Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Hasil Pencarian

Ditemukan 192512 dokumen yang sesuai dengan query
cover
Ikrimah Muzdalifah
Deteksi gen resistan chloramphenicol dan erythromycin pada plasmid bakteri asam laktat dari pangan fermentasi tradisional indonesia = detection of chloramphenicol and erythromycin resistance genes on plasmid of lactic acid bacteria isolated from indonesian traditional fermented foods
"Penelitian bertujuan untuk mendeteksi gen resistan chloramphenicol dan erythromycin pada plasmid bakteri asam laktat (BAL) yang diisolasi dari pangan fermentasi tradisional Indonesia. Sebanyak 120 isolat bakteri asam laktat diuji resistansinya terhadap chloramphenicol 2 μg/ml dan erythromycin 1 μg/ml.
Hasil penapisan menunjukkan sebanyak 49 isolat resistan terhadap chloramphenicol dan 16 isolat resistan terhadap erythromycin. Isolasi plasmid dilakukan pada isolat yang resistan dan diketahui plasmid terdapat pada isolat D2, T8, dan S34. Plasmid tersebut selanjutnya dideteksi dengan menggunakan lima pasang primer, yaitu cat, catpIP501, ermB, ermC, dan Tn554.
Hasil menunjukkan gen resistan chloramphenicol (cat) berhasil dideteksi pada plasmid BAL dari pangan fermentasi tradisional Indonesia, sedangkan gen resistan erythromycin (ermB) tidak berhasil dideteksi.
The research investigated to detect the chloramphenicol and erythromycin resistance genes on plasmid of lactic acid bacteria (LAB) isolated from Indonesian traditional fermented foods. A total 120 isolates were screened for resistance to 2 μg/ml chloramphenicol and 1 μg/ml erythromycin.
The result showed that 49 isolates were resistance to chloramphenicol and 16 isolates were resistance to erythromycin. Plasmids from potential isolates then isolated and has been known there were in isolate D2, T8, and S34. Plasmids then has been detected with 5 pairs of specific primers: cat, catpIP501, ermB, ermC, and Tn554.
The result showed that chloramphenicol resistance gene (cat) has successfully detected on plasmid of LAB from Indonesian traditional fermented foods, however the erythromycin resistance gene (ermB) has not detected."
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2012
S42372
UI - Skripsi Open  Universitas Indonesia Library
cover
Maridha Normawati
Studi keragaman genetik bakteri asam laktat indigenos Indonesia yang resistan terhadap chloramphenicol dan erythromycin
"Studi keragaman genetik dilakukan untuk mengetahui hubungan kekerabatan bakteri asam laktat indigenos Indonesia yang memiliki kemampuan resistansi terhadap chloramphenicol dan erythromycin. Hasil uji resistansi menunjukkan bahwa isolat DH1, DH7, dan S34 resistan terhadap chloramphenicol (5 μg/ml), sedangkan isolat T8 resistan terhadap erythromycin (15 μg/ml). Isolat D2, S23, dan T8 diketahui resistan terhadap kombinasi chloramphenicol dan erythromycin (1 μg/ml).
Analisis BLAST menunjukkan bahwa isolat bakteri asam laktat terdiri atas Lactobacillus plantarum, L. fermentum, Pediococcus acidilactici, dan P. pentosaceus. Analisis pohon filogenetik diketahui bahwa isolat D2, S12, S34, T3, dan T8 memiliki kekerabatan yang dekat dengan L. plantarum. Isolat R31 dan DH1 memiliki kekerabatan yang dekat dengan L. fermentum. Isolat LK14, S23, R24, DH7,DS13, GR3, HB3 memiliki kekerabatan yang dekat dengan genus Pediococcus.
Study on genetic diversity was useful to determine the kinship of Indigenous Indonesia lactic acid bacteria which have the capability of resistance to chloramphenicol and erythromycin. The resistance test showed isolates DH1, DH7, and S34 that were resistant to chloramphenicol (5 μg/ml), whereas T8 was resistant to erythromycin (15 μg/ml). Isolates D2, S23, and T8 were remain resistant to the combination of chloramphenicol and erythromycin (1 μg/ml).
The results of BLAST analysis showed that there were four different species of lactic acid bacteria, such as Lactobacillus plantarum, L. fermentum, Pediococcus acidilactici, and P. pentosaceus. The results of phylogenetic trees analysis showed that isolates D2, S12, S34, T3, and T8 have a close kinship with L. plantarum, whereas isolates R31 and DH1 have a close kinship with L. fermentum. Moreover, isolates LK14, S23, R24, DH7, DS13, GR3, HB3 have a close kinship to the genus Pediococcus."
