Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Virus Japanese encephalitis (JEV) merupakan virus neuropathogen yang dapat menyebabkan penyakit pada sistem syaraf pusat seperti meningitis dan beberapa encephalitis. Meskipun vaksin telah dikembangkan, sampai saat ini belum ada obat yang spesifik dan efektif yang tersedia. Pada penelitian sebelumnya, telah dilakukanskrining terhadap inhibitor RNA helikase JEV, yaitu suatu enzim yang esensial untuk replikasi virus dari isolat Actinomycetes dan ditemukan bahwa Streptomyces chartreusis dapat menghasilkan inhibitor RNA helikase JEV. Pada studi ini, protein ekstraseluler yang dapat menghambat aktivitas ATPase dari RNA helikase JEV dipurifikasi dari kultur supernatan Streptomyces chartreusis menggunakan pengendapan ammonium sulfat dan kromatografi gel filtrasi. Analisis SDS-PAGEmemperlihatkan pita tunggal dengan perkiraan berat molekul 11,4 kDa, sehingga dapat dikatakan inhibitor telah berhasil dipurifikasi menjadi protein tunggal.

---

Abstractapanese encephalitis virus (JEV) is a neuropathogenic virus commonly caused central nervous diseases such as meningitis and severe encephalitis. Although vaccine has been developed, no specific and effective drug is available so far. We previously carried out a screening of inhibitor of JEV RNA helicase, an enzyme that essentialfor virus replication, from Actinomycetes and found that Streptomyces chartreusis produce the inhibitor of JEV RNA helicase. In this study, an extracellular protein which has inhibition activity on ATPase activity of JEV RNA helicase was purified from supernatant ofStreptomyces chartreusis culture by ammonium sulfate precipitation and size exclusion chromatography. SDS-PAGE analysis showed a singleband with aproximate molecular mass of 11,4 kDa, suggesting that the inhibitor was successfully purified into a single protein."

"Japanese encephalitis (JE) merupakan penyakit endemik di Asia,bahkan telah menjadi penyakit hiperendemik di Bali, Indonesia.Keterbatasan vaksin dan belum adanya obat anti virus JE telah menjadikendala utama dalam mengatasi penyakit tersebut. Salah satu alternatifadalah penemuan kandidat obat berupa inhibitor RNA helikase virus JE.Penelitian bertujuan mengisolasi suatu substansi inhibitor aktivitas ATPaseRNA helikase virus JE dari kultur Streptomyces achromogenes (Okami danUmezawa, 1953). Protein RNA helikase virus JE berfungsi sebagai substratdiekspresikan dari plasmid pET-21b yang telah ditransformasi ke dalamEscherichia coli BL21 (DE3) pLysS. Substansi inhibitor diisolasi darisupernatan S. achromogenes yang telah dikultur selama 3 hari. Supernatanmedium kultur menghasilkan persentase inhibisi sebesar 26,8%. Proteininhibitor telah berhasil diisolasi dengan pengendapan amonium sulfat 0--75%, dialisis, dan kromatografi filtrasi gel menggunakan Sephadex G-50 fine.Uji aktivitas inhibisi dilakukan dengan uji kolorimetrik ATPase dan dianalisisdengan SDS-PAGE 12%. Substansi hasil pengendapan amonium sulfatsebelum dialisis menunjukkan persentase inhibisi sebesar 82,36% dansetelah dialisis sebesar 87,77%. Hasil kromatografi filtrasi gel menunjukkanaktivitas inhibisi tinggi mulai dari fraksi 4--11 dengan aktivitas inhibisi berturutturut78,89%; 78,59%; 78,08%; 74,59%; 69,09%; 65,58%; 65,85%; 55.13%.Analisis SDS-PAGE hasil isolasi dan pemurnian protein inhibitor menunjukkan substansi protein inhibitor RNA helikase virus JE memiliki berat molekul kurang lebih 37 kDa."

