Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Hasil Pencarian

Ditemukan 24215 dokumen yang sesuai dengan query
cover
Detection of Mycobacterium avium subspecies paratuberculosis in formula milk from Bogor using PCR IS 900
"Penyakit Crohn (CD) yang menjadi masalah penting bagi kesehatan masyarakat di negara maju, memiliki kemiripan gejala klinis dan gambaran patologis dengan penyakit Johne?s disease (JD) pada hewan ruminasia yang terinfeksi Mycobacterium avium subspecies paratuberculosis (MAP). Beberapa penelitian di Eropa, Amerika Serikat dan Australia menunjukkan keterkaitan antara MAP, CD, dan JD dengan produk susu dan olahannya termasuk susu bubuk. Masyarakat Indonesia mengonsumsi susu sapi dan produk olahannya yang berasal dari dalam negeri maupun impor. Adji pada tahun 2004 menemukan beberapa sapi perah lokal terinfeksi MAP lewat pemeriksaan serologis dan hal ini dapat menjadi permasalahan serius pada peternakan sapi perah maupun pada kesehatan manusia di masa mendatang. Penelitian ini bertujuan mendeteksi MAP di dalam susu formula lanjutan. Lima puluh sampel yang berasal dari 5 pabrik diambil dari supermarket di wilayah Bogor. Metode reaksi rantai polimerase (PCR) dengan menggunakan sekuen insersi 900 (IS 900) sebagai primer dan biakan pada media Herrold?s egg yolk diperkaya mycobactin J (HEYM J) sebagai baku emas digunakan dalam penelitian ini. Tidak ada bakteri MAP yang tumbuh setelah diikubasi selama 20 minggu, demikian juga tidak ada uji positif dari pemeriksaan PCR IS 900. Meskipun tidak ada sampel positif dalam penelitian ini, perlu dilakukan penelitian lanjutan yang menyeluruh, jumlah sampel yang lebih banyak dan bervariasi serta pada manusia, untuk menyediakan data MAP yang lengkap di Indonesia.
Abstract
Crohn?s disease (CD) that becomes a public health concern in developed countries shows similarities in clinical signs and pathological features with Johne?s disease (JD) in ruminants infected by Mycobacterium avium subspecies paratuberculosis (MAP). Few researches conducted in Europe, the USA, and Australia showed relationships between MAP, CD, JD and dairy products. Indonesians consume milk and diary products from domestic and imported source. Adji in 2004 found some domestic dairy cows that were seropositive for MAP, and this could be a serious problem in dairy farm animals and human health in the future. The aim of this study was to detect MAP in the growing up formula milk. Fifty samples from five established factories were taken from supermarkets in Bogor. Polymerase chain reaction method (PCR) with insertion sequence (IS) 900 as primer and culture in Herrold?s egg yolk media with mycobactin J (HEYM J) as a gold standard were used in this study. Neither MAP grew up in HEYM J medium after 20 weeks of culture period nor positive samples by PCR IS 900 were found. Although there were no positive samples found in this study, further extensive and comprehensive studies on MAP should be done with more and varied samples, as well as in human to provide data on MAP in Indonesia."
[Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia, Universitas Gadjah Mada. Fakultas Kedokteran Hewan], 2008
pdf
Artikel Jurnal  Universitas Indonesia Library
cover
Septian Ardianto
Diagnosis infeksi artifisial mycobacterium avium subspesies avium pada ikan gurami (osphronemus gouramy lacepede) = Diagnosis of artificial infection mycobacterium avium subspecies avium in gurami fish (osphronemus gouramy lacepede)
"Ikan gurami (Osphronemus gouramy Lacepede) merupakan komoditas perikanan budidaya Indonesia yang bernilai tinggi. Mikobakteriosis adalah kasus penyakit umum yang ditemukan pada budidaya ikan gurami. Mikobakteriosis disebabkan oleh bakteri Mycobacterium spp. yang diantaranya adalah Mycobacterium avium subspesies avium. Ikan gurami (Osphronemus gouramy Lacepede) di laboratorium kesehatan ikan Depok diketahui telah terinfeksi Mycobacterium avium subspesies avium. Pada penelitian ini dilakukan infeksi artifisial lebih lanjut untuk mendapatkan data diagnosis mikobakteriosis akibat spesies Mycbacterium avium subspesies avium. Diagnosis yang dilakukan berupa diagnosis fisik, histologi, mikrobiologi, dan biomolekular. Hasil penelitian menunjukkan infeksi artifisial Mycobacterium avium subspesies avium berhasil menunjukan gejala umum mikobakteriosis pada bak perlakuan. Gejala yang berhasil diamati dari 4 jenis diagnosis digunakan sebagai dasar pengujian T dengan hasil uji T pada bak 1 dan bak 2 terdapat perbedaan signifikan dengan kontrol. Sedangkan pada bak 3, dimungkinkan ikan memiliki imunitas lebih kuat sehingga tidak menunjukan gejala. Data uji diagnosis digunakan dalam penanganan wabah penyakit ikan. Diagnosis fisik dan histologi dapat dilakukan untuk pengamatan gejala yang muncul pada ikan, sedangkan diagnosis mikrobiologi dan biomolekuler dapat dilakukan untuk konfirmasi bakteri yang menginfeksi ikan.
