Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Barisan DNA dapat diartikan sebagai permutasi dari empat kode basa DNA yaitu A, T, G, dan C. Pada hasil sekuensing DNA, kadang kala ada basa DNA yang sulit terbaca dengan jelas apakah A, T, G, atau C. Untuk mengatasi masalah ini, maka diberikan kode-kode lain yang merupakan probabilitas munculnya A, T, G, atau C pada setiap kode basa DNA. Sehingga secara keseluruhan terdapat kode basa DNA yang dapat dibentuk dari kode A, T, G, dan C. Enam belas kode basa DNA yang telah terbentuk dapat dinyatakan dalam quaternion berbentuk. Dengan menggunakan perkalian titik antara keenambelas kode basa DNA tersebut, diperoleh matriks skoring. Matriks skoring dibutuhkan pada pensejajaran barisan DNA untuk memberikan skor kecocokan atau ketidakcocokan antara dua kode basa DNA. Algoritma pensejajaran barisan DNA yang diimplementasikan pada penelitian ini adalah Algoritma Needleman-Wunsch untuk pensejajaran global dan Algoritma Smith-Waterman untuk pensejajaran lokal, algoritma ini diimplementasikan menggunakan bahasa pemrograman berbasis open source (Octave). Kemudian program pensejajaran yang telah dibuat diaplikasikan untuk mensejajarkan barisan DNA dari bakteri Streptococcus pneumoniae yang diambil dari pangkalan data gen (GeneBank) dengan barisan DNA hasil sekuensing dari bakteri yang diduga Streptococcus pneumoniae. Dari hasil pensejajaran, diketahui bahwa kedua barisan mempunyai kemiripan yang maksimal.

---

DNA sequence can be defined as a permutation of four DNA base codes: A, T, G, and C. From the result of DNA sequencing, sometime there were dificulties to determine whether the DNA base code of A, T, G, or C. the Probability of other DNA base codes were given to solve this umbigue of DNA sequence reading with form of DNA base code which can be obtained from base code of A, T, G, and C. Sixteen of DNA base code can be represented with a quaternion form: . The scoring matrix was obtained from those sixteen of DNA base code using a dot product method. This scoring matrix can be applied in the DNA aligmnent for match and mismatch between two DNA base code.

In this study, we applied the Needleman-Wunsch Algorithm for gobal alignment and Smith-Waterman Algorithm for local aligment using the Octave, an open soucre program. The alignment program used for DNA sequences alignment from Streptococcus pneumoniae obtained from the GeneBank and the DNA sequence obtained from sequensing result and suspected as Streptococcus pneumoniae. From this alignment, we found that two DNA sequences have maximum similarity."

"ABSTRAKSalah-satu variasi DNA mitokondria manusia adalah delesi 9-pasangan basa (del 9-pb) daerah intergenik COII/tRNA LYS. Del 9-pb merupakan salah satu penanda genetik yang dapat digunakan untuk mempelajari hubungan kekerabatan antarpopulasi. Penelitian del 9-pb antarpopulasi suku-suku di Indonesia belum pernah dilakukan. Secara antropologi, suku Batak dan suku Toraja memiliki nenek moyang Proto Melayu, sedangkan suku Jawa memiliki nenek moyang Deutero Melayu. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui nilai persentase del 9-pb pada populasi suku Batak, suku Toraja, dan suku Jawa agar didapatkan informasi genetik untuk mempelajari hubungan kekerabatan antara ketiga suku tersebut. Metode yang digunakan adalah metode amplifikasi dengan PCR (Polymerase Chain Reaction) dan elektroforesis pada gel agarosa 5% dengan pewarnaan etidium bromida. Hasil pengamatan persentase del 9-pb ketiga suku tersebut adalah: suku Batak 19,84% dengan menggunakan 126 sampel, suku Toraja 32,77% dengan 119 sampel, dan suku Jawa 25,47% dengan 106 sampel. Nilai persentase del 9-pb meningkat bila urutan populasi adalah sebagai berikut: suku Batak—suku Jawa—suku Toraja."

