Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Rotavirus grup A merupakan penyebab utama penyakit diare pada bayi dan anak balita di seluruh dunia. Metode deteksi strain rotavirus yang cepat dan sensitif adalah dengan menggunakan polymerase chain reaction (PCR). Penelitian ini bertujuan untuk menentukan tingkat prevalensi infeksi rotavirus di Jakarta Utara dan menentukan hubungan data sebaran umur, jenis kelamin serta tingkat keparahan diare pasien terhadap proporsi strain rotavirus selama penelitian. Pada penelitian ini telah diperiksa 256 feses yang diambil pada bulan September 2005 sampai Januari 2006 dari anak-anak penderita diare akut di Jakarta Utara. Metode Enzyme Immunoassay (EIA) digunakan untuk skrining antigen VP6 pada feses, sebelum diteliti dengan teknik Polymerase Chain Reaction (PCR). Ada 100 sampel feses yang mengandung antigen VP6 rotavirus grup A. Metode reverse transcription dan nested-multipleks PCR digunakan untuk mendeteksi gen VP7 (1.062 bp) dan VP4 (876 bp). Data prevalensi masing-masing serotipe P dan G dari pasien yang terinfeksi rotavirus di Jakarta Utara adalah: G1 9,3%; G2 9,3%; G3 2,1%; G9 6,2%;infeksi bersama G4 dan G9 47,4%; P[4] 12,4%; P[6] 12,4%, P[8] 32%; infeksi bersama P[6] dan P[8], 3,1%. Strain rotavirus yang paling banyak ditemukan adalah G4G9P[8] sebanyak 22,7% dan G4G9 dengan serotipe P yang tidak terdeteksi sebanyak 20,6%. Ada 8 sampel yang tidak berhasil dideteksi strainnya. Pada penelitian ini diketahui bahwa nilai tengah umur pasien strain rotavirus terdeteksi sama dengan nilai tengah umur pasien strain rotavirus tidak terdeteksi serta tidak ada perbedaan yang bermakna antara proporsi strain rotavirus terdeteksi dan strain rotavirus tidak terdeteksi berdasarkan jenis kelamin pasien dan tingkat keparahan diare pasien (p>0,05)."

"Diare karena rotavirus adalah masalah kesehatan masyarakat di seluruh dunia. Rotavirus grup A yang menyerang manusia adalah penyebab terbesar dari penyakit gastroenteritis akut pada anak - anak baik di negara maju maupun negara berkembang. Rotavirus saat ini menjadi subjek penelitian dan ujicoba untuk pencarian vaksin yang efektif dan aman. Penelitian dilakukan untuk menentukan prevalensi rotavirus grup A di daerah Makassar selama bulan Oktober 2005 sampai Oktober 2006. Sampel feses dengan gejala diare dikumpulkan dari pasien pediatri sebanyak 326 sampel. Sampel kemudian diuji dengan metode ELISA dan menunjukkan 26,07% positif terinfeksi rotavirus grup A. Sampel positif tersebut kemudian dianalisis lebih lanjut dengan metode RT dan nested PCR menunjukkan bahwa prevalensi terbesar dari galur rotavirus grup A di daerah Makassar adalah serotipe G4G9P[8] sebanyak 36,55 (n = 31).

---

Rotavirus diarrhea is a public health problem throughout the world. Group A human rotaviruses are a major cause of acute gastroenteritis in young children in both developing and developed countries. Rotaviruses are at present the subject of intense vaccine research and trials worldwide to find an effective and safety vaccine. The study was conducted to determine the prevalence of group A rotavirus in Makassar on October 2005 until October 2006. Three hundred twenty six stool samples were collected from pediatric patient with diarrhea symptoms. The samples were tested by ELISA method and resulted as 26,07% positive of group A rotavirus. The ELISA positive samples were then analyzed by RT and nested PCR method, subsequently, and result showed that the major prevalence of group A rotavirus in Makassar that is 36,55% (n = 31) were G4G9P[8] serotype."

