Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Hasil Pencarian

Ditemukan 168105 dokumen yang sesuai dengan query
cover
Anggita Putri Edwita
"ABSTRAK
Kurkumin adalah senyawa aktif biologis yang terdapat dalam tumbuhan Curcuma longa L. yang tersebar luas di daerah tropis seperti Indonesia. Kurkumin telah lama digunakan sebagai tanaman obat keluarga dan diketahui memiliki aktivitas antiinflamasi, antioksidan, dan antikanker. Salah satu mekanisme kerja kurkumin sebagai antikanker adalah dengan menginhibisi aktivitas enzim 12-lipoksigenase. Mekanisme tersebut diketahui dari penelitian dengan melakukan penambatan molekuler kurkumin dengan enzim 12-lipoksigenase. Akan tetapi, hasil penambatan molekuler memiliki kelemahan karena dilakukan dalam keadaan senyawa dengan struktur yang kaku (rigid). Pada kenyataannya, makromolekul dan ligan yang ditambatkan memiliki torsi sehingga bergerak dengan dinamis dari waktu ke waktu. Analisis dinamika molekuler senyawa kompleks enzim 12- lipoksigenase dengan kurkumin dan dua turunan alaminya, demetoksikurkumin dan bisdemetoksikurkumin, dilakukan menggunakan hasil penambatan molekulernya, dan dianalisis dengan mengevaluasi nilai RMSF, energi potensial, dan kondisi ikatan hidrogen. Berdasarkan ketiga parameter tersebut, interaksi enzim 12-lipoksigenase dengan kurkumin, demetoksikurkumin, dan bisdemetoksikurkumin menunjukkan kestabilan selama waktu simulasi 2000 pikodetik (2 nanodetik).

ABSTRACT
Curcumin is the biologically active compound contained in the plant Curcuma longa L. which is widespread in tropical areas like Indonesia. Curcumin has long been used as plant medicine and is known to have anti-inflammatory activity, antioxidant, and anticancer. One of the mechanism of action as an anticancer activity is to inhibit the activity of 12-lipoxygenase. The mechanism is studied as the result from the molecular docking of curcumin with 12-lipoxygenase. However, the molecular dockings result have a weakness because it is done in a state of compounds with a rigid structure. In fact, macromolecules and the tethered ligand has the torque to move dynamically over time. Molecular dynamics analysis of complex compounds 12-lipoxygenase with curcumin and it?s two natural derivatives, demethoxycurcumin, and bisdemethoxycurcumin performed using the results of molecular docking and analyzed by evaluating the value of RMSF, the potential energy, and hydrogen bonding conditions. Based on these three parameters, the interaction of 12-lipoksigenase with curcumin, demethoxycurcumin, and bisdemethoxycurcumin showed stability during the 2000 (2 nanosecond) simulation time."
Depok: Fakultas Farmasi Universitas Indonesia, 2012
S42657
UI - Skripsi Open  Universitas Indonesia Library
cover
Diah Widowati
"Tanaman Calophyllum inophyllum Linn. atau lebih dikenal dengan nama daerah nyamplumg, termasuk suku Guttiferae (Clusiaceae). Tanaman ini berupa pohon besar yang tumbuh liar di tepi sungai, di daerah-daerah pantai dan ditempat-tempat lain yang berhawa panas.
Hampir seluruh bagian tanaman nyamplung secara tradisional digunakan di berbagai daerah untuk mengobati bermacam-macam penyakit seperti penyakit mata, wasir, rematik dan penyakit kulit. Selain itu juga berkhasiat sebagai pereda kejang, pembersih darah dan peluruh air seni.
Uniuk mendapatkan senyawa kimia dari kulit batang tanaman nyamplung, serbuk kulit batang diekstraksi dengan petroleum eter dan selanjutnya difraksinasi dengan kromatograi kolom menggunakan silika gel sebagai fasa diam dan sebagai fasa gerak digunakan pelarut landaian petroleum eter-etil asetat.
