Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Hasil Pencarian

Ditemukan 104687 dokumen yang sesuai dengan query
cover
Indra Wicaksono
"Infeksi virus Dengue (DENV) masih menjadi masalah kesehatan dunia termasuk Indonesia, mengamcam lebih dari 150 ribu jiwa setiap tahunnya. Meski berbagai usaha preventif konvensional telah dilakukan, angka keparahan tetap tidak jauh berkurang. Karena itu, vaksin dikembangkan sebagai usaha preventif yang efektif sekaligus efisien. Sayangnya, jumlah studi filogenetik yang mendukung pengembangan vaksin saat ini masih terbatas. Untuk itu, penelitian ini dilakukan dengan menganalisis sekuens nukleotida dan asam amino protein Non Struktural-1 (NS-1) pada bagian epitope. Analisis dilakukan dari data yang dikumpulkan melalui GenBank dan Laboratorium Mikrobiologi Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia, 29 sekuens diolah menggunakan program Genetyx 5.1. Hasil analisis menunjukkan persebaran filogenetik berdasarkan nukleotida NS-1 strain Indonesia yang berada pada Genotipe I dan IV dan tidak berbeda dengan filogenetik berdasarkan gen envelope. Sedangkan, hasil homologi asam amino menunjukkan substitusi terjadi pada beberapa situs epitope NS-1 yang sebelumnya dianggap lestari. Hasil ini menunjukkan bahwa, analisis NS-1 dapat digunakan sebagai dasar pengembangan vaksin dengue.

Until to date, dengue virus (DENV) infection is still a major global health problem including Indonesia, putting over 150 thousands people at risk every year. Despite various conventional preventive efforts conducted, number of people with severe dengue is not reduce significantly. Vaccine is than developed in a hope to make a more effective and efficient way of dengue prevention. But, only a limited number of phylogenetic studies have been conducted to support the vaccine development. This phylogenetic studies of dengue virus (DENV) is conducted in order to support the basis for development of protective dengue vaccine. This study analyze nucleotides and amino acids sequence of Non Structural-1 (NS-1) protein and emphasizing at epitope sites. By using Genetyx 5.1, 29 samples that have been collected from Laboratory of Microbiology Faculty of Medicine Universitas Indonesia and GenBank were analized. Phylogenetic tree analysis using NS-1 nucleotides showing that isolates from Indonesia is potitioned within genotipe I and IV, insignifically different with phylogenetic tree analysis using envelope nucleotides. While, amino acid homology analysis showing subtitution between NS1 epitope sites that considered being conserved at the previous studies. This results shows that, NS-1 analysis can be used as a basis of vaccine development."
Jakarta: Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia, 2014
S-Pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Adi Basuki
"Kondisi iklim tropis Indonesia menyebabkan Indonesia menjadi salah satu kontributor kasus infeksi DENV terbanyak. Saat ini diperlukan pengembangan vaksin yang harus didasari oleh studi filognetik virus, khususnya DENV serotipe 2 (DENV-2) yang merupakan DENV serotipe paling dominan di Indonesia. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisa perbandingan sekuens dan filogenetik nukleotida Envelope lengkap dengan Domain III. Sejumlah 42 data diambil dari GenBank dan Laboratorium Mikrobiologi Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia berupa sekuens whole genome DENV-2. Sekuens tersebut diolah dengan software Genetyx 5.1. Hasil penelitian menunjukan strain Indonesia merupakan genotipe Cosmopolitan. Sedangkan analisis filogenetik Envelope lengkap dan Domain III menunjukkan perbedaan. Genotipe Asia II menjadi bagian genotipe American pada analisis filogenetik Domain III. Dari hasil penelitian dapat disimpulkan bahwa filogenetik Domain III saja tidak dapat digunakan untuk penentuan genotipe.

