Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Penelitian yang bertujuan untuk menguji aktivitas antifeedant ekstrak kasar Dolabella auricularia telah dilakukan pada tanggal 4-10 Mei di Perairan Pulau Pramuka, Taman Nasional Kepulauan Seribu, DKI Jakarta. Sampel Dolabella auricularia diekstrak dengan metanol, menghasilkan persentase ekstrak kasar sebesar 4,8 dan memiliki konsentrasi fisiologis dari Dolabella auricularia yaitu 40mg/mL. Uji antifeedant dilakukan dengan menggunakan pakan uji yang mengandung ekstrak kasar Dolabella auricularia yang dicampur jeli dan pelet, untuk pakan kontrol positif mengandung jeli dan pelet sedangkan pakan kontrol negatif hanya mengandung jeli. Pengujian dilakukan di rataan terumbu karang dekat Dermaga Utama Pulau Pramuka dan dekat Dermaga Odi Pulau Pramuka pada kedalaman 3-5 m. Hasil uji statistik Chi-kuadrat pada taraf signifikasi 0,01 menunjukkan bahwa pemberian ekstrak kasar Dolabella auricularia berhubungan dengan perilaku makan ikan karang Berdasarkan hal tersebut maka ekstrak kasar Dolabella auricularia positif memiliki aktivitas antifeedant terhadap ikan karang.

---

A study that aimed to test antifeedant activity from Dolabella auricularias crude extract was conducted on May 4th 10th Mei 2018 in Pramuka Island Waters, Kepulauan Seribu National Park, DKI Jakarta. Samples of Dolabella auricularia was extracted with methanol to yield the 4,8 of crude extract which is equal to 40mg mL of physiological concentration. The antifeedant assay was conducted by using artificial foods that contained the Dolabella auricularias crude extract mixed with jellies and pellets for feeding test, positive control foods contained both of jellies and pellets, and negative control foods contained jellies only. The experiments was conducted on the coral reefs near Pramuka Islands Main Pier and Ody Pier at 3,5 m depth. Chi square analysis 0,01, result showed that there are effects to the feeding preferences of the treatments on reef fishes. This means that the crude extract from Dolabella auricularia has an antifeedant activity against reef fishes."

"Telah dilakukan penelitian "Isolasi Metabolit Sekunder dan Uji Aktivitas Senyawa Antikanker dari Ekstrak Buah Merah" (Pandanus conoideus Lamk). Pandanus conoideus Lamk termasuk ke dalam famili Pandanaceae. Tanaman ini telah dimanfaatkan sebagai tumbuhan obat. Hasil kromatografi vakum cair dari fraksi Ae, Ai, Bcb, Bcb2, Bcb3 dan minyak dilakukan uji toksisitas dengan metode Brine Shrimp Lethality Test (BSLT), menunjukkan bahwa dari keenam fraksi tersebut mempunyai toksisitas yang tinggi, hal ini ditunjukkan dengan nilai LC50 d" 1000 ppm, dan fraksi yang paling toksik ditunjukkan oleh fraksi Ai LC50 2,35 x 10 -9 ppm. Berdasarkan hasil GC-MS bahwa pada fraksi Ae mendapat 10 senyawa, sub fraksi Cca mendapat 10 senyawa dan minyaknya mendapat 7 senyawa. Dari fraksi EtOAc diperoleh Sub Fraksi CCea dan Cca, kedua sub fraksi dilakukan analisis spektrum Uv-Vis dan IR serta uji identifikasi metabolit sekunder mengidentifikasikan bahwa kedua sub fraksi tersebut mengandung senyawa golongan flavonoid. "