Telah berhasil diisolasi tiga senyawa, yang setelah ditentukan strukturnya secara spektroskopi, diketahui bahwa dua senyawa termasuk triterpenoid pentasiklik yaitu friedelin dan taraksasterol, satu senyawa termasuk senyawa sterol yaitu B-sitosterol.
Pada uji pendahuluan aktivitas antibakteri menggunakan metoda difusi dengan kertas cakram, tampak bahwa ekstrak petroleum eter pada konsentrasi 500 ug/ml memberikan hasil positif, sedangkan senyawa-senyawa hasil isolasi (senyawa A, B dan C) memberikan hasil negatif.

This work was carried out to investigate some chemical constituents from the petroleum ether fraction of Calophyllum inophyllum's stem barks and their antibacterial activity. The compounds were separated and isolated by column chromatography. Petroleum ether-ethyl acetate were used as mobile phase and silica gel as stationary phase. The isolated compounds were purified by crystalization.
The structure of the pure compounds were established by using infra red spectrophotometer, proton and carbon-13 nuclear magnetic resonances and also mas spec-trometer.
The study showed that petroleum ether function contained three compounds- The two compounds were pentacyclic triterpenoids i.e., friedelin and taraxasterol and the other was B-sitosterol, a common constituen of higher plant.
The antibacterial activity test showed that petroleum ether extract had effect on three bacteries, Salmonella typhi, Bacillus subtilis and Bacillus phumyllus, but the three isolated compounds had no effect.
"
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Unversitas Indonesia, 1998
T-Pdf
UI - Tesis Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Rifqi Ryanzafi Almahdi
"ABSTRAK
Diabetes merupakan penyakit yang dikarakterisasi dengan meningkatnya kadar gula darah yang yang diakibatkan defisiensi insulin, resistensi insulin atau keduanya. Pengobatan diabetes berfokus pada insulin, dimana efikasinya dapat berkurang seiring penyakit berprogresi. Golongan penghambat Sodium-Glucose Linked Transporter 2 (SGLT2) merupakan golongan obat diabetes baru dengan mekanisme pengaturan kadar glukosa darah independent dari insulin, ditambah khasiat menurunkan resiko kardiovaskular dan berat badan. Fakultas Farmasi Universitas Indonesia berkontribusi dalam pengembangan golongan obat ini dengan metode in silico melalui penapisan virtual berbasis ligan berdasarkan gugus farmakofor dari pangkalan data tanaman herbal Indonesia, dan penapisan virtual berbasis struktur dengan model homologi hSGLT2 dari pangkalan data ZINC15. Hasil penapisan virtual tersebut dilakukan identifikasi lebih lanjut dengan simulasi dinamika molekuler selama 20 nanodetik untuk memperoleh perkiraan yang paling mendekati kondisi eksperimental. Sebelum simulasi, dilakukan pemerolehan model interaksi pada hasil penapisan virtual berbasis ligan dilakukan dengan penambatan molekuler dengan AutoDock terhadap makromolekul hasil pemodelan homologi dari SWISSMODEL. Interaksi ligan-reseptor dilihat dari interaksi hidrogen dan energi bebas ikatan ligan dibandingkan kontrol positif dengan MM/PB(GB)SA. Hasil studi dinamika molekuler menunjukkan empat senyawa dengan ∆G MM/PB(GB)SA lebih kecil dibanding kontrol positif, diantaranya zinc000146809581, cucumerin A, zinc000038175116, dan zinc000095913941 dengan jumlah ikatan hidrogen yang lebih banyak atau dapat bersaing dengan kontrol positif.