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2012
S1314
UI - Skripsi Open  Universitas Indonesia Library
cover
Mohammad Faiz Ogi Bimantara
Potensi Aktivitas Antibakteri Isolat Bakteri Asam Laktat dari Makanan Fermentasi Tradisional "Tempoyak" = The Potential Antibacterial Activity of Lactic Acid Bacteria Isolates from Traditional Fermented Food “Tempoyak”
"Tempoyak merupakan makanan fermentasi tradisional yang difermentasi oleh Bakteri Asam Laktat (BAL). Sebagai makanan fungsional, tempoyak diketahui memiliki efek mendukung fungsi fisiologis tubuh. Penelitian ini bertujuan untuk mengisolasi BAL dari tempoyak yang memiliki aktivitas antibakteri dan memiliki karakteristik seperti probiotik. Isolasi BAL menggunakan metode quadrant streak pada medium de Man Rogosa Sharpe Agar (MRSA) dengan penambahan kalsium karbonat (CaCO3) 0,3%. Karakterisasi dilakukan untuk mengetahui karakteristik morfologi (pengecatan Gram), fisiologi (uji pertumbuhan pada variasi konsentrasi bile, pH, NaCl, dan suhu), dan biokimia (uji O-F, katalase, oksidase, aerob, anaerob, dan koagulasi susu). Uji aktivitas antibakteri dilakukan dengan teknik difusi, yaitu uji antagonis dengan metode agar plug dan antibiosis dengan silinder terhadap delapan bakteri uji (Staphylococcus aureus NBRC 100910, Kocuria rhizophila NBRC 12078, Escherichia coli CP, Bacillus cereus G18, Klebsiella oxytoca G7, Proteus mirabilis, Pseudomonas aeruginosa WDCM 00114, dan Salmonella typhi). Hasil isolasi diperoleh 15 isolat yang menghasilkan zona bening pada MRSA dengan penambahan CaCO3. Sembilan di antara 15 isolat mampu menghasilkan zona bening secara terpisah setelah dilakukan konfirmasi ulang. Seluruh isolat tersebut digunakan untuk uji antagonis dan tiga isolat dengan indeks aktivitas tertinggi (T2.3, T3.1, dan T3.2) dipilih untuk karakterisasi dan uji antibiosis. Hasil karakterisasi menunjukkan ketiga isolat berbentuk batang dan memiliki beberapa karakteristik probiotik. Ketiga isolat juga menunjukkan aktivitas antibakteri terhadap delapan bakteri uji.
Tempoyak is a traditional fermented food fermented by Lactic Acid Bacteria (LAB). As a functional food, tempoyak is known to have beneficial effects that support physiological functions. This research aims to isolate LAB from tempoyak that have antibacterial activity and probiotic-like characteristics. Isolation of LAB was carried out using the quadrant streak method on de Man Rogosa Sharpe Agar (MRSA) supplemented with 0,3% Calcium Carbonate (CaCO3). Characterization was conducted to determine morphological (Gram-stain), physiological (growth test on various concentrations of bile, pH, NaCl, and temperatures) and biochemical characteristics (O-F, catalase, oxidase, aerobic and anaerobic tests, and milk-coagulating activity). Antibacterial activity tests were conducted using diffusion methods, namely the antagonistic test using the agar-plug method and antibiosis using cylinders against eight bacterial species (Staphylococcus aureus NBRC 100910, Kocuria rhizophila NBRC 12078, Escherichia coli CP, Bacillus cereus G18, Klebsiella oxytoca G7, Proteus mirabilis, Pseudomonas aeruginosa WDCM 00114, and Salmonella typhi). The isolation results yielded 15 clear-zone producing isolates on CaCO3-supplemented MRSA. Nine out of 15 isolates were found to have the ability to produce clear zones consistently after reconfirmation. All isolates were used for the antagonistic test, and the three isolates with the highest activity index (T2.3, T3.1, and T3.2) were chosen for further characterization and antibiosis tests. Characterization results showed that these three isolates were rod-shaped and had some probiotic characteristics. The three isolates also exhibited antibacterial activity against the eight tested bacteria."