"Rotavirus grup A merupakan agen penting penyebab penyakit diare dengan tingkat keparahan yang cukup tinggi pada pasien bayi dan anak-anak khususnya di negara berkembang. Rotavirus diperkirakan telah menyebabkan lebih dari 800.000 kematian per tahunnya. Tingkat morbiditas dan mortalitas yang tinggi tersebut menjadi latar belakang yang mendorong untuk pengembangan vaksin yang efektif melalui karakterisasi molekular dari galur rotavirus yang bersikulasi. Oleh karena itu dibutuhkan metode yang spesifik, sensitif serta cepat untuk mendeteksi dan menentukan serotipe dari galur rotavirus grup A. Pada penelitian ini, 394 sampel feses yang diperoleh selama bulan September 2005 sampai dengan Januari 2006 dari bayi dan anak-anak dengan gejala diare di Mataram diuji dengan metode Enzyme Immunoassay (EIA) dan 82 sampel menunjukkan hasil positif (20,8%). Sampel positif tersebut kemudian dianalisis lebih lanjut dengan teknik Polymerase Chain Reaction (PCR). Hasil uji tersebut menunjukkan bahwa prevalensi dari serotipe G4G9 dengan tipe P nonserotipe (33 dari 81 [40,7%]) merupakan galur rotavirus yang paling banyak ditemui di Mataram."

"Menurut hasil beberapa kali SKRT (Survey Kesehatan dan Rumah Tangga) semenjak tahun 1980, 1986, 1992, 1995, penyakit diare tetap merupakan penyebab utama kematian bayi dan balita. Begitu juga dengan Survey Kesehatan Nasional (Surkesnas) tahun 2001 masih menyimpulkan diare sebagai penyebab kematian bayi dan balita ke dua tertinggi (9,4% dari kematian bayi dan 13,2% dari kematian balita). Rotavirus Grup A yang sangat banyak menyebabkan diare pada anakanak dideteksi dari sampel diare yang sudah dikumpulkan dari beberapa kota di Indonesia (Januari – April 2007) oleh pihak US-NAMRU2 bekerja sama dengan Litbang Depkes RI. Metode yang digunakan adalah Reverse Transcription – Nested Multiplex PCR dengan primer spesifik yang sudah teruji sangat sensitif dalam mendeteksi rotavirus. Dari 421 sampel yang diperiksa, didapatkan 257 (61,05%) positif rotavirus, terdistribusi hampir merata di lima kota yang diperiksa. 47 (30,05%) diantara sampel positif merupakan tipe G1P[8]. Namun tipe ini tidak terdistribusi merata di kelima kota tersebut. Diantara sampel positif rotavirus, 119 (46,30%) tidak dapat ditentukan tipe gennya (nontipe). Nontipe P sebanyak 68 (26,46%) dan nontipe G sebanyak 51 (19,84%). Diharapkan penelitian mengenai rotavirus di Indonesia terus dilanjutkan dengan menggunakan pengembangan metode yang lebih baik sehingga dapat menyelidiki lebih lanjut rotavirus nontipe yang sudah banyak ditemukan."

"Rotavirus grup A merupakan salah satu agen penting yang paling banyak menyebabkan penyakit diare pada anak-anak dengan tingkat keparahan yang cukup tinggi. Studi menunjukkan rotavirus bertanggung jawab atas kematian kurang lebih 800.000 anak pertahunnya di dunia. Tingginya tingkat morbiditas dan mortalitas yang ditunjukkan oleh infeksi virus ini mendorong dilakukannya penelitian terhadap galur rotavirus untuk pengembangan pembuatan vaksin yang efektif sebagai salah satu upaya mencegah terjadinya wabah yang lebih besar. Pada penelitian ini 413 sampel feses dikumpulkan selama rentang waktu bulan September 2005 sampai September 2006 dan diperoleh dari pasien anak-anak dengan gejala diare di wilayah Denpasar-Bali. Sampel diuji dengan metode Enzyme Immunoassay (EIA) dan sebanyak 209 sampel memberikan hasil positif (50,60%). Analisis kemudian dilanjutkan dengan menggunakan metode Polymerase Chain Reaction (PCR) menggunakan gen penyandi VP7 untuk serotipe G dan gen VP4 untuk serotipe P. Hasil uji dengan metode tersebut menunjukkan prevalensi dari mix serotipe G4G9 dengan P[8] adalah yang paling banyak ditemui di Denpasar (47,36%).

