Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Resistensi antimikroba adalah salah satu masalah utama yang dihadapi oleh berbagai sektor, dimana masalah ini mengancam efektivitas dari upaya pencegahan dan pengobatan dari penyakit yang disebabkan oleh infeksi mikroba sehingga diperlukan adanya strategi baru untuk mengatasi masalah ini. Salah satu molekul yang secara aktif dipelajari dan dipertimbangkan sebagai strategi alternatif adalah peptida antimikroba yang diproduksi secara alami oleh bakteri yang disebut bakteriosin, terutama yang dihasilkan oleh kelompok Bakteri Asam Laktat (BAL). Penelitian ini bertujuan untuk mengonfirmasi dan mengkarakterisasi bakteriosin dua peptida unik dalam kelas IIb yang diproduksi oleh Streptococcus macedonicus MBF10-2 dengan pendekatan in silico dan konfirmasi sekuens DNA penyandi nonlantibiotiknya. DNA genomik bakteri diesktraksi dari hasil kultur dan gen penyandi nonlantibiotik disekuens dengan metode Sanger. Hasil sekuens dibandingkan dengan sekuens gen penyandi nonlantibiotik hasil Whole Genome Sequencing (WGS) untuk mendeteksi keberadaan mutasi pada sekuens DNA dan asam amino yang dihasilkan. Sekuens asam amino dari kedua peptida kemudian dilakukan pemodelan menggunakan metode de novo, saling ditambatkan, dan divisualisasikan untuk melihat ikatan dan interaksi yang terbentuk. Hasil penambatan Sm1 dengan Sm2 menunjukkan terbentuknya interaksi pada motif A25xxxA29 dan A29xxxG33 dari Sm1, serta S11xxxA15 dan A38xxxA42­ dari Sm2. Penambatan kedua peptida dengan sesamanya menunjukkan terbentuknya interaksi di residu Ala-19, motif G8xxxG12, dan motif A25xxxA29 pada Sm1, serta residu Ala-42, Gly-16, dan motif S11xxxA15 pada Sm2 sehingga diprediksi peptida tunggal sudah memiliki aktivitas inhibisi. Prediksi ini perlu ditelusuri lebih lanjut dengan uji in vitro.

---

Antimicrobial resistance is one of the urgent and growing problems that many sectors are facing which threatens the effectivity of preventive and curative effort on treating diseases caused by microbial infection, thus posing the need to discover a novel strategy in order to tackle the problem. One potential molecule currently being actively studied and considered to be an alternative strategy is an antimicrobial peptide naturally produced by bacteria called bacteriocin, especially those produced by the Lactic Acid Bacteria (LAB) group. This study aims to identify and characterize a unique two-peptide bacteriocin within the class IIb bacteriocin produced by Streptococcus macedonicus MBF10-2 through in silico approach and confirmation of its coding DNA. The bacteria’s genomic DNA was extracted from culture and its bacteriocin-coding DNA was sequenced with Sanger Sequencing method. The sequence result was then compared with the initial Whole Genome Sequencing result to detect any mutation in the DNA and its translated amino acid sequence. The amino acid sequence of the two peptides were then modeled with de novo method, docked with each other, and visualized to see the bonds and interactions formed. The docking result showed interactions within the A25xxxA29 and A­29xxxG33 motifs of Sm1 and the S11xxxA15 and A38xxxA42 motifs of Sm2. Docking of each peptide with its own showed interactions in Ala-19, the G8xxxG12 and A25xxxA29 motifs of Sm1 and Ala-42, Gly-16, and the S11xxxA15 motif of Sm2. These interactions pose the possibility that a single peptide might have an inhibition activity of some degree when working on its own. This possibility should be investigated further through an in vitro test."

"Dalam rangka pencarian aktivitas antimikroba dari aktinomycetes di Papua, sebanyak seratus isolat Actinomycetes yang berasal dari tanah dan serasah dari beberapa ekosistem di Pulau Batanta dan Salawati, Papua Barat telah diuji. Sebanyak 200 ekstrak dari 100 isolat Actinomycetes telah diperoleh melalui dua tahap ekstraksi. Metabolit non polar diekstraksi menggunakan pelarut etil asetat : metanol (4:1), sedangkan metabolit polar diperoleh dari pemekatan medium menggunakan metode kering beku. Berdasarkan hasil pengujian menggunakan metode difusi agar, sebanyak 43 dari 200 ekstrak (21,5%) memiliki aktivitas antimikroba terhadap bakteri dan khamir (Escherichia coli NBRC 14237, Bacillus subtilis NBRC 3134, Staphylococcus aureus NBRC 13276, Micrococcus luteus NBRC 1367, Candida albicans NBRC 1594, dan Saccharomyces cerevisiae NBRC 10217). Hasil penelitian menunjukkan beberapa ekstrak Actinomycetes memiliki aktivitas anti bakteri gram negatif (1,5%), anti bakteri gram positif (17%), dan anti fungi (17%). Metabolit yang diekstraksi dengan pelarut etil asetat : metanol lebih aktif (35%) dibandingkan dengan pelarut air (17%). Sebanyak lima isolat yang memiliki aktivitas antimikroba tertinggi (BL-13-5, BL-06-5, BL-14-2, BL-22-3, dan Sl-36-1) diidentifikasi berdasarkan data sekuen gen 16S rRNA. Berdasarkan hasil pencarian homologi dengan program BLAST, diperoleh homologi spesies berturut-turut adalah Streptomyces kanamyceticus (92%), Streptomyces verne (92%), Streptomyces narbonensis (92%), Streptomyces malachitofuscus (98%), dan Streptomyces hygroscopicus (96%).