Indonesia's tropical climate conditions caused Indonesia become one of the largest contributors of DENV infection. Currently, we required the development of a vaccine that must be based on studies phylogenetic virus, in particular 2 DENV serotypes (DENV-2) which is the most predominant serotype DENV in Indonesia. This study aims to analyze the nucleotide sequence comparisons and phylogenetic complete Envelope with Domain III. A total of 42 data retrieved from GenBank and the Laboratory of Microbiology, Faculty of Medicine, University of Indonesia in the form of whole genome sequences of DENV-2. The sequence processed with GENETYX 5.1 software. The results showed Indonesia strain is part of Cosmopolitan genotype. Whereas the Envelope epitope analysis and the Domain III epitope analysis show significant differences. Genotype Asian II became part of the American genotype on phylogenetic analysis of Domain III. From the results of this study concluded that the phylogenetic domain III alone cannot be used for the determination genotpe."
Jakarta: Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia, 2014
S-Pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Arvin Pramudita
"Indonesia merupakan negara dengan jumlah kasus dengue terbanyak dan terparah di Asia Tenggara Studi filogenetik virus dengue DENV diperlukan sebagai dasar pengembangan struktur vaksin yang cocok Meskipun demikian data sekuens DENV masih terbatas Penelitian ini bertujuan menganalisis sekuens dan filogenetik keseluruhan gen envelope DENV 1 dibandingkan dengan domain III saja Data didapatkan dari GenBank dan Laboratorium Mikrobiologi Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia berupa whole genome DENV 1 sebanyak 30 sekuens yang diolah dengan Genetyx 5 1 Hasil analisis nukleotida gen envelope DENV 1 menunjukan strain Indonesia termasuk genotipe I dan IV Sedangkan analisis nukleotida dengan hanya domain III menunjukan adanya perbedaan cluster antar strain namun tetap dalam genotipe yang sama Dengan demikian studi filogenetik penentuan genotipe dapat dilakukan dengan hanya menggunakan domain III saja Analisis homologi asam amino domain III menunjukan epitope utama dilestarikan dan dapat menjadi landasan penting dalam pembuatan vaksin dengue berbasis domain III

Phylogenetic study of dengue virus DENV is required as a basis to develop a suitable structure for vaccine development Nonetheless DENV sequence data is limited This study aims to analyze and compare the sequence and phylogenetic of DENV 1 envelope gene with domain III The data is obtained from GenBank and Laboratory of Microbiology Faculty of Medicine Universitas Indonesia Thirty sequences of DENV 1 whole genome were processed using Genetyx 5 1 Analysis using DENV 1 envelope nucleotide showed that strain Indonesia has genotype I and IV Analysis using only the nucleotide of domain III showed the same genotype with difference of clusters between strains Thus phylogenetic studies determining the genotype can be done using domain III alone Homology analysis of amino acid of domain III showed that the main epitope is well reserved This finding can be an important cornerstone in the development of domain III based dengue vaccine.
"
Jakarta: Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia, 2014
S-Pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Siti Rayhani Fadhila
"Demam berdarah merupakan salah satu masalah kesehatan di dunia. Infeksi virus dengue yang berulang dengan serotipe yang berbeda dapat memacu terjadinya demam berdarah bahkan kematian. Dengue serotipe 4 dilaporkan dapat menyebabkan infeksi sekunder yang lebih parah dibandingkan dengue serotipe lainnya. Sampai saat ini pengobatan demam berdarah belum ditemukan, maka itu pencegahan jauh lebih penting.
Para peneliti telah merekomendasikan vaksin aman berbasis nonstructural protein 1 (NS1) karena sifat imunogeniknya. Mereka telah mengidentifikasi empat epitope di NS1 yang diduga bereaksi kuat dengan epitope B cells, yaitu LD2, 24A, LX1, 24C. Tujuan dari riset ini adalah untuk menganalisa dan membandingkan strain DENV-4 yang diisolasi di Jakarta 2010 dengan 34 strain DENV-4 lainnya yang didapat dari GenBank menggunakan UGENE software sebagai basis dari pengembangan vaksin. Penelitian ini menggunakan data sekunder berupa urutan nukelotida virus dengue serotipe 4 strain IDSS44/10 yang diamplifikasi dan diurutkan di Departemen Mikrobiologi, FKUI.
Dari hasil penelitian ini dapat disimpulkan bahwa gen NS1 dari DENV-4 strain IDSS44/10 dapat digunakan sebagai kandidat vaksin dengue di masa mendatang. Hasil menunjukkan bahwa epitope 24C menunjukkan motif yang homolog di setiap sekuens asam amino pada NS1 DENV-4. Hampir seluruh DENV-4 strain yang diisolasi termasuk IDSS44/2010 memiliki urutan asam amino yang sama pada epitop LD2, 24A, LX1, 24C.