"Telah dilakukan penelitian penapisan senyawa inhibitor dari Actinomycetes terhadap RNA helikase virus Japanese encephalitis (JE). Penelitian dilakukan selama delapan bulan (Februari--September 2006) di Laboratorium Virologi Molekular, Pusat Penelitian (Puslit) Bioteknologi LIPI, Cibinong. Penelitian bertujuan untuk memperoleh isolat-isolat Actinomycetes indigenos Indonesia penghasil inhibitor terhadap RNA helikase virus JE. Plasmid pET-21 b telah membawa gen NS3 helikase virus JE (pET-21 b/JEV ΔNS3) kemudian ditransformasi ke dalam Escherichia coli BL21 (DE3) pLysS. Jumlah supernatan isolat Actinomycetes yang ditapis sebanyak 1.000 supernatan. Penapisan inhibitor RNA helikase dilakukan dengan uji kolorimetrik ATPase.Hasil penapisan menunjukkan sebanyak 730 isolat memiliki persentase inhibisi berkisar 0,180%--49,891%. Sebanyak 339 isolat menunjukkan efek inhibisi 0,180--9,991%, 210 isolat menunjukkan efek inhibisi 10,035--19,688%, 96 isolat memperlihatkan efek inhibisi 20,011-- 29,667%, 56 isolat memiliki efek inhibisi 30,051--39,863%, dan 29 isolat memiliki efek inhibisi 40,144--49,891%. Persentase inhibisi tertinggi diperoleh dari Actinoplanes sp. 5-849, sedangkan persentase inhibisi terendah diperoleh dari Streptomyces sp. 4-700. Hasil inhibisi negatif terhadap RNA helikase virus JE ditunjukkan oleh 270 isolat. Inhibitor yang dihasilkan oleh isolat Actinomycetes indigenos Indonesia mampu menghambat RNA helikase virus JE dengan penghambatan hidrolisis ATP menjadi ADP dan Pi (fosfat inorganik)."

"Actinomycetes diketahui menghasilkan inhibitor RNA helikase virus Japanese encephalitis (JEV), tetapi belum diketahui menghasilkan inhibitor RNA helikase virus hepatitis C (HCV). Virus hepatitis C satu famili dengan JEV yaitu Flaviviridae. Penelitian bertujuan memperoleh isolat Actinomycetes indigenous Indonesia yang menghasilkan inhibitor RNA helikase HCV. Penelitian dilakukan di Laboratorium Virologi Molekular, Pusat Penelitian Bioteknologi-LIPI, Cibinong selama delapan bulan (Februari> September 2006). Plasmid pET-21b yang telah membawa RNA helikase HCV, ditransformasi ke dalam E. coli BL21(DE3)pLysS. Penapisan inhibitor RNA helikase menggunakan metode kolorimetrik ATPase. Hasil penapisan inhibitor RNA helikase HCV dari Actinomycetes menunjukkan bahwa 784 isolat dari 1.000 isolat Actinomycetes yang digunakan dalam penapisan, menunjukkan hasil inhibisi yang positif, dengan kisaran inhibisi yaitu 0,22-49,22%. Kisaran persentase inhibisi 0,22-19,96% berasal dari 661 isolat, sedangkan kisaran inhibisi 20,00-29,68% diperoleh dari 83 isolat. Sebanyak 29 isolat memperlihatkan kisaran inhibisi 30,04-39,55%, sedangkan 11 isolat menunjukkan kisaran persentase inhibisi 40,30-49,22%. Isolat Actinomycetes yang menunjukkan tidak adanya inhibisi terhadap RNA helikase HCV sebanyak 216 isolat. Persentase inhibisi terbesar (49,22%) diperoleh dari Streptomyces maritimus 4-956, sedangkan persentase inhibisi terkecil (0,22%) diperoleh dari Micromonospora sp. 4-405. Beberapa Actinomycetes mempunyai kemampuan menginhibisi RNA helikase HCV, yaitu dengan cara menghambat hidrolisis ATP menjadi ADP + Pi sehingga RNA helikase tidak mempunyai energi untuk membuka dsRNA."

