Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Flu burung adalah penyakit menular akibat virus yang sangat menakutkan karena dapat menjadi pandemik dan mortalitasnya yang sangat tinggi pada manusia. Tercatat tiga kali pandemik avian influenza pada manusia pada tahun 1918, 1957, dan 1968 yang menyebabkan puluhan juta orang meninggal dunia. Ancaman munculnya pandemik kembali terjadi dengan kemunculan virus avian influenza subtipe A H5N1. Sampai dengan tanggal 3 Februari 2008, jumlah kasus Flu Burung di Indonesia mencapai 126 kasus, 103 diantaranya meninggal. Angka kematian atau Case Fatality Rate (CFR) kasus Flu Burung mencapai 81,7%. Salah satu langkah antisipasi adalah vaksinasi. Studi in silico dilakukan untuk merancang vaksin DNA H5N1. Sekuen asam amino hemagglutinin (HA), neuraminidase (NA), dan protein matrik 2 (M2) virus H5N1 diperoleh dari Genbank, kemudian dilakukan multiple alignment menggunakan program ClustalX, pencarian conserved region menggunakan BioEdit, prediksi epitope T-cel dilakukan dengan tahapan-tahapan: proteasomal cleavage (MAPPP), Transporter Antigen Processing (TAP) binding (TAPPred), Major Histocompatibility complex (MHC) I binding (MULTIPRED dan immuneepitope). Dari prediksi epitope didapat masing-masing satu kandidat conserved region protein HA, NA, dan M2 yang kemudian dilakukan reverse translasi sehingga didapat masing-masing satu kandidat sekuen DNA conserved region HA, NA, dan M2 DocumentToPDF trial version, to remove this mark, please register this software. yang akan disisipkan pada plasmid pCMV-HA menggunakan enzim restriksi EcoRI, SalI, BglII, dan XhoI. Didapat enam rancangan sekuen vaksin DNA yang dari pengujian translasi keenam protein hasil translasi menunjukkan kesamaan 100% dengan conserved region protein HA, NA, dan M2 awal dan prediksi proteasomal cleavage (MAPPP) protein hasil translasi menunjukkan epitope pada prediksi protein conserved region HA, NA, dan M2 awal tetap dihasilkan."

"Avian influenza H5N1 ningga november 2007 telan menyerang dan menevvaskan 81orang dari 102 orang yang terinfeksi di Indonesia. Pada saat ini, masalan penting yang dikuatirkan oleh para anli adalah kemungkinan munoulnya subtipe baru virus influenza yang mampu menular antar manusia_ Hal ini dapat terjadi senubungan dengan adanya virus subtipe baru yang mungkin terbentuk akibat mutasi atau reasorsi (reassortment) virus avian influenza asal unggas dan virus human imfuenza. lV|utasi pada virus influenza dapat menimbulkan perubanan komposisi atau susunan asam amino pada virus yang dapat mempengaruni aktivitas virus.Penelitian melalui bioinformatika pada beberapa virus avian imfuenza menunjukkan banvva, dibandingkan dengan NA (Neuraminidase) dan NP (Nuk/eoprotein), ternyata HA (Haemagg/utinin) Iebin mudan mengalami mutasi_ Kemampuan virus Avian imfuenza untuk melakukan mutasi memungkinkan virus untuk berubah sifat patogenisitasnya.Pada penelitian ini dilakukan analisis mutasi yang terjadi pada virus H5N1 yang terjadi di Indonesia, dengan Cara melihat perubanan nukleotida dan analisis posisi epitop pada asam aminonya. Dengan demikian dapat diperkirakan apakan mutasi tersebut dapat mempengaruhi patogenitas atau tidak. Virus yang dianalisis diambil hanya dari kasus H5N1 yang menyerang manusia.Penelitian ini menggunakan metode Sequence allignment dengan program MAFFT dan prediksi epitop menggunakan program IMMUNEEPITOPE Didapatkan banyak sekali perubanan nukleotida pada sekuen hemagglutinin pada H5N1 di Indonesia, namun berdasarkan prediksi epitope ternyata belum mengalami mutasi yang cukup drastis ningga menguban patogenitas virus tersebut."

