Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Resistensi oseltamivir sebagai inhibitor neuraminidase virus influenza A subtype H1N1 telah dilaporkan oleh Cheng, et al pada tahun 2009. Sebagai salah satu upaya mengatasi pemasalahan ini, beberapa penelitian yang menggunakan metode simulasi molecular docking telah dilakukan untuk merancang dan menemukan ligan peptide siklis yang dapat berperan sebagai inhibitor potensial neuraminidase H1N1 sehingga dapat menghambat replikasi virus tersebut.Pada penelitian ini dipelajari dan dievaluasi interaksi ligan terhadap enzim dalam keadaan terhidrasi dengan menggunakan metode simulasi dinamika molekul pada temperatur yang berbeda. Simulasi dilakukan terhadap tiga inhibitor peptida siklis disulfida yaitu DNY, LRL, NNY dan oseltamivir, zanamivir sebagai ligan standar. Hasil penelitian menunjukkan pergerakan dinamis yang dimiliki oleh kelima kompleks enzim-ligan dalam keadaan terhidrasi mempengaruhi interaksi ligan terhadap residu asam amino enzim.Pada akhir simulasi temperatur 300 K, ligan DNY memiliki interaksi dengan sisi katalitik enzim Asp 151, Arg 293, ligan LRL dengan Arg 118, Arg 293, ligan NNY dengan Asp 151, Glu 425 dan Arg 293. Pada temperatur 312 K, ligan DNY tidak memiliki interaksi dengan sisi katalitik enzim. Ligan LRL memiliki interaksi dengan sisi katalitik enzim Asp 151, Glu 425, Tyr 402, ligan NNY dengan Asp 151, Glu 278 dan Arg 293. Konformasi yang terlihat berbeda pada enzim memperlihatkan perilaku dinamis enzim dalam pelarut dan adanya pengaruh kehadiran inhibitor. Konformasi yang berubah akibat perilaku dinamis kompleks enzim-ligan juga dapat terlihat dalam plot kurva RMSD.

---

Resistence of oseltamivir as an inhibitor of neuraminidase influenza A virus subtype H1N1 has been reported by Cheng, et al in 2009. To solve this problem, several researchs by molecular docking method have been conducted to design and discover disulfide cyclic peptide ligand which become potential inhibitors for neuraminidase H1N1 to inhibit the replication of this virus.

This research was studied and evaluated the interaction of ligands toward enzyme in the hydrated state using molecular dynamics simulation at two different temperatures. Simulations performed on three disulfide cyclic peptide inhibitors namely DNY, LRL, NNT along with oseltamivir, zanamivir as a standard ligand. The result provided that dynamic movement of five proposed ligand in the hydrate state affecting ligand interaction of the enzyme amino acid residues.

In the end of simulation, two of three disulfide cyclic peptide inhibitors have good interaction with catalytic site of the enzyme. At the end of simulation temperature of 300 K, DNY formed hydrogen bond with catalytic site Asp 151, Arg 293, LRL with Arg 118, Arg 293, NNY with Asp 151, Glu 425 and Arg 293. Then at the end of simulation temperature of 312 K, DNY could not form hydrogen bond with catalytic site of enzyme. LRL formed hydrogen bond with Asp 151, Glu 425, Tyr 402, NNY with Asp 151, Glu 278, and Arg 293. Different conformations of enzymes which occur during simulation showed the dynamic behaviour of the enzyme in the presence of solvent and inhibitor. The changing of enzymes conformation as the result of dynamic behaviour of the enzyme in the presence of solvent and inhibitor also could be seen in RMSD curve."