ABSTRACT
Diabetes is a non-communicable disease that is characterized by the rising of blood glucose due to deficiency of insulin, insulin resistance, or both. Pharmacological treatment of diabetes mainly focuses on insulin, which decreases in efficacy once the disease progresses. SGLT2 inhibitors are diabetic treatments available in recent years with blood glucose control mechanism independent from insulin. Two in silico research were done in Faculty of Pharmacy from Universitas Indonesia to find more compounds of potential SGLT2 inhibition action by virtual screening of ligand based on Indonesian Herbal Database, dan of structure-based on the ZINC herbal database. In this study, the docked interaction models of the compounds acquired from those two virtual screening methods are analyzed for their ligand-receptor interactions by 20 nanoseconds of molecular dynamic simulations, with the ligand-based virtual screening results were first docked with macromolecule from homology modelling. The ligand-receptor interactions are observed by its calculated binding free energy and their hydrogen interactions with the protein, compared with known drugs of SGLT2 inhibitors as positive controls. The result of this study has shown four compounds with lower ∆G MM/PB(GB)SA than the positive controls, cucumerin A, zinc000146809581, zinc000038175116, and zinc000095913941 with more or comparable hydrogen interactions with positive controls.
"
Depok: Fakultas Farmasi Universitas Indonesia, 2020
S-pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
"Several series of trawl surveys were carried out in the waters of Perhentian Islands using commercial trawlers.16S mithochondrial rRNA gene sequences were used to infer the phylogenetic relationship among nine morphospecies of leiognathids...."
Artikel Jurnal  Universitas Indonesia Library
cover
"The metabolites from microorganisms for rapidly grawing field,due to the suspicion that a number of metabolites obtained from reef's invertebrates are produced by associated microorganisms....."
Artikel Jurnal  Universitas Indonesia Library
cover
Muhammad Teguh Setiawan
"Histon Deasetilase 2 (HDAC2) merupakan salah satu enzim dari suatu superfamily 18 enzim zinc-dependent yang kini tengah banyak diteliti sebagai target terapeutik. HDAC2 merupakan bagian dari HDAC kelas 1 yang diketahui memiliki aktivitas kuat sebagai katalis, dan umumnya merupakan target bagi inhibitor HDAC (HDACi). HDAC2 berperan pada gejala komplikasi akhir diabetes seperti nefropati diabetes. Sehingga penelitian lebih lanjut terkait inhibitor enzim-enzim HDAC khususnya HDAC2 perlu dikembangkan.
Dalam penelitian ini, diteliti senyawa-senyawa dari basis data herbal Indonesia terhadap aktivitasnya sebagai inhibitor HDAC2, dengan melakukan penapisan virtual, untuk mendapatkan senyawa-senyawa pilihan, kemudian dilakukan simulasi dinamika molekuler untuk mengetahui interaksi senyawa sebagai inhibitor enzim. Didapatkan sepuluh besar peringkat senyawa penapisan virtual, kemudian diambil lima diantaranya dengan kriteria terbaik untuk dilakukan simulasi dinamika molekuler yaitu senyawa Boesenbergin B, Pongachalcone I, 6,8-Diprenylgenistein, Marmin, Mangostin, dengan kristal ligan N-(2-aminophenyl)benzamide sebagai kontrol positif, dengan nilai ΔG secara berturut-turut -8.28; -9.15; -7.05; -9.07; -7.15 dan ΔG kontrol positif -10.27. Dari simulasi dinamika molekuler diketahui aktivitas inhibitor HDAC2 berinteraksi pada residu asam amino penting yaitu His145C, Tyr308C, Zn379C, Leu276C, Phe155C, Phe210C, Leu144C, Met35C.

Histone Deacetylase 2 (HDAC2) is one of a superfamily of 18 zinc-dependent enzymes, which now being widely investigated as therapeutic targets. HDAC2 is part of class I HDAC enzymes which knownly active as a strong catalys, and generally is the target for HDAC inhibitors (HDACi). HDAC2 play a role in the symptoms of late complications of diabetes such as diabetic nephropathy. So further research related to HDAC inhibitors, particularly HDAC2 need to be developed.
