Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Protein PD-1 biasanya diekspresikan berlebihan pada pasien kanker dan menghambat sistem imun. Antibodi monoklonal dari PD-1 dapat digunakan untuk menghambat jaras tersebut. Namun, urutan nukelotida dari epitop dengan afinitas yang kuat masih belum diketahui. Oleh karena itu, plasmid yang mengandung epitop kecil dari PD-1 dibuat untuk proses epitope mapping. Tujuan penelitian ini adalah untuk mendapatkan plasmid yang mengandung daerah N-terminal dari gen PD-1. DNA insert sintetik dibuat dari metode PCR dan dipurifikasi. Kedua DNA insert dan plasmid pQE80L didigesti dengan enzim restriksi BamH1 dan HindIII, dipurifikasi dan diligasi. Plasmid tersebut dimasukkan kedalam sel kompeten TOP10 dengan transformasi heat shock. Koloni positif diseleksi menggunakan metode PCR koloni dan verifikasi dengan menggunakan digesti dan sanger sequencing. Produk PCR dari EP1PD1 didapat dengan menggunakan suhu annealing sebesar 57ºC dan berhasil diligasi ke plasmid pQE80L and ditransformasikan. Hasil dari sequencing menunjukan urutan yang sama namun terdapat insersi diawal. Beberapa modifikasi perlu dilakukan untuk mengekspresi protein EP1PD1. Konklusi dari penelitian ini adalah plasmid yang mengandung epitop 1 PD-1 berhasil diperoleh dengan insersi.

---

PD-1 protein tends to be overexpressed in cancer patient and inhibits immune system. Monoclonal antibody of PD-1 can be used to inhibit this pathway. However, the sequence of epitope with strong affinity is currently unknown. Thus, plasmid containing small epitope of PD-1 was made for PD-1 epitope mapping process. The objective of this research is to obtain plasmid containing N-terminal region of PD-1 gene. Synthetic insert DNA was made using PCR method and purified. Both insert DNA and pQE80L plasmid were digested using BamH1 and HindIII enzyme, purified and ligated. It was then inserted into TOP10 competent cell using heat shock transformation method. Positive colonies are selected using PCR colony and verified using digestion and Sanger sequencing. PCR product of EP1PD1 are obtained using annealing temperature of 57ºC and able to be ligated to pQE80L plasmid and transformed. Sequencing result shows EP1PD1 result with insertion in the beginning. Modifications are required to express EP1PD1 protein. In conclusion, the plasmid containing Epitope 1 of PD-1 are able to be obtained with insertion."

"Tripsin kation memiliki peran penting dalam teknik kultur sel mamalia adherent. Enzim tersebut berperan sebagai enzim hidrolitik yang berfungsi untuk mendispersi sel yang melekat pada cawan petri atau botol tempat kulturnya sehingga mempermudah proses kultur sel mamalia baik pada proses pemanenan sel maupun subkultur. Penelitian bertujuan untuk mengisolasi dan mengklon gen tripsin kation dari pankreas sapi ke dalam E. coli DH5α dengan vektor pGEM-T Easy. Fragmen gen tripsin kation target berukuran 780 pb diamplifikasi dari cDNA yang berasal dari mRNA sel pankreas sapi dengan primer spesifik gen tripsin kation. Gen tripsin kation target diligasi pada plasmid pGEM-T Easy. Vektor rekombinan ditransformasi dengan metode kejutan panas pada sel E. coli DH5α dan diseleksi menggunakan medium ampisilin. Vektor rekombinan di digesti menggunakan enzim SfoI dan XmaI dan menghasilkan pita DNA berukuran 780 pb pada elektroforesis gel agarosa. Hasil penelitian menunjukkan gen tripsin kation telah berhasil diklon ke dalam plasmid pGEM-T Easy.

---

Cationic trypsin has an important role in adherent mammalian cell culture. The enzyme is a hydrolytic enzyme that disperses the cells attached to petri dishes and culture bottle making the harvesting and subculturing procedures easier. This research aims to isolate the RNA and clone the bovine pancreatic cationic trypsin gene into E. coli DH5α. The 780 bp cationic trypsin gene was amplified from cDNA derived from mRNA isolated from bovine pancreas using cationic trypsin gene-specific primers. Cationic trypsin gene was ligated to pGEM-T Easy plasmid. Recombinant vector was transformed by heat shock method into E. coli DH5α cells, which were then selected using amphicillin containing medium. The recombinant vector was digested using enzymes SfoI and XmaI to confirm the presence of the target gene. Agarose gel electrophoresis showed a 780 bp DNA band, confirming that the cationic trypsin gene was successfully cloned into the plasmid pGEM-T Easy."

