Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Kanker serviks adalah penyakit atau ketidaknormalan epigenetik yang disebabkan oleh Human papillomavirus (HPV). Ketidaknormalan epigenetik yang dimaksudkan dan berkaitan dengan penyakit ini adalah ketidaknormalan histon deasetilase (HDAC). Kemoterapi merupakan tindakan pengobatan yang bertujuan untuk memperpanjang umur dan memperbaiki kualitas hidup. Inhibitor HDAC merupakan agen terapi yang paling menjanjikan. Oleh karena itu, pengembangan HDAC menjadi area penelitian yang menarik. Pada penelitian ini, SAHA dimodifikasi dengan menggunakan senyawa berbasis organotitanium. Pada penelitian ini, sebanyak ± 1900 senyawa (ligan) telah dirancang dan ditapis melalui simulasi molecular docking. Ligan yang memiliki nilai ΔGbinding terendah dari molecular docking, dianalisis karakter farmakologinya dengan menggunakan beberapa perangkat lunak (software). Beberapa proses tapisan tersebut menghasilkan satu ligan terbaik, yaitu Ti2vm5-4s1r5. Ligan terbaik tersebut kemudian dianalisis melalui simulasi dinamika molekul untuk melihat kestabilannya membentuk kompleks dengan enzim. Kurva RMSD dari simulasi dinamika molekul, menunjukkan bahwa Ti2vm5-4s1r5 stabil dalam kompleks enzim. Berdasarkan hasil tersebut, maka Ti2vm5-4s1r5 dapat menjadi inhibitor HDAC kelas II Homo sapiens yang potensial.

---

Cervical cancer is an epigenetic disease or abnormality caused by Human papillomavirus (HPV). Abnormal expression of histone deacetylases (HDACs) has been linked with it. To date, chemotherapy is a palliative treatment aimed at prolonging survival and improving quality of life. HDAC inhibitor is the most promising chemotherapy agent. Therefore, the development of HDAC inhibitors has become an interesting research area. In this research, SAHA was modified by utilizing organotitanium-based compounds. Approximately 1900 compounds has been designed and all of them were screened according to ΔGbinding result from molecular docking simulation. The pharmacological characters of potential ligands with the lowest ΔGbinding were then analyzed using several softwares. This multistep screening process generated one best ligand, Ti2vm5-4s1r5, which was further studied by means of molecular dynamics simulation. The analyses of molecular dynamics simulation revealed that Ti2vm5-4s1r5 stable in complex with each enzyme. So, Ti2vm5-4s1r5 can be potent inhibitor of histone deacetylase class II Homo sapiens."

"Kanker serviks merupakan penyebab kematian kedua terbanyak pada wanita diseluruh dunia. Kanker serviks umumnya disebabkan oleh human pappilomavirus (HPV) onkogenik. Inhibisi aktivitas enzim histone deacetylase (HDAC) merupakan salah satu strategi potensial untuk terapi kanker. Largazol dilaporkan memiliki aktivitas inhibisi lebih besar dibandingkan romidepsin, senyawa peptida siklik dalam obat komersil, Istodax. Pada penelitian ini dilakukan modifikasi largazol pada bagian penghubung, zinc binding group dan hydrophobic cap bertujuan untuk meningkatkan selektivitas dan kemampuan inhibisi. Penambatan molekul terhadap 3429 ligan modifikasi dan standar dilakukan sebagai penapisan virtual dengan hasil 10 ligan terbaik dengan nilai ΔGbinding terendah untuk semua tipe HDAC kelas I Homo sapiens dibandingkan standar. Simulasi dinamika dilakukan pada ligan terbaik dengan nilai ΔGbinding terendah dan drug scan terhadap prediksi sifat farmakologi dan toksisitas terbaik, yaitu ligan Be2L1. Simulasi dinamika dilakukan dalam kondisi dipengaruhi oleh pelarut. Penambatan molekul dan simulasi dinamika dilakukan dengan menggunakan MOE 2008.10. Studi simulasi dinamika menunjukkan bahwa kompleks enzim-ligan ini stabil pada suhu 310 K dengan urutan kestabilan dari yang terbaik berturut-turut adalah HDAC 1, 2, 8 dan 3.

