Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Demam berdarah dengue merupakan salah satu penyalcit wabah di didunia yang telah merenggut banyak nyawa. Pada tahun 2004 tetjadi wabah demam berdarah dengue di Jakarta dengan lebih dati 10.000 kasus dengan angka kematian dilaporkan sebanyak 603 orang dengan kasus infeksi serotipo virus dengue terbanyak adalah serotipe 3. Penelitian ini menggueakan metode PCR. Pada penelitian ini dilakukan analisls variasi genetik genE, NSI, dan NS3 dari virus dengue tipe 3 yang diisolasi dari pasien dengan manifestasi klinis yang berbeda Strain DS2207 (DD), DS4607 (DBD), DSA0206 (DSS) yang diisolasi dari kasus dengue 2006-2007 dan dibandingkan dengan 12 strain yang berasal dati Indonesia, Thailand, Tahiti, Venezuela, Malaysia. Homologi etikleotida genE berkisar antara 92,4- 100 % sedangkan asam amino E 97- 100%. Homologi nukleotida gen NSI berkisar antara 93,4- 100 %, sedangkan asam amino NSl 97,2- 100%. Homologi nukleotida gen NS3 berkisar antara 92,8 - 99,5 % sedangkan asam amino NS3 98,2-99,7 % terdapat variasi pada ketiga gen, tapi belum ditemukan adanya perbedaan spesifik dari manifestasi klinis yang ditimbulkan.

---

Dengue hemorrhagic fever is one of the epidemically disease that widely spread and has taken many lives. In the year of 2004, the epidemic of dengue hemorrhagic fever occurred in Jakarta with more than 10,000 number of cases, and 603 reported to death, where stereotype 3 showed as the most dengue virus stereotype infection cases. This research used the PCR (polymerase chain reaction) method, along with an analysis in genetically variety of E, NSI, and NS3 Gene of isolated Type 3 Dengue Virus (from the patient with any different clinical symptom). Strain of DS2207 (Dengue fever), 084607 (Dengue hemorrhagic fever), DSA0206 (Dengue shock syndrome) has been isolated of the 2006-2007 dengue cases, and compared' with 12 strain from Indonesia, Thailand, Tahiti, Venezuela, and Malaysia.

Nucleotide homology of the E gene is somewhere around 92,4% up to 100%, with theE aroino acid reached 97% up to 100%. Nucleotide homology of the NSl gene is somewhere around 93,4% up to 100%, with the NSI amino acid reached 92,2 % up to 100 % nucleotide homology of the NS3 gene is somewhere around 92,8 % up to 99,5 % with the NS3 amino acid reached 98,2 % up to 99,7 %. There were also variety of those genes, without any specipic differences among different manifestations."

"Demam berdarah dengue (DBD) adalah penyakit yang disebabkan oleh virus dengue, bersifat endemik di daerah tropis dan sub tropis, terutama di daerah perkotaan. Virus dengue yang ditransmisikan terutama oleh nyamuk Aedes aegypti juga merupakan penyakit arbovirus yang penting dalam ha[ morbiditas dan mortalitas. Di Indonesia, DBD pertama kali dilaporkan di Jakarta dan Surabaya pada tahun 1968. Tahun-tahun selanjutnya kasus DBD berfluktuasi jumlahnya setiap tahun dan cendenung meningkat. Faktor virus seperti variasi stereotipe dan genotipe virus dengue diyakini berperan menentukan derajat keparahan penyakit. Pada penelitian ini dilakukan analisis variasi genetik gen E dan NS I virus DEN-3 yang diisolasi dari pasien dengan manifestasi klinis yang berbeda, yaitu mulai clan yang ringan (DD) sampai yang terberat yaitu DBD dan DSS. Strain DS 002/06 (DD), DS 029/06 (DBD), DSA 02/06 (DSS) dan 17104 (DBD) diisolasi dan kasus dengue di Jakarta tahun 2004 dan 2006. Keempat strain tersebut kemudian dibandingkan dengan 11 strain DEN-3 yang berasal dan Indonesia dan Thailand. Homologi nukleotida gen E ditemukan berkisar antara 92,4 - 99.9%, sedangkan untuk asam amino E antara 96,5-100%. Sementara itu homologi gen NSI berkisar antara 92,1- 99,9% untuk nukleotida dan 97,1-100% untuk asam aminonya. Dijumpai berbagai variasi di sepanjang kedua gen tersebut, tetapi tidak ditemukan perbedaan yang spesifik yang bisa membedakan antara strain penyebab DD, DBD dan DSS. Analisis filogenetik menunjukkan bahwa semua strain strain DEN-3 Indonesia yang disolasi pada tahun 2004 dan 2006 konsisten berada di subtype I."

