Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Perkembangan mutasi virus yang sangat cepat menyebabkan beberapa obat antiviral sudah mulai mengalami proses resistensi terhadap virus tersebut. Oleh karena itu diperlukan untuk mencari pengobatan baru di dalam mengatasi infeksi virus tersebut. RNA-dependent RNA polymerase (RdRp), yang terdiri atas polymerase A, B1, dan B2, mempunyai peranan terhadap proses replikasi dan transkripsi pada virus. Interaksi yang terjadi antara polymerase A dan B1 merupakan daerah target obat potensial baru yang sedang mulai dikembangkan. Pemilihan peptida sebagai kandidat obat karena disebabkan oleh aktifitas dan selektifitas peptida yang cukup baik. Penentuan sequence asam amino peptida berdasarkan pada sifat permukaan dari interaksi antara polymerase A dan B1. Residu asam amino pada ligan peptida dirancang berdasarkan pada hasil analisis secara in vivo terhadap residu asam amino polymerase PB1 yang memiliki peranan terhadap interaksi ikatan pada PA. Residu asam amino tersebut merupakan penyusun dari 48 asam amino polymerase B1 pada posisi N-terminal. Sebanyak 12 asam amino awal pada polymerase B1 memberikan kontribusi terhadap interaksi pengikatan terhadap polymerase A. Residu asam amino tersebut digunakan sebagai penyusun ligan peptida. Pembentukkan siklisasi disulfida pada peptida bertujuan untuk meningkatakan kestabilan dari peptida tersebut. Hasil perancangan ligan peptida siklis didapatkan sebanyak 1728 ligan kandidat obat. Simulasi molecular docking dan dynamics dilakukan dengan menggunakan software MOE 2008.10. Analisis simulasi docking dilakukan terhadap energi bebas ikatan, ikatan hidrogen, kontak residu, dan analisis drug scan berdasarkan aturan Lipinski. Simulasi molecular dynamics dilakukan untuk melihat interaksi kompleks enzim di dalam keadaan terhidrasi. Selain itu melihat pengaruh konformasi kompleks enzim terhadap kehadiran molekul pelarut. Stabilitas konformasi enzim dapat dilihat dari hasil perhitungan perubahan nilai RMSD terhadap waktu simulasi. Berdasarkan pada hasil molecular docking dan dynamics, hanya terdapat dua ligan peptida siklis yang dapat berinteraksi dengan polymerase A dan B1 (PAC-PB1N). Ligan tersebut adalah ligan CKTTC dan CKKTC.

---

The influenza A virus is evolving fast, some drug resistance strains are emerging. Thus, it is critical to seek potential alternative treatments. The viral RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) in influenza A virus consisting of three subunits, PA, PB1, and PB2, has crucial roles in viral replication and transcription. The highly conserved PB1 binding site on PA can be considered as a potential target for the development of new anti-influenza drugs. Peptides are preferable for designing inhibitors because of its high activity and specificity.

In this work, the peptide ligands were designed based on the same characteristic with molecular surface of the crystal structure PAC and PB1N. Molecular surface of the crystal structure PAC-PB1N had the hydrophobic pockets. The N-terminal 48 amino acids of PB1, termed domain α, contain the residues required for binding PA. The first 12 amino acids of PB1 were found to constitute the core of the interaction interface. We made combination from the first 12 amino acids of PB1 to become peptide. We cyclized our peptide ligands by S-S disulfide bridge in order to increase its stability. 1728 cyclopentapeptide inhibitors have already designed in this study.

We used MOE 2008.10 software for the molecular docking and dynamics simulation. The docking method was performed to carry out enzyme-inhibitor binding interactions, free energy binding, estimated Ki values and five Lipinski rules. The molecular dynamics simulation was performed to know solvation effect into complex enzyme-ligand, and also to understand the interactions within the inhibitor and the enzyme's binding sites. RMSD was calculated to know the stabilty of complex enzyme. Conformational changes of enzymes which occur during molecular dynamics simulation showed the dynamicization of an enzyme in the presence of solvent and inhibitor. Based on the docking and dynamics simulation result, only two cyclopentapeptide, namely CKTTC and CKKTC, could be proposed as a potential inhibitor to the interaction polymerase A and B1 (PAC-PB1N) in A/2009(H1N1) virus."

