Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Enterotoxigenic Escherichia coli (ETEC) adalah penyebab utama diare anak di negara berkembang terkait atas kemampuan ETEC dalam menghasilkan 2 jenis toksin, yaitu Heat-stable toxin (ST) dan Heat-labile toxin (LT) yang disandikan oleh gen ST dan LT. Penelitian bertujuan untuk mengidentifikasi ETEC ST menggunakan metode Polymerase Chain Reaction (PCR) serta mengetahui jumlah kejadian diare yang disebabkan oleh ETEC ST pada pasien diare anak di Jakarta. Metode PCR adalah metode pendeteksi yang sensitif, spesifik dan cepat untuk mendeteksi keberadaan gen penyandi ST pada sampel. Deoxyribonucleic acid (DNA) bakteri diekstraksi menggunakan boiling method, kemudian diamplifikasi menggunakan primer JW7 dan JW14. Hasil PCR positif ETEC ST ditunjukkan dengan adanya fragmen DNA pada ukuran 190 pb pada gel elektroforesis. Dari 683 sampel, sebanyak 44 (6,4%) sampel positif ETEC dan sebanyak 75% sampel dari hasil tersebut adalah ETEC yang memproduksi ST. Dari 156 sampel kelompok kontrol, sebanyak 3 (1,9%) sampel positif ETEC ST. Dari analisis data menggunakan metode Kai Kuadrat, diketahui tidak terdapat perbedaan bermakna (P>0,05) antara prevalensi ETEC ST pada kelompok kasus dan kelompok kontrol, pasien wanita dan pria serta pada pasien berusia di bawah dan di atas 1 tahun. Analisis data menggunakan metode Fisher, diketahui tidak terdapat perbedaan bermakna (P>0,05) antara pasien yang berasal dari Rumah Sakit dengan yang berasal dari PUSKESMAS."

"Salah satu bakteri penyebab diare yang sering ditemui adalah galurEnterotoxigenic Escherichia coli (ETEC). Uji biokimia dan penentuanserotipe tidak dapat membedakan galur ETEC dengan galur Escherichia colinonpatogenik. Oleh karena itu penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasiETEC menggunakan faktor virulensinya yaitu enterotoksin heat-labile (LT).Metode yang diaplikasikan untuk identifikasi enterotoksin LT adalahPolymerase Chain Reaction (PCR) multipleks karena metode ini tidak hanyasensitif, spesifik, cepat, tetapi juga praktis karena mampu mengidentifikasigen LT bersamaan dengan gen toksin lainnya yaitu gen enterotoksin heatstable(ST). Setelah diidentifikasi, sampel positif ETEC-LT ditentukanprevalensi dan pola infeksi musimannya. Selain itu, ditentukan pulaperbedaan prevalensi ETEC-LT pada kelompok kasus-kontrol, kategori umur,kategori jenis kelamin dan kategori asal sampel. Dari 683 isolat Escherichiacoli pasien diare anak-anak di Jakarta, metode ini berhasil mengidentifikasi44 (6,4%) isolat yang positif ETEC, 8 (18,2%) diantaranya positif ETEC-LT.Sementara pada 156 sampel kontrol, tidak ada isolat yang positif ETEC-LT.Melalui analisis statistik Fisher Exact Test didapatkan perbedaan prevalensiETEC-LT yang tidak bermakna pada kelompok kontrol dan kelompok kasusdiare. Demikian pula pada kategori asal sampel dan jenis kelamin. Namunpada kategori usia, kelompok usia 6-11 bulan mendominasi kelompok usia lainnya. Analisis pola musiman infeksi ETEC-LT menyatakan bahwaprevalensi tertinggi ETEC-LT terjadi pada bulan Februari yang merupakanpertengahan musim hujan di Indonesia."