"Protein NS3 pada Dengue Virus DENV Serotipe 3 DENV-3 adalah protein nonstruktural yang memiliki berat molekul 72 kDa dan bertanggung jawab dalam siklus replikasi virus dengue. Protein tersebut dapat dijadikan kandidat vaksin rekombinan subunit penyakit Demam Berdarah DBD . Penelitian ini bertujuan untuk validasi hasil kloning gen NS3 DENV-3 ke vektor pYES2/CT sebelumnya, ekspresi dan purifikasi protein rekombinan dari sel Saccharomyces cerevisiae. Uji validitas dengan metode PCR dan analisa sekuensing DNA menunjukkan bahwa gen NS3 DENV-3 pada klon 2 dan 11 memiliki validitas yang tinggi terinsersi pada plasmid pYES2CT >90. Hasil ekspresi transforman Saccharomyces cerevisiae pYES2/CT dengan metode SDS PAGE dan Western Blot menunjukkan adanya pita spesifik berukuran 72 kDA pada sampel 2A dan 8B. Hasil purifikasi sampel yang sudah terverifikasi ekspresinya sampel 2A dengan mekanisme elusi gradien menunjukkan adanya protein spesifik yang terelusi dengan menggunakan elution buffer yang mengandung imidazol konsentrasi 350 mM.

---

DENV 3 NS3 Protein is a non structural protein with molecular weight approximately around 72 kDA and responsible for replication cycle dengue virus. This protein could be a candidate for subunit recombinant vaccine of Dengue Haemorrhagic Fever DHF. The aims of this study were to validated the previous cloning result of DENV3 NS3 gene into pYES2 CT vector, expressed and purified the recombinant protein from Saccharomyces cerevisiae cells. The result of validity tests with PCR method and DNA sequencing showed NS3 gene in clone 2 and 11 had high validity were inserted on plasmid pYES2 CT 90. The result of the expression in transformant Saccharomyces cerevisiae pYES2 CT with SDS PAGE and Western Blot methods showed there was a specific band with size 72 kDa in clone 2A and 8B. The result of verified clone clone 2A with gradient elution mechanism showed there was a specific protein that was eluted by elution buffer which contained 350 mM imidazole."

"Penyakit dengue masih menjadi masalah kesehatan penting di sebagian besar negara tropis dan subtropis. Dalam dua dekade terakhir terjadi lonjakan drastis baik jumlah kasus maupun daerah endemik, disamping peningkatan keparahan penyakit. Meskipun telah dipelajari secara intensif, belum dipahami benar bagaimana mekanisme infeksi dengue berkembang menjadi demam berdarah dengue (DBD). Sejauh in diketahui, baik faktor inang maupun virulensi virus terlibat dalam menentukan keparahan penyakit. Beberapa studi terbaru melaporkan perbedaan struktural genom diantara virus dengue yang diduga berhubungan dengan perbedaan manifestasi klinis yang ditimbulkan. Dalam studi ini dilakukan analisis variasi genetik gen C, PrM/M, E, NS I, serta kedua daerah non-coding virus DEN-3 isolat Asia Tenggara. Dari studi-studi sebelumnya, gen-gen ini diduga berperan penting dalam menetukan virulensi virus. Sebagai pembanding adalah strain-strain Asia Tenggara yang telah dipublikasi di GenBank (isolat 1962-1985). Tidak dijumpai mutasi unik antar isolat yang memberikan manifestasi klinis berbeda. Begitu pula antar isolat yang berasal dari wilayah berbeda. Variasi genetik atau perbedaan nukleotida tersebar disepanjang genom pada semua isolat yang dianalisis. Secara keseluruhan, tingkat homologi antar isolat dipertahankan di atas 93%. Ini mengindikasikan mutasi DEN-3 yang beredar di Asia Tenggara hanya sekitar 7% saja sepanjang kurun tiga dekade. Hal menarik adalah dari analisis kladogram terungkap bahwa virus DEN-3 yang beredar di Indonesia tahun 1998 dan kurun 1973-1985 terpisah dalam subtipe berbeda. Fenomena ini mengindikasikan munculnya varian-varian baru hasil evolusi genetik virus DEN-3 di Indonesia. Menjadi tanda tanya besar apakah evolusi virus ini berhubungan dengan meningkatnya virulensi virus seperti yang tergambar dari kecenderungan peningkatan keparahan penyakit dengue akhir-akhir ini."