"Resistansi terhadap oseltamivir yang baru-baru ini dialami oleh virus pandemik 2009 menjadi masalah utama sejak munculnya resisten pada virus tersebut. Mutasi H274Y pada framework neuraminidase menyebabkan oseltamivir resisten terhadap strain H1N1. Penelitian ini bertujuan memodifikasi oseltamivir sebagai penghambat neuraminidase dalam melawan virus influenza A subtipe H1N1. 1232 ligan oseltamivir modifikasi dirancang berdasarkan sifatsifat residu asam amino pada sisi katalitik neuraminidase. Molekul-molekul ligan dan oseltamivir dan zanamivir sebagai ligan standar didocking berdasarkan pada energi terendah sebagai energi pengikatan dan interaksi ikatan pada sisi katalitik. Interaksi tiga ligan terbaik dievaluasi pada keadaan terhidrasi menggunakan simulasi dinamika molekul pada dua temperatur. Hasil docking menunjukkan ligan AD3BF2D (N-[(1S,6R)-5-amino-5- {[(2R,3S,4S)-3,4-dihydroxy-4-(hydroxymethyl) tetrahydrofuran-2-yl]oxy}-4- formylcyclohex-3-en-1-yl]acetamide-3-(1-ethylpropoxy)-1-cyclohexene-1-carboxylate) memiliki energi pengikatan dan interaksi yang lebih baik dibandingkan ligan standar. Energi pengikatan yaitu -7,8885 kkal/mol dan memiliki 10 ikatan hidrogen sebagai interaksi terhadap sisi katalitik neuraminidase. Ligan AD3BF2D memiliki interaksi yaitu ikatan hidrogen dengan residu sisi katalitik sebagai afinitas ligan AD3BF2D terhadap neuraminidase pada simulasi dinamika molekul. Pada akhir simulasi temperatur 300 K terbentuk ikatan hidrogen dengan Glu278. Pada akhir simulasi temperatur 312 K terbentuk ikatan hidrogen dengan Glu278, Arg293, dan Arg293. Perbedaan konformasi enzim selama simulasi menunjukkan pengaruh adanya pelarut dan inhibitor. Hasil diatas menunjukkan bahwa ligan AD3BF2D dapat digunakan sebagai kandidat penghambat neuraminidase untuk melawan virus influenza A subtipe H1N1.

---

The emergence of oseltamivir resistance 2009 pandemic virus remains a major concern, since widespread oseltamivir resistance has been observed in seasonal H1N1 viruses recently. The H274Y neuraminidase mutation on the framework residue confers oseltamivir resistance on the currently circulating H1N1 strain. This research is focused on modification of oseltamivir functional groups as neuraminidase inhibitor to against influenza A virus subtype H1N1. 1232 oseltamivir modified ligands were designed base on properties of amino acid residues in catalytic site of neuraminidase. All molecules and oseltamivir as standard ligands were docked based on the lowest energy as the binding energy and the interaction binding to the catalytic site were analyzed. Three of the best ligands interaction were evaluated in the hydrate state using molecular dynamics simulations at two different temperatures. The docking result showed that AD3BF2D ligand (N-[(1S,6R)-5-amino-5-{[(2R,3S,4S)-3,4- dihydroxy-4-(hydroxymethyl) tetrahydrofuran-2-yl]oxy}-4-formylcyclohex-3-en-1- yl]acetamide-3-(1-ethylpropoxy)-1-cyclohexene-1-carboxylate) has better values than oseltamivir as standard. Binding energy is -7.8885 kcal/mol and able to form 10 hydrogen bonds to the catalytic site of neuraminidase. AD3BF2D has interaction to form hydrogen bond with residue in catalytic site as the affinity of AD3BF2D ligand to the neuraminidase in molecular dynamics simulation. At the end simulation temperature of 300 K hydrogen bond was formed with Glu278 and at the end simulation temperature of 312 K three hydrogen bonds were formed with Glu278, Arg293 and Arg293. Different conformation of enzymes which occur during simulation showed the dynamic behaviour of the presence of solvent and inhibitor. The results show that AD3BF2D ligand can be used as the candidate of neuraminidase inhibitor to against influenza A inhibitor virus subtype H1N1."

