Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Indonesia is one country with highest number cases of H5N1 influenza virus infection. Therefore, it is necessary to attempt to overcome the infection and prevent a pandemic. Vaccines are one of the effective efforts for the prevention of infectious diseases. This study will be developed H5N1 virus-like particle (VLP) vaccine detection system with green fluorescent protein (GFP). H5N1 VLP and GFP protein encoding plasmid was constructed in a transient pBACgus4x-1 which has four promoters of baculovirus expression, two polh promoters and two p10 promoters. Construction of plasmid transient conducted gradually. Each H5N1 VLP protein (HA, NA, and M) encoding gene and the eGFP gene was inserted in a different promoter.Based on analysis of polymerase chain reaction (PCR), restriction enzymes and sequencing, the recombinant plasmid construction pBACM1H5N1eGFP successfully obtained. Co-transfection of pBACM1H5N1eGFP with BacVector® 1000 showed GFP successfully expressed. GFP expressed continuously from co-transfection until 5th passage and used as a parameter of recombinant baculovirus infection and VLP encoding protein expression. Until the passage of the 5th, the highest percentage of expression is 3%.PCR results have confirmed the presence of VLP and GFP gene in Sf9 cells infected with recombinant baculovirus. Results of immunostaining using polyclonal antibodies against HA, NA and M are observed in confocal microscopy have shown the presence of H5N1-forming protein expression is at GFP expressing cells. GFP detection system to control the H5N1 VLP expression has been successfully performed. The increase of titer recombinant baculovirus in Sf9 cells is required to detect recombinant baculovirus and VLP.

---

Indonesia merupakan salah satu negara dengan kasus infeksi virus influenza H5N1 terbanyak dibandingkan negara lainnya. Oleh karena itu perlu dilakukan usaha untuk menanggulangi infeksi dan mencegah terjadinya pandemi. Vaksin merupakan salah satu upaya yang efektif untuk pencegahan penyakit infeksi. Dalam penelitian ini akan dikembangkan vaksin virus-like particle (VLP) H5N1 dengan sistem pendeteksi green fluorescent protein (GFP). Protein pengkode VLP H5N1 dan GFP dikonstruksi dalam satu plasmid transien pBACgus4x-1 yang memiliki empat promotor ekspresi baculovirus yaitu dua promotor polh dan dua promotor p10. Konstruksi plasmid transien dilakukan secara bertahap. Setiap gen pengkode VLP H5N1 (HA, NA, dan M) serta gen eGFP diinsersi di promotor yang berbeda.Berdasarkan hasil analisis polymerase chain reaction (PCR), enzim restriksi dan sekuensing, konstruksi plasmid rekombinan pBACM1H5N1eGFP berhasil diperoleh. Kotransfeksi pBACM1H5N1eGFP dengan BacVector® 1000 memperlihatkan GFP berhasil diekspresi. Protein GFP berhasil diekspresi secara kontinu dari tahap ko-transfeksi hingga pasase ke-5 dan dijadikan sebagai parameter infeksi baculovirus rekombinan dan ekspresi protein pembentuk VLP. Hingga pasase ke-5, persentase ekspresi paling tinggi hanya 3%.Hasil PCR telah mengkonfirmasi adanya gen penyandi VLP dan GFP di sel SF9 yang terinfeksi baculovirus rekombinan. Hasil immunostaining menggunakan antibodi poliklonal terhadap HA, NA dan M yang diamati pada mikroskop konfokal telah menunjukkan adanya ekspresi protein pembentuk H5N1 yang berada pada sel pengekspresi GFP. Sistem pendeteksi GFP untuk kontrol ekspresi VLP H5N1 telah berhasil dilakukan. Peningkatan titer baculovirus rekombinan pada sel SF9 diperlukan untuk mendeteksi Baculovirus rekombinan dan VLP."

