Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"This book defines gene therapy, and places lentivectors within this fascinating therapeutic strategy. Then follows a comprehensive description of the development of retroviral and lentiviral vectors and how to specifically target distinct cell types and tissues. The authors also discuss the application of lentivector gene therapy for the treatment of cancer and autoimmune diseases, ending with the application of lentivectors in human gene therapy clinical trials."

"Analisis triclustering adalah metode data mining yang memiliki tujuan untuk mengelompokkan data tiga dimensi. Metode ini kerap kali digunakan untuk bidang bioinformatika. Pada penelitian ini digunakan metode analisis triclustering delta trimax. Delta Trimax pada intinya adalah metode analisis triclustering yang bertujuan untuk menemukan tricluster yang memiliki nilai MSR yang lebih kecil dari nilai threshold (o) yang telah ditentukan. Penggunaan silhouette coefficient pada penelitian ini adalah untuk membantu menentukan nilai threshold (o) tersebut. Hasil triclustering delta trimax nantinya dievaluasi dengan menggunakan Triclustering Quality Index (TQI). Genetic algorithm (GA) adalah sebuah algoritma pencarian yang efisien yang didasari oleh evolusi biologis dan genetika alam. Algoritma GA digunakan untuk menemukan solusi terbaik. Terdapat tiga operator genetika yang digunakan di dalam GA, yaitu seleksi, crossover, dan mutasi. Pada penelitian ini, digunakan data ekspresi gen tiga dimensi dari sel kanker paru-paru fase stabil (A549) yang diberi perlakuan obat kemoterapi Motexafin Gadolinium (MGd) dan mannitol sebagai grup kontrol, dimana ekspresi gen diamati dalam 6 kondisi dan 3 titik waktu. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengetahui apa kumpulan gen yang memiliki respon baik terhadap pemberian obat kemoterapi MGd dan kondisi apa yang mempengaruhinya. Pada penelitian ini, himpunan tricluster yang memiliki kualitas terbaik berdasarkan Triclustering Quality Index (TQI) adalah himpunan tricluster yang dihasilkan dengan nilai o = 0,004. Berdasarkan himpunan tricluster tersebut, didapatkan informasi penting mengenai kumpulan gen yang memiliki respon baik terhadap pemberian MGd tapi efek obat MGd tidak bertahan di setiap titik waktu. Terdapat juga gen yang menunjukkan respon baik pemberian obat kemoterapi MGd, tetapi efektivitasnya tidak terlalu maksimal karena responnya beririsan dengan subjek yang hanya diberikan mannitol. Setelah itu, dilihat bagaimana hubungan gen yang berasal dari keseluruhan dataset dengan penyakit melalui gene ontology sebagai informasi tambahan untuk perkembangan obat MGd. Nilai fold enrichment tertinggi pada GO biological process adalah Cytoplasmic Translation, pada GO Cellular Component adalah cytosolic ribosome, dan pada GO Molecular Function adalah structural constituent of ribosome.

---

Triclustering analysis is a data mining method aimed at grouping three-dimensional data. This method is often used in the field of bioinformatics. In this study, the delta trimax triclustering analysis method is used. Delta Trimax essentially aims to find triclusters with Mean Squared Residue (MSR) values smaller than a predetermined threshold (o). The silhouette coefficient is used in this study to help determine the threshold (o). The results of the delta trimax triclustering are then evaluated using the Triclustering Quality Index (TQI). The genetic algorithm (GA) is an efficient search algorithm based on biological evolution and natural genetics. GA is used to find the best solution. There are three genetic operators used in GA: selection, crossover, and mutation. In this study, three-dimensional gene expression data from stable phase lung cancer cells (A549) treated with the chemotherapy drug Motexafin Gadolinium (MGd) and mannitol as a control group were used, where gene expression was observed under 6 conditions and 3 time points. The aim of this study is to identify which sets of genes respond well to MGd chemotherapy and which conditions influence these responses. The set of triclusters with the highest quality based on the Triclustering Quality Index (TQI) was obtained with o=0.004. From this set of triclusters, important information was obtained about the sets of genes that respond well to MGd, but the effect of MGd does not persist at every time point. There are also genes that show a good response to MGd chemotherapy, but its effectiveness is not maximized because the response overlaps with subjects that were only given mannitol. Subsequently, the relationship between genes from the entire dataset and the disease is observed through gene ontology as additional information for the development of MGd drugs. The highest fold enrichment value in the GO biological process is Cytoplasmic Translation, in the GO Cellular Component is cytosolic ribosome, and in the GO Molecular Function is structural constituent of ribosome."

