Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Penyakit demam berdarah dengue yang disebabkan virus denguemerupakan penyakit yang menjadi risiko pada negara-negara di daerah tropisdan subtropis, dengan kejadian tiap tahunnya mencapai 100 juta kasus.Sampai saat ini belum ditemukan adanya vaksin yang dapat mencegahterjadinya infeksi Olen karena itu diperlukan suatu upaya untuk menemukanobat berupa innibitor yang dapat menghambat enzim-enzim yang berperanpada replikasi virus dengue, salah satunya enzim RNA-dependent RNApolymerase (RdRp), yang berperan dalam penggandaan RNA virus dengue.Peptida dipilin menjadi innibitor yang potensial karena memiliki spesifitas danaktivitas yang tinggi. Untuk meningkatkan kestabilan, peptida dirancang siklikdengan adanya jembatan disulfida. Peptida yang dirancang menggunakankombinasi aspartat dan glutamat. Berdasar nasil docking diketahui banwapeptida siklik dengan kombinasi residu CDEEC mempunyai nilai energi ikatyang terendan, yaitu sekitar -10,04 kkal/mol dan nilai Ki sebesar 43,44 nMyang mengindikasikan konformasi terstabil Iigan-enzim, serta memiliki kontakdengan residu enzim dengan jumlan terbanyak yaitu 13 residu."

"Pada penelitian terdahulu telah diusulkan dua buah ligan polipeptida siklik disulfida-CDEEC dan CDGSC-sebagai inhibitor potensial untuk enzim RNA-dependent RNA-polymerase virus dengue melalui molecular docking. Simulasi molecular docking dilakukan dengan keadaan tanpa pelarut dimana enzim dibuat rigid dan ligan dibiarkan bebas berotasi untuk mencari konformasi terbaik. Pada kenyataan dalam sistem seluler terdapat pelarut yang membuat enzim memiliki pergerakan dinamis. Oleh karena itu dalam penelitian ini dilakukan simulasi dinamika molekul untuk memperkirakan sistem kompleks enzim-ligan yang lebih nyata. Simulasi dinamika molekul dijalankan pada selama 5ns pada suhu 300 dan 312 K. Pada akhir simulasi 300 K CDEEC membentuk ikatan dengan dua residu penting pada RdRp yaitu Arg-729 dan Arg-737 sedangkan CDGSC tidak berikatan dengan residu penting manapun. CDEEC juga memberikan hasil yang lebih baik dibanding CDGSC pada simulasi 312 K. CDEEC membentuk ikatan dengan dua residu penting yaitu Arg-737 dan Ser-710 sementara CDGSC tidak berikatan dengan satupun residu penting. Berdasarkan hasil tersebut CDEEC merupakan inhibitor yang lebih baik dan layak untuk dikembangkan sebagai obat anti dengue.

---

Previous researches have proposed two ligands of disulfide cyclic polypeptide which are CDEEC and CDGSC as potential inhibitor of RNA-dependent RNA-polymerase dengue virus by molecular docking. Molecular docking simulation is done without a solvent in which enzyme is made rigid and ligand was left free to rotate to find teh best conformation. In fact in a cellular system there is a solvent that makes the enzyme has a dynamic movement. Therefore in this paper molecular dynamics simulation is done to estimate more reliable condition of enzyme-ligand complex. In this work molecular dynamics simulation is done during 5 ns with two different temperature, 300 and 312 K. At the end of MD simulation at 300 K, CDEEC binds to two RdRp important residues, Arg-729 and Arg-737 while CDGSC doesn’t bind to any important residues. Simulation at 312 K also revealed nearly the same result, CDEEC binds to two RdRP important residues, Arg-737 and Ser-710, whereas CDGSC doesn’t bind to any important residues. Based on the result of these two simulation, CDEEC is proposed as a better inhibitor of RdRp dengue virus and feasible to be developed as anti-dengue drug."

