Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Virus dengue (DENV) telah menyebar luas di berbagai penjuru dunia, terutama pada daerah beriklim tropis. Pengobatan yang efektif terhadap infeksi DENV belum tersedia walaupun telah dikembangkan beberapa kandidat vaksin. Pengobatan yang dilakukan saat ini hanya untuk mengurangi gejala sakit dan mengurangi risiko kematian. Oleh karena itu, dibutuhkan suatu pengobatan yang bersifat antiviral. Protein envelope merupakan salah satu protein struktural DENV yang diketahui dapat menjadi target inhibitor antiviral dan berperan khusus dalam proses fusi. Penelitian ini bertujuan untuk screening peptida siklis komersial yang digunakan sebagai inhibitor protein envelope DENV melalui molecular docking dan molecular dynamics pada temperatur 310K dan 312K. Screening 301 peptida siklis komersial melalui molecular docking menghasilkan 10 ligan terbaik dan berdasarkan interaksi ikatan hidrogen dan kontak residu pada cavity protein envelope didapatkan tiga ligan terbaik yang dapat memasuki cavity protein envelope secara keseluruhan. Ketiga ligan tersebut diuji melalui ADME-Tox dan didapatkan ligan terbaik, yaitu BNP (7-32), porcine. Hasil simulasi molecular dynamics pada temperatur 310K dan 312K menunjukan bahwa ligan dapat mempertahankan interaksi dengan cavity target, sehingga ligan BNP (7-32), porcine dapat dijadikan kandidat antiviral untuk DENV.

---

Dengue virus ( DENV) has spread throughout the world, especially in tropical climates. Effective treatment of DENV infection is not yet available although several candidate vaccines have been developed. Treatment at this time is only to reduce symptoms and reduce the risk of death. Therefore, antiviral treatment is very needed. Envelope Protein is one of the structural proteins of DENV which is known could be a target of antiviral inhibitors and plays a special role in the fusion process.

This research aims to screen the commercial cyclic peptides which are used as inhibitors of envelope protein DENV through molecular docking and molecular dynamics at 310K and 312K. Screening of commercial cyclic peptides through molecular docking ligands obtained best 10 ligands then examined the interaction between hydrogen bonding and residue contacts of the cavity envelope protein and obtained best three ligands which could enter the cavity of envelope protein overall. The three ligands were predicted through the ADME-Tox and obtained the best ligands, namely BNP (7-32), porcine. The results of molecular dynamics simulations at 310K and 312K revealed that ligand can maintain interaction with the cavity of the target."

"Protein envelope merupakan salah satu protein struktural virus dengue (DENV) yang berperan dalam proses fusi virus ke dalam sel host. Proses fusi berperan penting dalam mentransfer materi genetik ke dalam sel host untuk pembentukan virus baru. Proses fusi dimediasi oleh perubahan konformasi struktur protein dimer menjadi trimer. Penelitian terdahulu menunjukkan adanya cavity pada struktur dimer protein envelope. Adanya suatu ligan yang dapat menempati cavity pada protein envelope dapat menstabilkan struktur dimer atau menghambat transisi dimer protein envelope menjadi bentuk trimer sehingga proses fusi dapat dicegah. Penelitian ini bertujuan untuk merancang peptida siklis dengan ikatan prolin-prolin yang digunakan sebagai inhibitor fusi protein envelope DENV melalui molecular docking dan simulasi molecular dynamics. Screening 3883 peptida siklis dengan ikatan prolin-prolin melalui molecular docking didapatkan lima ligan terbaik. Sifat farmakologi dan toksisitas dari ligan terbaik diprediksi secara in silico. Hasil prediksi menyatakan bahwa PYRRP merupakan ligan terbaik. Ligan PAWRP juga dipilih sebagai ligan terbaik karena memiliki afinitas yang baik dengan cavity protein. Stabilitas kompleks protein-ligan dianalisa dengan simulasi molecular dynamics. Hasil simulasi molecular dynamics menunjukkan bahwa ligan PYRRP dapat membuat struktur dimer protein envelope DENV stabil pada 310 K dan 312 K. Sedangkan ligan PAWRP lebih aktif membentuk kompleks dengan protein envelope DENV pada 310 K dibandingkan pada 312 K. Oleh karena itu, ligan PYRRP memiliki potensi sebagai inhibitor fusi DENV.

