Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Influenza) AI H5N1 merupakan salah satu penyakit menular akibat virus yang sangat menakutkan karena dapat menjadi pandemik dan mortalitasnya yang sangat tinggi pada manusia. Vaksin AI H5N1 untuk manusia sangat sulit dibuat terkait tingginya HLA polymorphism pada manusia dan virus H5N1 yang mudah bermutasi melalui antigenic drift dan reassortment. Beberapa epitope telah diprediksi dari perwakilan protein hemagglutinin, neuraminidase, dan matrik 2 baik host human maupun host avian yang diseleksi melalui multiple sequence alignment (server T-Coffee). Pendekatan in silico dilakukan melalui kombinasi prediksi pada tahap-tahap respon imun oleh adanya antigen yaitu; proteasomal cleavage (PAPROC), Transporter Antigen Processing (TAP) binding (TAPPred), dan Major Histocompatibility complex (MHC) I binding (ProPredI) pada 47 allele Human Leukocyte Antigen (HLA) A, B dan C. Untuk meningkatkan respon imun, epitope MHC II juga diprediksi melalui ProPredII pada 51 allele HLA-DR. Epitope B-cell diprediksi dengan DiscoTope 1.0 server (conformational epitope) dan BepiPred 1_0b Server (sequential epitope). Vaksin peptida polyvalent (polytope) diperoleh dari kombinasi terbaik epitope B-cell dan T-cell sebagai representasi variasi allele HLA dan protein virus sehingga diharapkan mampu memberikan respon imun humoral dan selular terhadap lebih dari satu subtipe virus H5N1 dan/ atau mencegah virus influenza tipe A lain. Kandidat vaksin ditentukan berdasarkan konservasi score dan evaluasi visual accessibility struktur 3D. Struktur 3D virus dan vaksin diprediksi dan dimodelling menggunakan server CPHmodels dan Molecular Visualisation & Modelling (MVM). Hasil struktur 3D dianalisis dan divalidasi menggunakan MVM, Ramachandran Plot (RAMPAGE), BLASTp (database protein human- PDB virus native), dan FeatureMap3D. Kandidat vaksin peptida yang terdiri dari 260 asam amino dari epitope MHC I, MHC II, dan B-cell ternyata masih memiliki struktur 3D yang mirip dengan protein envelope virus native sehingga diprediksi dapat memicu respon imun yang sama seperti pada protein virus native."

"Flu burung adalah penyakit menular akibat virus yang sangat menakutkan karena dapat menjadi pandemik dan mortalitasnya yang sangat tinggi pada manusia. Tercatat tiga kali pandemik avian influenza pada manusia pada tahun 1918, 1957, dan 1968 yang menyebabkan puluhan juta orang meninggal dunia. Ancaman munculnya pandemik kembali terjadi dengan kemunculan virus avian influenza subtipe A H5N1. Sampai dengan tanggal 3 Februari 2008, jumlah kasus Flu Burung di Indonesia mencapai 126 kasus, 103 diantaranya meninggal. Angka kematian atau Case Fatality Rate (CFR) kasus Flu Burung mencapai 81,7%. Salah satu langkah antisipasi adalah vaksinasi. Studi in silico dilakukan untuk merancang vaksin DNA H5N1. Sekuen asam amino hemagglutinin (HA), neuraminidase (NA), dan protein matrik 2 (M2) virus H5N1 diperoleh dari Genbank, kemudian dilakukan multiple alignment menggunakan program ClustalX, pencarian conserved region menggunakan BioEdit, prediksi epitope T-cel dilakukan dengan tahapan-tahapan: proteasomal cleavage (MAPPP), Transporter Antigen Processing (TAP) binding (TAPPred), Major Histocompatibility complex (MHC) I binding (MULTIPRED dan immuneepitope). Dari prediksi epitope didapat masing-masing satu kandidat conserved region protein HA, NA, dan M2 yang kemudian dilakukan reverse translasi sehingga didapat masing-masing satu kandidat sekuen DNA conserved region HA, NA, dan M2 DocumentToPDF trial version, to remove this mark, please register this software. yang akan disisipkan pada plasmid pCMV-HA menggunakan enzim restriksi EcoRI, SalI, BglII, dan XhoI. Didapat enam rancangan sekuen vaksin DNA yang dari pengujian translasi keenam protein hasil translasi menunjukkan kesamaan 100% dengan conserved region protein HA, NA, dan M2 awal dan prediksi proteasomal cleavage (MAPPP) protein hasil translasi menunjukkan epitope pada prediksi protein conserved region HA, NA, dan M2 awal tetap dihasilkan."

