Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Diagnosis infeksi avian influenza virus (AIV) subtipe H5N1 denganteknik RT PCR dapat menghasilkan spesifisitas hingga 90%. Kendala yangdihadapi dalam implementasi teknik tersebut yaitu keterbatasan spesimenpasien maupun partikel virus hasil teknik kultur yang digunakan sebagaikontrol positif. Produksi RNA sintetik menggunakan teknik transkripsi in vitromemberikan suatu solusi untuk mengatasi masalah tersebut. Penelitiandilakukan di laboratorium Institute of Human Virus and Cancer Biology ofUniversity of Indonesia (IHVCB-UI) selama 8 bulan (Januari--Agustus 2008).Tujuan penelitian mengkonstruksi vektor pBluescript KS (+/-) rekombinanpembawa fragmen 140 pb gen hemaglutinin (h5) AIV sehingga dapatdigunakan sebagai pola cetak transkripsi in vitro. Sumber gen diperoleh darihasil RT PCR RNA AIV A subtipe H5N1 tahun isolat 2006. Fragmen HA (140bp) kemudian diamplifikasi dengan teknik PCR menggunakan cetakan cDNAtersebut. Produk hasil PCR kemudian diligasi secara blunt end padapBluescript KS (+/-) yang memiliki promotor T7 RNA polimerase. IdentitasDNA sisipan dan orientasi dianalisis dengan teknik hot star PCR. FragmenRNA sintetik telah diproduksi dengan transkripsi in vitro menggunakancetakan pBluescript II KS (+/-) rekombinan hasil konstruksi. Molekul DNAcetakan kemudian dihilangkan dengan DNase free RNase dan produk RNAsintetik diverifikasi dengan teknik RT PCR dan hot star PCR untuk deteksiDNA dan RNA. Hasil penelitian menunjukkan bahwa vektor pBluescript KSKonstruksi vektor..., Aditya Perkasa, FMIPA UI, 2008iv(+/-) rekombinan pembawa fragmen 140 pb gen h5 AIV telah berhasildisisipkan dalam orientasi yang diharapkan untuk transkripsi in vitro untaiRNA sintetik dengan T7 RNA polimerase."

"Penelitian deteksi fragmen gen NA virus avian influenza (AI) subtipe H5N1 telah dilakukan menggunakan 4 pasang primer NA yang dirancang oleh peneliti di Laboratorium IHVCB, yaitu NIF64 + NIR320, NIF306 + NIR537, NIF600 + NIR774, dan NIF757 + NIR975. Tujuan penelitian mengetahui spesifisitas dan sensitivitas primer yang telah dirancang dalam mendeteksi gen NA virus AI subtipe H5N1. Teknik two-step RT-PCR digunakan untuk mendeteksi gen NA virus AI subtipe H5N1. Uji spesifisitas PCR keempat pasangan primer dilakukan menggunakan sampel virus influenza A/chicken/Indonesia/2005 (H5N1); A/chicken/Indonesia/2006 (H5N1); A/chicken/Indonesia/2007 (H5N1); A/Indonesia/2007 (H3N2); A/Indonesia/2007 (H1N1); bakteri Streptococcus pneumonia, Neisseria meningitidis, dan Haemophilus influenzae. Uji sensitivitas PCR dilakukan dengan pengenceran bertahap terhadap cDNA virus influenza A/chicken/Indonesia/2006 (H5N1) dengan nilai konsentrasi 0,1 pg/μl--10 ng/μl. Hasil penelitian menunjukkan keempat pasangan primer memiliki spesifisitas tinggi terhadap virus AI subtipe H5N1, tidak pada subtipe H1N1 dan H3N2, serta tidak terjadi reaksi silang antara primer dan gen bakteri patogen saluran pernapasan. Pasangan primer NIF306 + NIR537 mempunyai sensitivitas PCR paling tinggi dibandingkan ketiga pasangan primer lainnya karena dapat mendeteksi gen NA dengan nilai konsentrasi cDNA terendah sebesar 1 pg/μl sehingga paling baik digunakan pada uji diagnostik AI dengan RT-PCR."