"Pada penelitian terdahulu telah diusulkan dua buah ligan polipeptida siklik disulfida-CDEEC dan CDGSC-sebagai inhibitor potensial untuk enzim RNA-dependent RNA-polymerase virus dengue melalui molecular docking. Simulasi molecular docking dilakukan dengan keadaan tanpa pelarut dimana enzim dibuat rigid dan ligan dibiarkan bebas berotasi untuk mencari konformasi terbaik. Pada kenyataan dalam sistem seluler terdapat pelarut yang membuat enzim memiliki pergerakan dinamis. Oleh karena itu dalam penelitian ini dilakukan simulasi dinamika molekul untuk memperkirakan sistem kompleks enzim-ligan yang lebih nyata. Simulasi dinamika molekul dijalankan pada selama 5ns pada suhu 300 dan 312 K. Pada akhir simulasi 300 K CDEEC membentuk ikatan dengan dua residu penting pada RdRp yaitu Arg-729 dan Arg-737 sedangkan CDGSC tidak berikatan dengan residu penting manapun. CDEEC juga memberikan hasil yang lebih baik dibanding CDGSC pada simulasi 312 K. CDEEC membentuk ikatan dengan dua residu penting yaitu Arg-737 dan Ser-710 sementara CDGSC tidak berikatan dengan satupun residu penting. Berdasarkan hasil tersebut CDEEC merupakan inhibitor yang lebih baik dan layak untuk dikembangkan sebagai obat anti dengue.

---

Previous researches have proposed two ligands of disulfide cyclic polypeptide which are CDEEC and CDGSC as potential inhibitor of RNA-dependent RNA-polymerase dengue virus by molecular docking. Molecular docking simulation is done without a solvent in which enzyme is made rigid and ligand was left free to rotate to find teh best conformation. In fact in a cellular system there is a solvent that makes the enzyme has a dynamic movement. Therefore in this paper molecular dynamics simulation is done to estimate more reliable condition of enzyme-ligand complex. In this work molecular dynamics simulation is done during 5 ns with two different temperature, 300 and 312 K. At the end of MD simulation at 300 K, CDEEC binds to two RdRp important residues, Arg-729 and Arg-737 while CDGSC doesn’t bind to any important residues. Simulation at 312 K also revealed nearly the same result, CDEEC binds to two RdRP important residues, Arg-737 and Ser-710, whereas CDGSC doesn’t bind to any important residues. Based on the result of these two simulation, CDEEC is proposed as a better inhibitor of RdRp dengue virus and feasible to be developed as anti-dengue drug."

"Perkembangan studi genomik dan proteomik disertai dengan ilmu komputasi dapat memfasilitasi penemuan berbagai target protein dan inhibitor yang potensial untuk dikembangkan sebagai obat. Beberapa penelitian menggunakan metode molecular docking telah dilakukan untuk merancang dan menemukan ligan peptida siklis disulfida yang dapat berperan sebagai inhibitor potensial untuk NS3-NS2B protease virus dengue dengan serotype DENV-2 yang dapat menghambat proses replikasi virus. Pada penelitian ini mempelajari dan mengevaluasi interaksi ligan terhadap enzim dalam keadaan terhidrasi menggunakan metode simulasi dinamika molekul pada dua temperatur berbeda. Simulasi dilakukan terhadap dua inhibitor peptida siklis disulfida yaitu KRK dan RKR serta peptida linier Bz-Nle-K-R-R-H sebagai ligan standar. Diperoleh bahwa pergerakan dinamis yang dimiliki ketiga kompleks ligan-enzim dalam keadaan terhidrasi mempengaruhi interaksi ligan terhadap residu asam amino enzim. Ligan RKR merupakan ligan yang memiliki afinitas paling baik terhadap enzim dibandingkan ligan KRK dan standar. Ditunjukkan dengan interaksi ligan terhadap sisi aktif enzim yang tetap terbentuk selama simulasi dilakukan. Pada akhir simulasi temperatur 300 K, ligan RKR memiliki kontak residu dengan His51 dan berikatan hidrogen dengan Asp75. Kemudian pada akhir simulasi temperatur 312 K, ligan RKR dapat berikatan hidrogen dengan Asp75. Konformasi yang terlihat berbeda pada enzim memperlihatkan perilaku dinamis enzim dalam pelarut dan adanya pengaruh kehadiran inhibitor.