---

Envelope protein is one of the structural proteins of DENV engaged in virus fusion process into the host cell. Fusion process plays an important role in transfering genetic material into the host cells to form a new virion. The fusion process is mediated by the conformation change of protein structure from dimer to trimer state. The previous research shows the existing cavity on the dimer structure of the envelope protein. The existing ligand that is able to get into cavity on the envelope protein can stabilize the dimer structure or hamper the transition of dimer protein into trimer, so that the fusion process can be prevented.

This aims of research to design the cyclic peptide by prolin-prolin bond as fusion inhibitor of DENV envelope protein through molecular docking and molecular dynamics simulation. Screening 3883 of cyclic peptide by prolin-prolin bond through molecular docking got the best five ligans as inhibitors. Pharmacological and toxicity properties of the best ligans were predicted by in silico. The result expressed that PYRRP is the best ligand. PAWRP is also chosen as the best ligan because it has a good affinity with cavity protein. Complex stability of ligan protein was analyzed by molecular dynamics simulation.

The result shows that PYRRP ligand can make the dimer structure of DENV envelope protein stable in 310 K and 312 K. While PAWRP ligand actively forms the complexity with the DENV envelope protein in 310 K compared to 312 K. Thus the PYRRP ligand has a potential as DENV fusion inhibitor."

"Penyakit yang disebabkan oleh infeksi virus dengue telah menjadi masalah kesehatan utama di dunia. Pengobatan baru bersifat antiviral yang menghambat aktivitas enzim yang berperan dalam replikasi di dalam tubuh sangat dibutuhkan saat ini. NS5 metiltransferase merupakan salah satu protein non struktural virus dengue yang diketahui dapat menjadi target inhibitor antiviral. Penelitian ini bertujuan menapis peptida siklis komersial yang dapat digunakan sebagai inhibitor NS5 metiltransferase virus dengue melalui molecular docking dan simulasi molecular dynamics. Screening dilakukan melalui metode molecular docking berdasarkan nilai ΔGbinding. Stabilitas kompleks enzim-ligan dianalisis dengan simulasi molecular dynamics. Screening 300 peptida siklis komersial didapatkan ligan terbaik untuk masing-masing sisi ikatan SAM dan RNA-cap NS5 metiltransferase yaitu [Tyr123] Prepro Endothelin (110-130),amide,human dan Urotensin II, human berdasarkan nilai ΔGbinding, molecular weight (MW) dan uji ADME-Tox. Hasil simulasi molecular dynamics menunjukan bahwa kedua ligan dapat mempertahankan interaksi dengan residu sisi aktif target. Ligan [Tyr123] Prepro Endothelin (110-130),amide,human dapat mempertahankan kestabilan konformasi kompleks enzim-ligan pada 310 K dan 312 K. Sedangkan ligan Urotensin II, human lebih reaktif pada 312 K dibandingkan pada 310 K. Oleh karena itu, kedua ligan dapat dijadikan kandidat inhibitor potensial untuk NS5 metiltransferase virus dengue.

---

Disease caused by dengue virus infection has become a major health problem in the world. New treatment is antiviral which inhibits the activity of enzymes that play a role in replication in the body is needed at this time. NS5 methyltransferase was one of dengue virus non-structural proteins which were known to be a target of antiviral inhibitors. This research aims to screen commercial cyclic peptides that was used as inhibitors of dengue virus NS5 methyltransferase by molecular docking and molecular dynamics simulation.