"Indonesia is one country with highest number cases of H5N1 influenza virus infection. Therefore, it is necessary to attempt to overcome the infection and prevent a pandemic. Vaccines are one of the effective efforts for the prevention of infectious diseases. This study will be developed H5N1 virus-like particle (VLP) vaccine detection system with green fluorescent protein (GFP). H5N1 VLP and GFP protein encoding plasmid was constructed in a transient pBACgus4x-1 which has four promoters of baculovirus expression, two polh promoters and two p10 promoters. Construction of plasmid transient conducted gradually. Each H5N1 VLP protein (HA, NA, and M) encoding gene and the eGFP gene was inserted in a different promoter.Based on analysis of polymerase chain reaction (PCR), restriction enzymes and sequencing, the recombinant plasmid construction pBACM1H5N1eGFP successfully obtained. Co-transfection of pBACM1H5N1eGFP with BacVector® 1000 showed GFP successfully expressed. GFP expressed continuously from co-transfection until 5th passage and used as a parameter of recombinant baculovirus infection and VLP encoding protein expression. Until the passage of the 5th, the highest percentage of expression is 3%. PCR results have confirmed the presence of VLP and GFP gene in Sf9 cells infected with recombinant baculovirus.Results of immunostaining using polyclonal antibodies against HA, NA and M are observed in confocal microscopy have shown the presence of H5N1-forming protein expression is at GFP expressing cells. GFP detection system to control the H5N1 VLP expression has been successfully performed. The increase of titer recombinant baculovirus in Sf9 cells is required to detect recombinant baculovirus and VLP.

---

Indonesia merupakan salah satu negara dengan kasus infeksi virus influenza H5N1 terbanyak dibandingkan negara lainnya. Oleh karena itu perlu dilakukan usaha untuk menanggulangi infeksi dan mencegah terjadinya pandemi. Vaksin merupakan salah satu upaya yang efektif untuk pencegahan penyakit infeksi. Dalam penelitian ini akan dikembangkan vaksin virus-like particle (VLP) H5N1 dengan sistem pendeteksi green fluorescent protein (GFP). Protein pengkode VLP H5N1 dan GFP dikonstruksi dalam satu plasmid transien pBACgus4x-1 yang memiliki empat promotor ekspresi baculovirus yaitu dua promotor polh dan dua promotor p10. Konstruksi plasmid transien dilakukan secara bertahap. Setiap gen pengkode VLP H5N1 (HA, NA, dan M) serta gen eGFP diinsersi di promotor yang berbeda.Berdasarkan hasil analisis polymerase chain reaction (PCR), enzim restriksi dan sekuensing, konstruksi plasmid rekombinan pBACM1H5N1eGFP berhasil diperoleh. Kotransfeksi pBACM1H5N1eGFP dengan BacVector® 1000 memperlihatkan GFP berhasil diekspresi. Protein GFP berhasil diekspresi secara kontinu dari tahap ko-transfeksi hingga pasase ke-5 dan dijadikan sebagai parameter infeksi baculovirus rekombinan dan ekspresi protein pembentuk VLP. Hingga pasase ke-5, persentase ekspresi paling tinggi hanya 3%. Hasil PCR telah mengkonfirmasi adanya gen penyandi VLP dan GFP di sel SF9 yang terinfeksi baculovirus rekombinan.Hasil immunostaining menggunakan antibodi poliklonal terhadap HA, NA dan M yang diamati pada mikroskop konfokal telah menunjukkan adanya ekspresi protein pembentuk H5N1 yang berada pada sel pengekspresi GFP. Sistem pendeteksi GFP untuk kontrol ekspresi VLP H5N1 telah berhasil dilakukan. Peningkatan titer baculovirus rekombinan pada sel SF9 diperlukan untuk mendeteksi Baculovirus rekombinan dan VLP."