---

In the framework of exploitation of antimicrobial activity of Actinomycetes in Papua, one hundred isolates of Actinomycetes isolated from soil and leaf litter samples from various ecosystems in Batanta and Salawati Island, Raja Ampat, West Papua were screened. We obtained 200 crude extracts from 100 isolates based on two extraction phases. Nonpolar metabolites were extracted by ethyl acetate : methanol (4:1) solvent while the polar metabolites were concentrated using a freeze-drying method. Based on the agar dilution method, a total of 43 from 200(21.5%) crude extracts have antimicrobial activity against bacteria and yeasts (Escherichia coli NBRC 14237, Bacillus subtilis NBRC 3134, Staphylococcus aureus NBRC 13276, Micrococcus luteus NBRC 1367, Candida albicans NBRC 1594 and Saccharomyces cerevisiae NBRC 10217). Some crude extracts showed anti-Gram negative (1.5%), anti-Gram positive (17%) and antifungal (17%) activities. Crude metabolites which were extracted using ethyl acetate : methanol were more effective on antimicrobial activity (35%) compared with water extraction (17%). Five most potential isolates (BL-13-5, BL-06-5, BL-14-2, BL-22-3, and Sl-36-1) were identified based on 16S rRNA gene sequence data. Sequence similarity search by BLAST program revealed that they show sequence similarities to Streptomyces kanamyceticus (92%), Streptomyces verne (92%), Streptomyces narbonensis (92%), Streptomyces malachitofuscus (98%), and Streptomyces hygroscopicus (96%), respectively."

"Infus kulit buah delima 1000 mg/ml adalah 17,07 mm; pada konsentrasi infus daun sirih 500 mg/ml dan konsentrasi infus kulit buah delima 250 mg/ml adalah 15,28 mm; pada konsentrasi infus dawn sirih 500 mg/ml dan konsentrasi infus kulit buah delima 500 mg/ml adalah 17,20 mm; pada konsentrasi infus daun sirih 500 mg/ml dan konsentrasi infus kulit buah delima 1000 mg/ml adalah 17,67 mm; pada konsentrasi infus daun sirih 1000 mg/ml dan konsentrasi infus kulit buah delima 250 mg/ml adalah 17,42 mm; pada konsentrasi infus daun sirih 1000 mg/ml dan konsentrasi infus kulit buah delima 500 mg/ml adalah 17,78 mm; pada konsentrasi infus daun sirih 1000 mg/ml dan konsentrasi infus kulit buah delima 1000 mg/ml adalah 18,28 mm."

"Lengkuas merah (Alpinia purpurata K Schum) merupakan salah satucontoh tanaman yang mempunyai efek dalam pengobatan secara tradisional.Parutan rimpang lengkuas merah sering digunakan sebagai obat penyakitkulit, terutama yang disebabkan oleh jamur, seperti: panu, kurap, eksim,jerawat, koreng, bisul, dan lain - lain. Penelitian ini bertujuan untukmengekstrak bahan aktif dari lengkuas yang memberikan aktivitasantimikroba dan melihat perbedaan aktivitas antimikroba dari masing-masingfraksinya. Ekstrak kental diperoleh dengan merendam serbuk lengkuasmerah dengan pelarut organik, sedangkan minyak atsiri diperoleh dengancara destilasi uap. Hasil ekstraksi n-heksana, etil asetat dan metanol darilengkuas merah diperoleh masing - masing: 7,9 g ( 7,9% '): 9 g ( 9% )dan 17,3 g (17,3% i). sedangkan minyak atsiri diperoleh 4,5 g (0,6%).Masing - masing terhadap ekstrak kental dan minyak atsiri dilakukan ujiaktivitas antimikroba menggunakan Candida albicans dengan metode kertascakram. Minyak atsiri lengkuas merah' rnenunjukkan aktivitas antimikroba,sedangkan ketiga ekstrak lengkuas merah, hanya fraksi metanol yangmempunyai aktivitas antimikroba terhadap Candida albicans. Dari hasilKromatografi Lapis Tipis silika gel terhadap ekstrak metanol diperoleh empatspot. Senyawa aktif yang bersifat antimikroba pada ekstrak metanolkemungkinan merupakan hasil sinergi dari keempat komponen yang terlihatpada KLT."