---

Cervical cancer is the second largest cause of death in women worldwide. Cervical cancer is generally caused by oncogenic human pappilomavirus (HPV). Inhibition of histone deacetylase (HDAC) activity is one of a potential strategy for cervical cancer therapy. Largazole reported to have greater inhibition activity than rhomidepsin, cyclic peptide compounds in commercial drugs named Istodax. In this research, the modifications of largazole on the linker, zinc binding group and hydrophobic cap aim to improve the selectivity and inhibition activity. The docking of 3429 modification ligands and standards performed as virtual screening and the results are 10 best ligands with the lowest ΔGbinding values for all types of HDAC class I Homo sapiens than standards. Molecular dynamics simulation was performed on the ligand with the lowest ΔGbinding value and the best drug scan results of pharmacological properties and toxicity prediction is Be2L1 ligand. Dynamics simulation conducted in hydrated conditions. Molecular docking and dynamics simulation were performed using MOE 2008.10. Dynamics simulation study showed that enzyme-ligand co."

"Kanker leher rahim atau kanker serviks telah menjadi salah satu penyebab kematian dengan angka yang cukup tinggi tiap tahunnya di Indonesia. Oleh karena itu, penemuan akan obat anti kanker serviks yang lebih baik sangat dibutuhkan saat ini, dimana senyawa bahan alam yang berasal dari biota Indonesia diharapkan dapat menjadi salah satunya. Hal ini bertujuan untuk meningkatkan pemanfaatan sumber daya alam yang terdapat di Indonesia. Salah satu cara pengobatan kanker serviks adalah dengan menganalisis cara kerja Human Papilloma Virus (HPV), virus penyebab kanker serviks, terhadap manusia. Ternyata protein yang berasal dari HPV dapat menginduksi proses deasetilasi oleh Histone Deacetylase (HDAC) kelas II Homo sapiens, dimana deasetilasi dapat mengganggu transkripsi gen, sehingga dibutuhkan inhibitor HDAC untuk menghambat proses ini. Interaksi antara HDAC dengan inhibitor HDAC dianalisis dengan metode komputasi, lalu dilakukan penapisan berdasarkan beberapa parameter, sehingga didapatkan senyawa bahan alam dari Manado sebagai kandidat obat terbaik untuk terapi kanker leher rahim.

---

Cervical cancer has high rate of mortality in Indonesia every year. Because of that, it is important to find a better drug of anticancer for cervical cancer this time, and natural product from Indonesian biota be expected become one of a kind. It has purpose to increase the utilization of Indonesian natural resources. Cervical cancer curing can be done by analyzing the mechanism of Human Papilloma Virus (HPV), cervical cancer virus, towards human body. Evidently, HPV can induce deacetylation process by Histone Deacetylase (HDAC), deacetylation can disrupt gene transcription, and so inhibit this process by HDAC inhibitor becomes a solution. Interaction between HDAC and HDAC inhibitor can be analyzed by computation method, afterward it was screened by the parameters, with the result that Manado's natural product becomes the best drug lead for cervical cancer therapy."

"Histon deasetilase (HDAC) memiliki fungsi kritis dalam meregulasi ekspresi gen. Penelitian terkini mengungkapkan bahwa HDAC juga memiliki peranan penting dalam karsinogenesis. Oleh karenanya, penghambatan HDAC telah berkembang menjadi area riset antikanker yang menarik yang menargetkan proses-proses biologis seperti siklus sel, apoptosis, dan diferensiasi sel. Dalam penelitian ini suatu inhibitor HDAC yang telah tersedia secara komersial, Suberoyl Anilide Hydroxamic Acid (SAHA), dimodifikasi untuk meningkatkan efikasi dan mengurangi efek samping senyawa tersebut. Bagian hydrophobic cap dan zincbinding group dari senyawa ini disubstitusi dengan senyawa berbasis boron, sedangkan daerah linker disubstitusi dengan p-aminobenzoic acid. Simulasi molecular docking terhadap SAHA dan senyawa turunannya dilakukan untuk mendapatkan ligan potensial yang memiliki nilai ΔGbinding terendah. Analisis docking menghasilkan 8 ligan dengan ΔGbinding yang jauh lebih negatif dibandingkan standar, SAHA dan TSA, yaitu Nova2(9058064-6), Nova2(95752-88-8), Nova2(88765-82-6), Nova2(unique10), Nova2(16876-27-0), Nova2(513246-99-6), Nova2(unique80), dan Nova2(279262-23-6). Kedelapan ligan tersebut dianalisis berdasarkan sifat QSAR (quantitative structure-activity relationship), farmakologis, dan ADME-Tox (absorption, distribution, metabolism, excretion and toxicity) yang dimiliki untuk mendapatkan inhibitor potensial HDAC kelas II Homo sapiens. Proses penapisan bertahap ini menghasilkan 1 ligan terbaik, yaitu Nova2(513246-99-6), yang kemudian dipelajari lebih lanjut melalui simulasi molecular dynamics.

