Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Penelitian dilakukan untuk memperoleh identitas 12 isolat khamir dari perairan laut dan mangrove Cagar Alam Pulau Rambut berdasarkan daerah internal transcribed spacer (ITS1; 5,8S dan ITS2). Penelitian dilakukan di Laboratorium Mikrobiologi dan Laboratorium Genetika, Departemen Biologi, FMIPA UI, Depok dari September 2006 hingga September 2007. Daerah ITS diamplifikasi dengan metode PCR menggunakan primer ITS 5 (forward) dan ITS 4 (reverse). Elektroforesis hasil PCR dari 12 isolat memperlihatkan polimorfisme fragmen daerah ITS berukuran 400--700 pb yang mengindikasikan adanya keanekaragaman genetik. Primer ITS 5 (forward) digunakan dalam reaksi cycle sequencing daerah ITS. Pencarian homologi data sequence pada database DNA GenBank menggunakan program basic local alignment search tool (BLAST). Berdasarkan analisis sequence daerah ITS, 12 isolat khamir diidentifikasi sebagai: Candida Berkhout sp.1. (isolat W1114), Candida Berkhout sp. 2. (isolat W144), Candida Berkhout sp.3. (isolat W127), C. fukuyamaensis Nakase dkk. (isolat W1126), C. parapsilosis (Ashford) Langeron & Talice (isolat W314), Debaryomyces Lodder & Kregervan Rij sp. (isolat W3324), D. hansenii (Zopf) Lodder & Kreger-van Rij (isolat W3351), Rhodotorula minuta (Saito) F.C Harrison (isolat W3329), R. mucilaginosa (Jorgensen) F.C. Harrison (isolat W322, W324 dan W325), dan Trichosporon dermatis Sugita, Takashima, Nakase & Shinoda (isolat W3338)."

"ABSTRAKRumah sakit merupakan tempat yang dihuni oleh pasien yang umumnya memiliki daya tahan tubuh yang rentan. Oleh karena itu, rumah sakit, terutama kamar operasi haruslah berada dalam keadaan relatif steril. Adanya mikroorganisme dalam kamar operasi dikhawatirkan dapat menimbulkan infeksi nosokomial. Telah dilakukan isolasi dan identifikasi untuk mengetahui jenis-jenis kapang yang terdapat dalam ruang Instalasi Bedah Pusat-Rumah Sakit dr. Cipto Mangunkusumo (IBP-RSCM), Jakarta. Pengambilan sampel dilakukan dengan cara membuka cawan petri yang berisi medium Tauge Extract Agar (TEA) selama 15 menit. Pengambilan sampel dilakukan sebelum dan sesudah ruangan dibersihkan. Cawan petri tersebut kemudian diinkubasikan pada suhu kamar dan pengamatan dilakukan selama lima hari berturut-turut. Kapang dipelihara pada medium Potato Dextrose Agar (FDA). Identifikasi dilakukan dengan menggunakan medium Czapek's Dox Agar (CDA), Malt Extract Agar (MEA), dan FDA. Hasil penelitian memperlihatkan bahwa terdapat 18 jenis kapang yang dapat diisoiasi dan diidentifikasi dari IBP-RSCM. Kapang yang ditemukan merupakan kapang dari marga Aspergillus, Chaetomium, Cladosporium, Curvularia, Fusarium, Humicola, Mortierella, Penicillium, dan Wallemia. Kapang yang memiliki persentase keberadaan terbesar sebelum ruangan dibersihkan adalah Aspergillus sedangkan sesudah ruangan dibersihkanadalah Penicillium."