"Antimicrobial Resistance (AMR) menyebabkan penurunan efektivitas pengobatan dan dapat dideteksi dengan keberadaan Antibiotik Resistance Genes (ARG) seperti bla_CTX-M yang paling banyak ditemukan dan memberikan resistansi terhadap antibiotik sefotaksim. Hingga saat ini, belum ada penelitian yang bertujuan untuk mendeteksi keberadaan gen bla_CTX-M pada Sungai Bekasi. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis konsentrasi bakteri Escherichia coli non-selektif dan resistan pada hilir Sungai Bekasi, menganalisis keberadaan ARG bla_CTX-M pada bakteri E. coli tersebut, serta memberikan rekomendasi lokasi sampling bakteri E. coli untuk mendeteksi AMR. Metode Polymerase Chain Reaction pada penelitian ini digunakan untuk mengamplifikasi DNA dan dilanjutkan dengan elektroforesis untuk pembacaan ukuran DNA. Berdasarkan hasil penelitian, hilir Sungai Bekasi memiliki rata-rata konsentrasi bakteri E. coli non-selektif sebesar 261 CFU/mL dengan titik sampling 1/3 dari pinggir sungai dan sebesar 207 CFU/mL dengan titik sampling di pinggir sungai. Sedangkan, rata-rata konsentrasi bakteri E. coli resistansi antibiotik sefotaksim sebesar 26 CFU/mL dengan titik sampling 1/3 dari pinggir sungai dan sebesar 20 CFU/mL dengan titik sampling di pinggir sungai. Rasio perbandingan bakteri E. coli resisten antibiotik dengan bakteri E. coli non-selektif adalah 9,78% dengan titik sampling 1/3 dari pinggir sungai dan 9,27% dengan titik sampling di pinggir sungai. Hasil penelitian mendapatkan bahwa adanya keberadaan gen resistansi antibiotik bla_CTX-M pada hilir Sungai Bekasi sebanyak 80% dari sampel yang diambil. Dimana gen yang mendominasi adalah CTX-M grup 1 yang beranggotakan gen CTX-M-1, CTX-M-3, dan CTX-M-15. Hasil penelitian juga menunjukan bahwa sampel dari pinggir sungai memiliki hasil yang lebih homogen dan lebih mudah untuk dilakukan.

---

Antimicrobial Resistance (AMR) causes a decrease in the effectiveness of treatment and can be detected by the presence of Antibiotic Resistance Genes (ARG) such as bla_CTX-M which is the most commonly found and provides resistance to the antibiotic cefotaxime. Until now, there has been no research aimed at detecting the presence of the bla_CTX-M gene in the Bekasi River. This study aims to analyze the concentration of non-selective and resistant Escherichia coli bacteria at downstream of the Bekasi River, analyze the presence of ARG bla_CTX-M in the E. coli bacteria, and provide recommendations for sampling locations for E. coli bacteria to detect AMR. The Polymerase Chain Reaction method in this study was used to amplify DNA and was followed by electrophoresis to read the size of the DNA. Based on the research results, the downstream Bekasi River has an average concentration of non-selective E. coli bacteria of 261 CFU/mL with a sampling point 1/3 from the riverbank and 207 CFU/mL with a sampling point on the riverbank. Meanwhile, the average concentration of cefotaxime-resistant E. coli bacteria was 26 CFU/mL with a sampling point of 1/3 from the riverbank and 20 CFU/mL with a sampling point on the riverbank. The ratio of antibiotic resistant E. coli bacteria to non-selective E. coli bacteria was 9.78% with a sampling point of 1/3 from the riverbank and 9.27% with a sampling point on the riverbank. The results of the study found that the presence of the bla_CTX-M antibiotic resistance gene in the downstream of the Bekasi River was as much as 80% of the samples taken. Where the dominant gene was CTX-M group 1 consisting of the CTX-M-1, CTX-M-3, and CTX-M-15. The results of the study also shown that samples from the riverbank have more homogeneous results and are easier to carry out."