---

Histone deacetylase (HDAC) plays critical functions in the regulation of gene expression. Recent studies revelead that HDAC also has important role in carcinogenesis. The inhibition of HDAC has emerged as a new interesting area of anticancer research that targets the biological processes including cell cycle, apoptosis and differentiation.

In this research, a commercially available inhibitor of HDAC known as Suberoyl Anilide Hydroxamic Acid (SAHA) were modified in order to improve its efficacy and reduce its side effects. The hydrophobic cap and zinc-binding group of this compound were substituted by boron-based compounds, while its linker region was modified by p-aminobenzoic acid. Molecular docking simulation was conducted on SAHA and its derivatives to obtain potential ligands with the lowest ΔGbinding.

Docking analysis revealed 8 potential ligands with far more negative ΔGbinding than standards, SAHA and TSA, they are Nova2(9058064-6), Nova2(95752-88-8), Nova2(88765-82-6), Nova2(unique10), Nova2(16876-27-0), Nova2(513246-99-6), Nova2(unique80), and Nova2(279262-23-6). All of these ligands were analyzed according to their QSAR (quantitative structure-activity relationship), pharmacological analysis and ADME-Tox (absorption, distribution, metabolism, excretion and toxicity) to obtain potential inhibitor of HDAC class II Homo sapiens. This multistep screening process generated one best ligand, Nova2(513246-99-6), whis was further studied by means of molecular dynamics simulation."

"DNA merupakan komponen penting dalam tubuh makhluk hidup dalam kaitannya dengan sintesis asam amino penyusun protein. Informasi mengenai sintesis asam amino tersebut direpresentasikan oleh empat buah karakter nukleotida A, T, C dan G yang mempakan simbol basa-basa nitrogen penyusun DNA. Rangkaian DNA makhluk hidup tersusun atas gen-gen yang panjangnya jutaan bahkan milyaran karakter nukleotida. Namun, yang terpakai sebagai kode genetik dalam sintesis asam amino hanya karakter nukleotida yang terdapat pada suatu daerah pengkodean yang disebut exon dalam setiap gen.Hidden Markov Model (HMM) merupakan salah satu cara yang dapat digunakan untuk memprediksi lokasi exon pada DNA. HMM memiliki dua buah fase, yakni fase training dan fase tes. Sequence-sequence DNA ditraining untuk mendapatkan estimasi matrik transisi dan estimasi matrik emisi melalui proses iterasi. Matrik transisi dan matrik emisi ini kemudian digunakan untuk mengetes sequence DNA yang bersangkutan. Pada skripsi ini, simulasi dilakukan dengan menggunakan tiga jenis organisme, Drosophila melanogaster (lalat buah). Homo sapiens (manusia), serta Zea mays (padi).Data yang diperoleh dari simulasi berupa nilai sensitivity (Sn) dan specificity (Sp) hasil prediksi lokasi exon gen yang bersangkutan. Dari perhitungan nilai akurasi untuk Drosophila melanogaster didapat nilai akurasi Sn sebesar 92.5% dan nilai Sp sebesar 88%, pada Homo sapiens dengan nilai akurasi Sn sebesar 69.7% dan nilai Sp sebesar 44.7% serta pada Zea Mays dengan nilai akurasi Sn sebesar 55.6% dan nilai Sp sebesar 78.6%."

