Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Penyebaran HIV/AIDS semakin meningkat dari tahun ke tahun dan telah menjadi salah satu jenis penyakit terburuk yang pernah diketahui. Data genotyping protease HIV-1 dari pengidap HIV/AIDS (kode DY1) menunjukkan bahwa telah terjadi beberapa mutasi yang muncul pada DY1. Simulasi dilakukan terhadap kompleks HXB2-saquinavir dan DY1-saquinavir untuk mempelajari sistem kompleks secara struktural dan energetik. Simulasi MDS yang digabung dengan perhitungan energi menggunakan metode mekanika kuantum menunjukkan bahwa keadaan terprotonasi protease HIV-1 terjadi pada residu Asp25 yaitu pada atom OD1.Struktur dan pola interaksi obat terhadap enzim antara HXB2 dan DY1 memiliki tingkat kemiripan yang cukup baik dengan RMSD 0,83 Å. Namun demikian, telah terjadi perubahan struktur 3D yang cukup signifikan terutama pada tempat-tempat terjadinya mutasi. Konformasi yang terjadi pada sisi aktif dan ring flaps menyebabkan penurunan energi ikatan hidrogen antara saquinavir dan residu Asp25 dan Asp29. Konformasi pada sisi aktif yang letaknya relatif jauh dari tempattempat mutasi dihipotesiskan sebagai akibat yang bersifat akumulatif dari perubahan medan gaya yang menginduksi perubahan struktur sistem secara global. Konformasi tersebut juga menyebabkan perubahan orientasi sub site P1 dan P3 pada saquinavir.Perhitungan menggunakan metode DFT (B3LYP/6-31G) yang dikombinasi dengan metode semiempirik menunjukkan bahwa energi kompleks DY1-saquinavir menurun relatif terhadap kompleks HXB2-saquinavir. Secara keseluruhan, dalam batasan akurasi metode dan parameter yang digunakan dalam penelitian ini, mutasi pada DY1 menyebabkan penurunan energi ikat kompleks PR-saquinavir dalam orde yang cukup signifikan dan berpengaruh langsung terhadap resistensi DY1 pada treatment saquinavir.

---

The spread of HIV/AIDS has increased every year and became one of the worst diseases ever known. Genotyping data of HIV-1 protease (DY1) from HIV/AIDS patient showed that there were mutations on DY1. Molecular dynamics simulations of HXB2 and DY1 protease complex with saquinavir were carried out to explore structure and interactions of the drug resistance. The molecular dynamics result combined with quantum mechanics based calculations showed that a monoprotonation took place on Asp25, i.e. on inner oxygen atom (OD1).The overall structures and pattern of inhibitor bindings on HXB2 and DY1 were similar with RMSD 0,83 Å. However, there are conformational changes that occur on mutation sites in DY1 because of local interaction effect due to substitutions of mutated residues. Conformational changes on active sites and ring flaps disrupt hidrogen bonding between saquinavir and Asp29 and Asp25 residues. This conformational change was hypothesized as consequences of force field change that induced structural conformations due to the overall mutations that occur on DY1. The structural changes on active site also causing conformational change on saquinavir especially on P3 and P1 sub sites.High level quantum mechanics calculations (DFT, B3LYP/6-31G) combined with semi-empirical method showed that the energy of DY1-saquinavir complex has decreased in significant order relative to HXB2-saquinavir complex. According to the results of all simulations of HXB2 and DY1, the mutations that occur on DY1 have potent in decreasing the binding energy between DY1 and saquinavir."