---

Human group A rotavirus is the most pathogenic agent which can cause diarrhea in children with a highly severity. Studies showed that rotavirus are responsible for more than 800.000 infants and children deaths annually in the worldwide. The high extremely morbidity and mortality associated with rotavirus emphasizes the need to develope an effective vaccine to reduce the disease incidence. In this study 413 stool samples are collected from September 2005 through September 2006 from children with diarrhea in Denpasar-Bali. Group A rotavirus was showed in 50,60% of the samples tested by Enzyme Immunoassay (EIA). The human rotavirus serotype were determined by using Polymerase Chain Reaction (PCR) method using VP7 gene for G serotype and VP4 gene for P serotype. The final result are 47,36% were positive tested by PCR and demonstrated the prevalence of G4G9 with P[8] types was the most commonly rotavirus strain found in Denpasar."

"Salah satu bakteri penyebab diare yang sering ditemui adalah galurEnterotoxigenic Escherichia coli (ETEC). Uji biokimia dan penentuanserotipe tidak dapat membedakan galur ETEC dengan galur Escherichia colinonpatogenik. Oleh karena itu penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasiETEC menggunakan faktor virulensinya yaitu enterotoksin heat-labile (LT).Metode yang diaplikasikan untuk identifikasi enterotoksin LT adalahPolymerase Chain Reaction (PCR) multipleks karena metode ini tidak hanyasensitif, spesifik, cepat, tetapi juga praktis karena mampu mengidentifikasigen LT bersamaan dengan gen toksin lainnya yaitu gen enterotoksin heatstable(ST). Setelah diidentifikasi, sampel positif ETEC-LT ditentukanprevalensi dan pola infeksi musimannya. Selain itu, ditentukan pulaperbedaan prevalensi ETEC-LT pada kelompok kasus-kontrol, kategori umur,kategori jenis kelamin dan kategori asal sampel. Dari 683 isolat Escherichiacoli pasien diare anak-anak di Jakarta, metode ini berhasil mengidentifikasi44 (6,4%) isolat yang positif ETEC, 8 (18,2%) diantaranya positif ETEC-LT.Sementara pada 156 sampel kontrol, tidak ada isolat yang positif ETEC-LT.Melalui analisis statistik Fisher Exact Test didapatkan perbedaan prevalensiETEC-LT yang tidak bermakna pada kelompok kontrol dan kelompok kasusdiare. Demikian pula pada kategori asal sampel dan jenis kelamin. Namunpada kategori usia, kelompok usia 6-11 bulan mendominasi kelompok usia lainnya. Analisis pola musiman infeksi ETEC-LT menyatakan bahwaprevalensi tertinggi ETEC-LT terjadi pada bulan Februari yang merupakanpertengahan musim hujan di Indonesia."

"Enterotoxigenic Escherichia coli (ETEC) adalah penyebab utama diare anak di negara berkembang terkait atas kemampuan ETEC dalam menghasilkan 2 jenis toksin, yaitu Heat-stable toxin (ST) dan Heat-labile toxin (LT) yang disandikan oleh gen ST dan LT. Penelitian bertujuan untuk mengidentifikasi ETEC ST menggunakan metode Polymerase Chain Reaction (PCR) serta mengetahui jumlah kejadian diare yang disebabkan oleh ETEC ST pada pasien diare anak di Jakarta. Metode PCR adalah metode pendeteksi yang sensitif, spesifik dan cepat untuk mendeteksi keberadaan gen penyandi ST pada sampel. Deoxyribonucleic acid (DNA) bakteri diekstraksi menggunakan boiling method, kemudian diamplifikasi menggunakan primer JW7 dan JW14. Hasil PCR positif ETEC ST ditunjukkan dengan adanya fragmen DNA pada ukuran 190 pb pada gel elektroforesis. Dari 683 sampel, sebanyak 44 (6,4%) sampel positif ETEC dan sebanyak 75% sampel dari hasil tersebut adalah ETEC yang memproduksi ST. Dari 156 sampel kelompok kontrol, sebanyak 3 (1,9%) sampel positif ETEC ST. Dari analisis data menggunakan metode Kai Kuadrat, diketahui tidak terdapat perbedaan bermakna (P>0,05) antara prevalensi ETEC ST pada kelompok kasus dan kelompok kontrol, pasien wanita dan pria serta pada pasien berusia di bawah dan di atas 1 tahun. Analisis data menggunakan metode Fisher, diketahui tidak terdapat perbedaan bermakna (P>0,05) antara pasien yang berasal dari Rumah Sakit dengan yang berasal dari PUSKESMAS."