"Demam berdarah merupakan penyakit yang telan menjadi pandemik didaeran tropis dan subtropis dan ningga saat ini tidak ada vaksin yang dapatdigunakan untuk mengobati infeksi akibat virus dengue. Upaya Iain untukdapat mengnambat infeksi akibat virus ini, yaitu pengembangan antiviral.Salan satu target antiviral yang potensial acialan enzim RNA-dependent RNApolymerase (RdRp), yang berperan dalam proses replikasi RNA virus denguedan sel manusia tidak memilikinya Peptida dipilin menjadi innibitor yangpotensial karena memiliki spesifitas dan aktivitas yang tinggi. Untukmeningkatkan kestabilan, peptida dirancang siklik dengan adanya jembatanciisulficia Pepticia yang dirancang menggunakan kombinasi aspartat,glutamat, glisin, serin, arginin, dan lisin. Kandidat Iigan dianalisis berdasarkannasil docking dan drugsca/7. Ligan dengan energi bebas ikat terendah dansesuai dengan kriteria obat kemudian dilakukan analisis terhadapinteraksinya ciengan enzim. Ligan siklik CSGDC yang memenuhi kriteria obatternyata dapat berikatan dengan sisi aktif enzim yaitu aspartat 533 danaspartat 633, serta memiliki energi bebas ikat sekitar -29.6122 Kkal/mol.Pengamatan simulasi dinamika molekul pada tanap inisialisasi dilakukanuntuk melihat perubahan interaksi Iigan ternadap enzim. Hasil pengamatanternyata memperlihatkan banwa Iigan CSGDC masih berinteraksi denganasam amino aspartat 663."

"Perkembangan studi genomik dan proteomik disertai dengan ilmu komputasi dapat memfasilitasi penemuan berbagai target protein dan inhibitor yang potensial untuk dikembangkan sebagai obat. Beberapa penelitian menggunakan metode molecular docking telah dilakukan untuk merancang dan menemukan ligan peptida siklis disulfida yang dapat berperan sebagai inhibitor potensial untuk NS3-NS2B protease virus dengue dengan serotype DENV-2 yang dapat menghambat proses replikasi virus. Pada penelitian ini mempelajari dan mengevaluasi interaksi ligan terhadap enzim dalam keadaan terhidrasi menggunakan metode simulasi dinamika molekul pada dua temperatur berbeda. Simulasi dilakukan terhadap dua inhibitor peptida siklis disulfida yaitu KRK dan RKR serta peptida linier Bz-Nle-K-R-R-H sebagai ligan standar. Diperoleh bahwa pergerakan dinamis yang dimiliki ketiga kompleks ligan-enzim dalam keadaan terhidrasi mempengaruhi interaksi ligan terhadap residu asam amino enzim. Ligan RKR merupakan ligan yang memiliki afinitas paling baik terhadap enzim dibandingkan ligan KRK dan standar. Ditunjukkan dengan interaksi ligan terhadap sisi aktif enzim yang tetap terbentuk selama simulasi dilakukan. Pada akhir simulasi temperatur 300 K, ligan RKR memiliki kontak residu dengan His51 dan berikatan hidrogen dengan Asp75. Kemudian pada akhir simulasi temperatur 312 K, ligan RKR dapat berikatan hidrogen dengan Asp75. Konformasi yang terlihat berbeda pada enzim memperlihatkan perilaku dinamis enzim dalam pelarut dan adanya pengaruh kehadiran inhibitor.

---

Development of genomic and proteomic studies coupled with computational sciences could facilitate the discovery of various target proteins and potential inhibitor to be developed as drugs. Several researchs by molecular docking method have been conducted to design and discover disulfide cyclic peptide ligand which become potential inhibitors for NS2B-NS3 protease of dengue virus with serotype DENV-2 in order to inhibit replication of dengue virus. This research study and evaluate the interaction of ligands and the enzyme in the hydrate state using molecular dynamics simulations at two different temperatures. Simulations performed on two disulfide cyclic peptide inhibitors namely KRK and RKR along with one linear peptide Bz-Nle-K-R-R-H as a standard ligand. The result provided that dynamic movement of three proposed ligand in the hydrate state affecting ligand interaction of the enzyme amino acid residues. RKR ligand has the best affinity to the enzyme than the KRK and the standard ligand. It is shown by the ligand interaction on the enzyme active site which remains to be formed during the simulation performed. At the end of simulation temperature of 300 K, RKR ligand has residue contact with His51 and formed hydrogen bond with Asp75. Then at the end of simulation temperature of 312 K, RKR ligands also could form a hydrogen bond with Asp75. Different conformations of enzymes which occur during simulation showed the dynamic behaviour of the enzyme in the presence of solvent and inhibitor."