Gourami Fish (Osphronemus gouramy Lacepede) is a high-value Indonesian aquaculture commodity. Mycobacteriosis is a common case of a disease found in the cultivation of gourami. Mycobacteriosis is caused by the bacterium Mycobacterium spp. which among them is Mycobacterium avium subspecies avium. Gourami fish (Osphronemus gouramy Lacepede) in the Depok fish health laboratory are known to have been infected with Mycobacterium avium subspecies avium. In this study, further artificial infections were carried out to obtain data on the diagnosis of mycobacteriosis due to the species Mycbacterium avium subspecies avium. The diagnosis carried out is in the form of physical, histological, microbiological, and biomolecular diagnoses. The results showed that the artificial infection of Mycobacterium avium subspecies avium succeeded in showing common symptoms of mycobacteriosis in the treatment bath. The symptoms that were successfully observed from 4 types of diagnosis were used as the basis for T testing with the results of the T test in tub 1 and tub 2 there were significant differences with controls. While in tub 3, it is possible for fish to have stronger immunity so that they do not show symptoms. Diagnosis test data are used in the management of fish disease outbreaks. Physical and histological diagnosis can be carried out for the observation of symptoms that appear in fish, while microbiological and biomolecular diagnoses can be carried out for confirmation of bacteria that infect fish."
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2022
S-pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Zaenal Arifin
Optimasi primer dengan target gen dnaK untuk deteksi dan kuantifikasi Bifidobacterium animalis subspesies lactis menggunakan kuantitatif real-time PCR = Primer optimization target genes dnaK to detection and quantification Bifidobacterium animalis subspecies lactis quantification using quantitative real-time PCR
"Translokasi bakteri merupakan kejadian yang diinisiasi oleh adanya reaksi inflamasi pada permukaan usus dan dapat menyebabkan terjadinya sepsis. Bifidobacterium anima/is subspesies lactis merupakan salah satu bakteri probiotik yang dapat memberikan efek anti-inflamasi, sehingga dapat menghambat terjadinya translokasi bakteri. Gen dnaK merupakan sekuens penanda yang dapat digunakan untuk deteksi B. anima/is subsp. lactis. Optimasi dilakukan untuk mendapatkan pasangan primer optimal dalam kuantifikasi B. anima/is subsp. lactis dengan metode kuantitatif Real-time PCR. Isolat DNA diisolasi dari sampel feses bayi menggunakan metode fenol-kloroform. Pasangan primer dirancang berdasarkan sekuen gen dnaK B.ani malis subsp.lacti s [ABOTO1000010.1] menggunakan program pri mer3. Optimasi primer dilakukan menggunakan 5 konsentrasi berbeda, yaitu 50/50, 100/100, 300/300, 500/500, dan 1.000/1.000 nM. Konsentrasi optimal pasangan primer F_HN019_dnaK dan R_HN019_dnaK untuk kurva standar adalah 1.000/ 1.000 nM dengan nilai efisiensi 95.397% dan R2 0,998. Konsentrasi pasangan primer 50/50--1.000/1.000 nM dapat digunakan untuk kuantifikasi DNA target dengan kisaran nilai Ct sebesar 16,13--31,89. Konsentrasi primer dan DNA sampel tidak berpengaruh dan berkorelasi terhadap nilai Ct. Konsentrasi sampel DNA target terkecil yang dapat terkuantifikasi dengan baik oleh pasangan primer F_HN019_dnaK dan R_HN019_dnaK 300/ 300 nM sampai dilusi 10-4 Pasangan primer F_HN019_dnaK dan R_HN019_dnaK dapat dikembangkan untuk kuantifikasi B. anima/is subsp. lactis dalam sampel feses bayi pada kejadian sepsis.