"Tulang normal mampu mengalami tahapan regenerasi kompleks dalam penyembuhan fraktur secara alami. Akan tetapi, terdapat beberapa kasus fraktur yang tidak dapat mengandalkan perbaikan tulang secara alami sehingga terjadi kegagalan penyatuan tulang. Berbagai pendekatan klinis dilakukan untuk meningkatkan regenerasi tulang dalam penyembuhan fraktur namun masih terbatas dan memiliki berbagai kekurangan. Sel punca mesenkimal (SPM) dan bone morphogenetic protein 2 (BMP-2) merupakan faktor yang berperan penting dalam regenerasi dan perbaikan tulang, terutama dalam proses osteogenesis. Salah satu alternatif pengobatan tulang yang banyak dikembangkan adalah mengkombinasikan kedua faktor tersebut untuk meningkatkan kemampuan osteogenesis SPM. Penelitian ini berfokus pada pengembangan rekombinan BMP-2 pada sekretom SPM melalui rekayasa genetik dengan vektor lentivirus. Plasmid konstruksi vektor lentivirus pembawa gen BMP-2 yang dipakai terdiri dari plasmid transfer, plasmid packaging, plasmid regulatory dan plasmid envelope, yang merupakan kombinasi lentivirus generasi kedua ke ketiga. Titer vektor lentivirus yang berhasil diproduksi pada sel HEK293T sebesar 5.48×1010 copies/mL pada hari ke-2 dan 1.42×1010 copies/mL pada hari ke-4. SPM transduksi vektor lentivirus mengalami peningkatan ekspresi gen BMP-2 dengan hasil transduksi 100 MOI (4,23±0,22) lebih tinggi daripada 50 MOI (2,49±0,07). Sistem ekspresi gen inducible tet-off pada SPM dapat menekan ekspresi gen BMP-2 dengan pemberian doxycycline 100 ng/mL dan terjadi upregulasi ekspresi gen pasca penghilangan doxycycline. Rekombinan BMP-2 pada SPM terproduksi pada intraseluler (50 MOI: 1015,2±36 pg/mL dan 100 MOI: 992,5±33,9 pg/mL) namun sangat sedikit yang dapat tersekresi pada ekstraseluler, yaitu 84,5±6,9 pg/mL dan 75,8±3,4 pg/mL berturut-turut pada perlakuan 50 dan 100 MOI pada CM jika dibandingkan dengan NT. Rekombinan BMP-2 dalam sekretom SPM tidak memberikan efek signifikan dalam peningkatan diferensiasi osteogenik dibandingkan dengan medium induksi diferensiasi osteogenik komersial terstandar. Perlu dilakukan studi lanjutan terkait kapabilitas sekresi rekombinan BMP-2 yang juga berhubungan dengan fungsionalitas rekombinan BMP-2 secara biologis.

---

Normal bones can do complex regeneration stages in natural fracture healing. However, some fracture cases cannot rely on natural bone repair, failing bone union. Various clinical approaches have been used to increase bone regeneration in fracture healing. However, there are still many limitations and various shortcomings. Mesenchymal stem cells (MSCs) and bone morphogenetic protein 2 (BMP-2) play an important role in bone regeneration and repair, especially in osteogenesis. One alternative bone treatment that has been developed is to combine these two factors to increase the osteogenesis ability of MSCs. This research focuses on developing recombinant BMP-2 in the SPM secretome through genetic engineering by lentivirus vectors. The construction of the lentivirus vector plasmid carrying the BMP-2 gene consists of a transfer plasmid, a packaging plasmid, a regulatory plasmid, and an envelope plasmid, which is classified into a second to third-generation lentivirus transition. The lentivirus vector titer that was successfully produced in HEK293T cells was 5.48×1010 copies/mL on day 2 and 1.42×1010 copies/mL on day 4. Lentivirus vector transduced SPM experienced an increase in BMP-2 gene expression with transduction results of 100 MOI (4.23 ± 0.22) higher than 50 MOI (2.49 ± 0.07). The inducible tet-off gene expression system in SPM can suppress BMP-2 gene expression by administering 100 ng/mL doxycycline and upregulation of gene expression occurs after removing doxycycline. Recombinant BMP-2 in MSCs was produced intracellularly (50 MOI: 1015.2 ± 36 pg/mL and 100 MOI: 992.5 ± 33.9 pg/mL) but secreted extracellularly in low quantity, yaitu 84,5±6,9 pg/mL dan 75,8±3,4 pg/mL in 50 and 100 MOI group respectively. Recombinant BMP-2 in the SPM secretome did not significantly increase osteogenic differentiation compared with standard commercial osteogenic differentiation induction media. Further studies are needed regarding the secretion capability of recombinant BMP-2 which is also related to the biological functionality of recombinant BMP-2"