Screening was done through molecular docking method based on the value of ΔGbinding. Stability of complex enzyme-ligand were analyzed by molecular dynamics simulation. Screening of 300 commercial cyclic peptide obtained best ligand for SAM and RNA-cap binding site of NS5 methyltransferase recpectively based on ΔGbinding value, molecular weight (MW) and ADME-Tox test.

Result of molecular dynamics simulation show that both of the ligand can maintain interaction with the active site residues of target. Ligand [Tyr123] Prepro Endothelin (110- 130),amide,human can maintain stable conformation of complex enzyme-ligand at 310 K and 312 K. Meanwhile, ligand Urotensin II,human more reactive at 312 K than at 310 K. Therefore, both ligands can be used as a potential inhibitor candidates for NS5 methyltransferase of dengue virus."

"Kanker adalah penyebab jumlah kematian tertinggi nomor dua di dunia. Kanker disebabkan oleh ketidakseimbangan antara pembelahan sel abnormal yang tumbuh secara invasif daripada proses kematian sel. Oleh karena itu, pada penelitian ini memanfaatkan proses kematian sel secara "terprogram" atau Programmed Cell Death (PCD) untuk menghambat bahkan menghentikan pertumbuhan sel kanker. Sejak tahun 2012, ferroptosis diresmikan sebagai salah satu jenis terbaru PCD yang bergantung oleh jumlah akumulasi zat besi dengan menghilangkan aktivitas phospholipid hydroperoxidase glutathione peroxidase 4 (GPX4). Keberhasilan peptida siklis sebagai obat memiliki afinitas dan selektivitas yang tinggi terhadap target protein sasaran serta memiliki toksisitas yang rendah sangat diminati selama 10 tahun terakhir ini. Maka dari itu, tujuan utama daripada penelitian ini adalah untuk menemukan inovasi terbaru senyawa peptida siklis sebagai potensi inhibitor GPX4 dalam siklus ferroptosis sebagai kandidat obat terapi antikanker. Beberapa metode komputasi yang digunakan adalah molecular docking simulation dan uji farmakologi serta toksisitas secara in silico. Tiga dari senyawa terbaik yang dihasilkan dari simulasi molecular docking, yaitu Appratoxin G, Lugdunin, dan Crocagin A yang terpilih berdasarkan interaksi yang paling baik, nilai ΔGbinding lebih kecil dari standar ML-162, dan RMSD lebih kecil dari 2,0 Å. Selanjutnya, ketiga ligan potensial inhibitor GPX4 tersebut kemudian diuji kelayakan sebagai obat berdasarkan uji farmakologi, prediksi toksisitas, dan mutagenetik agar diperoleh kandidat obat terapi kanker yang paling baik.

---

Cancer is the second leading cause of death in the world. Cancer is caused by an imbalance between abnormal cell division that grows invasively rather than the process of cell death. Therefore, in this study utilizing the "programmed" process of cell death or Programmed Cell Death (PCD) to inhibit or even stop the growth of cancer cells. Since 2012, ferroptosis has been inaugurated as one of the newest types of PCD that depends on the amount of iron accumulation by eliminating the activity of phospholipid hydroperoxides glutathione peroxidase 4 (GPX4). The success of cyclic peptides as a drug has a high affinity and selectivity towards the target protein target and has low toxicity has been very popular over the past 10 years. Therefore, the main objective of this research is to find the latest innovation of cyclic peptide compounds as a potential GPX4 inhibitor in the ferroptosis cycle as a candidate for anticancer therapy drugs. Some computational methods used are molecular docking simulation and pharmacological tests and toxicity in silico. Three of the best compounds produced from molecular docking simulations, namely Appratoxin G, Lugdunin, and Crocagin A were selected based on the best interactions, ΔGbinding values were smaller than the ML-162 standard, and RMSD was smaller than 2.0 Å. Furthermore, the three potential ligand inhibitors of GPX4 were then tested for eligibility as drugs based on pharmacological tests, predictions of toxicity, and mutagenesis to obtain the best candidate for cancer therapy drugs."