Bacterial translocation is an event that is initiated by the presence of an inflammatory reaction at the surface of the intestine and can lead to sepsis. Bifzdobacterium anima/is subspecies lactis is a probiotic bacterium that can provide anti-inflammatory effect, so as to prevent the occurrence of bacterial translocation. dnaK is a marker gene sequences that can be used for detection of B. anima/is subsp. lactis. Optimization is performed to obtain optimal primer pair in quantifying B. anima/is subsp. lactis by the method of real-time quantitative PCR. Isolate DNA were isolated from infant feces samples using phenol­ chloroform method. Primer pairs designed based on gene sequences B.anima/is subsp.lactis dnaK f ABOTO1000010.11 using primer3 program. The primary optimization is done using 5 different concentrations, namely 50/50, 100/100, 300/300, 500/500, and 1.000/1.000 nM. F HN019 dnaK optimal primer pair concentrations and R HN019 dnaK for standard curve were 1,000 I 1,000 nM with 95,397% efficiency values and R2 0.998. 50/50--1.000/1.000 nM concentration of primer pairs can be used for quantification of the target DNA with a range of Ct values of 16.13 to 31, 89. Primer concentration and DNA samples have no effect and relation with the Ct value. The smallest concentration of the target DNA sample that can be quantified well by F_HN019_dnaK and R HN019 dnaK primer pair 300/300 nM is up to dilution 10-4 R HN019 dnaK F_HN019_dnaK primer pairs can be developed for the quantification of B. anima/is subsp. lactis in fecal samples of infants on the incidence of sepsis."
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2013
S46522
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Syahira Andini
Deteksi molekuler tuberkulosis paru dari sampel urine menggunakan multiplex PCR dengan gen deteksi ESAT6, IS6110, dan MPT64 dan real-time PCR dengan gen deteksi ESAT6 = Molecular detection of pulmonary tuberculosis from urine samples using multiplex PCR with ESAT-6, IS6110, and MPT64 detection genes and and real-time PCR with ESAT6 detection gene
"Kendala utama dalam diagnosis penyakit tuberkulosis (TB) paru di Indonesia adalah sulitnya pengeluaran sputum sebagai spesimen diagnostik dari pengidap TB paru, terutama pada kelompok anak dan lansia. Pengembangan spesimen alternatif, seperti urine, sangat dibutuhkan untuk meningkatkan notifikasi kasus TB paru pada subjek yang belum terdiagnosis secara optimal. Penelitian ini mengevaluasi potensi urine pada 60 sampel terkonfirmasi TB paru positif, sebagai studi kasus-kontrol dengan subjek yang memiliki kondisi target. Tujuan penelitian ini meliputi evaluasi multiplex polymerase chain reaction (PCR), untuk mendeteksi gen ESAT6, IS6110, dan MPT64, serta real-time PCR untuk deteksi gen ESAT6 dalam menunjang diagnosis TB paru. Selain itu, penelitian ini diharapkan dapat menggambarkan nilai sensitivitas masing-masing metode dan gen diagnostik yang digunakan. Metode penelitian meliputi preparasi sampel urine, isolasi DNA, kuantifikasi DNA, amplifikasi DNA (multiplex PCR dan real-time PCR), elektroforesis DNA, dan analisis data. Hasil evaluasi menunjukkan kemurnian total DNA yang diisolasi dari urine berdasarkan A260/A280   (Mean 3,08  SD 1,08). Evaluasi multiplex PCR dengan gen deteksi ESAT6, IS6110, dan MPT64 memberikan nilai sensitivitas sebesar 68,3% (41/60), dan real-time PCR dengan gen deteksi ESAT6 sebesar 71,67% (43/60). Nilai sensitivitas real-time PCR diperoleh dengan ketentuan limit of detection (LOD) sebesar 13,04 kopi/μl. Nilai sensitivitas kedua metode tersebut menunjukkan bahwa urine dapat menjadi spesimen alternatif untuk pendeteksian Mycobacterium tuberculosis (Mtb) secara molekuler.