Dengue hemorrhagic fever has become a worldwide issue. Heterologous infection by different serotypes may lead to this advanced stage of dengue infection and even death. Dengue virus serotype 4 has been reported to cause more severe secondary infection compared to other serotypes. To date, there is no specific treatment for this disease therefore prevention is much more important.
Researchers have proposed a safe vaccine strategy that is based on nonstructural protein 1 (NS1) as it is strongly immunogenic. They identified four epitopes on NS1 that reacted strongly to B cell epitopes which are LD2, 24A, LX1, and 24C. The goal of this research is to identify and compare these NS1 epitopes among DENV-4isolated in Indonesia 2010 with other DENV-4 strains using UGENE softwareas a base of vaccine development. This study used a nucleotide sequence data of DENV-4 strain IDSS44/10 that was amplified and sequenced in Microbiology Department, FKUI.
The results show that NS1 gene DENV-4, IDSS44/2010 strain could be used as a dengue vaccine candidate in the future.The results show that 24C epitope was highly conserved among 35 DENV-4 NS1 sequences. Most of the DENV-4 including IDSS44/10 Indonesian strain have similar amino acids sequences on the epitopes (LD2, 24A, LX1, and 24C).
"
Jakarta: Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia, 2013
S-Pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Marsandi Nugraprawira Mardjoeki
"Demam berdarah merupakan sebuah masalah kesehatan besar yang mengancam banyak negara tropis, termasuk Indonesia. Beberapa tahun terakhir penyakit ini berkembang menjadi semakin parah. Hal ini diperparah dengan tidak adanya antivirus maupun Vaksin untuk infeksi dengue. Penelitian ini bertujuan untuk melakukan desain primer untuk amplifikasi gen Non Structural -3 (NS-3) serotype 2 (DENV-2) strain Indonesia (AB189124) yang bisa disisipkan pada plasmid pPICZ-alphaA dan diekspresikan pada vektor Pichia pastoris. Hasil penelitian didapatkan pasangan primer yang dapat digunakan untuk membuat protein rekombinan NS-3 DENV-2. Pasangan primer tersebut adalah pasangan CGC + KpnI + Primer (4468) = CGC + GGTACC + TCCCGTGTCAATACCAATCA dan SacII + Primer (6495) = CCGCGG + AGCATGATTGTACGCCCTTC. Dengan mempertimbangkan sekuens keseluruhan gen NS-3 DENV-2, epitope, dan enzim restriksi pada plasmid dan NS-3, maka pasangan primer tersebut dapat digunakan untuk membuat protein rekombinan NS-3 DENV-2 sebagai kandidat Vaksin dengue.

Dengue Fever is a major health problem which threatens a lot of tropical countries, including Indonesia. In the last few years, this epidemic grew worse. This was aggravated by the nonexistence of neither vaccine nor antivirus capable of neutralizing dengue virus serotype 1-4. This research focused on designing primer for amplification of Non Structural-3 (NS-3) dengue virus serotype 2 (DENV-2) Indonesian strain (AB189124) which could be spliced into pPICZ-alhpaA and expressed on Pichia pastoris vector. Research result was a primer pair which could be used to produce NS-3 DENV-2 recombinant protein. These primer pair were CGC + KpnI + Primer (4468) = CGC + GGTACC + TCCCGTGTCAATACCAATCA dan SacII + Primer (6495) = CCGCGG + AGCATGATTGTACGCCCTTC. By considering overall sequence of NS-3 DENV-2 genes, epitope, and restriction enzyme on plasmid and NS-3, these primer pair could be use to produce NS-3 DENV-2 recombinant protein as a dengue vaccine candidate."
Jakarta: Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia, 2012
S-Pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Lola Febriana Dewi
"ABSTRAK
Infeksi yang disebabkan oleh virus dengue telah banyak dilaporkan di negara tropis dan subtropis. Virus dengue terdiri dari 4 serotipe yaitu dengue 1-4. Hingga saat ini belum tersedia vaksin yang berlisensi untuk mencegah terjadinya infeksi dengue. Pada penelitian ini dikonstruksi vaksin DNA yang mengkode gen prM-E dan prM-E-NS1del virus dengue 2 strain Indonesia yang akan dijadikan sebagai kandidat vaksin dengue. Hasil penelitian berhasil mendapatkan 9 plasmid rekombinan pUMDE2 yang membawa gen sisipan prM-E dan telah dikonfirmasi dengan melakukan PCR koloni dan restriksi plasmid. Dari hasil sekuensing plasmid pUMDE2 koloni no. 11 ditemukan 19 mutasi asam amino pada gen prM-E, sepuluh mutasi pada gen prM dan sembilan mutasi pada gen E. Mutasi protein prM N29D dan N52K serta protein E V164I dan S390N terletak pada daerah epitop pengenalan sel B. Transfeksi plasmid pUMDE2 dilakukan pada sel Chinese Hamster Ovary (CHO)-K1 dan menunjukkan adanya ekspresi protein prM-E rekombinan berdasarkan uji imunostaining dan ELISA. Hasil ELISA menunjukkan bahwa protein ditemukan pada sel yang ditransfeksi. Sedangkan, plasmid rekombinan yang membawa gen prM-E-NS1del tidak berhasil dikonstruksi. Plasmid pUMDE2 dapat dikembangkan menjadi kandidat vaksin DNA.