"Penyakit yang disebabkan oleh infeksi virus dengue telah menjadi salah satu masalah kesehatan yang utama di dunia, terutama Asia, Afrika, dan Amerika. Infeksi ini telah menjadi endemik di lebih dari 100 negara. World Health Organization memperkirakan terjadi 100 juta kasus tiap tahun dan sebanyak 2,5 miliar orang atau 40% dari populasi dunia berisiko terjangkit infeksi virus ini. Oleh karena itu, dibutuhkan suatu pengobatan yang bersifat antiviral yang dapat menghambat aktivitas enzim yang berperan dalam replikasi di dalam tubuh. Akhir-akhir ini peptida telah dikembangkan dalam drug design. Dalam penelitian ini digunakan peptida yang sudah dipasarkan secara komersial. Tujuan penelitian ini adalah untuk penapisan peptida siklis komersial yang dapat digunakan sebagai inhibitor protein NS2B-NS3 DENV melalui metode penambatan molekul dan simulasi dinamika molekul. Inhibisi terhadap enzim NS3 protease dapat menyebabkan terhambatnya aktivitas enzimatiknya sehingga poliprotein yang terbentuk dari translasi RNA menjadi tidak dapat dipotong-potong dan poliprotein tetap berada dalam bentuk satu untai panjang yang utuh. Akibatnya protein protein lain yang vital bagi keberlangsungan replikasi virus dengue tidak dapat terbentuk. Penelitian ini menghasilkan ligan Atrial Natriuretic Factor (3-28) (human) sebagai kandidat obat terbaik. Simulasi dinamika molekul menunjukkan bahwa senyawa ini tetap stabil pada kenaikan suhu tubuh menjadi 312 K.

---

A disease caused by dengue virus infection has become one of the major health problems in the world, especially Asia, Africa, and America. This infection has become endemic in more than 100 countries. The World Health Organization estimates that 100 million cases occur each year and as many as 2.5 billion people or 40% of the world population at risk of contracting this virus infection. Therefore, we need an antiviral that can inhibit the activity of enzymes involved in the replication in the body. Lately peptide drug design has been developed. This study uses peptides that has been marketed commercially.

The purpose of this study was to screen the commercial cyclic peptides that can be used as an inhibitor of NS3 protein NS2B DENV-through molecular docking and molecular dynamics simulations. Inhibition of NS3 protease enzyme can lead to inhibition of enzymatic activity so polyprotein formed from the translation of RNA can not be cut into pieces and polyprotein remain in the form of a long strand. Proteins that consequently vital for the sustainability of dengue virus replication can not be formed.

This research resulted Atrial natriuretic factor (3-28) (human) as the best drug candidate. Molecular dynamics simulations indicate that this compound remains stable at body temperature of 312 K."

"Penyakit demam berdarah (dengue) merupakan masalah kesehatan yang serius dan hingga saat ini belum ada langkah spesifik untuk mengobati penyakit ini. Dengue merupakan penyakit yang disebabkan oleh virus dengue (DENV), suatu flavivirus yang terselubung oleh envelope. Infeksi DENV dimulai dengan inisiasi proses fusi antara envelope virus dengan membran sel host, transfer materi genetik ke dalam sel target yang diikuti dengan replikasi serta pembentukan virus baru. Proses fusi ini dimediasi oleh peptida fusi yang diperkirakan merupakan suatu segmen antara residu D98-G112 pada protein envelope (E) DENV. Penelitian terdahulu menunjukkan bahwa peptida fusi ini tersembunyi di dalam suatu cavity dan akan diposisikan pada ujung domain II protein E DENV akibat perubahan konformasi sewaktu proses fusi terjadi. Penelitian ini bertujuan untuk merancang peptida siklis disulfida yang dapat menempati cavity ini dan berinteraksi dengan peptida fusi, sehingga mengganggu perubahan konformasi yang terjadi dan menginhibisi proses fusi. Pendekatan komputasi dilakukan untuk memprediksi afinitas dan stabilitas antara ligan peptida siklis disulfida dengan protein E DENV. Simulasi molecular docking dan molecular dynamics dilakukan dengan software MOE 2008.10. Screening terhadap 1320 ligan menghasilkan 3 ligan terbaik, CLREC, CYREC dan CFREC yang dapat berinteraksi dengan cavity target dan juga segmen peptida fusi. Ketiga ligan ini menunjukkan afinitas yang baik dengan target berdasarkan nilai energi bebas ikatan dan interaksi protein-ligan yang terbentuk. Stabilitas kompleks protein-ligan dianalisis dengan metode molecular dynamics. Hasil simulasi molecular dynamics menunjukkan bahwa hanya CLREC yang menunjukkan kestabilan konformasi protein-ligan dan mempertahankan interaksi antara ligan dengan cavity target. Oleh karena itu CLREC memiliki potensi sebagai inhibitor fusi DENV.

