Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Indonesia merupakan negara pertama ditemukannya penyakit demam berdarah, yaitu pada tahun 1968. Hingga pada tahun 2004, beberapa studi menemukan bahwa virus dengue serotipe 3 (DENV-3) merupakan penyebab demam berdarah paling dominan dan menyebabkan gejala yang paling berat. Tujuan dari studi ini adalah untuk mengetahui genotype dari DENV-3 di Jakarta yang berguna untuk diagnosis awal dan pengembangan vaksin. Ditambah lagi, primer yang di rancang di penelitian ini berguna untuk penelitian demam berdarah berikutnya. Riset ini diambil dari 100 pasien demam berdarah rawat inap di RSCM dan pengumpulan setiap data dibantu oleh lembaga Eijkman. Sampel diambil dengan consecutive sampling dan dianalisis menggunakan Genetyx v5.1. Hasil dari penelitian ini menunjukan bahwa mayoritas virus dengue serotipe 3 yang ditemukan di Indonesia termasuk dalam genotipe I yang hampir identik dengan dengue virus serotipe 3 dari Thailand. Selain itu, ditemukan bahwa tingkat pasien demam berdarah pada anak-anak lebih tinggi disbanding pasien dewasa. Namun berdasarkan uji chi-square, ditemukan bahwa kategori jenis kelamin, umur dan daerah Jakarta tidak terdapat hubungan signifikan dengan terjadinya demam berdarah. Para peneliti diharapkan untuk melakukan penelitian lebih lenjut untuk melakukan sequencing lebih banyak lagi dan tidak hanya dilakukan di Jakarta saja tetapi di daerah lain, karena tingkat pasien demam berdarah yang tinggi di Indonesia.

---

Indonesia was the first country where dengue hemorrhagic fever (DHF) was found in 1968. Ever since, the increasing cases were reported every year, and this became a major concern of health problem worldwide. In addition, dengue virus (DENV) serotype 3, which cause the most severe clinical manifestation among other dengue virus strands, was found as the most predominant DENV in Indonesia.

This study aimed to find the genotype of the dengue virus in Jakarta to become the base in the development of vaccine and molecular diagnostic. Moreover, this study designed the primer of DENV for future laboratories research. This study was participated by 100 suspected dengue patients in RSCM and data collection was conducted by Eijkman, the research institute. Samples were taken by consecutive sampling and analysed by Genetyx v5.1.

The results gave information that a majority of virus dengue serotype 3 in Indonesia was consisted of genotype I, which is identical with dengue virus serotype 3 in Thailand. Furthermore, we found that the incidence of pediatric dengue patients is higher than adults. However, in accordance with the chi square test, there is no significant relationship between different patient’s categories (gender, age, region).

It is expected that, DNA sequencing for other DENV-3 should be inspected further in Jakarta and this research should also be done in other areas in Indonesia as this country is one of the countries with high yield of dengue evidence."

"Saat ini, demam berdarah sudah menjadi masalah kesehatan di seluruh dunia. Penyakit ini makin sering terjadi bahkan seringkali menyebabkan kematian khususnya di beberapa negara Asia termasuk Indonesia. Tujuan dari penelitian adalah untuk mengetahui genotipe virus dengue serotype 1 di Indonesia sebagai dasar untuk turut ambil bagian dalam pengembangan diagnostik dan vaksin dari virus dengue. Riset ini terdiri dari 100 responden yang terdiri dari pria dan wanita berusia antara 14-60 tahun. Semua sampel dipilih secara konsekutif dan virus dengue yang digunakan dalam riset ini dipilih secara acak pada bulan Maret 2010- Desember 2010. Kemudian dilanjutkan dengan proses sequencing pada bulan Januari 2011 sampai bulan Oktober 2011 yang bertempat di Departemen Mikrobiologi dengan metode cross sectional. Hasil dari penelitian ini adalah virus dengue serotype 1 yang berasal dari strain Indonesia termasuk dalam golongan genotype 4. Saran yang dapat diberikan untuk riset selanjutnya adalah datanya harus lebih dilengkapi terlebih untuk data yang berasal dari berbagai provinsi di Indonesia.

---

Currently, dengue fever has become a worldwide health problem. This disease occurs more and more frequently and often cause death, especially in some Asian countries including Indonesia. The purpose of this study was to determine the genotype of dengue virus serotype 1 in Indonesia as a base to take part in the development of diagnostics and vaccines of the dengue virus.