"Rotavirus grup A merupakan salah satu agen penting yang paling banyak menyebabkan penyakit diare pada anak-anak dengan tingkat keparahan yang cukup tinggi. Studi menunjukkan rotavirus bertanggung jawab atas kematian kurang lebih 800.000 anak pertahunnya di dunia. Tingginya tingkat morbiditas dan mortalitas yang ditunjukkan oleh infeksi virus ini mendorong dilakukannya penelitian terhadap galur rotavirus untuk pengembangan pembuatan vaksin yang efektif sebagai salah satu upaya mencegah terjadinya wabah yang lebih besar. Pada penelitian ini 413 sampel feses dikumpulkan selama rentang waktu bulan September 2005 sampai September 2006 dan diperoleh dari pasien anak-anak dengan gejala diare di wilayah Denpasar-Bali. Sampel diuji dengan metode Enzyme Immunoassay (EIA) dan sebanyak 209 sampel memberikan hasil positif (50,60%). Analisis kemudian dilanjutkan dengan menggunakan metode Polymerase Chain Reaction (PCR) menggunakan gen penyandi VP7 untuk serotipe G dan gen VP4 untuk serotipe P. Hasil uji dengan metode tersebut menunjukkan prevalensi dari mix serotipe G4G9 dengan P[8] adalah yang paling banyak ditemui di Denpasar (47,36%).

---

Human group A rotavirus is the most pathogenic agent which can cause diarrhea in children with a highly severity. Studies showed that rotavirus are responsible for more than 800.000 infants and children deaths annually in the worldwide. The high extremely morbidity and mortality associated with rotavirus emphasizes the need to develope an effective vaccine to reduce the disease incidence. In this study 413 stool samples are collected from September 2005 through September 2006 from children with diarrhea in Denpasar-Bali. Group A rotavirus was showed in 50,60% of the samples tested by Enzyme Immunoassay (EIA). The human rotavirus serotype were determined by using Polymerase Chain Reaction (PCR) method using VP7 gene for G serotype and VP4 gene for P serotype. The final result are 47,36% were positive tested by PCR and demonstrated the prevalence of G4G9 with P[8] types was the most commonly rotavirus strain found in Denpasar."

"Rotavirus grup A merupakan agen penting penyebab penyakit diare dengan tingkat keparahan yang cukup tinggi pada pasien bayi dan anak-anak khususnya di negara berkembang. Rotavirus diperkirakan telah menyebabkan lebih dari 800.000 kematian per tahunnya. Tingkat morbiditas dan mortalitas yang tinggi tersebut menjadi latar belakang yang mendorong untuk pengembangan vaksin yang efektif melalui karakterisasi molekular dari galur rotavirus yang bersikulasi. Oleh karena itu dibutuhkan metode yang spesifik, sensitif serta cepat untuk mendeteksi dan menentukan serotipe dari galur rotavirus grup A. Pada penelitian ini, 394 sampel feses yang diperoleh selama bulan September 2005 sampai dengan Januari 2006 dari bayi dan anak-anak dengan gejala diare di Mataram diuji dengan metode Enzyme Immunoassay (EIA) dan 82 sampel menunjukkan hasil positif (20,8%). Sampel positif tersebut kemudian dianalisis lebih lanjut dengan teknik Polymerase Chain Reaction (PCR). Hasil uji tersebut menunjukkan bahwa prevalensi dari serotipe G4G9 dengan tipe P nonserotipe (33 dari 81 [40,7%]) merupakan galur rotavirus yang paling banyak ditemui di Mataram."