---

Dengue has been a major health concern and currently there is no available option to treat the infection. It is an arboviral disease caused by dengue virus (DENV), an enveloped flavivirus. DENV initiates fusion process between viral envelope and host cell membrane, transfers its viral genome into target cell and infects host. This fusion process is mediated by a fusion peptide which was predicted to be a segment of DENV envelope (E) glycoprotein located between residues D98 ? G112. Recent studies showed that this segment is hidden inside a cavity and will undergo conformational changes to be positioned at the tip of domain II E glycoprotein when fusion occurs. Our research is focused on designing disulfide cyclic peptides that can fit into this cavity and interact with fusion peptide, interrupt conformational changes and therefore inhibit the fusion process.

Computational approaches were conducted to calculate the binding affinity and stability of disulfide cyclic peptide ligands with target DENV E glycoprotein. Molecular docking and molecular dynamics simulation were performed using Molecular Operating Environment 2008.10 software (MOE 2008.10). Screening of 1320 designed ligands resulted in 3 best ligands, CLREC, CYREC and CYREC that can form interaction with target cavity and peptide fusion. These ligands showed good affinity with target DENV E glycoprotein based on free binding energy and interactions. To evaluate protein-ligand stability, we performed molecular dynamic simulation. Only CLREC showed protein-ligand stability and maintained interaction between ligand and target cavity. Therefore we propose CLREC as potential DENV fusion inhibitor candidate"

"Perkembangan mutasi virus yang sangat cepat menyebabkan beberapa obat antiviral sudah mulai mengalami proses resistensi terhadap virus tersebut. Oleh karena itu diperlukan untuk mencari pengobatan baru di dalam mengatasi infeksi virus tersebut. RNA-dependent RNA polymerase (RdRp), yang terdiri atas polymerase A, B1, dan B2, mempunyai peranan terhadap proses replikasi dan transkripsi pada virus. Interaksi yang terjadi antara polymerase A dan B1 merupakan daerah target obat potensial baru yang sedang mulai dikembangkan. Pemilihan peptida sebagai kandidat obat karena disebabkan oleh aktifitas dan selektifitas peptida yang cukup baik. Penentuan sequence asam amino peptida berdasarkan pada sifat permukaan dari interaksi antara polymerase A dan B1. Residu asam amino pada ligan peptida dirancang berdasarkan pada hasil analisis secara in vivo terhadap residu asam amino polymerase PB1 yang memiliki peranan terhadap interaksi ikatan pada PA. Residu asam amino tersebut merupakan penyusun dari 48 asam amino polymerase B1 pada posisi N-terminal. Sebanyak 12 asam amino awal pada polymerase B1 memberikan kontribusi terhadap interaksi pengikatan terhadap polymerase A. Residu asam amino tersebut digunakan sebagai penyusun ligan peptida. Pembentukkan siklisasi disulfida pada peptida bertujuan untuk meningkatakan kestabilan dari peptida tersebut. Hasil perancangan ligan peptida siklis didapatkan sebanyak 1728 ligan kandidat obat. Simulasi molecular docking dan dynamics dilakukan dengan menggunakan software MOE 2008.10. Analisis simulasi docking dilakukan terhadap energi bebas ikatan, ikatan hidrogen, kontak residu, dan analisis drug scan berdasarkan aturan Lipinski. Simulasi molecular dynamics dilakukan untuk melihat interaksi kompleks enzim di dalam keadaan terhidrasi. Selain itu melihat pengaruh konformasi kompleks enzim terhadap kehadiran molekul pelarut. Stabilitas konformasi enzim dapat dilihat dari hasil perhitungan perubahan nilai RMSD terhadap waktu simulasi. Berdasarkan pada hasil molecular docking dan dynamics, hanya terdapat dua ligan peptida siklis yang dapat berinteraksi dengan polymerase A dan B1 (PAC-PB1N). Ligan tersebut adalah ligan CKTTC dan CKKTC.