"Kanker adalah penyebab jumlah kematian tertinggi nomor dua di dunia. Kanker disebabkan oleh ketidakseimbangan antara pembelahan sel abnormal yang tumbuh secara invasif daripada proses kematian sel. Oleh karena itu, pada penelitian ini memanfaatkan proses kematian sel secara "terprogram" atau Programmed Cell Death (PCD) untuk menghambat bahkan menghentikan pertumbuhan sel kanker. Sejak tahun 2012, ferroptosis diresmikan sebagai salah satu jenis terbaru PCD yang bergantung oleh jumlah akumulasi zat besi dengan menghilangkan aktivitas phospholipid hydroperoxidase glutathione peroxidase 4 (GPX4). Keberhasilan peptida siklis sebagai obat memiliki afinitas dan selektivitas yang tinggi terhadap target protein sasaran serta memiliki toksisitas yang rendah sangat diminati selama 10 tahun terakhir ini. Maka dari itu, tujuan utama daripada penelitian ini adalah untuk menemukan inovasi terbaru senyawa peptida siklis sebagai potensi inhibitor GPX4 dalam siklus ferroptosis sebagai kandidat obat terapi antikanker. Beberapa metode komputasi yang digunakan adalah molecular docking simulation dan uji farmakologi serta toksisitas secara in silico. Tiga dari senyawa terbaik yang dihasilkan dari simulasi molecular docking, yaitu Appratoxin G, Lugdunin, dan Crocagin A yang terpilih berdasarkan interaksi yang paling baik, nilai ΔGbinding lebih kecil dari standar ML-162, dan RMSD lebih kecil dari 2,0 Å. Selanjutnya, ketiga ligan potensial inhibitor GPX4 tersebut kemudian diuji kelayakan sebagai obat berdasarkan uji farmakologi, prediksi toksisitas, dan mutagenetik agar diperoleh kandidat obat terapi kanker yang paling baik.

---

Cancer is the second leading cause of death in the world. Cancer is caused by an imbalance between abnormal cell division that grows invasively rather than the process of cell death. Therefore, in this study utilizing the "programmed" process of cell death or Programmed Cell Death (PCD) to inhibit or even stop the growth of cancer cells. Since 2012, ferroptosis has been inaugurated as one of the newest types of PCD that depends on the amount of iron accumulation by eliminating the activity of phospholipid hydroperoxides glutathione peroxidase 4 (GPX4). The success of cyclic peptides as a drug has a high affinity and selectivity towards the target protein target and has low toxicity has been very popular over the past 10 years. Therefore, the main objective of this research is to find the latest innovation of cyclic peptide compounds as a potential GPX4 inhibitor in the ferroptosis cycle as a candidate for anticancer therapy drugs. Some computational methods used are molecular docking simulation and pharmacological tests and toxicity in silico. Three of the best compounds produced from molecular docking simulations, namely Appratoxin G, Lugdunin, and Crocagin A were selected based on the best interactions, ΔGbinding values were smaller than the ML-162 standard, and RMSD was smaller than 2.0 Å. Furthermore, the three potential ligand inhibitors of GPX4 were then tested for eligibility as drugs based on pharmacological tests, predictions of toxicity, and mutagenesis to obtain the best candidate for cancer therapy drugs."

"Penyakit demam berdarah dengue merupakan penyakit yang telah menjadi endemik di lebih dari 100 negara, dengan lebih dari 2,5 miliar orang dalam kondisi beresiko untuk terjangkit penyakit ini secara epidemik. Hingga saat ini belum tersedia vaksin atau pengobatan yang efektif. Pada penelitian ini dilakukan studi in silico untuk merancang ligan peptida siklis disulfida yang dapat berperan sebagai inhibitor potensial untuk enzim NS3-NS2B protease virus dengue sehingga diharapkan dapat menghambat replikasi virus tersebut dalam tubuh. Struktur tiga dimensi enzim diperoleh dari Protein Data Bank dengan kode PDB 2FOM. Analisis terhadap binding site dan sekuens asam amino substrat pada sisi pemotongan enzim menghasilkan 49 buah rancangan ligan siklopentapeptida yang disiklisasi melalui ikatan disulfida sistein lalu dimodelkan ke dalam bentuk tiga dimensi. Optimasi geometri dan minimasi energi dilakukan untuk menghilangkan bad contact. Analisis kekuatan afinitas ligan terhadap enzim melalui hasil molecular docking didapatkan 2 ligan peptida siklis yang memiliki ΔGbinding rendah dan lebih baik daripada ligan standar Bz-Nle-K-R-R-H dan ligan pembanding KRK dengan hasil terbaik adalah ligan RKR dengan ΔGbinding -22, 6955 kkal/mol. Analisis drug scan memberikan hasil yang terbaik untuk ligan RKR, dimana berdasarkan aturan Lipinsky, ligan RKR masuk kriteria sebagai obat yakni memiliki nilai LogP -8,05 < 5, donor H 4 < 5 dan acceptor H 2 < 10. Molecular dynamic dilakukan untuk melihat perubahan dari pergerakan konformasi kompleks enzim-ligan. Didapatkan per satuan waktu (0, 25, 50, 75, 100 piko detik) yang menunjukkan adanya perubahan pergerakan, namun tidak memperlihatkan perpindahan ligan dari sisi aktif enzim."

