Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"This book explores the forces that have shaped the evolution of organelle genomes and the expression of the genes encoded by them. Some striking examples of trends in organelle evolution explored here are the reduction in genome size and gene coding content observed in most lineages, the complete loss of organelle DNA in certain lineages, and the unusual modes of gene expression that have emerged, such as the extensive and essential mRNA editing that occurs in plant mitochondria and chloroplasts. This book places particular emphasis on the current techniques used to study the evolution of organelle genomes and gene expression."

"Sindrom mielodisplasia (Myelodysplastic Syndrome, MDS) adalah sejumlah gangguan yang terjadi akibat sumsum tulang tidak mampu menghasilkan sel-sel darah yang sehat.1 Diferensiasi sel prekursor darahterganggu, 2 dan apoptosis meningkat dengan signifikan sehingga sel-sel darah menjadi abnormal yang tidak sepenuhnya berkembang. 3 Gen PI-PLCß1 terlibat dalam proliferasi dan diferensiasi. Mutasi gen PI-PLCß1 dapat memengaruhi peningkatan proliferasi sel blast pada MDS dan cenderung bertransformasi menjadi Leukemia Mieloblastik Akut (Acute Myeloblastic Leukemia, AML). Diketahui PI-PLCβ1 berperan dalam kontrol siklus sel pada transisi G1/S dan perkembangan G2/M. Disregulasi ekspresi gen PI-PLCß1 menyebabkan gangguan pada jalur pensinyalan yang melibatkan proses diferensiasi sel, sehingga terjadi perubahan diferensiasi sel prekursor darah yang menyimpang. Banyak faktor yang menyulitkan pengamatan dalam pemeriksaan sitogenetika pada pasien MDS. Sehingga pemeriksaan ekspresi gen PI-PLCß1 diharapkan akan menjadi pengkajian awal dalam menilai prognostik MDS. Desain penelitian deskriptif dan analitik pada 4 subjek penelitian (3 pasien MDS-MLD, 1 pasien MDS yang telah menjadi AML), dan kontrol pasien dengan kelainan hematologi lain (Multiple Mieloma) sebanyak 1 pasien, serta 1 kontrol sehat. Sebanyak 3/5 (80%) memiliki kelainan kariotip kompleks, dan 1/5 (20%) memiliki kelainan kariotip ganda, dan 1/5 (20%) memiliki kelainan kariotip tunggal. Ekspresi gen PI-PLCß1 lebih rendah pada 4 pasien (MDS dan AML). Sedangkan pada 1 kontrol pasien dengan kelainan hematologi lainnya memiliki ekspresi gen PI-PLCß1 lebih tinggi dibandingkan dengan kontrol sehat. Ekspresi gen PI-PLCß1 lebih rendah pada pasien MDS dengan prognosis yang lebih buruk menurut skoring IPSS-R.

---

Myelodysplastic syndrome (MDS) is a number of disorders that occur due to the bone marrow is not able to produce healthy blood cells. 1 The differentiation of blood precursor cells is impaired, 2 and apoptosis increases significantly that the blood cells become abnormal and do not fully develop. 3 The PI-PLCß1 gene is involved in proliferation and differentiation. PI-PLCß1 gene mutations can affect the increase in blast cell proliferation in MDS and tend to transform into Acute Myeloid Leukemia (AML). It is known that PI-PLCβ1 plays a role in cell cycle control in the G1/S transition and G2/M development. Dysregulation of PI-PLCß1 gene expression causes disruption of signaling pathways that involve the process of cell differentiation, resulting in aberrant changes in blood precursor cell differentiation. Many factors complicate observations in the cytogenetic studies of MDS patients. Therefore, it is hoped that the examination of PI-PLCß1 gene expression will be an initial assessment in assessing the prognostic value of MDS. The study design was descriptive and analytic in 5 study subjects (3 MDS-MLD patients, 1 AML patient, and 1 MM patient). Most of the patients had complex karyotype abnormalities, the rest had multiple karyotype abnormalities and single karyotype abnormalities. PI-PLCß1 gene expression was decreased in all MDS and AML patients. Meanwhile, MM patients had normal PI-PLCß1 gene expression. However, the increase in IPSS-R scores in patients was not significantly associated with a decrease in the expression of the PI-PLCß1 gene."