"ABSTRAKDeman dengue merupakan penyakit viral pada manusia yang disebabkan oleh infeksi virus dengue DENV . Infeksi ini pada beberapa orang juga dapat berkembang ke fase demam yang lebih akut yakni pada fase dengue hemorrhagic fever DHF dan dengue shock syndrome. DHF dan DSS dilaporkan menyebabkan 2,5 kematian dari 500.000 kasus klinis yang telah diketahi. Pengembangan antiviral untuk infeksi DENV seringkali mengalami kendala. Hal ini disebabkan karena DENV memiliki lebih dari satu jenis serotipe. Pengembangan sebuah antiviral yang dapat menangani infeksi dari semua jenis serotipe DENV sangatlah diperlukan. Antiviral ini dapat dikembangkan melalui inhibisi protein inang yang terlibat dalam siklus hidup DENV. Salah satu protein inang yang dapat dijadikan target adalah enzim ?-glucosidase I. Enzim ini memiliki peran penting dalam proeses pematangan envelope glikoprotein dari DENV. Pengembangan antiviral berbasis penautan fragmen secara in silico dapat menghasilkan kandidat obat terbarukan dengan afinitas pengikatan yang baik. Pada penelitan ini, senyawa kastenospermina telah ditautkan dengan fragmen potensial terbaik hasil simulasi penambatan pangkalan data fragmen. Hasil simulasi penambatan perpustakaan fragmen menunjukkan bahwa fragmen dengan nomor ID ZINC00549950 adalah kandidat terbaik untuk ditautkan dengan kastenospermina. Simulasi penautan kastenospermina dan fragmen ZINC00549950 dilakukan dengan MOE 2014.09. Penautan ini menghasilkan 127 ligan yang kemudian akan ditautkan kembali pada sisi aktif ?-glucosidase I. Hasil simulasi penambatan ini menunjukkan bahwa ligan dengan kode LRS 28 adalah ligan terbaik dari semua ligan termodifikasi dengan nilai ?Gbinding sebesar -53,8 Kkal/mol. Prediksi karakteristik drug-likeness dan toksisitas juga menunjukkan bahwa LRS 28 adalah kandidat antiviral yang baik sebagai inhibitor ?-glucosidase I. Hasil dinamika molecular juga menunjukkan bahwa komplek glu I dan LRS 28 cukup stabil pada temperature 310 K dan 312 K ditinjau dari nilai RMSD dan interaksi asam amino yang dibentuk pada akhir simulasi.

---

ABSTRACTDengue fever is a viral disease in humans caused by dengue virus DENV infection. This infection in some people can also develop into a more acute phase of fever that known as dengue hemorrhagic fever DHF and dengue shock syndrome DSS . DHF and DSS are reported to causing 2.5 of deaths from the 500,000 clinical cases that have been reported. The development of antivirals for DENV infection is often constrained. This is occured because DENV has more than one type of serotype. The development of an antiviral that can cure the infection of all DENV serotypes is necessary. This antiviral can be developed through inhibition of host proteins involved in the DENV life cycle. One of the target host proteins is glucosidase I Glu I . This enzyme plays an important role in the proliferation of envelope glycoprotein of DENV. The development of antiviral based on fragment linking could generates novel drug candidates with good binding affinity. In this study, the castenospermine compound were linked with the best potential fragment from docking simulation of the fragment library. The docking simulation result of fragment library showed that fragment with ID number ZINC00549950 was the best candidate to link with castenospermine. The linking simulation between castenospermine and fragment ZINC00549950 was performed with MOE 2014.09. This linking generated 127 ligands which are then re docked to the active side of glucosidase I. The result of this re docking simulation showed that the LRS 28 ligand is the best ligand of all modified ligands with a value of Gbinding 53,8 Kcal mol. The drug likeness and toxicity properties prediction also showed that LRS 28 is a good antiviral candidate for glucosidase I inhibitor. The dynamic simulation indicated the LRS 28 and Glu I complex is stable enough based on RMSD value and protein receptor LRS 28 interaction that formed at the end of simulation. "

