Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Pada era perancangan obat baru seperti sekarang ini, tanaman obat menjadi bahan yang menarik untuk diteliti lebih lanjut. Tahapan penapisan farmakologis senyawa aktif pada tanaman obat akan memakan waktu dan biaya yang besar. Penambatan molekuler merupakan salah satu metode in silico yang lebih efisien dibanding metode in vitro ataupun in vivo dalam menentukan senyawa aktif yang terkandung dalam tanaman obat. Dalam metode ini, struktur tiga dimensi menjadi hal yang penting dalam metode penambatan molekuler sehingga diperlukan suatu basis data yang menyediakan informasi struktur tiga dimensi senyawa kimia dari tanaman obat di Indonesia. Oleh karena itu, pada penelitian ini akan dibuat suatu basis data yang menyediakan informasi struktur tiga dimensi senyawa kimia dari tanaman obat. Pembuatan basis data ini menggunakan basis data MySQL dan dirancang untuk ditempatkan dalam suatu subdomain website sehingga akhirnya basis data ini dapat diakses secara cepat dan mudah oleh penggunanya melalui internet.

---

During this era of new drug designing, medicinal plants had become a very interesting object of further research. Pharmacology screening of active compound of medicinal plants would be consuming a lot of time and money. Molecular docking is one of the in silico method which is more efficient compare to in vitro or in vivo method for its capability of finding the active compound in medicinal plants. In this method, three-dimensional structure becomes very important in the molecular docking methods, so we need a database that provides information on three-dimensional structures of chemical compounds from medicinal plants in Indonesia. Therefore, this study will prepared a database which provides information of the three dimensional structures of chemical compounds of medicinal plants. The database will be prepared by using MySQL format and is designed to be placed in a sub domain website so that eventually this database can be accessed quickly and easily by users via the Internet."

"Perancangan obat baru merupakan permasalahan penting dalam industri farmasi. Metode in silico dianggap lebih produktif dalam proses perancangan obat karena keefektifitasannya yang tinggi. Dalam proses perancangan obat secara in silico, dibutuhkan struktur tiga dimensi dari senyawa kimia. Struktur tiga dimensi dapat diperoleh secara eksperimental dan komputasional. Struktur tiga dimensi yang diperoleh secara komputasional seringkali mengalami ketidaksesuaian stuktur sehingga memengaruhi validitas perancangan obat secara in silico. Pada penelitian sebelumnya, dibuat basis data herbal dengan 1405 senyawa. Dalam basis data tersebut, ditemukan ketidaksesuaian struktur tiga dimensi dari senyawa. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi dan memperbaiki ketidaksesuaian struktur tersebut. Penelitian ini juga bertujuan untuk menemukan metode terbaik dalam pembuatan struktur tiga dimensi. Identifikasi ketidaksesuaian dilakukan pada 1405 struktur tiga dimensi senyawa dari Laboratorium Komputasi Biomedik dan Rancangan Obat Fakultas Farmasi Universitas Indonesia dengan visualisasi menggunakan perangkat lunak PyMOL. Identifikasi menghasilkan 170 senyawa yang diperbaiki dengan beberapa parameter menggunakan perangkat lunak MarvinSketch dan Vega ZZ. Hasil visualisasi perbaikan menunjukan bahwa struktur tiga dimensi senyawa dengan format .mol dan .sdf yang dibuat menggunakan perangkat lunak MarvinSketch dengan force field dreiding memberikan hasil struktur tiga dimensi paling sesuai.

---

Development of novel drugs is an important issue in the pharmaceutical industry. The in silico method is considered to refine the process of drug design because it lowers the cost. In in silico drug discovery process, a three dimensional structure of the chemical compound is required. Computational three dimensional structures often experience structural mismatch affecting the validity of the in silico drug design process. In the previous study, a herbal database with 1405 compounds were made. In this database, structural mismatches were found in some of the three dimensional structures. This study is aimed to identify and fix the structural mismatch. This study also aims to find the best method in creating three dimensional structure of compounds. Identification of the structural mismatches were done on the herbal database by molecular visualization. The identification process yields 170 compounds with structural mismatch that were fixed with a few different parameters using MarvinSketch and VegaZZ software. The result of the final structure visualization shows that the three dimensional structure of the compound with the .mol and .sdf file format created using Dreiding force fields of MarvinSketch as the best result of three dimensional structures."