"Air adalah komponen penting dalam kehidupan manusia. Namun, konsumsi air yang terkontaminasi kuman patogen dapat membahayakan manusia. Oleh karena itu, uji kualitas mikrobiologis air penting untuk dilakukan. Escherichia coli disebut sebagai organisme indikator karena E. coli adalah flora normal dalam saluran pencernaan manusia, sehingga keberadaannya dalam air mengindikasikan bahwa air tersebut terkontaminasi oleh feses. Penelitian ini bertujuan untuk menerapkan metode Polymerase Chain Reaction menggunakan primer 16E1 dan 16E2 untuk mendeteksi adanya Escherichia coli dalam berbagai sampel air. DNA genomik E. coli diekstraksi menggunakan metode boiling, kemudian diamplifikasi menggunakan primer 16E1 dan 16E2.Hasil PCR positif E. coli ditunjukkan dengan adanya fragmen DNA pada ukuran sekitar 584 pb pada gel elektroforesis. Dalam penelitian ini juga dilakukan uji konfirmasi hasil PCR menggunakan metode konvensional. Sebanyak empat dari sepuluh sampel terbukti positif mengandung E. coli. Escherichia coli dapat diidentifikasi dengan metode PCR menggunakan primer 16E1 dan 16E2 dengan target gen penyandi 16S rRNA menghasilkan fragmen berukuran 584 pb pada gel elektroforesis. PCR dapat mendeteksi E. coli lebih cepat daripada metode konvensional.

---

Water is an essential part in human life. However, consumption of water that is contaminated by pathogenic microbes can be hazardous to human. Therefore, it is important to do the water microbiological quality test. Escherichia coli is called indicator organism because E. coli is the normal flora in human's gastrointestinal tract, so its presence in water indicates that the water is contaminated by feces. The objective of this study is to apply the Polymerase Chain Reaction method using 16E1 and 16E2 primers to detect the presence of Escherichia coli in various water sample.The genomic DNA of E. coli was extracted using boiling method, and then amplified using 16E1 and 16E2 primers. E. coli positive PCR result was showed by DNA fragment sized 584 bp on gel electrophoresis. Confirmation test of PCR result was also done in this study using the conventional method. Four out of ten samples was proved E. coli positive. E. coli can be identified by PCR method using 16E1 and 16E2 primers with 16S rRNA gene as a target, produced fragment sized 584 bp on gel electrophoresis. PCR can detect E. coli faster than the conventional method."

"Actinomycetes telah dikenal sebagai bakteri penghasil antibiotik terbesar di alam. Aktivitas antibakteri isolat Actinomycetes dari usus rayap yang merupakan koleksi Bioteknologi, BPPT, Serpong, Tangerang telah dilakukan penelitiannya. Sebanyak 50 isolat Actinomycetes di uji aktivitas antibakteri dengan menggunakan metode cakram terhadap bakteri Gram positif (Bacillus subtilis dan Staphylococcus aureus ATCC 25923) dan bakteri Gram negatif (Escherichia coli ATCC 25922).Dari hasil pengamatan di dapat 2 isolat yang mempunyai aktivitas melawan bakteri Gram negatif, 9 isolat mempunyai aktivitas melawan bakteri Gram positif dan 4 isolat mempunyai aktivitas melawan bakteri Gram positif dan negatif. Isolat yang mempunyai aktivitas antibakteri selanjutnya di identifikasi secara genetik dengan teknik polymerase chain reaction (PCR). Identifikasi Actinomycetes sampai tingkat genus menggunakan enzim restriksi Sau3A1. Enzim ini signifikan untuk membedakan antara genus Streptomyces dan non Streptomyces dengan ukuran basa yang berbeda. Metode ini dilakukan dalam waktu singkat dengan menggunakan hasil polymerase chain reaction (PCR). Dari hasil identifikasi didapat 10 isolat yang merupakan genus Streptomyces, 4 isolat

---

Actinomycetes is recognized as prokaryot organism which produce a lot of antibiotic in nature. Antibacterial activity of Actinomycetes isolated from termits gut which is collected from Biotechnology, BPPT, Serpong, Tangerang had been investigated. A total of 50 isolates Actinomycetes were subjected to screen antibacterial activity by disc method against Gram positive (Bacillus subtilis dan Staphylococcus aureus ATCC 25923) and Gram negative (Escherichia coli ATCC 25922).