"Penelitian ini dilakukan untuk menyelidiki beberapa senyawa kimia dari ekstrak n-heksana daun Gambia dulcis Kurz dan aktivitas antimikrobanya. Senyawa tersebut diisolasi dengan cara kromatografi kolom menggunakan silika gel sebagai fasa diam dan campuran n-heksana dan etil asetat (85 : 15) sebagai larutan pengelusi. Senyawa-senyawa hasil isolasi dimumikan dengan cara rekristalisasi. Struktur molekul dari senyawa yang sudah mumi ditentukan dengan menggunakan data spektroskopi (IR, UV-Vis, 1H-NMR, 13C-NMR, MS, dan diffraksi sinar X). Penelitian ini memperlihatkan bahwa ekstrak n-heksana memberikan empat senyawa bane turunan xanton, 8-hidroksi-1,4,5,6-tetrametoksi-3',3'-dimetil kromeno xanton (Gd-0), I , 4, 5, 6-tetrametoks i-3', 3'-d i m eti l krome no xanton (Gd-1), 9-hidroksi-5,6,8-trimetoksi-3',3'-dimetilkromenoxanton (Gd-2a) dan 1-hidroksi-4,5,5,8-tetrametoksi-3',3'-dimetilkromeno xanton (Gd-2b).Pada pengujian aktivitas antimikroba dengan metoda difusi memperlihatkan bahwa senyawa Gd-I dan Gd-2 (campuran Gd-2a dan Gd-2b) memberikan efek terhadap pertumbuhan Staphylococcus aureus.

---

This work was carried out to investigate some chemical constituents from the n-hexane extract of Garcinia dulcis Kurz's leaves and their antimicrobial activity. The compounds were isolated by column chromatography on silica gel and eluted with a n-hexane-ethyl acetate system (85 : 15). The isolated compounds were purified by recrystallization. The structure of purified compounds were established using spectroscopy data (IR, UV Vs, 1H-NMR, 13C-NMR, MS and X-ray diffraction). The study showed that the n-hexane extract afforded four new xanthone derivatives 8-hydroxy-1,4,5,6-tetramethoxy-3',3'-dimethylchro menoxanthone (Gd-0), 1,4,5,6 tetramethoxy-3',3'-dimethylchromeno xanthone (Gd-I ), 1 -hyd roxy-5, 6 , 8-trimethoxy-3',3'-dimethylehromeno xanthone (Gd-2a), 1-hydroxy-4,5,6,8-tetramethoxy-3',3'-dimethylchromeno xanthone (Gd 2b) . The antimicrobial activity test showed that the Gd-1 and Gd-2 compounds (Gd-2a and Gd-2b mixture) had effect on Staphylococcus aureus."

"Asam risinoleat memiliki struktur yang unik karena memiliki beberapa gugus fungsi yang dapat dimodifikasi melalui esterifikasi, amidasi, epoksidasi, oksidasi, hidrasi, dan hidrogenasi. Modifikasi yang terjadi pada asam risinoleat menyebabkan asam lemak ini memiliki beberapa bioaktivitas seperti antiinflamasi, antioksidan, antitumor, antimikroba, dan lainnya. Pada penelitian ini, asam risinoleat diesterifikasi dengan metanol lalu metil risinoleat yang terbentuk diamidasi dengan senyawa amina. Amina yang digunakan ialah monoetanolamina dan dietanolamina. Metil risinoleat yang disintesis memiliki konfigurasi cis berdasarkan data karakterisasi NMR. Senyawa lipoamida yang disintesis dari metil risinoleat dengan monoetanolamina dan dietanolamina diidentifikasi dengan KLT dengan eluen n-heksana dan etil asetat 1:3 v/v dan memiliki nilai retention factor sebesar 0,18 dan 0,10 secara berturut-turut. Lipoamida yang terbentuk juga dikarakterisasi dengan FTIR dan NMR. Pada spektrum FTIR, lipoamida yang disintesis dari metil risinoleat dan monoetanolamina memiliki serapan O-H pada bilangan gelombang 3500-3120 cm-1, serapan N-H pada 3297 cm-1, serapan C=O amida pada 1644 cm-1, serta serapan C-N pada 1061 cm-1. Lipoamida yang disintesis dari metil risinoleat dan dietanolamina memiliki serapan O-H pada bilangan gelombang 3500-3040 cm-1, serapan C=O amida pada 1618 cm-1, dan serapan C-N pada 1054 cm-1. Pengujian antimikroba terhadap lipoamida yang disintesis menghasilkan zona bening untuk bakteri Staphylococcus aureus dan Escherichia coli, tetapi aktivitas antimikroba lipoamida tersebut tergolong lemah. Zona bening yang terbentuk pada S. aureus adalah 7,00 mm untuk kedua lipoamida, sedangkan pada E. coli sebesar 6,67 mm untuk kedua lipoamida.