"Peningkatan kesadaran masyarakat muslim akan kehalalan produk farmasi menyebabkan kebutuhan sertifikasi halal produk farmasi terus meningkat. Metode pemeriksaan berbasis DNA telah disepakati sebagai salah satu pemeriksaan yang wajib dilakukan dalam pemeriksaan halal. qPCR berbasis SYBR Green merupakan metode pemeriksaan berbasis DNA yang memiliki kecepatan analisis yang lebih tinggi dibandingkan PCR konvensional dan lebih ekonomis dibandingkan qPCR berbasis probe. Multiplex PCR merupakan reaksi PCR yang menggabungkan beberapa primer dalam satu reaksi untuk mengamplifikasi beberapa gen secara sekaligus. Penggunaan primer universal telah dikembangkan untuk meningkatkan reprodusibilitas multiplex PCR berbasis SYBR Green, tetapi belum berhasil melakukan diskriminasi spesies hewan. Pada penelitian ini, primer forward universal yang didampingin dengan primer reverse spesifik untuk porcine, canine, dan murine berhasil dikembangkan. Selain itu, setiap primer menghasilkan amplicon dengan nilai Tm yang berbeda sehingga diskriminasi spesies hewan dapat dilakukan. Multiplex qPCR dari kombinasi primer tersebut ditemukan dapat mengamplifikasi ketiga gen secara sekaligus dengan variasi intra-assay dan variasi inter-assay sebesar 9,83% dan 11,53%. Multiplex qPCR yang dikembangkan dalam mendeteksi gen porcine dalam 6,81 pg/μL DNA total, gen murine dalam 22,88 pg/μL DNA total, dan gen canine dalam 88,06 pg/μL DNA total. Multiplex qPCR yang dikembangkan terbukti dapat mendeteksi sisa DNA yang terdapat pada produk farmasi maupun kosmetik.

---

The rise of muslim awareness in halal pharmaceutical has caused an increase in demand for halal certified pharmaceutical. DNA based detection has been approved as a gold standard in halal examination. Intercalating dye-based qPCR is more economically available compared to available commercial kits which employs probe-based qPCR and also require less analysis time compared to conventional PCR. Multiplex qPCR could amplify more than one target by combining two primer set in one reaction. Universal primer have been developed to increase intercalating dye based Multiplex qPCR reproducibility. However, discrimination of animal species with universal primer have not been successful. In this study, universal forward primer was combined with a specific reverse primer for porcine, canine, and murine. These primers were found to be specific and were able to produce a different melting temperature, enabling animal species discrimination. Multiplex qPCR with these primers was repeatable with an intra assay variance and inter assay variance of 9,83% and 11,53%. The developed multiplex qPCR could detect porcine gene in 6,81 pg/μL DNA solution, murine gene in 22,88 pg/μL DNA solution, and canine gene in 88,06 pg/μL DNA solution. Moreover, the developed multiplex qPCR was proven to be able to detect DNA remnant in pharmaceutical and cosmeuticals."