"Lebih dari 20 tahun, Indonesia telah menjadi target penelitian dari senyawa bioaktif laut. Hingga saat ini, lebih dari 100 senyawa telah diisolasi dari organisme laut Indonesia seperti spons, soft coral, ascidians, alga, dan dilaporkan pada lebih dari 70 publikasi. Alkaloid, terpenoid, steroid, dan jenis senyawa bioaktif baru lainnya yang dilaporkan paling banyak berasal dari spons dan soft coral Indonesia. Di antara invertebrata laut lainnya, spons merupakan sumber terkaya bahan aktif produk farmasetika. Hal ini dikarenakan spons merupakan pembawa berbagai mikroorganisme melalui pori-pori tubuhnya sehingga ketika terjadi interaksi antara inang dan mikroorganisme simbiotiknya akan menghasilkan berbagai senyawa kimia di dalam spons. Namun, saat ini belum terdapat basis data struktur tiga dimensi senyawa kimia sebagai sumber lead compound dari organisme laut di Indonesia terutama spons yang dibutuhkan dalam pengembangan obat baru secara in silico, padahal spons mempunyai potensi yang besar dalam pengembangan obat baru di Indonesia yang terlihat dari peningkatan jumlah publikasi tentang penemuan-penemuan senyawa bioaktif spons dari tahun ke tahun.. Berdasarkan hal tersebut, penelitian ini bertujuan untuk memperoleh suatu basis data struktur tiga dimensi senyawa kimia dari spons di Indonesia dan memberikan rekomendasi perangkat lunak yang lebih unggul untuk pembuatan basis data tersebut. Pada penelitian ini, basis data dibuat menggunakan tiga perangkat lunak yaitu MarvinSketch, OpenBabel, dan VegaZZ, serta PyMOL untuk visualisasi struktur. Basis data terdiri dari 212 senyawa kimia dari 53 spesies spons Indonesia serta 1043 SDF, 1258 MOL, dan 2930 PDB format file struktur tiga dimensi. Struktur tiga dimensi senyawa kimia yang valid dan sesuai dengan referensi sebanyak 914 file format SDF, 916 format MOL, dan 72 format PDB. Berdasarkan visualisasi dari struktur tiga dimensi senyawa tersebut, peranti lunak yang relatif unggul untuk digunakan dalam pembuatan basis data adalah MarvinSketch dengan format file SDF atau MOL karena struktur tiga dimensi senyawa yang dihasilkan sesuai dengan literatur dan lebih sedikit terjadi kerusakan.

---

More than 20 years, Indonesia had become a target for the research of marine bioactive compounds. In recent years, more than 100 marine bioactive compounds had been isolated from Indonesia marine organisms and reported in more than 70 publications. Alkaloids, terpenoids, steroids, and other types of new bioactive compounds were reported to be mostly derived from Indonesian sponges and soft corals. Among other marine invertebrates, sponges were the richest source of the bioactive compound of pharmaceutical products. Sponges were the feeder filter organisms that carrier of various microorganisms through the pores of their body caused the interaction between the host and the symbiotic microorganisms produced various chemical compounds. However, currently there was not the three dimensional chemical structure database as a the lead compound resources from marine organisms in Indonesia, especially sponges, needed in the drug discovery by in silico methods, whereas sponges had great potential in the development of new drugs in Indonesia as seen from the increase in the number of publication of the new bioactive compounds isolated from sponges. Therefore, the purpose of this study was to obtain a three dimensional structure database and give the recommendation of preferred software for generating the three dimensional structure of chemical compounds of Indonesian sponges database. In this study, the database was established by using three software which are MarvinSketch, Open Babel, and Vega ZZ, also PyMOL for structure visualization. The database gave us a result of 212 chemical compounds from 53 Indonesian sponges species and 1043 SDF, 1258 MOL, and 2930 PDB format files of the three dimensional structure. The valid and correct three dimensional structure of chemical compound were 914 SDF format files, 916 format MOL files, and 72 PDB format files. From the three dimensional structures visualization, the database prefers established by using MarvinSketch with SDF or MOL format files since the results appropriated to literature and less of error."