---

Development of genomic and proteomic studies coupled with computational sciences could facilitate the discovery of various target proteins and potential inhibitor to be developed as drugs. Several researchs by molecular docking method have been conducted to design and discover disulfide cyclic peptide ligand which become potential inhibitors for NS2B-NS3 protease of dengue virus with serotype DENV-2 in order to inhibit replication of dengue virus. This research study and evaluate the interaction of ligands and the enzyme in the hydrate state using molecular dynamics simulations at two different temperatures. Simulations performed on two disulfide cyclic peptide inhibitors namely KRK and RKR along with one linear peptide Bz-Nle-K-R-R-H as a standard ligand. The result provided that dynamic movement of three proposed ligand in the hydrate state affecting ligand interaction of the enzyme amino acid residues. RKR ligand has the best affinity to the enzyme than the KRK and the standard ligand. It is shown by the ligand interaction on the enzyme active site which remains to be formed during the simulation performed. At the end of simulation temperature of 300 K, RKR ligand has residue contact with His51 and formed hydrogen bond with Asp75. Then at the end of simulation temperature of 312 K, RKR ligands also could form a hydrogen bond with Asp75. Different conformations of enzymes which occur during simulation showed the dynamic behaviour of the enzyme in the presence of solvent and inhibitor."

"Virus influenza A subtipe H1N1 menjadi perhatian kesehatan global karena memiliki patogenisitas yang tinggi disebabkan gen penyusunnya berupa RNA yang mudah mengalami mutasi. Pengobatan dengan antiviral (oseltamivir dan zanamivir) adalah salah satu upaya untuk mencegah pandemik influenza, namun terjadi resistansi terhadap obat antiviral tersebut. Resistansi ini sudah diatasi dengan penemuan laninamivir. Laninamivir terbukti mampu menginhibisi aktivitas neuraminidase virus influenza A dan B, termasuk subtipe N1 sampai N9 dan virus yang resistan terhadap oseltamivir. Penelitian ini akan dilakukan drug design berbasis laninamivir, hal ini disebabkan laninamivir dapat menghambat kerja neuraminidase secara efektif, sehingga hasil modifikasi dari laninamivir dapat menghambat kerja neuraminidase lebih efektif daripada laninamivir itu sendiri. Proses molecular docking dilakukan untuk mendapatkan 3 ligan terbaik dari 336 ligan modifikasi. Hasil molecular docking menunjukkan bahwa AM3G1, CA3G1 dan F1G2 memiliki energi bebas ikatan dan interaksi yang lebih baik daripada standar. Selanjutnya dari hasil analisis toxicological properties secara keseluruhan ligan AM3G1, CA3G1, dan F1G2 tidak bersifat carcinogen dan mutagen.

---

Influenza A virus subtype H1N1 becomes a global concern because it has high pathogenicity, due to the constituent genes of the virus is RNA. Treatment with antiviral (oseltamivir and zanamivir) is the way to prevent pandemic influenza, but influenza virus resistance to antiviral drugs. This resistance has been overcome by laninamivir. Laninamivir proved able to inhibit neuraminidase activity of influenza A and B viruses, including subtypes N1 to N9 and viruses resistant to oseltamivir. This research was conducted to modify laninamivir-based

drug design, so that results of modified laninamivir can inhibit neuraminidase more effective than laninamivir itself. Molecular docking was conducted to get 3 best ligand modifications from 336 modifications. Results of molecular docking indicated that AM3G1, CA3G1 and F1G2 have interaction and free binding energy better than standards. Furthermore, the analysis of toxicological properties of the ligand AM3G1, CA3G1, and F1G2 shown that the ligands have noncarcinogen and non-mutagen."