"Pengenceran bertingkat dilakukan terhadap sampel semen. Pengenceran dilakukan dengan mencampurkan semen dengan dH2O dengan persentase 100%, 10%; 1%; 0,1% 0,01%; dan 0,001%. Setiap tingkat pengenceran diteteskan ke kertas saring dan cotton swab sebanyak 10 µl untuk dijadikan noda semen. Uji Acid Phosphatase (AP) dilakukan di setiap tingkat pengenceran. Hasil positif terakhir uji AP didapatkan pada konsentrasi sampel noda semen 0,1%. Ekstraksi DNA sampel node semen dengan variasi konsentrasi 0,001--10% dilakukan dengan metode ekstraksi chelex 20%. Hasil ekstraksi DNA sampel noda semen dikuanntifikasi dengan RT-PCR. Kuantifikasi DNA menggunakan Quantifiler Human DNA Quantification kit. Konsentrasi minimum noda semen didapatkan dengan menghitung hasil kuantifikasi DNA menggunakan pendekatan regresi linear. Konsentrasi minimum noda semen untuk menghasilkan 1 ng DNA bernilai 38%.

---

The influence of semen stain concentrations on DNA quantities observed at 5 dilution rate. Semen was diluted on dH2O to obtain 100%, 10%, 1%, 0.1%, 0.01%, and 0.001% semen concentrations. 10 µl of semen solutions were then drops on top of whatman paper and cotton swab to attain semen stains sample. Acid phosphatase screening test show positive result can be observed up to 0.1% semen concentrations. DNA extraction on semen stain samples performed by chelex 20% methods. Extracted DNA were then quantified by RT-PCR. The quantification processes do by utilizing Quantifiler Human DNA Quantification kit. Minimum concentrations of semen stains needed to attain optimum DNA quantities analyzed by calculating the linear fit regression of semen concentrations vs. DNA quantities curve. The result shows minimum semen stain concentration to produce 1 ng/µl DNA was 38%."

"Eksopolisakarida (EPS) mempunyai banyak manfaat dalam industri farmasi, kosmetik, dan makanan. EPS yang dihasilkan Bakteri Asam Laktat (BAL) yang memiliki status GRAS (generally recognized as safe), berkontribusi pada kesehatan manusia berdasarkan aktivitasnya sebagai antitumor, imunomodulator, dan penurun kadar kolesterol. EPS dibedakan menjadi dua macam berdasarkan komposisi dan mekanisme biosintesis, yaitu heteropolisakarida (HePS) dan homopolisakarida (HoPS). Tujuan penelitian ini adalah untuk memperoleh isolat-isolat BAL penghasil EPS dari berbagai makanan dan minuman tradisional Indonesia. Skrining BAL penghasil EPS dilakukan pada medium agar MRS dengan penambahan 10% sukrosa. Beberapa isolat yang memproduksi lendir dipilih untuk diisolasi DNA genomiknya. DNA genomik tersebut digunakan sebagai cetakan pada proses PCR menggunakan primer oligonukleotida DNA ribosomal 16S. Sebanyak 10 isolat disekuensing dan teridentifikasi sebagai BAL. Dari sampel Es Cincau ditemukan galur BAL yang masih jarang diketahui sebagai penghasil EPS yaitu Weissella salipiscis dan Weissella cibaria."