---

Ricinoleic acid has a unique structure because it has several functional groups that can be modified through esterification, amidation, epoxidation, oxidation, hydration, and hydrogenation. Modifications in ricinoleic acid cause this fatty acid has several bioactivities such as anti-inflammatory, antioxidant, antitumor, antimicrobial, and others. In this study, ricinoleic acid was esterified with methanol, and then the ester formed was amidated with two kinds of amines compound, namely monoethanolamine and diethanolamine. The synthesized methyl ricinoleate had a cis configuration based on the NMR characterization spectrum. Lipoamides synthesized from methyl ricinoleate with monoethanolamine and diethanolamine were identified by TLC with n-hexane and ethyl acetate 1:3 v/v as eluent and had retention factor values of 0.18 and 0.10, respectively. The lipoamides were also characterized by FTIR and NMR. In the FTIR spectrum, lipoamide synthesized from methyl ricinoleate and monoethanolamine had O-H absorption in the range of 3500-3120 cm-1, N-H absorption at 3297 cm-1, C=O amide absorption at 1644 cm-1, and C-N absorption at 1061 cm-1. Lipoamide synthesized from methyl ricinoleate and diethanolamine had O-H absorption in the range of 3500-3040 cm-1, C=O amide absorption at 1618 cm-1, and C-N absorption at 1054 cm-1. The synthesized lipoamides produced inhibition zone for both Staphylococcus aureus and Escherichia coli, but the antimicrobial activity of these lipoamides was weak. The inhibition zone formed in S. aureus was 7,00 mm for both lipoamides, while in E. coli it was 6.67 mm for both lipoamides."

"Pada penelitian ini dilakukan sintesis ester asam risinoleat-BHA dan asam risinoleat-BHT melalui reaksi esterifikasi Steglich. Sintesis senyawa ester diawali dengan reaksi kopling menggunakan reagen DCC dan katalis DMAP. Terhadap produk yang diperoleh dilakukan pemurnian dengan kromatografi kolom, sehingga didapatkan produk ester murni. Produk ester dikarakterisasi dengan UV-Vis dan FT-IR. Hasil karakterisasi produk ester dengan FT-IR menunjukkan adanya gugus C=O ester pada bilangan gelombang 1730 cm-1 dan 1731 cm-1 pada masing-masing produk ester-BHA dan ester-BHT. Hasil karakterisasi produk ester dengan UV-Vis memperlihatkan adanya pergeseran batokromik terhadap asam risinoleat dan pergeseran hipsokromik terhadap BHA atau BHT. Produk ester yang diperoleh diuji aktivitas toksisitasnya terhadap larva udang Artemia salina L. dengan metode BSLT. Hasil uji BSLT menunjukkan produk ester asam risinoleat-BHA dan asam risinoleat-BHT memiliki nilai LC50 masing-masing sebesar 258 ppm dan 136 ppm yang menujukkan efek toksisitas yang sedang. Hasil uji antimikroba produk ester asam risinoleat-BHA dan asam risinoleat-BHT terhadap bakteri E. coli dan S. aureus menunjukkan aktivitas antimikroba dengan kekuatan yang lemah.

---

In this research, the synthesis of ricinoleic acid-BHA ester and ricinoleic acid-BHT ester through the Steglich esterification reaction. The synthesis of ester compound began with a coupling reaction using DCC reagent and DMAP catalyst. The product obtained was purified by column chromatography, in order to obtain a pure ester product. The ester products were characterized by UV-Vis and FT-IR. The result of the characterization of ester products with FT-IR showed the presence of C=O ester groups at wave numbers 1730 cm-1 and 1731 cm-1 in the ester-BHA and ester-BHT products, respectively. The ester product with UV-Vis showed a shift in the bathochromic character towards ricinoleic acid and a hypsochromic shift towards BHA or BHT. The ester product obtained was tested for toxicity activity against Artemia salina L. shrimp larvae using BSLT method. The result of BSLT test showed the ester products of ricinoleic acid-BHA and ricinoleic acid-BHT have LC50 values ​​of 258 ppm and 136 ppm, respectively, indicating a moderate toxicity effect. The antimicrobial test results for ricinoleic acid-BHA and ricinoleic acid-BHT ester products against E. coli and S. aureus bacteria showed antimicrobial activity with weak strength.

"