"Infeksi virus dengue masih menjadi masalah kesehatan di Indonesia dengan angka kejadian yang cukup besar setiap tahunnya. Virus ini memiliki 3 protein struktural dan 7 protein non struktural. Salah satu dari protein non struktural yaitu non struktural l (NSI) memiliki tingkat imunogenisitms yang cukup tinggi dan dihasilkan di awal infeksi. Protein NSI juga tidak menunjukkan adanya reaksi silang dcngan virus golongan flvivirus lainnya, sehingga menjadi kandidat yang baik untuk digunakan sebagai antigen diagnosis infeksi dengue. Kami mencoba memproduksi protein non-struktural 1 (NSI) rekombinan dari virus dengue serotype-2 yang berasal dari strain DS-3106 pasien DI-IF Jakarta tahun 2006 untuk diiadikan sebagai kandidat antigen. Gen NSI diamplifikasi dengan PCR untuk kemudian diklon ke dalam vektor pGEX-6P-l dan selanjutnya diekspresikan di dalam baketri EZ coli strain BL-21. Hasil analisis SDS-PAGE dan westem blot menunjukkan bahwa protein NSI rekombinan telah berhasil diekspesikan pada kisaran 80 kDa. Protein nekombinan Gst»-NSI telah berhasil dipurifikasi menggunakan Sephadex-G-100 serta kit Purifikasi Bulk Gst dengan kadar 21 ng/ ul.Protein ini juga menunjukkan adanya reaktivims dengan serum pasien dengue. Produksi protein NSI secara nekombinan dapat menjadi altcmatif untuk menycdiakan antigen dalam skala besar dan aman yang dapat digtmakan dalam pengembangan diagnosis infeksi dengue.

---

Dengue virus infection is still the major health problem in Indonesia with high CFR every year. Dengue virus has 3 structural proteins and 7 non structural proteins. It is reported that the non structural l (NSI) protein is immunologic and is produced in the earlier stage of infection.'[`his protein does not show any cross reaction so it can be a good candidate for diagnonic antigen of dengue infection. We are trying to produce a recombinant NSI protein from DS 3106 strain which is isolated hom DHF patient in Jakarta. The NS] gene was amplified with PCR and cloned in pGEX-6P-l systems to be expressed in EZ coli BL2l strain. SDS-PAGE and western blot analysis showed that the recombinant NSI was expressed in 80 kDa range. The recombinant Gst-NS] also had been purified using Sephadex-G-100 and Bulk Gst Purification Kit with the concentration 21 ng/ uL amount and this protein showed reactivity with dengue patient sera. NSI production with recombinant system can be the alternative way to provide antigen safely in large scale to improve dengue diagnostic."

"Penyakit Demam Berdarah banyak ditemukan di daerah dengan iklim tropis dan subtropis dimana penyakit ini disebabkan oleh virus dengue (DENV) yang ditransmisikan kepada manusia melalui nyamuk. DENV terdiri dari 3 (tiga) protein struktural (capsid (C), premembrane (prM) dan envelope (E)) dan 7 (tujuh) protein non-struktural (NS1, NS2A, NS2B, NS3, NS4A, NS4B dan NS5). Protein NS3 Protease-Helikase pada DENV berperan penting dalam pengolahan poliprotein dan replikasi virus sehingga berpotensi sebagai target dalam proses inhibisi. Dalam penelitian ini, digunakan metode Fragment-Based Drug Discovery (FBDD) untuk penemuan inhibitor DENV NS3 Protease-Helikase yang merupakan senyawa Biogenic yang diperoleh dari database ZINC15. Metode fragment growing untuk modifikasi dilakukan dengan menggunakan Osiris DataWarrior. Simulasi Penambatan Molekul dilakukan dengan menggunakan Molecular Operating Simulator (MOE) pada struktur 3D protein yang diperoleh dari Protein Data Bank (PDB). Melalui simulasi yang dilakukan, diperoleh lima ligan terbaik yang dipilih berdasarkan nilai RMSD, , pKi serta kestabilan interaksi yang terbentuk dengan protein. Uji karakterisitik ADME (Adsorpsi, Distribusi, Metabolisme, Ekskresi), toksisitas dan medicinial chemistry dilakukan pada kandidat obat menggunakan SwissADME, admetSAR, pKCSM, Osiris DataWarrior serta Toxtree. Hasil uji berdasarkan beberapa parameter menunjukkan compound 175 dan compound 72 hasil fragment growing memiliki karakteristik farmakologi yang baik dan sesuai standar pengembangan kandidat obat.