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2024
S-pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Moh. Soffa
Aktivitas Antibakteri Isolat Bakteri Asam Laktat dari Makanan Fermentasi Tradisional Lemea Terhadap Bakteri Jerawat Cutibacterium acnes dan Staphylococcus epidermidis = Antibacterial Activity of Lactic Acid Bacteria Isolates from Traditional Fermented Food Lemea Against Acne Bacteria Cutibacterium Acnes and Staphylococcus Epidermidis
"Lemea merupakan makanan fermentasi tradisional dari Indonesia. Bahan dasar yang digunakan dalam pembuatan lemea yaitu rebung dan ikan. Lemea berasal dari suku Rejang di Bengkulu. Jerawat merupakan peradangan yang terjadi pada kulit yang dapat disebabkan oleh infeksi bakteri seperti Cutibacterium acnes dan Staphylococcus epidermidis. Obat jerawat yang beredar mengandung antibiotik yang dapat menyebabkan efek samping. Alternatif agen antibakteri dapat diperoleh dari makanan fermentasi seperti lemea. Penelitian terdahulu yang dilakukan oleh Santoso (2023) menunjukkan adanya aktivitas antibakteri isolat bakteri asam laktat dari lemea terhadap bakteri patogen umum. Penelitian ini bertujuan untuk menguji aktivitas antibakteri isolat bakteri asam laktat terhadap bakteri jerawat Cutibacterium acnes dan Staphylococcus epidermidis. Sebanyak tiga isolat bakteri asam laktat (L1, L2, dan L12) dilakukan penapisan menggunakan metode agar plug diffusion. Hasil uji agar plug diffusion menunjukkan semua isolat memiliki aktivitas antibakteri terhadap bakteri jerawat. Hasil uji antibiosis menggunakan filtrat isolat juga menunjukkan semua isolat memiliki aktivitas antibakteri. Selain itu dilakukan juga pengukuran terhadap pH dan total asam laktat. Hasil pengukuran pH dan total asam bervariasi dan memiliki korelasi dengan hasil uji antibiosis. Aktivitas antibakteri juga dapat disebabkan oleh produksi bakteriosin. Aplikasi bakteriosin pada produk kecantikan dapat diteliti lebih lanjut.
Lemea is a traditional fermented food from Indonesia. The main ingredients used in making lemea are bamboo shoots and fish. Lemea comes from the Rejang ethnic group in Bengkulu. Acne is an inflammation that occurs on the skin that can be caused by bacterial infections such as Cutibacterium acnes and Staphylococcus epidermidis. Acne medications available in the market often contain antibiotics that can cause side effects. Alternative antibacterial agents can be obtained from fermented foods such as lemea. Research conducted by Santoso (2023) showed the presence of antibacterial activity of lactic acid bacteria isolate from lemea against common pathogenic bacteria. This study aimed to test the antibacterial activity of lactic acid bacteria isolates against the acne- causing bacteria Cutibacterium acnes and Staphylococcus epidermidis. A total of three isolates (L1, L2, and L12) were screened using agar plug diffusion test. The agar plug diffusion test results showed all isolates had antibacterial activity against acne bacteria. Results of antibiosis test using isolate filtrates also showed three isolates had the antibacterial activity. In addition, pH and total acid were also measured. Results of pH and total acid measurements were vary and have correlation with antibiosis test results. Antibacterial activity is also caused by the production of bacteriocin. The application of bacteriocin in cosmetics can be further studied."
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2025
S-pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Muhammad Farid Al Rais
Penapisan Aktivitas Antibakteri Isolat Bakteri Asam Laktat dari Tape dan Kefir = Screening for Antibacterial Activity of Lactic Acid Bacteria Isolates from Fermented Tape and Kefir
"Bakteri asam laktat merupakan kelompok bakteri yang sering ditemukan pada makanan fermentasi. Bakteri asam laktat seperti Lactobacillus diketahui memiliki aktivitas antibakteri terhadap bakteri pathogen dan dapat berperan sebagai agen probiotik. Penelitian yang telah dilakukan sebelumnya oleh Wang (2022) dan Andika (2022) menunjukan adanya aktivitas antibakteri dari filtrat tape ketan hitam dan kefir serta berhasil mengisolasi 13 isolat bakteri asam laktat. Tujuan penelitian ini adalah untuk melakukan penapisan aktivitas koagulasi susu serta aktivitas antibakteri dari masing-masing isolat bakteri asam laktat yang telah berhasil diisolasi dari tape ketan hitam dan kefir. Dari penapisan aktivitias antibakteri tersebut kemudian dipilih isolat terpilih yang kemudian dilakukan uji antibiosis. Sebanyak 13 isolat bakteri asam laktat telah berhasil dilakukan penapisan aktivitas kogulasi susu dan aktivitas antibakteri. Semua isolat bakteri asam laktat menunjukkan dapat mengkoagulasi susu. Kemudian berdasarkan penapisan aktivitas antibakteri didapatkan 3 isolat terpilih dengan kode isolat TM2, KNB2, dan KNB4 dengan nilai Indeks Aktivitas (IA) zona bening tertinggi disetiap perlakuan bakteri uji. Ketiga isolat terpilih tersebut kemudian dilakukan uji antibiosis. Hasil uji antibiosis dari filtrat fermentasi isolat terpilih (TM2, KNB2, dan KNB4) dengan menggunakan medium standar de Man Rogosa Sharpe Broth (MRSB) menunjukkan terdapat aktivitas antibiosis terhadap semua bakteri uji dan ketiga isolat tersebut berpotensi sebagai agen probiotik.