"Latar Belakang: Virus Newcastle Disease (ND) menyebabkan kerugian ekonomi yang sangat tinggi pada peternakan unggas. Walaupun penggunaan vaksinasi merupakan pilihan terbaik saat ini dalam mencegah infeksi virus, namun dalam suatu kondisi dibutuhkan pengembangan antiviral. Hingga saat ini langkah terapi profilaktik terhadap infeksi virus pada peternakan unggas belum pernah dikembangkan, sedangkan penggunaan antiviral yang beredar saat ini sangat tidak mungkin digunakan dengan pertimbangan ekonomi. Penelitian ini bertujuan untuk mengembangkan suatu senyawa berupa sialidase asal bakteri Clostridium perfringens yang berpotensi sebagai antiviral dan membuktikan efek penghambatan infeksi virus sehingga dapat digunakan sebagai terapi profilaktik terhadap infeksi virus ND.Metode: Penelitian diawali dengan memproduksi enzim sialidase yang berasal dari hasil supernatan kultur bakteri C. perfringens tipe A. Sialidase dipurifikasi dengan metode presipitasi ammonium sulfat, ion exchange chromatography dan affinity chromatography. Sialidase tersebut selanjutnya diuji aktivitas dan stabilitasnya terhadap beberapa pH dalam waktu inkubasi tertentu. Uji kemampuan hidrolisis reseptor sialic acid dan toksisitas terhadap sel dilakukan pada beberapa dosis pemberian sialidase menggunakan sel kultur primer Chicken Embryonic Fibroblast (CEF). Pembuktian kemampuan sialidase dalam menghambat infeksi virus pada sel host dilakukan dengan menghitung viral copy number dan ekspresi gen penyandi molekul sitokin yang berperan terhadap respon sel akibat infeksi virus ND.Hasil: Sialidase dari bakteri C. perfringens tipe A pada penelitian ini mampu diproduksi dengan efisien secara native dan dapat dimurnikan sehingga diperoleh aktivitas spesifik sebesar 75 U/mg serta stabil selama 72 jam pada suhu 37℃. Dosis tertinggi sialidase yang dapat ditolerir oleh sel CEF yakni sebesar 187,5 mU/ml dan mampu menghidrolisis reseptor sialic acid pada permukaan sel. Pemberian sialidase pada dosis tertinggi hingga dosis terendah mampu menurunkan secara drastis replikasi virus pada sel host. Hal tersebut juga didukung berdasarkan pengamatan terhadap perbedaan ekspresi gen penyandi molekul sitokin pada sel yang ditreatment dengan sialidase dibandingkan kontrol infeksi virus NDKesimpulan: Sialidase asal bakteri C. perfringens tipe A berpotensi dapat digunakan sebagai terapi profilaksis antivirus melalui aktivitas competitive inhibition terhadap reseptor sialic acid pada sel host.

---

Introduction: Newcastle Disease (ND) virus causes very high economic losses on poultry farms. Although vaccination is the best option in preventing viral infections, but under certain conditions development of antivirals is required. Prophylactic treatment against viral infection in poultry have not been developed, while the use of currently circulating antivirals is very unlikely to be used due to economic considerations. This study aims to produce a substance called sialidase from Clostridium perfringens that potential as an antiviral and demonstrate its inhibitory effect on viral infection so that it can be used as prophylactic therapy against ND virus infection.

Methods: This research was initiated by producing sialidase enzyme derived from the supernatan culture of C. perfringens type A bacteria. Sialidase was purified by ammonium sulfate precipitation method, ion exchange chromatography and affinity chromatography. The sialidase was tested for its activity and stability on several pH within a certain incubation time. Hydrolysis ability of sialic acid receptors and cell toxicity were carried out at several doses of sialidase administration using primary cultured Chicken Embryonic Fibroblast (CEF) cells. The capacity of sialidase to prevent viral infection in host cells was demonstrated by estimating the viral copy number and expression of genes encoding cytokine molecules that play a role in cell response due to ND virus infection.