"ABSTRAKProtease (PR) pada HIV berperan dalam proses maturasi virus agar dapatmenginfeksi sel inang. Proses tersebut berlangsung dalam sisi aktif PR denganmemotong poliprotein virus. Banyaknya ragam mutasi residu PR membuatinteraksi PR dengan obat yang diberikan dapat berbeda. Pasien dari Indonesiasendiri memiliki karakteristik galur tipe AE yang berbeda dengan galur B yangbanyak ditemukan di negara-negara barat. Dua PR pasien dari Indonesia dengankode RY1 (10 mutasi) dan DY1 (12 mutasi) disimulasikan dengan metodesimulasi dinamika molekuler untuk meninjau interaksi antara kedua PR denganobat amprenavir (APV). Berdasarkan hasil energinya, interaksi RY1-APV lebihkuat bila dibandingkan dengan DY1-APV. Hasil tersebut diperkuat dengan tinjuanstruktural dan ikatan hidrogen terhadap residu mutasi yang dimiliki kedua pasien.Model pasien RY1 memiliki mutasi di residu ke-45 yang diketahui membantumempertahankan interaksi PR-APV, sedangkan model pasien DY1 memilikimutasi pada residu ke-10 yang diketahui mengurangi interaksinya dengan obat.

---

ABSTRACTProtease (PR) on the HIV virus plays a role in the maturation process in order to

infect host cells. The process takes place in the active site PR by cutting viral

polyprotein. Many kinds of mutated residues at PR makes interaction with the

drug can vary. Patients from Indonesia itself has AE type strain that has different

characteristic with B type strain which are found in western countries. Two PR

patients from Indonesia with RY1 code (10 mutations) and DY1 code (12

mutations) is simulated by molecular dynamics simulation methods to evaluate

the interaction between two PR with amprenavir (APV). Based on the energy,

RY1-APV interaction is stronger when compared to DY1-APV. These results are

supported by structural insights and hydrogen bonding to residue mutations that

occur in both patients. RY1 patient model have mutations in 45th residue, that is

known to help maintain the interaction of PR-APV. While the DY1 patient model

have mutations in the 10th residue, that is known to reduce the interaction with

the drug."

"Penyakit COVID-19 yang merebak di seluruh dunia pada akhir tahun 2019 diakibatkan oleh virus SARS-CoV-2. Penelitian ini membahas simulasi penambatan serta dinamika molekuler dari beberapa senyawa herbal dari tumbuhan Anredera cordifolia (binahong) yaitu procyanidin, metil linoleat, asam oleat dan vitexin dengan protein target (Mpro SARS-CoV-2). Simulasi dinamika molekuler dilakukan selama 20 ns. Selain itu, analisis toksikologi dan farmakologi (ADMET) dilakukan untuk setiap ligan. Hasil simulasi ini dibandingkan dengan ligan kontrol quercetin yang sudah terbukti memiliki interaksi yang baik dengan protein target (Mpro SARS-CoV-2). Hasil prediksi ADMET menunjukkan bahwa semua ligan baik untuk dijadikan obat, kecuali metil linoleat dan asam oleat. Simulasi penambatan molekuler menunjukkan procyanidin serta vitexin memiliki skor penambatan dan binding energy paling baik. Hasil dinamika molekuler juga membuktikan procyanidin, vitexin dan quercetin memiliki nilai RMSD dan RMSF paling baik dan menunjukkan interaksi paling stabil dan kompleks dengan protein target. Sehingga, secara keseluruhan, procyanidin dan vitexin berpotensi untuk menjadi inhibitor Mpro SARS-CoV-2.

---

COVID-19 that spread across the globe at the end of 2019 is caused by the SARS-CoV-2. This virus attacks human respiratory cell. Until now, there is no efficacious drug to treat this disease. This sudy discusses molecular docking and molecular dynamics simulations of four herbal compounds from Anredera cordifolia (binahong), which are procyanidin, methyl linoleate, oleic acid, as well as vitexin with Mpro SARS-CoV-2 as the protein target. The molecular dynamics simulations were carried out for 20 ns. In addition, toxicological and pharmacological analyses (ADMET) were performed for each ligand. The results were compared to quercetin as the control ligand, which has been shown to have good interaction with the protein target. ADMET prediction results show that all ligands are good for use as drugs, except methyl linoleic and oleic acid. Molecular docking simulation results show that procyanidin and vitexin have the docking scores and binding energy scores. The results of molecular dynamics also prove that procyanidin, vitexin and quercetin have the best RMSD and RMSF values ​​and show the most stable as well as complex interactions with target proteins. Thus, procyanidin and vitexin have the potential to be Mpro SARS-CoV-2 inhibitors."