"Telah dilakukan penelitian untuk mendapatkan senyawa aktif dari kapang laut Aspergillus flavus yang mempunyai aktivitas terhadap Artemia salina Leach. Tahap awal dari penelitian adalah pemilihan isolat kapang laut dan media tumbuhnya berdasarkan aktivitasnya. Terhadap 2 isolat kapang (PR 28.1 dan PR 34.1) dilakukan fermentasi dengan media Wickerham dan Malt ekstrak selama 15 hari. Sel kapang (pelet) dipisahkan dari media fermentasi (supernatant) dengan penyaringan. Pelet diekstraksi secara maserasi dengan etil asetat dan dilanjutkan dengan methanol. Supernatan diekstraksi cair-cair dengan etil asetat dan dilanjutkan dengan butanol jenuh air. Terhadap ektrak yang diperoleh dilakukan skrining aktivitas terhadap jamur Fusarium oxysporum, radikal bebas DPPH dan larva Artemia salina Leach. Hasil uji menunjukkan ekstrak etil asetat dari supernatan kapang PR 28.1 yang difermentasi dengan media malt ekstrak mempunyai aktivitas yang relatif lebih tinggi dibanding ekstrak lainnya.Ekstrak etil asetat tersebut (kode J) difraksinasi menggunakan metoda Kromatografi Cair Vakum (VLC) dengan fase diam silika gel 60 dan fase gerak sistem gradien diklorometan-metanol. Dari tahapan ini diperoleh 5 kelompok fraksi. Kelima kelompok fraksi tersebut dilakukan uji aktivitas dengan metode BSLT dan DPPH. Hasil uji menunjukkan bahwa kelompok fraksi I (JFI) dan II (JFII) mempunyai aktivitas terhadap A.salina dan DPPH. Terhadap fraksi II dilakukan kromatografi kolom dengan fase diam sephadex LH20 dan fase gerak metanol dan diperoleh 10 fraksi. Fraksi ke-5 mempunyai aktivitas tinggi terhadap A.salina Leach sedangkan fraksi ke-7 dan ke-8 mempunyai aktivitas terhadap DPPH. Fraksi ke-5 dilakukan pemurnian lebih lanjut dengan kolom Sephadex dan eluen metanol sehingga diperoleh senyawa A yang mempunyai aktivitas terhadap Artemia salina Leach. Fraksi ke-7 dan ke-8 tidak dilakukan pemurnian lebih lanjut karena jumlahnya yang sangat sedikit.Elusidasi struktur dilakukan terhadap senyawa A dengan metode spektroskopi GC-MS, 1H-NMR, 13C-NMR dan NMR 2 dimensi (COSY, HSQC dan HMBC). Dari elusidasi struktur tersebut dapat ditentukan bahwa senyawa A adalah senyawa dengan rumus molekul C6H6O4 dengan berat molekul 142 dengan nama asam kojiat. Asetilasi terhadap senyawa tersebut menghasilkan senyawa asetil kojiat. Asetilasi terjadi pada gugus alkohol primer.

---

Research finding secondary metabolite from marine fungi Aspergillus flavus having activity against Artemia salina Leach was carried out. Prelimanary study for this research was selected marine fungi and culture medium based on activity. Two fungi were fermented for 15 days on Wickerham and Malt Extract medium. Cell of fungi (pellets) and fermentation medium (supernatant) were separated by filtration. Then pellets were extracted by ethyl acetate using maceration method and followed by methanol. Supernatant were extracted by ethyl acetate and buthanol. Their activity were screened for antifungal (Fusarium oxysporum), antioxydant using DPPH and Lethality test using Artemia salina Leach (BSLT). The result indicated that ethyl acetate extract of PR 28.1 supernatant has activity higher than the others.

Ethyl acetate extract (code J) was fractionated using Vacuum Liquid Chromatography (VLC) with silca gel 60 as stationer phase and gradient system of dichloromethane-methanol as mobile phase. Five group fractions (JFI, JFII, JFIII, JF IV and JFV) were found. JFI and JFII showed activity against A.salina Leach. Using Coloumn Chromatography with Sephadex LH20 as stationer phase and methanol as a mobile phase, JFII was separated and found fraction 5 (JF2.5) that was active against A.salina Leach larvae, while fraction 7 and 8 were active to radical scavenger (DPPH). The isolation of active compound from Fraction no. 5 was done using coloumn chromatography with Sephadex as stationer phase and methanol as mobile phase.

