Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Dengue merupakan merupakan penyakit infeksi yang disebabkan oleh virus dengue (DENV) dan ditularkan oleh nyamuk dari manusia satu ke manusia lainnya. Saat ini, Indonesia tercatat sebagai negara dengan kasus dengue terbanyak di ASEAN. Pengobatan untuk penyakit dengue saat ini hanyalah berupa terapi pendukung, dan belum tersedia obat antiviral untuk dengue. Dengan demikian, penelitian mengenai obat antiviral terhadap dengue sangat penting, terutama untuk mencegah ledakan wabah. Dalam penelitian ini, pengembangan obat antiviral untuk dengue dilakukan melalui inhibisi celah pengikatan β-OG pada protein envelope DENV menggunakan beberapa analog dari senyawa yang dapat mengikat kantong β-OG tersebut. Senyawa yang digunakan dalam penelitian ini berjumlah 828 senyawa dan seluruhnya ditapis berdasarkan hasil analisis molecular docking, prediksi sifat farmakologis senyawa dan simulasi dinamika molekul. Hasil analisis ketiga tahap tersebut didapatkan ligan terbaik adalah 5-(3,4-dichlorophenyl)-N-[2-(p-tolyl)benzotriazol-5-yl]furan-2-carboxamide yang berpotensi untuk digunakan sebagai kandidat obat antiviral dengue.

---

Dengue is an infectious disease caused by dengue virus (DENV) and transmitted between human hosts by mosquitoes. Nowaday, Indonesia is recorded as a country with the highest cases of dengue in ASEAN. Current treatment for dengue disease is supportive therapy; there is no antiviral drug against dengue available on the market. Therefore, the research about antiviral drug against dengue is very important, especially to prevent the outbreak explosion. In this research, the development of dengue antiviral is conducted through the inhibition of β-OG binding pocket on Envelope protein of DENV by using analogs of β-OG pocket binder. There are 828 compounds used in this study and all of them were screened based on the analysis of molecular docking, pharmacological character prediction of the compounds and molecular dynamics simulation. The result of these analyses revealed the compound that can be used as an antiviral candidate against dengue virus is 5-(3,4-dichlorophenyl)-N-[2-(p-tolyl)benzotriazol-5-yl]furan-2-carboxamide."

"[ABSTRAKVirus Dengue (DENV) menyebabkan infeksi penyakit yang mengancam sekitar 40% populasi dunia. Hingga saat ini belum tersedia obat antiviral yang dapat digunakan sebagai upaya pengobatan penyakit yang disebabkan infeksi DENV. Dengan melakukan virtual screening terhadap 308 peptida siklis komersial, dicari kandidat obat yang mampu menginhibisi sebuah situs pengikatan β-OG yang terdapat pada protein envelope DENV. Melalui metode simulasi penambatan dan dinamika molekul serta analisis terhadap sifat farmakologi dan toksisitas dari senyawa-senyawa peptida yang ditapis, diketahui ligan Cyclo(-D-Trp-Tyr) memiliki afinitas yang baik dengan situs pengikatan β-OG binding pocket serta diprediksi memiliki sifat sebagai obat yang relatif baik. Ligan tersebut juga membentuk kompleks yang stabil dengan protein envelope pada temperatur 310 K dan 312 K. Ligan Cyclo(-D-Trp-Tyr) memiliki potensi sebagai inhibitor β-OG binding pocket untuk selanjutnya dikembangkan menjadi obat antiviral terhadap infeksi DENV.

---

ABSTRACT

, Dengue Virus (DENV) has caused infectious disease which put roughly 40% of world population at risk. Antiviral drug against DENV infection remains unavailable up until now. By screening to 308 commercial cyclic peptides virtually, this research aims to find drug candidate which can inhibit β-OG binding site. Through molecular docking and molecular dynamics simulation, along with pharmacology and toxicity analyzing, it is discovered that Cyclo(-D-Trp-Tyr) ligand has good affinity with β-OG binding pocket and is predicted to has relatively acceptable drug properties. Ligand forms stabile complexity with nvelope protein in 310 K and 312 K. Cyclo(-D-Trp-Tyr) ligand is revealed to be potential inhibitor of β-OG binding pocket. Thus, it is feasible for furher development as antiviral drug against DENV infection.]"