"Stroke iskemik merupakan salah satu jenis penyakit kardiovaskular yang disebabkan oleh bekuan darah yang menghalangi aliran darah ke otak. Saat iskemia, sel saraf mengalami aktivasi yang menginduksi pelepasan glutamat dalam jumlah besar sehingga terjadi stimulasi reseptor glutamat berlebihan yang akhirnya dapat terjadi eksitotoksisitas. Penghambatan reseptor glutamat ionotropik, yaitu reseptor AMPA, menjadi pendekatan untuk pengobatan iskemia. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengeksplorasi kemungkinan senyawa herbal Indonesia sebagai antagonis reseptor AMPA. Dalam penelitian ini, penapisan virtual dilakukan dengan metode penambatan menggunakan AutoDock untuk menemukan kandidat antagonis reseptor AMPA dari basis data tanaman obat Indonesia. Metode penapisan virtual divalidasi oleh area under curve AUC dari kurva ROC dan enrichment factor EF . Lipinski rsquo;s Rule of Five digunakan untuk menyaring hasil skrining. Validasi hasil penapisan virtual menunjukkan bahwa AUC adalah 0,9385 dan EF 1 adalah 23,5550. Hasil skrining dari basis data tanaman obat Indonesia menunjukkan lima senyawa sanggenol O, blazeispirol X, progesterone, nimolicinol, dan boeravinone F -8,51; -8,39; -8,19; -8,17; -8,08 kkal / mol, masing-masing dan memiliki interaksi dengan residu reseptor AMPA TYR61A dan THR91A. Lima senyawa dari database herbal Indonesia sanggenol O, blazeispirol X, progesteron, nimolicinol, dan boeravinone F memiliki potensi sebagai antagonis reseptor AMPA berdasarkan metode penambatan.

---

Ischemic stroke is one type of cardiovascular disease caused by blood clots that block blood flow to the brain. During ischemia, nerve cells undergo activation that induce large amounts of glutamate release resulting in excessive glutamate receptor stimulation which can eventually lead to excitotoxicity. Inhibition of the ionotropic glutamate receptor, i.e. the AMPA receptor, becomes approach to the treatment of ischemia. The aim of this study is to explore possibility of Indonesian herbal compound as AMPA receptor antagonist. In this study, virtual screening was performed by docking method using AutoDock to find the antagonist candidate of AMPA receptor from Indonesian herbal database. Virtual screening method was validated by area under curve AUC of ROC curve and enrichment factor EF . Lipinski rsquo s Rule of Five was used to filter the screening result. The validation of virtual screening results showed that AUC is 0.9385 and EF 1 is 23.5550. The screening result of Indonesian herbal database show top five compound sanggenol O, blazeispirol X, progesterone, nimolicinol, and boeravinone F 8.51 8.39 8.19 8.17 8.08 kcal mol, respectively and have interaction with TYR61A and THR91A residues of AMPA receptor. Five compounds of the Indonesia herbal database sanggenol O, blazeispirol X, progesterone, nimolicinol, and boeravinone F have potency as an AMPA receptor antagonist based on the docking method."