In this study, research will be performed using virtual screening method to obtain several herbal compounds against their activities as HDAC2 inhibitors from the Indonesian herbal database, molecular dynamics simulations are then conducted to understand the interaction of compounds as inhibitors of the enzyme. The results of virtual screening process managed to obtained ten compounds with the highest Pharmacophore fit score rating, and would selected five compounds with the best criteria for molecular dynamics simulations, which are Boesenbergin B, Pongachalcone I, 6,8-Diprenylgenistein, Marmin, Mangostin, and active crytal ligand N-(2-aminophenyl)benzamide as a positive control, with respectively ΔG values obtained -8.28; -9.15; -7.05; -9.07; -7.15 and -10.27 as the ΔG value of active crystal ligand. From moleculer dynamics simulation of the activity of HDAC2 inhibitors are known to interact in two important amino acid residue that is His145C, Tyr308C, Zn379C, Leu276C, Phe155C, Phe210C, Leu144C, Met35C."
Depok: Fakultas Farmasi Universitas Indonesia, 2016
S66314
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Muhamad Fikri Ihsan
"Kanker merupakan penyebab kematian utama di seluruh dunia. Salah satu faktor terjadinya kanker adalah modifikasi epigenetik yang abnormal (hipermetilasi). Hipermetilasi yang terjadi pada gen diyakini bahwa yang berperan besar dalam proses karsinogenesis adalah enzim DNA metiltransferase (DNMT). Penelitian-penelitian yang dilakukan saat ini untuk menemukan senyawa inhibitor DNMT dari bahan alam. Salah satu metode yang mendukung untuk analisis ini adalah metode in silico. Dalam penelitian ini, diteliti beberapa senyawa pilihan dari basis data herbal Indonesia hasil penapisan virtual terhadap aktivitasnya sebagai inhibitor DNMT. Hasil penambatan molekuler senyawa Cassiamin C, Procyanidin B2, Ent-epicatechin-4alpha-8-ent-epicatechin, Epicatechin-4beta-8-epicatechin-3-O-gallate, Neorhusflavanone, 3-O-galloylepigallocatechin-4beta-6-epicatechin-3-O-gallate, Withanolide, 3-O-galloylepigallocatechin-4beta-6-epigallocatechin-3-O-gallate, Cyanidin-3-6''-caffeylsophoroside-5-glucoside, Epifriedelinol, Gallo-catechin-4alpha-8-epicatechin, Scutellarein-7-glucosyl-1-4-rhamnoside, Epigallo-catechin-3-gallate (EGCG) (kontrol positif), dan sinefungin (kokristal) didapatkan nilai ΔG secara berturut-turut, -9.34, -10.95, -7.95, -11.01, -8.78, -8.87, -11.49, -7.98, -5.92, -8.92, -9.17, -8.76, -9.70, dan -9.11 kkal/mol. Senyawa cassiamin C, procyanidin B2, epicatechin-4beta-8-epicatechin-3-O-gallate, withanolide, dan gallocatechin-4alpha-8-epicatechin memiliki ΔG lebih rendah dari senyawa sinefungin (kokristal) dan EGCG (kontrol positif). Sehingga, tahap selanjutnya akan dilakukan simulasi dinamika molekuler terhadap tujuh ligan tersebut. Hasil simulasi dinamika molekuler menunjukkan aktivitas terbaik secara keseluruhan yaitu pada senyawa procyanidin B2, epicatechin-4beta-8-epicatechin-3-O-gallate, dan gallocatechin-4alpha-8-epicatechin. Residu asam amino yang penting bagi aktivitas inhibitor DNMT1 adalah Phe1145, Glu1168, Met1169, Cys1191, Glu1266, Ala1579, dan Val1580.

