Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Gen pol murine leukemia virus adalah gen pengkode enzim reverse transcriptase (RT) yang berfungsi untuk mentranskripsi balik genom RNA virus menjadi DNA. Enzim RT banyak digunakan sebagai komponen dalam RT-PCR untuk mensintesis cDNA dari RNA. Penelitian bertujuan mengekspresikan gen pol MLV dan mengetahui fungsi enzim RT yang dihasilkan. Gen pol MLV dalam penelitian sebelumnya, telah dikonstruksi tidak memiliki sekuen pengkode asam amino RNase H dan berhasil ditransformasi ke dalam Escherichia coli BL21. Eskpresi gen pol dilakukan menggunakan induksi IPTG 0,3 mM. Hasil penelitian menunjukkan bahwa gen pol MLV telah berhasil diekspresikan dan menghasilkan enzim RT tanpa RNase H dengan berat molekul ~58 kDa. Enzim RT selanjutnya dipurifikasi menggunakan resin Ni-NTA dan dilakukan pengujian fungsi enzim tersebut dengan RT-PCR. Hasil analisis menunjukkan bahwa enzim RT dalam penelitian terbukti dapat berfungsi mensintesis cDNA menggunakan cetakan RNA pada proses RT-PCR."

"Telah dilakukan penelitian selama 9 bulan (Februari--Oktober 2008) di Laboratorium Mikrobiologi Klinik FKUI dengan tujuan memperoleh klona pembawa fragmen gen tat HIV-1 strain pNL43. Gen tersebut menyandikan protein Tat yang berperan dalam meningkatkan ekspresi gen-gen HIV. Sintesis fragmen gen tat HIV-1 dilakukan melalui PCR overlapping. Fragmen gen tat HIV-1 (326 pb) dan vektor plasmid pQE-80L (4700 kb) yang telah dipotong dengan enzim XmalI dan SalI kemudian diligasi menggunakan T4 DNA ligase. Hasil ligasi ditransformasi secara kejut panas ke dalam Escherichia coli TOP10 dan diseleksi pada medium LB agar (+ampisilin). Sebanyak 15 koloni transforman dari 81 koloni yang berhasil diperoleh, kemudian diisolasi DNA plasmidnya dan dianalisis digesti serta diverifikasi melalui PCR. Hasil analisis digesti menunjukkan terdapat 4 koloni pembawa plasmid rekombinan yang ditunjukkan oleh visualisasi pita DNA berukuran 316 pb. Verifikasi PCR dengan primer pQE-forward dan Ex2-TatpNL4C menunjukkan bahwa fragmen gen tat HIV-1 berhasil disisipkan dan diklona ke dalam E.coli TOP10."

"Penelitian deteksi fragmen gen NA virus avian influenza (AI) subtipe H5N1 telah dilakukan menggunakan 4 pasang primer NA yang dirancang oleh peneliti di Laboratorium IHVCB, yaitu NIF64 + NIR320, NIF306 + NIR537, NIF600 + NIR774, dan NIF757 + NIR975. Tujuan penelitian mengetahui spesifisitas dan sensitivitas primer yang telah dirancang dalam mendeteksi gen NA virus AI subtipe H5N1. Teknik two-step RT-PCR digunakan untuk mendeteksi gen NA virus AI subtipe H5N1. Uji spesifisitas PCR keempat pasangan primer dilakukan menggunakan sampel virus influenza A/chicken/Indonesia/2005 (H5N1); A/chicken/Indonesia/2006 (H5N1); A/chicken/Indonesia/2007 (H5N1); A/Indonesia/2007 (H3N2); A/Indonesia/2007 (H1N1); bakteri Streptococcus pneumonia, Neisseria meningitidis, dan Haemophilus influenzae. Uji sensitivitas PCR dilakukan dengan pengenceran bertahap terhadap cDNA virus influenza A/chicken/Indonesia/2006 (H5N1) dengan nilai konsentrasi 0,1 pg/μl--10 ng/μl. Hasil penelitian menunjukkan keempat pasangan primer memiliki spesifisitas tinggi terhadap virus AI subtipe H5N1, tidak pada subtipe H1N1 dan H3N2, serta tidak terjadi reaksi silang antara primer dan gen bakteri patogen saluran pernapasan. Pasangan primer NIF306 + NIR537 mempunyai sensitivitas PCR paling tinggi dibandingkan ketiga pasangan primer lainnya karena dapat mendeteksi gen NA dengan nilai konsentrasi cDNA terendah sebesar 1 pg/μl sehingga paling baik digunakan pada uji diagnostik AI dengan RT-PCR."

