Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Latar Belakang : Sistem in vitro pendeteksi interaksi protein Vif HIV-1 dengan Apobec3G akan mempermudah identifikasi obat anti HIV-1 yang dapat meghambat replikasi HIV-1 melalui fungsi protein intrinsik Apobec3G. Protein Apobec3G rekombinan yang diperoleh melalui ekspresi pada sistem prokariota dapat digunakan bersama-sama dengan protein vif rekombinan untuk pengembangan sistem identifikasi substansi penghambat interaksi Apobec3G dan Vif HIV-1 dalam rangka eksplorasi protein bahan alam sebagai penghambat infeksi HIV. Metode : Gen Apobec3G diklona ke dalam vektor plasmid pGEX6P-1 dalam E.coli TOP10, kemudian dilanjutkan dengan ekspresi pada sel E.coli BL21 untuk memperoleh protein rekombinan. Proses induksi dilakukan pada suhu 37°C dengan konsentrasi IPTG 0,5 mM, waktu induksi 2 dan 4 jam. Hasil : Gen apobec3G telah berhasil diklona ke dalam vektor ekspresi prokariot, tetapi protein belum berhasil diekspresikan.

---

Background: A system for detection of in vitro interaction of HIV-1 Vif protein with apobec3G protein will facilitate the identification of novel anti HIV-1 drug that inhibit the virus replication through functional intrinsic Apobec3G protein. Recombinant Apobec3G protein that is obtained through expression in prokaryotic expression system can be utilized in combination with recombinant HIV-1 Vif protein for the development of a sistem for identification of an inhibitory substance for interaction of Apobec3G and HIV-1 Vif, in order to explore the potential of natural substances as inhibitors of HIV infection.

Methods: The gene encoding the Apobec3G protein was cloned into the plasmid vector pGEX6P-1 in Top10 E. coli, followed by expression in BL21 E. coli to obtain the recombinant protein. Induction of expression was performed at 37oC with IPTG concentration of 0.5 mM for 2 and 4 hours.

Results: The gene encoding the Apobec3G has been successfully cloned in the prokariotic expression vector, however the expression of the corresponding recombinant protein has not been successful."

"Kura-kura rote leher ular (Chelodina mccordi) merupakan spesies endemik dari Pulau Rote, yang tergolong Critivally Endangered-Possibly Extinc in the Wild (CRPEW) berdasarkan IUCN. Rendahnya kepadatan C. mccordi menjadi tantangan dalam pemantauan secara visual, sehingga dibutuhkan pendekatan molekuler sebagai metode alternatif. Namun, primer spesifik untuk C. mccordi belum pernah dikembangkan. Penelitian dilakukan dengan mengembangkan markah genetik yang menargetkan gen ND2 mtDNA pada sampel eDNA dari air melalui metode qPCRHRM, serta menguji sensitivitas dan spesifisitas primer. Bahan uji yang digunakan adalah air kolam C. mccordi, C. expansa, campuran (C. mccordi dan C. expansa), dan air keran. Hasil perancangan primer didapat panjang produk 179 bp dengan menganalisis basa unik yang hanya diekspresikan oleh C. mccordi. Analisis kualitatif dengan PCR dan visualisasi elektroforesis, serta validasi dengan sekuensing menunjukkan primer memiliki spesifisitas yang tinggi terhadap C. mccordi. Primer yang dirancang hanya mampu mengamplifikasi hingga dilusi 3 tingkat dengan faktor dilusi 10x. Efisiensi primer tergolong baik dengan nilai 100%, dan persamaan regresi linear (y= -3,32x + 34,127), serta R2 sebesar 0,9801. Analisis HRM dilakukan untuk mendeterminasi C. mccordi berdasarkan suhu luruh (80—81˚C). Hasil pengujian sensitivitas dan spesifisitas sebesar 81,25% dan 62,5% menunjukkan bahwa primer tidak direkomendasikan untuk analisis kuantitatif dengan qPCR-HRM. Pengembangan desain primer spesifik-spesies perlu dirancang kembali dengan gen target lain seperti COI dan Cyt-b untuk pendeteksian C. mccordi melalui eDNA. Meskipun demikian, primer yang dirancang tetap bisa digunakan untuk analisis kualitatif.