Structure elucidation on compound A was carried out using spectroscopy methods, there are GC-MS, 1H-NMR, 13C-NMR and two dimension NMR (COSY,HSQC and HMBC). Compound A has been identified as kojic acid (C6H6O4) with molecular weight of 142. Acetylation on this compound has resulted the compound kojic acetyl. Acetylation was taken place on the primer alcohol group."

"Metabolit sekunder invertebrata laut Indonesia diketahui memiliki aktivitas antivirus yang baik. SARS-CoV-2 merupakan virus yang menyebar luas menyebabkan pandemi sehingga menyebabkan kebutuhan mendesak untuk pencarian obat efektivitas tinggi dengan efek samping yang lebih sedikit daripada antivirus yang tersedia saat ini. Penelitian dilakukan untuk mencari kandidat senyawa melawan SARS-CoV-2 dengan menggunakan pendekatan komputasi. Sebanyak 137 senyawa disaring menggunakan AutodockVina. Sifat fisikokimia dan profil farmakokinetik yaitu Absorpsi, Distribusi, Metabolisme, Ekskresi, dan Toksisitas (ADMET) diprediksi menggunakan ADMETLab. Penambatan molekul dilakukan pada dua protease SARS-CoV-2 yaitu 3CLpro dan PLpro menggunakan AutoDockTools. Hasil penambatan molekul, kandidat senyawa Pre-neo-kaluamine dari spesies Acanthostrongylophora ingens memiliki potensi menghambat 3CLpro, dengan nilai energi ikatan sebesar -10,35 kkal/mol. Cortistatin F dari spesies Corticium complex memiliki nilai energi ikatan sebesar -10,62 kkal/mol terhadap PLpro. Acanthomanzamine C dari spesies Acanthostrongylophora ingens dapat melakukan penargetan ganda pada kedua protease 3CLpro dan PLpro, dengan nilai energi ikatan berkisar dari -10 kkal/mol hingga -14 kkal/mol. Semua senyawa kandidat menunjukkan afinitas yang lebih baik dibandingkan dengan ligan referensi dari masing masing protease yaitu nirmatrelvir dan 3k. Simulasi dinamika molekul dilakukan dengan AMBER 22 dan memberikan hasil yang sejalan dengan penambatan molekul yaitu menunjukkan stabilitas ikatan yang baik antara ligan uji dan protease.

---

The secondary metabolites of Indonesian marine invertebrates are known to have good antiviral activity. SARS-CoV-2, a widespread virus causing a pandemic, necessitates an urgent search for high-effectiveness drugs with fewer side effects than currently available antivirals. This research utilized a computational approach to identify candidate compounds against SARS-CoV-2. AutodockVina filtered 137 compounds, while ADMETLab predicted their physicochemical properties and pharmacokinetic profiles (ADMET). Subsequently, AutoDockTools performed molecular docking on the SARS-CoV-2 proteases, 3CLpro and PLpro. The results showed that Pre-neo-kaluamine from Acanthostrongylophora ingens has the potential to inhibit 3CLpro with a bond energy of -10.35 kcal/mol, and Cortistatin F from Corticium complex has a binding energy of -10.62 kcal/mol to PLpro. Acanthomanzamine C from Acanthostrongylophora ingens can double target both proteases with binding energy ranging from -10 kcal/mol to -14 kcal/mol. All candidate compounds exhibited higher affinity than the reference ligands (nirmatrelvir and 3k). Molecular dynamics simulations using AMBER 22 supported the docking results and confirmed good bond stability between the test ligands and the proteases."