---

Dengue fever commonly found in areas with tropical and subtropical climates where it cause by the dengue virus (DENV) which transmitted to humans through mosquitoes. DENV consists of 3 (three) structural proteins (capsid (C), premembrane (prM) and envelope (E)) and 7 (seven) non-structural proteins (NS1, NS2A, NS2B, NS3, NS4A, NS4B and NS5). Since NS3 Protease-Helicase protein of DENV plays an important role in polyproteins development and viral replication, it is considered as the target of inhibition process. In this study, Fragment-Based Drug Discovery (FBDD) method was used for the discovery of DENV NS3 Protease-Helicase inhibitor where Biogenic compound obtained from ZINC15 database. Fragment growing method for modification was perfomed by using Osiris DataWarrior. Molecular docking process use Molecular Operating Simulator (MOE) on a 3D protein structure which obtained from Protein Data Bank (PDB). Through the simulations, five best ligand were screened based on RMSD, , pKi value and protein-ligan interaction stability. ADME characteristic tests (Adsorption, Distribution, Metabolism, Excretion), toxicity and medicinal chemistry were carried out on drug candidates using SwissADME, admetSAR, pKCSM, Osiris DataWarrior and Toxtree. The test results based on several parameters showed that compound 175 and compound 72 have good pharmacological characteristics in accordance with drugs development standards."

"Virus Influenza A H5N1 sampai saat ini masih menjadi masalah kesehatan yang signifikan. Kemampuan genetic drift dan shift virus dapat menjadi ancaman bagi efikasi vaksin influenza A H5N1 yang ada saat ini. Pengembangan vaksin influenza berbasis respon sel T CD8 diharapkan dapat memberikan daya proteksi silang yang lebih luas. FATTC-CTL assay merupakan suatu metode pengukuran aktivitas sel sitotoksik sel T CD8 melalui kuantifikasi lisis sel target pengekspresi antigen dan protein penanda oleh sel T CD8. Tahapan awal untuk pembuatan FATTC-CTL assay adalah konstruksi plasmid penyandi mRNA bisistronik. Penelitian ini bertujuan untuk mengkonstruksi plasmid penyandi mRNA bisistronik pengekspresi protein Hemaglutinin (HA) dari H5N1 dan protein penanda enhanced Green Fluorescent (eGFP) melalui sistem internal ribosome entry site (IRES). Gen eGFP, HA H5N1, dan elemen IRES HIV-1 diklona ke dalam vektor ekspresi mamalia pcDNA5FRT/TO. Konstruksi plasmid rekombinan penyandi mRNA bisistronik tersebut kemudian ditransfeksi transien ke dalam sel CHO-K1. Analisis ekspresi dari plasmid bisistronik dilakukan dengan pengamatan hasil pewarnaan imunofluoresens menggunakan mikroskop konfokal. Kuantifikasi ekspresi sel pengekspresi eGFP diketahui menggunakan perangkat TALI cytometer. Hasil sekuensing menunjukkan bahwa gen Hemaglutinin (HA) H5N1, sekuen IRES HIV-1, dan eGFP berhasil diklona ke dalam vektor plasmid pcDNA5FRT/TO. Pengujian transfeksi transien terhadap seluruh klona plasmid, yaitu plasmid wild type pcDNA5FRT/TO, pcDNA5FRT/TO-eGFP, pcDNA5FRT/TO-IRESHIV1-GFP, pcDNA5FRT/TO-HA H5N1 dan pcDNA5FRT/TO-HA H5N1-IRESHIV1-GFP ke dalam sel CHO-K1 menunjukkan bahwa protein Hemaglutinin dan eGFP berhasil diekspresikan. Perbandingan rerata sel CHO-K1 pengekspresi eGFP dari sel setelah ditransfeksi dengan setiap konstruksi plasmid tersebut di atas menunjukkan bahwa ekspresi eGFP pada sel CHO-K1 ditransfeksi plasmid rekombinan pengekspresi mRNA bisistronik HA dan eGFP relatif lebih rendah dibandingkan yang ditransfeksi plasmid rekombinan pengekspresi mRNA monosistronik eGFP maupun plasmid rekombinan pengekspresi mRNA bisistronik yang mengandung gen penyandi eGFP dan IRES HIV-1.