"Ruang Lingkup dan Cara Penelitian:Mekanisme kerja primakuin, sampai saat ini masih belum sepenuhnya diketahui. Dugaan bahwa primakuin bekerja pada parasit malaria melalui penghambatan sistem rantai . pernafasan parasit, didasarkan pada bukti bahwa obat ini dimetabolisme menjadi bentuk intermediat, 5,6-quinolin diquinone yang mempunyai struktur yang mirip dengan ubikuinon (koenzim Q), salah satu komponen penting sistem respirasi mitokondria. Diperkirakan bahwa efek antimalaria obat ini dimediasi oleh kompetisi perikatannya dengan koenzim Q pada apositokrom b. Beberapa inhibitor kompleks III rantai pernafasan di mitokondria mempunyai struktur kimiawi yang mirip dengan koenzim Q dan resistensi terhadap inhibitor-inhibitor tersebut didasari oleh adanya mutasi pada gen sitokrom b.Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui mekanisme kerja obat antimalaria primakuin pada parasit malaria melalui pendekatan biomolekuler dengan hipotesis bahwa resistensi parasit malaria terhadap primakuin didasari oleh adanya mutasi pada gen sitokrom b. Untuk itu dilakukan upaya untuk mendapatkan galur P. berghei yang resisten terhadap primakuin dengan cara memberikan primakuin dengan dosis subletal secara bertahap pada P berghei yang sensitif terhadap primakuin. Terjadinya resistensi terhadap primakuin dideteksi dengan tes sensitivitas in vivo dan dilanjutkan dengan kloning untuk mendapatkan galur murni. Dari galur tersebut dilakukan isolasi DNA, amplifikasi gen sitokrom b dengan metode PCR dan sekuensing DNA untuk mengetahui adanya mutasi pada situs perikatan kuinon (Qo dan Qi).Hasil dan Pembahasan:Dari penelitian ini telah berhasil diperoleh dua galur P. berghei yang resisten terhadap primakuin dengan derajat resistensi sekitar 20 kali dibandingkan dengan galur parental. Analisis gen sitokrom b menunjukkan tidak ditemukannya mutasi baik pada tempat perikatan kuinon (Qi dan Qo) maupun pada bagian lainnya. Diperkirakan, dengan derajat resistensi yang diperoleh mungkin belum mampu menyeleksi alel resisten pada gen target. Kemungkinan yang lain adalah resistensi terhadap primakuin tidak didasari adanya mutasi pada gen sitokrom b, tetapi lebih pada struktur kimianya sebagai aminokuinolin, sehingga analisis terhadap gen yang berkaitan dengan resistensi terhadap golongan obat tersebut, misalnya pbmdr I dan pbcrl mungkin diperlukan."

"HIV-1 adalah virus yang menginfeksi serta menghancurkan atau mengganggu fungsi sel-sel sistem kekebalan tubuh manusia. HIV-1 memiliki enzim yang penting dan dibutuhkan dalam perakitan dan pematangan virion yaitu protease HIV-1. Protease HIV-1 telah diketahui selama beberapa dekade sebagai target yang potensial sebagai struktur dasar desain obat. Teknologi komputasi dapat digunakan dalam mengembangkan obat baru yang menggunakan metode penapisan virtual. Pada penelitian ini, proses validasi untuk penapisan virtual protease HIV-1 dilakukan dengan program Autodock dan Vina yang terdapat pada program PyRx menggunakan basis data dari A Directory of Useful Decoys (DUD). Parameter penapisan virtual yang divariasikan untuk validasi adalah ukuran Grid Box dan Maximum Number of Evaluation. Parameter validasi yang digunakan untuk menentukan penapisan virtual yang optimum yaitu EF 1%, 10%, dan 20% dan AUC ROC. Penapisan virtual menggunakan program AutoDock yang optimum adalah pada parameter Grid Box 50 x 50 x 50 dan Maximum Number of Energy Evaluations 1.000.000. Penapisan virtual meggunakan program Vina yang optimum adalah parameter Grid Box 22,5 x 22,5 x 22,5 untuk protease HIV-1 menggunakan air.