The main obstacle in the diagnosis of pulmonary tuberculosis (TB) in Indonesia is the difficulty of extracting sputum, as a diagnostic specimen for people with pulmonary TB, especially in the group of children and the elderly. The development of alternative specimens, such as urine, is urgently needed to increase the notification of pulmonary TB cases in subjects who have not been diagnosed optimally. This study evaluated the urine potency of 60 samples of confirmed positive pulmonary TB, as a case-control study with subjects with the target condition. The objectives of this study include the evaluation of multiplex polymerase chain reaction (PCR), to detect the ESAT6, IS6110, and MPT64 genes, as well as real-time PCR to detect the ESAT6 gene in supporting the diagnosis of pulmonary TB. In addition, this study is expected to describe the sensitivity value of each diagnostic method and gene used. Research methods include urine sample preparation, DNA isolation, DNA quantification, DNA amplification (multiplex PCR and real-time PCR), DNA electrophoresis, and data analysis. The evaluation results showed the total purity of DNA isolated from urine based on A260/A280   (Mean 3,08  SD 1.08). Evaluation of multiplex PCR with ESAT6, IS6110, and MPT64 detection genes gave a sensitivity value of 68,3% (41/60), and real-time PCR with ESAT6 detection genes of 71,67% (43/60). Real-time PCR sensitivity value was obtained with the limit of detection (LOD) of 13,04 copies/μl. The sensitivity values of both methods indicate that urine can be an alternative specimen for molecular detection of Mycobacterium tuberculosis."
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2022
S-pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Samosir, Yoshida Aussiana
Analisis deteksi molekuler tuberkulosis dari sampel urin menggunakan multiplex PCR dengan gen deteksi ESAT6, IS6110, dan MPT64 = Molecular detection of tuberculosis from urine specimens using multiplex PCR with detection genes ESAT6, IS6110, and MPT64
"Keberhasilan deteksi tuberkulosis (TB) relatif rendah pada negara berkembang dengan beban TB tinggi akibat kurangnya akurasi diagnosis. Penegakan diagnosis yang dilakukan dengan uji BTA dan TCM sebagai metode deteksi TB baku emas memiliki kelemahan dalam hal penggunaan spesimen sputum yang kemungkinan tidak tersedia pada pasien pediatrik, serta tidak representatif terhadap infeksi Mtb di luar jaringan paru. Urin dapat menjadi kandidat spesimen alternatif dikarenakan bersifat non-invasif. Deteksi antigen Mtb dalam urin menggunakan kit diagnostik Fujifilm SILVAMP TB LAM berhasil dilakukan pada populasi TB-HIV, namun deteksi gen Mtb secara langsung dalam urin belum banyak diteliti. Metode molekuler PCR telah digunakan dalam studi diagnostik karena memiliki nilai sensitivitas dan spesifisitas yang tinggi, sehingga dapat memberikan hasil diagnosis yang akurat. Tujuan penelitian adalah melalukan uji deteksi TB pada sampel urin populasi yang telah dinyatakan TB secara bakteriologis (kelompok Definite TB) dan populasi yang didiagnosa TB secara klinis namun tidak menunjukkan hasil laboratorium TB (kelompok Clinically TB) melalui metode multiplex PCR dengan gen target ESAT6, IS6110, dan MPT64 dan mengevaluasi potensi sampel urin sebagai spesimen alternatif diagnosis TB. Nilai positivity rate yang diperoleh adalah 71,43% (10/14) pada kelompok Definite TB dan 60,71% (17/28) pada kelompok Clinically TB. Metode multiplex PCR dengan spesimen urin dapat menjadi petunjuk pada kasus TB non-paru dan populasi yang tidak dapat mengeluarkan sputum berkualitas.
Tuberculosis (TB) screening and diagnostic accuracy is relatively low in developing countries, which has contributed to the high TB burden in such regions. The diagnostic gold standard is the acid-fast bacillus (AFB) smear and GeneXpert test. A major disadvantage for both tests is the utilisation of sputum specimens, which may not be available in paediatric cases and is not representative of extrapulmonary Mtb infection. Urine may be used as an adjunct specimen because of its non-invasive nature of collection. Previous studies have focused on detecting Mtb antigens in urine using the Fujifilm SILVAMP TB LAM diagnostic kit in TB-HIV populations, however direct Mtb DNA detection has not been intensively evaluated. In recent years, PCR techniques have been widely used due to high sensitivity and specificity values which provides rapid and accurate diagnoses. Therefore, the primary objective of this is to conduct a TB detection test in urine samples of two population groups previously tested with AFB smear and GeneXpert test; (1) definite bacteriological cases (Definite TB group), and (2) clinically diagnosed cases (Clinically TB group), using multiplex PCR with target genes ESAT6, IS6110, and MPT64. Specifically, the study aims to evaluate urine as an alternative specimen and supporting tool in TB diagnostics. Observed positivity rate of urine samples was 71.43% (10/14) in the Definite TB group and 60.71% (17/28) in the Clinically TB group. Multiplex PCR using urine specimens indicates effectiveness in rapid detection of extra-pulmonary TB and sputum-scarce cases."