---

The Roti Island Snake-necked Turtle (Chelodina mccordi) is an endemic species of Roti Island, classified as Critically Endangered-Possibly Extinct in the Wild (CRPEW) according to the IUCN. The low density of C. mccordi poses a challenge for visual monitoring, necessitating a molecular approach as an alternative method. However, specific primers for C. mccordi have not been developed. The research involved the development of genetic marker targeting the ND2 mtDNA gene in eDNA samples from water using the qPCR-HRM method and testing the sensitivity and specificity of the primers. Test materials included water from C. mccordi, C. expansa, a mixture (C. mccordi and C. expansa), and tap water. The designed primer obtained a product length of 179-bp by analyzing unique bases specific to C. mccordi. Qualitative analysis with PCR and electrophoresis visualization, then validated by sequencing, showed high primer specificity for C. mccordi. The designed primers could only amplify up to a 3-level dilution with a 10x dilution factor. The qPCR reaction efficiency was considered good at 100%, with a linear regression equation (y = -3.32x + 34.127) and an R2 of 0.9801. HRM analysis was carried out to determine C. mccordi based on the melting temperature (80—81˚C). Sensitivity and specificity test results of 81.25% and 62.5% indicated that the primers are not recommended for quantitative analysis with qPCR-HRM. The redesign of species-specific primer with other target genes such as COI and Cyt-b for C. mccordi detection via eDNA is needed. Nevertheless, the designed primers can still be used for qualitative analysis."

"Latar Belakang: APOBEC3G, apolipoprotein B mRNA-editing enzyme, catalytic polypeplidelike JG, merupakan protein manusia yang dapat mengganggu replikasi HIV dengan memasukkan dirinya ke dalam partikel virus dan merusak susunan materi genetik virus. Beberapa studi terbaru menunjukkan bahwa APOBEC3G manusia mengatur infektivitas HIV-1 dengan mendeaminasi dC menjadi dU pada rantai minus DNA yang baru dibentuk, menyebabkan hipermutasi G menjadi A dari rantai plus DNA viral.Induksi hlpermutasi oleh APOBEC3G dapat menyebabkan pembentukan stop kodon pada ORF protein virus dan memicu degradasi DNA virus oleh glikosilase DNA urnsil yang selanjutuya dapat menghambat replikasi HIV. Protein ini layak untuk diteliti lebih lanjut dalam rangka pengembangan anti retrovirus yang berbasis pacta mekanisme penghambatan replikasi HIV-1 melalui jalur APOBEC3G. Sebagai langkab awal, diperlukan sistem ekspresi gen APOBEC3G yang akan diperoleh melalui sintesis dan kloning gen APOBEC3G ke dalam vektor ekspresi DNA rekombinan.Metode: Untuk mendapatkan mRNA APOBEC3G yang akan digunakan sebagai pola cetak dalam sintesis eDNA APOBEC3G, dilalkukan ekstraksi RNA dari sel CEM-GFP menggunakan Rneasy Mini Kit. Agar DNA APOBEC3G lengkap dapat diperoleh dengan lebih mudah, sintesis DNA serat ganda APOBEC3G menggunakan reaksi RT-PCR dua tahap, dibagi atas tiga daerah pada gen APOBEC3G dengan susunan nukleotida yang bertumpang tindih (overlapping) pada bagian ujung segmen DNA yang akan berfungsi sebagai penyambung fragmen-fragmen tersebut menjadi DNA APOBEC3G utub.Hasil: Hasil eksperimen menunjukloan ketiga fragmen APOBEC3G yang masing-masing berukuran 452 pb, 458 pb,dan 433 pb berhasil dibentuk lewat reaksi PCR dengan menggunakan enzim Pfx dan diklona ke dalam vektor plasmid.Kesimpulan: DNA APOBEC3G yang dibagi menjadi 3 fragmen telah berhasil didapat dan terklona ke dalam pBluescript KS (-). Pekerjaan lanjutan akan dilakukan untuk verifikasi sekuen fragmen-fragmen terklona dan menyambung ketiga fragrnen tersebut menjadi DNA APOBEC3G yang utub yang kemudian akan diklona ke dalam vektor ekspresi.