---

H5N1 Influenza A infection remains a significant human and animal health problem in the worldwide. The continuous antigenic drift and shift of virus can become threatens the efficacy of the influenza vaccines nowadays. Development of CD8 T cells response based influenza vaccine is expected to provide the broader cross protection. Fluorescent Antigen-Transfected Target Cell-CTL (FATT-CTL) assay is currently developing method to measure the activities of CD8 cytotoxic T cells. The aim of this study is to construct and transiently expressing the bicistronic vector carried H5N1 hemagglutinin (HA H5N1) and enhanced green fluorescent protein (eGFP) gene, linked with internal ribosome entry site element of HIV-1. The eGFP, HA H5N1, and IRES HIV-1 gene were cloned into pcDNA5FR/TO plasmid. The recombinant plasmid encoding bicistronic mRNA was transiently transfected into CHO-K1 cell. Analysis of the bicistronic plasmid expression were done by indirect immunofluorescence and visualized with confocal microscope. Quantification of cells expressing eGFP protein were done by using TALI cytometer.

The nucleotide sequencing result showed that the open reading frame of the Hemaglutinin (HA) H5N1–IRES HIV-eGFP DNA was accurately cloned into pcDNA5FRT/TO. Transient transfection of all the plasmid constructs (wild type pcDNA5FRT/TO, pcDNA5FRT/TO-eGFP, pcDNA5FRT/TO-IRESHIV1-GFP, pcDNA5FRT/TO-HA H5N1 and pcDNA5FRT/TO-HA H5N1-IRESHIV1-GFP) show that hemagglutinin and enhanced green fluorescent protein successfully expressed in CHO-K1 cells. Comparison of mean CHO-K1 cells expresssing eGFP from cells after transfected with each plasmid construction above shows that EGFP expression in CHO-K1 cells transfected recombinant plasmids expressing HA and eGFP bicistronic mRNA relatively lower than those transfected recombinant plasmid expressing EGFP mRNA monocistronic and recombinant plasmid expressing bicistronic mRNA containing EGFP-coding genes and IRES HIV-1."

"Sepsis merupakan suatu penyakit sistemik yang dapat disebabkan oleh translokasi bakteri. B. animalis subsp. lactis merupakan salah satu bakteri yang berpotensi dalam mencegah translokasi bakteri. Gen grpE merupakan salah satu target spesifik dalam mendeteksi B. animalis subsp. lactis. Penelitian bertujuan untuk mengoptimasi primer dengan target gen grpE untuk kurva standar, mengetahui hubungan konsentrasi primer terhadap nilai Ct, serta mengetahui sensitivitas dan spesifisitas primer. Isolat diisolasi dari sampel feses bayi menggunakan metode fenol-kloroform. Pasangan Primer dirancang berdasarkan sekuens gen grpE B. animalis subsp. lactis (NZ_ABOT01000010.1) menggunakan program Primer3. Optimasi primer dilakukan menggunakan lima konsentrasi berbeda,yaitu 50/50 nM, 100/100 nM, 300/300 nM, 500/500 nM, dan 1.000/1.000 nM.Hasil penelitian menunjukkan bahwa pasangan primer F_HNO19_grpE dan R_HNO19_grpE dengan konsentrasi 1.000/1.000 nM menghasilkan kurva standar yang optimal dengan efisiensi dan koefisien korelasi (R2) masing-masing sebesar 99,095% dan 0,971. Berdasarkan uji sensitivitas dan spesifistas, pasangan primer F_HNO19_grpE dan R_HNO19_grpE konsentrasi 1.000/1.000 nM dapat mengamplifikasi DNA target sampai dilusi 10-5 , tetapi spesifisitasnya hanya sampai dilusi 10-2. Konsentrasi primer tidak berkorelasi terhadap nilai Ct. Pasangan primer F_HNO19_grpE dan R_HNO19_grpE dapat digunakan untuk kuantifikasi B. animalis subsp. lactis dengan kisaran nilai Ct sebesar 15,74--33,89.