"Demam berdarah dengue (DBD) merupakan penyakit infeksi yang diakibatkan oleh virus dengue. Tiap tahunnya, kematian akibat DBD di Indonesia terus meningkat. Daun kenikir (Cosmos caudatus) merupakan salah satu bahan natural yang digunakan sebagai antiviral terhadap dengue. Hal ini dikarenakan daun kenikir mengandung zat flavonoid aktif yang memiliki efek antiviral Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengetahui perbandingan mekanisme penghambatan ekstrak daun kenikir fraksi n-heksana pada reseptor sel Huh7it-1 dengan penempelan virus dengue secara in vitro. Efek antivirus dilihat menggunakan 2 kali nilai IC50 yaitu 2.994 μg/ml pada sel Huh7it-1. Mekanisme yang dibandingkan ialah pada pemberian reseptor dan saat penempelan. Penentuan presentase penghambatan dihitung melalui perbandingan jumlah focus perlakuan dan kontrol DMSO dikalikan 100%. Viabilitas sel pada penelitian dihitung dengan menggunakan MTT assay dan dibandingkan dengan nilai viabilitas kontrol DMSO. Presentase penghambatan infektivitas virus dengue pada reseptor dan penempelan menggunakan ekstrak daun kenikir fraksi n-heksana bernilai negatif sebesar -23,21% dan -5,37% secara berurutan sehingga menunjukkan peningkatan infektivitas. Pada uji viabilitas sel reseptor ditunjukkan angka 103,9294%. Sedangkan, pada penempelan virus viabilitas sel 96,8284%. Ekstrak daun kenikir berpotensi menjadi antivirus melalui metode penghambatan reseptor meskipun bukan pada penghambatan proses penempelan virus pada sel. Penelitian lebih lanjut perlu dilakukan untuk mencari mekanisme terbaik dalam inhibisi DENV serta mencari tahu molekul spesifik sebagai target protein dari ekstrak daun kenikir fraksi n-heksana."

"ABSTRAK<Kasus dengue masih tinggi di negara-negara endemik, salah satunya Indonesia. Tingkat insidensi penyakit demam berdarah dengue meningkat sejak tahun 1968 sampai 2015. Hingga saat ini belum ada obat antivirus spesifik untuk infeksi dengue. Salah satu penelitian mengenai pengobatan dengue dilakukan dengan menggunakan bahan natural. Penelitian sebelumnya menunjukkan bahwa fraksi n-heksana ekstrak daun kenikir memiliki potensi sebagai antivirus DENV dengan nilai IC50, CC50, dan SI sebesar 1.497 μg/ml, 33.247 μg/ml dan 22.209 secara berurutan. Akan tetapi, bagaimana mekanisme penghambatan replikasi DENV paling tepat belum diketahui. Penelitian ini merupakan studi eksperimental menggunakan DENV Serotipe 2 Strain NGC dan sel HUH7it-1 yang membandingkan 2 mekanisme hambatan yaitu sesudah infeksi (post infeksi) dan saat-sesudah infeksi (pre-post infeksi). Penentuan persentase penghambatan DENV menggunakan uji focus assay. Sedangkan penentuan persentase viabilitas sel HUH7it-1 menggunakan uji MTT yang dibandingkan dengan nilai viabilitas kontrol DMSO untuk mengetahui efek toksisitas ekstrak. Dari uji tersebut, didapatkan persentase penghambatan DENV dan viabilitas pada mekanisme sesudah infeksi adalah 15,43% dan 138,53%. Sedangkan persentase penghambatan DENV dan viabilitas pada mekanisme saat-sesudah infeksi adalah 6,44% dan 118,12%. Hasil tersebut menunjukkan bahwa mekanisme penghambatan antivirus ekstrak daun kenikir fraksi n-heksana adalah pada sesudah infeksi virus