"ABSTRACTDengue is an infectious disease caused by dengue virus. Dengue endemic region includes America, Western Pacific,Africa, East Mediterranian, and South East Asia including Indonesia. An early diagnostic system specific for Indonesiais needed to control dengue in Indonesia. In this research, cloning of Non Structural 1 (NS1) gene from dengue virustype 3 (Indonesian strain D3-1703) into pYES2/CT vector was performed. In the long run, NS1 recombinant proteinwill be expressed inSaccharomyces cerevisiaefor diagnostic materials. Polymerase Chain Reaction (PCR)amplification of NS1 gene fragments were done with optimal annealing temperature at 55 ºC. NS1 gene fragment andpYES2/CT were cut by Bam H I and Not I enzymes. The digested pYES2/CT was dephosphosrylated using Calf Intestine Alkaline Phospatase enzyme. Ligation with the vector:insertratio of 1:12 and 1:20 resulted in 6 and 5 recombinant colony candidates respectively. Restriction enzyme and PCR verifications showed that 5 recombinant plasmids contained NS1 gene. Sequencing of the first 600 bp of one recombinant plasmid was performed. The blastnanalysis showed that it had a 99% identity with dengue virus type 3 strain FW06. Finally, it was shown that NS1 clonewithin pYES2/CT was in the correct Open Reading Frame and ready to be expressed in S. cerevisiae."

"Demam berdarah merupakan sebuah masalah kesehatan besar yang mengancam banyak negara tropis, termasuk Indonesia. Beberapa tahun terakhir penyakit ini berkembang menjadi semakin parah. Hal ini diperparah dengan tidak adanya antivirus maupun Vaksin untuk infeksi dengue. Penelitian ini bertujuan untuk melakukan desain primer untuk amplifikasi gen Non Structural -3 (NS-3) serotype 2 (DENV-2) strain Indonesia (AB189124) yang bisa disisipkan pada plasmid pPICZ-alphaA dan diekspresikan pada vektor Pichia pastoris. Hasil penelitian didapatkan pasangan primer yang dapat digunakan untuk membuat protein rekombinan NS-3 DENV-2. Pasangan primer tersebut adalah pasangan CGC + KpnI + Primer (4468) = CGC + GGTACC + TCCCGTGTCAATACCAATCA dan SacII + Primer (6495) = CCGCGG + AGCATGATTGTACGCCCTTC. Dengan mempertimbangkan sekuens keseluruhan gen NS-3 DENV-2, epitope, dan enzim restriksi pada plasmid dan NS-3, maka pasangan primer tersebut dapat digunakan untuk membuat protein rekombinan NS-3 DENV-2 sebagai kandidat Vaksin dengue.

---

Dengue Fever is a major health problem which threatens a lot of tropical countries, including Indonesia. In the last few years, this epidemic grew worse. This was aggravated by the nonexistence of neither vaccine nor antivirus capable of neutralizing dengue virus serotype 1-4. This research focused on designing primer for amplification of Non Structural-3 (NS-3) dengue virus serotype 2 (DENV-2) Indonesian strain (AB189124) which could be spliced into pPICZ-alhpaA and expressed on Pichia pastoris vector. Research result was a primer pair which could be used to produce NS-3 DENV-2 recombinant protein. These primer pair were CGC + KpnI + Primer (4468) = CGC + GGTACC + TCCCGTGTCAATACCAATCA dan SacII + Primer (6495) = CCGCGG + AGCATGATTGTACGCCCTTC. By considering overall sequence of NS-3 DENV-2 genes, epitope, and restriction enzyme on plasmid and NS-3, these primer pair could be use to produce NS-3 DENV-2 recombinant protein as a dengue vaccine candidate."