"Universitas Indonesia Culture Collection (UICC) memiliki koleksi strain-strain Rhizopus oryzae Went dan Prinsen Geerligs yang diisolasi dari tempe dan telah diidentifikasi berdasarkan karakter fenotipik (morfologi dan fisiologi). Tujuan penelitian adalah melakukan re-identifikasi lima strain R. oryzae (UICC 10, UICC 85, UICC 119, UICC 120, dan UICC 135) berdasarkan data sequence daerah internal transcribed spacers ribosomal DNA dan analisis filogenetik untuk memperoleh identitas spesies yang akurat. Amplifikasi dan sequencing daerah ITS rDNA dilakukan menggunakan primer forward ITS 5 dan primer reverse ITS 4. Data sequence dikirim ke database DNA GenBank untuk pencarian homologi dengan program BLAST. Sequence alignment dilakukan menggunakan program Clustal X. Konstruksi pohon filogenetik dilakukan menggunakan metode Neighbor Joining, model dua parameter Kimura, dan nilai bootstrap 1000 kali pengulangan. Karakterisasi morfologi dan pengujian kemampuan tumbuh pada variasi suhu dilakukan untuk mendukung hasil re-identifikasi dan melengkapi deskripsi strain masing-masing. Hasil amplifikasi daerah ITS rDNA menunjukkan bahwa kelima strain R. oryzae UICC memiliki panjang fragmen dengan ukuran 600--700 pb. Hasil pencarian homologi BLAST menunjukkan bahwa kelima strain memiliki homologi 99,8% terhadap type strain R. oryzae CBS 112.07T. Hasil analisis filogenetik menunjukkan bahwa kelima strain berada dalam satu grup yang monofiletik dengan strain tipe R. oryzae CBS 112.07T dan strain-strain R. oryzae dari database DNA GenBank, dengan dukungan nilai bootstrap yang tinggi (84%). Re-identifikasi lima strain R. oryzae UICC secara molekuler menghasilkan identitas spesies yang sama, yaitu sebagai R. oryzae, dan didukung oleh karakter morfologi dan fisiologi.

---

Universitas Indonesia Culture Collection (UICC) has collection of Rhizopus oryzae Went and Prinsen Geerligs strains, which were isolated from tempeh. These strains were identified based on phenotypic characters (morphology and physiology). The aim of this study was to re-identify five strains of R. oryzae (UICC 10, UICC 85, UICC 119, UICC 120, and UICC 135), based on internal transcribed spacers (ITS) region of ribosomal DNA sequence data to obtain accurate identification at species level.

Amplification and sequencing of ITS region of rDNA were performed using primer set, forward primer ITS 5 and reverse primer ITS 4. The sequence data was sent to GenBank DNA database for homology search using BLAST. Sequence alignment was carried out using Clustal X. Construction of phylogenetic tree was performed using Neighbor Joining method, Kimura's two parameter model and bootstrap values of 1000 iterations. Characterization of the five strains based on morphology and growth ability at temperature variations were carried out to support the description of each strain.

Amplification result showed that the strains have fragment length of ITS region of rDNA about 600--700 bp. Results of BLAST homology search of the strains showed a very high similarity (99.8%) to the type strain R. oryzae CBS 112.07T. Phylogenetic tree showed that the five strains were clustered together in a monophyletic group with the type strain R. oryzae CBS 112.07T and other R. oryzae strains from GenBank DNA database, and supported by high bootstrap value (84%). Re-identification of five strains of R. oryzae UICC based on molecular method showed that they were identified as R. oryzae, similar to previous identification, and supported by morphological and physiological characterization."