"Latar BelakangDi Indonesia, virus AI HSN] telah bersirkulasi lebih dari lima tahun. Tingginya kasus AI HSNI pada manusia dan status endemis AI pada peternakan di Indonesia memungkinkan munculnya virus AI subtipe H5N1 yang lebih mudah beradaptasi dengan manusia. Semeniara itu, data penelitian tentang karakter virus AI subtipe HSN] asal unggas yang menginfeksi manusia maupun yang berasal dari sektor peternakan masih sangat terbatas. Keterbatasan dalam beberapa hal rncmbuat penelitian tentang virus AI asal Indonesia masih sangat sedikit dilakukan. Pada penelitian bertujuan untuk mengetahui karakter molekuler virus AI dari berbagai lata: belkang yang berbeda. Latar belakang tersebut diantaranya adalah virus asal unggas tanpa vaksinasi, virus yang berasal dari petemakan yang melalcukan vaksinasi AI serta virus asa] unggas disekitar kasus infeksi AI subtipe' HSNI pada manusia.MetodologiDua puluh isolat virus AI subtipe H5N1 asal imggas yang koleksi tahun 2003 sampai dengan 2008 digunakan dan dianalisis pada penelitian Empat belas virus diisolasi dari wabah/dugaan AI pada unggas dan enam virus diisolasi dari unggas disekitar kejadian infeksi virus AI subdpc HSN I pada rnanusia. Selcuensing dan analisis dilakukan lerhadap hemagglutinin (HA), neuraminidase (NA), matrix (M) dan non struktuxal (NS) karena berkaitan dengan perannya sebagai binding reseptor, epitop, patogenisitas, virulensi dan resistensi amantadin. Uji amantadin secara in vitro dilakukan menggunakan metode cell-based virus reduction assay.Hasil PenelitianHasil pmlélitian menunjukkan bahwa dua puluh virus AI yang dianalisis merupakan virus I-IPAI, masih mengenal avian reseptor, dan sebagian besar mempunyai motif PDZ asal unggas dan dua virus lainnya mempunyai motif PDZ asal manusia. Analisis sekuen menunjukkan satu virus adalah virus reassortant (A/Ck/Pessel/BPPVRII/07) yang merupakan hasil generic reassortmenl antara virus HSNI Indonesia dengan virus H3N2 Hong Kong. Virus yang diisolasi dan ayam yang divaksinasi AI memperlihatkan rnutasi pada gen I-IA, NA, M dan NS Iebih tinggi dibandingkan virus AI asal unggas yang tidak divaksinasi. Virus tahun 2008 yang diisolasi asal unggas yang divaksinasi mempunyai mutasi yang tidak dimiliki oleh virus asal 11I1gg3S yang divaksinasi yang diisolasi pada tahun 2006-2007. Pada penelitiau ini virus yang diisolasi dari unggais disekitar kasus manusia terinfeksi I-l5N1 memperlihatkan adanya substitusi yang spesifik pada protein M yang juga ditemukan pada virus AI asal rnanusia dan virus asal unggas yang divaksinasi. Motif ini diperkirakan dapat dijaidikan sebagai petanda molekuler virus AI yang dapatmenginfeksi manusia.Hasil analisis resistensi virus terhadap amantadin menunjukkan bahwa sekitar 62,58% (92/ 147) vims mengalami resistensi terhadap amantadin dan 10 diantaranya mengalami mutasi ganda (V27A and S3lN). Hasil uji 'in vitro yang dilakukan menunjukkan virus dengan mutasi ganda tidak lebih resisten tierhadap amantadin.

---

Background

In indonesia, the avian influenza HSN 1 subtype had circulating more than tive years. Endemic status in domestic poultry and the large number of HSN l human cases can create virus that more adaptive to human. The data of character of AI HSN] from Indonesia still limited. The purpose of the study to characterize the viruses from different backgrounds, such as from vaccinated chickens, non-vaccinated chickens and surrounding H5N1 human cases in Indonesia on the molecular level.