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2020
S-pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Ryan Halleyantoro
Deteksi gen B1 toxoplasma gondii dari cairan cerebrospinal pasien HIV/AIDS dengan gangguan serebral menggunakan modifikasi PCR = Detection of toxoplasma gondii B1 gene from cerebrospinal fluid of HIV/AIDS patients with cerebral disorders using modified PCR
"ABSTRAK
Toksoplasmosis merupakan penyakit yang disebabkan oleh Toxoplasma gondii. Penyakit infeksi ini dapat menyebabkan kondisi fatal bila terjadi pada pasien imunokompromis, misalnya adalah toksoplasma ensefalitis (TE) yang menyerang sistem saraf pusat. Untuk menegakkan diagnosis Toxoplasma sebagai penyebab kelainan SSP (sistem saraf pusat) pada pasien HIV sangat sulit, sehingga diperlukan metode pemeriksaan lain sebagai alternatif, salah satunya adalah pemeriksaan PCR mendeteksi gen B1 dari Toxoplasma gondii. Penelitian ini bertujuan untuk mengembangkan metode PCR pada sampel CSS (cairan serebrospinal) yang sesuai untuk menegakkan diagnosis TE dan mengetahui keunggulan dan kelemahan pemeriksaan PCR dibandingkan pemeriksaan IgG anti-Toxoplasma pada cairan serebrospinal. Penelitian dilakukan pada cairan serebrospinal pasien HIV/AIDS dengan gangguan serebral. Hasil pemeriksaan PCR dari 88 sampel CSS pasien HIV yang datang ke Laboratorium Parasitologi FK UI, adalah 23 (26,1%) positif dan 65 (73,9%) negative T. gondii. Ada hubungan postif bermakna antara pemeriksaan PCR dengan pemeriksaan IgG anti-Toxoplasma dari CSS.
ABSTRACT
Toksoplasmosis is a disease caused by infection of Toxoplasma gondii. This infection can caused a life threatening condition in immunocompromised patients, for example toxoplasma ensefalitis (TE) which attack central nervous system. It is very difficult to diagnose Toxoplasma as a cause of CNS infection in HIV patient, so we need another methods as alternative, one of which is one of which is a PCR detection of Toxoplasma gondii B1 gene. This research aims to develop a PCR method on samples Cerebrospinal Fluid (CSF) that suitable for TE diagnosis and determine the advantages and disadvantages PCR methods compared to detection of anti-Toxoplasma IgG from CSF. The study was conducted in the cerebrospinal fluid of patients with HIV / AIDS with cerebral disorders. PCR examination results of 88 samples CSS HIV patients who came to the Laboratory of Parasitology FK UI, was 23 (26.1%) positive and 65 (73.9%) negative T. gondii. There is a significant positive relationship between PCR and detection anti-Toxoplasma IgG from CSF."
Jakarta: Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia, 2016
T-Pdf
UI - Tesis Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Eleyna Farihah
Optimasi primer dengan target gen grpe menggunakan quantitative real time pcr untuk kuantifikasi bifidobacterium animalis subspesies lactis dalam sampel feses = Primer optimization with grpe target gene using quantitative real time pcr for quantification of bifidobacterium animalis subspecies lactis in fecal sample
"Sepsis merupakan suatu penyakit sistemik yang dapat disebabkan oleh translokasi bakteri. B. animalis subsp. lactis merupakan salah satu bakteri yang berpotensi dalam mencegah translokasi bakteri. Gen grpE merupakan salah satu target spesifik dalam mendeteksi B. animalis subsp. lactis. Penelitian bertujuan untuk mengoptimasi primer dengan target gen grpE untuk kurva standar, mengetahui hubungan konsentrasi primer terhadap nilai Ct, serta mengetahui sensitivitas dan spesifisitas primer. Isolat diisolasi dari sampel feses bayi menggunakan metode fenol-kloroform. Pasangan Primer dirancang berdasarkan sekuens gen grpE B. animalis subsp. lactis (NZ_ABOT01000010.1) menggunakan program Primer3. Optimasi primer dilakukan menggunakan lima konsentrasi berbeda,yaitu 50/50 nM, 100/100 nM, 300/300 nM, 500/500 nM, dan 1.000/1.000 nM.Hasil penelitian menunjukkan bahwa pasangan primer F_HNO19_grpE dan R_HNO19_grpE dengan konsentrasi 1.000/1.000 nM menghasilkan kurva standar yang optimal dengan efisiensi dan koefisien korelasi (R2) masing-masing sebesar 99,095% dan 0,971. Berdasarkan uji sensitivitas dan spesifistas, pasangan primer F_HNO19_grpE dan R_HNO19_grpE konsentrasi 1.000/1.000 nM dapat mengamplifikasi DNA target sampai dilusi 10-5 , tetapi spesifisitasnya hanya sampai dilusi 10-2. Konsentrasi primer tidak berkorelasi terhadap nilai Ct. Pasangan primer F_HNO19_grpE dan R_HNO19_grpE dapat digunakan untuk kuantifikasi B. animalis subsp. lactis dengan kisaran nilai Ct sebesar 15,74--33,89.