"Agen pencerah kulit sintetik dinilai kurang aman untuk digunakan karena dapat menimbulkan efek samping pada penggunaan jangka panjang. Oleh karena itu, dilakukan pencarian bahan-bahan pencerah kulit berbasis tanaman yang lebih aman. Penelitian ini dilakukan untuk memperoleh tanaman Indonesia yang memiliki potensi sebagai inhibitor tirosinase menggunakan penapisan in silico dengan piranti lunak penambatan molekul AutoDock Vina. Pengujian secara in vitro terhadap penghambatan tirosinase dilakukan terhadap ekstrak dan fraksi daun trengguli (Cassia fistula L.) yang mengandung senyawa ent-epikatekin-(4α→8)-ent-epikatekin dan clitorin yang menempati peringkat 10 besar dari hasil penapisan virtual. Pengujian aktivitas penghambatan tirosinase dilakukan dengan mengukur penurunan intensitas warna yang menunjukkan penghambatan pembentukan dopakrom dalam reaksi L-DOPA-tirosinase. Parameter adanya aktivitas ditunjukkan oleh nilai IC50 dan persentase inhibisi. Hasil uji aktivitas penghambatan tirosinase menunjukkan fraksi air daun trengguli (Cassia fistula L.) memiliki nilai IC50 tertinggi (152,031 µg/mL). Uji kinetika enzim menunjukkan fraksi air daun trengguli menginhibisi tirosinase secara kompetitif campuran. Hasil identifikasi golongan senyawa menunjukkan bahwa fraksi air daun trengguli mengandung alkaloid, flavonoid, glikosida, fenol, dan tanin.

---

Synthetic skin lightening agents are considered less safe to use because it can cause side effects in long term use. Because of that, recent researches are aimed to search plant-based skin lightening agents which is considered safer. This research was conducted to obtain Indonesian plants that have potential as tyrosinase inhibitors using in silico screening with AutoDock Vina. In vitro assay on the inhibition of tyrosinase was performed on extract and fractions of trengguli leaves (Cassia fistula L.) containing ent-epicatechin-(4α→8)-ent-epicatechin and clitorin which ranks the top 10 results of virtual screening. Tyrosinase inhibitory activity assay performed by measuring the decrease in the intensity of color that suggests inhibition of dopachrome formation resulted from L-DOPA-tyrosinase reaction. The parameters of the activity shown by the IC50 values ​​and the percentage of inhibition. The test results showed tyrosinase inhibitory activity of water fraction of trengguli leaves extract (Cassia fistula L.) had the highest IC50 values ​​(152.031 µg/mL). Enzyme kinetics assay showed that water fraction of trengguli leaves extract inhibits tyrosinase with mixed inhibition type. Phytochemical screening showed that water fraction of trengguli leaves extract contain alkaloids, flavonoids, glycosides, phenols, and tannins."

"Penghambatan aktivitas elastase dapat diterapkan sebagai metode untuk melindungi terhadap penuaan kulit. Penelitian ini dilakukan untuk memperoleh tanaman Indonesia yang memiliki potensi sebagai inhibitor elastase menggunakan penapisan virtual dengan piranti lunak penambatan molekul AutoDock. Penapisan virtual dari 1406 senyawa dari basis data senyawa tanaman obat di Indonesia terhadap penghambatan elastase diperoleh peringkat tertinggi yakni senyawa leucadenon A-D. Pengujian secara in vitro terhadap penghambatan elastase dilakukan terhadap ekstrak dan fraksi daun Melaleuca leucadendron L. yang mengandung senyawa leucadenon A-D yang menempati peringkat 5 besar teratas dari hasil penapisan virtual. Daun segar M. leucadendron L. diekstraksi secara maserasi dengan pelarut aseton kemudian difraksinasi dengan kloroform. Fraksi kloroform difraksinasi kembali menggunakan kromatografi cair vakum sehingga didapatkan 6 fraksi (A-F) yang digabungkan berdasarkan profil KLT. Persen inhibisi elastase berturut-turut pada konsentrasi 50; 25; dan 12,5 µg/mL, fraksi A adalah 68,3; 57,0; dan 47,6% dan fraksi B adalah 68,1; 64,0; dan 48,3%. Pada konsentrasi yang sama, nilai persen inhibisi fraksi A dan B lebih besar jika dibandingkan asam oleanolat yaitu 62,4; 55,9; dan 46,5%. Uji kinetika enzim menunjukkan fraksi B daun M. leucadendron L. menginhibisi elastase secara kompetitif. Hasil identifikasi golongan senyawa menunjukkan bahwa fraksi A dan B daun M. leucadendron L. mengandung flavonoid dan terpen.