"Adenilat siklase 10 merupakan suatu enzim yang berlokasi di sitosol yang berperan dalamkatalisis konversi ATP menjadi cyclic adenosine monophosphate (cAMP). Sebagai suatusecond messenger, cAMP berperan dalam pengaturan berbagai fungsi sel terutamaproliferasi dan apoptosis, termasuk pada sel kanker dalam kondisi patofisiologis. Enzimini diketahui memperparah kondisi kanker dengan meningkatkan proliferasi danmenghambat apoptosis. Hal ini menjadikan inhibisi adenilat siklase 10 menjadi salah satutarget yang dapat dimanfaatkan untuk menjadi agen terapi antikanker. Studi penelitianmenunjukkan bahwa senyawa flavonoid diketahui memiliki aktivitas pada penekananproliferasi dan induksi apoptosis. Oleh karena itu, dilakukan analisis in silico untukmendapatkan senyawa kandidat inhibitor adenilat siklase 10 dengan afinitas terbaik.Penambatan molekuler dilakukan menggunakan AutoDock 4, selanjutnya dilakukanvisualisasi interaksi hasil penambatan menggunakan LigPlot dan PyMOL. Parameteroptimisasi yang diperoleh untuk penambatan molekuler adenilat siklase 10 adalahmenggunakan grid box 40x40x40 unit dengan energi evaluasi 2.500.000 (medium).Berdasarkan hasil penambatan, flavonoid amentoflavone merupakan kelompok senyawaterbaik dengan afinitas ikatan tertinggi, yang mana tujuh dari delapan senyawanyamemiliki energi ikatan pada rentang -10,00 kkal/mol hingga -11,50 kkal/mol. Selain itu,sepuluh senyawa flavonoid yang direkomendasikan adalah yang memiliki energi ikatanpada rentang -10,00 kkal/mol hingga -11,50 kkal/mol. Dapat disimpulkan bahwasenyawa-senyawa tersebut adalah senyawa potensial yang dapat dijadikan kandidat obatinhibitor adenilat siklase 10.

---

Adenylyl cyclase 10 is an enzyme located in cytosol that plays a role in catalysis of ATP

to cyclic adenosine monophosphate (cAMP). As a secondary messenger, cAMP

physiologically regulates various cell functions especially proliferation and apoptosis,

including cancer cells in pathophysiological condition. This enzyme is known to worsen

the condition of cancer by increasing the proliferation and inhibiting the apoptosis. Hence,

the inhibition of adenylyl cyclase 10 is one of the targets that can be used to become an

anticancer therapy agent. Research studies show that flavonoid compounds are known to

have an activity on suppression of proliferation and induction of apoptosis. Therefore, an

in silico analysis needs to be done to obtain the candidate compound of adenylyl cyclase

10 inhibitor with the best affinity. Molecular docking was done by using AutoDock 4,

then the interactions of docking results is visualized by using LigPlot and PyMOL.

Optimization parameter obtained for molecular docking of adenylyl cyclase 10 was using

40x40x40 unit grid box with 2.500.000 energy evaluation (medium). Based on the

screening results, amentoflavone is the best group of compounds with the highest affinity

bond, which is seven of its eight compunds had the binding energy in the range of -10,00

kcal/mol to -11,50 kcal/mol. Other than that, the most ten recommended flavonoid

compounds are those with the lowest binding energy in the range of -10,00 kcal/mol to -

11,50 kcal/mol. These compounds are the potential compounds that can be used as

adenylyl cyclase 10 inhibitor drug candidates."