"Enzim peroksidase adalah enzim yang mengkatalisis reaksi oksidasi sejumlah substrat yang merupakan donor hidrogen seperti asam askorbat, benzidin , pirogalol. dan fenol oleh hidrogen perokslda. Enzim ini banyak memberikan manfaat baik dalam bidang medis maupun industri. Oleh karena itu perlu dilakukan pencarian sumber peroksidase, salah satunya adalah jamur Corttnaiias msgnivetatus. Penetitian rnr bertujuan untuk mengisolasi enzim peroksidase dan jamur Cortinarius magnivelatus dan memurnikannya secara parsial serta mengkarakterisasi enzim yang telah terisolasi tersebut. Telah dilakukan isolasi enzim peroksidase dan jamur Cortinarius magnivelatus yang menghasilkan enzim ekstrak kasar dengan nilai aktivitas spesifik 0.249 U/mg. Pemumian secara parsial dilakukan dengan cara fraksionasi dengan garam ammonium sulfat, dialisis, dan kromatografi penukar anion DEAE-Selulosa dengan pengelusi buffer fosfat 0.05 M pH 8,0; buffer fosfat 0.05 M pH 7,0; dan buffer fosfat 0.2 M pH 7,0. Tahap pemumian dengan cara Fraksionasi menggunakan ammonium sulfat (55 %) dihasilkan enzim dengan nilai aktivitas spesifik sebesar 0,626 U/mg dan tingkat kemurnian 2,514 kali. Sedangkan tahap pemumian dengan kromatografi kolom DEAE Selulosa menghasilkan enzim peroksidase dengan aktivitas spesifik sebesar 9.788 U/mg dan tingkat kemumian 39.309 kali dari ekstrak kasamya. Karakteristik dilakukan dengan menentukan pH dan suhu optimum, kinetlka reaksi enzim peroksidase dan uji kualitatif dalam mengkatallsis pembentukan senyawa polimer. Hasil pengujian karakteristik terhadap enzim peroksidase terisoiasi tersebut menunjukkan bahwa enzim peroksidase terisoiasi memiliki aktivitas maksimum pada pH 7,0; dan suhu optimum 30°C, dengan nilai Km sebesar 0.0026 M. Uji kualitatif pembentukan senyawa polimer dari guaiakol dengan katalis enzim peroksidase menunjukkan hasil positif dengan terbentukhya warna merah kecoklatan dibanding blanko."

"Pada penelitian terdahulu telah diusulkan dua buah ligan polipeptida siklik disulfida-CDEEC dan CDGSC-sebagai inhibitor potensial untuk enzim RNA-dependent RNA-polymerase virus dengue melalui molecular docking. Simulasi molecular docking dilakukan dengan keadaan tanpa pelarut dimana enzim dibuat rigid dan ligan dibiarkan bebas berotasi untuk mencari konformasi terbaik. Pada kenyataan dalam sistem seluler terdapat pelarut yang membuat enzim memiliki pergerakan dinamis. Oleh karena itu dalam penelitian ini dilakukan simulasi dinamika molekul untuk memperkirakan sistem kompleks enzim-ligan yang lebih nyata. Simulasi dinamika molekul dijalankan pada selama 5ns pada suhu 300 dan 312 K. Pada akhir simulasi 300 K CDEEC membentuk ikatan dengan dua residu penting pada RdRp yaitu Arg-729 dan Arg-737 sedangkan CDGSC tidak berikatan dengan residu penting manapun. CDEEC juga memberikan hasil yang lebih baik dibanding CDGSC pada simulasi 312 K. CDEEC membentuk ikatan dengan dua residu penting yaitu Arg-737 dan Ser-710 sementara CDGSC tidak berikatan dengan satupun residu penting. Berdasarkan hasil tersebut CDEEC merupakan inhibitor yang lebih baik dan layak untuk dikembangkan sebagai obat anti dengue.

---

Previous researches have proposed two ligands of disulfide cyclic polypeptide which are CDEEC and CDGSC as potential inhibitor of RNA-dependent RNA-polymerase dengue virus by molecular docking. Molecular docking simulation is done without a solvent in which enzyme is made rigid and ligand was left free to rotate to find teh best conformation. In fact in a cellular system there is a solvent that makes the enzyme has a dynamic movement. Therefore in this paper molecular dynamics simulation is done to estimate more reliable condition of enzyme-ligand complex. In this work molecular dynamics simulation is done during 5 ns with two different temperature, 300 and 312 K. At the end of MD simulation at 300 K, CDEEC binds to two RdRp important residues, Arg-729 and Arg-737 while CDGSC doesn’t bind to any important residues. Simulation at 312 K also revealed nearly the same result, CDEEC binds to two RdRP important residues, Arg-737 and Ser-710, whereas CDGSC doesn’t bind to any important residues. Based on the result of these two simulation, CDEEC is proposed as a better inhibitor of RdRp dengue virus and feasible to be developed as anti-dengue drug."

"ABSTRAKArbovirus (arthropode-borne virus) yang timbul dan timbul kembali telah memengaruhi berbagai aspek kehidupan manusia. Infeksi arbovirus terbanyak di Indonesia: dengue, Japanese encephalitis (JE) dan chikungunya (CHIK) menyebabkan kasus luar biasa tiap tahun. Ketersediaan metode deteksi JE dan CHIK sangat terbatas di Indonesia. Pengembangan in-house IgM antibody-capture Enzyme Linked Immunosorbent Assay (MAC ELISA) dengan antigen local terinaktivasi akan meningkatkan deteksi dan pemantauan dengan meningkatkan spesifisitas dan sensitivitas. Antigen diproduksi dalam kultur sel dengan sel BHK-21 dan sel Vero kemudian diinaktivasi dengan gamma-irradiasi dan 0,01% beta-propiolakton. Kinerja Antigen dievaluasi dengan uji MAC ELISA dan titer virus dihitung dengan uji plak. Virus Japanese encephalitis dan chikungunya terinaktivasi pada 20 kGy gamma- irradiasi dan 0,01% BPL. In-house MAC ELISA telah dioptimisasi dengan inkubasi 2 jam. Kit in-house MAC ELISA yang telah dikembangkan berguna untuk deteksi dan pemantauan JE dan Chik dengan fasilitas terbatas.