"Pada abad 20 telan terjadi tiga kali pandemik avian influenza pada manusia pada tanun 1918, 1957, dan 1968 yang menyebabkan pulunan juta orang meninggal dunia_ Kini anoaman pandemik kembali datang dengan adanya avian influenza subtipe H5N1 (flu burung). Di Indonesia ningga november 2007 sudan 113 orang terjangkit flu burung 91 orang diantaranya meninggal dunia_ Salah satu langkan antisipasi adalan vaksinasi Studi in silioo dilakukan untuk meranoang vaksin DNA H5N1_ Sekuen asam amino nerneggiuiinin (HA) virus H5N1 diperolen eieri Genbank, kemudian dilakukan multiple alignment menggunakan program ClustalX, penoarian oonsen/ed region menggunakan Bioedit, prediksi epitope T-oe/ dilakukan melalui server multipred_ Dari prediksi epitope didapat satu kandidat oonsen/ed region protein HA yang kemudian dilakukan reverse translasi dan Basic Loca/Alignment Search Tee/ (BLAST) eeningge eiieiepei satu kandidat sekuen DNA consen/ed region HA yang akan disisipkan pada plasmid pClVlV-HA menggunakan enzim restriksi Sall dan Notl ,didapat dua ranoangan sekuen vaksin DNA yang dari pengujian translasi kedua protein nasil translasi menunjukkan kesamaan 100% dengan oonsen/ed region protein HA avval."

"Avian influenza H5N1 ningga november 2007 telan menyerang dan menevvaskan 81orang dari 102 orang yang terinfeksi di Indonesia. Pada saat ini, masalan penting yang dikuatirkan oleh para anli adalah kemungkinan munoulnya subtipe baru virus influenza yang mampu menular antar manusia_ Hal ini dapat terjadi senubungan dengan adanya virus subtipe baru yang mungkin terbentuk akibat mutasi atau reasorsi (reassortment) virus avian influenza asal unggas dan virus human imfuenza. lV|utasi pada virus influenza dapat menimbulkan perubanan komposisi atau susunan asam amino pada virus yang dapat mempengaruni aktivitas virus.Penelitian melalui bioinformatika pada beberapa virus avian imfuenza menunjukkan banvva, dibandingkan dengan NA (Neuraminidase) dan NP (Nuk/eoprotein), ternyata HA (Haemagg/utinin) Iebin mudan mengalami mutasi_ Kemampuan virus Avian imfuenza untuk melakukan mutasi memungkinkan virus untuk berubah sifat patogenisitasnya.Pada penelitian ini dilakukan analisis mutasi yang terjadi pada virus H5N1 yang terjadi di Indonesia, dengan Cara melihat perubanan nukleotida dan analisis posisi epitop pada asam aminonya. Dengan demikian dapat diperkirakan apakan mutasi tersebut dapat mempengaruhi patogenitas atau tidak. Virus yang dianalisis diambil hanya dari kasus H5N1 yang menyerang manusia.Penelitian ini menggunakan metode Sequence allignment dengan program MAFFT dan prediksi epitop menggunakan program IMMUNEEPITOPE Didapatkan banyak sekali perubanan nukleotida pada sekuen hemagglutinin pada H5N1 di Indonesia, namun berdasarkan prediksi epitope ternyata belum mengalami mutasi yang cukup drastis ningga menguban patogenitas virus tersebut."