"Demam berdarah, penyakit yang disebabkan oleh infeksi virus dengue, telah menjadi masalah kesehatan yang utama di negara tropis dan subtropis Hingga saat ini belum tersedia vaksin atau pengobatan yang efektif. Pada penelitian ini dilakukan studi in silico untuk merancang ligan peptida siklis yang dapat berperan sebagai innibitor potensial untuk enzim NS3-NS2B protease virus dengue sehingga diharapkan dapat menghambat replikasi virus tersebut dalam tubuh. Struktur tiga dimensi enzim diperoleh dari Protein Data Bank. Analisis terhadap binding site dan sekuens asam amino substrat pada sisi pemotongan enzim menghasilkan tujun buah rancangan ligan siklopentapeptida yang disiklisasi melalui ikatan disulficia sistein Ialu dimodelkan ke dalam bentuk tiga dimensi. Optimasi geometri dan minimasi energi dilakukan untuk menghilangkan bad contact. Analisis kekuatan afinitas ligan terhadap enzim melalui moleoular docking menunjukkan banwa ketujun ligan tersebut memiliki afinitas dan potensi innibisi yang Iebih baik dari ligan standar Bz-Nle-K-R-R-H. Hasil terbaik ditunjukkan oleh ligan KRK dengan energi ikatan -8,39 kkal/mol dan Ki 0,707 uM. Analisis interaksi kompleks enzim-ligan menunjukkan banwa terdapat 16 Contact residu dan sembilan residu asam amino enzim yang membentuk ikatan nidrogen dengan ligan serta terjadi kesesuaian konformasi ligan terhadap binding site enzim."

"Penyakit yang disebabkan oleh infeksi virus dengue telah menjadi masalah kesehatan utama di dunia. Pengobatan baru bersifat antiviral yang menghambat aktivitas enzim yang berperan dalam replikasi di dalam tubuh sangat dibutuhkan saat ini. NS5 metiltransferase merupakan salah satu protein non struktural virus dengue yang diketahui dapat menjadi target inhibitor antiviral. Penelitian ini bertujuan menapis peptida siklis komersial yang dapat digunakan sebagai inhibitor NS5 metiltransferase virus dengue melalui molecular docking dan simulasi molecular dynamics. Screening dilakukan melalui metode molecular docking berdasarkan nilai ΔGbinding. Stabilitas kompleks enzim-ligan dianalisis dengan simulasi molecular dynamics. Screening 300 peptida siklis komersial didapatkan ligan terbaik untuk masing-masing sisi ikatan SAM dan RNA-cap NS5 metiltransferase yaitu [Tyr123] Prepro Endothelin (110-130),amide,human dan Urotensin II, human berdasarkan nilai ΔGbinding, molecular weight (MW) dan uji ADME-Tox. Hasil simulasi molecular dynamics menunjukan bahwa kedua ligan dapat mempertahankan interaksi dengan residu sisi aktif target. Ligan [Tyr123] Prepro Endothelin (110-130),amide,human dapat mempertahankan kestabilan konformasi kompleks enzim-ligan pada 310 K dan 312 K. Sedangkan ligan Urotensin II, human lebih reaktif pada 312 K dibandingkan pada 310 K. Oleh karena itu, kedua ligan dapat dijadikan kandidat inhibitor potensial untuk NS5 metiltransferase virus dengue.

---

Disease caused by dengue virus infection has become a major health problem in the world. New treatment is antiviral which inhibits the activity of enzymes that play a role in replication in the body is needed at this time. NS5 methyltransferase was one of dengue virus non-structural proteins which were known to be a target of antiviral inhibitors. This research aims to screen commercial cyclic peptides that was used as inhibitors of dengue virus NS5 methyltransferase by molecular docking and molecular dynamics simulation.

Screening was done through molecular docking method based on the value of ΔGbinding. Stability of complex enzyme-ligand were analyzed by molecular dynamics simulation. Screening of 300 commercial cyclic peptide obtained best ligand for SAM and RNA-cap binding site of NS5 methyltransferase recpectively based on ΔGbinding value, molecular weight (MW) and ADME-Tox test.

Result of molecular dynamics simulation show that both of the ligand can maintain interaction with the active site residues of target. Ligand [Tyr123] Prepro Endothelin (110- 130),amide,human can maintain stable conformation of complex enzyme-ligand at 310 K and 312 K. Meanwhile, ligand Urotensin II,human more reactive at 312 K than at 310 K. Therefore, both ligands can be used as a potential inhibitor candidates for NS5 methyltransferase of dengue virus."