"Latar Belakang: ALDH1A1 merupakan gen yang meregulasi diferensiasi dan proliferasi sel dengan jalur asam retinoat. Telah dikenal sebagai gen pluripotensi, ALDH1A1 dapat ditemukan pada Cancer Stem Cell (CSC) dan Mesenchymal Stem Cells (MSC) seperti Adipose-derived Stem Cell (ASC) dan Umbilical Cord Stem Cells (UCSC). Studi ini bertujuan untuk membandingkan relatif ekspresi gen ALDH1A1 pada ASC dan UCSC terhadap ALDH+ Breast CSC (BCSC). Metode: One-step qRT-PCR dilakukan untuk mendeteksi ekspresi mRNA ALDH1A1 pada ekstraksi RNA ASC, UCSC, dan BCSC. Hasil PCR dianalisis dengan BCSC menjadi ekspresi relatif setelah data dinormalisasikan oleh gen 18S.Hasil: Ekspresi gen ALDH1A1 relatif ditemukan lebih tinggi secara signifikan pada ASC dibandingkan UCSC. Sementara itu, ALDH1A1 lebih rendah diekspresikan pada MSC dibandingkan BCSC.Konklusi: ASC memiliki kemampuan pluripotensi lebih baik dibandingkan UCSCs pada aspek ALDH1A1. Hal ini disebabkan oleh kemampuan spesifik yang dimiliki ALDH1A1 untuk proliferasi dan diferensiasi ASC.

---

Background: ALDH1A1 is a gene which regulates the cell differentiation and proliferation through retinoic acid pathway. Being a renowned pluripotent gene, ALDH1A1 could be found in both cancer stem cells (CSCs) and human Mesenchymal Stem Cells (MSCs) such as Adipose-derived Stem Cells (ASCs) and Umbilical Cord Stem Cells (UCSCs). This research aimed to compare the expression of ALDH1A1 gene in ASCs and UCSCs relatively towards ALDH+ Breast CSCs (BCSCs).

Method: A one-step qRT-PCR was done to detect the mRNA levels of ALDH1A1 gene in the RNA extraction of ASCs, UCSCs, and BCSCs. The PCR result was analyzed into relative expression with BCSCs, after being normalized with housekeeping 18S gene.

Results: The expression of ALDH1A1 was found to be significantly higher in ASCs than UCSCs, relatively. Furthermore, ALDH1A1 gene was expressed lower in MSCs than BCSCs.

Conclusion: ASCs are discovered to be better in pluripotent capability than UCSCs in the aspect of ALDH1A1. This finding signifies the specific role of ALDH1A1, resulting in contribution of differentiation and proliferative capability to ASCs.

"

"Gejala infeksi virus chikungunya dapat menjadi hambatan sosioekonomi sehingga diperlukan deteksi dini infeksi tersebut. Badan Pengkajian dan Penerapan Teknologi (BPPT) memulai pengembangan kit diagnostik infeksi virus chikungunya berbasis imunologi menggunakan Rapid Diagnostic Test dari antibodi monoklonal envelope 1 (E1). Penelitian kloning dan ekspresi gen E1 virus chikungunya dari isolat Jambi bertujuan untuk memperoleh plasmid rekombinan pYES2-E1 dan protein rekombinan E1 dari host Saccharomyces cerevisiae INVSc1. Teknik yang digunakan yaitu kloning DNA plasmid pembawa gen E1 yang akan ditransformasikan ke Escherichia coli dan S. cerevisiae. Analisis hasil ekpresi protein E1 rekombinan menggunakan teknik western blot. Hasil dari penelitian ini menunjukkan plasmid rekombinan pYES2-E1 diperoleh menggunakan verifikasi teknik PCR dan double digestion. Hasil ekspresi protein rekombinan E1 pada S. cerevisiae INVSc1 menunjukkan terdapat band yang berukuran 34—43 kDa menggunakan teknik western blot. Protein E1 rekombinan yang berhasil terekspresi pada S. cerevisiae diperlukan validasi menggunakan antibodi monoklonal E1. Hasil isolasi plasmid pYES2-E1 dilanjutkan dengan verifikasi sekuensing DNA.