---

Background: APOBEC3G, apolipoprotein B rnRNA-cditing enzyme, catalytic polypeptide-like JG,is a human protein that interferes with the replication of HIV by incorporating itself into virus particles and damaging the genetic material of the virus. Several recent studies revealed that human APOBEC3G regulates HIVI infectivity by dearninating dC to dU in the newly synthesized minus strand DNA, resulting in G to A hypermutation of the viral plus strand DNA.Hypermutation induced by APOBEC3G may result in the introduction of stop codons in viral protein open reading frame and degradation of viral DNA by ura<:il-DNA glyoosylase, therefore blocking HlV replication. This protein is therefore suitable for further investigation for the development of ARV (AntiRetroviral) that is based on mechanism of blocking HIV-1 replication inhibition by APOBEC3G through the pathway. In order to obtain the APOBEC3G protein, an expression system of the APOBEC3G gene is required, which will be obtained by synthesis and cloning of the APOBEC3G gene into an expression vector.Method: To obtain the APOBEC3G mRNA that will be used as template for synthesis of APOBEC3G eDNA by RT-PCR using Omniscript enzyme, we performed RNA extraction from CEM-GFP cell line using the Rneasy Mini !Gt. In order to facilitate the synthesis of a complete APOBEC3G DNA, the APOBEC3G DNA double stranded was divided into three regions with overlapping nucleotide sequences at the DNA ends that function in the joining of the fragments into a full length APOBEC3G DNA.Results: The result of the experiments showed that the three fragments of APOBEC3G gene of 452 bp, 458 bp, and 433 bp, were successfully produced by PCR reaction using Pfx enzyme, and cloned into plasmid vector.Conclusions: APOBEC3G DNA that was divided into three fragments has been obtained and cloned illlo Bluescript KS (-) vector. Further study, will be performed to verifY the cloned fragments, and to fuse the fragments into a complete APOBEC3G DNA that will be cloned into an expression vector."

"ABSTRAK

Pada penelitian ini diterapkan algoritma FABIAS (Factor Analysis for Bicluster Acquisition: Sparseness Projection) untuk mendeteksi biomarker penyakit Alzheimer pada dataset berupa 54675 data microarray ekspresi gen penyakit Alzheimer dari 161 sampel. Penelitian ini terdiri dari ekstraksi data dan seleksi gen, ekstraksi bicluster, interpretasi biologis untuk setiap bicluster, dan pendeteksian biomarker penyakit Alzheimer pada dataset yang diteliti. Hasil yang diperoleh dari penelitian ini ditemukan pada 3 daerah otak yakni daerah HIP, daerah PC, dan daerah VCX. Gen-gen biomarker penyakit Alzheimer tersebut antara lain gen BIN1, SORL1, dan CLU. Penemuan tiga gen biomarker penyakit Alzheimer dari beberapa bicluster yang dihasilkan dari penerapan algoritma FABIAS ini membuka kemungkinan adanya gen biomarker penyakit Alzheimer yang baru dari bicluster lain dengan sampel berkondisi sakit.

---

ABSTRACT

---

In this research, FABIAS algorithm (Factor Analysis for Bicluster Acquisition: Sparseness Projection) was applied to detect biomarkers of Alzheimer`s Disease in a dataset of 54.675 gene expression microarray data from 161 samples. This study consisted of data extraction and gene selection, bicluster extraction, biological interpretation of each bicluster, and biomarker detection of Alzheimer`s disease in the dataset. The results obtained from this study were found in 3 brain regions namely the HIP area, PC area, and VCX area. The biomarker of Alzheimer`s disease include BIN1, SORL1, and CLU genes. The discovery of three biomarker genes from some biclusters resulting from implementation of the FABIAS algorithm opens up the possibility of finding new Alzheimer`s disease biomarker gene from other bicluster with sick condition samples.

"