"Penyakit demam berdarah yang disebabkan oleh infeksi virus dengue telah menjadi masalah kesehatan utama di dunia. Pengobatan baru bersifat antiviral untuk menghambat aktivitas enzim dan protein yang berperan dalam replikasi di dalam tubuh sangat dibutuhkan saat ini. Protein envelope merupakan protein struktural yang berperan dalam proses fusi antara membran partikel virus dengan membran sel inang. Pada protein envelope terdapat suatu celah antara domain 1 dan domain 2 yang ditempati oleh molekul deterjen n- oktil - β - D glukosida (BOG). Celah tersebut disebut celah BOG. BOG adalah surfaktan yang digunakan untuk memecah membran sel saat protein envelope dikristalisasi. Celah tersebut telah diketahui berperan dalam aktifasi proses fusi protein envelope. Beberapa penelitian telah menunjukkan bahwa penambatan senyawa organik kecil pada celah tersebut dapat menginhibisi replikasi virus dengue. Salah satu senyawa yang diketahui dapat menghambat replikasi virus dengue adalah Kampmann A5. Tujuan penelitian ini adalah mendesain senyawa turunan Kampmann A5 yang dapat menginihibisi proses fusi virus dengue dengan target penambatan celah BOG. Penapisan virtual terhadap 10.341 ligan menghasilkan 3 ligan terbaik berdasarkan energi bebas ikatan (ΔG) dan hasil prediksi toksisitas. Kestabilan kompleks diuji melalui simulasi molecular dynamics. Hasilnya menunjukkan bahwa kompleks ligan no.1 dan kompleks ligan no.6 memiliki kestabilan yang lebih baik pada suhu 312 K dibandingkan pada suhu 310 K, sementara kompleks ligan no.7 dapat mempertahankan kestabilan pada kedua suhu uji. Ketiga ligan dapat dijadikan sebagai kandidat inhibitor fusi potensial untuk protein envelope virus dengue.

---

Dengue fever which is caused by dengue virus infection has become a major health problem in the world. New antiviral treatment which inhibits the activity of enzymes or proteins that play a role in replication in the host cell is required at this time. Envelope protein is a structural protein that plays a role in fusion process between virion membrane and host cell membrane. In envelope protein, there is a cavity between domain 1 and domain 2 which is occupied by n - octyl - β - D glucoside (BOG) molecule. BOG was surfactan agent used to break the cell membrane when the envelope protein was crystalized. The cavity is called BOG cavity. BOG cavity is known for playing a role in activation of fusion process.

Several researches have proven that docking of a molecule which has stronger affinity with BOG pocket can inhibit viral replication. One of the compound which can inhibit the replication of dengue virus replication is kampmann A5. The aim of this study is to design Kampmann A5 derivative that can inhibit the fusion process of dengue virus targeting the BOG cavity. Virtual screening of 10.341 ligands obtained 3 best ligands based on free binding energy (ΔG) and toxicity prediction. The stability of the complex is observed using molecular dynamics simulation.

The result shows that ligand no.1 and ligand no.6 complexes have better stability at 312 K rather that at 310 K, meanwhile the ligand no.7 complex shows insignificant difference at both temperature. Those three ligands can lead to inhibitor candidate against dengue virus fusion process."

"Penyakit demam berdarah dengue masih menjadi permasalahan kesehatan global, dan merupakan penyakit yang endemik di lebih dari 100 negara. Mengetahui efek dari mutasi pada virus sangat penting pada prosesmdesain dan pengembangan obat. Pada penelitian ini, mutasi dan pengaruhnya dianalisis pada NS5 virus dengue dengan menggunakan protein kode 3P8Z sebagai sekuens utama. Berdasarkan hasil analisis mutasi terjadi pada sekuen NS5 virus dengue serotipe 3. Glutamin menjadi metionin pada posisi 10 dan treonin menjadi isoleusin pada posisi 55. Residu yang termutasi merupakan bagian dari domain SAdenosyl-L-Methionine-Dependent Methyltransferase (IPR029063), adanya mutasi diprediksikan dapat mengganggu fungsi protein.Berdasarkan hasil penambatan molekul, dari 100 senyawa terbaik hanya 17 senyawa antiviral yang terpilih. Pada penelitian ini penentuan ligan terbaik tidak hanya berdasarkan hasil penambatan molekul, tetapi juga melalui tahapan prediksi ADMET (Absorpsi, Distribusi, Metabolisme, Ekskresi dan Toksisitas),bioavailabilitas serta efek ligan terhadap kesehatan. Terdapat 3 ligan terbaik yang dapat diusulkan sebagai kandidat antiviral pada virus dengue yaitu UNQ15038, UNQ16938 dan UNQ14727. Studi simulasi dinamika molekuler menunjukkan bahwa kompleks protein-ligan stabil pada temperatur 310 K dan 312 K. Kompleks paling stabil terdapat pada kompleks protein 3P8Z dengan ligan UNQ15038.