This research consisted of 100 respondents consisting of men and women aged between 14 to 60 years. All samples were selected by consecutive and dengue viruses used in this study were randomly selected in March 2010 to December 2010. Afterwards, the next step was sequencing process in January 2011 to October 2011 in the Department of Microbiology by using cross sectional method.

The result of this study was dengue virus serotype 1 strains originating from Indonesia belonged to genotype 4. The suggestion for further research is the quantity of data should be increased especially for data collected from various provinces in Indonesia."

"Dalam beberapa tahun terakhir, Demam Berdarah Dengue (DBD) telah menjadi isu utama di antara masalah kesehatan di seluruh dunia. DBD adalah infeksi nyamuk yang bermanifestasi dalam berat penyakit seperti flu, dan mungkin berkembang menjadi komplikasi yang berpotensi mematikan yang disebut Dengue Syok Syndrome. Dengue sering ditemukan di daerah tropis dan sub-tropis di seluruh dunia, terutama di daerah perkotaan dan semi-perkotaan. Dalam konkordansi untuk metode diagnostik dan pengembangan vaksin, variasi genetik terjadi. Di sini dianalisis genom 2 DENV menggunakan perangkat lunak Gentyx dalam rangka untuk mencari tahu apa genotipe dari DENV 2 serotipe. Penelitian ini mengambil desain studi cross sectional di Jakarta 2010. Sampel diambil dari pasien DBD yang serum diuji dengan RT-PCR sebagai standar emas untuk mengkonfirmasi apakah pasien menderita DBD atau tidak. Sampel populasi dicurigai pasien DBD dari 5 kota di Jakarta dengan usia mereka mulai dari 14 sampai 60 tahun. Penelitian ini dilakukan untuk mengevaluasi karakteristik pasien dengue dan genotipe virus dengue. Selain itu, kami merancang primer untuk memperkuat dan mensekuens genom virus dengue galur Indonesia. Hasilnya menunjukkan bahwa perempuan memiliki jumlah yang sedikit lebih tinggi dibandingkan laki-laki dengan DBD telah dikonfirmasi. DENV 2 ditemukan menjadi serotipe yang paling beredar di Jakarta. Selanjutnya, 14 sampai 20 tahun adalah kelompok paling dominan di antara semua kelompok umur. Disarankan untuk melakukan penelitian lebih dari DENV 2 di Indonesia yang menggunakan cakupan yang lebih luas dari provinsi dan angka sampel yang lebih banyak.

---

In the past few years, Dengue Hemorrhagic Fever (DHF) has been a major issue among the worldwide health problems. DHF is a mosquito-borne infection that manifests in severe flu-like illness, and it might progress to a complication potentially leading to mortality termed as Dengue Shock Syndrome. Dengue is a frequent virus in tropical and sub-tropical regions, especially in urban and semi-urban areas. In concordance with diagnostic methods and vaccine development, genetic variation takes place. In this study we analyze the DENV 2 genome using Gentyx software in order to find out what the genotypes of DENV 2 serotypes are.

This research was designed in cross sectional study, taking place in Jakarta 2010. The samples were taken from DHF patients whose blood serum was tested by RT-PCR. The population sample were suspected DHF patient from 5 cities in Jakarta with their ages ranging from 14 to 60 years old. The study is conducted to evaluate the dengue patient's characteristics and genotype of dengue viruses. Moreover, we designed the primer to amplify and sequence Indonesian strain dengue virus genomes.

The result demonstrated that women have slightly higher numbers of confirmed DHF than male. DENV 2 is found to be the most circulating serotype in Jakarta. In addition 14 to 20 years old was the mot predominant among all of age groups. It was suggested to conduct more research of DENV 2 in Indonesia using wider coverage of province and also larger numbers of samples."