"Latar Belakang: Kanker serviks merupakan keganasan terbanyak nomor tiga pada perempuan di seluruh dunia dan nomor dua di Indonesia dengan angka insidensi mencapai 20928 kasus per tahunnya. Angka insiden dan mortalitas dari kanker serviks memiliki korelasi yang cukup baik dengan program pencegahan kanker serviks, terutama pada pemeriksaan berbasis sitologi, salah satunya sitologi berbasis cairan liquid-based cytology. Penambahan tes DNA HPV yang sensitif dalam pemeriksaan sitologi juga bertujuan untuk meningkatkan angka sensitivitas sehingga dapat memperkuat parameter penapisan lesi pra kanker serviks terutama pada pemeriksaan liquid-based cytology dan tes DNA HPV pada pusat pelayanan kesehatan swasta. Tujuan: Diketahuinya angka akurasi liquid-based cytology, DNA HPV, dan kombinasi keduanya dibandingkan dengan hasil histopatologi. Diketahuinya genotyping dan karakteristik DNA HPV tipe High Risk dalam setiap derajat NIS. Metode: Penelitian ini merupakan penelitian potong lintang dengan jumlah sampel 138 subjek pada Juli 2013 ndash; Desember 2015 di RSCM Kencana. Data dikumpulkan secara total sampling dan dilakukan uji akurasi. Penelitan ini sudah lolos kaji etik dan mendapat persetujuan pelaksanaan dari Komite Etik Penelitian Kesehatan FKUI-RSCM pada bulan Februari 2016. Hasil: DNA HPV tipe high risk terdapat pada 76 NIS 1, 88.46 NIS 2, dan 84.21 NIS 3 pada hasil histopatologi. Didapatkan akurasi pemeriksaan liquid-based cytology; sensitivitas 88.54 , spesifisitas 35.71 , NPP 75.89 , dan NPN 57.69 . Akurasi pemeriksaan DNA HPV; sensitivitas 81.25 , spesifisitas 78.57 , NPP 89.66 , dan NPN 64.71 . Sementara akurasi kombinasi keduanya adalah sensitivitas 94.79 , spesifisitas 35.71 , NPP 77.12 , dan NPN 75. Simpulan: Penambahan pemeriksaan DNA HPV meningkatkan angka sensitivitas dari 88.54 menjadi 94.79 karena turunnya angka negatif palsu pemeriksaan LBC. Hal ini menjadikan kombinasi pemeriksaan liquid-based cytology dan DNA HPV dapat menjadi pilihan metode penapisan lesi pra kanker serviks terutama pada fasilitas kesehatan sekunder ataupun tersier di Indonesia.

---

Background: Cervical cancer was the third of the most female cancer in the world and the second in Indonesia with the incidence of 20928 new cases annually. The incidence and moratlity in cervical cancer have a good correlation with the cervical cancer prevention program, especially cytology based examination, for instance, liquid based cytology. The addition of HPV DNA test in cytology will increase the sensitivity, strengthened the parameter of pre cervical cancer lesion screening, espescially in liquid based cytology and HPV DNA test in the secondary or tertier health center in Indonesia.

Objectives: To show the accuracy of liquid based cytology, HPV DNA test, and the combination of liquid based cytology and HPV DNA test, compared to histopathology as a the gold standard of pre cervical cancer lesion screening. Furthermore, this study will show the genotyping characteristic of high risk type HPV DNA and dan high risk type HPV DNA characteristic in every stage of CIN.

Methods: This study is a cross sectional study with the sample of 138 subjects in July 2013 ndash December 2015 at RSCM Kencana. The data were collected by total sampling and be performed the accuracy test. This study had already passed the ethical clearance and permitted by Ethical Committee FKUI RSCM in February 2016.

Results: The high risk type HPV DNA is detected in 76 CIN 1, 88.46 CIN 2, and 84.21 CIN 3 in histopathology results. The accuracy of liquid based cytology sensitivity 88.54 , specificity 35.71 , PPV 75.89 , and NPV 57.69 . The accuracy of HPV DNA sensitivity 81.25 , specificity 78.57 , PPV 89.66 , and NPV 64.71 . The accuracy of combination sensitivity 94.79 , specificity 35.71 , PPV 77.12 , dan NPV 75.

Conclusions: The addition of HPV DNA test increased the sensitivity from 88.54 to 94.79 because of decreasing of false negative of liquid based cytology. This thing has showed that the combination of liquid based cytology and HPV DNA test could the one of the option of pre cervical cancer lesion screening method, especially in secondary or tertier health center in Indonesia. "