---

Symptoms of chikungunya virus infection can be a socioeconomic challenges, so early detection of the infection is needed. The Agency for the Assessment and Application of Technology (BPPT) began the development of an immunology-based chikungunya virus infection diagnostic kit using the Rapid Diagnostic Test from monoclonal envelope 1 (E1) antibodies. Research on cloning and expression of the chikungunya virus E1 gene from the Jambi isolate aimed to obtain recombinant pYES2-E1 plasmids and E1 recombinant proteins from the host Saccharomyces cerevisiae INVSc1. The technique used is to clone plasmid DNA E1 gene carriers which will be transformed into Escherichia coli and S. cerevisiae. Analysis of recombinant E1 protein expression using the western blot technique. The results of this study indicate that the recombinant pYES2-E1 plasmid was obtained using PCR verification techniques and double digestion. The results of E1 recombinant protein expression in S. cerevisiae INVSc1 showed a band of 34—43 kDa using western blotting technique. The recombinant E1 protein in S. cerevisae that was successfully expressed required validation using monoclonal E1 antibodies. The results of the pYES2-E1 plasmid isolation were followed by verification of DNA sequencing."

"Pendahuluan: Periodontitis merupakan suatu penyakit inflamasi terkait bakteri yang dikarakteristikan dengan interaksi antara sistem pertahanan tubuh host dan patogen. Porphyromonas gingivalis (P.gingivalis) merupakan salah satu bakteri red complex yang berperan dalam menginisiasi terjadinya periodontitis. Gingiva merupakan lini pertahanan mekanis, yang disebut sebagai gingival barrier function. Tight junction gingiva merupakan salah satu yang berperan dalam fungsi pertahanan tersebut dan kemampuan tubuh dalam merespon patogen dipengaruhi oleh usia. Tujuan: Mendapatkan perbedaan ekspresi gen tight junction gingiva terhadap stimulasi P.gingivalis. Metode: Studi eksperimental menggunakan jaringan gingiva tikus usia 18 minggu dan 35 minggu. Sampel kemudian dikultur dan diberikan stimulasi live P.gingivalis dan hasil sekresi P.gingivalis. Pengukuran dilakukan untuk menilai laju proliferasi, laju metabolisme, dan ekspresi tight junction sel gingiva tikus. Hasil: Sel gingiva tikus tua menunjukkan laju proliferasi yang lebih tinggi dibandingkan sel gingiva tikus tua, namun pada uji statistik tidak terdapat perbedaan signifikan pada kedua kelompok. Terdapat kecenderungan peningkatan laju metabolisme dan ekspresi gen tight junction gingiva yang lebih tinggi pada sel gingiva tikus muda dibandingkan sel gingiva tikus tua, namun pada uji statistik tidak terdapat perbedaan signifikan pada kedua kelompok. Kesimpulan: Tidak terdapat perbedaan ekspresi gen tight junction gingiva terkait usia.

---

Introduction: Periodontitis is an inflamatorry disease associated with the interaction of host immune systemn and pathogen. Porphyromonas gingivalis is one of the red complex bacteria that plays important role in initiating periodontitis. Gingiva act as mechanical defense towards the pathogen, which is known as the gingival barrier function,including gingival tight junctions. Body’s ability to respond stimuli and environmental condition is influenced by age, this also affect the respond of host immune system to pathogens. Objective: To analyse the tight junction gene expression to Porphyromonas Gingivalis intervention. Material and Methods: Aging experimental model was conducted by using two age categories male rodents, 18 and 58 weeks. Rodents gingival cell was intervened with Porphyromonas gingivalis and its product from the broth medium. Meassurements were made to analyse the proliferation rate, metabolic rate, and gingival tight junction gene expression. Result: The old rodent group shows higher proliferation rate, but there was no statistically differences between two groups. There was a tendency of increase value for the metabolic rate and gingival tight junction gene expression in young rodent group compare to old rodent group. Conclusion: There was no differences of the gingival tight junction expression in related to aging."