"Replikasi virus HIV-1 pada tubuh pasien dapat ditekan dengan penggunaan antiretroviral. Namun virus HIV-1 mudah mengalami mutasi yang menyebabkan penurunan sensitifitas satu atau lebih antiretroviral dalam menahan laju replikasi virus. Oleh karena itu diperlukan kelas antiretroviral baru yang tidak rentan terhadap mutasi virus, misalnya dengan menginhibisi interaksi protein antiviral alami manusia seperti APOBEC3G dengan protein-protein virus. Dalam penelitian ini dilakukan studi pendahuluan untuk membuat sistem penapisan antiretroviral berbasis interaksi protein APOBEC3G dengan protein Vif HIV-1 secara in vitro. Penelitian diawali dengan mendesain gen APOBEC3G yang dapat diekspresikan dengan baik di sistem prokariota. Gen APOBEC3Gopt telah dapat diklona ke plasmid vektor pQE80L dan diekspresikan di E.coli BL21 pada suhu 37 oC dengan induksi IPTG 1 mM, namun berat molekul protein APOBEC3G tidak sesuai dengan teoritis yang diperkirakan diakibatkan oleh pemotongan protein oleh protease. Protein Vif diekspresikan dalam E.coli BL21 Codon Plus pada suhu 37 oC dengan induksi IPTG 1 mM. Purifikasi protein Vif dan APOBEC3G menggunakan IMAC Immobilized Metal Affinity Chromatography matriks NiNTA dilakukan dengan keadaan denaturasi dan telah dilakukan refolding dengan cara dialisis. Protein Vif hasil dialisis dapat berinteraksi dengan protein-protein dalam sel secara in vitro. Protein Vif dan APOBEC3G disuntikkan ke kelinci dan diperoleh antibodi IgG terhadap Vif dan APOBEC3G pada minggu ketiga paska penyuntikan. Optimasi keadaan ELISA yang dilakukan untuk protein Vif menunjukkan konsentrasi protein Vif 25 g/mL, pengenceran serum 1/1.000 dan skim milk sebagai protein blocker, memberikan hasil terbaik. Optimasi keadaan ELISA yang dilakukan untuk protein APOBEC3G menunjukkan konsentrasi protein APOBEC3G 25 g/mL, pengenceran serum 1/1.000 dan skim milk sebagai protein blocker, memberikan hasil terbaik.

---

HIV 1 replication in vivo can be reduced by using antiretroviral. However, HIV 1 virus is easily mutated that leads to reduction of antiviral sensitifity. Therefore, a new class of antiretroviral which is not susceptible toward viral mutation is highly required. One of the options is to inhibit natural antiviral protein such as APOBEC3G to interact with viral protein Vif HIV 1. This research is a preliminary study to establish a new method to screen antiretroviral candidates which inhibit interaction between APOBEC3G and Vif HIV 1. The research begins with APOBEC3G gene optimization for prokaryotic system. The gene successfully cloned to pQE80L vector and highly expressed in E.coli BL21 strain with 1mM IPTG induction in 37 oC. However, the molecular weight of APOBEC3G protein is not suitable with theoretical molecular weight. Vif protein is expressed in E.coli BL21 Codon Plus strain with 1 mM IPTG induction in 37 oC. Vif and APOBEC3G is purified using IMAC Immobilized Metal Affinity Chromatography method with NiNTA matrix in denaturing condition and successfully refolded using dialysis method. Purified Vif protein can interact with other cellular protein in vitro. Rabbits were immunized with Vif and APOBEC3G protein and high titer of IgG anti Vif and anti APOBEC3G were obtained in 3 weeks after immunization. ELISA technique conducted for Vif protein shows that 25 g mL Vif protein, 1 1.000 serum dilution, and skim milk as the protein blocker give the optimal condition. As for the APOBEC3G protein, the optimal condition obtained is also 25 g mL APOBEC3G protein, 1 1.000 serum dilution, and skim milk as the protein blocker."