---

Dengue fever is still a major health problem, which is endemic in more than 100 countries. Information about the effects of the virus mutation is important in drug design and development. In this research, the mutations and their effects were analyzed in NS5 dengue virus by using 3P8Z protein as the main sequence. The result of mutation analysis showed that mutation occurs in NS5 of DENV serotype 3. Glutamine mutates into methionine at position 10 and threonine mutates into isoleucine at position 55. These residues are part of the domain named S-Adenosyl-L-Methionine-Dependent Methyltransferase (IPR029063). The wildtype and mutant residue have the different properties, which can disturb this domain and abolish its function.Based on the result of molecular docking simulation, from 100 best compounds only 17 compounds werenselected. Determination of the best ligand not only based on molecular docking simulation but also analyze the ADMET (absorption, distribution, metabolism, excretion, and toxicity), bioavailability and health effect of the ligands. There are three best ligands that can be proposed as antiviral candidates, the ligands are UNQ15038, UNQ16948 and UNQ14727. Molecular dynamics simulation study showed that the protein-ligand complexes are stable at temperature 310 K and 312 K. The most stable complex is the protein 3P8Z with ligand UNQ15038."

"Dengue virus (DENV) merupakan salah satu virus yang masuk kedalam genus Flavivirus (famili Flaviviridae). Infeksi DENV dapat bersifat subklinis, infeksi pada satu tipe DENV tidak dapat memberikan kekebalan protektif terhadap tipe DENV lainnya. Hingga saat belum ditemukannya obat antiviral yang efektif untuk mengobati infeksi DENV dan terapi yang digunakan hanya sebatas penggantian cairan tubuh. Upaya yang dilakukan untuk pencegahan infeksi DENV terpaku pada pemberantasan vekctor DENV yaitu nyamuk Aedes sp. (Bhatt et al., 2013). Penelitian ini mencari inhibitor enzim non-struktural NS5 RNA-dependent RNA-polymerase secara in silico melalui pendekatan penapisan virtual.

---

Dengue virus (DENV) is one of the viruses that belongs to the genus Flavivirus (family of Flaviviridae). DENV infection can be subclinical, infection in one type of DENV cannot provide protective immunity against other types of DENV. Until when it was not found effective antiviral drugs to treat DENV infections and therapy used only limited to replacement of body fluids. Efforts made to prevent DENV infection are fixated on DENV vector eradication, namely Aedes sp. (Bhatt et al., 2013). This study sought in silico NS5 RNA-dependent RNA-polymerase non-structural enzyme inhibitors through a virtual screening."

"Demam berdarah dengue (DBD) adalah penyakit yang disebabkan oleh virus dengue, bersifat endemik di daerah tropis dan sub tropis, terutama di daerah perkotaan. Virus dengue yang ditransmisikan terutama oleh nyamuk Aedes aegypti juga merupakan penyakit arbovirus yang penting dalam ha[ morbiditas dan mortalitas. Di Indonesia, DBD pertama kali dilaporkan di Jakarta dan Surabaya pada tahun 1968. Tahun-tahun selanjutnya kasus DBD berfluktuasi jumlahnya setiap tahun dan cendenung meningkat. Faktor virus seperti variasi stereotipe dan genotipe virus dengue diyakini berperan menentukan derajat keparahan penyakit. Pada penelitian ini dilakukan analisis variasi genetik gen E dan NS I virus DEN-3 yang diisolasi dari pasien dengan manifestasi klinis yang berbeda, yaitu mulai clan yang ringan (DD) sampai yang terberat yaitu DBD dan DSS. Strain DS 002/06 (DD), DS 029/06 (DBD), DSA 02/06 (DSS) dan 17104 (DBD) diisolasi dan kasus dengue di Jakarta tahun 2004 dan 2006. Keempat strain tersebut kemudian dibandingkan dengan 11 strain DEN-3 yang berasal dan Indonesia dan Thailand. Homologi nukleotida gen E ditemukan berkisar antara 92,4 - 99.9%, sedangkan untuk asam amino E antara 96,5-100%. Sementara itu homologi gen NSI berkisar antara 92,1- 99,9% untuk nukleotida dan 97,1-100% untuk asam aminonya. Dijumpai berbagai variasi di sepanjang kedua gen tersebut, tetapi tidak ditemukan perbedaan yang spesifik yang bisa membedakan antara strain penyebab DD, DBD dan DSS. Analisis filogenetik menunjukkan bahwa semua strain strain DEN-3 Indonesia yang disolasi pada tahun 2004 dan 2006 konsisten berada di subtype I."