"Keadaan hipoksia dapat membuat sel melakukan adaptasi melalui ekspresi berbagai macam gen. Banyak gen tersebut adalah gen yang diinduksi oleh suatu faktor transkripsi yang disebut HIF-I HlF-la adalah subunit yang diregulasi oleh kadar oksigen untuk aktifitas faktor transkripsi tersebut.Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui bagaimana pola mRNA HIF 1u dan ekspresi protein HIF-ln pada organ ginjal dari tikus yang mengalami kondisi hipoksia secara sistemik yang terbagi menjadi 5 kelompok berdasarkan lamanya perlakuan (kelompok kontrol, hipoksia 13, 7 dan 14 hari masing-masing 6 ekor tikus) menggunakan Hypoxic Chamber dengan kadar 02 8% dan Nitrogen 92%. Pola mRNA HIF-la dilihat berdasarkan basil RT-PCR dengan membandingksn rasio kelompok nonnoksia dan kelompok hipoksia. Ekspresi protein HIF-1a dilakukan dengan metode Western Blot dengan menggunakan anti HIF-la sebagai antibodi primer.Hasil penelitian menunjukkan terdapat penurunan ekspresi mRNA HIF-la dibandingkan kontrol pada kelompok hipoksia 1 hari dan diikuti peningkatan pada kelompok hipoksia 3 hari dan mulai mengalami penurunan kembali pada kelompok 7 hari. Sementara protein HIF-la. memperlihatkan terdapatnya peningkatan ekspresi protein HIF-la yang mulai mengalami penurunan pada kelompok hipoksia 14 hari. Dapat disimpulkan bahwa regulasi H1F-1a terjadi pada tahap transkripsi dan tahap pasca translasi.

---

Hypoxia could make cell to adapt trough gene expression. Many of these gene induced by the transcription factor called HIP-1. HIF-I tz is the subunit which regulated by oxygen level to activated the transcription factor.

The aim of this study is to know the pattern of Hypoxia Inducible Factor-Ia (HIP-la) mRNA and HIF-Ia protein Expression of Renal Rat in Systemic Chronic Hypoxia which divided to 5 groups based on the duration of hypoxia (control, I, 3, 7, and I4 days of hypoxia with 6 rats each group ) using hypoxia chamber with 8% oxigen and 92% Nitrogen. The pattern was measure with RT-PCR which combine the ratio of control group and the hypoxic group. The protein expression measure with Western Blot method using anti HIF-l a as 1? antibody.

The result shows that HIP-lo. mRNA expression decrease in 1" day of hypoxia, elevated and reach a peak at 3 days of hypoxia and start to decrease since then. While the HIP-lo. protein shows an increase expression until I4 days of hypoxia which start to decrease. It can be concluded that HIF-la regulation occurs in transcription level and post translation."

