Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Salah satu permasalahan dalam genetika adalah mencari barisan DNA lengkap dari jaringan tertentu. Metode yang dapat digunakan untuk masalah ini adalah metode Sequencing by Hybridization (SBH). Dalam SBH terdapat dua tahapan yaitu tahap biokimia dan tahapan komputasional. Pada tahapan biokimia akan diperoleh l-spektrum. Selanjutnya, l-spektrum disusun untuk memperoleh barisan DNA lengkap pada tahapan komputasional. Pencarian barisan DNA lengkap dapat dimodelkan dengan masalah pencarian sirkuit Euler pada graf DNA. Dalam skripsi ini akan dibahas Teorema Matriks Pohon untuk menentukan banyaknya pohon rentangan terhadap simpul vi pada graf berarah bisa dengan menggunakan kofaktor matriks. Selanjutnya, dibahas Teorema BEST yang digunakan untuk menghitung banyaknya sirkuit Euler pada sembarang graf berarah dengan menggunakan banyaknya pohon rentangan berarah terhadap suatu simpul vi serta derajat simpul-simpulnya pada graf berarah."

"Penyejajaran antar barisan DNA dilakukan untuk melihat tingkat kemiripan antara barisan tersebut. Sebagian besar metode dalam penyejajaran barisan menggunakan pendekatan program dinamik. Salah satu metode yang sering digunakan adalah Metode Needleman-Wunsch. Pada metode tersebut semua lintasan yang ada ditelusuri. Metode yang digunakan dalam tugas akhir ini, tidak menelusuri semua lintasan yang ada. Lintasan yang ditelusuri adalah lintasan yang skornya dibatasi oleh suatu nilai tetap tertentu. Pada percobaan yang telah dilakukan, nilai batas tersebut menentukan diperoleh atau tidaknya lintasan yang dicari dalam penyejajaran barisan."

"Sebuah graf roda berarah yang siklik berorder dapat direpresentasikan melalui matriks antidjacency yang dinyatakan dengan dan matriks adjacency yang dinyatakan dengan. Matriks antiadjacency dan adjacency adalah matriks persegi yang entrinya hanya 0 dan 1. Pada matriks adjacency dari suatu graf berarah, entri 1 menyatakan terdapat suatu busur berarah yang menghubungkan simpul ke simpul, sedangkan entri 0 menyatakan tidak ada busur berarah yang menghubungkan simpul ke simpul. Sementara pada matriks antiadjacency, menyatakan hal yang sebaliknya. Secara umum, setiap koefisien pada polinomial karakteristik dari matriks antiadjacency suatu graf berarah terkait dengan lintasan Hamilton, sementara setiap koefisien pada polinomial karakteristik dari matriks adjacency dari suatu graf berarah tidak terkait dengan lintasan Hamilton. Pada penelitian ini dibuktikan bahwa setiap koefisien pada polinomial karakteristik dari matriks maupun matriks memiliki sifat yang sesuai dengan keumuman tersebut. Selain itu matriks antiadjaceny dan adjacency dari graf roda berarah yang siklik, masing-masing memiliki nilai-nilai eigen yang bernilai real dan nilai-nilai eigen yang kompleks. Ternyata juga diperoleh bahwa nilai eigen kompleks sama dengan negatif dari nilai eigen kompleks.

---

A directed cylic wheel graph with order, can be represented by the antiadjacency matrix that denoted by and the adjacency matrix that denoted by. The antiadjacency and the adjacency matrix are square matrices that has entries 0 and 1. In the adjacency matrix of a directed graph, the entry 1 denotes there is an directed edge that connects the vertex to the vertex, while the entry 0 denotes there are no directed edges that connect the vertex to the vertex. While in the antiadjacency matrix, those entries denote the otherwise. In general, every coefficient of characteristic polynomial of antiadjacency matrix of a directed graph has relation with the Hamiltonian path, while every coefficient of characteristic polynomial of adjacency matrix of a directed graph does not. In this research, it is proved that every coefficient of the characteristic polynomial of or has properties that are in accordance with the generality. In addition the antiadjacency and the adjacency matrix of directed cyclic wheel graph, each of them has real and complex eigenvalues. It is also obtained that the complex eigenvalues of equals to the negative of the complex eigenvalues of."