"Demam berdarah merupakan salah satu masalah kesehatan di dunia. Infeksi virus dengue yang berulang dengan serotipe yang berbeda dapat memacu terjadinya demam berdarah bahkan kematian. Dengue serotipe 4 dilaporkan dapat menyebabkan infeksi sekunder yang lebih parah dibandingkan dengue serotipe lainnya. Sampai saat ini pengobatan demam berdarah belum ditemukan, maka itu pencegahan jauh lebih penting. Para peneliti telah merekomendasikan vaksin aman berbasis nonstructural protein 1 (NS1) karena sifat imunogeniknya. Mereka telah mengidentifikasi empat epitope di NS1 yang diduga bereaksi kuat dengan epitope B cells, yaitu LD2, 24A, LX1, 24C. Tujuan dari riset ini adalah untuk menganalisa dan membandingkan strain DENV-4 yang diisolasi di Jakarta 2010 dengan 34 strain DENV-4 lainnya yang didapat dari GenBank menggunakan UGENE software sebagai basis dari pengembangan vaksin. Penelitian ini menggunakan data sekunder berupa urutan nukelotida virus dengue serotipe 4 strain IDSS44/10 yang diamplifikasi dan diurutkan di Departemen Mikrobiologi, FKUI. Dari hasil penelitian ini dapat disimpulkan bahwa gen NS1 dari DENV-4 strain IDSS44/10 dapat digunakan sebagai kandidat vaksin dengue di masa mendatang. Hasil menunjukkan bahwa epitope 24C menunjukkan motif yang homolog di setiap sekuens asam amino pada NS1 DENV-4. Hampir seluruh DENV-4 strain yang diisolasi termasuk IDSS44/2010 memiliki urutan asam amino yang sama pada epitop LD2, 24A, LX1, 24C.

---

Dengue hemorrhagic fever has become a worldwide issue. Heterologous infection by different serotypes may lead to this advanced stage of dengue infection and even death. Dengue virus serotype 4 has been reported to cause more severe secondary infection compared to other serotypes. To date, there is no specific treatment for this disease therefore prevention is much more important.

Researchers have proposed a safe vaccine strategy that is based on nonstructural protein 1 (NS1) as it is strongly immunogenic. They identified four epitopes on NS1 that reacted strongly to B cell epitopes which are LD2, 24A, LX1, and 24C. The goal of this research is to identify and compare these NS1 epitopes among DENV-4isolated in Indonesia 2010 with other DENV-4 strains using UGENE softwareas a base of vaccine development. This study used a nucleotide sequence data of DENV-4 strain IDSS44/10 that was amplified and sequenced in Microbiology Department, FKUI.

The results show that NS1 gene DENV-4, IDSS44/2010 strain could be used as a dengue vaccine candidate in the future.The results show that 24C epitope was highly conserved among 35 DENV-4 NS1 sequences. Most of the DENV-4 including IDSS44/10 Indonesian strain have similar amino acids sequences on the epitopes (LD2, 24A, LX1, and 24C)."

"Demam berdarah merupakan penyakit yang telan menjadi pandemik didaeran tropis dan subtropis dan ningga saat ini tidak ada vaksin yang dapatdigunakan untuk mengobati infeksi akibat virus dengue. Upaya Iain untukdapat mengnambat infeksi akibat virus ini, yaitu pengembangan antiviral.Salan satu target antiviral yang potensial acialan enzim RNA-dependent RNApolymerase (RdRp), yang berperan dalam proses replikasi RNA virus denguedan sel manusia tidak memilikinya Peptida dipilin menjadi innibitor yangpotensial karena memiliki spesifitas dan aktivitas yang tinggi. Untukmeningkatkan kestabilan, peptida dirancang siklik dengan adanya jembatanciisulficia Pepticia yang dirancang menggunakan kombinasi aspartat,glutamat, glisin, serin, arginin, dan lisin. Kandidat Iigan dianalisis berdasarkannasil docking dan drugsca/7. Ligan dengan energi bebas ikat terendah dansesuai dengan kriteria obat kemudian dilakukan analisis terhadapinteraksinya ciengan enzim. Ligan siklik CSGDC yang memenuhi kriteria obatternyata dapat berikatan dengan sisi aktif enzim yaitu aspartat 533 danaspartat 633, serta memiliki energi bebas ikat sekitar -29.6122 Kkal/mol.Pengamatan simulasi dinamika molekul pada tanap inisialisasi dilakukanuntuk melihat perubahan interaksi Iigan ternadap enzim. Hasil pengamatanternyata memperlihatkan banwa Iigan CSGDC masih berinteraksi denganasam amino aspartat 663."