Methods

We used twenty of AI H5Nl subtype viruses which were collected during 2003-2008. Fourteen viruses were isolated from avian species outbreak of AI and six viruses isolated horn avian species around the HSNI human cases. The DNA sequencing was conducted to analyze the genes namely hemagglutinin (HA), neuraminidase (NA), matrix (M) and non structural (NS) that responsible to receptor binding, pathogenicity, virus virulence and amantadinc resistance. The amantadine sensitivity test was conducted using cell-based virus reduction assay.

Result

Result of study showed that all of the viruses were I-IPAI, recognize avian receptor and most of them possessed avian origin of PDZ motif and two other viruses have human origin motiti We found that the one from twenty viruses used in this study probably was a first genetic shift virus in Indonesia. In this study revealed that the viruses from vaccinated chickens had higher mutation in the HA molecule compared to poultry or other avian species, without vaccination. The mutation not only occurred in the HA gene but also at NA, Ml and NSI genes. Viruses from vaccinated chickens in 2008 have different substitution that only found in those viruses.

The other result from this study showed that the AI viruses isolated from birds around humans infected by HSNI virus and viruses which were isolated from vaccinated chickens had specific characteristics namely the presence of several amino acid substitutions especially on the Ml and M2 proteins. The substitutions were similar in most of HSN! human cases in Indonesia. Furthermore, the study found that the M2 protein of I47 Indonesian avian influenza (Al) viruses data available in public database (NCBI) inciuding twenty AI isolates used in this study showed that around 62.5 8% (92/ 147) of AI viruses in Indonesia have experienced resistances to amantadine and ten of them have dual mutations at V27A and S31N."

"Spesimen Avian Influenza Virus (AIV) H5N1 untuk pengembangan vaksin maupun sistem diagnostik sulit diperoleh. Hal tersebut menginisiasi usaha untuk memperoleh fragmen-fragmen DNA penyandi protein AIV H5N1 melalui teknik sintesis DNA in vitro. Sintesis fragmen tersebut menggunakan teknik PCR yang diinisiasi oleh overlapping extension PCR. Teknik tersebut dipilih karena merupakan salah satu cara yang relatif mudah dan murah untuk memperoleh DNA serat ganda sintetik. Penelitian sintesis fragmen 688--1119 gen HA Avian Influenza Virus (AIV) galur A/Indonesia/5/2005 dengan inisiasi overlapping extension PCR telah dilakukan di Laboratorium Institute of Human Virology and Cancer Biology of the University of Indonesia (IHVCB-UI), Jakarta Pusat selama 6 bulan (November 2007--April 2008).Penelitian bertujuan untuk memperoleh metode optimal dalam sintesis fragmen 688--1119 gen HA Avian Influenza Virus (AIV) galur A/Indonesia/5/2005. Oligonukleotida yang digunakan untuk inisiasi DNA serat ganda maupun untuk perpanjangan produk PCR dirancang berdasarkan informasi susunan nukleotida yang diperoleh dari ISD Nucleotide Record melalui internet. Inisiasi sintesis DNA serat ganda dilakukan dengan teknik PCR, menggunakan sepasang oligonukleotida dengan susunan nukleotida yang komplementer satu sama lain pada ujung 3'. Serat ganda yang terbentuk digunakan sebagai pola cetak (template) untuk sintesis fragmen-fragmen yang lebih panjang dengan menggunakan pasangan-pasangan primer yang mengandung penambahan susunan nukleotida pada ujung 5'. Lima variasi metode penambahan primer digunakan untuk memperoleh metode optimal dalam sintesis fragmen tersebut.Hasil penelitian menunjukkan 2 dari 5 metode penambahan primer berhasil membentuk fragmen 688--1119 gen HA Avian Influenza Virus (AIV) galur A/Indonesia/5/2005 sintetik dengan ukuran 446 pb; yaitu metode ke-4 dan metode ke-5. Metode ke-4 dilakukan dengan cara menambahkan delapan pasang primer dalam empat kali reaksi PCR, dengan selang 3 siklus untuk satu pasang primer dalam satu reaksi PCR. Metode ke-5 dilakukan dengan cara menambahkan delapan pasang primer dalam delapan kali reaksi PCR. Berdasarkan efisiensi waktu dan efektivitas penggunaan bahan dan biaya, maka metode optimal dalam sintesis fragmen 688--1119 gen HA Avian Influenza Virus (AIV) galur A/Indonesia/5/2005 adalah metode ke-4. Fragmen DNA yang diperoleh masih perlu dikonfirmasi dengan uji sekuensing susunan nukleotida."