---

The influenza A virus is evolving fast, some drug resistance strains are emerging. Thus, it is critical to seek potential alternative treatments. The viral RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) in influenza A virus consisting of three subunits, PA, PB1, and PB2, has crucial roles in viral replication and transcription. The highly conserved PB1 binding site on PA can be considered as a potential target for the development of new anti-influenza drugs. Peptides are preferable for designing inhibitors because of its high activity and specificity.

In this work, the peptide ligands were designed based on the same characteristic with molecular surface of the crystal structure PAC and PB1N. Molecular surface of the crystal structure PAC-PB1N had the hydrophobic pockets. The N-terminal 48 amino acids of PB1, termed domain α, contain the residues required for binding PA. The first 12 amino acids of PB1 were found to constitute the core of the interaction interface. We made combination from the first 12 amino acids of PB1 to become peptide. We cyclized our peptide ligands by S-S disulfide bridge in order to increase its stability. 1728 cyclopentapeptide inhibitors have already designed in this study.

We used MOE 2008.10 software for the molecular docking and dynamics simulation. The docking method was performed to carry out enzyme-inhibitor binding interactions, free energy binding, estimated Ki values and five Lipinski rules. The molecular dynamics simulation was performed to know solvation effect into complex enzyme-ligand, and also to understand the interactions within the inhibitor and the enzyme's binding sites. RMSD was calculated to know the stabilty of complex enzyme. Conformational changes of enzymes which occur during molecular dynamics simulation showed the dynamicization of an enzyme in the presence of solvent and inhibitor. Based on the docking and dynamics simulation result, only two cyclopentapeptide, namely CKTTC and CKKTC, could be proposed as a potential inhibitor to the interaction polymerase A and B1 (PAC-PB1N) in A/2009(H1N1) virus."

"ABSTRAKHighly Pathogenic Avian Influenza H5N1 telah menarik banyak perhatian sebagaivirus yang memiliki potensi pandemik pada manusia sejak pertama kalidibuktikan sebagai penyebab kematian manusia. Neuraminidase memiliki perananyang penting dalam replikasi virus, sehingga menjadikannya sebagai target utamadalam perancangan antiviral virus influenza. Namun perkembangan mutasi virusyang sangat cepat menyebabkan beberapa obat antiviral mulai mengalamiresistensi. Pemilihan peptida sebagai kandidat obat karena peptida memilikiaktivitas dan selektivitas yang baik. Jembatan disulfida pada perancangan liganpeptida bertujuan untuk meningkatkan kestabilan. Perancangan ligan dilakukanberdasarkan polaritas residu asam amino pada sisi aktif neuraminidase. Hasilperancangan ligan diperoleh 4200 pentapeptida siklis sebagai kandidat antiviral.Simulasi molecular docking menggunakan MOE 2008.10 dilakukan untukmenapis ligan berdasarkan nilai afinitas pada sisi aktif enzim (􀇻Gbinding). UjiADME Tox (adsorpsi, distribusi, metabolisme, ekskresi dan toksisitas) dilakukanuntuk mengetahui toksisitas ligan. Interaksi intra dan intermolekuler, termasukperubahan bentuk ikatan diuji melalui simulasi dinamika molekul pada temperatur310K dan 312K. Hasil simulasi molecular docking dan uji toksisitas menunjukkanbahwa ligan CLDRC, CILRC dan CIWRC 􀁐􀁈􀁐􀁌􀁏􀁌􀁎􀁌􀀃􀁑􀁌􀁏􀁄􀁌􀀃􀇻􀀪binding terendah, yaitu-40,5854 kkal/mol, -40,3614 kkal/mol dan -39,9721 kkal/mol serta tidak bersifatmutagenik dan karsinogenik. Hasil simulasi dinamika molekul menunjukkanbahwa ligan CILRC mempunyai konformasi yang cenderung stabil padatemperatur 310K dan 312K. Jadi dapat disimpulkan bahwa ligan CILRC dapatdigunakan sebagai kandidat antiviral neuraminidase virus H5N1.