"Latar Belakang: Pencucian spermatozoa dengan metode Swim-Up SU dan Density Gradient Centrifugation DGC untuk menyeleksi spermatozoa motil telah lama dilakukan, akan tetapi angka keberhasilan masih tergolong rendah. Alpha lipoic acid ALA merupakan antioksidan biologis poten yang berperan dalam regulasi serangan radikal bebas dan pencegahan terhadap kerusakan oksidatif yang disebabkan oleh peroksidasi lipid yang dapat berkontribusi pada integritas DNA spermatozoa. Selain itu, prolaktin PRL adalah salah satu hormon peptida yang juga merupakan faktor prosurvival spermatozoa melalui mekanisme supresi terhadap aktivasi protein kaspase, sehingga berperan dalam proteksi terhadap integritas DNA spermatozoa. Penelitian ini bertujuan untuk mengevaluasi pengaruh pemberian ALA dan PRL terhadap indeks fragmentasi DNA IFD dan status apoptosis spermatozoa deteksi protein kaspase setelah dilakukan pencucian spermatozoa dengan metode SU dan DGC. Metode: Sampel semen diperoleh dari 23 pria normozoospermia dari pasangan wanita infertil dan menjalani IUI. Analisis semen terhadap motilitas dan kecepatan dilakukan sebelum dan sesudah pencucian. Setelah pencucian spermatozoa dengan SU dan DGC, sampel kemudian diinkubasi pada berbagai konsentrasi ALA yaitu 0,625 mg ALA 1 , 1,25mg ALA 2 , 2,5 mg ALA 3 dan pada berbagai konsentrasi PRL yaitu 500 ng PRL 1 , 750 ng PRL 2 , serta 1000 ng PRL 3 . Selanjutnya dilakukan uji sperm chromatin dispersion SCD untuk mengevaluasi fragmentasi DNA spermatozoa dan uji Western Blot untuk mendeteksiprotein kaspase. Hasil: Studi menunjukkan bahwa tingkat IFD spermatozoa setelah pemberian ALA dan PRL mengalami penurunan dibandingkan dengan sampel semen setelah dilakukan pencucian, bahkan dibandingkan dengan sampel semen sebelum pencucian.Protein kaspase ditemukan pada sampel semen sebelum pencucian maupun setelah pencucian dengan metode SU dan DGC. Metode SU dapat menyeleksi spermatozoa dengan IFD yang lebih rendah dibandingkan metode DGC pada konsentrasi optimal ALA dan PRL. Kesimpulan: ALA dan PRL terbukti dapat menyeleksi spermatozoa dengan kualitas spermatozoa yang lebih baik ditinjau dari indeks fragmentasi DNA dan level apoptosis yang lebih rendah, setelah dilakukan pencucian.

---

Background: Several methods were done to improved the success rate of intra uterine insemination IUI , some of them are Swim Up SU and Density Gradient Centrifugation DGC sperm preparation, nevertheless the success rate still remain low. Alpha Lipoic Acid ALA is a potent biological antioxidant that play role in regulation of free radical attack and oxidative damage prevention caused by lipid peroxidation which ultimately contribute to DNA integrity of the sperm. Moreover, prolactin PRL is one of peptide hormones which also a prosurvival factor of sperm through suppression of activation of caspase protein mechanism, thus affecting sperm DNA integrity. This study aimed to evaluate the effect of ALA and PRL supplementation on DNA fragmentation DFI and apoptotic stateof the spermafter sperm preparation using SU and DGC methods.

Methods: Semen samples were obtained from 23 men normozoospermia from partners of women who infertile and underwent IUI. Semen analysis was performed for motility and velocity before and after sperm preparation. After SU and DGC sperm preparation, samples were incubated in concentration of ALA at 0,625 mg ALA 1 , 1,25mg ALA 2 ,2,5 mg ALA 3 and PRL at 500 ng PRL 1 , 750 ng PRL 2 , 1000 ng PRL 3 . The Sperm Chromatin Dispersion SCD test was performed to evaluate the sperm DNA fragmentation and Western Blot assay to detect the caspase protein.

Results: This study confirmed that the level of sperm DNA fragmentation index DFI of sperm after supplementation of ALA and PRL were decreased compared to the sperm after preparation even compared to the whole semen. The presence of caspase protein was detected in whole semen samples,and after sperm preparation both SU and DGC, yet SU method could select the sperm with lower level of DNA fragmentation than the DGC method, both at the optimum concentration of ALA and PRL.

Conclusions: ALA and PRL were proved to select the better sperm quality with lower level of sperm DNA fragmentation and minimum density of caspase protein after sperm preparation."