"This unique textbook/​reference presents unified coverage of bioinformatics topics relating to both biological sequences and biological networks, providing an in-depth analysis of cutting-edge distributed algorithms, as well as of relevant sequential algorithms. In addition to introducing the latest algorithms in this area, more than fifteen new distributed algorithms are also proposed. Topics and features: Reviews a range of open challenges in biological sequences and networks, beginning with an informal description of the problem before defining it formally Describes in detail both sequential and parallel/​distributed algorithms for each problem, briefly discussing software packages if there are any available Suggests approaches for distributed algorithms as possible extensions to sequential algorithms, when the distributed algorithms for the topic are scarce Proposes a number of new distributed algorithms in each chapter, to serve as potential starting points for further research Concludes each chapter with self-test exercises, a summary of the key points, a comparison of the algorithms described, and a literature review This clearly-written and easy to follow work is ideal as a textbook for graduate and senior undergraduate students of computer science and biology, and as a self-study guide for any interested reader with a basic background in discrete mathematic s and algorithms. Researchers in bioinformatics will also find the book to be a useful reference on this subject. Dr. K. Erciyes is Rector of Izmir University, Turkey, where he also serves as a professor in the Computer Engineering Department. His other publications include the Springer title Distributed Graph Algorithms for Computer Networks."

"Ruang Lingkup dan Cara Penelitian: Terdapat dua molekul.DNA ekstrakromosom pada berbagai spesies Plasmodium: elemen DNA linier sebesar 6 kb dan elemen DNA sirkuler 35 kb. Elemen 6 kb pada P. falciparum dan P. yoelii telah lengkap disekuens dan dapat diidentifikasi 3 ORF yang menunjukkan homologi dengan gen cyb, COI dan COAT pada DNA mitokondria, tapi elemen ini tidak memiliki gen tRNA dan hanya memiliki (ragmen rRNA. Peran dan fungsi elemen DNA ekstrakromosom ini belum diketahui secara pasti dan sebagai Iangkah awal untuk mengetahui dan memahaminya adalah dengan membuktikan bahwa elemen 6kb ini diekspresi. Pendekatan yang dilakukan adalah berdasarkan pada penggunaan antibodi yang spesifik sebagai pelacak terhadap produk putatif gen cyb pada elemen 6 kb. Tujuan penelitian ini adalah: (1) mendesain peptida berdasarkan urutan asam amino dad produk putatif gen apositokrom b yang sesuai sebagai imunogen, (2) membuat antibodi antipeptida yang spesifik dan (3) menggunakan antibodi antipeptida sebagai pelacak untuk mencari produk gen dengan teknik western immunoblofting. Antibodi yang ideal harus dapat mengenali protein asli, karena itu peptida dibuat mewakili daerah unik dam mempunyai antigenisitas tinggi. Untuk menginduksi produksi antibodi, peptida sintetik yang telah dikonjugasi dengan protein pembawa disuntikkan pada kelinci. Titer antibodi terhadap peptida ditentukan dengan teknik ELISA Direk. Spesifisitas antibodi antipeptida ditentukan dengan teknik ELISA Direk dan slot blot. Antibodi dengan spesifisitas tinggi digunakan sebagai pelacak untuk mencari produk putatif dengan teknik western immunoblotting. Hasil dan Kesimpulan: Berdasarkan beberapa kriteria dipilih dua daerah dari rangkaian asam amino yang diprediksi dari sekuens gen cyb pada elemen 6 kb, masing-masing mewakili ujung amino (terdiri dad 10 asam amino) dan karboksi (terdiri.dari 12 asam amino). Reaktivitas antiserum terhadap masing-masing konjugat memperlihatkan bahwa ujung karboksi Iebih imunogenik jika dibandingkan dengan ujung amino. Hasil karakterisasi keempat antibodi antipeptida menunjukkan hanya anti KLH-Cyb 365.376 mempunyai spesifisitas tinggi terhadap peptida, sehingga dipilih untuk digunakan dalam penelitian selanjutnya. Karakterisasi lebih lanjut dengan slot blot menunjukkan bahwa anti KLH-Cyb 365.376 bereaksi spesifik dengan protein P. falciparum.. Dengan teknik western immunobloifing memperlihatkan reaksi spesifik anti KLH-Cyb 365.376 dengan polipeptida yang mempunyai mobilitas elektroforetik 66-70 kDa."