"Analisis triclustering adalah metode data mining yang memiliki tujuan untuk mengelompokkan data tiga dimensi. Metode ini kerap kali digunakan untuk bidang bioinformatika. Pada penelitian ini digunakan metode analisis triclustering delta trimax. Delta Trimax pada intinya adalah metode analisis triclustering yang bertujuan untuk menemukan tricluster yang memiliki nilai MSR yang lebih kecil dari nilai threshold (o) yang telah ditentukan. Penggunaan silhouette coefficient pada penelitian ini adalah untuk membantu menentukan nilai threshold (o) tersebut. Hasil triclustering delta trimax nantinya dievaluasi dengan menggunakan Triclustering Quality Index (TQI). Genetic algorithm (GA) adalah sebuah algoritma pencarian yang efisien yang didasari oleh evolusi biologis dan genetika alam. Algoritma GA digunakan untuk menemukan solusi terbaik. Terdapat tiga operator genetika yang digunakan di dalam GA, yaitu seleksi, crossover, dan mutasi. Pada penelitian ini, digunakan data ekspresi gen tiga dimensi dari sel kanker paru-paru fase stabil (A549) yang diberi perlakuan obat kemoterapi Motexafin Gadolinium (MGd) dan mannitol sebagai grup kontrol, dimana ekspresi gen diamati dalam 6 kondisi dan 3 titik waktu. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengetahui apa kumpulan gen yang memiliki respon baik terhadap pemberian obat kemoterapi MGd dan kondisi apa yang mempengaruhinya. Pada penelitian ini, himpunan tricluster yang memiliki kualitas terbaik berdasarkan Triclustering Quality Index (TQI) adalah himpunan tricluster yang dihasilkan dengan nilai o = 0,004. Berdasarkan himpunan tricluster tersebut, didapatkan informasi penting mengenai kumpulan gen yang memiliki respon baik terhadap pemberian MGd tapi efek obat MGd tidak bertahan di setiap titik waktu. Terdapat juga gen yang menunjukkan respon baik pemberian obat kemoterapi MGd, tetapi efektivitasnya tidak terlalu maksimal karena responnya beririsan dengan subjek yang hanya diberikan mannitol. Setelah itu, dilihat bagaimana hubungan gen yang berasal dari keseluruhan dataset dengan penyakit melalui gene ontology sebagai informasi tambahan untuk perkembangan obat MGd. Nilai fold enrichment tertinggi pada GO biological process adalah Cytoplasmic Translation, pada GO Cellular Component adalah cytosolic ribosome, dan pada GO Molecular Function adalah structural constituent of ribosome.

---

Triclustering analysis is a data mining method aimed at grouping three-dimensional data. This method is often used in the field of bioinformatics. In this study, the delta trimax triclustering analysis method is used. Delta Trimax essentially aims to find triclusters with Mean Squared Residue (MSR) values smaller than a predetermined threshold (o). The silhouette coefficient is used in this study to help determine the threshold (o). The results of the delta trimax triclustering are then evaluated using the Triclustering Quality Index (TQI). The genetic algorithm (GA) is an efficient search algorithm based on biological evolution and natural genetics. GA is used to find the best solution. There are three genetic operators used in GA: selection, crossover, and mutation. In this study, three-dimensional gene expression data from stable phase lung cancer cells (A549) treated with the chemotherapy drug Motexafin Gadolinium (MGd) and mannitol as a control group were used, where gene expression was observed under 6 conditions and 3 time points. The aim of this study is to identify which sets of genes respond well to MGd chemotherapy and which conditions influence these responses. The set of triclusters with the highest quality based on the Triclustering Quality Index (TQI) was obtained with o=0.004. From this set of triclusters, important information was obtained about the sets of genes that respond well to MGd, but the effect of MGd does not persist at every time point. There are also genes that show a good response to MGd chemotherapy, but its effectiveness is not maximized because the response overlaps with subjects that were only given mannitol. Subsequently, the relationship between genes from the entire dataset and the disease is observed through gene ontology as additional information for the development of MGd drugs. The highest fold enrichment value in the GO biological process is Cytoplasmic Translation, in the GO Cellular Component is cytosolic ribosome, and in the GO Molecular Function is structural constituent of ribosome."

"Gen sintetik anti-TfR-scFv telah dikonstruksi untuk mengkode protein rekombinan anti-TfR-scFv. Protein rekombinan tersebut dirancang untuk menghambat ikatan antara molekul transferin dengan reseptor transferin (TfR). Gen enhanced green fluorescent protein (egfp) digunakan dalam penelitian sebagai reporter gene untuk mengetahui ekspresi gen anti-TfR-scFv. Penelitian bertujuan untuk mensubkloning gen anti-TfR-scFv dan fusi gen scFv-egfp ke dalam vektor ekspresi pPICZα A pada Escherichia coli (E. coli) TOP10F’. Gen anti-TfR-scFv yang berada di dalam pJ-TfR-scFv diamplifikasi menggunakan teknik PCR. Fragmen gen anti-TfR-scFv yang berukuran 747 bp kemudian diligasi pada situs restriksi EcoRI pada vektor ekspresi pPICZα A dan ditransformasi ke dalam E. coli TOP10F’ untuk memperoleh vektor rekombinan konstruksi pertama (pPICZα_TfR). Gen egfp yang berukuran 753 bp diligasi dengan vektor rekombinan pPICZα_TfR dan ditranformasi ke dalam E. coli TOP10F’ untuk memperoleh vektor rekombinan konstruksi kedua (pPICZα_TfR_EGFP). Hasil penelitian menunjukkan bahwa kedua vektor rekombinan baik pPICZα_TfR maupun pPICZα_TfR_EGFP telah berhasil ditransformasikan ke dalam E. coli TOP10F’ dengan efisiensi transformasi 4,94 x 103 cfu/μg dan 6,74 x 103 cfu/μg plasmid DNA pada medium LSLB yang mengandung 25 μg/ml antibiotik zeocin. Hasil verifikasi menggunakan PCR, digesti, dan sekuensing menunjukkan bahwa gen anti-TfR-scFv dan fusi gen scFv- egfp berhasil disubkloning ke dalam vektor ekspresi pPICZα A.