---

ABSTRACTThe emerging and re-emerging arthropod-borne viruses (arboviruses) have effected many aspects of human existence. Three major arbovirus infection in Indonesia: dengue, Japanese encephalitis (JE) and chikungunya (CHIK) causes numerous outbreaks each year. However, availability of detection methods for JE and CHIK are very limited in Indonesia. Development of in-house IgM antibody-capture Enzyme Linked Immunosorbent Assay (MAC ELISA) with inactivated local antigen will improve detection and surveillance capability across Indonesia by increasing its specificity and sensitivity. Antigens were produced in cell culture using BHK-21 cells and Vero cells then inactivated using gamma-irradiation and 0.01% beta-propiolactone (BPL). Antigen performance was evaluated using MAC ELISA and virus titer were calculated using plaque assay. Japanese encephalitis virus and chikungunya virus was inactivated at 20 kGy with 0.01% BPL. Optimized in-house MAC ELISA protocol using these antigen has been developed. Developed in-house MAC ELISA kit will be beneficial for detection and surveillance of JE and CHIK with limited facility. "

"Latar Belakang: Saat ini diketahui ada tiga cara yang dapat dilakukan untuk terapi penderita alergi, yaitu menghindari alergen, intervensi farmakologis dan imunoterapi (Bratawidjaja, 1998). Cara yang terbaik dan paling aman adalah menghindari alergen, tetapi cara tersebut sulit dilakukan pada alergen yang terdapat di udara. Penggunaan obat anti alergi seperti antihistamin harus memperhatikan banyak hal, yaitu dosis yang digunakan harus tepat, menghindari penggunaan jenis obat lain yang dapat menyebabkan interaksi dengan metabolit hepar, pemberian antihistamin harus lebih hati-hati pada penderita kelainan fungsi hepar atau gangguan jantung (Siregar, 1998). Sedangkan hasil terapi dengan imunoterapi sulit mencapai hasil yang memuaskan kecuali pada penderita yang alergik terhadap satu atau dua jenis alergen. Selain itu jangka waktu terapi relatif lama dan biayanya relatif mahal. Karena itu dirasa perlu dicari alternatif terapi alergi yang lain yang lebih efektif, mudah dan lebih murah dibandingkan terapi yang sudah ada. Tujuan dan sasaran: Penelitian ini bertujuan memurnikan protein plasmapeksin dan melakukan karakterisasi protein plasmapeksin hasil pemurnian. Dengan diperolehnya protein plasmapeksin murni diharapkan dimasa yang akan datang plasmapeksin murni dapat digunakan sebagai terapi alternatif untuk pengobatan penderita alergi atopik."

"Penyakit demam berdarah dengue yang disebabkan virus denguemerupakan penyakit yang menjadi risiko pada negara-negara di daerah tropisdan subtropis, dengan kejadian tiap tahunnya mencapai 100 juta kasus.Sampai saat ini belum ditemukan adanya vaksin yang dapat mencegahterjadinya infeksi Olen karena itu diperlukan suatu upaya untuk menemukanobat berupa innibitor yang dapat menghambat enzim-enzim yang berperanpada replikasi virus dengue, salah satunya enzim RNA-dependent RNApolymerase (RdRp), yang berperan dalam penggandaan RNA virus dengue.Peptida dipilin menjadi innibitor yang potensial karena memiliki spesifitas danaktivitas yang tinggi. Untuk meningkatkan kestabilan, peptida dirancang siklikdengan adanya jembatan disulfida. Peptida yang dirancang menggunakankombinasi aspartat dan glutamat. Berdasar nasil docking diketahui banwapeptida siklik dengan kombinasi residu CDEEC mempunyai nilai energi ikatyang terendan, yaitu sekitar -10,04 kkal/mol dan nilai Ki sebesar 43,44 nMyang mengindikasikan konformasi terstabil Iigan-enzim, serta memiliki kontakdengan residu enzim dengan jumlan terbanyak yaitu 13 residu."