"Demam berdarah dengue (DBD) telah menjadi masalah kesehatan. Indonesia merupakan salah satu negara dengan jumlah penderita DBD tertinggi di dunia. Riset ini bertujuan mengidentifikasi genotipe virus dengue serotype 4 yang beredar di Indonesia, khususnya Jakarta, pada tahun 2010. Selain itu, penelitian ini juga bertujuan untuk mengetahui serotipe dengue yang beredar di Jakarta. Riset dengen metode cross-sectional ini melibatkan 100 sampel yang selanjutnya dibagi berdasarkan hasil konfirmasi RT-PCR, seks, usia dan daerah domisili. Prevalensi tertinggi ditemukan pada usia umur 14-20 tahun dan pasien yang bertempat tinggal di Jakarta Timur. Sedangkan, ratio penderita antara wanita dan pria tidak menunjukkan perbedaan yang signifikan. Selain itu, dengan menggunakan software Genetyx, dapat diketahui bahwa genotipe yang bersirkulasi di Jakarta adalah tipe II. Selanjutnya, pembuatan primer dilakukan dengan program Primer Designer yang bertujuan untuk memperbanyak dan men-sequence whole genome dari DENV 4. Pada saat ini, data mengenai epidemiologi molekular terhadap infeksi dengue masih terbatas. Oleh karena itu, studi seperti ini penting untuk ditingkatkan agar tersedia informasi yang lebih lengkap mengenai genotipe yang beredar di Jakarta. Sebagai tambahan, penelitian semacam ini juga perlu dilakukan di daerah lain di Indonesia karena adanya variase genetik oleh virus dengue itu sendiri.

---

Over the past few decades, Dengue Hemorrhagic Fever (DHF) has become a global health problem. Indonesia is the one of the countries with highest cases in the world. This research is aimed to identify the genotype of serotype 4 in Indonesia, particularly in Jakarta, in the year 2010. The other objectives are to recognize the characteristic of dengue patients and to design primer for dengue serotype 4. This cross-sectional study involved 100 respondents who were later on categorized based on RT-PCR confirmation result, gender, age and domicile. The highest prevalence was found among patients of 14-20 years old and those who lived in East Jakarta. The predominant serotype circulating in Jakarta was DENV 2. Furthermore, by using Genetyx software, the genotype of serotype 4 circulated in Jakarta in 2010-2011 was type II. Next, whole genome of DENV 4 amplification and sequencing was carried out by using Primer Designer program. At present, the data about molecular epidemiology of dengue infection in Jakarta is still limited. Therefore, it is important to conduct other studies in this field in order to provide more complete information about genotype circulating in Jakarta. Furthermore, similar studies should be carried out in other areas in Indonesia to discover the other genotypes as the viral genetic may vary in different places."

"Indonesia termasuk dalam negara endemik dengue dengan kasus tertinggi di Asia Tenggara. Salah satu upaya pencegahan penyakit demam berdarah dengue (DBD) yang sedang dilakukan saat ini adalah pengembangan vaksin yang efektif. Namun, studi mengenai karakter pertumbuhan dan sensitivitas terhadap suhu dari empat serotipe virus dengue (DENV) asal Indonesia belum pernah dilakukan untuk mendukung upaya tersebut. Pada penelitian ini, uji kinetika pertumbuhan dilakukan untuk mengetahui karakter pertumbuhan empat serotipe DENV (DENV-1, DENV-2, DENV-3, & DENV-4), karakter pertumbuhan tiga genotipe (genotipe I, genotipe II, & genotipe IV) dari DENV-1, dan kemampuan empat serotipe DENV bereplikasi pada dua suhu yang berbeda, yaitu 37C dan 39C. Hasil uji kinetik pertumbuhan menunjukkan adanya perbedaan profil pertumbuhan antar serotipe DENV dan antar genotipe pada DENV-1. Di sisi lain, tidak ada perbedaan profil pertumbuhan antar serotipe DENV pada suhu 37C dan 39C.

---

Indonesia belongs to dengue endemic countries with highest number of cases in Southeast Asia. One way to prevent dengue disease that has been attempted is the development of an effective dengue vaccine. However, the studies of growth characteristic and temperature sensitivity of the four dengue virus (DENV) serotypes from Indonesia have not been undertaken to support the vaccine development. In this study, growth kinetic assay was carried out to examine the growth characteristic of the four DENV serotypes (DENV-1, DENV-2, DENV-3, & DENV-4), the growth characteristic of three genotypes (genotype I, genotype II, & genotype IV) of DENV-1, and replication of the four DENV serotypes at two different temperatures, 37C and 39C. The results showed that there are differences in growth replication profiles among the four DENV serotypes and among genotypes of DENV-1. On the other hand, no differences in the growth profiles among the four DENV serotypes at 37C and 39C was observed."