ABSTRACT
Infection by dengue virus were reported in tropical and subtropical area. Dengue virus (DENV) consist of 4 serotype, DENV-1 to DENV-4. There is no licensed vaccine available for dengue infection. In this research, we construct DNA vaccine encode prM-E and prM-E-NS1del genes of dengue virus serotype 2 for vaccine development. Nine recombinant plasmids that encode prM-E genes (pUMDE2), were successfully obtained. Recombinant plasmids were confirmed by PCR colony and restriction enzyme analysis. Colony of pUMDE2 no. 11 was sequenced and total 19 amino acid mutations were founds, 10 mutations in prM and 9 mutations in E protein. prM mutations N29D and N52K, E mutations of V164I and S390N were found in B cell epitopes. Transfection pUMDE2 plasmid was done to Chineese Hamster Ovary (CHO)-K1 and showed that recombinant protein prM-E was successfully expressed by immunostaining assay and ELISA. Results showed that the protein was mainly found in cell fraction. However, recombinant plasmid that encode prM-E-NS1del were failed to be constructed. pUMDE2 could be developed for vaccine candidate.
"
Jakarta: Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia, 2016
T-Pdf
UI - Tesis Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Leonardus Wibowo Hidayat
"ABSTRAK
Penelitian terkait karakteristik genetik sekuens virus dengue (DENV) diperlukan dalam menilai kekerabatan antara strain DENV yang tersebar di seluruh dunia. Tujuan dalam penelitian ini adalah membandingkan karakteristik genotype dan sekuens data DENV serotipe 2 (DENV-2) nukleotida envelope dibandingkan dengan sekuens data DENV-2 nukleotida Non-Struktural 1 (NS1). Data didapatkan dari Laboratorium Mikrobiologi Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia untuk strain data yang berasal dari Indonesia dan GenBank untuk strain data yang berasal dari seluruh dunia sebagai data pembanding dengan jumlah sebanyak 42 data, yang kemudian dianalisis menggunakan Genetyx 5.1. Hasil penelitian didapatkan bahwa sekuens data NS1 strain DENV-2 yang berasal dari Indonesia termasuk ke dalam kelompok genotype Cosmopolitan, serupa dengan hasil analisis data dengan sekuens data envelope strain DENV-2. Sementara pada analisis epitope LX1 yang merupakan epitope khas dari NS1, terdapat berbagai peubahan komponen asam amino pada epitope tersebut dibandingkan dengan sekuens data strain Indonesia yang tergabung ke dalam kelompok genotype Cosmopolitan. Kesimpulan dari penelitian ini adalah bahwa filogenetik dengan menggunakan NS1 sebagai bahan analisis dapat digunakan untuk menentukan genotipe. Sehingga gen NS1 pada DENV-2 strain Indonesia masih dapat dipertimbangkan sebagai salah satu dasar metode pengembangan vaksin.