---

HIV-1 is a virus that infects and destroys or interferes the function of cell of human immune system. HIV-1 has essential enzymes and needed for virion assembly and maturation such as HIV-1 protease. HIV-1 protease has been known for decades as a potential target of drug design as the basic structure. Computation technology that could be used for developing a new drug is virtual screening method. In this research, the validation process on the virtual screening of HIV-1 protease was done with AutoDock and Vina program contained in the PyRx program using database from A Directory of Useful decoys (DUD). Varied virtual screening parameters used for validation were Grid Box's size and Maximum Number of Evaluation. Validation parameters that were used to determine virtual screening optimum parameters are EF 1%, 10%, and 20% and AUC ROC. The optimum virtual screening parameter using AutoDock program was Grid Box 50 x 50 x 50 and the Maximum Number of Energy Evaluations 1,000,000 on HIV-1 protease using water. The optimum virtual screening parameter using Vina program was Grid Box 22.5 x 22.5 x 22.5 in HIV-1 protease using water."

"ABSTRAKInhibitor fusi berpotensi untuk digunakan di masa depan sebagai bagian dari program kontrol HIV di Indonesia. Maka, kemampuan untuk menguji resistensi terhadap obat tersebut perlu dikembangkan. Uji resistensi genotipik dimulai dengan amplifikasi gen yang menjadi target obat, fusi gp41. Pasangan primer untuk amplifikasi dibuat berdasarkan sikuens dua subtipe HIV yang paling sering ditemui di Indonesia, yaitu AE dan B. Beberapa sampel plasma dari subyek yang mewakili kedua subtipe diekstraksi untuk mendapatkan RNA HIV. Dengan proses PCR, pasangan primer digunakan untuk menghasilkan produk amplifikasi. Identitas produk dipastikan dengan mengukur panjang basa produk menggunakan elektroforesis. Sebelas sampel plasma digunakan dalam penelitian ini. PCR satu langkah dapat mengamplifikasi gp41 dari 54.5 sampel, dan produk yang tidak spesifik dihasilkan dari 1.1 sampel. Amplifikasi 36.4 sampel tidak menghasilkan produk amplifikasi, yang dapat disebabkan oleh ketidaksesuaian sikuens primer. Dengan memvariasikan suhu anil, hasil menunjukkan bahwa suhu yang optimal adalah 57.2 C. Kesimpulannya, PCR satu langkah menggunakan pasangan primer yang telah didesain mampu mengamplifikasi gen gp41 HIV-1 dari subtipe AE dan B. Namun, penelitian lebih lanjut untuk menemukan kondisi yang dapat meningkatkan sensitivitas dan spesifisitas amplifikasi perlu dilakukan.

---

ABSTRACTFusion inhibitor has the potential to be used in the future for HIV control program in Indonesia, hence the capacity to test resistance towards this drug needs to be built. Resistance detection by genotypic assay begins with amplification of gene targeted by the drug, fusion gp41. Based on the sequence of two most common HIV subtypes in Indonesia, AE and B, a primer pair is designed. Some subjects plasma samples representing both subtypes are extracted to obtain HIV RNA. With PCR process, the primer pair is used to produce amplification product which identity is checked by length using electrophoresis. Eleven plasma samples were used in this research. One step PCR using the primer pair was able to amplify gp41 gene from 54.5 of the samples, and unspecific amplification product is seen in 1.1 of samples. Amplification of 36.4 of the samples failed to produce any product, which can be caused by inappropriate primer sequence. By varying the annealing temperature, it is found that the optimal annealing temperature to produce single expected band is 57.2 C. In conclusion, with one step PCR method the primer pair designed was able to amplify HIV 1 gp41 gene from subtype AE and B. However, further research to find condition that can increase the sensitivity and specificity of the amplification process should be done."