"Demam berdarah merupakan sebuah masalah kesehatan besar yang mengancam banyak negara tropis, termasuk Indonesia. Beberapa tahun terakhir penyakit ini berkembang menjadi semakin parah. Hal ini diperparah dengan tidak adanya antivirus maupun Vaksin untuk infeksi dengue. Penelitian ini bertujuan untuk melakukan desain primer untuk amplifikasi gen Non Structural -3 (NS-3) serotype 2 (DENV-2) strain Indonesia (AB189124) yang bisa disisipkan pada plasmid pPICZ-alphaA dan diekspresikan pada vektor Pichia pastoris. Hasil penelitian didapatkan pasangan primer yang dapat digunakan untuk membuat protein rekombinan NS-3 DENV-2. Pasangan primer tersebut adalah pasangan CGC + KpnI + Primer (4468) = CGC + GGTACC + TCCCGTGTCAATACCAATCA dan SacII + Primer (6495) = CCGCGG + AGCATGATTGTACGCCCTTC. Dengan mempertimbangkan sekuens keseluruhan gen NS-3 DENV-2, epitope, dan enzim restriksi pada plasmid dan NS-3, maka pasangan primer tersebut dapat digunakan untuk membuat protein rekombinan NS-3 DENV-2 sebagai kandidat Vaksin dengue.

---

Dengue Fever is a major health problem which threatens a lot of tropical countries, including Indonesia. In the last few years, this epidemic grew worse. This was aggravated by the nonexistence of neither vaccine nor antivirus capable of neutralizing dengue virus serotype 1-4. This research focused on designing primer for amplification of Non Structural-3 (NS-3) dengue virus serotype 2 (DENV-2) Indonesian strain (AB189124) which could be spliced into pPICZ-alhpaA and expressed on Pichia pastoris vector. Research result was a primer pair which could be used to produce NS-3 DENV-2 recombinant protein. These primer pair were CGC + KpnI + Primer (4468) = CGC + GGTACC + TCCCGTGTCAATACCAATCA dan SacII + Primer (6495) = CCGCGG + AGCATGATTGTACGCCCTTC. By considering overall sequence of NS-3 DENV-2 genes, epitope, and restriction enzyme on plasmid and NS-3, these primer pair could be use to produce NS-3 DENV-2 recombinant protein as a dengue vaccine candidate."

"Virus dengue merupakan virus kelas Flaviviridae yang ditularkan melalui gigitan nyamuk Aedes aegypti yang sebelumnya telah terinfeksi oleh virus dengue. Diagnostik dini dilakukan dalam upaya menekan penyebaran virus ini agar pasien yang terinfeksi bisa ditangani lebih cepat. NS1 merupakan protein yang terdapat pada virus dengue dapat ditemukan di darah pasien satu hari setelah gejala infeksi primer maupun sekunder. Hal ini menjadikan NS1 penanda biologis serta target nanobodi yang tepat dalam diagnosis infeksi virus dengue. Nanobodi yang mengenali antigen NS1 pada DENV menjadi potensi alat uji diagnostik dengue karena sifatnya yang lebih unggul daripada antibodi konvensional. Penelitian ini berfokus pada pembuatan prototipe tes diagnostik cepat berbasis uji aliran lateral untuk mendeteksi NS1 pada virus dengue menggunakan nanobodi anti-NS1. Pada penelitian ini, nanobodi anti-NS1 klon DD7 dan DD5 diekspresikan pada E. coli BL21(DE3). Dalam pembuatan prototipe, dilakukan optimasi formulasi konjugasi antara nanopartkel emas dengan nanobodi anti-NS1. Sebanyak tiga optimasi dilakukan dalam mendapatkan konjugasi nanopartikel emas dengan nanobodi yang optimal, yaitu optimasi pH buffer, konsentrasi nanobodi, dan diameter nanopartikel emas. pH buffer optimal untuk klon DD5 dan DD7 adalah buffer borat pH 9, konsentrasi nanobodi optimal untuk klon DD5 dan DD7 adalah 10 ng, dan diameter optimal nanopartikel emas untuk klon DD5 dan DD7 adalah 40 nm. Pada pembuatan prototipe, konjugasi antara nanopartikel emas dan nanobodi klon DD5 belum berhasil mendeteksi antigen yaitu berupa virus dengue pada bagian test line prototipe dan untuk konjugasi antara nanopartikel emas untuk klon DD7 menghasilkan reaksi false positive pada prototipe.