"ABSTRAKSifilis merupakan penyakit multistadium yang ditularkan terutama melalui hubungan seksual. Saat ini penggunaan uji polymerase chain reaction (PCR) untuk Treponema pallidum telah banyak digunakan dan diharapkan mampu mengurangi masalah dalam uji diagnostik sifilis. Hasil uji PCR Treponema pallidum dipengaruhi oleh jenis spesimen, metode PCR dan gen target. Penelitian ini ditujukan untuk menilai penggunaan darah dan serum untuk uji multiplex nested PCR dengan gen target 23S rRNA Treponema pallidum. Studi potong lintang dilakukan dari bulan April 2015 - April 2016. Pengambilan sampel secara konsekutif dari pasien dengan gambaran klinis sifilis sekunder yang datang ke poliklinik Infeksi Menular Seksual (IMS) di Jakarta. Uji PCR dilakukan terhadap 122 spesimen klinis (61 darah dan 61 serum). Uji serologi rapid plasma reagin (RPR) dan Treponema pallidum Haemagglutination Assay (TPHA) dilakukan pada semua serum. Hasil positif uji PCR darah sebesar 22,95% dan serum sebesar 6,56%, sedangkan hasil positif uji serologi sebesar 68,85%. Pada hasil uji serologi positif, proporsi hasil positif uji multiplex nested PCR Treponema pallidum darah sebesar 30,95% dibandingkan serum 9,52%. Uji PCR terhadap darah mampu mendeteksi 3,25 kali lebih tinggi daripada serum. Penggunaan darah memberikan nilai kepositivan yang lebih tinggi dibandingkan serum pada uji multiplex nested PCR Treponema pallidum menggunakan gen target 23S rRNA

---

ABSTRACTSyphilis is a multistage disease transmitted primarily through sexual intercourse. Nowadays, polymerase chain reaction (PCR) test for Treponema pallidum has been widely used and expected to overcome problems in diagnostic test for syphilis. The PCR Treponema pallidum are influenced by type of specimens, PCR methods and gene targets. This study is aim to assess the use of blood and serum using multiplex nested PCR Treponema pallidum targeting 23S rRNA. Cross-sectional study was conducted from April 2015 - April 2016. Sampling was carried out consecutively from patients with clinical features of secondary syphilis who came to sexual transmitted infection (STI) clinics in Jakarta. PCR test performed on 122 clinical specimen ( 61 blood and 61 serum). All serum were tested with RPR and TPHA assay. The positive results of PCR test on blood was 22,95% and serum was 6,56%, while the positive results of serology was 68,85%. On positive serological test results, the proportion of positive results of multiplex nested PCR Treponema pallidum on blood was 30,95% compared to serum 9,52%. PCR test on blood is able to detect 3,25 times higher than serum. The use of blood give a higher positivity compared to serum in multiplex nested PCR Treponema pallidum using 23S rRNA gene target."

"Measles merupakan salah satu penyakit infeksi menular dengan jumlah kasus yang masih tinggi di Indonesia. Jumlah kasus yang tinggi tersebut perlu dilakukan konfirmasi secara laboratoris sehingga dapat dilakukan tindakan pencegahan secara cepat dan tepat. Penelitian ini menggunakan spesimen urin untuk pemeriksaan laboratorium measles dengan metode kultur virus dan Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction RT-PCR. Kultur virus dilakukan dengan menggunakan sel vero/hSLAM lalu dilakukan pengamatan Cytopathic effect CPE, sedangkan RT-PCR digunakan untuk mengamplifikasi fragmen gen N menggunakan primer MeV 214 dan MeV 216. Hasil sampel didapatkan sebanyak 120 spesimen urin yang berasal dari 9 provinsi berbeda di Indonesia selama periode tahun 2016. Hasil pemeriksaan menunjukkan nilai positivitas kultur virus sebesar 7, sedangkan nilai positivitas RT-PCR sebesar 36. Hasil penelitian menunjukkan bahwa metode RT-PCR memiliki nilai positivitas yang lebih tinggi dalam mendeteksi virus measles dibandingkan dengan kultur virus.

---

Measles is one of infectious diseases with a high number of cases in Indonesia. The high number of cases needs to be confirmed in a laboratory so that precautions can be taken quickly and accurately. This study used urine specimens for laboratory measles examination using viral culture method and Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction RT PCR. Viral culture was done by using vero cells hSLAM then made observations cytopathic effect CPE, while RT PCR were used to amplify the N gene fragment using the primers 214 MeV and MeV 216. The results showed a number of 120 specimens of urine obtained from 9 different provinces in Indonesia during the period of 2016. the test results showed a virus culture positivity value of 7 while the value of RT PCR positivity of 36. The results showed that the RT PCR method has a higher positivity value in detecting measles virus compared to viral culture."