"Penyakit COVID-19 merupakan penyakit infeksi yang diakibatkan oleh SARS-CoV-2 yang menyerang saluran pernapasan. Hingga saat ini belum ditemukan obat penyembuh COVID-19 dan upaya yang dilakukan ialah pemberian vaksin sehingga perlu adanya peningkatan imunitas manusia. Mpro SARS-CoV-2 merupakan enzim yang berfungsi untuk replikasi virus di sel inang, sehingga dapat menjadi target inhibisi. Pada penelitian ini dilakukan simulasi in silico terhadap senyawa flavonoid pada tumbuhan meniran hijau, yaitu Astragalin, Isoquercitrin, Quercitrin, dan Rutin dengan Quercetin sebagai ligan kontrol. Analisis prediksi ADMET menunjukkan bahwa semua ligan menunjukkan potensi yang aman untuk digunakan sebagai obat pada manusia, kecuali Rutin. Keempat ligan menunjukkan skor yang baik pada hasil penambatan molekuler dimana memiliki skor penambatan dan MM-GBSA yang lebih rendah dibanding Quercetin. Studi dinamika molekuler selama 20 ns menunjukkan bahwa semua ligan memiliki kestabilan interaksi yang baik dengan Quercetin dan Isoquercitrin cenderung memiliki kestabilan yang paling baik. Secara keseluruhan dihasilkan bahwa Isoquercetrin menunjukkan potensi yang lebih baik sebagai inhibitor Mpro SARS-CoV-2 dengan skor penambatan -11,973 kcal/mol, rata-rata RMSD 1,652Å, niali RMSF tertinggi 2,12Å, berinteraksi dengan 25 residu protein, dan memiliki 12 torsi dengan strain energy 0,748 kcal/mol.

---

COVID-19 is an infectious disease caused by SARS-CoV-2 which attacks the respiratory tract as the main target. Until now, no cure for COVID-19 has been found and the efforts made are vaccines distribution, so it is necessary to increase daily human immunity. Mpro SARS-CoV-2 is an enzyme for viral replication in host cells, so it can be a target of inhibition. In this study, an in-silico simulation of flavonoid compounds in green meniran plants was carried out, namely Astragalin, Isoquercitrin, Quercitrin, and Rutin with Quercetin as a control ligand. Predictive analysis of ADMET properties showed that all ligands showed good safety for use as drugs in humans, except Rutin. The four ligands showed good scores on molecular docking results which had lower binding scores and MM-GBSA than Quercetin. Molecular dynamics simulation for 20 ns showed that all ligands had good interaction stability and Quercetin and Isoquercitrin tended to have the most stable interaction. Overall, it was found that Isoquercetrin showed better potential as an Mpro SARS-CoV-2 inhibitor with a binding score of -11.973 kcal/mol, an average RMSD of 1.652Å, the highest RMSF value of 2.12Å, interacted with 25 protein residues, and had 12 torque with a strain energy of 0.748 kcal/mol."

"Penyakit COVID-19 merupakan penyakit infeksi yang diakibatkan oleh SARS-CoV-2 yang menyerang saluran pernapasan. Hingga saat ini belum ditemukan obat penyembuh COVID-19 dan upaya yang dilakukan ialah pemberian vaksin sehingga perlu adanya peningkatan imunitas manusia. Mpro SARS-CoV-2 merupakan enzim yang berfungsi untuk replikasi virus di sel inang, sehingga dapat menjadi target inhibisi. Pada penelitian ini dilakukan simulasi in silico terhadap senyawa flavonoid pada tumbuhan meniran hijau, yaitu Astragalin, Isoquercitrin, Quercitrin, dan Rutin dengan Quercetin sebagai ligan kontrol. Analisis prediksi ADMET menunjukkan bahwa semua ligan menunjukkan potensi yang aman untuk digunakan sebagai obat pada manusia, kecuali Rutin. Keempat ligan menunjukkan skor yang baik pada hasil penambatan molekuler dimana memiliki skor penambatan dan MM-GBSA yang lebih rendah dibanding Quercetin. Studi dinamika molekuler selama 20 ns menunjukkan bahwa semua ligan memiliki kestabilan interaksi yang baik dengan Quercetin dan Isoquercitrin cenderung memiliki kestabilan yang paling baik. Secara keseluruhan dihasilkan bahwa Isoquercetrin menunjukkan potensi yang lebih baik sebagai inhibitor Mpro SARS-CoV-2 dengan skor penambatan -11,973 kcal/mol, rata-rata RMSD 1,652Å, niali RMSF tertinggi 2,12Å, berinteraksi dengan 25 residu protein, dan memiliki 12 torsi dengan strain energy 0,748 kcal/mol.