It was observed that 2 isolates were active against Gram positive, 9 isolates against Gram positive, and 4 isolates against both Gram positive and Gram negative. Isolates which have antibacterial activity were identified using polymerase chain reaction (PCR) technique, and then using restriction enzyme Sau3A1 to identify up to genus level of Actinomycetes. This enzyme significantly differentiate both Streptomyces and non Streptomyces with different base pairs. This method could be achieved in a short time, using PCR product of gen 16S rDNA. From identification results there were 10 isolates of Streptomyces and 4 isolates of non Streptomyces."

"Rotavirus grup A merupakan penyebab utama penyakit diare pada bayi dan anak balita di seluruh dunia. Metode deteksi strain rotavirus yang cepat dan sensitif adalah dengan menggunakan polymerase chain reaction (PCR). Penelitian ini bertujuan untuk menentukan tingkat prevalensi infeksi rotavirus di Jakarta Utara dan menentukan hubungan data sebaran umur, jenis kelamin serta tingkat keparahan diare pasien terhadap proporsi strain rotavirus selama penelitian. Pada penelitian ini telah diperiksa 256 feses yang diambil pada bulan September 2005 sampai Januari 2006 dari anak-anak penderita diare akut di Jakarta Utara. Metode Enzyme Immunoassay (EIA) digunakan untuk skrining antigen VP6 pada feses, sebelum diteliti dengan teknik Polymerase Chain Reaction (PCR). Ada 100 sampel feses yang mengandung antigen VP6 rotavirus grup A. Metode reverse transcription dan nested-multipleks PCR digunakan untuk mendeteksi gen VP7 (1.062 bp) dan VP4 (876 bp). Data prevalensi masing-masing serotipe P dan G dari pasien yang terinfeksi rotavirus di Jakarta Utara adalah: G1 9,3%; G2 9,3%; G3 2,1%; G9 6,2%;infeksi bersama G4 dan G9 47,4%; P[4] 12,4%; P[6] 12,4%, P[8] 32%; infeksi bersama P[6] dan P[8], 3,1%. Strain rotavirus yang paling banyak ditemukan adalah G4G9P[8] sebanyak 22,7% dan G4G9 dengan serotipe P yang tidak terdeteksi sebanyak 20,6%. Ada 8 sampel yang tidak berhasil dideteksi strainnya. Pada penelitian ini diketahui bahwa nilai tengah umur pasien strain rotavirus terdeteksi sama dengan nilai tengah umur pasien strain rotavirus tidak terdeteksi serta tidak ada perbedaan yang bermakna antara proporsi strain rotavirus terdeteksi dan strain rotavirus tidak terdeteksi berdasarkan jenis kelamin pasien dan tingkat keparahan diare pasien (p>0,05)."

"Eksopolisakarida (EPS) telah banyak diteliti dapat diaplikasikan dalam bidang industri makanan, kesehatan, dan farmasi. Beberapa bakteri asam laktat (BAL) memiliki kemampuan menghasilkan EPS dengan adanya enzim sukrase, baik glukansukrase/ glukosiltransferase (gtf) maupun fruktansukrase/ fruktosiltransferase (ftf). Glukansukrase menghasilkan EPS berupa polimer glukan, sedangkan fruktansukrase menghasilkan polimer fruktan. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi adanya gen ftf penyandi fruktansukrase dari beberapa galur BAL yang diduga memiliki aktivitas fruktansukrase berdasarkan penelitian menggunakan metode visual. Skrining gen tersebut secara molekuler dilakukan dengan teknik Polymerase Chain Reaction (PCR) menggunakan primer degenerate yang berasal dari dua sekuens conserved region gen ftf beberapa galur BAL. Galur BAL yang digunakan untuk konstruksi primer adalah Bacillus subtilis, Bacillus stearothermophilus, Bacillus amyloliquefaciens, Streptococcus mutans, Streptococcus salivarius, dan Lb. reuteri 121. Amplikon berukuran sekitar 700 pb dihasilkan oleh 7dari 21 DNA genomik dari galur yang digunakan, yaitu MBF PDG 3(1), MBF PDG 4, Weissella cibaria MBF WRS 3, Leuconostoc mesenteroides MBF 4-2, Leuconostoc mesenteroides MBF 7-5, Weissella confusa MBF PDG 10(1), dan Leuconostoc mesenteroides MBF WRS 6."