Cancer is the leading cause of death worldwide. Factors of cancer is an abnormal epigenetic modifications (hypermethylation). Hypermethylation that occur in genes believed that played a major role in process of carcinogenesis is DNA methyltransferase (DNMT) enzyme. Recent studies is conducted to find DNMT inhibitor compounds from natural materials. Method that support for this analysis is in silico studies. In this study, several selected compounds from herbal database Indonesia results of virtual screening will be studying for the activity as an inhibitor DNMT. Results molecular docking of Cassiamin C, Procyanidin B2, Epicatechin-4alphaent-8-ent-epicatechin, Epicatechin-4beta-8-epicatechin-3-O-gallate, Neorhusflavanone, 3-O-galloylepigallocatechin-4beta-6-epicatechin-3-O-gallate, Withanolide, 3-O-galloylepigallocatechin-4beta-6-epigallocatechin-3-O-gallate, Cyanidin-3-6''-caffeylsophoroside-5-glucoside, Epifriedelinol, Gallocatechin-4alpha-8-epicatechin, Scutellarein-7-glucosyl-1-4-rhamnoside, Epigallocatechin-3-gallate (EGCG) (positive control), and Sinefungin (co-crystal) compounds, ΔG values obtained -9.34, -10.95, -7.95, -11.01, -8.78, -8.87, -11.49, -7.98, -5.92, -8.92, -9.17, -8.76, -9.70, and -9.11 kcal/mol, respectively. Cassiamin C, Procyanidin B2, Epicatechin-4beta-8-epicatechin-3-O-gallate, Withanolide, and Gallocatechin-4alpha-8-epicatechin compounds had lower ΔG than Sinefungin (co-crystal) and EGCG (positive control) compounds. Therefore, molecular dynamic simulation of seven selected compounds will be performed. The results of molecular dynamic simulation shows the best overall activity is Procyanidin B2, Epicatechin-4beta-8-epicatechin-3-O-gallate, and Gallocatechin-4alpha-8-epi-catechin compounds. Amino acid residues which are important for the activity of DNMT1 inhibitor is Phe1145, Glu1168, Met1169, Cys1191, Glu1266, Ala1579, and Val1580."
Depok: Fakultas Farmasi Universitas Indonesia, 2017
S66313
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Cenmidtal Cuaca Mulyanto
"Sebagai upaya dalam memahami netralisasi virus H5N1 oleh antibodi manusia, simulasi dinamika molekuler dua kompleks antibodi-antigen dilakukan. Tiga struktur molekul yang membentuk dua kompleks tersbeut dibentuk termasuk antigen hemagglutinin Vietnam 2IBX, hemagglutinin Indonesia CDC, dan fragmen variabel dari antibodi 8H5 atau 8H5Fv.
Dalam penelitian ini komplesks 8H5Fv-2IBX dan 8H5Fv-CDC diproduksi melalui pemodelan struktur molekul, homology modeling, dan molecular docking. Dua kompleks tersebut lalu melewati simulasi dinamika molekuler selama 2 nanosekon untuk menginvestigasi kestabilan struktur kompleks dan aktivitas netralisasi yang dapat diamati dengan berfokus pada epitope netralisasi masing ? masing hemagglutinin yang didapatkan hasil molecular docking.
Didapatkan bahwa sifat dinamis atom ? atom pembentuk molekul tidak menihilkan aktivitas netralisasi. Dengan mengamati epitope netralisasi masing ? masing hemagglutinin juga didapatkan bahwa aktivitas netralisasi lebih efektif pada hemagglutinin 2IBX (Vietnam) dibandingkan dengan hemagglutinin Indonesia (CDC) berdasarkan kalkulasi solvent accessible surface (SAS), energi, root mean square displacement (RMSD), dan analisis okupansi ikatan hidrogen.

In an effort to study the H5N1 virus neutralisation by a human antibody, molecular dynamics simulations on two antibody-antigen complexes were conducted. Three molecular structures were formed in this study including the Vietnamese hemagglutinin 2IBX, the Indonesian hemagglutinin CDC, and a variable fragment of the 8H5 antibody or 8H5Fv.
