dan mengkarakterisasi viabilitas alginat sebagai perantara enkapsulasi bakteri probiotik. Bersamaan dengan ini, penelitian ini mengeksplorasi penggunaan Chip Polydimethylsiloxane (PDMS) untuk enkapsulasi lapisan tunggal.

---

The use of probiotic bacteria in certain foods such as cereals, dairy, and fermented foods are prolific for health purposes. For these bacteria to provide positive health effects, they must reach their site of action alive and implant themselves in certain numbers. However, studies show that the bacteria may not survive in high enough numbers when incorporated into food products. is a technology that allows for these bacteria to be released in controlled rates to make these bacteria stay long enough to effectively give benefits to the host. One of the methods of microencapsulation is through droplet generation. To achieve droplet generation a technology is developed which is a Lab – on – a – chip, a device that that combines many widely performed laboratory research processes into a compactly sized chip. To encapsulate probiotic bacteria various materials can be used for encapsulation. One of the materials, namely alginate is one of the most viable materials for encapsulation of probiotic bacteria due to its gelation characteristics and viability within the human gastrointestinal system. This study aims to observe and characterize the viability of alginate as a vector for probiotic bacteria encapsulation. Along with this, this study explores the use of a Polydimethylsiloxane (PDMS) Chip for single – layer encapsulation."

"ABSTRAKTujuan dari tesis ini adalah studi coupled untuk akselarator pada SoC berbasis arsistektur LEON3. Coupling ini menggunakan FIFO FSL (Fast simplex Link) bus dan direalisasikan pada FPGA virtex-6 (board Xilinx ML605). Desain dasar menggunakan APB bus, karena kemudahan dalam segi protokol dan rendah konsumsi energinya. Sedangkan untuk FSL Converter menggunakan Xilinx ISE Library. IP ini ditambahkan dengan menggunakan prinsip plug&pluy extending dari IP GRLIB. Desain coupled ini menggunakan prinsip FSM (finite state machine), simulasi menggunakan ModelSim 6, dan logika sintesis menggunaan ISE. Test real-time menggunakan monitor GRMON. Hasil tes menunjukan penggunaan APB tidak bisa digunakan untuk coupled tightly pada LEON3 karena menggunakan AMBA V.2 berbeda dengan versi 3 yang tidak terbatas, jika dibutuhkan untuk dirubah (tanpa PReady, twait) maka harus diganti dengan menggunakan AHB Bus.

---

AbstractThe objectives of the thesis are the studies the coupling of a hardware accelerator in a SoC based on leon3. Coupling created using FSL (Fast Simplex Link) bus with AMBA bus leon3 programmed in FPGA Virtex-6 (Xilinx ML605 board prototype). The initial design use APB bus, because of the simplicity of the APB protocol and low power. FSL converter use Xilinx ISE library. Addition of this IP uses plug&play Extending IP GRLIB. This design coupled includes design based on FSM (finite state machine), simulation using ModelSim and logic synthesis using ISE. The test is based on real-time monitor GRMon. Test results show for the APB could not be tightly coupled because of the SoC based on LEON3 using AMBA bus v2, which unlike the version 3 does not freiner if need an exchange (no pready, Twait): it must be changed using the AHB bus."