"Senyawa jay amin hydroxamic acid (JAHA) merupakan senyawa modifikasi dari suberoyl anilide hydroxamic acid (SAHA) yang merupakan senyawa berbasis ferrocene. Hal ini dikarenakan SAHA memiliki banyak efek samping yang merugikan apabila dikonsumsi. Senyawa berbasis ferrocene telah banyak diteliti sebagai agen terapi maupun sebagai obat kanker. Penelitian ini bertujuan untuk memodifikasi senyawa JAHA pada bagian tutup hidrofobik dan kemudian dilakukan penapisan berdasarkan beberapa parameter yakni nilai ΔGbinding dan drugscan. Penelitian ini dilakukan secara in silico dengan menggunakan metode molecular docking dan simulasi dinamika molekular. Berdasarkan penapisan nilai ΔGbinding hampir semua ligan memiliki nilai ΔGbinding lebih rendah dibandingkan SAHA untuk setiap HDAC, tetapi hanya beberapa ligan yang nilai ΔGbinding lebih rendah dibandingkan JAHA. 10-15 ligan terpilih berdasarkan hasil screening nilai ΔGbinding untuk setiap HDAC kelas II. Ligan tersebut kemudian menjalani drugscan yang meliputi : uji bioavailabilitas oral, druglikeness, drugscore, mutagenisitas, karsinogenisitas dan ADMET/tox. Berdasarkan drugscan tersebut terpilihlah 1 ligan terbaik untuk setiap HDAC yakni ligan M0069j untuk HDAC 4, Homo JAHA 2 y untuk HDAC 5 dan 10, Homo JAHA 3 a untuk HDAC 6 dan 7, dan M0286p untuk HDAC 9. Semua ligan terbaik menjalani simulasi dinamika molekular untuk mengamati kestabilan komplek enzim-ligan tersebut. Hasil simulasi dinamika molekular menunjukkan semua komplek enzim ligan stabil pada kurva RMSD sehingga membuktikan bahwa interaksi kompleks enzim-ligan terbaik merupakan salah satu kandidat alternatif sebagai inhibitor potensial histon deasetilase kelas II Homo sapiens.

---

JAHA as a ferrocene-based compound is the modified compound of suberoyl anilide hydroxamic acid (SAHA). It?s because SAHA has many adverse effect when consumed. Ferrocene-based compounds have been widely examined as a therapeutic agent or as a cancer drug. This study aims to modify JAHA at the hydrophobic cap and then conduct the screening based on several parameters such as ΔGbinding value and drugscan. This study was conducted in silico by using molecular docking and molecular dynamics simulations. Based on screening ΔGbinding value almost all the ligands have ΔGbinding value lower than SAHA for each HDAC, but only few ligands have ΔGbinding value lower than JAHA. Ten until fifteen ligands were selected based on screening result of ΔGbinding value for each enzymes. Then the ligand underwent drugscan screening, and the included parameters are oral bioavailability, druglikeness, drugscore, mutagenicity, carcinogenicity and ADMET/tox. Based on drugscan, one ligand for each HDAC have been selected, which are ligand M0069j for HDAC 4, Homo JAHA 2 y for HDAC 5 and 10, Homo JAHA 3 a for HDAC 6 and 7, also M0286p for HDAC 9. All the best ligands underwent molecular dynamics simulations to observe the stability of the enzyme-ligand complex. The results of molecular dynamics simulations indicated that all the enzyme-ligand complexes are stable showed that at RMSD curve. So, it proved that the interactions of enzyme-ligand complexes is one of the best alternative candidate as a potent inhibitor of histone deacetylase class II Homo sapiens."

"Kanker serviks menduduki peringkat kedua yang paling umum terjadi pada wanita, sekaligus menduduki peringkat ketujuh dari seluruh kanker di dunia dengan jumlah kasus sebanyak 529.000 pada tahun 2008 dan lebih dari 85% kasus terjadi di negara berkembang. Salah satu cara untuk mengatasi kanker ini adalah melalui jalur inhibisi enzim HDAC yang memiliki peran strategis dalam regulasi ekspresi gen. Senyawa Suberoyl Anilide Hydroxamic Acid (SAHA) atau Vorinostat merupakan salah satu obat yang telah tersedia secara komersial untuk mengatasi kanker tersebut, namun masih memiliki beberapa efek samping. Pada penelitian ini, dilakukan modifikasi SAHA pada bagian Zinc Binding Group (ZBG) dengan organoselenium untuk mendapatkan ligan yang memiliki efek samping yang lebih rendah. Dari hasil simulasi molecular docking, analisis visualisasi interaksi, dan analisis QSAR, didapatkan ligan lima terbaik, yaitu CC27, HA27, HB28, IB25, KA7. Kelima ligan terbaik ini memiliki afinitas pengikatan yang lebih baik dibanding standar dan juga memiliki interaksi dengan kofaktor Zn2+ pada enzim HDAC yang akan diinhibisi. Dari hasil analisis QSAR, kelima ligan terbaik memenuhi Lipinski's rule of five, tidak memiliki karakter toksik maupun mutagenik, dan memiliki nilai drug score yang baik. Ligan terbaik ini dapat disintesis untuk pengujian klinis lebih lanjut secara in vitro maupun in vivo. Penelitian ini diharapkan dapat menghasilkan inhibitor HDAC yang lebih potensial sebagai obat terbaru untuk terapi kanker serviks.