"ABSTRAKNANA liase adalah enzim yang mengkatalisis proses reversibel Nacetyl neuraminic acid (NeuSAc) atau asam sialat menjadi N-acetyl mannosamin (ManNAc) dan piruvat. Enzim NANA liase dihasilkan oleh bakteri patogen dan non patogen, antara lain dari Clostridium perfringens,Escherichla coii dan HaemophHus inHuenzae. Untuk mendapatkan enzim NANA liase dalam jumlah yang besar perlu dilakukan studi tentang rekayasa genetika. Pada penelitian sebelumnya telah dilakukan kloning teitiadap gen nanA dari Lactobacilius plantarum. Tujuan jangka panjang dari penelitian sebelumnya adalah rekayasa protein dengan mutasi pada segmen DNA. Rekayasa protein dengan mutasi pada segmen DNA dibutuhkan sedikitnya dua gen yang berbeda. Oleh karenanya dibutuhkan gen lain, sebagai pasangan dari gen nanA-Lplantarum. Penelitian ini terfokus untuk mengkonstruksi vektor gen penyandi enzim NANA liase dari bakteri Escherichla coli. Gen nanA dari E.co//dipilihsebagai pasangan gen nanA-Lplantarum karena gen nanA dari E.coli telah terkarakterisasi dengan baik. Penelitian ini menggunakan metode Isolasi DNA dengan CTAB, amplifikasi PGR dan teknik kloning. Isolasi DNA dengan CTAB dilakukan untuk mendapatkan DNA dari E.coli. Teknik PGR dilakukan untuk mengamplifikasi gen yang menyandi enzim NANA liase, dimanamenggunakan primer forward yang memiliki situs pemotongan terha(;lap EcoRI dan primer reverse yang memiliki situs pemotongan terhadap Hindlli Sedangkan teknik kloning, yang terdiri dari ligasi, transformasi dan seleksi bertujuan untuk mendapatkan vektor ekspresi yang tersisipi gen penyandi enzim NANA liase. Teknik amplifikasi PGR yang dilakukan berhasil mengampiifikasi gen penyandi enzim NANA liase, nan A (0,9 kb) yang memiliki situs pemotongan EcoRI dan HindWl Gen yang didapat disisipkan ke dalam vektor ekspresi pTrcSSA (4,1 kb), selanjutnya ditransformasi ke dalam E.coli DH5a dan menghasilkan 35 transforman. Transfonman yang dihasilkan diambil 7 koloni untuk dikonfirmasi dengan elektroforesis gel agarosa, dantemyata terdapat tiga koloni yang tersisipi pTrc99A-nani E.coii (E/H) (5,0 kb). Selanjutnya dari tiga koloni tersebut diambil satu koloni dan diuji kembalidengan teknik PGR. Pada penelitian ini dilakukan uji sekuen yang bertujuan untuk memastikan tidak terjadinya mutasi selama pengerjaan. Sekuen gen yang didapat telah dikonfirmasi dan ternyata tidak berbeda dengan sekuengen yang dipublikasikan. Hal ini membuktikan bahwa tidak terjadinya mutasi selama pengerjaan. Vektor yang dihasilkan dapat digunakan untuk eksperimen berikutnya yaitu (a) produksi enzim rekombinan NANA liase, dan (b) sebagai pasangan gen nanA dari LactobaciHus plantarum untuk rekayasa protein dengan mutasi segmen DNA."