Lactic acid bacteria are a group of bacteria that are often found in fermented foods. Lactic acid bacteria such as Lactobacillus are known to have antibacterial activity against pathogenic bacteria and can act as probiotic agents. Previous research by Wang (2022) and Andika (2022) showed that there was antibacterial activity from fermented black glutinous rice and kefir filtrate and succeeded in isolating 13 isolates of lactic acid bacteria. The purpose of this study was to screen the coagulation activity of milk and the antibacterial activity of each lactic acid bacteria isolated from fermented black glutinous rice and kefir. From the screening of antibacterial activity, selected isolates then subjected to an antibiosis test. A total of 13 isolates of lactic acid bacteria has been successfully screened for milk coagulation activity and antibacterial activity. All isolates of lactic acid bacteria showed the ability to coagulate milk. Then based on the antibacterial activity screening, 3 selected isolates were selected with the isolate codes TM2, KNB2, and KNB4 with the highest clear zone Activity Index (IA) value in each treatment of the test bacteria. The three selected isolates were then subjected to an antibiosis test. Antibiosis test results from the fermented filtrate of selected isolates (TM2, KNB2, and KNB4) using standard de Man Rogosa Sharpe Broth (MRSB) medium showed that there was antibiosis activity against all tested bacteria and the three isolates had the potential as probiotic agents."
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2023
S-pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Widamayanti
Isolasi gen fungsional resistan eritromisin dan kanamisin dari bacillus halodurans CM1 = Isolation of erythromycin and kanamycin resistance functional gene from bacillus halodurans CM1
"Bacillus halodurans CM1 berpotensi sebagai inang dalam menghasilkan beberapa jenis enzim yang berguna, seperti xilanase, lipase, dan protease. Selain sebagai penghasil enzim, salah satu gen potensial lainnya adalah gen resistan antibiotik. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui kemampuan resistansi B. halodurans CM1 terhadap eritromisin dan kanamisin serta diperoleh produk gen fungsional resistan eritromisin dan kanamisin dari B. halodurans CM1. Isolasi gen eritromisin dan kanamisin dari B. halodurans CM1 belum pernah dilakukan. Berdasarkan uji KHM, B. halodurans CM1 resistan terhadap eritromisin dan kanamisin. Isolasi gen resistan eritromisin dan kanamisin dilakukan dengan menggunakan metode amplifikasi PCR. Produk PCR yang diduga gen resistan eritromisin, yaitu gen ErmK dan BH0381. Produk PCR yang diduga gen resistan kanamisin, yaitu gen aadK dan APH. Gen ErmK dikloning dengan menggunakan kloning vektor pGEM-T Easy, sedangkan gen BH0381, aadK, dan APH dikloning dengan menggunakan kloning vektor pJET1.2/blunting. Vektor rekombinan ditransformasi ke Escherichia coli DH5alfa. Hasil analisis sekuens DNA menggunakan BLAST menunjukkan bahwa gen ErmKCM1 dan BH0381 masing-masing memiliki kemiripan 99,65% (GenBank No access: BH0380, ErmK) dan 99,45% (GenBank No access: BH0381, mphB) dengan sekuens dari B. halodurans C-125. Sekuens gen ErmKCM1 dan BH0381CM1 menunjukkan bahwa dua gen tersebut merupakan gen yang fungsional. Sekuens upstream dari gen BH0381CM1 dianalisis dan diperoleh bahwa terdapat 50 pb yang diduga promoter. Hasil analisis sekuens DNA menggunakan BLAST menunjukkan bahwa gen aadKCM1 dan APHCM1 masing-masing memiliki kemiripan 97,73% (GenBank No access: BH0322) dan 99,47% (GenBank No access: BH0326) dengan sekuens dari B. halodurans C-125. Hasil penyejajaran gen aadKCM1 menunjukkan adanya delesi enam pasang nukleotida pada lokus ke-354 hingga 359 yang menyebabkan frameshift, sehingga gen aadKCM1 tidak memiliki sekuens yang open reading frame (ORF). Hasil translasi gen aadKCM1 dan APHCM1 menunjukkan bahwa hanya sekuens gen APHCM1 dapat ditranslasi menjadi protein yang fungsional. Hasil uji resistansi kanamisin pada transforman yang membawa plasmid rekombinan promoter gen APHCM1-ORF dapat menyandikan resistan kanamisin dengan konsentrasi kanamisin sebesar 20 µg/mL.