---

Inhibition of elastase activity can be applied as a method to protect against skin aging. This research was conducted to obtain Indonesian plants that have potential as elastase inhibitors using virtual screening with the molecular docking software AutoDock. Virtual screening of 1406 compounds from a database of medicinal plants in Indonesia on the inhibition of elastase obtained the highest rank is leucadenone A-D. In vitro assay on elastase inhibitory of leaves extract and fractions Melaleuca leucadendron L. containing leucadenone A-D compounds which ranks the top 5 of the virtual screening results. Fresh leaves of M. leucadendron L. extracted by maceration with acetone and then fractionated with chloroform. Chloroform fraction was fractionated using vacuum liquid chromatography and obtained 6 fractions (A-F) were combined based on TLC profiles. Percent inhibition of elastase at concentrations of 50; 25; and 12.5 µg/mL respectively, fraction A was 68.3; 57.0; and 47.6% and fraction B was 68.1; 64.0; and 48.3%. At the same concentration, percent inhibition of fractions A and B greater than oleanolat acid was 62.4; 55.9; and 46.5%. Enzyme kinetics assays showed that B fraction leaves Melaleuca leucadendron L. inhibited competitively. Phytochemical screening showed that A and B fraction leaves of M. leucadendron L. contained flavonoids and terpenes."

"Sekitar 70% dari permukaan bumi ditutupi oleh lautan yang menyimpan sumber daya hayati yang berpotensi menjadi obat. Oleh karena itu, pengembangan obat dari bahan laut menjadi fokus penelitian di saat ini. Akan tetapi, pengembangan obat dari bahan alam laut harus menghadapi tantangan mulai dari biaya tinggi, kompleksitas molekul, keterbatasan sumber daya, dan permasalahan lingkungan. Untuk mengatasi masalah ini, penelitian in silico digunakan sebagai pendekatan komputasi untuk mengidentifikasi potensi senyawa obat dari bahan alam laut. Dalam penelitian in silico, diperlukan basis data senyawa kimia dengan struktur tiga dimensi yang valid untuk meningkatkan akurasi penelitian in silico. Pada penelitian sebelumnya, telah dilakukan pengumpulan data bahan alam laut dengan 770 senyawa tetapi data tersebut belum dihimpun menjadi suatu basis data. Data tersebut juga tidak memuat struktur tiga dimensi bahan alam laut tersebut. Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan untuk membuat, mengoptimasi, dan melakukan validasi struktur tiga dimensi bahan alam laut dengan metode AM1-BCC serta membuat suatu basis data senyawa kimia dari bahan alam laut. Validasi dilakukan terhadap 769 struktur tiga dimensi senyawa dari bahan alam laut menggunakan perangkat lunak PyMOL. Berdasarkan hasil validasi, struktur tiga dimensi senyawa dengan format mol2 memberikan hasil struktur tiga dimensi dengan visualisasi terbaik dan paling sesuai. Pada penelitian ini, telah diperoleh basis data senyawa kimia dari bahan alam laut dengan komponen 770 SMILES, 770 struktur dua dimensi dalam format file png dan sdf, 769 struktur tiga dimensi dalam format mol2, pdb, dan pdbqt.

---

Approximately 70% of the Earth's surface is covered by oceans, which harbor valuable biological resources that have the potential to become medicines. Therefore, the development of drugs from marine sources has become a focus of research at present. However, the development of drugs from marine natural compounds faces challenges such as high costs, molecular complexity, limited resources, and environmental issues. To address these problems, in silico research has been used as a computational approach to identify potential drug compounds from marine natural sources. In in silico research, a database of chemical compounds with valid three-dimensional structures is required to improve the accuracy of the research. In previous studies, data collection of marine natural compounds with 770 compounds has been conducted, but this data has not been compiled into a database. Moreover, the data does not include the three-dimensional structures of the marine natural compounds. Therefore, this study aims to create, optimize, and validate the three-dimensional structures of marine natural compounds using the AM1-BCC method, as well as to establish a database of chemical compounds from marine natural sources. Validation was performed on 769 three-dimensional structures of compounds from marine natural sources using the PyMOL software. Based on the validation results, the three-dimensional structures in mol2 format provided the best and most suitable visualization. In this study, a database of chemical compounds from marine natural sources was obtained, consisting of 770 SMILES components, 770 two-dimensional structures in png and sdf file formats, and 769 three-dimensional structures in mol2, pdb, and pdbqt formats."