ABSTRACT
Studies about genetic characteristic between dengue virus serotype 2 (DENV-2) sequence data is needed to determine its relationship between DENV strain over the world. The main purpose of this study is to compare between characteristic of sequence data DENV-2 envelope nucleotide and sequence data DENV-2 Non- Structural 1 (NS1) nucleotide, and analyze between amino acid homology in this study and related previous studies. 42 data used for this study are obtained from Laboratory of Microbiology Faculty of Medicine University of Indonesia for data from Indonesia and form GenBank for data from other countries as a comparison, which is analyzed with software Genetyx 5.1. NS1 sequence data from DENV-2 strain from Indonesia is classified in Cosmpolitan genotype group, which are similar than data analysis from envelope sequence data from same data. Meanwhile in analysis of LX1 epitope, which is considered as typical epitope from NS1, there are any differences in amino acid component at it compared than strain Indonesia data sequences which are included in Cosmopolitan genotype group. As a conclusion, phylogenetic analysis of NS1 nucleotide is useful for determining the genotypes, which means NS1 DENV-2 gene strain Indonesia can be useful as the basis for vaccine development"
2015
S-Pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Fithriyah
"Infeksi virus dengue masih menjadi masalah kesehatan di Indonesia dengan angka kejadian yang cukup besar setiap tahunnya. Virus ini memiliki 3 protein struktural dan 7 protein non struktural. Salah satu dari protein non struktural yaitu non struktural l (NSI) memiliki tingkat imunogenisitms yang cukup tinggi dan dihasilkan di awal infeksi. Protein NSI juga tidak menunjukkan adanya reaksi silang dcngan virus golongan flvivirus lainnya, sehingga menjadi kandidat yang baik untuk digunakan sebagai antigen diagnosis infeksi dengue. Kami mencoba memproduksi protein non-struktural 1 (NSI) rekombinan dari virus dengue serotype-2 yang berasal dari strain DS-3106 pasien DI-IF Jakarta tahun 2006 untuk diiadikan sebagai kandidat antigen. Gen NSI diamplifikasi dengan PCR untuk kemudian diklon ke dalam vektor pGEX-6P-l dan selanjutnya diekspresikan di dalam baketri EZ coli strain BL-21. Hasil analisis SDS-PAGE dan westem blot menunjukkan bahwa protein NSI rekombinan telah berhasil diekspesikan pada kisaran 80 kDa. Protein nekombinan Gst»-NSI telah berhasil dipurifikasi menggunakan Sephadex-G-100 serta kit Purifikasi Bulk Gst dengan kadar 21 ng/ ul.Protein ini juga menunjukkan adanya reaktivims dengan serum pasien dengue. Produksi protein NSI secara nekombinan dapat menjadi altcmatif untuk menycdiakan antigen dalam skala besar dan aman yang dapat digtmakan dalam pengembangan diagnosis infeksi dengue.

Dengue virus infection is still the major health problem in Indonesia with high CFR every year. Dengue virus has 3 structural proteins and 7 non structural proteins. It is reported that the non structural l (NSI) protein is immunologic and is produced in the earlier stage of infection.'[`his protein does not show any cross reaction so it can be a good candidate for diagnonic antigen of dengue infection. We are trying to produce a recombinant NSI protein from DS 3106 strain which is isolated hom DHF patient in Jakarta. The NS] gene was amplified with PCR and cloned in pGEX-6P-l systems to be expressed in EZ coli BL2l strain. SDS-PAGE and western blot analysis showed that the recombinant NSI was expressed in 80 kDa range. The recombinant Gst-NS] also had been purified using Sephadex-G-100 and Bulk Gst Purification Kit with the concentration 21 ng/ uL amount and this protein showed reactivity with dengue patient sera. NSI production with recombinant system can be the alternative way to provide antigen safely in large scale to improve dengue diagnostic."
Jakarta: Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia, 2008
T32306
UI - Tesis Open  Universitas Indonesia Library
cover
Paulina Livia Tandijono
"ABSTRAK
Tingginya angka infeksi virus dengue (DENV) di Indonesia merupakan masalah
kesehatan yang masih belum tertangani. Pengobatan infeksi DENV hingga saat ini
masih mengandalkan imunitas penderita. Berbagai jenis antiviral DENV sedang
dikembangkan, salah satunya menggunakan rekayasa genetika berbasis sekuens
untranslated region (UTR). Namun data mengenai UTR DENV masih sedikit. Oleh
karena itu, penulis melakukan penelitian untuk menganalisa sekuens dan
filogenetik UTR DENV-1. Dalam penelitian ini, dua strain Indonesia dibandingkan
dengan 25 strain dari GenBank menggunakan program Genetyx 5.1. Hasil
penelitian ini menunjukan bahwa terdapat beberapa sekuens yang lestari, sehingga
memenuhi kriteria sebagai target siRNA, yaitu 3’UAR, CS1, CS2, dan RCS2.
Sementara sekuens 5’ UTR tidak memenuhi syarat siRNA karena ditemukan
perubahan pada beberapa strain, termasuk strain Indonesia. Filogenetik
menggunakan UTR tidak sesuai dengan filogenetik envelope dan tidak dapat
digunakan untuk menjelaskan pola penyebaran DENV-1.