Bacillus halodurans CM1 has potential as a host in producing several types of useful enzymes, such as xylanase, lipase, and protease. Besides industrial enzymes, one of the other potential genes is the antibiotic-resistant gene. This study aims to determine the ability of B. halodurans CM1 resistance to erythromycin and kanamycin and to obtain erythromycin and kanamycin-resistant functional gene products from B. halodurans CM1. Isolation of erythromycin and kanamycin genes from B. halodurans CM1 has never been done. Based on the MIC test, B. halodurans CM1 is resistant to erythromycin and kanamycin. Erythromycin and kanamycin resistance gene isolation was carried out using PCR amplification method. PCR products suspected of being erythromycin resistance genes, namely ErmK and BH0381 genes. PCR products suspected of being kanamycin resistance genes, namely genes aadK and APH. The ErmK gene was cloned using the pGEM-T Easy vector cloning, while the BH0381, aadK, and APH genes were cloned using the pJET1.2/blunting vector cloning. The recombinant vector was transformed into Escherichia coli DH5ï?¡. The results of DNA sequence analysis using BLAST showed that the ErmKCM1 and BH0381 genes each had 99.65% similarities (GenBank No access: BH0380, ErmK) and 99.45% (GenBank No access: BH0381, mphB) with the sequence of B. halodurans C-125. The results of the translation of the ErmKCM1 and BH0381CM1 genes indicate that the two genes are functional genes. The upstream sequence of the BH0381CM1 gene was analyzed and it was found that 50 bp was suspected as a promoter. The results of DNA sequence analysis using BLAST showed that the aadKCM1 and APHCM1 genes each had a similarity of 97.73% (GenBank No access: BH0322) and 99.47% (GenBank No access: BH0326) with the sequence of B. halodurans C-125. The alignment of the aadKCM1 gene shows the deletion of six nucleotide pairs at the 354-359 locus that causes frameshift, so the aadKCM1 gene does not have an open reading frame (ORF) sequence. The translation of aadKCM1 and APHCM1 genes show that only the APHCM1 gene sequence can be translated into a functional protein. The results of kanamycin resistance test on transformants carrying plasmids with native promoter APHCM1-ORF gene can encode kanamycin resistance with a kanamycin concentration of 20 µg/mL."
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2020
T-pdf
UI - Tesis Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Sulistiani
Kajian keanekaragaman bakteri asam laktat di sayur asin (sawi fermentasi) brassica juncea l czern secara molekuler = Study on diversity of lactic acid bacteria in sayur asin fermented mustard brassica juncea l czern based on molecular approaches
"Sayur asin umumnya dikenal sebagai produk fermentasi spontan sawi pahit, Brassica juncea (L.) Czern., oleh bakteri asam laktat (BAL) epifit di Indonesia, khususnya di Jawa. Informasi keanekaragaman BAL di sayur asin lokal Indonesia masih sangat terbatas, oleh karena itu perlu dilakukan penelitian lebih lanjut. Penelitian dilakukan untuk mengetahui keanekaragaman BAL di sayur asin lokal Indonesia. Telah dilakukan isolasi dan identifikasi BAL dari sebelas sampel sayur asin diperoleh dari Tulung Agung, Kediri, Solo,Yogyakarta, Kota Semarang dan Depok. BAL diisolasi dari sayur asin dan larutan fermentasi. Identifikasi BAL dilakukan secara molekuler berdasarkan sekuen 16S rDNA. Sebanyak 631 isolat BAL telah berhasil diisolasi dan diidentifikasi. Hasil identifikasi menunjukkan 20 spesies BAL yang telah diketahui namanya yaitu Lactobacilus farciminis (90 isolat), L. fermentum (106 isolat), L. namurensis (48 isolat), L. plantarum (309 isolat), L. paralimentarius (4 isolat), L. parafarraginis (1 isolat), L. nodensis (1 isolat), L. tucceti (11 isolat), L. acidophilus (1 isolat), L. helveticus (2 isolat), L. brevis (4 isolat), L. parabrevis (3 isolat), L. futsaii (11 isolat), L. versmoldensis (4 isolat), L. coryniformis (16 isolat), L. casei (12 isolat), L. rhamnosus (2 isolat), L. fabifermentans (3 isolat), L. satsumensis (1 isolat), L. zymae (1 isolat) dan 1 kandidat spesies baru Lactobacillus sp. B4 (1 isolat) secara genetik dekat dengan L. composti. Hasil identifikasi menunjukkan keanekaragaman BAL di sayur asin asal Jawa Indonesia cukup tinggi. Analisis intraspesies pada spesies dominan L. plantarum dan L. fermentum asal sayur asin menggunakan tiga teknik molekuler restriction fragment length polymorphism (RFLP) 16S-23S rDNA intergenic spacer region (ISR), random amplified polymorphic DNA-polymerase chain reaction (RAPD-PCR) dan enterobacterial repetitive intergenic consensus (ERIC-PCR) menunjukkan terdapat tiga kelompok genotip L. plantarum dan dua kelompok genotip L. fermentum asal sayur asin.