"Keamanan dari vaksin terapetik untuk kanker serviks yang didasarkan pada antigen HPV E6 perlu dipastikan dengan uji interaksi antara vaksin dan protein p53. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mendapatkan plasmid rekombinan untuk ekspresi protein rekombinan p53 yang akan digunakan dalam uji interaksi. Enzim RevertAid dan primer random hexamer digunakan untuk mendapatkan cDNA dari sel HeLa yang akan digunakan sebagai cetakan PCR dengan menggunakan enzim Platinum Taq DNA Polymerase High Fidelity dan primer p53 spesifik. Produk PCR yang dihasilkan sebesar 1204 bp yang mengandung gen p53 dengan adanya penambahan situs restriksi endonuklease SalI dan PstI. Setelah pemotongan dengan enzim SalI dan PstI, produk PCR diligasi dengan plasmid pQE-80L yang juga sudah dipotong dengan enzim yang sama. Campuran ligasi digunakan untuk transformasi ke dalam Escherichia coli TOP10. Keberadaan fragmen DNA p53 yang berhasil dimasukkan ke dalam plasmid rekombinan yang sudah berada di dalam transforman diverifikasi menggunakan PCR, pemotongan DNA rekombinan, dan sekuensing. Hasil penelitian menunjukkan bahwa gen p53 manusia berhasil diklon ke pQE-80L dengan adanya mutasi pada urutan basa nukleotida ke-386.

---

In order to confirm the safety of a therapeutic vaccine for cervical cancer that is based on HPV E6 antigen, an interaction assay between the vaccine and the p53 protein is required. The aim of this study is to obtain a recombinant plasmid for expression of p53 recombinant protein that will be used in the interaction assay. The RevertAid enzyme and random hexamer primer was employed to obtain cDNA from HeLa cell that will be used as template in PCR using the Platinum Taq DNA Polymerase High Fidelity enzyme and p53 specific primer set, to generate a 1204 bp PCR product containing the p53 gene, with flanking SalI and PstI endonuclease restriction sites. Following restriction with SalI and PstI enzyme, the PCR product was ligated with the plasmid pQE 80L that has been linearized by restriction with the same enzymes. The ligation mixture was used for transformation of Escherichia coli TOP10. The presence of the inserted p53 DNA fragment in the recombinant plasmid harboured by the transformants was verified using PCR, digestion of recombinant plasmids, and sequencing. The results showed that the human p53 gene was successfully cloned into pQE 80L with a mutation at position 386 of the p53 nucleotide base sequence."

"Peran protein retinoblastoma (pRb) dalam pencegahan pembentukan tumor diinhibisi oleh interaksinya dengan protein E7 HPV pada kanker serviks. Oleh sebab itu, perlu dilakukan strategi pengembangan uji in vitro untuk analisis interaksi pRb dan E7, terutama dalam pengembangan vaksin HPV berbasis antigen E7. Protein pRb dapat diperoleh dalam bentuk protein rekombinan yang diproduksi pada bakteri Escherichia coli. Penelitian bertujuan untuk memperoleh klona gen RB1 dalam vektor pQE_80L. Sintesis gen RB1 (2787 pb) dilakukan dengan metode PCR overlap extension. Fragmen gen RB1 dan vektor didigesti dengan enzim restriksi BamHI dan SalI kemudian diligasikan dengan enzim T4 ligase. Hasil ligasi ditransformasi ke dalam Escherichia coli TOP10 secara kejut panas. Hasil transformasi diseleksi menggunakan PCR koloni untuk mengidentifikasi keberadaan DNA sisipan. Sebanyak 1 dari 27 koloni yang diseleksi mengandung plasmid rekombinan. Plasmid rekombinan kemudian diisolasi dan diverifikasi dengan digesti dan sekuensing. Hasil analisis digesti dan sekuensing menunjukkan gen RB1 berhasil disisipkan ke vektor pQE_80L. Namun terdapat beberapa mutasi, yaitu substitusi (c.117G>A dan c.2316T>C) serta mutasi delesi (c.719_724delAAACAG).

---

The role of human retinoblastoma protein (pRb) as tumor suppressor is inhibited by its interaction with HPV E7 protein in cervical cancer. Therefore, it is interesting to develop strategy for development of in vitro assay to analyze pRb and E7 interaction, especially in the development of therapeutic HPV vaccine that is based on E7 antigen. The pRb protein can be provided in the form of recombinant protein that is poduced in Escherichia coli. The study objective was to obtain RB1 gene clone in pQE_80L vector. The synthesis of RB1 gene (2787 pb) was performed by using overlap extension PCR. The RB1 gene fragment and vector was digested by BamHI and SalI restriction enzyme then ligated by T4 ligase enzyme. The ligation product was transformed into Escherichia coli TOP10 with heat shock. The transformation result was screened using colony PCR to identify the presence of insert DNA. There was 1 out of 27 selected colonies that carried the recombinant plasmid. The recombinant plasmid then isolated and verified with digestion and sequencing. The results of digestion and sequencing analysis showed that RB1 gene was successfully inserted into pQE_80L vector. However, there were mutations which were substitution (c.117G>A and c.2316T>C) and deletion (c.719_724delAAACAG)."