"Pandemi yang disebabkan oleh SARS-CoV-2 telah memicu situasi darurat kesehatan di seluruh dunia. Varian Omicron yang menyebar dengan cepat semakin mendesak pencarian terapi yang tepat untuk menghindari infeksi yang lebih berat. TMPRSS2 manusia dan protein spike SARS-CoV-2 varian Omicron diidentifikasi sebagai protein target melalui penapisan secara komputasi. Metode yang digunakan adalah penapisan virtual berbasis struktural; analisis prediksi absorption, distribution, metabolism, excretion, dan toxicity (ADMET); dan simulasi dinamika molekuler. Ligan uji yang digunakan adalah senyawa metabolit sekunder invertebrata laut Indonesia. Camostat dan nafamostat (ko-kristal) digunakan sebagai ligan pembanding terhadap penghambatan TMPRSS2 sedangkan mefloquine ligan pembanding terhadap Protein Spike. Berdasarkan hasil penambatan molekul, acanthomanzamine C (-9,75 kkal/mol) dan cortistatin G (-9,39 kkal/mol) memiliki aktivitas yang lebih baik terhadap penghambatan TMPRSS2 dibandingkan dengan camostat (-8,25 kkal/mol) dan nafamostat (-6,52 kkal/mol). Sebagai inhibitor protein spike SARS-CoV-2 varian Omicron, acanthomanzamine C (-9,19 kkal/mol) dan cortistatin J (-8,89 kkal/mol) juga menunjukkan penghambatan yang lebih baik dibandingkan dengan mefloquine (-6,34 kkal/mol). Ligan uji tersebut juga telah memenuhi seluruh kriteria ADMET yang ditetapkan. Dari hasil analisis simulasi dinamika molekuler menunjukkan pengikatan yang stabil senyawa ligan uji terhadap protein target setelah simulasi berjalan 60 nanodetik dan memiliki energi ikatan bebas MMGBSA dan MMPBSA yang lebih baik dibandingkan ligan pembanding diantaranya TMPRSS2–acanthomanzamine C (-28,2067; -24,6639 kkal/mol), TMPRSS2–cortistatin G (-29,9908; -24,8869 kkal/mol), protein spike–acanthomanzamine C (-45,1414; -27,8749 kkal/mol), dan protein spike–cortistatin J (-37,8537; -35,6439 kkal/mol). Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa acanthomanzamine C, cortistatin G, dan cortistatin J merupakan senyawa hits sebagai kandidat terapi untuk infeksi SARS-CoV-2.

---

The pandemic caused by SARS-CoV-2 has triggered a global health emergency. The rapid spread of the Omicron variant has further intensified the urgency to search for appropriate therapies to prevent severe infections. The human TMPRSS2 and spike protein of the SARS-CoV-2 Omicron variant were identified as the target proteins through computational screening. The methods used are structure-based virtual screening; absorption, distribution, metabolism, excretion, and toxicity (ADMET) analysis; and molecular dynamics simulation. Bioactive marine invertebrates from Indonesia were employed as test ligands. Camostat and nafamostat (co-crystal) were utilized as reference ligands against TMPRSS2, whereas mefloquine was used as a reference ligand against spike protein. Following a molecular docking, acanthomanzamine C (-9,75 kcal/mol) and cortistatin G (-9,39 kcal/mol) had better activity against TMPRSS2 inhibition compared to camostat (-8,25 kcal/mol) and nafamostat (-6,52 kcal/mol). As inhibitors of spike protein of SARS-CoV-2 Omicron variant, acanthomanzamine C (-9,19 kcal/mol) and cortistatin J (-8,89 kcal/mol) also showed better inhibition compared to mefloquine (-6,34 kcal/mol). The test ligands have also met all the established ADMET criteria. The results of the molecular dynamics analysis showed stable binding of the test ligands to the target proteins after the initial 60 nanoseconds and had free binding energies of MMGBSA/MMPBSA that were better than the comparison ligands, including TMPRSS2–acanthomanzamine C (-28,2067; -24,6639 kcal/mol), TMPRSS2–cortistatin G (-29,9908; -24,8869 kcal/mol), spike protein–acanthomanzamine C (-45,1414; -27,8749 kcal/mol), and spike protein–cortistatin J (-37,8537; -35,6439 kcal/mol).  These results indicate that acanthomanzamine C, cortistatin G, and cortistatin J are hits compounds as candidate therapies for SARS-CoV-2 infection."