Sepsis is a systemic disease that can be caused by bacterial translocation. B. animalis subsp. lactis is one of the bacteria that has the potential to prevent the bacterial translocation. grpE gene is a specific target in the detection of B.animalis subsp. lactis. The research aims to optimize primer pair with target gene grpE for generating standard curve, to know the correlation between primer concentration and Ct value, and to know the primer sensitivity and specificity. Isolates were isolated from infant stool samples using phenol-chloroform method. Primer pair is designed based on B. animalis subsp. lactis grpE gene sequence (NZ_ABOT01000010.1) using the Primer3 program. The primer optimization is done using five different concentrations, which are 50/50 nM, 100/100 nM,300/300 nM, 500/500 nM, and 1.000/1.000 nM. The results showed that the primer pair F_HNO19_grpE and R_HNO19_grpE with 1.000/1.000 nM concentration can be used to generate an optimal standard curve with efficiency and correlation coefficient (R2) each by 99.095% and 0.971. Based on sensitivity and specificity test, primer pair F_HNO19_grpE and R_HNO19_grpE with 1.000/1.000 nM concentration can amplify DNA targets up to 10-5 dilution, but its specificity is only up to 10-2 dilution. Primer concentration and DNA samples with different concentrations were not correlated to the Ct value. F_HNO19_grpE and R_HNO19_grpE primer pair can be used for quantification of B. animalis subsp. lactis with a range of Ct values of 15.74 to 33, 89."
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2013
S45945
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Nita Amalia
Optimasi primer untuk mendeteksi Bifidobacterium animalis subspesies lactis dalam sampel feses berdasarkan target Gen recA menggunakan quantitative real time PCR = Primer optimization to detect Bifidobacterium animalis subspecies lactis in fecal samples based on recA Genes target using quantitative real time PCR
"Gen recA merupakan gen salinan tunggal dan mampu membedakan organisme sampai tingkat subspesies sehingga lebih spesifik dan akurat dalam pendeteksian Bifidobacterium animalis subsp. lactis. Penelitian bertujuan untuk mendapatkan konsentrasi primer yang optimal untuk membuat kurva standar, mengetahui hubungan antara konsentrasi primer dengan nilai Ct pada beberapa sampel DNA dan mengetahui sensitivitas dan spesifisitas primer terhadap DNA target untuk kuantifikasi Bifidobacterium animalis subsp. lactis dengan quantitative Real-time PCR. Isolat DNA berasal dari sampel feses bayi yang diisolasi dengan metode fenol-kloroform. Pasangan primer dirancang berdasarkan sekuens gen recA B. animalis subsp. lactis (NZ_ABOT01000001) menggunakan Primer 3. Beberapa konsentrasi pasangan primer F_HN019_recA dan R_HN019_recA yang digunakan dalam penelitian, antara lain 50/50 nM, 100/100 nM, 300/300 nM, 500/500 nM, dan 1000/1000 nM.
Hasil penelitian menunjukan konsentrasi primer paling optimal untuk membuat kurva standar ialah 1000/1000 nM dengan efisiensi (95,20%) dan R2 (0,998). Konsentrasi primer dan sampel DNA tidak berkorelasi terhadap nilai Ct. Pasangan primer dengan konsentrasi 300/300 nM dapat mengamplifikasi DNA target dengan sensitif sampai dilusi 10-5 , namun spesifik hanya sampai dilusi 10-3. Kesimpulan dari penelitian menunjukkan bahwa primer F_HN019_recA dan R_HN019_recA dengan konsentrasi 50/50 nM -- 1000/1000 nM mampu mengkuantifikasi B. animalis subsp. lactis secara optimal.