"Latar Belakang: Penyakit avian influenza subtipe H5N1 Asian lineage yang mulai mewabah di kawasan Asia, Afrika dan Eropa sejak tahun 1997 selain menimbulkan kerugian ekonomi yang sangat signifikan juga mengancam aspek kesehatan manusia dimana sejumlah korban meninggal dunia karena infeksi virus yang bersifat zoonosis. Penanganan penyakit dilakukan dengan antiviral yang berbasis neuraminidase inhibitor. Permasalahan timbul sebagai akibat mutasi beberapa strain virus menjadi resisten terhadap antiviral yang ada. Penelitian ini bertujuan untuk melakukan desain antiviral alternatif berbasis siRNA terhadap gen nucleoprotein yang lebih sesuai terhadap virus avian influenza subtipe H5N1 yang bersirkulasi di Indonesia. Metode: Desain siRNA dilakukan secara in silico dengan program siDirect 2.0 berdasarkan 210 sekuen gen nucleoprotein virus H5N1 yang bersirkulasi di Indonesia. Dua kandidat siRNA-NP672 dan siRNA-NP1433 dipilih berdasarkan kajian bioinformatik. Selanjutnya, kedua kandidat siRNA-NP tersebut ditantang secara in vitro pada sel Mabin-Darby canine kidney (MDCK) terhadap virus H5N1 asal Indonesia clade 2.1.3 dan 2.3.2 dengan menggunakan siRNA-NP1496 sebagai pembanding. Paramater yang diamati adalah produksi virus dan ekspresi gen virus. Terakhir, analisa mutasi gen nucleoprotein virus H5N1 dilakukan untuk melihat paparan siRNA-NP secara berulang kali. Hasil: Kandidat siRNA-NP672 memberikan efek penurunan infeksi virus H5N1 yang lebih baik dalam menurunkan tingkat infeksi virus HPAI subtipe H5N1 baik clade 2.1.3 dan 2.3.2 secara in vitro pada sel MDCK yang dicerminkan dengan titer produksi virus dibandingkan dua desain lainnya yaitu siRNA-NP1433 dan siRNA-NP1496. Pemberian siRNA-NP672 juga memberikan efek peredaman yang lebih tinggi dan konsisten terhadap ekspresi gen-gen virus, antara lain nucleoprotein, polymerase acidic, hemagglutinin, neuraminidase, Matrix, dan non-structural. Hasil kajian bioinformatik terhadap struktur sekunder dan tersier RNA gen nucleoprotein menunjukkan bahwa target siRNA-NP672 lebih berinteraksi karena memiliki bagian bebas (loop) yang lebih banyak dibandingkan dua kandidat siRNA-NP lainnya. Selanjutnya, paparan siRNA-NP tidak memicu terjadinya mutasi gen target pada virus H5N1 baik clade 2.1.3 dan clade 2.3.2 setelah 3 kali paparan. Kesimpulan: Desain siRNA-NP672 menunjukkan prospek yang lebih baik dalam menurunkan tingkat infeksi virus avian influenza subtipe H5N1 baik clade 2.1.3 dan clade 2.3.2.