"HIV-1 (Human immunodeficiency virus tipe 1) adalah anggota famili retrovirus yang dapat menyebabkan penyakit AIDS ketika menginfeksi manusia. Epidemi AIDS adalah salah satu penyakit yang paling destruktif di zaman modern. Diperkirakan lebih dari 33 juta orang telah terinfeksi hingga tahun 2010.Berbagai penelitian perancangan obat yang mentarget berbagai enzim virus HIV terus dilakukan terutama enzim vital untuk reproduksi virus seperti transkriptase balik, integrase, dan protease. Penapisan virtual sebagai salah satu metode pendekatan in silico telah digunakan pada pencarian senyawa penuntun dari basis data senyawa library ataupun dari basis data bahan alam sebagai inhibitor HIV-1.Pada penelitian ini dilakukan penapisan virtual basis data senyawa tanaman obat di Indonesia pada transkriptase balik, integrase dan protease HIV-1. Penapisan dilakukan menggunakan piranti lunak GOLD, AutoDock dan AutoDock Vina.Berdasarkan hasil penapisan didapatkan 10 peringkat senyawa terbaik dari tiap metode untuk tiap enzim. Metode penapisan yang relatif lebih akurat adalah AutoDock untuk transkriptase balik; AutoDock Vina dan GOLD untuk protease; serta AutoDock Vina untuk integrase.

---

HIV-1 (Human immunodeficiency virus type 1) is a member of retrovirus family that could infect human and causing AIDS disease. AIDS epidemic is one of the most destructive diseases in the modern era. There were more than 33 million people infected by HIV until 2010.

Various researches have been done to design drug that targeting HIV enzymes primarily vital reproduction enzymes such as reverse transcriptase, integrase and protease. Virtual screening as in silico approach has been used to find lead molecules from compound library or natural database as HIV-1 inhibitors.

In this research, virtual screening of Indonesian herbal database was done to reverse transcriptase, integrase and HIV-1 protease. Virtual screening was done using GOLD, AutoDock, and AutoDock Vina.

Based on this research, top ten ranked compound was obtained for each methods and enzymes. Virtual screening method which relatively more accurate is AutoDock for reverse transcriptase; AutoDock Vina and GOLD for protease; and AutoDock Vina for integrase."

"Kanker adalah suatu penyakit dimana sel tubuh bersifat abnormal dan tumbuh secara tidak terkontrol yang bisa meluas dan menyebar ke setiap bagian di tubuh manusia. Ditemukan ekspresi berlebih procaspase-3 pada beberapa kanker yang harus diaktivasi menjadi Caspase-3 agar dapat menginduksi apotosis pada sel. Pada penelitian ini, dilakukan penapisan virtual senyawa dari basis data tanaman herbal Indonesia sebagai aktivator Procaspase-3 menggunakan peranti lunak Autodock dan Autodock Vina. Penelitian ini divalidasi menggunakan parameter Enrichment Factor EF, Receiver Operating Characteristics ROC gunakan Autodock diperoleh sepuluh senyawa terbaik dengan energi ikatan-8,28 -9,31 kkal/mol dan menggunakan Autodock Vina diperoleh sepuluh senyawa terbaik dengan energi ikatan -8,1 -8,8 kkal/mol. Didapatkan dua senyawa yang beririsan pada kedua peranti lunak, yaitu Betulinic acid dan Maslinic acid. Betulinic acid berinteraksi dengan residu dengan Leu136A, Lys137A, Tyr195A, dan Pro201 pada Autodock dan Autodock Vina. Sedangkan Maslinic acid berinteraksi pada residu Leu136A, Lys137A, dan Pro201 pada Autodock dan Autodock Vina.