"Avian influenza (H5N1) merupakan suatu penyakit yang disebabkanolen virus influenza tipe A yang dapat menyebabkan kematian cukup tinggi.Kasus virus influenza A yang mematikan bagi manusia antara lain H1 N1tahun 1918, H2N2 tahun 1957-1958, H3N2 pada tahun 1987-1988, dankasus terbaru adalah H1 N1 tahun 2009. Hal ini menjelaskan banwa mutasiyang terjadi dapat mempengaruhi tingkat patogenisitas dari virus influenza.Analisis mutasi secara in silico dapat dilakukan dengan menggunakanmetode multiple allignment disertai pembuatan phylogenetic tree. Mutasiyang diamati untuk Hemagglutinin (HA) dilakukan pada daerah deavage site,sedangkan untuk Non Struktural (NS) 1 dan Matrik(M) 1 dilakukan padaseluruh daerah pada sekuen. Pola untuk H5N1 Indonesia dan Hongkongpada cleavage site HA adalah R-X-K/R-R, sedangkan sekuen subtipe H1 N1,H1 N2, dan H3N2 tidak memiliki pola ini. Pola ini menyebabkan HA H5N1mudan terpotong oleh furin sesuai hasil prediksi pro-P (furin). Mutasi spesifikpada sekuen NS1 untuk kontrol (A/Indonesia/5/2005 (H5N 1),A/Indonesia/CDC1 032/2007 (H5N 1), A/Hong Kong/1 56/97 (H5N 1), A/BrevigMission/1/18 (H 1N 1), A/Mexico/InDRE4487/2009 (H 1N 1) ) ternaclap subtipeH1 N1, H1 N2, dan H3N2 terdapat di posisi 53. Pada M1 tidak ditemukanposisi mutasi spesifik untuk kontrol yang identik untuk ketiga subtipe tersebutSekuen NS1 dan M1 kontrol maupun subtipe H1 N1, H1 N2, dan H3N2 memiliki nilai IC5O dibawan 5OnM sehingga masih dapat dikenali dengan baikoleh sistem imun host. Mutasi spesifik tidak terjadi pada daerah pengenalanepitope. Hasil mutasi spesifik yang terjadi ini baik untuk NS1 dan M1 tidakmempengaruhi perubahan struktur sekunder maupun struktur tersier proteinsecara signifikan dari kontrol dengan sekuen H1N1, H1N2, dan H3N2. Hal initerlihat dari nilai RMSD (Root Mean Square Deviation) setelah dilakukansuperimpose terhadap struktur protein 3D nasil prediksi"

"Munculnya varian virus influenza yang berpotensi menimbulkan pandemi merupakan kejadian yang tidak terduga dan jarang terjadi. Penanganan dalam situasi seperti ini membutuhkan produksi vaksin skala besar dalam waktu singkat seperti pada kasus virus influenza H1N1 pdm09. Salah satu strategi yang dapat dilakukan adalah produksi vaksin subunit dengan memanfaatkan sistem ekspresi ragi untuk memproduksi protein antigen rekombinan. Tujuan penelitian ini adalah mengekspresi protein fusi HA1-MA2-NS1 rekombinan untuk pengembangan vaksin subunit. Plasmid pPICZαA-HA1-MA2-NS1 linear diintegrasikan ke dalam genom Pischia pastoris strain GS115 melalui rekombinasi homolog. Proses transformasi ini dilakukan dengan metode elektroporasi dan menghasilkan 13 klon ragi yang mengandung multiple integran gen fusi HA1-MA2-NS1. Analisis bioinformatika menduga protein fusi memiliki berat molekul 75-85 kDa. Visualisasi protein pada supernatan dan pelet dengan SDS-PAGE memperlihatkan adanya pita protein dengan ukuran yang diharapkan. Hasil western blot pada pellet mendeteksi ukuran protein target antara 42-135 kDa. Pemurnian protein fusi dengan NI-NTA gagal dilakukan dan diduga karena sedikitnya jumlah protein fusi yang terbentuk sehingga tidak terdeteksi pada visualisasi SDS-PAGE.