Sayur asin is commonly known as a spontaneous fermented mustard Brassica juncea (L.) Czern product by epiphytic lactic acid bacteria (LAB) in Indonesia, in particular Java. The information on LAB diversity in Indonesia was obviously limited. More investigation is required. Therefore, effort on inventory of LAB from sayur asin in Indonesia was carried out to determine its diversity. LAB diversity in eleven samples of sayur asin collected from Tulung Agung, Kediri, Solo, Yogyakarta, Kota Semarang and Depok was studied. LAB was isolated from both of fermented mustards and fermenting liquors. Molecular identification of the isolates was conducted based on 16S rDNA sequence data. A total of 631 isolates of LAB was successfully isolated and identified. The bacteria belong to 20 known species viz, Lactobacilus farciminis (90 isolates), L. fermentum (106 isolates), L. namurensis (48 isolates), L. plantarum (309 isolates), L. paralimentarius (4 isolates), L. parafarraginis (1 isolate), L. nodensis (1 isolate), L. tucceti (11 isolates), L. acidophilus (1 isolate), L. helveticus (2 isolates), L. brevis (4 isolates), L. parabrevis (3 isolates), L. futsaii (11 isolates), L. versmoldensis (4 isolates), L. coryniformis (16 isolates), L. casei (12 isolates), L. rhamnosus (2 isolates), L. fabifermentans (3 isolates), L. satsumensis (1 isolate), L. zymae (1 isolate) and 1 candidate of novel species Lactobacillus sp. B4 (1 isolate) phylogenetically closed to L. composti. The current study revealed high diversity of LAB present in sayur asin from Java, Indonesia. Study on intraspecies determination of predominant isolates belonging to L. plantarum and L. fermentum in sayur asin using three molecular techniques namely: restriction fragment length polymorphism (RFLP) 16S-23S rDNA intergenic spacer region (ISR), random amplified polymorphic DNA-polymerase chain reaction (RAPD-PCR) and enterobacterial repetitive intergenic consensus (ERIC-PCR) revealed that strains belong to L. plantarum and L. fermentum in sayur asin could be divided into three and two genotypic groups respectively"
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2014
D1912
UI - Disertasi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Tiara Hana Azzahra
Deteksi Gen mecA dan femA pada Staphylococcus aureus dari Talenan dan Ampela Ayam Mentah di Penjual Ayam Pasar Tradisional Kota Depok = Detection of mecA and femA genes in Staphylococcus aureus from Cutting Board and Raw Chicken Gizzard at Depok Traditional Market Chicken Sellers
"Staphylococcus aureus merupakan bakteri Gram positif berbentuk kokus yang tersusun seperti anggur dan dapat menyebabkan penyakit. Penggunaan antibiotik methicillin yang berlebihan menyebabkan bakteri menjadi resistan atau dikenal dengan Methicillin resistant Staphylococcus aureus (MRSA). Resistensi pada MRSA ditandai dengan keberadaan gen mecA dan femA. Salah satu penyebaran MRSA dapat melalui hewan ternak. Penyebaran patogen zoonosis MRSA diduga terjadi melalui ayam atau cross contamination dari talenan. Tujuan penelitian adalah mendeteksi gen mecA dan femA pada Staphylococcus aureus dari talenan dan ampela ayam mentah di penjual ayam pasar tradisional. Penelitian dilakukan dengan pengambilan 6 sampel talenan dan ampela ayam mentah di 3 pasar tradisional Kota Depok dengan metode swab dan menggunakan medium Mannitol Salt Agar (MSA). Isolat-isolat yang mengubah warna medium menjadi kuning akan dilakukan pendeteksian gen penanda MRSA, yaitu 16S rRNA (STPY), mecA, dan femA dengan metode multiplex PCR. Hasil penelitian mendapatkan 19 isolat MRSA dan 2 isolat Methicillin resistant Staphylococcus (MRS) dengan menggunakan primer 16S rRNA universal, yaitu Staphylococcus cohnii dan Staphylococcus gallinarum. Keberadaan gen resistan dari isolat yang diperoleh menunjukkan bahwa talenan dan ampela ayam mentah dapat berpotensi menjadi sumber transmisi MRSA.