In this study the complexes 8H5Fv-2IBX and 8H5Fv-CDC, that were produced by molecular modeling, homology modeling and molecular docking, was subjected to a 2 nanosecond molecular dynamics simulation each to investigate the stability of such complexes and the maintenance of the neutralising activity that was observed by focusing on the neutralising epitopes that were predicted by molecular docking.
It is was found that the dynamic nature of the molecules in study did not negate the steric hindrance occuring from the antibody variable fragment 8H5Fv with the hemagglutinins, therefore suggesting that the 8H5 antibody should be able to neutralise these two hemagglutinins. By solvent accessible surface (SAS) calculations, energy analysis, root mean square displacement (RMSD) analysis, and also hydrogen bond occupance it was also found that the the 8H5Fv seem to be more effective against the 2IBX (Vietnamese) hemagglutinin than against the CDC (Indonesian) hemagglutinin.
"
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2010
S29375
UI - Skripsi Open  Universitas Indonesia Library
cover
Kinanti Khansa Chavarina Dwi Kartono
"Menurut International Agency for Research on Cancer IARC, penderita kanker paru telah mencapai 1,8 juta jiwa dan 85 berkontribusi pada kanker paru jenis karsinoma bukan sel kecil. Dalam beberapa tahun belakangan, penelitian terhadap terapi tertarget sedang dikembangkan karena terbukti memiliki hasil terapi yang lebih efektif dan kemungkinan efek samping yang lebih sedikit. Perkembangan penelitian terhadap biota fungi laut belum banyak dieksplorasi dalam pengobatan kanker paru bukan sel kecil. Pada penelitian ini dilakukan simulasi dinamika molekuler pada senyawa biota fungi laut hasil penapisan virtual terhadap makromolekul EGFR FU0015, FU0051, dan FU0202 dan VEGFR-2 FU0033 untuk melihat aktivitas inhibisi sebagai agen antiproliferatif dan antiangiogenesis menggunakan AutoDock dan AMBER dalam suhu 300K dan 310K yang dibandingkan dengan kontrol positif EGFR Gefitinib, Erlotinib, and Imatinib dan VEGFR-2 Nikotinamid dan Vatalanib. Hasil simulasi dinamika molekuler terhadap inhibitor EGFR pada suhu 310K menunjukkan energi bebas MMGBSA dan okupansi ikatan hidrogen tertinggi dimiliki oleh FU0051 -43,72 kkal/mol; 98,80 diikuti oleh FU0202 -31.64 kkal/mol; 49,35, dan FU0015 -15,55 kkal/mol; 3,35. Fungi FU0033 sebagai bahan uji inhibitor VEGFR-2 pada suhu 310K memiliki nilai energi bebas MMGBSA yang lebih besar dibandingkan kontrol positifnya dan okupansi ikatan hidrogen yang rendah 0,15. Data penelitian menunjukkan senyawa FU0051 dan FU0202 memiliki potensi untuk menjadi calon agen antiproliferasi sehingga layak diuji in vitro.

According to International Agency for Research on Cancer IARC, the number of lung cancer patients has reached 1,8 million lives and 85 of the number contribute to non small cell lung cancer. In the past years, research on targeted therapy has been developed due to its efficacy and a small number of side effects. Research on marine fungi compounds has not been explored to non small cell lung cancer therapy. This research uses molecular dynamic simulation method to marine fungi compounds that have been docked to EGFR FU0015, FU0051, FU0202 and VEGFR 2 FU0033 as antiproliferative and antiangiogenetic agent by inhibition activity using AutoDock and AMBER at 300K and 310K temperature using EGFR Gefitinib, Erlotinib, and Imatinib and VEGFR 2 Nicotinamide and Vatalanib as reference standards. Molecular dynamics results for EGFR inhibitors at 310K shows the best MMGBSA free energy and hydrogen occupancy in FU0051 43,72 kcal mol 98,80 followed by FU0202 31.64 kcal mol 49,35 , and FU0015 15,55 kcal mol 3,35. FU0033 fungi as a material for VEGFR 2 inhibitor shows higher MMGBSA free energy in compare to its reference standards and low hydrogen occupancy 0,15 at 310K. This research shows that FU0051 and FU0202 have potential to be an antiproliferative agent candidate, hence in vitro test should be obtained.