---

ABSTRACTDengue cases are still high in endemic countries, one of them is Indonesia. The incidence rate of dengue hemorrhagic fever had been increasing since 1968 to 2015. Until now, specific antiviral drug for dengue infection has not been found. One of the research about dengue treatment used natural products. A recent study showed that n-hexane fraction of Cosmos caudatus had the potency of being DENV antiviral drug with the value of IC50, CC50 and SI, 1.497 μg/ml, 33.247 μg/ml and 22.209, respectively. However, the inhibitory mechanism of DENV replication has not been known. This is an experimental study using DENV Serotype 2 Strain NGC and HUH7it-1 cell line that compare 2 inhibitory mechanism, which are post infection and pre-post infection. The inhibitory percentage use focus assay test. And the viability perventage of HUH7it-1 cell is measured by MTT assay to determine the toxicity effect of the extract. From this experiment, the inhibitory percentage of DENV and viability of cell from the post-infection mechanism are 15,43% and 138,53% respectively. Meanwhile the inhibitory percentage and viability from the pre-post infection mechanism are 6,44% and 118,12%. This shows that the inhibitory antiviral mechanism of Cosmos caudatus leaves n-hexane fraction with higher effects is post infection."

"Indonesia merupakan negara pertama ditemukannya penyakit demam berdarah, yaitu pada tahun 1968. Hingga pada tahun 2004, beberapa studi menemukan bahwa virus dengue serotipe 3 (DENV-3) merupakan penyebab demam berdarah paling dominan dan menyebabkan gejala yang paling berat. Tujuan dari studi ini adalah untuk mengetahui genotype dari DENV-3 di Jakarta yang berguna untuk diagnosis awal dan pengembangan vaksin. Ditambah lagi, primer yang di rancang di penelitian ini berguna untuk penelitian demam berdarah berikutnya. Riset ini diambil dari 100 pasien demam berdarah rawat inap di RSCM dan pengumpulan setiap data dibantu oleh lembaga Eijkman. Sampel diambil dengan consecutive sampling dan dianalisis menggunakan Genetyx v5.1. Hasil dari penelitian ini menunjukan bahwa mayoritas virus dengue serotipe 3 yang ditemukan di Indonesia termasuk dalam genotipe I yang hampir identik dengan dengue virus serotipe 3 dari Thailand. Selain itu, ditemukan bahwa tingkat pasien demam berdarah pada anak-anak lebih tinggi disbanding pasien dewasa. Namun berdasarkan uji chi-square, ditemukan bahwa kategori jenis kelamin, umur dan daerah Jakarta tidak terdapat hubungan signifikan dengan terjadinya demam berdarah. Para peneliti diharapkan untuk melakukan penelitian lebih lenjut untuk melakukan sequencing lebih banyak lagi dan tidak hanya dilakukan di Jakarta saja tetapi di daerah lain, karena tingkat pasien demam berdarah yang tinggi di Indonesia.

---

Indonesia was the first country where dengue hemorrhagic fever (DHF) was found in 1968. Ever since, the increasing cases were reported every year, and this became a major concern of health problem worldwide. In addition, dengue virus (DENV) serotype 3, which cause the most severe clinical manifestation among other dengue virus strands, was found as the most predominant DENV in Indonesia.

This study aimed to find the genotype of the dengue virus in Jakarta to become the base in the development of vaccine and molecular diagnostic. Moreover, this study designed the primer of DENV for future laboratories research. This study was participated by 100 suspected dengue patients in RSCM and data collection was conducted by Eijkman, the research institute. Samples were taken by consecutive sampling and analysed by Genetyx v5.1.

The results gave information that a majority of virus dengue serotype 3 in Indonesia was consisted of genotype I, which is identical with dengue virus serotype 3 in Thailand. Furthermore, we found that the incidence of pediatric dengue patients is higher than adults. However, in accordance with the chi square test, there is no significant relationship between different patient’s categories (gender, age, region).

It is expected that, DNA sequencing for other DENV-3 should be inspected further in Jakarta and this research should also be done in other areas in Indonesia as this country is one of the countries with high yield of dengue evidence."