Staphylococcus aureus merupakan bakteri Gram positif berbentuk kokus yang tersusun seperti anggur dan dapat menyebabkan penyakit. Penggunaan antibiotik methicillin yang berlebihan menyebabkan bakteri menjadi resistan atau dikenal dengan Methicillin resistant Staphylococcus aureus (MRSA). Resistensi pada MRSA ditandai dengan keberadaan gen mecA dan femA. Salah satu penyebaran MRSA dapat melalui hewan ternak. Penyebaran patogen zoonosis MRSA diduga terjadi melalui ayam atau cross contamination dari talenan. Tujuan penelitian adalah mendeteksi gen mecA dan femA pada Staphylococcus aureus dari talenan dan ampela ayam mentah di penjual ayam pasar tradisional. Penelitian dilakukan dengan pengambilan 6 sampel talenan dan ampela ayam mentah di 3 pasar tradisional Kota Depok dengan metode swab dan menggunakan medium Mannitol Salt Agar (MSA). Isolat-isolat yang mengubah warna medium menjadi kuning akan dilakukan pendeteksian gen penanda MRSA, yaitu 16S rRNA (STPY), mecA, dan femA dengan metode multiplex PCR. Hasil penelitian mendapatkan 19 isolat MRSA dan 2 isolat Methicillin resistant Staphylococcus (MRS) dengan menggunakan primer 16S rRNA universal, yaitu Staphylococcus cohnii dan Staphylococcus gallinarum. Keberadaan gen resistan dari isolat yang diperoleh menunjukkan bahwa talenan dan ampela ayam mentah dapat berpotensi menjadi sumber transmisi MRSA."
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2023
S-pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Jessica Handopo
Deteksi Gen mecA dan femA pada Staphylococcus aureus dari Sampel Udara di Penjual Ayam Pasar Tradisional Depok = Detection of mecA and femA Genes in Staphylococcus aureus from Air Sample at Depok Traditional Market Chicken Sellers
"Staphylococcus aureus merupakan salah satu bakteri yang menyebabkan penyakit pada manusia. Penggunaan antibiotik penicillin dan methicillin yang tidak bijaksana dapat menyebabkan timbulnya Methicillin Resistant Staphylococcus aureus (MRSA). Keberadaan MRSA pada hewan unggas ayam, dikhawatirkan akan menjadi agen zoonosis yang secara tidak langsung menyebar melalui udara ke komunitas masyarakat. Hal tersebut memerlukan perhatian lebih. Tujuan penelitian adalah mendeteksi gen resistan mecA dan femA pada S. aureus dari udara tempat penjual ayam di pasar tradisional Depok. Penelitian dilakukan dengan mengisolasi bakteri dari udara di 3 pasar Kota Depok menggunakan metode settle plate pada medium mannitol salt agar. Isolat yang mengubah warna medium menjadi kuning akan dilakukan pendeteksian gen STPY (257 bp), mecA (297 bp), dan femA (454 bp) menggunakan multiplex PCR. Isolat yang tidak terdeteksi gen STPY, tetapi memiliki gen resistan, diamplifikasi dengan gen 16s rRNA universal dan dilanjutkan dengan analisis urutan nukleotida. Hasil penelitian didapatkan 20 isolat MRSA dan 5 isolat MRnSA, yaitu S. gallinarum, S. saprophyticus, dan S. cohnii. Metode settle plate terbukti dapat digunakan untuk mengisolasi MRSA dan MRnSA. Dengan terdeteksi MRSA dan MRnSA di udara pasar tradisional maka perlu dilakukan upaya mitigasi untuk mencegah penularan dan peningkatan berbagai risiko kesehatan.