---

Sepsis is a systemic disease that can be caused by bacterial translocation. B. animalis subsp. lactis is one of the bacteria that has the potential to prevent the bacterial translocation. grpE gene is a specific target in the detection of B.animalis subsp. lactis. The research aims to optimize primer pair with target gene grpE for generating standard curve, to know the correlation between primer concentration and Ct value, and to know the primer sensitivity and specificity. Isolates were isolated from infant stool samples using phenol-chloroform method. Primer pair is designed based on B. animalis subsp. lactis grpE gene sequence (NZ_ABOT01000010.1) using the Primer3 program. The primer optimization is done using five different concentrations, which are 50/50 nM, 100/100 nM,300/300 nM, 500/500 nM, and 1.000/1.000 nM. The results showed that the primer pair F_HNO19_grpE and R_HNO19_grpE with 1.000/1.000 nM concentration can be used to generate an optimal standard curve with efficiency and correlation coefficient (R2) each by 99.095% and 0.971. Based on sensitivity and specificity test, primer pair F_HNO19_grpE and R_HNO19_grpE with 1.000/1.000 nM concentration can amplify DNA targets up to 10-5 dilution, but its specificity is only up to 10-2 dilution. Primer concentration and DNA samples with different concentrations were not correlated to the Ct value. F_HNO19_grpE and R_HNO19_grpE primer pair can be used for quantification of B. animalis subsp. lactis with a range of Ct values of 15.74 to 33, 89."

"Infeksi virus dengue merupakan masalah serius dengan angka kejadian yang terus meningkat setiap tahun dan hampir separuh populasi dunia beresiko terinfeksi. Infeksi sekunder virus dengue seringkali dihubungkan dengan tingkat keparahan penyakit yang ditimbulkan. Oleh karenanya sangat penting untuk dapat membedakan infeksi primer dan sekunder virus dengue. Uji Hi merupakan uji serologi yang direkomendasikan oleh badan kesehatan dunia (World Health Organization/WHO) untuk membedakan tipe infeksi tersebur. Namun selain secara teknis rnempunyai banyak kekurangan, uji ini juga seringkali kurang tepat dalam mengklasifikasikan antara infeksi primer dengan sekunder. Studi ini dilakukan untuk mengevaluasi performa uji HI dalam membedakan infeksi primer dan sekunder yaitu dengan membandingkan uji tersebut dengan PRNT. Penelitian ini juga mengeva1uasi performa ELISA lgG sebagai kandidat metode altematif. Dari 19 kasus infeksi primer berdasarkan PRNT, semua kasus (100%) juga ditetapkan sebagai infeksi primer dengan Hi dan ELISA lgG. Namun dari 73 kasus infeksi sekunder. hasil HI yang bersesuaian dengan PRNT hanya 31 5% sementara EUSA lgG sebanyak 98,6%. Dapat dikatakan HI merniliki performa yang baik dalam menentukan infeksi primer tetapi kurang baik pada infeksi sekunder. AnalisB; statistik juga memperkuat perbedaan performa uji HI dan ELISA tersebut dengan nilai p=O (p1280. Tipe infeksi pada titer H1 antara 160-640 tidak dapat didefinisikan.

---

Dengue infections have become a global concern since its increasing incidence with almost half of world's population at risk. Secondary or multiple dengue virus infection is often implicated in the severity of the diseases. Therefore, discriminating dengue infection between primary versus secondary is very important. World Health Organization recommends hem-agglutination inhibition (HI) assay as the reference test to distinguish the infection. But besides its technical drawbacks, HI interpretations often misclassified between primary and secondary. In this study, we try to evaluate HI performance by comparing the assay with Plaque Reduction Neutralization Test (PRNT). We also evaluate enzyme linked immunosorbent assay (ELISA) lgG perfonnance as suggested alternative method. Of 19 primary infection cases determined by PRNT, all of them (100"/o) also defined as primary infection by both HI and ELISA lgG. From 72 of secondary infection cases, only 31.5 % of HI result that had agreement with PRNT, meanwhile ELISA lgG 98.6%. In this case, we found that HI is good in determination of primary but poor in secondary infection. Statistical analysis revealed that HI and ELISA IgG performance is significantly different with p O (p"