---

Cervical cancer ranks second as the most common cancer in women, and ranks seventh of all cancers worldwide, with 529.000 cases in 2008 and more than 85% cases occur in developing countries. One way to treat this cancer is through the inhibition of HDAC enzymes which play a strategic role in the regulation of gene expression. Suberoyl Anilide Hydroxamic Acid (SAHA) or Vorinostat is a drug which commercially available to treat the cancer, but still has some side effects.

In this research, SAHA is modified in Zinc Binding Group (ZBG) by organoselenium compound to get ligands which less side effect. From molecular docking simulation, interaction analysis, and QSAR analysis, there are five best ligands, namely CC27, HA27, HB28, IB25, and KA7. These five ligands have better binding affinity than the standards, and also have interaction with Zn2+ cofactor of inhibited HDAC enzymes.

From QSAR analysis, the five ligands meet Lipinski's rule of five, have negative result for toxicity and mutagenicity test, and also have good drug score. The best ligands can be synthesized for further in vitro and in vivo clinical trials. This research is expected to produce more potent HDAC inhibitor as novel drug for cervical cancer treatment."

"Kanker serviks merupakan kanker nomor dua yang paling sering menyerang perempuan di dunia. Kanker serviks disebabkan oleh Human papillomavirus (HPV) onkogenik. Inhibisi aktivitas Histone deacetylase (HDAC) telah diketahui sebagai strategi potensial untuk terapi kanker. SAHA merupakan inhibitor HDAC yang telah digunakan dalam terapi kanker namun masih memiliki efek samping. Modifikasi SAHA bertujuan untuk meminimalisir efek samping. Penggunaan gugus triazol pada rantai SAHA diketahui telah meningkatkan kemampuan inhibisi pada SAHA dan kurang bersifat toksik. Pada penelitian ini akan dilakukan simulasi dinamika molekul terhadap modifikasi SAHA yang terdiri dari ligan 1c, 2a, dan 2c untuk berinteraksi dengan keenam HDAC dalam kondisi yang dipengaruhi oleh pelarut. Terhadap keenam HDAC kelas II, terlebih dahulu dilakukan docking dengan satu inhibitor SAHA dan satu inhibitor modifikasi. Kemudian hasil docking tersebut dilakukan simulasi dinamika molekul untuk mengetahui afinitas inhibitor dalam kondisi tersolvasi. Hasil dari simulasi dinamika molekul menunjukkan afinitas ligan 2c dengan HDAC 4, 6, dan 7 lebih baik dibandingkan inhibitor SAHA. Afinitas yang baik juga ditunjukkan oleh ligan 2a dan 1c pada HDAC 5 dan 9. Diharapkan dari hasil penelitian ini dapat menjadi acuan untuk mendapatkan inhibitor yang lebih baik.

---

Cervical cancer is second most common cancer in woman worldwide. Cervical cancer caused by human papillomavirus (HPV) oncogene. Inhibition of histone deacetylase (HDAC) activity has been known as a potential strategy for cancer therapy. SAHA is an HDAC inhibitor that has been used in cancer therapy but still has side effects. SAHA modification proposed to minimize side effects. Triazole attachment on the chain of SAHA has been known to enhance the inhibition ability of SAHA and less toxic.

In this study, it will be carried out with molecular dynamic simulations of SAHA modifications consisting ligand 1a, 2a and, 2c to interact with six HDAC in hydrated conditions. To all six Class II HDAC, performed docking with SAHA and a modified inhibitor. Then the docking results were carried out molecular dynamics simulations to determine the inhibitor affinities in hydrated conditions.

Results from molecular dynamic simulations showed affinities of ligand 2c with HDAC 4, 6, and 7 were better than SAHA. Good affinity was also shown by ligand 2a and 1c on HDAC 5 and 9. The results of this study can be a reference to obtain better inhibitors."