"Indonesia memiliki kekayaan alam laut yang sangat beragam, yang dapat berpotensi untuk mengandung senyawa bioaktif yang masih kurang dieksplorasi lebih dalam. Dalam penelitian ini, peneliti ingin mengeksplorasi senyawa metabolit sekunder yang berasal dari invertebrata laut yang berada di perairan Indonesia dalam kegunaannya untuk mengatasi masalah pandemi yang terjadi di dunia selama 3 tahun terakhir. Sebanyak 137 senyawa yang diperoleh dari berbagai spesies invertebrata laut seperti karang lunak, tunikata, dan spons ditapiskan dengan menggunakan penapisan virtual terhadap ACE2 dan Spike Protein Virus varian omicron. Selanjutnya setelah didapatkan 20 senyawa yang memiliki potensi dari proses penapisan, dilakukan proses studi penambatan molekuler dan prediksi ADMET untuk menemukan senyawa terbaik dari senyawa yang telah terpilih. Setelah didapatkan senyawa paling baik, dilakukan studi dinamika molekuler untuk melihat kestabilan ligan-reseptor pada senyawa yang terbaik. Dari hasil penelitian didapatkan bahwa ada 2 senyawa yaitu Acanthomanzamine E dan Cortistatin L, yang menunjukkan hasil yang cukup menjanjikan sebagai bloker terhadap ACE2 dan juga SARS-CoV-2 Omicron SPV. Acanthomanzamine E memiliki energi ikatan sebesar -12,87 kcal mol dan -8,61 kcal/mol terhadap ACE2 dan SPV, sementara Cortistatin L memiliki energi ikatan sebesar -9,96 kcal/mol dan -7,56 kcal/mol terhadap ACE2 dan SPV. Simulasi MD sebesar 50ns menunjukkan kestabilan kedua senyawa pada reseptornya masing-masing, dan juga dibandingkan terhadap senyawa pembanding yaitu XX5 untuk pembanding terhadap ACE2 dan Ceftriaxone digunakan sebagai senyawa pembanding terhadap Spike Protein Virus SARS-CoV-2 varian omicron.

---

Indonesia has diversified marine creatures, which could potentially have bioactive substances still underexplored. In this research, we tried to explore these secondary metabolites from Indonesian marine invertebrates to find the lead compound in overcoming the pandemic problem that happened in the world for the last 3 years. A total of 137 compounds from different types of invertebrates, such as soft corals, tunicates, and sea sponges screened against ACE2 and Spike Protein Virus of the Omicron variant. From the virtual screening. we obtained top 20 compounds that have potential to bind with the receptors. Furthermore, molecular docking and ADMET prediction studied in the top 20 compounds to filter compound down to the best 2 compounds. We also did preliminary molecular dynamics studies to see the stability of ligand-receptor occur between the best compound and the receptor. We found that two compounds, Acanthomanzamine E and Cortistatin L, show prominent results as ACE2 and SARS-CoV-2 blockers, especially from molecular docking, which have -12,87 kcal/mol and -9,96 kcal/mol towards ACE2 and -8,61 kcal/mol and -7,56 kcal/mol towards SPV Omicron respectively. We see promising results from the 50 ns MD simulation of these compounds and their comparison which is XX5 for ACE2 receptor and Ceftriaxone in Spike Protein Virus SARS-CoV-2 omicron variant."