---

The emergence of influenza virus variants that could potentially cause a pandemic is an unforeseen occurrence and rare. Handling a situation like this requires a large-scale vaccine production in a short time as in the case of the H1N1 virus pdm09. One strategy that can be done is a subunit vaccine production by utilizing a yeast expression system to produce recombinant protein antigens.

The purpose of this study was to express a recombinant proteins of fusion HA1- MA2-NS1 for subunit vaccine development. PPICZαA HA1-MA2-NS1 linear plasmid integrated into the genome Pichia pastoris strain GS115 through homologous recombination. This transformation process is carried out by electroporation method and generating 13 yeast clones containing multiple genes HA1-MA2-NS1 integrant. Bioinformatics analysis of protein suspect fusion protein has a molecular weight of 75-85 kDa. Visualization of proteins in the supernatant and pellet by SDS-PAGE showed protein bands with sizes expected.

But western blot results in the pellet detect the target protein size between 42-135 kDa. Purification of fusion proteins with NI-NTA were failed due to small amount of fusion protein that undetected on SDS-PAGE visualization."

"ABSTRAKSejak Tahun 2003-2013, Indonesia menempati urutan teratas dalam jumlah kasus dan mortalitas yang mencapai 192 kasus avian influenza dan mengakibatkan 160 orang meninggal dunia. Avian influenza disebabkan oleh virus influenza A subtipe H5N1. Virus H5N1 memiliki dua target utama dalam netralisasi virus, yaitu hemaglutinin dan neuraminidase. Hemaglutinin dan neuraminidase bersifat antigenik menyebabkan sifat patogenitas virus H5N1 dari unggas ke manusia. Salah satu intervensi imun yang paling efektif dalam mengurangi jumlah kasus avian influenza yaitu vaksin. Beberapa vaksin influenza yang diimunisasikan tidak memberikan perlindungan sistem imun secara menyeluruh. Hal ini disebabkan karena vaksin tersebut tidak mengikat epitope patogen. Perancangan epitope sebagai vaksin dari hemaglutinin dan neuraminidase dilakukan dengan pendekatan secara immunoinformatika, untuk memprediksi epitope yang berikatan dengan sel B dan sel T (HLA kelas I dan kelas II). Server BCPred digunakan untuk memprediksi sel B, serta server Propred, Propred I, netMHCpan dan netMHCIIpan digunakan untuk memprediksi epitope sel T. Hasil prediksi memperoleh 2 kandidat epitope hemaglutinin dan 1 kandidat epitope neuraminidase sel B yang akan terikat dengan sel T CD4+ (HLA kelas II), serta 5 kandidat epitope hemaglutinin dan 4 kandidat epitope neuraminidase sel T yang akan berikatan dengan sel T CD8+ (HLA kelas I). Visualisasi epitope menggunakan MoE 2008.10, dilakukan untuk menunjukkan afinitas ikatan epitope-HLA berdasarkan nilai minimum energi bebas (ΔG). Visualisasi epitope hemaglutinin menghasilkan 4 epitope terbaik (MEKIVLLLA, CPYLGSPSF, KCQTPMGAI, dan IGTSTLNQR) dan 2 epitope neuraminidase (NPNQKIITI dan CYPDAGEIT) yang memiliki afinitas pengikatan yang terbaik dari ligand HLA.0