"ABSTRACTVirus Dengue (DENV) adalah salah satu penyakit virus dengan transmisi oleh nyamuk dan telah menyebar ke negara negara yang sebelumnya tidak pernah ada kejadian infeksi DENV. Walaupun demikian, belum ada obat antivirus berlisensi yang efektif. Salah satu agen alami yang diduga memiliki sifat anti virus terhadapDENV adalah asam galat yang telah terbukti memiliki sifat antivirus terhadap Herpes Simplex Virus 1 (HSV 1). Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mempelajari toksisitas dan efektifitas amyl galat sebagai antivirus untuk DENV secara in vitro. Huh 7it-1 sel diinfeksikan dengan DENV 2 NGC strain yang telah diberi perlakuan dengan amyl galat pada konsentrasi 80 μg/ mL, 40 μg/ mL, 20 μg/mL, 10 μg/ mL, 5 μg/ mL, dan 2.5 μg/ mL. Viabilitas sel setelah diberi perlakuan dengan amyl galat kemudian diukur dengan MTT assay menggunakan spektrofotometer, sementara inhibisi virus oleh amyl galat diukur dengan menggunakan focus assay. Untuk menguji validitas dan perbedaan yang signifikan data uji statistik Kruskal Wallis dilakukan kepada setiap variabel dan uji Mann- Whitney juga digunakan untuk membandingkan hasil dengan kontrol negatif. Nilai CC50, IC50, dan SI dari penelitian adalah >80 ug/mL, 6 ug/mL, dan >13.333. Viabilitas sel setelah diberi amyl galat dengan konsentrasi 2.5 mg/mL tidak berbeda secara bermakna dengan control (P>0.05) akan tetapi pada konsentrasi ≥ 5 ug/mL ada perbedaan yang bermakna dengan kontrol (P<0.05). Hambatan infektivitas pada perlakuan amyl galat dengan konsentrasi 2.5 ug/mL, 5 ug/mL tidak berbeda secara bermakna dengan kontrol (P>0.05) namun pada konsentrasi ≥ 10 ug/mL ada perbedaan bermakna dengan control (P<0.05). Amyl galat mempunyai selektivitas yang signifikan terhadap sel yang terinfeksi DENV (SI>10) dan dapat disimpulkan bahwa amyl galat mempunyai potensi untuk dipakai sebagai obat anti virus melawan DENV, namun kajian dan percobaan lebih lanjut masih diperlukan.

---

ABSTRACTDengue virus (DENV) is a viral disease transmitted by mosquitoes and has spread to countries where there has never been a DENV infection. However, there are no effective antiviral drugs available. One of the natural agents suspected of having anti-virus properties is against DENV is gallic acid which has been proven to have antiviral properties against Herpes Simplex Virus 1 (HSV 1). The aim of this research is to study the toxicity and effectiveness of amyl galat as an antiviral for DENV in vitro. Huh 7it-1 cells were infected with DENV 2 NGC strains that had been treated with amyl error at concentrations of 80 μg / mL, 40 μg / mL, 20 μg /mL, 10 μg / mL, 5 μg / mL, and 2.5 μg / mL. Cell viability after being treated with amyl error was then measured by MTT assay using a spectrophotometer, while viral inhibition by amyl error was measured using focus assay. To test the validity and significant differences Kruskal Wallis statistical test data was performed on each variable and the Mann-Whitney test was also used to compare results with negative controls. Score CC50, IC50, and SI of the study were > 80 μg / mL, 6 μg / mL, and > 13,333. Cell viability after being given amyl error with a concentration of 2.5 mg / mL was not significantly different from control (P > 0.05) but at a concentration of ≥ 5 ug / mL there was a significant difference with control (P < 0.05). Barriers to infectivity in the treatment of amyl galat with a concentration of 2.5 μg / mL, 5 μg / mL did not differ significantly with control (P > 0.05) but at concentrations ≥ 10 ug / mL there were significant differences with control (P < 0.05). Amyl error has a significant selectivity to cells infected with DENV (SI > 10) and can be concludedthat amyl error has the potential to be used as an antiviral drug against DENV, but further studies and trials are still needed."