"ABSTRAKTujuan: Untuk mengetahui distribusi hasil uji DNA HPV pada populasi serviks normal dengan hasil IVA negativ di Jakarta. Metode: Studi deskriptif, retrospektif, consecutive sampling. Data penelitian diambil dari rekam medis pasien di Poliklinik Ginekologi, Kolposkopi, dan Onkologi Ginekologi Departemen Obstetri dan Ginekologi RS Cipto Mangunkusumo Jakarta, Puskesmas, dan fasilitas kesehatan lain yang ditunjuk pada See and Treat Female Cancer Program (FCP) di Jakarta, dan di Poliklinik Women s Health Center (WHC) Kencana RS Cipto Mangunkusumo Jakarta. Hasil: 1210 subjek, prevalensi infeksi HPV pada IVA negatif sebesar 4,4. Prevalensi HPV positif dihubungkan dengan jumlah pernikahan (satu kali vs lebih dari satu kali) 94,3% vs 5,7%; awitan berhubungan seksual dini (<20 tahun vs ≥20 tahun) 20,8% vs 79,2%; kebiasaan merokok (ya vs tidak) 5,7% vs 94,3%. Kesimpulan: IVA merupakan metode yang memiliki akurasi yang baik, sehingga hasil penelitian ini memperkuat rekomendasi bahwa IVA dapat dijadikan metode skrining di Indonesia. Perlu diberikan perhatian khusus agar metode ini dapat dijadikan metode skrining pada praktik klinik sehari-hari, dalam bentuk penggiatan pelatihan secara periodik dan pengayaan praktik.

---

ABSTRACTObjective: To investigate the distribution of HPV DNA result in normal cervical population with negative VIA result in Jakarta. Methods: Descriptive study, retrospective, consecutive sampling. Study data was taken from patient s medical record in gynecology, colposcopy, and gynecology oncology polyclinic of obstetrics and gynecology department Cipto Mangunkusumo Hospital in Jakarta, public health center, and other health facilities which were appointed at See and Treat Female Cancer Program (FCP) in Jakarta, and Women s Health Center (WHC) Kencana Polyclinic in Cipto Mangunkusumo Hospital, Jakarta. Results: 1210 subjects, 4,4% HPV infection prevalence on negative VIA. Positive HPV prevalence associated with number of marriage (once vs more than once) was 94,3% vs 5,7%; onset of sexual intercourse (< 20-year-old vs ≥ 20-year-old) was 20,8% vs 79,2%; smoking habits (yes vs no) was 5,7% vs 94,3%. Conclusion: VIA is one of the methods with good accuracy, therefore this study result reinforces the recommendation that VIA can be used as a screening method in Indonesia. A special attention is needed in order for this method to become screening method on daily practice, in the form of periodic training activities and enrichment practices."

"Nanopore DNA Sequencing adalah metode untuk menganalisa susunan nukleotida yang terdapat dalam suatu untaian DNA. Sebelum melewati lubang nanopore, untaian ganda pada DNA dipisahkan menjadi untaian tunggal DNA. Untaian tunggal DNA kemudian mengalami tekanan fisik yang menyebabkan untaian tunggal DNA tersebut terpotong menjadi potongan-potongan untaian tunggal DNA. Potongan-potongan untaian tunggal DNA tersebut akan dibaca oleh nanopore. Setelah itu, nanopore menghasilkan himpunan oligonukleotida yang kemudian akan dianalisa untuk mendapatkan barisan utuh DNA. Pada makalah ini, dibahas mengenai cara menentukan susunan barisan utuh DNA dari himpunan oligonukleotida yang dihasilkan oleh nanopore dengan pendekatan teori graf.

---

A Nanopore DNA Sequencing is a method for determining the order of nucleotides that occur on a strand of DNA. Before passing through the nanopore, double helix of DNA will be split into single strand DNA. Physical stresses break the single strand DNA into subsequences single strand DNA. Futhermore, this subsequences will be read by the nanopore. After that, nanopore produces set of oligonucleotides that will be analyzed to get the complete DNA strand. This research, gives a method in determing the complete DNA strand from the set of oligonucleotides that is produced by nanopore."