"Virus dengue merupakan penyebab demam berdarah dengue dan bersifat endemik di Indonesia. Kejadian luar biasa (KLB) demam berdarah dengue yang dulu terjadi setiap 5 tahun berubah menjadi setiap tahun sejak 1998. Strain virulen virus dengue yang berdaya infektivitas tinggi diduga merupakan pengubah pola KLB. Virulensi diduga dikendalikan oleh gen E.Penelitian bertujuan untuk karakterisasi genetik gen E terhadap 4 sampel virus dengue serta mengetahui penggolongan filogenetik virus dengue asal Jakarta dan Bandung di antara genotipe yang telah ada. Keempat sampel adalah isolat dengue serotipe 1, 2, 3, dan 4 (DEN-1,-2,-3, dan -4) dari penderita demam berdarah dengue yang dikoleksi oleh Viral Diseases Program US NAMRU-2 pada tahun 2003-2005.Metode penelitian adalah amplifikasi segmen struktural genom menggunakan teknik RT-PCR, sequencing gen E, alignment gen E sampel terhadap strain virus yang telah diketahui (ClustalX 1.83 dan MegAlign), serta analisis filogenetik berdasarkan metode neighbor-joining (ClustalX 1.83). Hasil RT-PCR pada DEN-1 berukuran 1.605 dan 1.449 pb (pasangan basa), pada DEN-2 berukuran 1.282 dan 1.505 pb, pada DEN-3 berukuran 1.541 dan 865 pb, serta pada DEN-4 berukuran 1.664 dan 1.339 pb. Hasil sequencing gen E DEN-1,-2,-4 berukuran 1.485 pb, sedangkan gen E DEN-3 berukuran 1.479 pb.Hasil tersebut menunjukkan tidak adanya delesi maupun insersi pada gen E keempat sampel. Terhadap prototype, gen E sampel DEN-1 mengalami substitusi histidin􀃆tirosin pada asam amino ke-437, sampel DEN-2 mengalami substitusi asam aspartat􀃆asam glutamat pada asam amino ke-329, sampel DEN-3 mengalami substitusi serin􀃆fenilalanin pada asam amino ke-124, dan sampel DEN-4 tidak mengalami substitusi yang spesifik. Sampel DEN-1 dan DEN-4 termasuk genotipe II, sampel DEN-2 anggota genotipe IV, sampel DEN-3 anggota genotipe I."