"Influenza) AI H5N1 merupakan salah satu penyakit menular akibat virus yang sangat menakutkan karena dapat menjadi pandemik dan mortalitasnya yang sangat tinggi pada manusia. Vaksin AI H5N1 untuk manusia sangat sulit dibuat terkait tingginya HLA polymorphism pada manusia dan virus H5N1 yang mudah bermutasi melalui antigenic drift dan reassortment. Beberapa epitope telah diprediksi dari perwakilan protein hemagglutinin, neuraminidase, dan matrik 2 baik host human maupun host avian yang diseleksi melalui multiple sequence alignment (server T-Coffee). Pendekatan in silico dilakukan melalui kombinasi prediksi pada tahap-tahap respon imun oleh adanya antigen yaitu; proteasomal cleavage (PAPROC), Transporter Antigen Processing (TAP) binding (TAPPred), dan Major Histocompatibility complex (MHC) I binding (ProPredI) pada 47 allele Human Leukocyte Antigen (HLA) A, B dan C. Untuk meningkatkan respon imun, epitope MHC II juga diprediksi melalui ProPredII pada 51 allele HLA-DR. Epitope B-cell diprediksi dengan DiscoTope 1.0 server (conformational epitope) dan BepiPred 1_0b Server (sequential epitope). Vaksin peptida polyvalent (polytope) diperoleh dari kombinasi terbaik epitope B-cell dan T-cell sebagai representasi variasi allele HLA dan protein virus sehingga diharapkan mampu memberikan respon imun humoral dan selular terhadap lebih dari satu subtipe virus H5N1 dan/ atau mencegah virus influenza tipe A lain. Kandidat vaksin ditentukan berdasarkan konservasi score dan evaluasi visual accessibility struktur 3D. Struktur 3D virus dan vaksin diprediksi dan dimodelling menggunakan server CPHmodels dan Molecular Visualisation & Modelling (MVM). Hasil struktur 3D dianalisis dan divalidasi menggunakan MVM, Ramachandran Plot (RAMPAGE), BLASTp (database protein human- PDB virus native), dan FeatureMap3D. Kandidat vaksin peptida yang terdiri dari 260 asam amino dari epitope MHC I, MHC II, dan B-cell ternyata masih memiliki struktur 3D yang mirip dengan protein envelope virus native sehingga diprediksi dapat memicu respon imun yang sama seperti pada protein virus native."

"Pada abad 20 telan terjadi tiga kali pandemik avian influenza pada manusia pada tanun 1918, 1957, dan 1968 yang menyebabkan pulunan juta orang meninggal dunia_ Kini anoaman pandemik kembali datang dengan adanya avian influenza subtipe H5N1 (flu burung). Di Indonesia ningga november 2007 sudan 113 orang terjangkit flu burung 91 orang diantaranya meninggal dunia_ Salah satu langkan antisipasi adalan vaksinasi Studi in silioo dilakukan untuk meranoang vaksin DNA H5N1_ Sekuen asam amino nerneggiuiinin (HA) virus H5N1 diperolen eieri Genbank, kemudian dilakukan multiple alignment menggunakan program ClustalX, penoarian oonsen/ed region menggunakan Bioedit, prediksi epitope T-oe/ dilakukan melalui server multipred_ Dari prediksi epitope didapat satu kandidat oonsen/ed region protein HA yang kemudian dilakukan reverse translasi dan Basic Loca/Alignment Search Tee/ (BLAST) eeningge eiieiepei satu kandidat sekuen DNA consen/ed region HA yang akan disisipkan pada plasmid pClVlV-HA menggunakan enzim restriksi Sall dan Notl ,didapat dua ranoangan sekuen vaksin DNA yang dari pengujian translasi kedua protein nasil translasi menunjukkan kesamaan 100% dengan oonsen/ed region protein HA avval."