The recA gene is a single copy gene and is able to distinguish organisms up to the subspecies levels that are more specific and accurate in the detection of Bifidobacterium animalis subsp. lactis. The research aimed to obtain the optimal primer concentrations to create a standard curve, to determine the correlation between primer concentration with Ct value of several DNA samples and determine primer sensitivity and specificity to the DNA target for quantification of Bifidobacterium animalis subsp. lactis by quantitative Real-time PCR. DNA isolate was derived from infant fecal samples that was isolated using phenolchloroform method. Primer pair was designed based on recA gene sequence B. animalis subsp. lactis (NZ_ABOT01000001) using Primer 3. Several concentrations of primer pair R_HN019_recA and F_HN019_recA that were used in this study include 50/50 nM, 100/100 nM, 300/300 nM, 500/500 nM, and 1000/1000 nM.
The results showed the optimum primer pair concentration to create a standard curve was 1000/1000 nM with efficiency (95.20%) and R2 (0.998). Primer concentrations and DNA samples were not correlated to the Ct value. The primer pair with concentration 300/300 nM was able to amplify DNA target sensitively to dilution 10-5, but specifically only to dilution 10-3. The conclusion of this study showed that primer pair of F_HN019_recA and R_HN019_recA with concentration 50/50 nM – 1000/1000 nM are able to quantify B. animalis subsp. lactis optimally."
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2013
S45930
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Cintera Rahmagiarti
Optimasi primer dengan target gen groEL untuk kuantifikasi Bifidobacterium animalis subspesies lactis dalam sampel feses menggunakan quantitative real-time PCR = Primer optimization with groel as a target gen to quantify Bifidobacterium animalis subspecies lactis in fecal sample using quantitative real-time PCR
"Translokasi bakteri merupakan perpindahan bakteri dari usus ke sistem sirkulasi yang dapat menyebabkan sepsis. B. animalis subsp. lactis mencegah translokasi melalui adhesi epitel usus dan regulasi anti-inflamatori. Penelitian bertujuan mengoptimasi primer dengan target gen groEL pada B. animalis subsp. lactis [ABOT01000006] untuk kurva standar, mengetahui hubungan konsentrasi primer terhadap nilai Ct, serta mengetahui sensitivitas dan spesifisitas primer. Primer F_HNO19_groEL dan R_HNO19_groEL dirancang menggunakan program Primer3 lalu disejajarkan menggunakan Primer BLAST . Optimasi menggunakan konsentrasi primer berbeda, meliputi 50/50 nM, 100/100 nM, 300/300 nM," "500/500 nM, dan 1.000/1.000 nM. Isolat DNA diisolasi dari sampel feses bayi sehat menggunakan metode fenol-kloroform. Pasangan primer dengan konsentrasi 1.000/1.000 nM menghasilkan kurva standar optimal dengan efisiensi sebesar 93,82% dan R2sebesar 0,99. Hubungan konsentrasi primer terhadap nilai Ct pada 5 sampel DNA dengan konsentrasi berbeda tidak berkorelasi (p>0,05). Semua konsentrasi primer secara bermakna tidak memiliki perbedaan rata-rata nilai Ct (p =1,00). Pasangan primer dengan konsentrasi 50/50 nM – 1.000/1.000 nM menghasilkan kisaran Ct 8--35 sehingga dapat digunakan untuk kuantifikasi B. animalis subsp. lactis pada sampel feses secara optimal. Uji sensitivitas pasangan primer dengan konsentrasi 300/300 nM dapat mengamplifikasi DNA B. animalis subsp. lactis sampai dilusi 10-5, tetapi spesifisitasnya hanya sampai dilusi 10 .-4.
Bacterial translocation is the transfer of bacteria from the intestine into the circulation system which can lead to sepsis. B. animalis subsp. lactis prevents translocation through adhesion to the intestinal epithelium and anti inflammatory regulation. The research aims to optimize the primer with groEL as a target gene in B. animalis subsp. lactis [ABOT01000006] for generating the standard curve, to determine the relationship of the primer concentration with the Ct values, as well as knowing the sensitivity and specificity of the primers. Primer pairs (F_HNO19_groEL and R_HNO19_groEL) had been designed with Primer3 software and aligned with Primer BLAST. Primer optimization used different primer concentrations, such as 50/50 nM, 100/100 nM, 300/300 nM, 500/500 nM, and 1.000/1.000 nM. DNA is isolated from the healty infants fecal by phenol- chloroform method. The primer pair with concentration of 1.000/1.000 nM gives optimal result for the standard curve with the efficiency value = 93,82% and R2 value = 0,99. There is no correlation between primer concentration with Ct value at 5 different concentration of the DNA (p>0,05). All primer concentration have no significant differences in the average Ct values (p = 1,00). Primer pairs with concentration of 50/50 nM – 1.000/1.000 nM gives Ct value between 8--35, so primer pairs can be used optimally for quantification B. animalis subsp. lactis in fecal samples. The sensitivity of primer with concentration of 300/300 nM can optimally amplify the B. animalis subsp. lactis to 10 -5 dilution, but the specificity is only up to 10-4 dilution."