"Universitas Indonesia Culture Collection UICC memiliki koleksi Rhizopus spp. yang diisolasi dari tempe dan telah diidentifikasi berdasarkan karakter morfologi dan fisiologi. Tujuan penelitian adalah re-identifikasi lima strain R. oligosporus koleksi UICC UICC 27, UICC 40, UICC 51, UICC 67, dan UICC 116 berdasarkan data sequence daerah internal transcribed spacers rDNA dan analisis filogenetik. Amplifikasi dan sequencing daerah ITS rDNA menggunakan pasangan primer forward ITS5 dan primer reverse ITS4. Data sequence daerah ITS rDNA Rhizopus koleksi UICC dikirim ke database GenBank untuk pencarian homologi BLAST terhadap spesies terdekat dengan pembatasan pencarian hanya pada type material. Pembuatan pohon filogenetik menggunakan metode neighbor joining dengan model evolusi dua parameter Kimura, serta bootstrapping dilakukan sebanyak 1000 kali pengulangan. Karakterisasi morfologi makroskopik dan mikroskopik dan fisiologi pertumbuhan pada variasi suhu dilakukan untuk menunjang hasil identifikasi molekuler. Hasil elektroforesis gel produk PCR daerah ITS rDNA menunjukkan kelima strain memiliki ukuran fragmen ITS rDNA pada kisaran 500--700 pb, dan hasil sequencing lengkap daerah ITS rDNA kelima strain menunjukkan panjang berkisar antara 655--658 pb. Hasil BLAST menunjukkan strain UICC 27, UICC 40, UICC 51, dan UICC 67 memiliki homologi 99,2 ; sedangkan strain UICC 116 memiliki homologi 99,8 terhadap type strain R. oryzae CBS 112.07T. Berdasarkan konsep spesies filogenetik, strain UICC 27, UICC 40, UICC 51, dan UICC 67 dapat diidentifikasi sebagai R. delemar karena pada pohon filogenetik berada dalam satu kelompok yang monofiletik dengan type strain R. delemar CBS 120.12T, dengan dukungan nilai bootstrap 90 ; sedangkan strain UICC 116 diidentifikasi sebagai R. oryzae karena pada pohon filogenetik berada dalam satu kelompok yang monofiletik dengan type strain R. oryzae CBS 112.07T , dengan dukungan nilai bootstrap 82 . Hasil penelitian menunjukkan bahwa kedua spesies tidak dapat dibedakan secara morfologi, kelima strain menunjukkan karakter morfologi yang sesuai dengan R. oryzae. Namun demikian, terdapat perbedaan karakter fisiologi antara R. oryzae dan R. delemar, yaitu pertumbuhan pada variasi suhu.

---

Universitas Indonesia Culture Collection UICC has strains collection of Rhizopus spp. which were isolated from tempeh and identified based on phenotypic characters morphology and physiology . The aim of this study was to re identify five strains of R. oligosporus UICC 10, UICC 85, UICC 119, UICC 120, and the UICC 135 , based on internal transcribed spacers region of ribosomal DNA sequence data and phylogenetic analysis. Amplification and sequencing of ITS region of rDNA were performed using primer set forward primer ITS 5 and reverse primer ITS 4. The sequence data was sent to GenBank for homology search using basic local alignment search tool BLAST program, restricted only to type materials. Construction of phylogenetic tree was performed using Neighbor Joining method with Kimura's two parameter evolution model and bootstrapping with 1,000 replicates. Characterization of morphological and physiological growth at variation of temperature data was carried out to support molecular identification results. Gel electrophoresis showed that five strains have fragment length of ITS region of rDNA, about 500 700 bp. Full sequence data of ITS rDNA of five strains showed the length of their ITS rDNA was ranged 655 658 bp. BLAST homology search results showed that UICC 27, UICC 40, UICC 51, and UICC 67 strain have similarity 99,2 to the type strain of R. oryzae CBS 112.07T, whilst UICC 116 strain showed a higher similarity 99,8 to the type strain of R. oryzae CBS 112.07T. Based on phylogenetic species concept, four strains UICC 27, UICC 40, UICC 51, and UICC 67 were identified as R. delemar. They were clustered with the type strain of R. delemar CBS 120.12T in a monophyletic group, and supported by 90 bootstrap value. Another one strain UICC 116 was identified as R. oryzae. It was clustered with the type strain of R. oryzae CBS 112.07T in a monophyletic group and supported by 82 bootstrap value. Morphological characterization results indicated that the two species are indistinguishable and they showed morphological characters that correspond to R. oryzae. However, the physiological characters i.e. growth at temperature variations differ between of R. delemar and R. oryzae."