---

Cancer is a disease where body cell being abnormal and grow uncontrolled which can spread to every part of human body. Previous research found excessive expression of Procaspase 3 on cancer that must be activated to Caspase 3 in order to induce apoptotic in cells. In this research, virtual screening of Indonesian Herbal Database as Procaspase 3 activator was performed using Autodock and Autodock Vina software. This research was validated using Enrichment Factor EF , Receiver Operating Characteristics ROC, and Area Under Curve AUC parameters. Results of virtual screening using Autodock obtained the best ten compounds with binding energy 8,28 9,31 kcal mol and Autodock Vina obtained the best ten compounds with binding energy 8,1 8,8 kcal mol. Both virtual screening software showed two compounds in common, which is Betulinic Acid, and Maslinic acid. Betulinic acid interacts with residue Leu136A, Lys137A, Tyr195A, and Pro201 in Autodock and Autodock Vina. While Maslinic acid interacts with residue Leu136A, Lys137A, and Pro201 in Autodock and Autodock Vina."

"ABSTRAKHepatitis B adalah suatu penyakit yang disebabkan oleh virus hepatitis B. Salah satu faktor yang berpengaruh dalam pembentukan virus hepatitis B adalah core protein Cp . Sehingga Cp dapat digunakan sebagai salah satu target pengobatan hepatitis B. Pada penelitian ini dilakukan penapisan virtual senyawa dari basis data tanaman herbal Indonesia sebagai core protein allosteric modulator CpAM menggunakan peranti lunak AutoDock dan AutoDock Vina. Metode divalidasi dengan menggunakan parameter Enrichment Factor EF , Receiver Operating Characteristics ROC , dan Area Under Curve AUC . Pada penapisan menggunakan AutoDock digunakan grid box ukuran 55x55x55 dengan nilai EF10 0.7652 dan AUC 0.6709 sementara grid box ukuran 20.625x20.625x20.625 untuk penapisan menggunakan AutoDock Vina dengan nilai EF5 0.5075 dan AUC 0.7832. Sepuluh senyawa terbaik hasil penapisan virtual menggunakan AutoDock memiliki rentang DG: -11.74 -10.31 kkal/mol adalah yuehchukene, lansionic acid, stigmast-4-en-3-one, myrtillin, sanggenol O, lanosterol, erycristagallin, alpha-spinasterol, cyanidin 3-arabinoside, dan cathasterone. Sepuluh senyawa terbaik hasil penapisan virtual menggunakan AutoDock Vina memiliki rentang DG: -12.1 -10.7 kkal/mol adalah sanggenol O, cucumerin A, yuehchukene, palmarumycin CP1, dehydrocycloguanandin, myrtilin, liriodenine, myricetin 3-alpha-L-Arabinopyranoside, myricetin 3-galactoside, dan cassameridine.

---

ABSTRACTHepatitis B is a disease caused by hepatitis B virus. One of the main factor in virus assembly is core protein Cp . Therefore Cp is suitable to use as one of therapeutic target for hepatitis B. In this study virtual screening of Indonesia herbal database as CpAM of hepatitis B virus was performed using AutoDock and AutoDock Vina software. The methode was validated by Enrichment Factor EF , Receiver Operating Characteristics ROC , and Area Under Curve AUC parameters. The grid box size used in virtual screening with AutoDock is 55x55x55 with EF10 0.7652 and AUC 0.6709 meanwhile grid box size that will be use in virtual screening using AutoDock Vina is 20.625x20.625x20.625 with EF5 0.5075 and AUC 0.7832. The best top ten compounds from virtual screening with AutoDock has DG levels 11.74 10.31 kkal mol theare yuehchukene, lansionic acid, stigmast 4 en 3 one, myrtillin, sanggenol O, lanosterol, erycristagallin, alpha spinasterol, cyanidin 3 arabinoside, dan cathasterone. The best top ten compounds from virtual screening with AutoDock Vina has DG levels 12.1 10.7 kkal mol adalah sanggenol O, cucumerin A, yuehchukene, palmarumycin CP1, dehydrocycloguanandin, myrtilin, liriodenine, myricetin 3 alpha L Arabinopyranoside, myricetin 3 galactoside, dan cassameridine"