"Diagnostic, prognostic and therapeutic value of gene signatures provides readers a useful and comprehensive resource about the range of applications of microarray technology in oncological diseases. Topics covered include gene signatures and soft tissue sarcomas, prognostic relevance of breast cancer signatures, gene expression profiling of colorectal cancer and liver metastasis, gene signatures in GISTs, CNVs and gene expression profiles in pancreatic cancer, and gene signatures in head/neck, lung and gastric tumors."

"The book will introduce the different technological advances that led to this breakthrough. In addition, several examples will be provided of nucleotide variants in noncoding sequences that have been shown to be associated with various human diseases."

"Latar Belakang: Kanker payudara merupakan jenis kanker invasif yang paling banyak menyerang wanita. Kejadian dan kematian akibat kanker ini tinggi, baik secara global maupun di Indonesia. Subtipe molekuler kanker payudara, terutama kanker payudara triple-negative (TNBC), berperan penting dalam menentukan pilihan pengobatan. Namun, TNBC belum memiliki terapi target khusus dan berpotensi resisten terhadap pengobatan standar. Senyawa alami semakin banyak diteliti sebagai alternatif pengobatan kanker. Asam galat (GA), menunjukkan potensi sebagai antikanker, terutama untuk kanker payudara. Daun Mangifera foetida kaya akan GA dan berpotensi menjadi sumber pengobatan. Metode: Penelitian in-vitro ini menggunakan sel TNBC MDA-MB-231 yang diberi GA murni dan ekstrak daun M. foetida. Setelah nilai IC50 didapatkan, sekuensing RNA dilakukan untuk analisis bioinformatika. Hasil: DEG signifikan setelah pemberian kedua jenis perlakuan. Gen yang mengalami peningkatan ekspresi pada kedua perlakuan sebagian besar terkait dengan respons terhadap stres sel. Gen-gen yang ekspresinya meningkat meliputi MRI1, AKR1B15, NQO1, GSTA3, SRXN1, sedangkan gen-gen yang ekspresinya menurun meliputi ISG15 dan SERPINE1. Analisis jalur menunjukkan adanya pengayaan pada jalur yang berkaitan dengan daur ulang metionin, biosintesis estrogen, respons imun, stres oksidatif, dan kematian sel. Kesimpulan: Baik GA maupun ekstrak M. foetida memengaruhi ekspresi gen pada sel TNBC. Ekstrak M. foetida menunjukkan pengaruh yang lebih besar terhadap beberapa gen yang berkaitan dengan respons stres oksidatif seluler, kemungkinan karena adanya interaksi sinergis dengan metabolit lain dalam ekstrak tersebut

---

Introduction: Breast cancer is the most prevalent invasive cancer in women, with high incidence and mortality rates globally and in Indonesia. Molecular subtyping, particularly triple-negative breast cancer (TNBC), guides treatment, but TNBC lacks targeted therapies. Chemotherapy with agents like anthracyclines is standard, but with severe side effects and potential resistance. Natural compounds are increasingly explored as alternative anticancer agents. Gallic acid (GA), a phenolic compound, shows promising anticancer activity, especially against breast cancer. Mangifera foetida leaves are a rich source of GA, potentially offering a cost-effective treatment option. Method: This in-vitro study used TNBC MDA-MB-231 cells treated with pure GA and M. foetida leaf extract. IC50 values were determined, and cells were treated at these concentrations. RNA sequencing was performed, followed by bioinformatic analysis of differentially expressed genes (DEGs) and pathway enrichment analysis. Results: Significant DEGs were identified after both treatments. Upregulated genes in both treatments were mainly related to stress response. Upregulated DEGs included MRI1, AKR1B15, NQO1, GSTA3, SRXN1, while downregulated genes included ISG15 and SERPINE1. Pathway analysis revealed enrichment in pathways related to methionine salvage, estrogen biosynthesis, immune response, oxidative stress, and cell death. Conclusion: Both GA and M. foetida extract affected gene expression in TNBC cells, with the extract showing greater effects on several genes linked to stress response, potentially indicating synergistic interactions with other metabolites"