---

ABSTRACTHighly Pathogenic Avian Influenza H5N1 has attracted much attention as apotential pandemic virus in humans since it was first shown to cause human death.Neuraminidase has an important role in viral replication, making it a key target inthe design of antiviral influenza virus. But very rapid mutation viral developmentscauses some antiviral drugs began to experience resistance. Selection of peptidesas drug candidates because peptides have activity and good selectivity. Disulfidebridges in the peptide ligand design aims to enhance system stabilitu. The designis based on the polarity of the ligand amino acid residues in the active site ofneuraminidase. The results obtained designing ligands cyclical pentapeptide 4200as a candidate antiviral. Molecular docking simulations performed using MOE2008.10 to filter based on the value of the affinity ligand in the active site of􀁈􀁑􀁝􀁜􀁐􀁈􀁖􀀃􀀋􀇻􀀪binding). To determine the toxicity of the ligands tested in ADMETox(adsorption, distribution, metabolism, excretion and toxicity). Intra andintermolecular interactions, including changes in the form of bonds tested bymolecular dynamics simulations at temperatures of 310K and 312K. Results ofmolecular docking simulation and toxicity indicates that the ligand CLDRC,􀀦􀀬􀀯􀀵􀀦􀀃􀁄􀁑􀁇􀀃􀇻􀀪binding CIWRC have lowest value, which is -40.5854 kcal / mol, -40.3614 kcal / mol and -39.9721 kcal / mol, also non-mutagenic and carcinogenic.The results of molecular dynamics simulations have shown that ligandconformation CILRC stable at temperatures 310K and 312K. So it can beconcluded that the ligands can be used as a candidate CILRC antiviralneuraminidase H5N1 virus."

"Penyakit demam berdarah dengue merupakan penyakit yang telah menjadi endemik di lebih dari 100 negara, dengan lebih dari 2,5 miliar orang dalam kondisi beresiko untuk terjangkit penyakit ini secara epidemik. Hingga saat ini belum tersedia vaksin atau pengobatan yang efektif. Pada penelitian ini dilakukan studi in silico untuk merancang ligan peptida siklis disulfida yang dapat berperan sebagai inhibitor potensial untuk enzim NS3-NS2B protease virus dengue sehingga diharapkan dapat menghambat replikasi virus tersebut dalam tubuh. Struktur tiga dimensi enzim diperoleh dari Protein Data Bank dengan kode PDB 2FOM. Analisis terhadap binding site dan sekuens asam amino substrat pada sisi pemotongan enzim menghasilkan 49 buah rancangan ligan siklopentapeptida yang disiklisasi melalui ikatan disulfida sistein lalu dimodelkan ke dalam bentuk tiga dimensi. Optimasi geometri dan minimasi energi dilakukan untuk menghilangkan bad contact. Analisis kekuatan afinitas ligan terhadap enzim melalui hasil molecular docking didapatkan 2 ligan peptida siklis yang memiliki ΔGbinding rendah dan lebih baik daripada ligan standar Bz-Nle-K-R-R-H dan ligan pembanding KRK dengan hasil terbaik adalah ligan RKR dengan ΔGbinding -22, 6955 kkal/mol. Analisis drug scan memberikan hasil yang terbaik untuk ligan RKR, dimana berdasarkan aturan Lipinsky, ligan RKR masuk kriteria sebagai obat yakni memiliki nilai LogP -8,05 < 5, donor H 4 < 5 dan acceptor H 2 < 10. Molecular dynamic dilakukan untuk melihat perubahan dari pergerakan konformasi kompleks enzim-ligan. Didapatkan per satuan waktu (0, 25, 50, 75, 100 piko detik) yang menunjukkan adanya perubahan pergerakan, namun tidak memperlihatkan perpindahan ligan dari sisi aktif enzim."