"Pada tahun 2007, terjadi waban avian influenza di Indonesia yang menyebabkantingkat kematian nampir 85%. Melinat tingginya tingkat kematian yang terjadi diIndonesia dibandingkan dengan negara Iainnya yang mengalami waban avianinfluenza, WHO kemudian mengumumkan banwa virus HPAI H5N1 Indonesia memilikitingkat patogenisitas tertinggi. Hal ini menjelaskan banwa mutasi yang terjadi baikberupa antigenic drift maupun antigenic shift dapat mempengaruhi tingkat patogenisitasdari virus influenza. Studi dilakukan terhadap hemagglutinin (HA), neuraminidase (NA),dan matrix2 (M2) karena ketiga protein ini mempunyai peranan penting pada prosesinfeksi virus avian influenza. Analisis mutasi secara in silico dilakukan denganmenggunakan metode multiple allignment disertai pembuatan phylogenetic tree. Mutasiyang diamati untuk hemagglutinin dilakukan pada daerah cleavage site dan active site,sedangkan untuk neuraminidase dan matrix2 dilakukan pada active site. Perubanansifat asam amino dari hidrofilik menjadi hidrofobik memberikan pengaruh terhadaptingkat patnogenisitas. Hasil analisis mutasi dilanjutkan dengan prediksi pemotonganolen pro-P (furin) khusus untuk HA, prediksi struktur 3D, molecular docking danmolecular dynamic. Berdasarkan hasil analisis mutasi pada daerah cleavage site HA,didapatkan pola untuk H5N1 Indonesia dan Hongkong adalan R-X-KlR-R, nasil prediksipro-P Furin menunjukkan banwa memang benar pola ini menyebabkan HA H5N1mudah terpotong olen furin. Hasil analisis struktur 3D menggunakan molecular dockingdan molecular dynamic juga menunjukkan HA dan NA yang berasal dari virus H5N1Indonesia berikatan dengan Iebin baik dengan reseptor sialic acid pada manusia,sedangkan untuk protein M2 virus H5N1 menunjukkan adanya resistensi ternadap obatjenis amantadine dan rimantadine.Berdasarkan hasil analisis yang dilakukan, adanya mutasi pada HA, NA, dan M2memiliki keterkaitan dengan tingkat patogenisitas dari virus avian influenza H5N1 diIndonesia."

"Avian Influenza diakibatkan oleh virus influenza A subtipe H5N1 yang dapat mengalami mutasi sehingga antigennya, neuraminidase dan haemaglutinin, dapat beradaptasi dan menjadi lebih patogen dari sebelumnya serta resisten terhadap obatobatan yang ada. Oleh karena itu dibutuhkan suatu obat baru yang dapat digunakan secara umum, yaitu jenis inhibitor neuraminidase. Pada penelitian ini 300 senyawa stibenoid diujicobakan terhadap neuraminidase H5N1 strain Indonesia secara in silico. 61 ligan senyawa stilbenoid memiliki energi ikatan lebih rendah dibandingkan standar oseltamivir karboksilat dan zanamivir. 30 ligan terbaik diuji sifat fisika dan kimianya, sebagian ligan tidak memenuhi Lipinski’s rule of five. Terdapat 2 (dua) senyawa beresiko genotoksik dan karsinogenik berdasarkan hasil uji toksikologi. Terdapat 11 ligan yang memiliki drug score cukup baik. Berdasarkan uji farmakologi dan efek kesehatan, diperoleh 2 (dua) ligan yang berpotensi baik. Ligan terbaik dipilih berdasarkan efek negatif terhadap kesehatan yang lebih sedikit adalah gnetumontanin A dari spesies Gnetum montanum. Kestabilan kompleks dengan ligan terbaik diuji kestabilannya dengan keberadaan pelarut menggunakan simulasi dinamika molekul. Berdasarkan hasil RMSD dinamika molekul pada suhu 310 dan 312 K kompleks enzim-ligan memiliki kestabilan yang baik. Penelitian ini diharapkan dapat menghasilkan kandidat inhibitor neuraminidase yang lebih potensial.

---

Avian Influenza is a respiratory disease caused by influenza A virus subtype H5N1 which can undergo mutation in its antigens, neuraminidase and haemaglutinin, and build a much more pathogenic virus. The mutation leads to resistance towards standard drugs. Therefore, a new drug that can be used in general which is the types of neuraminidase inhibitors is an urgent need. In this research, 300 stilbenoid compounds were tested to neuraminidase H5N1 Indonesia strain by using in silico method. According to the result of molecular docking, 61 ligands have binding energy lower than standard oseltamivir acid and zanamivir. 30 ligands were tested toward its physical chemistry properties, half of those ligands could not fulfil Lipinski's rule of five. Virtual toxicity test were done and only 2 ligand is potent to be genotoxic carcinogenic. Only 11 ligands have good drug scores, and only 2 of them are potential to be developed as new oral-drugs based on pharmacology and health effect test. The best ligand selected by lower negative health effect is gnetumontanin A which can be isolated from plant species Gnetum montanum. Stability of enzyme-best ligan complex with the addition of solvent were tested in molecular dynamic simulation. RMSD curve of dynamic simulation shows that the complex is stable while conducted in 310 and 312 K."