---

Dengue virus is a class of Flaviviridae virus transmitted through the bite of Aedes aegypti mosquitoes that have previously been infected by the dengue virus. Early diagnostics are carried out in an effort to suppress the spread of this virus so that infected patients can be treated faster. NS1 is a protein found in the dengue virus that can be found in the patient's blood one day after symptoms of primary or secondary infection.This makes NS1 a biosensor as well as a precise target for nanobodies in the diagnosis of dengue virus infection. Nanobodies that recognize NS1 antigens in DENV are potential dengue diagnostic test kits because they are superior to conventional antibodies. This research focuses on making rapid diagnostic tests based on lateral flow assay to detect NS1 in dengue viruses using anti-NS1 nanobodies as an alternative diagnostic test on dengue virus. In this study, anti-NS1 nanobodies of DD7 and DD5 clones were expressed in E. coli BL21(DE3). In making prototypes, optimization of conjugate formulations between gold nanoparticles and anti-NS1 nanobodies was carried out. A total of three optimizations were carried out in obtaining the conjugation of gold nanoparticles with optimal nanobodies, namely optimization of buffer pH, nanobody concentration, and diameter of gold nanoparticles. The optimal buffer pH for DD5 and DD7 clones is pH 9 borate buffer, the optimal nanobody concentration for DD5 and DD7 clones is 10 ng, and the optimal diameter of gold nanoparticles for DD5 and DD7 clones is 40 nm. In making the prototype, the conjugation between gold nanoparticles and DD5 clone nanobodies has not succeeded in detecting antigens in the form of dengue virus in the prototype test line and for conjugation between gold nanoparticles for DD7 clones resulting in false positive reactions in the prototype."

"Penyakit dengue masih merupakan masalah kesehatan penting di sebagian besar Negara tropis dan subtropis. Dalam dua dekade terakhir terjadi lonjakan drastis baik jumlah kasus maupun daerah endemik di samping peningkatan keparahan penyakit (DHF/DSS). Meski telah dipelajari secara intensif, belum dipahami benar bagaimana mekanisme infeksi dengue berkembang menjadi DHF/DSS. Sejauh ini diketahui baik faktor inang maupun virulensi virus terlibat dalam menentukan keparahan penyakit. Studi-studi terbaru melaporkan perbedaan struktural genom di antara virus dengue yang memberikan manifestasi klinis berbeda. Perbedaan ini kemungkinan berhubungan dengan patogenesis penyakit. (Med J Indones 2004; 13: 190-4)

---

Dengue disease are reemerging disease and major health concern in tropical and subtropical regions because of the increasing number of patients, expanding endemic areas and increased occurrence of severe clinical manifestation (DHF/DSS) in the last two decades. Despite extensive studies, it is not fully elucidated mechanism by which dengue infection progress to DHF/DSS. Information obtained so far indicates that both host-related factor and virus virulence are involved. Recent studies have shown several structural differences of dengue virus genome between those associated with DF only and those with the potential to cause DHF. That genome differences might be correlated with pathogenesis. (Med J Indones 2004; 13: 190-4)"

"Penyakit akibat virus dengue (DENV) masih menjadi masalah kesehatan di Indonesia. Hingga saat ini belum ada terapi definitif untuk infeksi DENV. Berbagai penelitian dilakukan untuk mencari antiviral terhadap DENV. Salah satu jenis tumbuhan yang memiliki potensi antiviral adalah Calophyllum macrophyllum (C.macrophyllum). Penelitian ini akan melihat efek antiviral yang dimiliki oleh ekstrak kulit batang C.macrophyllum terhadap DENV. Efeknya sebagai antiviral akan dilihat dari nilai IC50 (kemampuan inhibisi replikasi) dan CC50 (tingkat sitotoksisitas). Perbandingan antara nilai CC50 terhadap IC50 akan menghasilkan nilai indeks selektivitas (SI). Penelitian ini akan dilakukan secara in vitro menggunakan sel Huh7it-1 yang diinfeksikan DENV. Konsentrasi ekstrak yang digunakan adalah 10, 20, 40, 80, 160, dan 320 μg/mL. Metode Focus Assay digunakan untuk mendapatkan nilai IC50 dan MTT Assay untuk mencari nilai CC50. Nilai IC50 yang didapat sebesar 49,75 μg/ml dan CC50 dari sel tanpa infeksi DENV sebesar >320 μg/ml. Nilai SI yang didapat sebesar >6,43. Analisis statistik menunjukkan perbedaan pada semua konsentrasi. Dapat disimpulkan bahwa ekstrak kulit batang C.macrophyllum memiliki efek inhibisi terhadap replikasi DENV in vitro dan efek sitotoksik yang kecil, sehingga memiliki potensi sebagai antiviral DENV.