"ABSTRAKHighly Pathogenic Avian Influenza H5N1 telah menarik banyak perhatian sebagaivirus yang memiliki potensi pandemik pada manusia sejak pertama kalidibuktikan sebagai penyebab kematian manusia. Neuraminidase memiliki perananyang penting dalam replikasi virus, sehingga menjadikannya sebagai target utamadalam perancangan antiviral virus influenza. Namun perkembangan mutasi virusyang sangat cepat menyebabkan beberapa obat antiviral mulai mengalamiresistensi. Pemilihan peptida sebagai kandidat obat karena peptida memilikiaktivitas dan selektivitas yang baik. Jembatan disulfida pada perancangan liganpeptida bertujuan untuk meningkatkan kestabilan. Perancangan ligan dilakukanberdasarkan polaritas residu asam amino pada sisi aktif neuraminidase. Hasilperancangan ligan diperoleh 4200 pentapeptida siklis sebagai kandidat antiviral.Simulasi molecular docking menggunakan MOE 2008.10 dilakukan untukmenapis ligan berdasarkan nilai afinitas pada sisi aktif enzim (􀇻Gbinding). UjiADME Tox (adsorpsi, distribusi, metabolisme, ekskresi dan toksisitas) dilakukanuntuk mengetahui toksisitas ligan. Interaksi intra dan intermolekuler, termasukperubahan bentuk ikatan diuji melalui simulasi dinamika molekul pada temperatur310K dan 312K. Hasil simulasi molecular docking dan uji toksisitas menunjukkanbahwa ligan CLDRC, CILRC dan CIWRC 􀁐􀁈􀁐􀁌􀁏􀁌􀁎􀁌􀀃􀁑􀁌􀁏􀁄􀁌􀀃􀇻􀀪binding terendah, yaitu-40,5854 kkal/mol, -40,3614 kkal/mol dan -39,9721 kkal/mol serta tidak bersifatmutagenik dan karsinogenik. Hasil simulasi dinamika molekul menunjukkanbahwa ligan CILRC mempunyai konformasi yang cenderung stabil padatemperatur 310K dan 312K. Jadi dapat disimpulkan bahwa ligan CILRC dapatdigunakan sebagai kandidat antiviral neuraminidase virus H5N1.

---

ABSTRACTHighly Pathogenic Avian Influenza H5N1 has attracted much attention as apotential pandemic virus in humans since it was first shown to cause human death.Neuraminidase has an important role in viral replication, making it a key target inthe design of antiviral influenza virus. But very rapid mutation viral developmentscauses some antiviral drugs began to experience resistance. Selection of peptidesas drug candidates because peptides have activity and good selectivity. Disulfidebridges in the peptide ligand design aims to enhance system stabilitu. The designis based on the polarity of the ligand amino acid residues in the active site ofneuraminidase. The results obtained designing ligands cyclical pentapeptide 4200as a candidate antiviral. Molecular docking simulations performed using MOE2008.10 to filter based on the value of the affinity ligand in the active site of􀁈􀁑􀁝􀁜􀁐􀁈􀁖􀀃􀀋􀇻􀀪binding). To determine the toxicity of the ligands tested in ADMETox(adsorption, distribution, metabolism, excretion and toxicity). Intra andintermolecular interactions, including changes in the form of bonds tested bymolecular dynamics simulations at temperatures of 310K and 312K. Results ofmolecular docking simulation and toxicity indicates that the ligand CLDRC,􀀦􀀬􀀯􀀵􀀦􀀃􀁄􀁑􀁇􀀃􀇻􀀪binding CIWRC have lowest value, which is -40.5854 kcal / mol, -40.3614 kcal / mol and -39.9721 kcal / mol, also non-mutagenic and carcinogenic.The results of molecular dynamics simulations have shown that ligandconformation CILRC stable at temperatures 310K and 312K. So it can beconcluded that the ligands can be used as a candidate CILRC antiviralneuraminidase H5N1 virus."