Results: In this study, C. perfringens type A bacteria were able to produce sialidase then natively purified to obtain specific activity of 75 U/mg and stable for 72 hours at 37℃. The highest dose of sialidase that CEF cells can tolerate and capable to hydrolyze sialic acid receptors on the cell surface is 187.5 mU/ml. Sialidase dosages ranging from 750 mU/ml to 46.87 mU can drastically reduce viral replication in CEF cells. This is also supported by observations expression alteration of genes encoding cytokine molecules in sialidase treated cells and ND virus infection.

Conclusion: Sialidase from Clostridium perfringens tipe A has the potential to be used as prophylactic antiviral therapy through its competitive inhibition activity against sialic acid receptors on host cells."

"Latar belakang: Adanya kasus-kasus tersangka H5N1 dengan manifestasi klinis berat namun negatif virus H5N1 menyebabkan perlunya investigasi adanya etiologi lain pada pasien-pasien tersebut. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui patogen saluran pernafasan lain pada pasien tersangka H5N1 sehingga diperoleh data mikroorganisme penyebab ISPA berat.Metode: Penelitian ini menggunakan bahan biologi tersimpan (BBT) berupa sampel klinis (apus hidung atau tenggorok, tracheal aspirate dan bronchoalveolar lavage) dari pasien tersangka H5N1 yang telah terkonfirmasi negatif virus H5N1. Dilakukan pemeriksaan terhadap 16 virus dan 8 bakteri menggunakan Multiplex PCR serta Real Time PCR pada BBT dari 230 kasus tersangka H5N1 yang dirawat. BBT tersebut diterima Badan Penelitian dan Pengembangan Kesehatan pada Juli 2008 hingga Juni 2009.Hasil: Dari 230 kasus tersangka H5N1, Klebsiella pneumoniae merupakan bakteri yang paling dominan ditemukan pada anak-anak dan dewasa. Virus influenza A (non H5N1) merupakan virus penyebab yang umum ditemukan pada anak-anak sedangkan pada orang dewasa gambaran etiologi oleh virus cukup bervariasi dengan ditemukannya virus influenza A (non H5), Enterovirus, HRV A/B, Coronavirus 229E/NL63 dengan presentase yang rendah. Infeksi campuran oleh bakteri Klebsiella pneumoniae, Streptococcus pneumoniae and Haemophillus influenzae umumnya ditemukan pada anak-anak sedangkan Klebsiella pneumoniae dan Streptococcus pneumoniae merupakan infeksi campuran yang dominan pada dewasa. Virus influenza A and Klebsiella pneumoniae merupakan penyebab utama infeksi campuran oleh bakteri dan virus yang ditemukan pada anak-anak.Kesimpulan: Berdasarkan pemeriksaan yang dilakukan, bakteri merupakan penyebab ISPA terbanyak pada anak-anak maupun dewasa, walaupun juga ditemukan infeksi yang disebabkan oleh virus-virus yang umum menyerang saluran pernafasan. Infeksi campuran oleh bakteri dan virus juga ditemukan baik pada anak-anak maupun dewasa.

---

AbstractBackground: Since a lot of suspected H5N1 cases with severe ARI manifestation were hospitalized and negative for H5N1, it raised a concern to investigate the other etiologies among hospitalized-suspected H5N1 cases. The aim of present study is to investigate the other respiratory pathogens of hospitalized-suspected H5N1 cases in which will provide valuable insight in the etiologies and epidemiology data of ARI.Methods: We tested the archived respiratory clinical specimens (nasal or throat swab, tracheal aspirate and bronchoalveolar lavage) that were already confirmed as negative H5N1 for 16 viruses and 8 bacteria existence by Multiplex PCR and Real-Time PCR from 230 hospitalized-suspected H5N1 cases received in July 2008 to June 2009.Results: Of the 230 hospitalized-suspected H5N1 cases, Klebsiella pneumoniae was the most dominant bacterial pathogen in children and adult. Moreover, the common viral pathogens in children was influenza A (non H5), while it was varied in adults as influenza A (non H5), Enterovirus, HRV A/B, Coronavirus 229E/NL63 were found very low. Bacterial mix infection of Klebsiella pneumoniae, Streptococcus pneumoniae and Haemophillus influenzae mainly occurred in children while co-infections of Klebsiella pneumoniae and Streptococcus pneumoniae were frequently found in adults. In addition, the major bacterial-viral mix infection found among children was influenza A and Klebsiella pneumoniae.Conclusion: From all of the samples tested, bacterial infections remain the most common etiologies of ARI in adults and children although there were infections caused by viruses. Mix infection of bacterial and viral also found among adults and children."