"Beberapa tahun terakhir ini, Support Vector Machine (SVM) telah populer digunakan sebagai model machine learning. Hal ini terutama karena SVM dapat dianalisis secara teoritis, dan secara bersamaan dianggap memberikan kinerja yang lebih baik daripada model machine learning yang biasa digunakan sebelumnya. Pada makalah ini dibahas pendekatan matematis model SVM dalam memecahkan masalah pengenalan pola. Selanjutnya dibahas pula penggunaan model tersebut berupa kajian awal penentuan jenis splice site pada suatu barisan DNA terutama dari segi kemampuan generalisasi atau tingkat keakuratannya. Hasil yang diperoleh menunjukkan bahwa kemampuan generalisasi SVM sangat baik yaitu sekitar 95.4 %.

---

Study on Generalization Capability of Support Vector Machine in Splice Site Type Recognition of DNA Sequence. Recently, support vector machine has become a popular model as machine learning. A particular advantage of SVM over other machine learning is that it can be analyzed theoretically and at same time can achieve a good performance when applied to real problems. This paper will describe analytically the using of SVM to solve pattern recognition problem with a preliminary case study in determining the type of splice site on the DNA sequence, particularity on the generalization capability. The result obtained show that SVM has a good generalization capability of around 95.4 %."

"Ruang Lingkup dan Cara Penelitian : Telah umum diketahui bahwa pada manusia ditemukan penyakit yang berhubungan dengan mutasi DNA mitokondria (DNA mitokondria). Namun mekanisme molekuler yang bertanggung jawab terhadap proses penyakit tersebut belum jelas diketahui. Salah satu contoh yang khas dari penyakit akibat mutasi DNA mitokondria adalah Leber's Hereditary Optic Neuropathy (LHON), yang mempunyai pola pewarisan maternal. Karakteristik khas dari LHON berupa kebutaan mendadak akibat atrofi saraf optik bilateral ditemukan pada sebagian anggota keluarga tertentu penderita LHON. 50-70% keluarga LHON membawa mutasi pada nukleotida 11778G>A, gen yang menyandi subunit ND4 Bari kompleks I enzim rantai respirasi mitokondria. Tujuan penelitian ini adalah: (I) untuk melestarikan galur sel fibroblas dari pasien LHON dengan lesi genetik jelas; (2) menentukan kestabilan genetik dari galur sel tersebut dalam kaitannya dengan mutasi DNA mitokondria 11778G>A; dan (3) menentukan akibat mutasi DNA mitokondria 11778G>A terhadap aktivitas kompleks I enzim rantai respirasi pada galur sel Mi. Untuk pelestarian galur sel fibroblas, digunakan biopsi kulit dari dua anggota keluarga besar penderita LHON keturunan Cina berasal dari Jambi, dengan mutasi DNA mitokondria I 1778G>A yang hampir homoplasmi. Untuk mengungkapkan kestabilan sifat genetik galur sel fibroblas di atas, derajat heteroplasmisitas DNA mitokondria termutasi ditemukan dengan teknik PCR-RFLP. Sei fibroblas awal sebelum dipasase ternyata hampir homoplasmi terhadap DNA mitokondria termutasi. Untuk melihat akibat mutasi DNA mitokondria 11778G>A terhadap aktivitas kompleks I pada sel fibroblas pasien LHON dilakukan uji histokimiawi NADH-tetrazolium dehidrogenase (NADH-TD) yang mencerrninkan aktivitas kompleks I karena mencakup sebagian besar reaksi kompleks I. Aktivitas tersebut diukur secara mikrofotometrik menggunakan Micro Photometer MSP21 (Carl Zeiss, Jarman). Hasil dan Kesimpulan : Sifat homoplasmisitas pada DNA mitokondria kedua pasien LHON tersebut terlihat pada beberapa jaringan. Galur sel fibroblas yang homoplasmi berhasil dikembangkan dari biopsi kulit kedua pasien LHON tersebut. Setelah 10 generasi dan setelah dilakukan beberapa biakan paralel, terbukti kedua galur sel tersebut tetap stabil mendekati homoplasmi terhadap DNA mitokondria termutasi. Akibat mutasi DNA mitokondria 11778G>A berupa penurunan bermakna sekitar 30% dari aktivitas NADH-TD pada sel fibroblas pasien LHON dibandingkan kontrol normal."