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2013
S47547
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Nadzira Zada
Prevalensi Infeksi Mycobacterium tuberculosis dari Spesimen Ekstraparu di LMK FKUI Tahun 2020-2021 dengan Deteksi Molekuler = Prevalence of Mycobacterium tuberculosis Infection from Extrapulmonary Specimen in LMK FKUI Year 2020-2021 with Molecular Detection
"Latar belakang: Mycobacterium tuberculosis (MTBC) menyebabkan TBC paru dan TBC ekstraparu (TBEP) yang infeksinya dapat menunjukkan angka morbiditas dan mortalitas yang signifikan. Real-time polymerase chain reaction(RT-PCR) adalah metode molekuler yang digunakan dalam diagnosis dengan durasi pengerjaan yang singkat dan sensitivitas yang tinggi. RT-PCR dapat mempersingkat waktu diagnosis, inisiasi tata laksana pengobatan, dan upaya pengendalian transmisi TBC. Pada studi ini, dilakukan analisis prevalensi TBEP positif dengan diagnosis RT-PCR di Laboratorium Mikrobiologi Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia (LMK FKUI) pada tahun 2020-2021.
Metode: Penelitian ini bersifat cross-sectional menggunakan data rekam medis yang terdaftar di LMK FKUI pada tahun 2020-2021 secara consecutive sampling. Populasi penelitian merupakan spesimen klinis dengan permintaan pemeriksaan MTBC secara RT-PCR. Spesimen penelitian adalah spesimen dengan hasil positif MTBC beserta informasi usia dan jenis kelamin. Data disajikan dalam bentuk grafik dan dianalisis secara deskriptif, meliputi positivity rate TBEP dan persentase jenis spesimen klinis.
Hasil: Sebanyak 108 spesimen pemeriksaan TBEP pada tahun 2020, 33 diantaranya menunjukkan hasil positif MTBC (30,56% positivity rate) sementara di tahun 2021, terdapat 593 spesimen pemeriksaan TBEP dengan 42 diantaranya positif MTBC (7,08% positivity rate). Informasi usia dan jenis kelamin dari spesimen tidak dapat dianalis karena keterbatasan data. Spesimen jaringan dan LCS menduduki peringkat tertinggi TBEP positif pada tahun 2020 dan 2021.
Kesimpulan: Terjadi penurunan positivity rate TBEP positif sebesar 76,83 % dari tahun 2020 ke tahun 2021 dengan jenis sampel dominan jaringan dan LCS. Terjadi peningkatan jumlah sampel yang diterima LMK FKUI sebesar 449,074% (485 data) pada tahun 2021.
Background: Mycobacterium tuberculosis (MTBC) causes pulmonary TB and extrapulmonary TB (EPTB) whose infection can show significant morbidity and mortality rates. Real-time polymerase chain reaction (RT-PCR) is a molecular method used in diagnosis with a short duration and high sensitivity. RT-PCR can shorten the time for diagnosis, initiation of treatment, and efforts to control TB transmission. In this study, an analysis of the prevalence of positive EPTB with RT-PCR diagnosis was carried out at the Microbiology Laboratory, Faculty of Medicine, University of Indonesia (LMK FKUI) in 2020-2021.
Method: This research is cross-sectional using medical record data registered at LMK FKUI in 2020-2021 using consecutive sampling. The study population was clinical specimens with requests for MTBC examination using RT-PCR. Research specimens are specimens with positive MTBC results along with information on age and gender. Data are presented in graphical form and analyzed descriptively, including the EPTB positivity rate and percentage of clinical specimen types.
Results: A total of 108 EP TB examination specimens in 2020, 33 showed positive MTBC results (30.56% positivity rate) while in 2021, 42 showed MTBC positive out of 593 EPTB examination specimens (7.08% positivity rate). Age and gender information from the specimens could not be analyzed due to data limitations. Tissue and CSF specimens ranked highest in positive EPTB in 2020 and 2021.
Conclusion: There was a decrease in the positive TBEP positivity rate by 76.83% from 2020 to 2021 with the dominant sample types are tissue and CSF. There has been an increase in the number of samples received by LMK FKUI by 449.074% (485 data) in 2021."
Jakarta: Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia, 2023
S-pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
<<   1 2 3 4 5 6 7 8 9 10   >>