"Virus West Nile (WNV) adalah virus yang dapat menimbulkan penyakit demam West Nile dan ditularkan melalui nyamuk di daerah beriklim sedang dan tropis. Virus West Nile, yang pertama kali diidentifikasi di sungai Nil, bagian barat Uganda pada tahun 1937, saat ini telah menyebar secara global, dengan kasus pertama di dunia barat diidentifikasi di New York City pada tahun 1999, dan di Indonesia pada tahun 2014. Penelitian ini bertujuan untuk mengkonstruksi model matematika penyebaran virus West Nile yang melibatkan populasi manusia, nyamuk serta burung berdasarkan model epidemi SIR (Susceptible, Infected, Recovered). Model matematika yang dibentuk adalah model matematika dengan sistem persamaan diferensial biasa non-linier berdimensi delapan. Metode penelitian yang digunakan pada skripsi ini adalah studi literatur, melakukan kajian analitik terhadap model yang dikonstruksi serta melakukan kajian numerik, yang terdiri dari analisis sensitivitas dan simulasi autonomous, untuk menggambarkan hasil analitik yang diperoleh dengan menggunakan software Maple. Kajian analitik dilakukan dengan mencari dan menganalisis titik keseimbangan bebas penyakit & titik keseimbangan endemik serta menentukan basic reproduction number (R0) dari model yang telah dikonstruksi dengan menggunakan next generation matrix. Didapatkan bahwa model memiliki dua titik keseimbangan, yaitu satu titik keseimbangan bebas penyakit (DFE) yang stabil asimptotik lokal ketika R0<1 dan satu titik keseimbangan endemik (EE) yang stabil asimptotik ketika R0>1, serta munculnya bifurkasi maju pada saat R0=1. Dari analisis sensitivitas menggunakan parameter yang digunakan pada skripsi ini, didapatkan bahwa parameter infeksi nyamuk ke manusia berpengaruh secara linier pada nilai R0, sedangkan hasil simulasi autonomous menunjukkan bahwa dalam jangka pendek jika nilai parameter infeksi semakin besar, maka jumlah populasi manusia, nyamuk, dan burung terinfeksi juga semakin besar. Tetapi hal ini tidak terjadi untuk jangka panjang, karena didapatkan bahwa baik nilai parameter infeksi besar maupun kecil, tidak memberikan pengaruh yang signifikan terhadap jumlah populasi yang terinfeksi.

---

West Nile virus (WNV) is a virus that can cause West Nile fever and is transmitted by mosquitoes in temperate and tropical climates. The West Nile virus, which was first identified in the Nile river, western Uganda in 1937, has now spread globally, with the first case in the western world identified in New York City in 1999, and in Indonesia in 2014. This study aims to construct a mathematical model of the spread of the West Nile virus involving human, mosquito and bird populations based on the SIR (Susceptible, Infected, Recovered) epidemic model. The mathematical model formed is a mathematical model with a system of eight-dimensional non-linear ordinary differential equations. The research method used in this thesis is literature study, conducting an analytical study of the constructed model and conducting a numerical study, which consists of sensitivity analysis and autonomous simulation, to describe the analytical results obtained, using Maple software. The analytical study is carried out by finding and analyzing disease-free equilibrium points (DFE) and endemic equilibrium points (EE) as well as determining the basic reproduction number (R0) of the model constructed using the next generation matrix. It was found that the model has two equilibrium points, namely a disease-free equilibrium point which is locally asymptotically stable when R0<1 and an endemic equilibrium point which is asymptotically stable when R0>1, and the emergence of forward bifurcation at R0=1. From the sensitivity analysis, it was found that the parameter of mosquito infection to humans has a linear effect on the R0 value, while the results of the autonomous simulation show that in the short term, if the value of the infection parameter is greater, the number of infected humans, mosquitoes, and birds will also increase. However, this did not happen in the long term, because it was found that both large and small infection parameter values did not have a significant effect on the number of infected populations."