"SARS-CoV-2 merupakan penyebab COVID-19 yang melanda dunia sejak akhir 2019. Virus ini telah menyebar secara luas di dunia akibat infektifitasnya yang tinggi. Salah satu penyebab tingginya infektifitas virus ini adalah spike glycoprotein. Spike glycoprotein merupakan salah satu protein yang terdapat pada SARS-CoV-2. Spike glycoprotein berperan secara langsung alam mekanisme infeksi dengan cara membentuk ikatan dengan reseptor ACE-2 pada sel inang. Inhibisi spike glycoprotein dapat menjadi salah satu cara pengobatan COVID-19. Dalam penelitian ini, antivirus yang sudah dipasarkan sebagai basis data akan di-repurpose menjadi antivirus SARS-CoV-2, kemudian dilakukan modifikasi terhadap senyawa yang terpilih menjadi senyawa organoselen. Penelitian dilakukan dengan cara in silico. Untuk simulasi molecular docking, digunakan software MOE2014.09 untuk mendapatkan informasi tentang interaksi antara spike glycoprotein dengan ligan, baik antivirus maupun antivirus hasil modifikasi. Melalui analisa nilai energi pengikatan dan uji farmakologi, diperoleh 3 ligan terbaik dari antivirus (Ombitasvir, Elbasvir, dan Ledipasvir) serta antivirus modifikasi (ModL1, ModL2, dan ModL6).

---

SARS-CoV-2 is the cause of COVID-19 that has hit the world since the end of 2019. This virus has spread widely in the world due to its high infection. One of the causes of the high infectivity of this virus is the spike glycoprotein. The spike glycoprotein is a protein found in SARS-CoV-2. The glycoprotein spike directly plays a role in the infection mechanism by forming a bond with the ACE-2 receptor on the host cell. Inhibition of spike glycoprotein can be one way of treating COVID-19. In this study, the antivirals that have been marketed as databases will be repurposed into SARS-CoV-2 antivirals, then the selected compounds will be modified into organoselenium compounds. The research was conducted through in silico. The molecular docking simulation was conducted by using MOE2014.09 to retrieve information about the interaction between the protein-ligand from unmodified antivirus as well as modified antivirus. Through the binding energy value and pharmacological tests, the three best ligands are obtained from the unmodified antivirus (Ombitasvir, Elbasvir, and Ledipasvir) and the modified antivirus (ModL1, ModL2, and ModL6)."

"Pada penelitian terdahulu telah diusulkan dua buah ligan polipeptida siklik disulfida-CDEEC dan CDGSC-sebagai inhibitor potensial untuk enzim RNA-dependent RNA-polymerase virus dengue melalui molecular docking. Simulasi molecular docking dilakukan dengan keadaan tanpa pelarut dimana enzim dibuat rigid dan ligan dibiarkan bebas berotasi untuk mencari konformasi terbaik. Pada kenyataan dalam sistem seluler terdapat pelarut yang membuat enzim memiliki pergerakan dinamis. Oleh karena itu dalam penelitian ini dilakukan simulasi dinamika molekul untuk memperkirakan sistem kompleks enzim-ligan yang lebih nyata. Simulasi dinamika molekul dijalankan pada selama 5ns pada suhu 300 dan 312 K. Pada akhir simulasi 300 K CDEEC membentuk ikatan dengan dua residu penting pada RdRp yaitu Arg-729 dan Arg-737 sedangkan CDGSC tidak berikatan dengan residu penting manapun. CDEEC juga memberikan hasil yang lebih baik dibanding CDGSC pada simulasi 312 K. CDEEC membentuk ikatan dengan dua residu penting yaitu Arg-737 dan Ser-710 sementara CDGSC tidak berikatan dengan satupun residu penting. Berdasarkan hasil tersebut CDEEC merupakan inhibitor yang lebih baik dan layak untuk dikembangkan sebagai obat anti dengue.

---

Previous researches have proposed two ligands of disulfide cyclic polypeptide which are CDEEC and CDGSC as potential inhibitor of RNA-dependent RNA-polymerase dengue virus by molecular docking. Molecular docking simulation is done without a solvent in which enzyme is made rigid and ligand was left free to rotate to find teh best conformation. In fact in a cellular system there is a solvent that makes the enzyme has a dynamic movement. Therefore in this paper molecular dynamics simulation is done to estimate more reliable condition of enzyme-ligand complex. In this work molecular dynamics simulation is done during 5 ns with two different temperature, 300 and 312 K. At the end of MD simulation at 300 K, CDEEC binds to two RdRp important residues, Arg-729 and Arg-737 while CDGSC doesn’t bind to any important residues. Simulation at 312 K also revealed nearly the same result, CDEEC binds to two RdRP important residues, Arg-737 and Ser-710, whereas CDGSC doesn’t bind to any important residues. Based on the result of these two simulation, CDEEC is proposed as a better inhibitor of RdRp dengue virus and feasible to be developed as anti-dengue drug."