"ABSTRAKKanker kolorektal tetap menjadi ancaman kesehatan dunia dengan menyumbang sekitar 1-2 juta kasus baru dan 600.000 kasus kematian per tahun. Jalur pensinyalan Hedgehog Hh memiliki peran penting dalam mekanisme dan pembentukan kanker kolorektal. Protein Sonic Hedgehog Shh adalah protein Hh yang paling banyak dipelajari karena diekspresikan oleh beberapa jaringan dan secara umum dapat diaplikasikan pada homolog Hh lainnya. Dalam penelitian ini, sebanyak 56.336 senyawa terpenoid diseleksi melalui berbagai metode komputasi menggunakan metode virtual screening berbasis farmakofor, simulasi molecular docking, dan simulasi molecular dynamic untuk menentukan potensi inhibisi terhadap protein Shh. Dari hasil simulasi molecular docking, sepuluh ligan telah dipilih berdasarkan energi ikat bebas Gibbs Gbinding dan interaksi molekuler yang terbentuk selama pembentukan kompleks terpenoid-Shh. Tiga senyawa terpenoid, yaitu arganine J, asiaticoside A, dan clinoposide A, menunjukkan afinitas pengikatan yang sangat tinggi terhadap protein Shh karena senyawa tersebut memiliki ?Gbinding yang lebih rendah dari ligan standar robotnikinin. Selain itu, hasil ADME-Tox, bioaktivitas, bioavailabilitas, dan hasil uji farmakologi yang diperoleh pada senyawa ini memiliki aktivitas biologis dan farmakologi yang lebih baik daripada senyawa terpenoid lainnya. Kemudian, setelah dilakukan simulasi molecular dynamic, diketahui bahwa senyawa terbaik Clinoposide A bersifat stabil terhadap perubahan pelarut, temperatur, dan interaksi protein-ligan.

---

ABSTRACTColorectal cancer remains as the global health burden, which accounts for roughly 1 2 million new cases and 600,000 deaths per year. Hedgehog Hh signaling pathway has an imperative role in the mechanism and formation of colorectal cancer. Sonic hedgehog Shh protein is the most studied Hh protein because it is expressed by several tissues and experiments with Shh protein are generally applicable to other Hh homologs. In the present study, about 56,336 terpenoid compounds were screened through various computational methods using pharmacophore based virtual screening and molecular docking simulation to determine their inhibitory potency against Shh protein. From molecular docking simulation results, about ten ligands have been selected according to their Gibbs free binding energies Gbinding and the molecular interactions that formed during the formation of the terpenoid compound Shh complex. Three terpenoid compounds, namely arganine J, asiaticoside A, and clinoposide A, shown a very high binding affinity toward Shh protein due to their lower Gbinding than robotnikinin, the standard ligand. Moreover, ADME Tox, bioactivity, bioavailability, and pharmacology test results revealed that these compounds have better biological and pharmacological activity than the other terpenoid compounds. After a molecular dynamic simulation, it is known that the best compound Clinoposide A is stable against changes in solvent, temperature, and protein ligand interaction."