"Latar Belakang: APOBEC3G, apolipoprotein B mRNA-editing enzyme, catalytic polypeplidelike JG, merupakan protein manusia yang dapat mengganggu replikasi HIV dengan memasukkan dirinya ke dalam partikel virus dan merusak susunan materi genetik virus. Beberapa studi terbaru menunjukkan bahwa APOBEC3G manusia mengatur infektivitas HIV-1 dengan mendeaminasi dC menjadi dU pada rantai minus DNA yang baru dibentuk, menyebabkan hipermutasi G menjadi A dari rantai plus DNA viral.Induksi hlpermutasi oleh APOBEC3G dapat menyebabkan pembentukan stop kodon pada ORF protein virus dan memicu degradasi DNA virus oleh glikosilase DNA urnsil yang selanjutuya dapat menghambat replikasi HIV. Protein ini layak untuk diteliti lebih lanjut dalam rangka pengembangan anti retrovirus yang berbasis pacta mekanisme penghambatan replikasi HIV-1 melalui jalur APOBEC3G. Sebagai langkab awal, diperlukan sistem ekspresi gen APOBEC3G yang akan diperoleh melalui sintesis dan kloning gen APOBEC3G ke dalam vektor ekspresi DNA rekombinan.Metode: Untuk mendapatkan mRNA APOBEC3G yang akan digunakan sebagai pola cetak dalam sintesis eDNA APOBEC3G, dilalkukan ekstraksi RNA dari sel CEM-GFP menggunakan Rneasy Mini Kit. Agar DNA APOBEC3G lengkap dapat diperoleh dengan lebih mudah, sintesis DNA serat ganda APOBEC3G menggunakan reaksi RT-PCR dua tahap, dibagi atas tiga daerah pada gen APOBEC3G dengan susunan nukleotida yang bertumpang tindih (overlapping) pada bagian ujung segmen DNA yang akan berfungsi sebagai penyambung fragmen-fragmen tersebut menjadi DNA APOBEC3G utub.Hasil: Hasil eksperimen menunjukloan ketiga fragmen APOBEC3G yang masing-masing berukuran 452 pb, 458 pb,dan 433 pb berhasil dibentuk lewat reaksi PCR dengan menggunakan enzim Pfx dan diklona ke dalam vektor plasmid.Kesimpulan: DNA APOBEC3G yang dibagi menjadi 3 fragmen telah berhasil didapat dan terklona ke dalam pBluescript KS (-). Pekerjaan lanjutan akan dilakukan untuk verifikasi sekuen fragmen-fragmen terklona dan menyambung ketiga fragrnen tersebut menjadi DNA APOBEC3G yang utub yang kemudian akan diklona ke dalam vektor ekspresi.

---

Background: APOBEC3G, apolipoprotein B rnRNA-cditing enzyme, catalytic polypeptide-like JG,is a human protein that interferes with the replication of HIV by incorporating itself into virus particles and damaging the genetic material of the virus. Several recent studies revealed that human APOBEC3G regulates HIVI infectivity by dearninating dC to dU in the newly synthesized minus strand DNA, resulting in G to A hypermutation of the viral plus strand DNA.Hypermutation induced by APOBEC3G may result in the introduction of stop codons in viral protein open reading frame and degradation of viral DNA by ura<:il-DNA glyoosylase, therefore blocking HlV replication. This protein is therefore suitable for further investigation for the development of ARV (AntiRetroviral) that is based on mechanism of blocking HIV-1 replication inhibition by APOBEC3G through the pathway. In order to obtain the APOBEC3G protein, an expression system of the APOBEC3G gene is required, which will be obtained by synthesis and cloning of the APOBEC3G gene into an expression vector.Method: To obtain the APOBEC3G mRNA that will be used as template for synthesis of APOBEC3G eDNA by RT-PCR using Omniscript enzyme, we performed RNA extraction from CEM-GFP cell line using the Rneasy Mini !Gt. In order to facilitate the synthesis of a complete APOBEC3G DNA, the APOBEC3G DNA double stranded was divided into three regions with overlapping nucleotide sequences at the DNA ends that function in the joining of the fragments into a full length APOBEC3G DNA.Results: The result of the experiments showed that the three fragments of APOBEC3G gene of 452 bp, 458 bp, and 433 bp, were successfully produced by PCR reaction using Pfx enzyme, and cloned into plasmid vector.Conclusions: APOBEC3G DNA that was divided into three fragments has been obtained and cloned illlo Bluescript KS (-) vector. Further study, will be performed to verifY the cloned fragments, and to fuse the fragments into a complete APOBEC3G DNA that will be cloned into an expression vector."

"A unique, adaptable textbook for upper-level undergraduate and graduate courses emphasizing particular aspects of modern biotechnology.Features straightforward, jargon-free writing and extensive figures to help students make sense of complex biological systems and processes.Includes expanded coverage of the latest innovations in DNA sequencing techniques, therapeutics, vaccines, transgenic plants, and transgenic animals.Allows instructors to easily tailor the content to courses focusing on the fundamentals of biotechnology as well as courses dedicated to medical, agricultural, environmental, or industrial applications."