Staphylococcus aureus is one of the bacteria that causes diseases in humans. The indiscriminate use of penicillin and methicillin can lead to the emergence of Methicillin Resistant Staphylococcus aureus (MRSA). The presence of MRSA in poultry, particularly chickens, is a concern as it may become a zoonotic agent indirectly spreading through the air to the community. This requires greater attention. The research objective is to detect the mecA and femA genes in S. aureus from the air at Depok traditional market chicken sellers. The study involved isolating bacteria from the air in three markets in Depok using the settle plate method on mannitol salt agar medium. Isolates that change the color of the medium to yellow will undergo detection of the STPY (257 bp), mecA (297 bp), and femA (454 bp) genes using multiplex PCR. Isolates that don’t detect STPY gene but have resistant genes will be amplified with the universal 16s rRNA gene and further analyzed for nucleotide sequence. The research results revealed 20 MRSA isolates and 5 MRnSA isolates, namely S. gallinarum, S. saprophyticus, and S. cohnii. The settle plate method has proven to be useful for isolating MRSA and MRnSA. With the detection of MRSA and MRnSA in the air of traditional markets, mitigation efforts are needed to prevent transmission and reduce various health risks."
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2024
S-pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Sumayyah
Identifikasi aktivitas bakteriosin dari galur bakteri asam laktat streptococcus weissella dan leuconostoc = Bacteriocin activity identification of lactic acid bacteria strain streptococcus weissella and leuconostoc
"Bakteriosin dikenal sebagai peptida antimikroba yang dihasilkan oleh bakteri, salah satunya bakteri asam laktat (BAL), yang dapat menghambat pertumbuhan bakteri lain, terutama yang sekerabat atau berasal dari lingkungan ekologis yang sama. Oleh karena itu, bakteriosin dikembangkan sebagai komplemen antibiotik untuk mengatasi resistensi antibiotik. Pada penelitian sebelumnya, telah dilakukan skrining terhadap genus Streptococcus, Weissella, dan Leuconostoc, dan hasilnya menunjukkan bahwa Streptococcus macedonicus MBF10-2, Weissella confusa MBF8-1, Leuconostoc mesenteroides MBF2-5, dan Leuconostoc mesenteroides MBF7-17 memiliki aktivitas penghambatan terhadap indikator Leuconostoc mesenteroides TISTR 120.
Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui pendekatan klasifikasi bakteriosin yang dihasilkan oleh galur tersebut menggunakan metode terarah, yaitu Deferred Antagonism Assay/ P-typing, dengan indikator yang berbeda. Hasilnya, galur MBF10-2 memiliki aktivitas bakteriosin dengan spektrum hambat paling luas (P-type 636) mirip kelompok lantibiotik, sementara MBF8-1 memiliki aktivitas bakteriosin dengan spektrum hambat yang lebih sempit (P-type 410). Namun, galur MBF2-5 dan MBF7-17 memiliki aktivitas bakteriosin dengan spektrum hambat yang sangat sempit, dengan masing-masing P-type 000 dan 010. Aktivitas bakteriosin yang dihasilkan galur MBF10-2 hilang pada pemanasan 800C selama 10 menit, sedangkan aktivitas bakteriosin dari galur-galur lainnya hilang pada pemanasan 600C selama 60 menit (MBF8-1 dan MBF7-17) dan selama 30 menit (MBF2-5). Aktivitas bakteriosin yang dihasilkan dari semua galur uji hilang pada pH 8.
Bacteriocins are known as antimicrobial peptides produced by bateria, such as lactic acid bacteria (LAB), which potentially inhibit other bacteria, especially closely related bacteria or likely to occur in the same ecological niche. Thus, they are developed as antibiotic complement to overcome antibiotic resistance. In previous study, screening was performed on genus Streptococcus, Weissella, and Leuconostoc and result showed that Streptococcus macedonicus MBF10-2, Weissella confusa MBF8-1, Leuconostoc mesenteroides MBF2-5, and Leuconostoc mesenteroides MBF7-17 possess bacteriocins activity against indicator bacteria Leuconostoc mesenteroides TISTR 120.
This study aimed to determine the bacteriocins classification produced by those strains by using directional method, i.e. Deferred Antagonism Assay or P-typing, employing different indicator strains. Result revealed that strain MBF10-2 possessed a broad-spectrum lantibiotic-like inhibitory substance activity (P-type 636), while MBF8-1 possessed medium-spectrum bacteriocin-like inhibitory substance/ BLIS activity (P-type 410). However, two Leuconoctoc mesenteroides strains, MBF2-5 and MBF7-17, showed narrow spectrum bacteriocin activity, P-type 000 and 010, respectively. Strain MBF10-2 loss bacteriocin activity at 800C after 10 minutes of incubation. Whereas, bacteriocin activity was loss at 600C for strain MBF8-1, MBF7-17 after incubation for 60 minutes, and for MBF2-5 after incubation for 30 minutes. All strains loss their bacteriocin activity at pH 8."
Depok: Fakultas Farmasi Universitas Indonesia, 2013
S46368
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
<<   1 2 3 4 5 6 7 8 9 10   >>