"Penyakit dengue masih merupakan masalah kesehatan penting di sebagian besar Negara tropis dan subtropis. Dalam dua dekade terakhir terjadi lonjakan drastis baik jumlah kasus maupun daerah endemik di samping peningkatan keparahan penyakit (DHF/DSS). Meski telah dipelajari secara intensif, belum dipahami benar bagaimana mekanisme infeksi dengue berkembang menjadi DHF/DSS. Sejauh ini diketahui baik faktor inang maupun virulensi virus terlibat dalam menentukan keparahan penyakit. Studi-studi terbaru melaporkan perbedaan struktural genom di antara virus dengue yang memberikan manifestasi klinis berbeda. Perbedaan ini kemungkinan berhubungan dengan patogenesis penyakit. (Med J Indones 2004; 13: 190-4)

---

Dengue disease are reemerging disease and major health concern in tropical and subtropical regions because of the increasing number of patients, expanding endemic areas and increased occurrence of severe clinical manifestation (DHF/DSS) in the last two decades. Despite extensive studies, it is not fully elucidated mechanism by which dengue infection progress to DHF/DSS. Information obtained so far indicates that both host-related factor and virus virulence are involved. Recent studies have shown several structural differences of dengue virus genome between those associated with DF only and those with the potential to cause DHF. That genome differences might be correlated with pathogenesis. (Med J Indones 2004; 13: 190-4)"

"[Penyakit akibat virus dengue (DENV) masih menjadi masalah kesehatan diIndonesia. Hingga saat ini belum ada terapi definitif untuk infeksi DENV. Berbagaipenelitian dilakukan untuk mencari antiviral terhadap DENV. Salah satu jenistumbuhan yang memiliki potensi antiviral adalah Calophyllum macrophyllum(C.macrophyllum). Penelitian ini akan melihat efek antiviral yang dimiliki olehekstrak kulit batang C.macrophyllum terhadap DENV. Efeknya sebagai antiviralakan dilihat dari nilai IC50 (kemampuan inhibisi replikasi) dan CC50 (tingkatsitotoksisitas). Perbandingan antara nilai CC50 terhadap IC50 akan menghasilkannilai indeks selektivitas (SI). Penelitian ini akan dilakukan secara in vitromenggunakan sel Huh7it-1 yang diinfeksikan DENV. Konsentrasi ekstrak yangdigunakan adalah 10, 20, 40, 80, 160, dan 320 μg/mL. Metode Focus Assaydigunakan untuk mendapatkan nilai IC50 dan MTT Assay untuk mencari nilaiCC50. Nilai IC50 yang didapat sebesar 49,75 μg/ml dan CC50 dari sel tanpa infeksiDENV sebesar >320 μg/ml. Nilai SI yang didapat sebesar >6,43. Analisis statistikmenunjukkan perbedaan pada semua konsentrasi. Dapat disimpulkan bahwaekstrak kulit batang C.macrophyllum memiliki efek inhibisi terhadap replikasiDENV in vitro dan efek sitotoksik yang kecil, sehingga memiliki potensi sebagaiantiviral DENV., Disease caused by dengue virus (DENV) is still a major health problem inIndonesia. There is no definitive therapy for DENV infection. Many researcheshave been done to search for DENV antivirus. One of plants with potential antiviraleffect is Calophyllum macrophyllum (C.macrophyllum). This research was done toevaluate antiviral effect of Calophyllum macrophyllum bark extract on DENV.Antiviral effect was evaluated by IC50 (replication inhibition property) value andCC50 (Cytotoxic level) value. The selectivity index (SI) was the ratio betweenCC50 and IC50. This research was done by in vitro method with Huh7it cells thatwere infected by DENV. Extract concentrations used in this research were 10, 20,40, 80, 160, and 320 μg/mL. Focus assay technique was used to determine IC50value and MTT assay technique for CC50 value. The value of IC50 was 49.75 μg/mland CC50 from uninfected cells was >320 μg/ml. The value of SI was >6.43.Statistical analysis showed significant difference in all concentrations. It could beconcluded that bark extract of C.macrophyllum had inhibition property on DENVreplication in vitro with minimum cytotoxic effect.]"