"Virus influenza A/(H1N1) dapat menyebabkan infeksi akut pada sistem pernapasan manusia. Peran penting neuraminidase dalam replikasi virus dan tingginya conserved pada sisi aktif, membuat neuraminidase menjadi target utama dalam perancangan obat antiviral virus influenza. Namun perkembangan mutasi virus yang sangat cepat menyebabkan beberapa obat antiviral mulai mengalami resistensi terhadap virus tersebut. Pemilihan peptida sebagai kandidat obat karena peptide memiliki aktifitas dan selektifitas yang baik. Pembentukan siklisasi disulfida pada perancangan ligan peptida bertujuan untuk meningkatkan kestabilan dari peptida tersebut. Dari perancangan ligan didapatkan 5096 heksapeptida siklis sebagai kandidat obat. Simulasi molecular docking dilakukan untuk menapis ligan yang memiliki nilai ΔG dan interaksi antara ligan dan enzim dan molecular dynamics dilakukan untuk melihat interaksi intra dan intermolekuler, mencakup perubahan bentuk ikatan antara atom akibat adanya tekukan, uluran atau rotasi. Kedua simulasi dilakukan dengan menggunakan software MOE2008.10. Berdasarkan pada hasil simulasi molecular docking dan drug scan menunjukan terdapat dua ligan yang memiliki interaksi terhadap residu target dan sifat yang baik. Ligan tersebut adalah CRMYPC dan CRNFPC. Kedua ligan ini memiliki nilai ΔGbinding -31,7402 kkal/mol dan -31,0144 kkal/mol. Dan kedua ligan ini tidak bersifat mutagenik dan karsinogenik, dan bioavabilitas oral yang baik. Ligan CRMYPC memiliki interaksi yaitu ikatan hidrogen dengan residu sisi aktif neuraminidase pada simulasi molecular dynamics. Hasil diatas menunjukan bahwa ligan CRMYPC dapat digunakan sebagai kandidat penghambat neuraminidase untuk melawan virus influenza A subtibe H1N1.

---

Influenza A virus/ (H1N1) can cause severe infection in human respiratory system. Neuraminidase has important role in viral replication, which makes neuraminidase be a major target in drug design. However, the influenza A virus is evolving fast, some drug resistance strains are emerging. Thus, it is critical to seek potential alternative treatments. Peptides are preferable for designing inhibitor because of its high activity and specificity.

Cyclization of peptide ligands by S-S disulfide bridge in order to increase its stability. We have designed 5096 hexapeptide cyclic as drug candidates. We used MOE 2008.10 software for the molecular docking and dynamics simulation.

Based on the results of molecular docking simulations and drug scan showed there are two ligands that have good residual interaction of the target and properties. They are CRMYPC and CRNFPC, that have ΔGbinding -31,7402 kcal/mol and -31,0144 kcal/mol. Both of these ligands are not mutagenic and carcinogenic, and good oral bioavailability. The molecular dynamics simulation was performed ligand CRMYPC have hydrogen bonding interactions with residues active side of neuraminidase. Based on docking and dynamics simulation result, ligand CRMYPC could be proposed as a potential inhibitor of neuraminidase."