"ABSTRAKRuang lingkup dan cara penelitian : Salah satu masalah utama dalam penanggulangan penyakit demam berdarah dengue adalah belum adanya cara diagnosis pemasti yang dapat diandalkan, terutama untuk pengelolaan penderita, walaupun berbagai cara diagnosis telah dikembangkan. Salah satu cara diagnosis pemasti yang saat ini sedang dikembangkan adalah penggunaan pelacak asam nukleat untuk mendeteksi RNA atau fragmen RNA virus dengue. Dalam penelitian ini akan dicoba teknik hibridisasi in situ menggunakan pelacak DNA yang komplementer terhadap fragmen RNA dari gen E, yaitu gen yang menyandi sintesis glikoprotein selubung virus dengue. Rekonstruksi pelacak cDNA dilakukan dengan mengklon plasmid pKS-DEN2 yaitu plasmid rekombinan yang mengandung cDNA yang spesifik terhadap virus dengue tipe 2, dan pKS-DEN3 yang mengandung cDNA yang spesifik terhadap virus dengue tipe 3, ke dalam E. coil DH5. Isolasi plasmid rekombinan dilakukan dengan cara "alkaline lysis method", setelah diamplifikasi dengan teknik "preparasi skala besar" dalam medium Luria Bertani cair yang mengandung ampisilin 50 ug/ml. Pelacak cDNA yang merupakan hasil pemotongan pKS-DEN2 dan pKS-DEN3 dengan enzim Hinc II dan BamHI, masing-masing sekitar 290 pasang basa, setelah dilabel dengan digoksigenin-11-dUTP, dipakai untuk mendeteksi virus dengue tipe 2 dan tipe 3, yang dibiakkan dalam sel Aedes albopictus klon C6/36. Hasil dan kesimpulan : Hasil percobaan menunjukkan bahwa pelacak cDNA yang berasal dari pKS-DEN2 dapat mendeteksi virus dengue tipe 2, sedangkan pelacak cDNA yang berasal dari plasmid pKS-DEN3 dapat mendeteksi virus dengue tipe 3, dalam sel C6/36 yang terinfeksi. Tidak terdapat reaksi silang diantara kedua pelacak tersebut. Dengan demikian dapat disimpulkan bahwa pelacak cDNA yang merupakan fragmen restriksi Hinc II dan BamHI, yang masing-masing berasal dari pKS-DEN2 dan pKS-DEN3 secara spesifik dapat mendeteksi virus dengue yang sesuai dalam sel C6/36 yang terinfeksi, melalui hibridisasi DNA-RNA in situ. "

"Sebagai satu negara dengan aktivitas transmisi virus dengue (DENV) yang tinggi, Indonesia tercatat memiliki angka kematian (CFR) akibat infeksi DENV yang besar. Besarnya CFR dapat diatasi dengan pendeteksian dini menggunakan kit diagnostik yang pada umumnya berupa antibodi monoklonal. Akan tetapi, kit diagnostik yang berbasis antibodi monoklonal memiliki biaya produksi yang mahal, sehingga dibutuhkan alternatif lain yang lebih murah. Kit diagnostik yang berbasis antibodi rekombinan dapat dijadikan alternatif pendeteksi dini infeksi DENV. Penelitian ini bertujuan untuk memperbanyak gen rantai berat (heavy chain) dan rantai ringan (light chain) penyusun antibodi rekombinan dalam bentuk fragmen pengikat antigen (Fab) yang mampu mendeteksi protein NS1. Penelitian yang dilakukan mencakup proses sintesis cDNA dari RNA total, amplifikasi gen heavy chain dan light chain dari cDNA menggunakan metode PCR, serta kloning kedua gen tersebut ke dalam vektor kloning pTA2 menggunakan metode heat-shock. Produk PCR gen heavy chain dan light chain menghasilkan pita dengan ukuran bervariasi, yang salah satunya merupakan pita pada ukuran yang diharapkan. Sebanyak 14 koloni transforman hasil kloning masing-masing gen berhasil terseleksi dan terisolasi dari medium yang mengandung 75 µg/µl ampisilin. Hasil analisis tahap verifikasi hasil kloning menunjukkan gen heavy chain dan light chain hanya terintegrasi parsial (± 400 bp) pada vektor pTA2 dalam Escherichia coli TOP10.

---

As one of the countries with high dengue virus (DENV) transmission activity, Indonesia recorded has a large fatality rate (CFR) due to DENV infection. This can be reduced through early detection of the dengue using a diagnostic kit which is generally a monoclonal antibody. However, the diagnostic kits based on monoclonal antibodies have expensive production costs, so other cheaper alternatives are needed. Therefore, this study aims to multiply heavy chain and light chains genes in the form of fragmen antigent binding (Fab) recombinant antibodies capable of detecting NS1. This study involved the synthesis of cDNA from total RNA, the amplification of heavy chain and light chain genes from cDNA using the PCR method, and cloning these two genes into pTA2 vector cloning using heat-shock method. Heavy chain and light chain PCR products produce bands at various sizes, but a band at correct size was discovered. A total of 14 transformed colonies were successfully selected and isolated from a medium containing 75 µg/µl ampicillin. The results of the verification stage of cloning results showed that the heavy chain and light chain genes were partially integrated (± 400 bp) into the pTA2 vector in Escherichia coli TOP10."