---

Introduction: Avian influenza disease outbreak of subtype H5N1 Asian lineage that has spread in Asia, Africa, and European continental since 1997 caused massive economic drawbacks as well as a zoonotic threat where numerous deaths related to viral infection. The treatment of viral infection has been done with antiviral based on neuraminidase inhibitors. However, mutation of numerous virus strains has been confirmed that may lead to resistance against current antivirals. This study's objective was to design an alternative antiviral based on siRNA targeting nucleoprotein gene that is more suitable for the avian influenza viruses subtype H5N1 circulating in Indonesia. Methods: The siRNA design was accomplished in silico using the siDirect 2.0 program based on 210 nucleoprotein gene sequences of H5N1 viruses circulating in Indonesia. Two siRNA candidates (siRNA-NP672 and siRNA-NP1433) were chosen based on bioinformatic analyses. Subsequently, these siRNA-NP candidates were challenged in vitro in Mabin-Darby canine kidney cell culture against the Indonesian H5N1 both clade 2.1.3 and clade 2.3.2 using siRNA-NP1496 as a comparison. The parameters analyzed within the study are including virus production and viral gene expression level. Finally, mutation analysis was performed to evaluate the effect of three serial siRNA-NP exposures to the target gene of the H5N1 viruses. Results: The siRNA-NP672 provides a better reduction of the H5N1 viral infection, especially on viral production titer for both clade 2.1.3 and clade 2.3.2 compared to the two other siRNA candidates, including siRNA-NP1433 and siRNA-NP1496. The siRNANP672 also provides a better and more consistent reduction of viral gene expression levels, including nucleoprotein, polymerase acidic, hemagglutinin, neuraminidase, Matrix, dan non-structural. This finding was confirmed by bioinformatic analyses of the siRNA-NP672 biding site in the secondary and tertiary structure of the nucleoprotein gene which has more free parts (loop) compared to the two other siRNA-NP candidates. Subsequently, three serial exposures of siRNA-NP do not induce any mutation on the target site of the nucleoprotein gene of the H5N1 virus both clade 2.1.3 and 2.3.2. Conclusion: The design of siRNA-NP672 provides a better prospect to reduce the Indonesian avian influenza virus subtype H5N1 infection for both clade 2.1.3 and 2.3.2."

"Flu burung adalah penyakit menular akibat virus yang sangat menakutkan karena dapat menjadi pandemik dan mortalitasnya yang sangat tinggi pada manusia. Tercatat tiga kali pandemik avian influenza pada manusia pada tahun 1918, 1957, dan 1968 yang menyebabkan puluhan juta orang meninggal dunia. Ancaman munculnya pandemik kembali terjadi dengan kemunculan virus avian influenza subtipe A H5N1. Sampai dengan tanggal 3 Februari 2008, jumlah kasus Flu Burung di Indonesia mencapai 126 kasus, 103 diantaranya meninggal. Angka kematian atau Case Fatality Rate (CFR) kasus Flu Burung mencapai 81,7%. Salah satu langkah antisipasi adalah vaksinasi. Studi in silico dilakukan untuk merancang vaksin DNA H5N1. Sekuen asam amino hemagglutinin (HA), neuraminidase (NA), dan protein matrik 2 (M2) virus H5N1 diperoleh dari Genbank, kemudian dilakukan multiple alignment menggunakan program ClustalX, pencarian conserved region menggunakan BioEdit, prediksi epitope T-cel dilakukan dengan tahapan-tahapan: proteasomal cleavage (MAPPP), Transporter Antigen Processing (TAP) binding (TAPPred), Major Histocompatibility complex (MHC) I binding (MULTIPRED dan immuneepitope). Dari prediksi epitope didapat masing-masing satu kandidat conserved region protein HA, NA, dan M2 yang kemudian dilakukan reverse translasi sehingga didapat masing-masing satu kandidat sekuen DNA conserved region HA, NA, dan M2 DocumentToPDF trial version, to remove this mark, please register this software. yang akan disisipkan pada plasmid pCMV-HA menggunakan enzim restriksi EcoRI, SalI, BglII, dan XhoI. Didapat enam rancangan sekuen vaksin DNA yang dari pengujian translasi keenam protein hasil translasi menunjukkan kesamaan 100% dengan conserved region protein HA, NA, dan M2 awal dan prediksi proteasomal cleavage (MAPPP) protein hasil translasi menunjukkan epitope pada prediksi protein conserved region HA, NA, dan M2 awal tetap dihasilkan."