"
Depok: Fakultas Farmasi Universitas Indonesia, 2017
S69424
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Muhammad Aranza Triputra
"Hipertensi merupakan masalah kesehatan yang prevalensinya masih tinggi di Indonesia. Mayoritas pengidap hipertensi mengandalkan obat golongan penghambat ACE (angiotensin-converting enzyme) sebagai terapi obat hipertensi mereka. ACE dapat dihambat dengan cara mengikat ion Zn2 atau asam amino pada situs aktif ACE. Penelitian sebelumnya menunjukkan bahwa ekstrak biji melinjo memiliki aktivitas penghambatan ACE secara in vitro. Dalam penelitian ini, dilakukan penambatan molekuler pada beberapa senyawa dalam ekstrak biji melinjo terhadap makromolekul ACE guna menganalisis senyawa mana dari dalam ekstrak biji melinjo tersebut yang memiliki aktivitas penghambatan ACE.
Hasil penambatan molekuler dengan AutoDock4Zn menunjukkan bahwa resveratrol, gnetol, isorhapontigenin, gnetin c, trans-?-viniferin, gnemonol K, gnemonol M, dan aglikon gnemonosida B berpotensi memiliki aktivitas penghambat ACE. Beberapa ligan tersebut mampu berikatan dengan ion Zn2 melalui ikatan kation-phi. Selanjutnya, dilakukan simulasi dinamika molekuler pada ligan-ligan tersebut dalam rentang waktu 20 ns untuk menganalisis kestabilan ikatan ligan terhadap ion Zn2 dan ikatan ligan terhadap residu asam amino pada sisi aktif ACE. Berdasarkan hasil perhitungan nilai energi bebas ikatan dengan metode MM-GBSA dan MM-PBSA, gnetin C memiliki afinitas tertinggi terhadap ACE daripada ligan uji lain pada suhu 300 K, sedangkan pada suhu 310 K afinitas tertinggi dimiliki oleh gnemonol K.

Hypertension is a health problem, in which the prevalence remains high in Indonesia. The majority of hypertensive patients rely on ACE angiotensin converting enzyme inhibitors as their drug therapy of hypertension. ACE catalytic mechanism can be inhibited by ligands via the zinc ion or amino acids interactions in the active site of ACE. Recent study demonstrated that melinjo seed extracts have ACE inhibitory activity in vitro. In this study, we conducted molecular docking of several substances extracted from melinjo seeds to analyze which substances have ACE inhibitory activity.
Molecular docking results using AutoDock4Zn indicated that resveratrol, gnetol, isorhapontigenin, gnetin C, trans viniferin, gnemonol K, gnemonol M and aglycone of gnemonosida B potentially have ACE inhibitory activity. Some of these ligands are able to bind zinc ion via cation pi interactions. We also conducted molecular dynamics simulations involving these ligands within 20 ns to analyze the stability of the interactions between zinc ligand and ligand amino acids in the active site. According to the binding free energy calculations using MM GBSA and MM PBSA methods, gnetin C showed the highest affinity for ACE among other ligands at a temperature of 300 K, while at a temperature of 310 K the highest affinity belongs to gnemonol K.
"
Depok: Fakultas Farmasi Universitas Indonesia, 2017
S69044
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
<<   1 2 3 4 5 6 7 8 9 10   >>