---

Disease caused by dengue virus (DENV) is still a major health problem in Indonesia. There is no definitive therapy for DENV infection. Many researches have been done to search for DENV antivirus. One of plants with potential antiviral effect is Calophyllum macrophyllum (C.macrophyllum). This research was done to evaluate antiviral effect of Calophyllum macrophyllum bark extract on DENV. Antiviral effect was evaluated by IC50 (replication inhibition property) value and CC50 (Cytotoxic level) value. The selectivity index (SI) was the ratio between CC50 and IC50. This research was done by in vitro method with Huh7it cells that were infected by DENV. Extract concentrations used in this research were 10, 20, 40, 80, 160, and 320 μg/mL. Focus assay technique was used to determine IC50 value and MTT assay technique for CC50 value. The value of IC50 was 49.75 μg/ml and CC50 from uninfected cells was >320 μg/ml. The value of SI was >6.43. Statistical analysis showed significant difference in all concentrations. It could be concluded that bark extract of C.macrophyllum had inhibition property on DENV replication in vitro with minimum cytotoxic effect."

"ABSTRACTLatar Belakang: Penyakit demam dengue telah menjadi sebuah isu kesehatan yang mencemaskan di seluruh dunia, terutama di negara-negara berkembang layaknya Indonesia. Sampai saat ini, masih belum ditemukan antivirus yang efektif untuk membasmi virus dengue 1-4 DENV 1-4 . Ekstrak daun Cassia alata telah dikenal karena bahan-bahan dasarnya yang memiliki potensi sebagai antivirus.Tujuan: Penelitian ini dilakukan untuk meneliti efek ekstrak daun Cassia alata terhadap replikasi DENV-2.Metode: Ekstrak Cassia alata dengan beberapa konsentrasi yang berbeda 320 ?g/mL, 160 ?g/mL, 80 ?g/mL, 40 ?g/mL, 20 ?g/mL, dan 10 ?g/mL dengan DMSO 0.1 sebagai kontrol negatif diujikan kepada sel Huh7 yang telah diinfeksi DENV-2 untuk meneliti kemampuan antiviralnya terhadap sel. Viabilitas sel akan dinilai dengan menggunakan MTT assay. Sedangkan persentasi inhibisi virus dievaluasi menggunakan Focus assay dengan melalui prosedur immunostaining.Hasil: Ekstrak Cassia alata pada sel Huh-7 memiliki nilai CC50 32,3 terhadap DENV-2.Kesimpulan : Ekstrak daun Cassia alata terbukti memiliki aktivitas antiviral yang sangat poten ketika diujikan terhadap DENV-2.

---

ABSTRACTBackground Dengue fever has been causing health related issues and distress all around the world, especially in developing countries such as Indonesia. Up to date, there has yet to be an effective antiviral to eliminate Dengue Virus Serotype 2 DENV 2 . Cassia alata leaves extract are known for its rich compounds that are thought to be beneficial as an antiviral.Aim This research is done to evaluate effects of Cassia alata leaf extracts on the replication of dengue virus serotype 2.Methods The Cassia alata extracts were tested upon Huh7 cells that are infected with DENV 2 and various concentrations of the extract 320 g mL, 160 g mL, 80 g mL, 40 g mL, 20 g mL, and 10 g mL were given to treat the cells, with DMSO 0.1 as a negative control. Cell viability was assessed using MTT Assay and the viral inhibition was evaluated using Focus Assay, through immunostaining procedure.Result The extract on Huh 7 cells had a CC50 of "