"Avian influenza H5N1 ningga november 2007 telan menyerang dan menevvaskan 81orang dari 102 orang yang terinfeksi di Indonesia. Pada saat ini, masalan penting yang dikuatirkan oleh para anli adalah kemungkinan munoulnya subtipe baru virus influenza yang mampu menular antar manusia_ Hal ini dapat terjadi senubungan dengan adanya virus subtipe baru yang mungkin terbentuk akibat mutasi atau reasorsi (reassortment) virus avian influenza asal unggas dan virus human imfuenza. lV|utasi pada virus influenza dapat menimbulkan perubanan komposisi atau susunan asam amino pada virus yang dapat mempengaruni aktivitas virus.Penelitian melalui bioinformatika pada beberapa virus avian imfuenza menunjukkan banvva, dibandingkan dengan NA (Neuraminidase) dan NP (Nuk/eoprotein), ternyata HA (Haemagg/utinin) Iebin mudan mengalami mutasi_ Kemampuan virus Avian imfuenza untuk melakukan mutasi memungkinkan virus untuk berubah sifat patogenisitasnya.Pada penelitian ini dilakukan analisis mutasi yang terjadi pada virus H5N1 yang terjadi di Indonesia, dengan Cara melihat perubanan nukleotida dan analisis posisi epitop pada asam aminonya. Dengan demikian dapat diperkirakan apakan mutasi tersebut dapat mempengaruhi patogenitas atau tidak. Virus yang dianalisis diambil hanya dari kasus H5N1 yang menyerang manusia.Penelitian ini menggunakan metode Sequence allignment dengan program MAFFT dan prediksi epitop menggunakan program IMMUNEEPITOPE Didapatkan banyak sekali perubanan nukleotida pada sekuen hemagglutinin pada H5N1 di Indonesia, namun berdasarkan prediksi epitope ternyata belum mengalami mutasi yang cukup drastis ningga menguban patogenitas virus tersebut."

"Highly Pathogenic Avian Influenza (HPAI) H5N1 memiliki ancaman kesehatan yang signifikan bagi unggas dan manusia. Infeksi H5N1 di Indonesia merupakan yang tertinggi di dunia, dengan tingkat mortalitas mencapai 83% pada periode 2005-2013. Namun, mutasi yang terjadi pada virus H5N1 menyebabkan virus H5N1 menjadi resisten terhadap agen antiviral komersial, seperti oseltamivir dan zanamivir. Oleh karena itu, diperlukan agen antiviral yang lebih potensial. Pada penelitian ini, dilakukan penapisan virtual senyawa bahan alam flavonoid dari Indonesia sebagai inhibitor neuraminidase virus H5N1. Penapisan dilakukan terhadap 491 senyawa flavonoid yang diperoleh dari HerbalDB. Molecular docking dan dynamics dilakukan dengan menggunakan MOE 2008.10. Prediksi karakter ADMET (Absorpsi, Distribusi, Metabolisme, Ekskresi, Toksisitas), bioaktivitas, bioavailabilitas, farmakologi, serta potensi karsonogenisitas-mutagenisitas juga dilakukan untuk memperoleh kandidat obat terbaik. Penelitian ini menghasilkan kaempferol 3-rhamnosil-(1-3)-rhamnosil-(1-6)-glukosida sebagai kandidat obat terbaik. Studi molecular dynamics menunjukkan bahwa senyawa ini stabil pada 312 K.

---

Highly Pathogenic Avian Influenza (HPAI) H5N1 poses a significant threath for animal and human health worldwide. The number of H5N1 infection in Indonesia is the highest during 2005-2013, with mortality rate up to 83%. Mutation occured in H5N1 strain made it resistant to commercial antiviral agents such as oseltamivir and zanamivir, so more potent antiviral agent is needed. In this study, virtual screening of Indonesian flavonoid as neuraminidase inhibitor of H5N1 was conducted. Total 491 flavonoid compound obtained from HerbalDB were screened. Molecular docking and dynamics were performed using MOE 2008.10. Prediction of ADMET (Absorption, Distribution, Metabolism, Excretion, and Toxicity), bioavailability, bioactivity, and pharmacology character, as well as potency for carcinogenicity and mutagenicity were conducted to obtain the best ligand. This research resulted kaempferol 3-rhamnosyl-(1-3)-rhamnosyl-(1-6)-glucoside as the best drug lead. Molecular dynamics study revealed that this compound was stable at 312 K."