---

The anti-TfR-scFv synthetic gene is a gene encoding single chain variable fragment that prevents the bond between transferrin receptor (TfR) and transferrin molecule. The enhanced green fluorescent protein (egfp) gene was used in this study as reporter gene for monitoring expression of anti-TfR-scFv gene. The study was aimed to subclone anti-TfR-scFv synthetic gene and scFv-egfp fusion gene into pPICZα A expression vector on E. coli TOP10F’. The anti-TfR-scFv synthetic gene had been cloned previously in the cloning vector pJ-TfR-scFv and was amplified by PCR technique. Furthermore, the 747 bp fragment of anti-TfR- scFv synthetic gene was ligated into EcoRI restriction site in pPICZα A expression vector and transformed into E. coli TOP10F’ in order to obtain type I recombinant vector named pPICZα_TfR. The 753 bp fragment of egfp gene was ligated to recombinant vector pPICZα_TfR in order to obtain type II recombinant vector named pPICZα_TfR_EGFP. The results showed that both of recombinant vectors pPICZα_TfR and pPICZα_TfR_EGFP were successfully transformed into E. coli TOP10F’ with efficiency of transformation 4,94 x 103 cfu/μg dan 6,74 x 103 cfu/μg DNA plasmid in LSLB medium containing 25 μg/ml zeocin. The results of verification by PCR method, digestion, and sequencing showed that anti-TfR-scFv synthetic gene and scFv-egfp fusion gene were successfully subcloned into pPICZα A expression vector."

"Gen CalBsyn telah dikonstruksi untuk mengkode Candida antarctica lipase B (CalB). Enzim tersebut memiliki peranan penting sebagai biokatalis yang efektif di bidang bioteknologi dan industri. Sekuens gen CalBsyn telah dimodifikasi dengan menambahkan mutasi pada tiga asam amino untuk meningkatkan termostabilitas enzim tersebut. Gen enhanced green fluorescent protein (egfp) telah digunakan sebagai reporter gene untuk memvisualisasikan ekspresi gen CalBsyn. Penelitian bertujuan untuk mensubkloning gen CalBsyn dan fusi gen CalBsyn-egfp ke dalam vektor ekspresi pGAPZα pada Escherichia coli TOP10F’. Gen CalBsyn telah diisolasi dari vektor pJ912-CalBsyn dengan teknik digesti menggunakan enzim restriksi XhoI. Fragmen gen CalBsyn yang berukuran 1136 bp kemudian diligasikan pada vektor ekspresi pGAPZα dan ditransformasikan ke dalam E. coli TOP10F’ untuk mendapatkan vektor rekombinan pGAPZα- CalBsyn. Fragmen gen egfp yang berukuran 750 bp telah diisolasi dari vektor pTZ-egfp menggunakan teknik PCR, kemudian diligasikan ke dalam vektor rekombinan pGAPZα-CalBsyn dan ditransformasikan ke dalam E. coli TOP10F’ untuk mendapatkan vektor rekombinan pGAPZα-CalBsyn-egfp. Hasil penelitian menunjukkan bahwa kedua vektor rekombinan pGAPZα-CalBsyn dan pGAPZα- CalBsyn-egfp telah berhasil ditransformasikan ke dalam E. coli TOP10F’ dengan nilai efisiensi transformasi sebesar 4,11 x 103 cfu/μg DNA plasmid dan 3,10 x 104 cfu/μg DNA plasmid di dalam medium seleksi mengandung zeocin [25 μg/ml].