---

ABSTRACTFrom 2003 to 2013, Indonesia has the highest number of human cases and mortality for avian influenza A, 192 cases with 160 fatalities. Avian influenza is caused by influenza A virus subtype H5N1. This virus has two primary target to neutralize the virus, namely haemagglutinin and neuraminidase. They were antigenically inducing the pathogenicity of birds to human. The most effective immunologic intervention is vaccine. Some of the existing influenza vaccines were not providing sufficient protection for human?s immune system. It is caused by inability of the vaccine binding to the pathogenic epitope. Designing epitope based vaccine from haemagglutinin and neuraminidase has been done by immunoinformatic approach, in order to predict the binding of epitope cell B and T (class I and class II HLA). BCPred server was utilized to predict B cell epitope and Propred, Propred I, netMHCpan, netMHCIIpan were utilized to predict T cell epitope. Two B cell epitope of haemagglutinin candidates and one B cell epitope of neuraminidase candidates were obtained to bind T cell CD4+ (class II HLA), and also fiveT cell epitope haemagglutinin and four T cell epitope neuraminidase were obtained to bind T cell CD8+ (class I HLA). The visualization of epitope was using MoE 2008.10. It shows the binding affinity of epitope- HLA based on minimum free energy (ΔG). Based on the result visualization, four epitopes haemaglutinin (MEKIVLLLA, CPYLGSPSF, KCQTPMGAI, and IGTSTLNQR) and two epitopes neuraminidase (NPNQKIITI and CYPDAGEIT) were computed as having the best binding affinity from HLA ligand."

"

Pada Oktober 2019, Sumatera Utara kembali terpapar penyakit kolera babi (hog cholera atau classical swine fever) dan demam babi Afrika. Wabah penyakit ini telah menyebabkan kematian pada ternak babi hingga 29.223 ekor di 17 kabupaten/kota di Sumatera Utara. Sementara pada Februari 2020, Dinas Pertanian dan Ketahanan Pangan Provinsi Bali melaporkan sebanyak 1700 ekor babi milik warga mati disebabkan oleh penyakit ASF di 9 kabupaten/ kota. Penelitian ini dilakukan untuk merancang vaksin berbasis epitop secara in siliko untuk mencegah infeksi virus ASF dan CSF pada babi. Vaksin dibuat berbasis epitop dari protein virus karena sangat imunogenik dalam menginduksi produksi antibodi, dan juga merupakan target utama untuk netralisasi antibodi selama infeksi CSFV dan ASFV. Sekuens protein diunduh dari NCBI dan dianalisis secara komputasi. Prediksi afinitas ikatan dilakukan dengan menggunakan IEDB Tepitool dan prediksi epitop untuk CTL dilakukan dengan menggunakan IEDB NetCTLpan. Struktur protein target dapat diunduh dari Protein Database (PDB) maupun secara homology modelling dan struktur ligan peptida nonamer dirancang dengan menggunakan ChemBioDraw Ultra 14.0 untuk kemudian dipreparasi melalui proses optimasi geometri dan minimasi energi. Ikatan antara molekul SLA dan peptida epitope kemudian dianalisis dengan cara molecular docking pada situs asam amino tertentu dengan menggunakan software MOE 2014.09, untuk menghitung energi ikatan dan memverifikasi daerah interaksi epitop dengan reseptor protein.

---

On October 2019, Hog Cholera and African Swine Fever outbreak has struck North Sumatera. As many 29.223 pigs has been killed in 17 districts/ cities in North Sumatera. Meanwhile since February 2020, Bali Agriculture and Food Security Agency reported that over 1700 pigs were killed by ASF in 9 districts/ cities. This study aimed to design epitope-based peptide vaccine in order to prevent further infection of ASFV and CSFV. An epitope-based vaccine is potent in establishing a strong antibody due to its strong immunogenicity, and it is also the main target for inducing neutralizing antibodies during CSFV and ASFV infection. Sequences of ASFV and CSFV protein were collected from NCBI and analyzed through computational method. Peptides binding affinities were predicted using IEDB Tepitool and NetCTLpan was used to predict rhe CTL epitopes. The 3D structures of the protein were obtained either downloading from the Protein Database and homology modelling, and the nonamer peptide structures were drew by using ChemBioDraw Ultra 14.0 and then prepared through geometry optimization and energy minimization. The epitopes were further tested for binding against the SLA molecules using molecular docking technique at any amino acid residues to calculate its binding energy and verify the binding cleft epitope interactions.

"