ABSTRACT
High prevalence of dengue virus (DENV) infection still become an unresolved issue
in Indonesia. Treatment for DENV infection relies heavily on natural immunity.
Various DENV antivirals are on development, one of them is untranslated region
(UTR)-sequence-based. However, there is only a few number of data available on
UTR DENV. Therefore, this research was done to analyze the sequence and
phylogenetic of UTR DENV-1. Two Indonesia strains were compared with 25
strains from GenBank using the Genetyx 5.1 program. There are four conserved
sequences that fill criteria as siRNA targets, which are 3’UAR, CS1, CS2, and
RCS2. 5’UTR sequence does not fill the siRNA criteria because mutations were
found within some strains, including Indonesia strains. Phylogenetic using UTR
does not fit envelope phylogenetic and can not be used to explain the DENV-1
pattern."
2014
S-Pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Siregar, Tegar Adriansyah Putra
"Infeksi yang disebabkan oleh virus dengue (DENV) menimbulkan spektrum luas penyakit dari sindrom virus ringan, demam dengue klasik dan penyakit perdarahan berat yaitu demam berdarah dengue (DBD) hingga Dengue Shock Syndrom (DSS). Antibodi terhadap protein struktural E dari serotipe DENV yang heterolog pada infeksi primer dan sekunder tidak dapat menetralkan virus, sehingga walaupun kompleks antibodi-virus difagositosis oleh monosit, DENV tetap dapat bereplikasi di dalam monosit. Kondisi meningkatnya infeksi virus pada sel target diperantarai antibodi ini dikenali sebagai antibody-dependent enhancement (ADE). Protein NS3 merupakan protein terbesar kedua yang dikode oleh genom DENV dan sekuens asam amino primernya merupakan yang paling lestari diantara serotipe DENV yang berguna menghindari ADE. Protein NS3 ditemukan menginduksi respon antibodi dan respon sel T CD4+ dan CD8+, kebanyakan sel T tersebut bereaksi silang antar serotipe. Dilakukan analisis pada epitop sel T dan sel B protein NS3 DENV4 081 yang selanjutnya dilakukan pengklonaan dan ekspresi gen NS3 DENV4 081. Ditemukan posisi epitop sel B 537-544 NS3 DENV4 081 identik dan lestari dengan 124 strain DENV4 di dunia dan dengan keempat serotipe strain Indonesia. Gen NS3 DENV4 081 berhasil diamplifikasi dengan teknik PCR dan berhasil diinsersikan kedalam vektor pQE80L dengan orientasi yang benar. Plasmid rekombinan yang mengandung gen NS3 DENV4 081 ditransformasikan ke dalam E. coli BL21 dan diekspresikan dengan induksi IPTG. Hasil ekspresi protein NS3 DENV4 081 yang ditunjukkan dengan terlihatnya dot yang berwarna lebih pekat pada Dot Blot yang dideteksi dengan detektor anti-His merupakan protein rekombinan NS3 DENV4 081. Hasil Western Blot menunjukkan ekspresi protein rekombinan NS3 yang rendah, sehingga masih perlu penelitian lebih lanjut untuk mengoptimalkan ekspresi protein rekombinan NS3 pada vektor pQE80L.

Infections caused by dengue virus (DENV) cause a broad spectrum of disease from mild viral syndrome, classic dengue fever to severe hemorrhagic diseases which are dengue hemorrhagic fever (DHF) and Dengue Shock Syndrome (DSS). Antibodies against E protein of heterologous DENV serotypes in primary and secondary infections can not neutralize the virus, although the antibody-virus complexes were phagocytes by monocytes, DENV still replicate inside monocytes. A condition increasing antibody-mediated viral infection on target cell was identified as antibody-dependent enhancement (ADE). NS3 protein is the second largest protein encoded by the genome of DENV and the primary amino acid sequence is the most conserved among DENV serotypes. NS3 protein was found to induce antibody, CD4+ and CD 8+ T cell responses, most of the T cells were cross-reactive between serotypes. Analysis was performed on the T and B cell epitope of NS3 DENV4 081 protein then continue with gene cloning and expression of NS3 DENV4 081. Position of B cell epitope 537-544 NS3 DENV4 081 protein was found identical and conserved to NS3 protein of 124 DENV4 strains around the world and all four serotypes of Indonesia strain. NS3 DENV4 081 gene was successfully amplified by PCR and successfully inserted into the vector pQE80L with the correct orientation. Recombinant plasmid containing NS3 DENV4 081 gene was transformed into E. coli BL21 and expressed by IPTG induction. Results of NS3 DENV4 081 protein expression was indicated by the colored dot produced on Dot Blot detected with anti-His detector. Western Blot result show low NS3 recombinant protein expression, so further research is needed to optimize the NS3 expression in vector pQE80L."
Jakarta: Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia, 2014
T-Pdf
UI - Tesis Membership  Universitas Indonesia Library
<<   1 2 3 4 5 6 7 8 9 10   >>