"Highly Pathogenic Avian Influenza (HPAI) H5N1 memiliki ancaman kesehatan yang signifikan bagi unggas dan manusia. Infeksi H5N1 di Indonesia merupakan yang tertinggi di dunia, dengan tingkat mortalitas mencapai 83% pada periode 2005-2013. Namun, mutasi yang terjadi pada virus H5N1 menyebabkan virus H5N1 menjadi resisten terhadap agen antiviral komersial, seperti oseltamivir dan zanamivir. Oleh karena itu, diperlukan agen antiviral yang lebih potensial. Pada penelitian ini, dilakukan penapisan virtual senyawa bahan alam flavonoid dari Indonesia sebagai inhibitor neuraminidase virus H5N1. Penapisan dilakukan terhadap 491 senyawa flavonoid yang diperoleh dari HerbalDB. Molecular docking dan dynamics dilakukan dengan menggunakan MOE 2008.10. Prediksi karakter ADMET (Absorpsi, Distribusi, Metabolisme, Ekskresi, Toksisitas), bioaktivitas, bioavailabilitas, farmakologi, serta potensi karsonogenisitas-mutagenisitas juga dilakukan untuk memperoleh kandidat obat terbaik. Penelitian ini menghasilkan kaempferol 3-rhamnosil-(1-3)-rhamnosil-(1-6)-glukosida sebagai kandidat obat terbaik. Studi molecular dynamics menunjukkan bahwa senyawa ini stabil pada 312 K.

---

Highly Pathogenic Avian Influenza (HPAI) H5N1 poses a significant threath for animal and human health worldwide. The number of H5N1 infection in Indonesia is the highest during 2005-2013, with mortality rate up to 83%. Mutation occured in H5N1 strain made it resistant to commercial antiviral agents such as oseltamivir and zanamivir, so more potent antiviral agent is needed. In this study, virtual screening of Indonesian flavonoid as neuraminidase inhibitor of H5N1 was conducted. Total 491 flavonoid compound obtained from HerbalDB were screened. Molecular docking and dynamics were performed using MOE 2008.10. Prediction of ADMET (Absorption, Distribution, Metabolism, Excretion, and Toxicity), bioavailability, bioactivity, and pharmacology character, as well as potency for carcinogenicity and mutagenicity were conducted to obtain the best ligand. This research resulted kaempferol 3-rhamnosyl-(1-3)-rhamnosyl-(1-6)-glucoside as the best drug lead. Molecular dynamics study revealed that this compound was stable at 312 K."

"Penelitian bertujuan untuk mendapatkan antibodi poliklonal kelinci yang distimulasi oleh protein rekombinan globular head neuraminidase (NA) dan mengukur titer antibodi poliklonal. Protein rekombinan globular head NA berhasil diekspresikan secara intraseluler pada sel E.coli BL21 codon plus dengan induksi IPTG 0,1 mM dan dipurifikasi menggunakan resin Ni-NTA. Protein rekombinan globular head NA yang telah dipurifikasi digunakan sebagai antigen untuk menstimulasi antibodi poliklonal kelinci. Hasil penelitian menunjukkan bahwa telah dihasilkan antibodi poliklonal terhadap globular head neuraminidase dan titer antibodi paling tinggi dihasilkan sebesar 1,352.

---

The aim of this study was to determine rabbit polyclonal antibody stimulated by neuraminidase (NA) globular head recombinant protein and also to measure the polyclonal antibody titer. NA globular head recombinant protein has been expressed in E.coli BL21 codon plus intracellularly induced by 0,1 mM IPTG and has been purified by Ni-NTA resin. The purified of NA globular head recombinant was used as antigen to stimulate rabbit polyclonal antibody.

The result shows that rabbit polyclonal antibody of neuraminidase globular head was produced and the highest antibody titer was 1,352."