"Latar belakang: Infeksi virus Epstein-Barr (EBV) dapat menjadi infeksi oportunistik pada anak dengan HIV. Gejala infeksi EBV sulit dibedakan dengan infeksi HIV dan bersifat laten. Infeksi EBV laten dapat reaktivasi mulai dari gangguan limfoproliferatif hingga terjadinya keganasan. Di Indonesia belum ada data mengenai infeksi EBV pada anak dengan HIV. Tujuan: Mengetahui proporsi, karakteristik dan faktor-faktor yang berhubungan dengan terjadinya infeksi EBV pada anak dengan HIV di RSUPN Dr. Cipto Mangunkusumo Jakarta. Metode: Penelitian potong lintang untuk melihat karakteristik infeksi EBV pada anak dengan HIV dan faktor-faktor yang berhubungan di RSUPN Dr. Cipto Mangunkusumo Jakarta, periode bulan September 2020 hingga Februari 2021. Sampel darah diambil untuk dilakukan pemeriksaan PCR EBV kualitatif (whole blood), darah perifer lengkap, kadar CD4 dan viral load HIV. Hasil: Total subyek 83 anak dengan HIV. Proporsi subyek terinfeksi EBV sebesar 28,9%, dengan rerata usia 9,58 tahun. Limfadenopati merupakan gejala terbanyak, meskipun tidak dapat dibedakan dengan infeksi lain. Dua anak mengalami keganasan akibat EBV yaitu Limfoma Non Hodgkin dan leiomiosarkoma. Sebanyak 75% subyek terinfeksi EBV yang berusia di bawah 12 tahun mengalami anemia (rerata Hb 10,68 ± 2,86 g/dL), dapat disebabkan infeksi EBV atau penyebab lain. Hasil analisis bivariat menunjukkan kadar viral load HIV > 1000 kopi/mL berhubungan dengan terjadinya infeksi EBV pada subyek (OR 2,69 (1,015-7,141); P = 0,043). Simpulan: Proporsi anak dengan HIV yang terinfeksi EBV di RSUPN Dr. Cipto Mangunkusumo Jakarta adalah 28,9%, dengan kadar viral load HIV > 1000 kopi/mL berhubungan dengan terjadinya infeksi EBV pada anak dengan HIV.

---

Background: Epstein-Barr virus (EBV) infection can be an opportunistic infection in HIV-infected children. EBV infection is difficult to be differentiated from HIV infection, and it can be latent. Latent EBV infection can reactivate into lymphoproliferative disorders and malignancy. There is no data on EBV infection in HIV-infected children in Indonesia.

Objective: To identify the proportion, manifestations and factors associated with EBV infection in HIV-infected children in Dr. Cipto Mangunkusumo National Central Hospital Jakarta.

Methods: Cross-sectional study to examine the manifestations of EBV infection in HIV-infected children and it’s associated factors in Dr. Cipto Mangunkusumo National Central Hospital Jakarta, during September 2020 to February 2021. Blood samples were taken to examine qualitative EBV PCR (whole blood), complete blood count, CD4 levels and HIV viral load.

Results: Total subjects were 83 HIV-infected children. The proportion of children infected with EBV was 28.9%, with mean age 9.58 years. Lymphadenopathy was the most common symptoms, although it was difficult to differentiate from other infections. Two children have malignancy due to EBV, namely Non-Hodgkin's lymphoma and leiomyosarcoma. Total 75% of EBV-infected subjects under 12 years of age were anemic (mean Hb 10.68 ± 2.86 g/dL), could be due to EBV infection or other causes. Bivariate analysis showed HIV viral load levels > 1000 copies/mL were associated with EBV infection in subjects (OR 2.69 (1.015-7.141); P = 0.043).

Conclusion: The proportion of EBV infection in HIV-infected children in Dr. Cipto Mangunkusumo National Central Hospital Jakarta is 28.9%, with HIV viral load levels > 1000 copies/mL were associated with the EBV infection in HIV-infected children."