---

COVID-19 is an infectious disease caused by SARS-CoV-2 which attacks the respiratory tract as the main target. Until now, no cure for COVID-19 has been found and the efforts made are vaccines distribution, so it is necessary to increase daily human immunity. Mpro SARS-CoV-2 is an enzyme for viral replication in host cells, so it can be a target of inhibition. In this study, an in-silico simulation of flavonoid compounds in green meniran plants was carried out, namely Astragalin, Isoquercitrin, Quercitrin, and Rutin with Quercetin as a control ligand. Predictive analysis of ADMET properties showed that all ligands showed good safety for use as drugs in humans, except Rutin. The four ligands showed good scores on molecular docking results which had lower binding scores and MM-GBSA than Quercetin. Molecular dynamics simulation for 20 ns showed that all ligands had good interaction stability and Quercetin and Isoquercitrin tended to have the most stable interaction. Overall, it was found that Isoquercetrin showed better potential as an Mpro SARS-CoV-2 inhibitor with a binding score of -11.973 kcal/mol, an average RMSD of 1.652Å, the highest RMSF value of 2.12Å, interacted with 25 protein residues, and had 12 torque with a strain energy of 0.748 kcal/mol."

"Sebagai upaya dalam memahami netralisasi virus H5N1 oleh antibodi manusia, simulasi dinamika molekuler dua kompleks antibodi-antigen dilakukan. Tiga struktur molekul yang membentuk dua kompleks tersbeut dibentuk termasuk antigen hemagglutinin Vietnam 2IBX, hemagglutinin Indonesia CDC, dan fragmen variabel dari antibodi 8H5 atau 8H5Fv.Dalam penelitian ini komplesks 8H5Fv-2IBX dan 8H5Fv-CDC diproduksi melalui pemodelan struktur molekul, homology modeling, dan molecular docking. Dua kompleks tersebut lalu melewati simulasi dinamika molekuler selama 2 nanosekon untuk menginvestigasi kestabilan struktur kompleks dan aktivitas netralisasi yang dapat diamati dengan berfokus pada epitope netralisasi masing ? masing hemagglutinin yang didapatkan hasil molecular docking.Didapatkan bahwa sifat dinamis atom ? atom pembentuk molekul tidak menihilkan aktivitas netralisasi. Dengan mengamati epitope netralisasi masing ? masing hemagglutinin juga didapatkan bahwa aktivitas netralisasi lebih efektif pada hemagglutinin 2IBX (Vietnam) dibandingkan dengan hemagglutinin Indonesia (CDC) berdasarkan kalkulasi solvent accessible surface (SAS), energi, root mean square displacement (RMSD), dan analisis okupansi ikatan hidrogen.

---

In an effort to study the H5N1 virus neutralisation by a human antibody, molecular dynamics simulations on two antibody-antigen complexes were conducted. Three molecular structures were formed in this study including the Vietnamese hemagglutinin 2IBX, the Indonesian hemagglutinin CDC, and a variable fragment of the 8H5 antibody or 8H5Fv.

In this study the complexes 8H5Fv-2IBX and 8H5Fv-CDC, that were produced by molecular modeling, homology modeling and molecular docking, was subjected to a 2 nanosecond molecular dynamics simulation each to investigate the stability of such complexes and the maintenance of the neutralising activity that was observed by focusing on the neutralising epitopes that were predicted by molecular docking.

It is was found that the dynamic nature of the molecules in study did not negate the steric hindrance occuring from the antibody variable fragment 8H5Fv with the hemagglutinins, therefore suggesting that the 8H5 antibody should be able to neutralise these two hemagglutinins. By solvent accessible surface (SAS) calculations, energy analysis, root mean square displacement (RMSD) analysis, and also hydrogen bond occupance it was also found that the the 8H5Fv seem to be more effective against the 2IBX (Vietnamese) hemagglutinin than against the CDC (Indonesian) hemagglutinin."