---

The CalBsyn gene was constructed to encode Candida antarctica lipase B (CalB). The enzyme has important role as the effective biocatalyst in biotechnology and industrial fields. The sequence of CalBsyn gene has been modified by mutation at three amino acids to improve thermostability of the enzyme. The enhanced green fluorescent protein (egfp) gene was used as reporter gene to visualize the expression of the CalBsyn gene. This research was aimed to subclone both CalBsyn gene and CalBsyn-egfp fusion gene into pGAPZα expression vector on Escherichia coli TOP10F’. The CalBsyn gene was isolated from pJ912-CalBsyn vector by digestion using XhoI restriction enzyme. The 1136 bp fragment of CalBsyn gene then was ligated to pGAPZα expression vector and transformed into E. coli TOP10F’ in order to obtain recombinant vector pGAPZα-CalBsyn. The 750 bp fragment of egfp gene that was isolated from pTZ-egfp vector using PCR technique was ligated to recombinant vector pGAPZα-CalBsyn and transformed into E. coli TOP10F’ to obtain pGAPZα-CalBsyn-egfp recombinant vector. The result showed that both recombinant vectors pGAPZα-CalBsyn and pGAPZα- CalBsyn-egfp were successfully transformed into E. coli TOP10F’ with transformation efficiency values 4,11 x 103 cfu/μg plasmid DNA and 3,10 x 104 cfu/μg plasmid DNA respectively in the selection medium containing zeocin [25 μg/ml]."

"Bunga Hibiscus rosa-sinensis L. variasi crested peach dan double orange berbeda dari variasi single pink karena memiliki petal tambahan petaloid . Struktur petaloid tersebut diduga berasal dari modifikasi organ reproduktif bunga homeosis . Peristiwa homeosis yang terjadi dihipotesiskan karena gen kelas C AGAMOUS yang berperan dalam pembentukan androecium dan gynoecium tidak terekspresi. Oleh karena itu dilakukan penelitian yang bertujuan untuk mengetahui ekspresi gen AGAMOUS secara kualitatif pada bunga single pink, crested peach, dan double orange. Analisis ekspresi gen AGAMOUS dilakukan dengan cara mengisolasi RNA dari androecium dan gynoecium ketiga variasi bunga menggunakan metode CTAB yang dimodifikasi. Sampel RNA diubah menjadi cDNA menggunakan reverse transcriptase, yang selanjutnya diamplifikasi dengan teknik PCR menggunakan primer AG1 dan AG2. Produk PCR AG1 menghasilkan variasi pita dengan ukuran 100, 200, dan 300 bp, sedangkan hasil PCR AG2 menghasilkan pita yang berukuran 200 bp. Hasil analisis sekuensing terhadap produk PCR primer AG1 dan AG2 menunjukkan gen AGAMOUS terekspresi pada semua sampel. Hasil tersebut mengindikasikan bahwa perubahan struktur organ reproduktif bunga tidak disebabkan oleh hilangnya ekspresi gen AGAMOUS, sehingga perlu dilakukan analisis ekspresi gen AGAMOUS beserta interaksinya dengan gen lain.

---

Hibiscus rosa sinensis L. crested peach and double orange types are different from single pink type in terms of their additional petals petaloid . The petaloid structure is thought to have originated from reproductive organs modification homeosis . AGAMOUS is class C gene that plays role in androecium and gynoecium formation. Loss of AGAMOUS gene expression is assumed to cause modifications occur in reproductive organs. Therefore, this study aims to determine the qualitative expression of AGAMOUS gene on single pink, crested peach, and double orange flowers. Analysis of AGAMOUS gene expression was done by isolating RNA from their androecium and gynoecium using the modified CTAB method. The RNA sample was converted to cDNA using reverse transcriptase, before further amplified by PCR technique using AG1 and AG2 primers. The AG1 PCR product produces bands of 100, 200, and 300 bp, while the PCR AG2 produces single band of 200 bp. The analysis of sequencing results showed that AGAMOUS gene expressed in all samples. Therefore, petaloids presents in crested peach and double orange flowers are not caused by loss of AGAMOUS gene expression. The homeosis occurred should be analyzed not only based on AGAMOUS gene expression, but also should include other gene and their interactions. "