"Latar Belakang: Karsinoma sel sebasea adalah keganasan yang cukup sering ditemukan pada populasi Asia dan bersifat agresif dengan tingkat rekurensi lokal dan metastasis jauh yang tinggi. Peningkatan ekspresi pulasan imunohistokimia (IHK) tumor suppressor gene p53 dan Ki-67 sebagai penanda aktifitas proliferasi pada tumor kepala dan leher menunjukkan adanya korelasi antara aktivitas proliferasi dengan buruknya prognosis.Tujuan: Menilai ekspresi p53 dan Ki-67 pada karsinoma sel sebasea yang dihubungkan dengan faktor prognostik klinis dan histopatologi pada karsinoma sel sebasea yaitu ukuran tumor, keterlibatan kelenjar getah bening (KGB), metastasis jauh, diferensiasi, penyebaran pagetoid, dan invasi perineural.Metode: Pulasan IHK menggunakan antibodi p53 dan Ki-67 dilakukan pada jaringan karsinoma sel sebasea di blok parafin yang berasal dari data rekam medis sejak Juni 2017 – Juni 2022 di RSCM. Penilaian ekspresi dilakukan pada nukleus dengan metode manual dan semi-kuantitatif pada 1 lapang pandang dengan minimal jumlah sel sebanyak 500 sel dari hasil foto dan diproses ke dalam peranti lunak Qupath. Hasil penilaian selanjutnya di cek silang dengan data klinis pasien yang sudah dicatat di tabel induk dan kemudian dianalisa secara statistik untuk mengetahui hubungan keduanya.Hasil: Total 34 pasien dengan ketersediaan blok parafin dianalisa berdasarkan data klinis dan ekspresi p53 dan Ki-67. Tidak ditemukan adanya hubungan yang signifikan secara statistik antara kategori ekspresi p53 dengan faktor prognosis klinis dan histopatologi (p>0.05). Ekspresi p53 pada hasil penelitian menunjukkan proporsi faktor prognosis buruk lebih banyak ditemukan pada ekspresi tinggi yaitu adanya metastasis, invasi perineural, dan penyebaran pagetoid. Tidak ditemukan adanya hubungan yang signifikan secara statistik antara kategori ekspresi Ki-67 dengan faktor prognosis klinis dan histopatologi (p>0.05). Ekspresi Ki-67 pada penelitian ini menunjukkan proporsi faktor prognosis buruk lebih banyak ditemukan pada ekspresi tinggi yaitu ukuran tumor yang lebih besar, metastasis, diferensiasi buruk, dan invasi perineural.Kesimpulan: Tidak terdapat hubungan yang bermakna secara statistik antara ekspresi Ki-67 dan p53 dengan faktor prognosis klinis dan histopatologi buruk pada karsinoma sel sebasea. Terdapat proporsi sampel dengan ekspresi Ki-67 tinggi yang lebih banyak dan nilai tengah yang lebih tinggi pada faktor prognosis ukuran tumor, metastasis, berdiferensiasi buruk, serta invasi perineural, meskipun hasil yang didapatkan tidak jauh berbeda dan secara statistik tidak bermakna. Pada pulasan p53 terdapat perbedaan yang cukup besar dalam hal proporsi pulasan dengan ekspresi tinggi serta nilai tengah yang lebih tinggi pada faktor prognosis ukuran tumor.

---

Sebaceous cell carcinoma is a relatively common malignancy in the Asian population, characterized by aggressive behavior with high rates of local recurrence and distant metastasis. Increased expression of immunohistochemical marker such as tumor suppressor gene p53 and Ki-67, a proliferation marker, in head and neck tumors suggests a correlation between proliferation activity and poor prognosis.

Objective: This study aims to evaluate the expression of p53 and Ki-67 in sebaceous cell carcinoma and its association with clinical and histopathological prognostic factors, including tumor size, lymph node involvement, distant metastasis, cell differentiation, pagetoid spread, and perineural invasion.

Methods: Immunohistochemical staining using p53 and Ki-67 antibodies was performed on paraffin-embedded sebaceous cell carcinoma tissues obtained from medical records between June 2017 and June 2022 at RSCM. Expression assessment was conducted on nuclei using manual and semi-quantitative methods on 500 cells per field processed with Qupath software. The results were cross-checked with patients' clinical data recorded in a master table and statistically analyzed to determine their relationship.

Results: A total of 34 patients were analyzed based on clinical data and p53 and Ki-67 expression. There was no statistically significant association between p53 expression and clinical and histopathological prognostic factors (p>0.05). However, high p53 expression was associated with a higher proportion of poor prognostic factors, such as metastasis, perineural invasion, and pagetoid spread. Similarly, there was no statistically significant association between Ki-67 expression categories and clinical and histopathological prognostic factors (p>0.05). High Ki-67 expression was more frequently observed in cases with larger tumor size, metastasis, poor differentiation, and perineural invasion.

Conclusion: This study found no significant statistical association between Ki-67 and p53 expression with poor prognostic factors in sebaceous cell carcinoma. Nonetheless, a higher proportion of samples with high Ki-67 expression and higher median values were observed in cases with bigger tumor size, metastasis, poor differentiation, and perineural invasion, although these differences were not statistically significant. For p53 expression, significant differences were found in terms of proportion and median values concerning tumor size prognostic factors.

"